src/jalview/gui/ScalePanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  24 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  25 import jalview.datamodel.SequenceI;
  26 import jalview.renderer.ScaleRenderer;
  27 import jalview.renderer.ScaleRenderer.ScaleMark;
  28 import jalview.util.MessageManager;
  29 import jalview.util.Platform;
  30
  31 import java.awt.Color;
  32 import java.awt.FontMetrics;
  33 import java.awt.Graphics;
  34 import java.awt.Graphics2D;
  35 import java.awt.RenderingHints;
  36 import java.awt.event.ActionEvent;
  37 import java.awt.event.ActionListener;
  38 import java.awt.event.MouseEvent;
  39 import java.awt.event.MouseListener;
  40 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  41 import java.util.List;
  42
  43 import javax.swing.JMenuItem;
  44 import javax.swing.JPanel;
  45 import javax.swing.JPopupMenu;
  46 import javax.swing.SwingUtilities;
  47 import javax.swing.ToolTipManager;
  48
  49 /**
  50  * The panel containing the sequence ruler (when not in wrapped mode), and
  51  * supports a range of mouse operations to select, hide or reveal columns.
  52  */
  53 public class ScalePanel extends JPanel implements MouseMotionListener,
  54         MouseListener
  55 {
  56   protected int offy = 4;
  57
  58   public int width;
  59
  60   protected AlignViewport av;
  61
  62   AlignmentPanel ap;
  63
  64   boolean stretchingGroup = false;
  65
  66   /*
  67    * min, max hold the extent of a mouse drag action
  68    */
  69   int min;
  70
  71   int max;
  72
  73   boolean mouseDragging = false;
  74
  75   /*
  76    * holds a hidden column range when the mouse is over an adjacent column
  77    */
  78   int[] reveal;
  79
  80   /**
  81    * Constructor
  82    *
  83    * @param av
  84    * @param ap
  85    */
  86   public ScalePanel(AlignViewport av, AlignmentPanel ap)
  87   {
  88     this.av = av;
  89     this.ap = ap;
  90
  91     addMouseListener(this);
  92     addMouseMotionListener(this);
  93   }
  94
  95   /**
  96    * DOCUMENT ME!
  97    *
  98    * @param evt
  99    *          DOCUMENT ME!
 100    */
 101   @Override
 102   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 103   {
 104     int x = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();
 105     final int res;
 106
 107     if (av.hasHiddenColumns())
 108     {
 109       x = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(x);
 110     }
 111
 112     if (x >= av.getAlignment().getWidth())
 113     {
 114       res = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 115     }
 116     else
 117     {
 118       res = x;
 119     }
 120
 121     min = res;
 122     max = res;
 123
 124     if (evt.isPopupTrigger()) // Mac: mousePressed
 125     {
 126       rightMouseButtonPressed(evt, res);
 127     }
 128     else if (SwingUtilities.isRightMouseButton(evt) && !Platform.isAMac())
 129     {
 130       /*
 131        * defer right-mouse click handling to mouse up on Windows
 132        * (where isPopupTrigger() will answer true)
 133        * but accept Cmd-click on Mac which passes isRightMouseButton
 134        */
 135       return;
 136     }
 137     else
 138     {
 139       leftMouseButtonPressed(evt, res);
 140     }
 141   }
 142
 143   /**
 144    * Handles right mouse button press. If pressed in a selected column, opens
 145    * context menu for 'Hide Columns'. If pressed on a hidden columns marker,
 146    * opens context menu for 'Reveal / Reveal All'. Else does nothing.
 147    *
 148    * @param evt
 149    * @param res
 150    */
 151   protected void rightMouseButtonPressed(MouseEvent evt, final int res)
 152   {
 153     JPopupMenu pop = new JPopupMenu();
 154     if (reveal != null)
 155     {
 156       JMenuItem item = new JMenuItem(
 157               MessageManager.getString("label.reveal"));
 158       item.addActionListener(new ActionListener()
 159       {
 160         @Override
 161         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 162         {
 163           av.showColumn(reveal[0]);
 164           reveal = null;
 165           ap.paintAlignment(true);
 166           if (ap.overviewPanel != null)
 167           {
 168             ap.overviewPanel.updateOverviewImage();
 169           }
 170           av.sendSelection();
 171         }
 172       });
 173       pop.add(item);
 174
 175       if (av.getColumnSelection().hasHiddenColumns())
 176       {
 177         item = new JMenuItem(MessageManager.getString("action.reveal_all"));
 178         item.addActionListener(new ActionListener()
 179         {
 180           @Override
 181           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 182           {
 183             av.showAllHiddenColumns();
 184             reveal = null;
 185             ap.paintAlignment(true);
 186             if (ap.overviewPanel != null)
 187             {
 188               ap.overviewPanel.updateOverviewImage();
 189             }
 190             av.sendSelection();
 191           }
 192         });
 193         pop.add(item);
 194       }
 195       pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());
 196     }
 197     else if (av.getColumnSelection().contains(res))
 198     {
 199       JMenuItem item = new JMenuItem(
 200               MessageManager.getString("label.hide_columns"));
 201       item.addActionListener(new ActionListener()
 202       {
 203         @Override
 204         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 205         {
 206           av.hideColumns(res, res);
 207           if (av.getSelectionGroup() != null
 208                   && av.getSelectionGroup().getSize() == av.getAlignment()
 209                           .getHeight())
 210           {
 211             av.setSelectionGroup(null);
 212           }
 213
 214           ap.paintAlignment(true);
 215           if (ap.overviewPanel != null)
 216           {
 217             ap.overviewPanel.updateOverviewImage();
 218           }
 219           av.sendSelection();
 220         }
 221       });
 222       pop.add(item);
 223       pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());
 224     }
 225   }
 226
 227   /**
 228    * Handles left mouse button press
 229    *
 230    * @param evt
 231    * @param res
 232    */
 233   protected void leftMouseButtonPressed(MouseEvent evt, final int res)
 234   {
 235     /*
 236      * Ctrl-click/Cmd-click adds to the selection
 237      * Shift-click extends the selection
 238      */
 239     // TODO Problem: right-click on Windows not reported until mouseReleased?!?
 240     if (!Platform.isControlDown(evt) && !evt.isShiftDown())
 241     {
 242       av.getColumnSelection().clear();
 243     }
 244
 245     av.getColumnSelection().addElement(res);
 246     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 247     // try to be as quick as possible
 248     SequenceI[] iVec = av.getAlignment().getSequencesArray();
 249     for (int i = 0; i < iVec.length; i++)
 250     {
 251       sg.addSequence(iVec[i], false);
 252       iVec[i] = null;
 253     }
 254     iVec = null;
 255     sg.setStartRes(res);
 256     sg.setEndRes(res);
 257
 258     if (evt.isShiftDown())
 259     {
 260       int min = Math.min(av.getColumnSelection().getMin(), res);
 261       int max = Math.max(av.getColumnSelection().getMax(), res);
 262       for (int i = min; i < max; i++)
 263       {
 264         av.getColumnSelection().addElement(i);
 265       }
 266       sg.setStartRes(min);
 267       sg.setEndRes(max);
 268     }
 269     av.setSelectionGroup(sg);
 270     ap.paintAlignment(false);
 271     av.sendSelection();
 272   }
 273
 274   /**
 275    * DOCUMENT ME!
 276    *
 277    * @param evt
 278    *          DOCUMENT ME!
 279    */
 280   @Override
 281   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 282   {
 283     mouseDragging = false;
 284
 285     int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();
 286
 287     if (av.hasHiddenColumns())
 288     {
 289       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);
 290     }
 291
 292     if (res >= av.getAlignment().getWidth())
 293     {
 294       res = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 295     }
 296
 297     if (!stretchingGroup)
 298     {
 299       if (evt.isPopupTrigger()) // Windows: mouseReleased
 300       {
 301         rightMouseButtonPressed(evt, res);
 302       }
 303       else
 304       {
 305         ap.paintAlignment(false);
 306       }
 307       return;
 308     }
 309
 310     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
 311
 312     if (sg != null)
 313     {
 314       if (res > sg.getStartRes())
 315       {
 316         sg.setEndRes(res);
 317       }
 318       else if (res < sg.getStartRes())
 319       {
 320         sg.setStartRes(res);
 321       }
 322     }
 323     stretchingGroup = false;
 324     ap.paintAlignment(false);
 325     av.sendSelection();
 326   }
 327
 328   /**
 329    * DOCUMENT ME!
 330    *
 331    * @param evt
 332    *          DOCUMENT ME!
 333    */
 334   @Override
 335   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 336   {
 337     mouseDragging = true;
 338
 339     int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();
 340     if (res < 0)
 341     {
 342       res = 0;
 343     }
 344
 345     if (av.hasHiddenColumns())
 346     {
 347       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);
 348     }
 349
 350     if (res >= av.getAlignment().getWidth())
 351     {
 352       res = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 353     }
 354
 355     if (res < min)
 356     {
 357       min = res;
 358     }
 359
 360     if (res > max)
 361     {
 362       max = res;
 363     }
 364
 365     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
 366
 367     if (sg != null)
 368     {
 369       stretchingGroup = true;
 370
 371       if (!av.getColumnSelection().contains(res))
 372       {
 373         av.getColumnSelection().addElement(res);
 374       }
 375
 376       if (res > sg.getStartRes())
 377       {
 378         sg.setEndRes(res);
 379       }
 380       if (res < sg.getStartRes())
 381       {
 382         sg.setStartRes(res);
 383       }
 384
 385       int col;
 386       for (int i = min; i <= max; i++)
 387       {
 388         col = i; // av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(i);
 389
 390         if ((col < sg.getStartRes()) || (col > sg.getEndRes()))
 391         {
 392           av.getColumnSelection().removeElement(col);
 393         }
 394         else
 395         {
 396           av.getColumnSelection().addElement(col);
 397         }
 398       }
 399
 400       ap.paintAlignment(false);
 401     }
 402   }
 403
 404   @Override
 405   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 406   {
 407     if (mouseDragging)
 408     {
 409       ap.getSeqPanel().scrollCanvas(null);
 410     }
 411   }
 412
 413   @Override
 414   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 415   {
 416     if (mouseDragging)
 417     {
 418       ap.getSeqPanel().scrollCanvas(evt);
 419     }
 420   }
 421
 422   @Override
 423   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 424   {
 425   }
 426
 427   @Override
 428   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 429   {
 430     this.setToolTipText(null);
 431     reveal = null;
 432     if (!av.hasHiddenColumns())
 433     {
 434       return;
 435     }
 436
 437     int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();
 438
 439     res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);
 440
 441     if (av.getColumnSelection().getHiddenColumns() != null)
 442     {
 443       for (int[] region : av.getColumnSelection().getHiddenColumns())
 444       {
 445         if (res + 1 == region[0] || res - 1 == region[1])
 446         {
 447           reveal = region;
 448           ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);
 449           this.setToolTipText(MessageManager
 450                   .getString("label.reveal_hidden_columns"));
 451           break;
 452         }
 453       }
 454     }
 455     repaint();
 456   }
 457
 458   /**
 459    * DOCUMENT ME!
 460    *
 461    * @param g
 462    *          DOCUMENT ME!
 463    */
 464   @Override
 465   public void paintComponent(Graphics g)
 466   {
 467     drawScale(g, av.getStartRes(), av.getEndRes(), getWidth(), getHeight());
 468   }
 469
 470   // scalewidth will normally be screenwidth,
 471   public void drawScale(Graphics g, int startx, int endx, int width,
 472           int height)
 473   {
 474     Graphics2D gg = (Graphics2D) g;
 475     gg.setFont(av.getFont());
 476
 477     if (av.antiAlias)
 478     {
 479       gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
 480               RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
 481     }
 482
 483     // Fill in the background
 484     gg.setColor(Color.white);
 485     gg.fillRect(0, 0, width, height);
 486     gg.setColor(Color.black);
 487
 488     // Fill the selected columns
 489     ColumnSelection cs = av.getColumnSelection();
 490     int avCharWidth = av.getCharWidth(), avCharHeight = av.getCharHeight();
 491
 492     if (cs != null)
 493     {
 494       gg.setColor(new Color(220, 0, 0));
 495
 496       for (int sel : cs.getSelected())
 497       {
 498         // TODO: JAL-2001 - provide a fast method to list visible selected in a
 499         // given range
 500
 501         if (av.hasHiddenColumns())
 502         {
 503           if (cs.isVisible(sel))
 504           {
 505             sel = cs.findColumnPosition(sel);
 506           }
 507           else
 508           {
 509             continue;
 510           }
 511         }
 512
 513         if ((sel >= startx) && (sel <= endx))
 514         {
 515           gg.fillRect((sel - startx) * avCharWidth, 0, avCharWidth,
 516                   getHeight());
 517         }
 518       }
 519     }
 520
 521     int widthx = 1 + endx - startx;
 522
 523     FontMetrics fm = gg.getFontMetrics(av.getFont());
 524     int y = avCharHeight;
 525     int yOf = fm.getDescent();
 526     y -= yOf;
 527     if (av.hasHiddenColumns())
 528     {
 529       // draw any hidden column markers
 530       gg.setColor(Color.blue);
 531       int res;
 532       if (av.getShowHiddenMarkers()
 533               && av.getColumnSelection().getHiddenColumns() != null)
 534       {
 535         for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns()
 536                 .size(); i++)
 537         {
 538           res = av.getColumnSelection().findHiddenRegionPosition(i)
 539                   - startx;
 540
 541           if (res < 0 || res > widthx)
 542           {
 543             continue;
 544           }
 545
 546           gg.fillPolygon(new int[] {
 547               -1 + res * avCharWidth - avCharHeight / 4,
 548               -1 + res * avCharWidth + avCharHeight / 4,
 549               -1 + res * avCharWidth }, new int[] { y, y, y + 2 * yOf }, 3);
 550         }
 551       }
 552     }
 553     // Draw the scale numbers
 554     gg.setColor(Color.black);
 555
 556     int maxX = 0;
 557     List<ScaleMark> marks = new ScaleRenderer().calculateMarks(av, startx,
 558             endx);
 559
 560     for (ScaleMark mark : marks)
 561     {
 562       boolean major = mark.major;
 563       int mpos = mark.column; // (i - startx - 1)
 564       String mstring = mark.text;
 565       if (mstring != null)
 566       {
 567         if (mpos * avCharWidth > maxX)
 568         {
 569           gg.drawString(mstring, mpos * avCharWidth, y);
 570           maxX = (mpos + 2) * avCharWidth + fm.stringWidth(mstring);
 571         }
 572       }
 573       if (major)
 574       {
 575         gg.drawLine((mpos * avCharWidth) + (avCharWidth / 2), y + 2,
 576                 (mpos * avCharWidth) + (avCharWidth / 2), y + (yOf * 2));
 577       }
 578       else
 579       {
 580         gg.drawLine((mpos * avCharWidth) + (avCharWidth / 2), y + yOf,
 581                 (mpos * avCharWidth) + (avCharWidth / 2), y + (yOf * 2));
 582       }
 583     }
 584   }
 585
 586 }