src/jalview/gui/RedundancyPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.analysis.AlignSeq;
  24 import jalview.commands.CommandI;
  25 import jalview.commands.EditCommand;
  26 import jalview.commands.EditCommand.Action;
  27 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  28 import jalview.datamodel.SequenceI;
  29 import jalview.jbgui.GSliderPanel;
  30 import jalview.util.MessageManager;
  31
  32 import java.awt.event.ActionEvent;
  33 import java.util.ArrayList;
  34 import java.util.List;
  35 import java.util.Stack;
  36 import java.util.Vector;
  37
  38 import javax.swing.JInternalFrame;
  39 import javax.swing.JProgressBar;
  40 import javax.swing.event.ChangeEvent;
  41 import javax.swing.event.ChangeListener;
  42 import javax.swing.event.InternalFrameAdapter;
  43 import javax.swing.event.InternalFrameEvent;
  44
  45 /**
  46  * DOCUMENT ME!
  47  *
  48  * @author $author$
  49  * @version $Revision$
  50  */
  51 public class RedundancyPanel extends GSliderPanel implements Runnable
  52 {
  53   AlignFrame af;
  54
  55   AlignmentPanel ap;
  56
  57   Stack<CommandI> historyList = new Stack<CommandI>();
  58
  59   // simpler than synching with alignFrame.
  60
  61   float[] redundancy;
  62
  63   SequenceI[] originalSequences;
  64
  65   JInternalFrame frame;
  66
  67   Vector redundantSeqs;
  68
  69   /**
  70    * Creates a new RedundancyPanel object.
  71    *
  72    * @param ap
  73    *          DOCUMENT ME!
  74    * @param af
  75    *          DOCUMENT ME!
  76    */
  77   public RedundancyPanel(final AlignmentPanel ap, AlignFrame af)
  78   {
  79     this.ap = ap;
  80     this.af = af;
  81     redundantSeqs = new Vector();
  82
  83     slider.addChangeListener(new ChangeListener()
  84     {
  85       public void stateChanged(ChangeEvent evt)
  86       {
  87         valueField.setText(slider.getValue() + "");
  88         sliderValueChanged();
  89       }
  90     });
  91
  92     applyButton.setText(MessageManager.getString("action.remove"));
  93     allGroupsCheck.setVisible(false);
  94     slider.setMinimum(0);
  95     slider.setMaximum(100);
  96     slider.setValue(100);
  97
  98     Thread worker = new Thread(this);
  99     worker.start();
 100
 101     frame = new JInternalFrame();
 102     frame.setContentPane(this);
 103     Desktop.addInternalFrame(frame, MessageManager
 104             .getString("label.redundancy_threshold_selection"), 400, 100,
 105             false);
 106     frame.addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()
 107     {
 108       public void internalFrameClosing(InternalFrameEvent evt)
 109       {
 110         ap.getIdPanel().getIdCanvas().setHighlighted(null);
 111       }
 112     });
 113
 114   }
 115
 116   /**
 117    * This is a copy of remove redundancy in jalivew.datamodel.Alignment except
 118    * we dont want to remove redundancy, just calculate once so we can use the
 119    * slider to dynamically hide redundant sequences
 120    *
 121    * @param threshold
 122    *          DOCUMENT ME!
 123    * @param sel
 124    *          DOCUMENT ME!
 125    *
 126    * @return DOCUMENT ME!
 127    */
 128   public void run()
 129   {
 130     JProgressBar progress = new JProgressBar();
 131     progress.setIndeterminate(true);
 132     southPanel.add(progress, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
 133
 134     label.setText(MessageManager.getString("label.calculating"));
 135
 136     slider.setVisible(false);
 137     applyButton.setEnabled(false);
 138     valueField.setVisible(false);
 139
 140     validate();
 141
 142     String[] omitHidden = null;
 143
 144     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 145     int height;
 146
 147     int start, end;
 148
 149     if ((sg != null) && (sg.getSize() >= 1))
 150     {
 151       originalSequences = sg.getSequencesInOrder(ap.av.getAlignment());
 152       start = sg.getStartRes();
 153       end = sg.getEndRes();
 154     }
 155     else
 156     {
 157       originalSequences = ap.av.getAlignment().getSequencesArray();
 158       start = 0;
 159       end = ap.av.getAlignment().getWidth();
 160     }
 161
 162     height = originalSequences.length;
 163     if (ap.av.hasHiddenColumns())
 164     {
 165       omitHidden = ap.av.getViewAsString(sg != null);
 166     }
 167     redundancy = AlignSeq.computeRedundancyMatrix(originalSequences,
 168             omitHidden, start, end, false);
 169
 170     progress.setIndeterminate(false);
 171     progress.setVisible(false);
 172     progress = null;
 173
 174     label.setText(MessageManager
 175             .getString("label.enter_redundancy_thereshold"));
 176     slider.setVisible(true);
 177     applyButton.setEnabled(true);
 178     valueField.setVisible(true);
 179
 180     validate();
 181     sliderValueChanged();
 182     // System.out.println((System.currentTimeMillis()-start));
 183   }
 184
 185   void sliderValueChanged()
 186   {
 187     if (redundancy == null)
 188     {
 189       return;
 190     }
 191
 192     float value = slider.getValue();
 193     List<SequenceI> redundantSequences = new ArrayList<SequenceI>();
 194     for (int i = 0; i < redundancy.length; i++)
 195     {
 196       if (value <= redundancy[i])
 197       {
 198         redundantSequences.add(originalSequences[i]);
 199       }
 200     }
 201     ap.getIdPanel().getIdCanvas().setHighlighted(redundantSequences);
 202   }
 203
 204   /**
 205    * DOCUMENT ME!
 206    *
 207    * @param e
 208    *          DOCUMENT ME!
 209    */
 210   public void applyButton_actionPerformed(ActionEvent e)
 211   {
 212     Vector del = new Vector();
 213
 214     undoButton.setEnabled(true);
 215
 216     float value = slider.getValue();
 217     SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();
 218
 219     for (int i = 0; i < redundancy.length; i++)
 220     {
 221       if (value <= redundancy[i])
 222       {
 223         del.addElement(originalSequences[i]);
 224       }
 225     }
 226
 227     // This has to be done before the restoreHistoryItem method of alignFrame
 228     // will
 229     // actually restore these sequences.
 230     if (del.size() > 0)
 231     {
 232       SequenceI[] deleted = new SequenceI[del.size()];
 233
 234       int width = 0;
 235       for (int i = 0; i < del.size(); i++)
 236       {
 237         deleted[i] = (SequenceI) del.elementAt(i);
 238         if (deleted[i].getLength() > width)
 239         {
 240           width = deleted[i].getLength();
 241         }
 242       }
 243
 244       EditCommand cut = new EditCommand(
 245               MessageManager.getString("action.remove_redundancy"),
 246               Action.CUT, deleted, 0, width, ap.av.getAlignment());
 247
 248       for (int i = 0; i < del.size(); i++)
 249       {
 250         ap.av.getAlignment().deleteSequence(deleted[i]);
 251         if (sg != null)
 252         {
 253           sg.deleteSequence(deleted[i], false);
 254         }
 255       }
 256
 257       historyList.push(cut);
 258
 259       ap.alignFrame.addHistoryItem(cut);
 260
 261       PaintRefresher.Refresh(this, ap.av.getSequenceSetId(), true, true);
 262       ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 263               .getSequences());
 264     }
 265
 266   }
 267
 268   /**
 269    * DOCUMENT ME!
 270    *
 271    * @param e
 272    *          DOCUMENT ME!
 273    */
 274   public void undoButton_actionPerformed(ActionEvent e)
 275   {
 276     if (historyList == null || historyList.isEmpty())
 277     {
 278       undoButton.setEnabled(false);
 279       return;
 280     }
 281
 282     CommandI command = historyList.pop();
 283     if (ap.av.getHistoryList().contains(command))
 284     {
 285       command.undoCommand(af.getViewAlignments());
 286       ap.av.getHistoryList().remove(command);
 287       ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment()
 288               .getSequences());
 289       af.updateEditMenuBar();
 290     }
 291
 292     ap.paintAlignment(true);
 293
 294     if (historyList.size() == 0)
 295     {
 296       undoButton.setEnabled(false);
 297     }
 298   }
 299
 300   /**
 301    * DOCUMENT ME!
 302    *
 303    * @param e
 304    *          DOCUMENT ME!
 305    */
 306   public void valueField_actionPerformed(ActionEvent e)
 307   {
 308     try
 309     {
 310       int i = Integer.parseInt(valueField.getText());
 311       slider.setValue(i);
 312     } catch (Exception ex)
 313     {
 314       valueField.setText(slider.getValue() + "");
 315     }
 316   }
 317
 318 }