src/jalview/gui/RotatableCanvas.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import java.util.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 import javax.swing.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.datamodel.*;\r
  28 import jalview.math.*;\r
  29 \r
  30 /**\r
  31  * DOCUMENT ME!\r
  32  *\r
  33  * @author $author$\r
  34  * @version $Revision$\r
  35  */\r
  36 public class RotatableCanvas\r
  37     extends JPanel implements MouseListener,\r
  38     MouseMotionListener, KeyListener\r
  39 {\r
  40   RotatableMatrix idmat = new RotatableMatrix(3, 3);\r
  41   RotatableMatrix objmat = new RotatableMatrix(3, 3);\r
  42   RotatableMatrix rotmat = new RotatableMatrix(3, 3);\r
  43 \r
  44   //RubberbandRectangle rubberband;\r
  45   boolean drawAxes = true;\r
  46   int omx = 0;\r
  47   int mx = 0;\r
  48   int omy = 0;\r
  49   int my = 0;\r
  50   Image img;\r
  51   Graphics ig;\r
  52   Dimension prefsize;\r
  53   float[] centre = new float[3];\r
  54   float[] width = new float[3];\r
  55   float[] max = new float[3];\r
  56   float[] min = new float[3];\r
  57   float maxwidth;\r
  58   float scale;\r
  59   int npoint;\r
  60   Vector points;\r
  61   float[][] orig;\r
  62   float[][] axes;\r
  63   int startx;\r
  64   int starty;\r
  65   int lastx;\r
  66   int lasty;\r
  67   int rectx1;\r
  68   int recty1;\r
  69   int rectx2;\r
  70   int recty2;\r
  71   float scalefactor = 1;\r
  72   AlignViewport av;\r
  73   AlignmentPanel ap;\r
  74   boolean showLabels = false;\r
  75   Color bgColour = Color.black;\r
  76   boolean applyToAllViews = false;\r
  77 \r
  78   //  Controller    controller;\r
  79   public RotatableCanvas(AlignmentPanel ap)\r
  80   {\r
  81     this.av = ap.av;\r
  82     this.ap = ap;\r
  83 \r
  84     addMouseWheelListener(new MouseWheelListener()\r
  85     {\r
  86       public void mouseWheelMoved(MouseWheelEvent e)\r
  87       {\r
  88         if (e.getWheelRotation() > 0)\r
  89         {\r
  90           scale = (float) (scale * 1.1);\r
  91           repaint();\r
  92         }\r
  93 \r
  94         else\r
  95         {\r
  96           scale = (float) (scale * 0.9);\r
  97           repaint();\r
  98         }\r
  99       }\r
 100     });\r
 101 \r
 102   }\r
 103 \r
 104   public void showLabels(boolean b)\r
 105   {\r
 106     showLabels = b;\r
 107     repaint();\r
 108   }\r
 109 \r
 110   public void setPoints(Vector points, int npoint)\r
 111   {\r
 112     this.points = points;\r
 113     this.npoint = npoint;\r
 114     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
 115     ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);\r
 116     ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);\r
 117 \r
 118     prefsize = getPreferredSize();\r
 119     orig = new float[npoint][3];\r
 120 \r
 121     for (int i = 0; i < npoint; i++)\r
 122     {\r
 123       SequencePoint sp = (SequencePoint) points.elementAt(i);\r
 124 \r
 125       for (int j = 0; j < 3; j++)\r
 126       {\r
 127         orig[i][j] = sp.coord[j];\r
 128       }\r
 129     }\r
 130 \r
 131     //Initialize the matrices to identity\r
 132     for (int i = 0; i < 3; i++)\r
 133     {\r
 134       for (int j = 0; j < 3; j++)\r
 135       {\r
 136         if (i != j)\r
 137         {\r
 138           idmat.addElement(i, j, 0);\r
 139           objmat.addElement(i, j, 0);\r
 140           rotmat.addElement(i, j, 0);\r
 141         }\r
 142         else\r
 143         {\r
 144           idmat.addElement(i, j, 0);\r
 145           objmat.addElement(i, j, 0);\r
 146           rotmat.addElement(i, j, 0);\r
 147         }\r
 148       }\r
 149     }\r
 150 \r
 151     axes = new float[3][3];\r
 152     initAxes();\r
 153 \r
 154     findCentre();\r
 155     findWidth();\r
 156 \r
 157     scale = findScale();\r
 158 \r
 159     addMouseListener(this);\r
 160 \r
 161     addMouseMotionListener(this);\r
 162 \r
 163   }\r
 164 \r
 165   public void initAxes()\r
 166   {\r
 167     for (int i = 0; i < 3; i++)\r
 168     {\r
 169       for (int j = 0; j < 3; j++)\r
 170       {\r
 171         if (i != j)\r
 172         {\r
 173           axes[i][j] = 0;\r
 174         }\r
 175         else\r
 176         {\r
 177           axes[i][j] = 1;\r
 178         }\r
 179       }\r
 180     }\r
 181   }\r
 182 \r
 183   /**\r
 184    * DOCUMENT ME!\r
 185    */\r
 186   public void findWidth()\r
 187   {\r
 188     max = new float[3];\r
 189     min = new float[3];\r
 190 \r
 191     max[0] = (float) - 1e30;\r
 192     max[1] = (float) - 1e30;\r
 193     max[2] = (float) - 1e30;\r
 194 \r
 195     min[0] = (float) 1e30;\r
 196     min[1] = (float) 1e30;\r
 197     min[2] = (float) 1e30;\r
 198 \r
 199     for (int i = 0; i < 3; i++)\r
 200     {\r
 201       for (int j = 0; j < npoint; j++)\r
 202       {\r
 203         SequencePoint sp = (SequencePoint) points.elementAt(j);\r
 204 \r
 205         if (sp.coord[i] >= max[i])\r
 206         {\r
 207           max[i] = sp.coord[i];\r
 208         }\r
 209 \r
 210         if (sp.coord[i] <= min[i])\r
 211         {\r
 212           min[i] = sp.coord[i];\r
 213         }\r
 214       }\r
 215     }\r
 216 \r
 217     //    System.out.println("xmax " + max[0] + " min " + min[0]);\r
 218     //System.out.println("ymax " + max[1] + " min " + min[1]);\r
 219     //System.out.println("zmax " + max[2] + " min " + min[2]);\r
 220     width[0] = Math.abs(max[0] - min[0]);\r
 221     width[1] = Math.abs(max[1] - min[1]);\r
 222     width[2] = Math.abs(max[2] - min[2]);\r
 223 \r
 224     maxwidth = width[0];\r
 225 \r
 226     if (width[1] > width[0])\r
 227     {\r
 228       maxwidth = width[1];\r
 229     }\r
 230 \r
 231     if (width[2] > width[1])\r
 232     {\r
 233       maxwidth = width[2];\r
 234     }\r
 235 \r
 236     //System.out.println("Maxwidth = " + maxwidth);\r
 237   }\r
 238 \r
 239   /**\r
 240    * DOCUMENT ME!\r
 241    *\r
 242    * @return DOCUMENT ME!\r
 243    */\r
 244   public float findScale()\r
 245   {\r
 246     int dim;\r
 247     int width;\r
 248     int height;\r
 249 \r
 250     if (getWidth() != 0)\r
 251     {\r
 252       width = getWidth();\r
 253       height = getHeight();\r
 254     }\r
 255     else\r
 256     {\r
 257       width = prefsize.width;\r
 258       height = prefsize.height;\r
 259     }\r
 260 \r
 261     if (width < height)\r
 262     {\r
 263       dim = width;\r
 264     }\r
 265     else\r
 266     {\r
 267       dim = height;\r
 268     }\r
 269 \r
 270     return (float) ( (dim * scalefactor) / (2 * maxwidth));\r
 271   }\r
 272 \r
 273   /**\r
 274    * DOCUMENT ME!\r
 275    */\r
 276   public void findCentre()\r
 277   {\r
 278     //Find centre coordinate\r
 279     findWidth();\r
 280 \r
 281     centre[0] = (max[0] + min[0]) / 2;\r
 282     centre[1] = (max[1] + min[1]) / 2;\r
 283     centre[2] = (max[2] + min[2]) / 2;\r
 284 \r
 285     //    System.out.println("Centre x " + centre[0]);\r
 286     //System.out.println("Centre y " + centre[1]);\r
 287     //System.out.println("Centre z " + centre[2]);\r
 288   }\r
 289 \r
 290   /**\r
 291    * DOCUMENT ME!\r
 292    *\r
 293    * @return DOCUMENT ME!\r
 294    */\r
 295   public Dimension getPreferredSize()\r
 296   {\r
 297     if (prefsize != null)\r
 298     {\r
 299       return prefsize;\r
 300     }\r
 301     else\r
 302     {\r
 303       return new Dimension(400, 400);\r
 304     }\r
 305   }\r
 306 \r
 307   /**\r
 308    * DOCUMENT ME!\r
 309    *\r
 310    * @return DOCUMENT ME!\r
 311    */\r
 312   public Dimension getMinimumSize()\r
 313   {\r
 314     return getPreferredSize();\r
 315   }\r
 316 \r
 317   /**\r
 318    * DOCUMENT ME!\r
 319    *\r
 320    * @param g DOCUMENT ME!\r
 321    */\r
 322   public void paintComponent(Graphics g1)\r
 323   {\r
 324 \r
 325     Graphics2D g = (Graphics2D) g1;\r
 326 \r
 327     g.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 328                        RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 329     if (points == null)\r
 330     {\r
 331       g.setFont(new Font("Verdana", Font.PLAIN, 18));\r
 332       g.drawString("Calculating PCA....", 20, getHeight() / 2);\r
 333     }\r
 334     else\r
 335     {\r
 336       //Only create the image at the beginning -\r
 337       if ( (img == null) || (prefsize.width != getWidth()) ||\r
 338           (prefsize.height != getHeight()))\r
 339       {\r
 340         prefsize.width = getWidth();\r
 341         prefsize.height = getHeight();\r
 342 \r
 343         scale = findScale();\r
 344 \r
 345         //      System.out.println("New scale = " + scale);\r
 346         img = createImage(getWidth(), getHeight());\r
 347         ig = img.getGraphics();\r
 348       }\r
 349 \r
 350       drawBackground(ig, bgColour);\r
 351       drawScene(ig);\r
 352 \r
 353       if (drawAxes == true)\r
 354       {\r
 355         drawAxes(ig);\r
 356       }\r
 357 \r
 358       g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 359     }\r
 360   }\r
 361 \r
 362   /**\r
 363    * DOCUMENT ME!\r
 364    *\r
 365    * @param g DOCUMENT ME!\r
 366    */\r
 367   public void drawAxes(Graphics g)\r
 368   {\r
 369 \r
 370     g.setColor(Color.yellow);\r
 371 \r
 372     for (int i = 0; i < 3; i++)\r
 373     {\r
 374       g.drawLine(getWidth() / 2, getHeight() / 2,\r
 375                  (int) ( (axes[i][0] * scale * max[0]) + (getWidth() / 2)),\r
 376                  (int) ( (axes[i][1] * scale * max[1]) + (getHeight() / 2)));\r
 377     }\r
 378   }\r
 379 \r
 380   /**\r
 381    * DOCUMENT ME!\r
 382    *\r
 383    * @param g DOCUMENT ME!\r
 384    * @param col DOCUMENT ME!\r
 385    */\r
 386   public void drawBackground(Graphics g, Color col)\r
 387   {\r
 388     g.setColor(col);\r
 389     g.fillRect(0, 0, prefsize.width, prefsize.height);\r
 390   }\r
 391 \r
 392   /**\r
 393    * DOCUMENT ME!\r
 394    *\r
 395    * @param g DOCUMENT ME!\r
 396    */\r
 397   public void drawScene(Graphics g1)\r
 398   {\r
 399 \r
 400     Graphics2D g = (Graphics2D) g1;\r
 401 \r
 402     g.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 403                        RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 404 \r
 405     int halfwidth = getWidth() / 2;\r
 406     int halfheight = getHeight() / 2;\r
 407 \r
 408     for (int i = 0; i < npoint; i++)\r
 409     {\r
 410       SequencePoint sp = (SequencePoint) points.elementAt(i);\r
 411       int x = (int) ( (float) (sp.coord[0] - centre[0]) * scale) +\r
 412           halfwidth;\r
 413       int y = (int) ( (float) (sp.coord[1] - centre[1]) * scale) +\r
 414           halfheight;\r
 415       float z = sp.coord[1] - centre[2];\r
 416 \r
 417       if (av.getSequenceColour(sp.sequence) == Color.black)\r
 418       {\r
 419         g.setColor(Color.white);\r
 420       }\r
 421       else\r
 422       {\r
 423         g.setColor(av.getSequenceColour(sp.sequence));\r
 424       }\r
 425 \r
 426       if (av.getSelectionGroup() != null)\r
 427       {\r
 428         if (av.getSelectionGroup().getSequences(null).contains(\r
 429             ( (SequencePoint) points.elementAt(i)).sequence))\r
 430         {\r
 431           g.setColor(Color.gray);\r
 432         }\r
 433       }\r
 434 \r
 435       if (z < 0)\r
 436       {\r
 437         g.setColor(g.getColor().darker());\r
 438       }\r
 439 \r
 440       g.fillRect(x - 3, y - 3, 6, 6);\r
 441       if (showLabels)\r
 442       {\r
 443         g.setColor(Color.red);\r
 444         g.drawString( ( (SequencePoint) points.elementAt(i)).sequence.\r
 445                      getName(),\r
 446                      x - 3, y - 4);\r
 447       }\r
 448     }\r
 449 \r
 450     //    //Now the rectangle\r
 451     //    if (rectx2 != -1 && recty2 != -1) {\r
 452     //      g.setColor(Color.white);\r
 453     //\r
 454     //      g.drawRect(rectx1,recty1,rectx2-rectx1,recty2-recty1);\r
 455     //    }\r
 456   }\r
 457 \r
 458   /**\r
 459    * DOCUMENT ME!\r
 460    *\r
 461    * @return DOCUMENT ME!\r
 462    */\r
 463   public Dimension minimumsize()\r
 464   {\r
 465     return prefsize;\r
 466   }\r
 467 \r
 468   /**\r
 469    * DOCUMENT ME!\r
 470    *\r
 471    * @return DOCUMENT ME!\r
 472    */\r
 473   public Dimension preferredsize()\r
 474   {\r
 475     return prefsize;\r
 476   }\r
 477 \r
 478   /**\r
 479    * DOCUMENT ME!\r
 480    *\r
 481    * @param evt DOCUMENT ME!\r
 482    */\r
 483   public void keyTyped(KeyEvent evt)\r
 484   {\r
 485   }\r
 486 \r
 487   /**\r
 488    * DOCUMENT ME!\r
 489    *\r
 490    * @param evt DOCUMENT ME!\r
 491    */\r
 492   public void keyReleased(KeyEvent evt)\r
 493   {\r
 494   }\r
 495 \r
 496   /**\r
 497    * DOCUMENT ME!\r
 498    *\r
 499    * @param evt DOCUMENT ME!\r
 500    */\r
 501   public void keyPressed(KeyEvent evt)\r
 502   {\r
 503     if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_UP)\r
 504     {\r
 505       scalefactor = (float) (scalefactor * 1.1);\r
 506       scale = findScale();\r
 507     }\r
 508     else if (evt.getKeyCode() == KeyEvent.VK_DOWN)\r
 509     {\r
 510       scalefactor = (float) (scalefactor * 0.9);\r
 511       scale = findScale();\r
 512     }\r
 513     else if (evt.getKeyChar() == 's')\r
 514     {\r
 515       System.err.println("DEBUG: Rectangle selection"); // log.debug\r
 516 \r
 517       if ( (rectx2 != -1) && (recty2 != -1))\r
 518       {\r
 519         rectSelect(rectx1, recty1, rectx2, recty2);\r
 520       }\r
 521     }\r
 522 \r
 523     repaint();\r
 524   }\r
 525 \r
 526   /**\r
 527    * DOCUMENT ME!\r
 528    *\r
 529    * @param evt DOCUMENT ME!\r
 530    */\r
 531   public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
 532   {\r
 533   }\r
 534 \r
 535   /**\r
 536    * DOCUMENT ME!\r
 537    *\r
 538    * @param evt DOCUMENT ME!\r
 539    */\r
 540   public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
 541   {\r
 542   }\r
 543 \r
 544   /**\r
 545    * DOCUMENT ME!\r
 546    *\r
 547    * @param evt DOCUMENT ME!\r
 548    */\r
 549   public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
 550   {\r
 551   }\r
 552 \r
 553   /**\r
 554    * DOCUMENT ME!\r
 555    *\r
 556    * @param evt DOCUMENT ME!\r
 557    */\r
 558   public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 559   {\r
 560   }\r
 561 \r
 562   /**\r
 563    * DOCUMENT ME!\r
 564    *\r
 565    * @param evt DOCUMENT ME!\r
 566    */\r
 567   public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 568   {\r
 569     int x = evt.getX();\r
 570     int y = evt.getY();\r
 571 \r
 572     mx = x;\r
 573     my = y;\r
 574 \r
 575     omx = mx;\r
 576     omy = my;\r
 577 \r
 578     startx = x;\r
 579     starty = y;\r
 580 \r
 581     rectx1 = x;\r
 582     recty1 = y;\r
 583 \r
 584     rectx2 = -1;\r
 585     recty2 = -1;\r
 586 \r
 587     SequenceI found = findPoint(x, y);\r
 588 \r
 589     if (found != null)\r
 590     {\r
 591       AlignmentPanel[] aps = getAssociatedPanels();\r
 592 \r
 593       for (int a = 0; a < aps.length; a++)\r
 594       {\r
 595         if (aps[a].av.getSelectionGroup() != null)\r
 596         {\r
 597           aps[a].av.getSelectionGroup().addOrRemove(found, true);\r
 598         }\r
 599         else\r
 600         {\r
 601           aps[a].av.setSelectionGroup(new SequenceGroup());\r
 602           aps[a].av.getSelectionGroup().addOrRemove(found, true);\r
 603           aps[a].av.getSelectionGroup().setEndRes(\r
 604               aps[a].av.alignment.getWidth() - 1);\r
 605         }\r
 606       }\r
 607 \r
 608       PaintRefresher.Refresh(this, av.getSequenceSetId());\r
 609     }\r
 610 \r
 611     repaint();\r
 612   }\r
 613 \r
 614   // private void fireSequenceSelectionEvent(Selection sel) {\r
 615   //   controller.handleSequenceSelectionEvent(new SequenceSelectionEvent(this,sel));\r
 616   //}\r
 617   public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 618   {\r
 619     SequenceI found = findPoint(evt.getX(), evt.getY());\r
 620 \r
 621     if (found != null)\r
 622     {\r
 623       this.setToolTipText(found.getName());\r
 624     }\r
 625     else\r
 626     {\r
 627       this.setToolTipText(null);\r
 628     }\r
 629   }\r
 630 \r
 631   /**\r
 632    * DOCUMENT ME!\r
 633    *\r
 634    * @param evt DOCUMENT ME!\r
 635    */\r
 636   public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 637   {\r
 638     mx = evt.getX();\r
 639     my = evt.getY();\r
 640 \r
 641     //Check if this is a rectangle drawing drag\r
 642     if ( (evt.getModifiers() & InputEvent.BUTTON2_MASK) != 0)\r
 643     {\r
 644       //      rectx2 = evt.getX();\r
 645       //      recty2 = evt.getY();\r
 646     }\r
 647     else\r
 648     {\r
 649       rotmat.setIdentity();\r
 650 \r
 651       rotmat.rotate( (float) (my - omy), 'x');\r
 652       rotmat.rotate( (float) (mx - omx), 'y');\r
 653 \r
 654       for (int i = 0; i < npoint; i++)\r
 655       {\r
 656         SequencePoint sp = (SequencePoint) points.elementAt(i);\r
 657         sp.coord[0] -= centre[0];\r
 658         sp.coord[1] -= centre[1];\r
 659         sp.coord[2] -= centre[2];\r
 660 \r
 661         //Now apply the rotation matrix\r
 662         sp.coord = rotmat.vectorMultiply(sp.coord);\r
 663 \r
 664         //Now translate back again\r
 665         sp.coord[0] += centre[0];\r
 666         sp.coord[1] += centre[1];\r
 667         sp.coord[2] += centre[2];\r
 668       }\r
 669 \r
 670       for (int i = 0; i < 3; i++)\r
 671       {\r
 672         axes[i] = rotmat.vectorMultiply(axes[i]);\r
 673       }\r
 674 \r
 675       omx = mx;\r
 676       omy = my;\r
 677 \r
 678       paint(this.getGraphics());\r
 679     }\r
 680   }\r
 681 \r
 682   /**\r
 683    * DOCUMENT ME!\r
 684    *\r
 685    * @param x1 DOCUMENT ME!\r
 686    * @param y1 DOCUMENT ME!\r
 687    * @param x2 DOCUMENT ME!\r
 688    * @param y2 DOCUMENT ME!\r
 689    */\r
 690   public void rectSelect(int x1, int y1, int x2, int y2)\r
 691   {\r
 692     for (int i = 0; i < npoint; i++)\r
 693     {\r
 694       SequencePoint sp = (SequencePoint) points.elementAt(i);\r
 695       int tmp1 = (int) ( ( (sp.coord[0] - centre[0]) * scale) +\r
 696                         ( (float) getWidth() / 2.0));\r
 697       int tmp2 = (int) ( ( (sp.coord[1] - centre[1]) * scale) +\r
 698                         ( (float) getHeight() / 2.0));\r
 699 \r
 700       if ( (tmp1 > x1) && (tmp1 < x2) && (tmp2 > y1) && (tmp2 < y2))\r
 701       {\r
 702         if (av != null)\r
 703         {\r
 704           if (!av.getSelectionGroup().getSequences(null).contains(sp.sequence))\r
 705           {\r
 706             av.getSelectionGroup().addSequence(sp.sequence, true);\r
 707           }\r
 708         }\r
 709       }\r
 710     }\r
 711 \r
 712     // if (changedSel) {\r
 713     //    fireSequenceSelectionEvent(av.getSelection());\r
 714     // }\r
 715   }\r
 716 \r
 717   /**\r
 718    * DOCUMENT ME!\r
 719    *\r
 720    * @param x DOCUMENT ME!\r
 721    * @param y DOCUMENT ME!\r
 722    *\r
 723    * @return DOCUMENT ME!\r
 724    */\r
 725   public SequenceI findPoint(int x, int y)\r
 726   {\r
 727     int halfwidth = getWidth() / 2;\r
 728     int halfheight = getHeight() / 2;\r
 729 \r
 730     int found = -1;\r
 731 \r
 732     for (int i = 0; i < npoint; i++)\r
 733     {\r
 734       SequencePoint sp = (SequencePoint) points.elementAt(i);\r
 735       int px = (int) ( (float) (sp.coord[0] - centre[0]) * scale) +\r
 736           halfwidth;\r
 737       int py = (int) ( (float) (sp.coord[1] - centre[1]) * scale) +\r
 738           halfheight;\r
 739 \r
 740       if ( (Math.abs(px - x) < 3) && (Math.abs(py - y) < 3))\r
 741       {\r
 742         found = i;\r
 743       }\r
 744     }\r
 745 \r
 746     if (found != -1)\r
 747     {\r
 748       return ( (SequencePoint) points.elementAt(found)).sequence;\r
 749     }\r
 750     else\r
 751     {\r
 752       return null;\r
 753     }\r
 754   }\r
 755 \r
 756   AlignmentPanel[] getAssociatedPanels()\r
 757   {\r
 758     if (applyToAllViews)\r
 759     {\r
 760       return PaintRefresher.getAssociatedPanels(av.getSequenceSetId());\r
 761     }\r
 762     else\r
 763     {\r
 764       return new AlignmentPanel[]\r
 765           {\r
 766           ap};\r
 767     }\r
 768   }\r
 769 }\r