src/jalview/gui/RedundancyPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 import jalview.jbgui.*;\r
  23 import jalview.util.Comparison;\r
  24 import jalview.commands.*;\r
  25 \r
  26 import java.awt.event.*;\r
  27 \r
  28 import java.util.*;\r
  29 \r
  30 import javax.swing.event.*;\r
  31 \r
  32 import javax.swing.*;\r
  33 \r
  34 \r
  35 /**\r
  36  * DOCUMENT ME!\r
  37  *\r
  38  * @author $author$\r
  39  * @version $Revision$\r
  40  */\r
  41 public class RedundancyPanel extends GSliderPanel implements Runnable\r
  42 {\r
  43     AlignFrame af;\r
  44     AlignmentPanel ap;\r
  45     Stack historyList = new Stack(); // simpler than synching with alignFrame.\r
  46     float [] redundancy;\r
  47     SequenceI [] originalSequences;\r
  48     JInternalFrame frame;\r
  49     Vector redundantSeqs;\r
  50 \r
  51     /**\r
  52      * Creates a new RedundancyPanel object.\r
  53      *\r
  54      * @param ap DOCUMENT ME!\r
  55      * @param af DOCUMENT ME!\r
  56      */\r
  57     public RedundancyPanel(final AlignmentPanel ap, AlignFrame af)\r
  58     {\r
  59         this.ap = ap;\r
  60         this.af = af;\r
  61         redundantSeqs = new Vector();\r
  62 \r
  63         slider.addChangeListener(new ChangeListener()\r
  64             {\r
  65                 public void stateChanged(ChangeEvent evt)\r
  66                 {\r
  67                     valueField.setText(slider.getValue() + "");\r
  68                     sliderValueChanged();\r
  69                 }\r
  70             });\r
  71 \r
  72         applyButton.setText("Remove");\r
  73         allGroupsCheck.setVisible(false);\r
  74         slider.setMinimum(0);\r
  75         slider.setMaximum(100);\r
  76         slider.setValue(100);\r
  77 \r
  78         Thread worker = new Thread(this);\r
  79         worker.start();\r
  80 \r
  81         frame = new JInternalFrame();\r
  82         frame.setContentPane(this);\r
  83         Desktop.addInternalFrame(frame, "Redundancy threshold selection", 400,\r
  84                          100, false);\r
  85         frame.addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()\r
  86             {\r
  87               public void internalFrameClosing(InternalFrameEvent evt)\r
  88               {\r
  89                ap.idPanel.idCanvas.setHighlighted(null);\r
  90               }\r
  91             }\r
  92             );\r
  93 \r
  94     }\r
  95 \r
  96 \r
  97     /**\r
  98      * This is a copy of remove redundancy in jalivew.datamodel.Alignment\r
  99      * except we dont want to remove redundancy, just calculate once\r
 100      * so we can use the slider to dynamically hide redundant sequences\r
 101      *\r
 102      * @param threshold DOCUMENT ME!\r
 103      * @param sel DOCUMENT ME!\r
 104      *\r
 105      * @return DOCUMENT ME!\r
 106      */\r
 107     public void run()\r
 108     {\r
 109         JProgressBar progress = new JProgressBar();\r
 110         progress.setIndeterminate(true);\r
 111         southPanel.add(progress, java.awt.BorderLayout.SOUTH);\r
 112 \r
 113         label.setText("Calculating....");\r
 114 \r
 115         slider.setVisible(false);\r
 116         applyButton.setEnabled(false);\r
 117         valueField.setVisible(false);\r
 118 \r
 119         validate();\r
 120 \r
 121         String[] omitHidden = null;\r
 122 \r
 123         SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 124         int height;\r
 125 \r
 126         int start, end;\r
 127 \r
 128         if ( (sg != null) && (sg.getSize(false) >= 1))\r
 129         {\r
 130            originalSequences = sg.getSequencesInOrder(ap.av.alignment);\r
 131            start = sg.getStartRes();\r
 132            end = sg.getEndRes();\r
 133         }\r
 134         else\r
 135         {\r
 136           originalSequences = ap.av.alignment.getSequencesArray();\r
 137           start = 0;\r
 138           end = ap.av.alignment.getWidth();\r
 139         }\r
 140 \r
 141         height = originalSequences.length;\r
 142 \r
 143         redundancy = new float[height];\r
 144         for (int i = 0; i < height; i++)\r
 145         {\r
 146           redundancy[i] = 0f;\r
 147         }\r
 148 \r
 149         if (ap.av.hasHiddenColumns)\r
 150         {\r
 151           omitHidden = ap.av.getViewAsString(sg!=null);\r
 152         }\r
 153 \r
 154 \r
 155        // long start = System.currentTimeMillis();\r
 156 \r
 157         float pid;\r
 158         String seqi, seqj;\r
 159         for (int i = 0; i < height; i++)\r
 160         {\r
 161 \r
 162             for (int j = 0; j < i; j++)\r
 163             {\r
 164               if(i==j)\r
 165                 continue;\r
 166 \r
 167               if(omitHidden==null)\r
 168               {\r
 169                 seqi = originalSequences[i].getSequence(start, end);\r
 170                 seqj = originalSequences[j].getSequence(start, end);\r
 171               }\r
 172               else\r
 173               {\r
 174                 seqi = omitHidden[i];\r
 175                 seqj = omitHidden[j];\r
 176               }\r
 177 \r
 178               pid = Comparison.PID( seqi,  seqj );\r
 179 \r
 180               if(seqj.length() < seqi.length())\r
 181                 redundancy[j] = Math.max(pid, redundancy[j]);\r
 182               else\r
 183                 redundancy[i] = Math.max(pid, redundancy[i]);\r
 184 \r
 185             }\r
 186         }\r
 187 \r
 188         progress.setIndeterminate(false);\r
 189         progress.setVisible(false);\r
 190         progress = null;\r
 191 \r
 192         label.setText("Enter the redundancy threshold");\r
 193         slider.setVisible(true);\r
 194         applyButton.setEnabled(true);\r
 195         valueField.setVisible(true);\r
 196 \r
 197         validate();\r
 198        // System.out.println((System.currentTimeMillis()-start));\r
 199     }\r
 200 \r
 201     void sliderValueChanged()\r
 202     {\r
 203       if(redundancy==null)\r
 204         return;\r
 205 \r
 206       float value = slider.getValue();\r
 207 \r
 208       for(int i=0; i<redundancy.length; i++)\r
 209       {\r
 210         if (value > redundancy[i])\r
 211           redundantSeqs.remove(originalSequences[i]);\r
 212         else if(!redundantSeqs.contains(originalSequences[i]))\r
 213           redundantSeqs.add(originalSequences[i]);\r
 214 \r
 215       }\r
 216 \r
 217       ap.idPanel.idCanvas.setHighlighted(redundantSeqs);\r
 218     }\r
 219 \r
 220     /**\r
 221      * DOCUMENT ME!\r
 222      *\r
 223      * @param e DOCUMENT ME!\r
 224      */\r
 225     public void applyButton_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 226     {\r
 227         Vector del = new Vector();\r
 228 \r
 229         undoButton.setEnabled(true);\r
 230 \r
 231         float value = slider.getValue();\r
 232         SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 233 \r
 234         for (int i = 0; i < redundancy.length; i++)\r
 235         {\r
 236           if (value <= redundancy[i])\r
 237           {\r
 238             del.addElement(originalSequences[i]);\r
 239           }\r
 240         }\r
 241 \r
 242 \r
 243         // This has to be done before the restoreHistoryItem method of alignFrame will\r
 244         // actually restore these sequences.\r
 245         if (del.size() > 0)\r
 246         {\r
 247           SequenceI [] deleted = new SequenceI[del.size()];\r
 248 \r
 249           int width = 0;\r
 250           for (int i = 0; i < del.size(); i++)\r
 251           {\r
 252             deleted[i] = (SequenceI)del.elementAt(i);\r
 253             if(deleted[i].getLength()>width)\r
 254               width = deleted[i].getLength();\r
 255           }\r
 256 \r
 257           EditCommand cut = new EditCommand("Remove Redundancy",\r
 258               EditCommand.CUT, deleted,0,width,ap.av.alignment);\r
 259 \r
 260           for (int i = 0; i < del.size(); i++)\r
 261           {\r
 262             ap.av.alignment.deleteSequence( deleted[i] );\r
 263             PaintRefresher.Refresh(this,\r
 264                                    ap.av.getSequenceSetId(),\r
 265                                    deleted[i], null);\r
 266             if (sg != null)\r
 267             {\r
 268               sg.deleteSequence(deleted[i], false);\r
 269             }\r
 270           }\r
 271 \r
 272           historyList.push(cut);\r
 273 \r
 274           ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment().getSequences());\r
 275         }\r
 276 \r
 277 \r
 278     }\r
 279 \r
 280 \r
 281     /**\r
 282      * DOCUMENT ME!\r
 283      *\r
 284      * @param e DOCUMENT ME!\r
 285      */\r
 286     public void undoButton_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 287     {\r
 288       CommandI command = (CommandI) historyList.pop();\r
 289       command.undoCommand();\r
 290 \r
 291       ap.repaint();\r
 292 \r
 293       if (historyList.size() == 0)\r
 294       {\r
 295         undoButton.setEnabled(false);\r
 296       }\r
 297     }\r
 298 \r
 299     /**\r
 300      * DOCUMENT ME!\r
 301      *\r
 302      * @param e DOCUMENT ME!\r
 303      */\r
 304     public void valueField_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 305     {\r
 306         try\r
 307         {\r
 308             int i = Integer.parseInt(valueField.getText());\r
 309             slider.setValue(i);\r
 310         }\r
 311         catch (Exception ex)\r
 312         {\r
 313             valueField.setText(slider.getValue() + "");\r
 314         }\r
 315     }\r
 316 \r
 317 \r
 318 }\r