src/jalview/gui/RotatableCanvas.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.math.*;\r
  24 \r
  25 import java.awt.*;\r
  26 import java.awt.event.*;\r
  27 \r
  28 import java.util.*;\r
  29 \r
  30 import javax.swing.*;\r
  31 \r
  32 \r
  33 /**\r
  34  * DOCUMENT ME!\r
  35  *\r
  36  * @author $author$\r
  37  * @version $Revision$\r
  38  */\r
  39 public class RotatableCanvas extends JPanel implements MouseListener,\r
  40     MouseMotionListener, KeyListener\r
  41 {\r
  42     RotatableMatrix idmat = new RotatableMatrix(3, 3);\r
  43     RotatableMatrix objmat = new RotatableMatrix(3, 3);\r
  44     RotatableMatrix rotmat = new RotatableMatrix(3, 3);\r
  45 \r
  46     //RubberbandRectangle rubberband;\r
  47     boolean drawAxes = true;\r
  48     int omx = 0;\r
  49     int mx = 0;\r
  50     int omy = 0;\r
  51     int my = 0;\r
  52     Image img;\r
  53     Graphics ig;\r
  54     Dimension prefsize;\r
  55     float[] centre = new float[3];\r
  56     float[] width = new float[3];\r
  57     float[] max = new float[3];\r
  58     float[] min = new float[3];\r
  59     float maxwidth;\r
  60     float scale;\r
  61     int npoint;\r
  62     Vector points;\r
  63     float[][] orig;\r
  64     float[][] axes;\r
  65     int startx;\r
  66     int starty;\r
  67     int lastx;\r
  68     int lasty;\r
  69     int rectx1;\r
  70     int recty1;\r
  71     int rectx2;\r
  72     int recty2;\r
  73     float scalefactor = 1;\r
  74     AlignViewport av;\r
  75     AlignmentPanel ap;\r
  76     boolean showLabels = false;\r
  77     Color bgColour = Color.black;\r
  78     boolean applyToAllViews = false;\r
  79 \r
  80     //  Controller    controller;\r
  81     public RotatableCanvas(AlignmentPanel ap)\r
  82     {\r
  83       this.av = ap.av;\r
  84       this.ap = ap;\r
  85 \r
  86       addMouseWheelListener(new MouseWheelListener()\r
  87       {\r
  88         public void mouseWheelMoved(MouseWheelEvent e)\r
  89         {\r
  90           if (e.getWheelRotation() > 0)\r
  91           {\r
  92             scale = (float) (scale * 1.1);\r
  93             repaint();\r
  94           }\r
  95 \r
  96           else\r
  97           {\r
  98             scale = (float) (scale * 0.9);\r
  99             repaint();\r
 100           }\r
 101         }\r
 102       });\r
 103 \r
 104     }\r
 105 \r
 106     public void showLabels(boolean b)\r
 107     {\r
 108       showLabels = b;\r
 109       repaint();\r
 110     }\r
 111 \r
 112     public void setPoints(Vector points, int npoint)\r
 113     {\r
 114         this.points = points;\r
 115         this.npoint = npoint;\r
 116         ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
 117         ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);\r
 118         ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);\r
 119 \r
 120         prefsize = getPreferredSize();\r
 121         orig = new float[npoint][3];\r
 122 \r
 123         for (int i = 0; i < npoint; i++)\r
 124         {\r
 125             SequencePoint sp = (SequencePoint) points.elementAt(i);\r
 126 \r
 127             for (int j = 0; j < 3; j++)\r
 128             {\r
 129                 orig[i][j] = sp.coord[j];\r
 130             }\r
 131         }\r
 132 \r
 133         //Initialize the matrices to identity\r
 134         for (int i = 0; i < 3; i++)\r
 135         {\r
 136             for (int j = 0; j < 3; j++)\r
 137             {\r
 138                 if (i != j)\r
 139                 {\r
 140                     idmat.addElement(i, j, 0);\r
 141                     objmat.addElement(i, j, 0);\r
 142                     rotmat.addElement(i, j, 0);\r
 143                 }\r
 144                 else\r
 145                 {\r
 146                     idmat.addElement(i, j, 0);\r
 147                     objmat.addElement(i, j, 0);\r
 148                     rotmat.addElement(i, j, 0);\r
 149                 }\r
 150             }\r
 151         }\r
 152 \r
 153         axes = new float[3][3];\r
 154         initAxes();\r
 155 \r
 156         findCentre();\r
 157         findWidth();\r
 158 \r
 159         scale = findScale();\r
 160 \r
 161         addMouseListener(this);\r
 162 \r
 163         addMouseMotionListener(this);\r
 164 \r
 165     }\r
 166 \r
 167     public void initAxes()\r
 168     {\r
 169         for (int i = 0; i < 3; i++)\r
 170         {\r
 171             for (int j = 0; j < 3; j++)\r
 172             {\r
 173                 if (i != j)\r
 174                 {\r
 175                     axes[i][j] = 0;\r
 176                 }\r
 177                 else\r
 178                 {\r
 179                     axes[i][j] = 1;\r
 180                 }\r
 181             }\r
 182         }\r
 183     }\r
 184 \r
 185     /**\r
 186      * DOCUMENT ME!\r
 187      */\r
 188     public void findWidth()\r
 189     {\r
 190         max = new float[3];\r
 191         min = new float[3];\r
 192 \r
 193         max[0] = (float) -1e30;\r
 194         max[1] = (float) -1e30;\r
 195         max[2] = (float) -1e30;\r
 196 \r
 197         min[0] = (float) 1e30;\r
 198         min[1] = (float) 1e30;\r
 199         min[2] = (float) 1e30;\r
 200 \r
 201         for (int i = 0; i < 3; i++)\r
 202         {\r
 203             for (int j = 0; j < npoint; j++)\r
 204             {\r
 205                 SequencePoint sp = (SequencePoint) points.elementAt(j);\r
 206 \r
 207                 if (sp.coord[i] >= max[i])\r
 208                 {\r
 209                     max[i] = sp.coord[i];\r
 210                 }\r
 211 \r
 212                 if (sp.coord[i] <= min[i])\r
 213                 {\r
 214                     min[i] = sp.coord[i];\r
 215                 }\r
 216             }\r
 217         }\r
 218 \r
 219         //    System.out.println("xmax " + max[0] + " min " + min[0]);\r
 220         //System.out.println("ymax " + max[1] + " min " + min[1]);\r
 221         //System.out.println("zmax " + max[2] + " min " + min[2]);\r
 222         width[0] = Math.abs(max[0] - min[0]);\r
 223         width[1] = Math.abs(max[1] - min[1]);\r
 224         width[2] = Math.abs(max[2] - min[2]);\r
 225 \r
 226         maxwidth = width[0];\r
 227 \r
 228         if (width[1] > width[0])\r
 229         {\r
 230             maxwidth = width[1];\r
 231         }\r
 232 \r
 233         if (width[2] > width[1])\r
 234         {\r
 235             maxwidth = width[2];\r
 236         }\r
 237 \r
 238         //System.out.println("Maxwidth = " + maxwidth);\r
 239     }\r
 240 \r
 241     /**\r
 242      * DOCUMENT ME!\r
 243      *\r
 244      * @return DOCUMENT ME!\r
 245      */\r
 246     public float findScale()\r
 247     {\r
 248         int dim;\r
 249         int width;\r
 250         int height;\r
 251 \r
 252         if (getWidth() != 0)\r
 253         {\r
 254             width = getWidth();\r
 255             height = getHeight();\r
 256         }\r
 257         else\r
 258         {\r
 259             width = prefsize.width;\r
 260             height = prefsize.height;\r
 261         }\r
 262 \r
 263         if (width < height)\r
 264         {\r
 265             dim = width;\r
 266         }\r
 267         else\r
 268         {\r
 269             dim = height;\r
 270         }\r
 271 \r
 272         return (float) ((dim * scalefactor) / (2 * maxwidth));\r
 273     }\r
 274 \r
 275     /**\r
 276      * DOCUMENT ME!\r
 277      */\r
 278     public void findCentre()\r
 279     {\r
 280         //Find centre coordinate\r
 281         findWidth();\r
 282 \r
 283         centre[0] = (max[0] + min[0]) / 2;\r
 284         centre[1] = (max[1] + min[1]) / 2;\r
 285         centre[2] = (max[2] + min[2]) / 2;\r
 286 \r
 287         //    System.out.println("Centre x " + centre[0]);\r
 288         //System.out.println("Centre y " + centre[1]);\r
 289         //System.out.println("Centre z " + centre[2]);\r
 290     }\r
 291 \r
 292     /**\r
 293      * DOCUMENT ME!\r
 294      *\r
 295      * @return DOCUMENT ME!\r
 296      */\r
 297     public Dimension getPreferredSize()\r
 298     {\r
 299         if (prefsize != null)\r
 300         {\r
 301             return prefsize;\r
 302         }\r
 303         else\r
 304         {\r
 305             return new Dimension(400, 400);\r
 306         }\r
 307     }\r
 308 \r
 309     /**\r
 310      * DOCUMENT ME!\r
 311      *\r
 312      * @return DOCUMENT ME!\r
 313      */\r
 314     public Dimension getMinimumSize()\r
 315     {\r
 316         return getPreferredSize();\r
 317     }\r
 318 \r
 319     /**\r
 320      * DOCUMENT ME!\r
 321      *\r
 322      * @param g DOCUMENT ME!\r
 323      */\r
 324     public void paintComponent(Graphics g1)\r
 325     {\r
 326 \r
 327       Graphics2D g = (Graphics2D) g1;\r
 328 \r
 329       g.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 330                          RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 331       if(points==null)\r
 332       {\r
 333         g.setFont(new Font("Verdana", Font.PLAIN, 18));\r
 334         g.drawString("Calculating PCA....", 20, getHeight()/2);\r
 335       }\r
 336       else\r
 337       {\r
 338         //Only create the image at the beginning -\r
 339         if ( (img == null) || (prefsize.width != getWidth()) ||\r
 340             (prefsize.height != getHeight()))\r
 341         {\r
 342           prefsize.width = getWidth();\r
 343           prefsize.height = getHeight();\r
 344 \r
 345           scale = findScale();\r
 346 \r
 347           //      System.out.println("New scale = " + scale);\r
 348           img = createImage(getWidth(), getHeight());\r
 349           ig = img.getGraphics();\r
 350         }\r
 351 \r
 352 \r
 353         drawBackground(ig, bgColour);\r
 354         drawScene(ig);\r
 355 \r
 356         if (drawAxes == true)\r
 357         {\r
 358           drawAxes(ig);\r
 359         }\r
 360 \r
 361         g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 362       }\r
 363     }\r
 364 \r
 365     /**\r
 366      * DOCUMENT ME!\r
 367      *\r
 368      * @param g DOCUMENT ME!\r
 369      */\r
 370     public void drawAxes(Graphics g)\r
 371     {\r
 372 \r
 373         g.setColor(Color.yellow);\r
 374 \r
 375         for (int i = 0; i < 3; i++)\r
 376         {\r
 377             g.drawLine(getWidth() / 2, getHeight() / 2,\r
 378                 (int) ((axes[i][0] * scale * max[0]) + (getWidth() / 2)),\r
 379                 (int) ((axes[i][1] * scale * max[1]) + (getHeight() / 2)));\r
 380         }\r
 381     }\r
 382 \r
 383     /**\r
 384      * DOCUMENT ME!\r
 385      *\r
 386      * @param g DOCUMENT ME!\r
 387      * @param col DOCUMENT ME!\r
 388      */\r
 389     public void drawBackground(Graphics g, Color col)\r
 390     {\r
 391         g.setColor(col);\r
 392         g.fillRect(0, 0, prefsize.width, prefsize.height);\r
 393     }\r
 394 \r
 395     /**\r
 396      * DOCUMENT ME!\r
 397      *\r
 398      * @param g DOCUMENT ME!\r
 399      */\r
 400     public void drawScene(Graphics g1)\r
 401     {\r
 402 \r
 403       Graphics2D g = (Graphics2D) g1;\r
 404 \r
 405       g.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 406                          RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 407 \r
 408 \r
 409         int halfwidth = getWidth() / 2;\r
 410         int halfheight = getHeight() / 2;\r
 411 \r
 412         for (int i = 0; i < npoint; i++)\r
 413         {\r
 414             SequencePoint sp = (SequencePoint) points.elementAt(i);\r
 415             int x = (int) ((float) (sp.coord[0] - centre[0]) * scale) +\r
 416                 halfwidth;\r
 417             int y = (int) ((float) (sp.coord[1] - centre[1]) * scale) +\r
 418                 halfheight;\r
 419             float z = sp.coord[1] - centre[2];\r
 420 \r
 421             if (av.getSequenceColour(sp.sequence) == Color.black)\r
 422             {\r
 423                 g.setColor(Color.white);\r
 424             }\r
 425             else\r
 426             {\r
 427                 g.setColor(av.getSequenceColour(sp.sequence));\r
 428             }\r
 429 \r
 430             if (av.getSelectionGroup() != null)\r
 431             {\r
 432                 if (av.getSelectionGroup().getSequences(false).contains(\r
 433                             ((SequencePoint) points.elementAt(i)).sequence))\r
 434                 {\r
 435                     g.setColor(Color.gray);\r
 436                 }\r
 437             }\r
 438 \r
 439             if (z < 0)\r
 440             {\r
 441                 g.setColor(g.getColor().darker());\r
 442             }\r
 443 \r
 444             g.fillRect(x - 3, y - 3, 6, 6);\r
 445             if(showLabels)\r
 446             {\r
 447               g.setColor(Color.red);\r
 448               g.drawString( ( (SequencePoint) points.elementAt(i)).sequence.\r
 449                            getName(),\r
 450                            x - 3, y - 4);\r
 451             }\r
 452         }\r
 453 \r
 454         //    //Now the rectangle\r
 455         //    if (rectx2 != -1 && recty2 != -1) {\r
 456         //      g.setColor(Color.white);\r
 457         //\r
 458         //      g.drawRect(rectx1,recty1,rectx2-rectx1,recty2-recty1);\r
 459         //    }\r
 460     }\r
 461 \r
 462     /**\r
 463      * DOCUMENT ME!\r
 464      *\r
 465      * @return DOCUMENT ME!\r
 466      */\r
 467     public Dimension minimumsize()\r
 468     {\r
 469         return prefsize;\r
 470     }\r
 471 \r
 472     /**\r
 473      * DOCUMENT ME!\r
 474      *\r
 475      * @return DOCUMENT ME!\r
 476      */\r
 477     public Dimension preferredsize()\r
 478     {\r
 479         return prefsize;\r
 480     }\r
 481 \r
 482     /**\r
 483      * DOCUMENT ME!\r
 484      *\r
 485      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 486      */\r
 487     public void keyTyped(KeyEvent evt)\r
 488     {\r
 489     }\r
 490 \r
 491     /**\r
 492      * DOCUMENT ME!\r
 493      *\r
 494      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 495      */\r
 496     public void keyReleased(KeyEvent evt)\r
 497     {\r
 498     }\r
 499 \r
 500     /**\r
 501      * DOCUMENT ME!\r
 502      *\r
 503      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 504      */\r
 505     public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
 506     {\r
 507         if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_UP)\r
 508         {\r
 509             scalefactor = (float) (scalefactor * 1.1);\r
 510             scale = findScale();\r
 511         }\r
 512         else if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DOWN)\r
 513         {\r
 514             scalefactor = (float) (scalefactor * 0.9);\r
 515             scale = findScale();\r
 516         }\r
 517         else if (evt.getKeyChar() == 's')\r
 518         {\r
 519             System.err.println("DEBUG: Rectangle selection"); // log.debug\r
 520 \r
 521             if ((rectx2 != -1) && (recty2 != -1))\r
 522             {\r
 523                 rectSelect(rectx1, recty1, rectx2, recty2);\r
 524             }\r
 525         }\r
 526 \r
 527         repaint();\r
 528     }\r
 529 \r
 530 \r
 531     /**\r
 532      * DOCUMENT ME!\r
 533      *\r
 534      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 535      */\r
 536     public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
 537     {\r
 538     }\r
 539 \r
 540     /**\r
 541      * DOCUMENT ME!\r
 542      *\r
 543      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 544      */\r
 545     public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
 546     {\r
 547     }\r
 548 \r
 549     /**\r
 550      * DOCUMENT ME!\r
 551      *\r
 552      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 553      */\r
 554     public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
 555     {\r
 556     }\r
 557 \r
 558     /**\r
 559      * DOCUMENT ME!\r
 560      *\r
 561      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 562      */\r
 563     public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 564     {\r
 565     }\r
 566 \r
 567     /**\r
 568      * DOCUMENT ME!\r
 569      *\r
 570      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 571      */\r
 572     public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 573     {\r
 574         int x = evt.getX();\r
 575         int y = evt.getY();\r
 576 \r
 577         mx = x;\r
 578         my = y;\r
 579 \r
 580         omx = mx;\r
 581         omy = my;\r
 582 \r
 583         startx = x;\r
 584         starty = y;\r
 585 \r
 586         rectx1 = x;\r
 587         recty1 = y;\r
 588 \r
 589         rectx2 = -1;\r
 590         recty2 = -1;\r
 591 \r
 592         SequenceI found = findPoint(x, y);\r
 593 \r
 594         if (found != null)\r
 595         {\r
 596           AlignmentPanel[] aps = getAssociatedPanels();\r
 597 \r
 598           for (int a = 0; a < aps.length; a++)\r
 599           {\r
 600             if (aps[a].av.getSelectionGroup() != null)\r
 601             {\r
 602               aps[a].av.getSelectionGroup().addOrRemove(found, true);\r
 603             }\r
 604             else\r
 605             {\r
 606               aps[a].av.setSelectionGroup(new SequenceGroup());\r
 607               aps[a].av.getSelectionGroup().addOrRemove(found, true);\r
 608               aps[a].av.getSelectionGroup().setEndRes(\r
 609                   aps[a].av.alignment.getWidth() - 1);\r
 610             }\r
 611           }\r
 612 \r
 613           PaintRefresher.Refresh(this, av.getSequenceSetId());\r
 614         }\r
 615 \r
 616         repaint();\r
 617     }\r
 618 \r
 619     // private void fireSequenceSelectionEvent(Selection sel) {\r
 620     //   controller.handleSequenceSelectionEvent(new SequenceSelectionEvent(this,sel));\r
 621     //}\r
 622     public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 623     {\r
 624         SequenceI found = findPoint(evt.getX(), evt.getY());\r
 625 \r
 626         if (found != null)\r
 627         {\r
 628             this.setToolTipText(found.getName());\r
 629         }\r
 630         else\r
 631         {\r
 632             this.setToolTipText(null);\r
 633         }\r
 634     }\r
 635 \r
 636     /**\r
 637      * DOCUMENT ME!\r
 638      *\r
 639      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 640      */\r
 641     public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 642     {\r
 643         mx = evt.getX();\r
 644         my = evt.getY();\r
 645 \r
 646         //Check if this is a rectangle drawing drag\r
 647         if ((evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON2_MASK) != 0)\r
 648         {\r
 649             //      rectx2 = evt.getX();\r
 650             //      recty2 = evt.getY();\r
 651         }\r
 652         else\r
 653         {\r
 654             rotmat.setIdentity();\r
 655 \r
 656             rotmat.rotate((float) (my - omy), 'x');\r
 657             rotmat.rotate((float) (mx - omx), 'y');\r
 658 \r
 659             for (int i = 0; i < npoint; i++)\r
 660             {\r
 661                 SequencePoint sp = (SequencePoint) points.elementAt(i);\r
 662                 sp.coord[0] -= centre[0];\r
 663                 sp.coord[1] -= centre[1];\r
 664                 sp.coord[2] -= centre[2];\r
 665 \r
 666                 //Now apply the rotation matrix\r
 667                 sp.coord = rotmat.vectorMultiply(sp.coord);\r
 668 \r
 669                 //Now translate back again\r
 670                 sp.coord[0] += centre[0];\r
 671                 sp.coord[1] += centre[1];\r
 672                 sp.coord[2] += centre[2];\r
 673             }\r
 674 \r
 675             for (int i = 0; i < 3; i++)\r
 676             {\r
 677                 axes[i] = rotmat.vectorMultiply(axes[i]);\r
 678             }\r
 679 \r
 680             omx = mx;\r
 681             omy = my;\r
 682 \r
 683             paint(this.getGraphics());\r
 684         }\r
 685     }\r
 686 \r
 687     /**\r
 688      * DOCUMENT ME!\r
 689      *\r
 690      * @param x1 DOCUMENT ME!\r
 691      * @param y1 DOCUMENT ME!\r
 692      * @param x2 DOCUMENT ME!\r
 693      * @param y2 DOCUMENT ME!\r
 694      */\r
 695     public void rectSelect(int x1, int y1, int x2, int y2)\r
 696     {\r
 697         for (int i = 0; i < npoint; i++)\r
 698         {\r
 699             SequencePoint sp = (SequencePoint) points.elementAt(i);\r
 700             int tmp1 = (int) (((sp.coord[0] - centre[0]) * scale) +\r
 701                 ((float) getWidth() / 2.0));\r
 702             int tmp2 = (int) (((sp.coord[1] - centre[1]) * scale) +\r
 703                 ((float) getHeight() / 2.0));\r
 704 \r
 705             if ((tmp1 > x1) && (tmp1 < x2) && (tmp2 > y1) && (tmp2 < y2))\r
 706             {\r
 707                 if (av != null)\r
 708                 {\r
 709                     if (!av.getSelectionGroup().getSequences(false).contains(sp.sequence))\r
 710                     {\r
 711                         av.getSelectionGroup().addSequence(sp.sequence, true);\r
 712                     }\r
 713                 }\r
 714             }\r
 715         }\r
 716 \r
 717         // if (changedSel) {\r
 718         //    fireSequenceSelectionEvent(av.getSelection());\r
 719         // }\r
 720     }\r
 721 \r
 722     /**\r
 723      * DOCUMENT ME!\r
 724      *\r
 725      * @param x DOCUMENT ME!\r
 726      * @param y DOCUMENT ME!\r
 727      *\r
 728      * @return DOCUMENT ME!\r
 729      */\r
 730     public SequenceI findPoint(int x, int y)\r
 731     {\r
 732         int halfwidth = getWidth() / 2;\r
 733         int halfheight = getHeight() / 2;\r
 734 \r
 735         int found = -1;\r
 736 \r
 737         for (int i = 0; i < npoint; i++)\r
 738         {\r
 739             SequencePoint sp = (SequencePoint) points.elementAt(i);\r
 740             int px = (int) ((float) (sp.coord[0] - centre[0]) * scale) +\r
 741                 halfwidth;\r
 742             int py = (int) ((float) (sp.coord[1] - centre[1]) * scale) +\r
 743                 halfheight;\r
 744 \r
 745             if ((Math.abs(px - x) < 3) && (Math.abs(py - y) < 3))\r
 746             {\r
 747                 found = i;\r
 748             }\r
 749         }\r
 750 \r
 751         if (found != -1)\r
 752         {\r
 753             return ((SequencePoint) points.elementAt(found)).sequence;\r
 754         }\r
 755         else\r
 756         {\r
 757             return null;\r
 758         }\r
 759     }\r
 760 \r
 761     AlignmentPanel[] getAssociatedPanels()\r
 762     {\r
 763       if (applyToAllViews)\r
 764       {\r
 765         return PaintRefresher.getAssociatedPanels(av.getSequenceSetId());\r
 766       }\r
 767       else\r
 768         return new AlignmentPanel[]\r
 769             { ap };\r
 770     }\r
 771 }\r