src/jalview/gui/RedundancyPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.jbgui.*;\r
  24 \r
  25 import java.awt.event.*;\r
  26 \r
  27 import java.util.*;\r
  28 \r
  29 import javax.swing.event.*;\r
  30 import jalview.util.Comparison;\r
  31 import javax.swing.*;\r
  32 \r
  33 \r
  34 /**\r
  35  * DOCUMENT ME!\r
  36  *\r
  37  * @author $author$\r
  38  * @version $Revision$\r
  39  */\r
  40 public class RedundancyPanel extends GSliderPanel implements Runnable\r
  41 {\r
  42     AlignFrame af;\r
  43     AlignmentPanel ap;\r
  44     Stack historyList = new Stack(); // simpler than synching with alignFrame.\r
  45     float [] redundancy;\r
  46     Vector originalSequences;\r
  47     Hashtable originalColours;\r
  48     JInternalFrame frame;\r
  49 \r
  50     /**\r
  51      * Creates a new RedundancyPanel object.\r
  52      *\r
  53      * @param ap DOCUMENT ME!\r
  54      * @param af DOCUMENT ME!\r
  55      */\r
  56     public RedundancyPanel(AlignmentPanel ap, AlignFrame af)\r
  57     {\r
  58         this.ap = ap;\r
  59         this.af = af;\r
  60 \r
  61         slider.addChangeListener(new ChangeListener()\r
  62             {\r
  63                 public void stateChanged(ChangeEvent evt)\r
  64                 {\r
  65                     valueField.setText(slider.getValue() + "");\r
  66                     sliderValueChanged();\r
  67                 }\r
  68             });\r
  69 \r
  70         applyButton.setText("Remove");\r
  71         allGroupsCheck.setVisible(false);\r
  72         slider.setMinimum(60);\r
  73         slider.setMaximum(100);\r
  74         slider.setValue(100);\r
  75 \r
  76         Thread worker = new Thread(this);\r
  77         worker.start();\r
  78 \r
  79         frame = new JInternalFrame();\r
  80         frame.setContentPane(this);\r
  81         Desktop.addInternalFrame(frame, "Redundancy threshold selection", 400,\r
  82                          100, false);\r
  83         frame.addInternalFrameListener(new InternalFrameAdapter()\r
  84             {\r
  85               public void internalFrameClosing(InternalFrameEvent evt)\r
  86               {\r
  87                 resetColours();\r
  88               }\r
  89             }\r
  90             );\r
  91 \r
  92     }\r
  93 \r
  94 \r
  95     /**\r
  96      * This is a copy of remove redundancy in jalivew.datamodel.Alignment\r
  97      * except we dont want to remove redundancy, just calculate once\r
  98      * so we can use the slider to dynamically hide redundant sequences\r
  99      *\r
 100      * @param threshold DOCUMENT ME!\r
 101      * @param sel DOCUMENT ME!\r
 102      *\r
 103      * @return DOCUMENT ME!\r
 104      */\r
 105     public void run()\r
 106     {\r
 107         JProgressBar progress = new JProgressBar();\r
 108         progress.setIndeterminate(true);\r
 109         southPanel.add(progress, java.awt.BorderLayout.SOUTH);\r
 110 \r
 111         label.setText("Calculating....");\r
 112 \r
 113         slider.setVisible(false);\r
 114         applyButton.setEnabled(false);\r
 115         valueField.setVisible(false);\r
 116 \r
 117         validate();\r
 118 \r
 119         Vector sel = new Vector();\r
 120         SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 121         int height;\r
 122         originalSequences = new Vector();\r
 123         originalColours = new Hashtable();\r
 124 \r
 125         if ( (sg != null) && (sg.getSize(false) >= 1))\r
 126         {\r
 127            height = sg.getSize(false);\r
 128           for (int i = 0; i < sg.getSize(false); i++)\r
 129           {\r
 130             sel.addElement(sg.getSequenceAt(i));\r
 131           }\r
 132         }\r
 133         else\r
 134         {\r
 135           height = ap.av.alignment.getHeight();\r
 136           for (int i = 0; i < ap.av.alignment.getHeight(); i++)\r
 137           {\r
 138             sel.addElement(ap.av.alignment.getSequenceAt(i));\r
 139           }\r
 140         }\r
 141 \r
 142         redundancy = new float[height];\r
 143         for (int i = 0; i < height; i++)\r
 144         {\r
 145           redundancy[i] = 0f;\r
 146         }\r
 147 \r
 148 \r
 149        // long start = System.currentTimeMillis();\r
 150 \r
 151         float pid;\r
 152         SequenceI seqi, seqj;\r
 153         for (int i = 0; i < sel.size(); i++)\r
 154         {\r
 155             originalSequences.addElement(sel.elementAt(i));\r
 156             originalColours.put(sel.elementAt(i),\r
 157                                ((SequenceI) sel.elementAt(i)).getColor());\r
 158 \r
 159             for (int j = 0; j < i; j++)\r
 160             {\r
 161               if(i==j)\r
 162                 continue;\r
 163 \r
 164               seqi = (SequenceI) sel.elementAt(i);\r
 165               seqj = (SequenceI) sel.elementAt(j);\r
 166 \r
 167               if (sg != null)\r
 168                 pid = Comparison.PID( seqi,\r
 169                                      seqj,\r
 170                                      sg.getStartRes(), sg.getEndRes());\r
 171               else\r
 172                 pid = Comparison.PID( seqi,  seqj );\r
 173 \r
 174 \r
 175               if(seqj.getLength() < seqi.getLength())\r
 176                 redundancy[j] = Math.max(pid, redundancy[j]);\r
 177               else\r
 178                 redundancy[i] = Math.max(pid, redundancy[i]);\r
 179 \r
 180             }\r
 181         }\r
 182 \r
 183 \r
 184         progress.setIndeterminate(false);\r
 185         progress.setVisible(false);\r
 186         progress = null;\r
 187 \r
 188         label.setText("Enter the redundancy threshold");\r
 189         slider.setVisible(true);\r
 190         applyButton.setEnabled(true);\r
 191         valueField.setVisible(true);\r
 192 \r
 193         validate();\r
 194        // System.out.println("blob done "+ (System.currentTimeMillis()-start));\r
 195     }\r
 196 \r
 197     void sliderValueChanged()\r
 198     {\r
 199       if(redundancy==null)\r
 200         return;\r
 201 \r
 202       float value = slider.getValue();\r
 203 \r
 204       for(int i=0; i<redundancy.length; i++)\r
 205       {\r
 206         if (value > redundancy[i])\r
 207            ((SequenceI)originalSequences.elementAt(i)).setColor(java.awt.Color.white);\r
 208         else\r
 209            ((SequenceI)originalSequences.elementAt(i)).setColor(java.awt.Color.red);\r
 210       }\r
 211 \r
 212       PaintRefresher.Refresh(null,ap.av.alignment);\r
 213 \r
 214     }\r
 215 \r
 216     /**\r
 217      * DOCUMENT ME!\r
 218      *\r
 219      * @param e DOCUMENT ME!\r
 220      */\r
 221     public void applyButton_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 222     {\r
 223         historyList.push(new HistoryItem("Remove redundancy",\r
 224                     ap.av.alignment, HistoryItem.HIDE));\r
 225 \r
 226         if ((historyList.size() == 1) ||\r
 227                 !af.historyList.contains(historyList.firstElement()))\r
 228         {\r
 229             af.addHistoryItem((HistoryItem) historyList.firstElement());\r
 230             af.updateEditMenuBar();\r
 231         }\r
 232 \r
 233         Vector del = new Vector();\r
 234 \r
 235         undoButton.setEnabled(true);\r
 236 \r
 237         float value = slider.getValue();\r
 238         SequenceGroup sg = ap.av.getSelectionGroup();\r
 239 \r
 240         for (int i = 0; i < redundancy.length; i++)\r
 241         {\r
 242           if (value <= redundancy[i])\r
 243           {\r
 244             SequenceI seq = (SequenceI) originalSequences.elementAt(i);\r
 245             ap.av.alignment.deleteSequence(seq);\r
 246             del.add(seq);\r
 247             if (sg != null)\r
 248             {\r
 249               sg.deleteSequence(seq, false);\r
 250             }\r
 251           }\r
 252         }\r
 253 \r
 254 \r
 255         // This has to be done before the restoreHistoryItem method of alignFrame will\r
 256         // actually restore these sequences.\r
 257         if (del.size() > 0)\r
 258         {\r
 259             for (int i = 0, j = del.size(); i < j; i++)\r
 260             {\r
 261                 SequenceI sq = (SequenceI) del.elementAt(i);\r
 262                 sq.deleteChars(0, sq.getLength());\r
 263             }\r
 264         }\r
 265 \r
 266         ap.av.firePropertyChange("alignment", null, ap.av.getAlignment().getSequences());\r
 267         af.updateEditMenuBar();\r
 268     }\r
 269 \r
 270     void resetColours()\r
 271     {\r
 272       for(int i=0; i<originalSequences.size(); i++)\r
 273       {\r
 274         SequenceI seq = (SequenceI)originalSequences.elementAt(i);\r
 275         seq.setColor( (java.awt.Color)originalColours.get(seq));\r
 276       }\r
 277 \r
 278       PaintRefresher.Refresh(ap.av.alignment);\r
 279     }\r
 280 \r
 281     /**\r
 282      * DOCUMENT ME!\r
 283      *\r
 284      * @param e DOCUMENT ME!\r
 285      */\r
 286     public void undoButton_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 287     {\r
 288       HistoryItem hi = (HistoryItem) historyList.pop();\r
 289       af.restoreHistoryItem(hi);\r
 290 \r
 291       if (historyList.size() == 0)\r
 292       {\r
 293         undoButton.setEnabled(false);\r
 294 \r
 295         if (af.historyList.contains(hi))\r
 296         {\r
 297           af.historyList.remove(hi);\r
 298           af.updateEditMenuBar();\r
 299         }\r
 300       }\r
 301     }\r
 302 \r
 303     /**\r
 304      * DOCUMENT ME!\r
 305      *\r
 306      * @param e DOCUMENT ME!\r
 307      */\r
 308     public void valueField_actionPerformed(ActionEvent e)\r
 309     {\r
 310         try\r
 311         {\r
 312             int i = Integer.parseInt(valueField.getText());\r
 313             slider.setValue(i);\r
 314         }\r
 315         catch (Exception ex)\r
 316         {\r
 317             valueField.setText(slider.getValue() + "");\r
 318         }\r
 319     }\r
 320 \r
 321 \r
 322 }\r