src/jalview/gui/ScalePanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  24 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  25 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  26 import jalview.datamodel.SequenceI;
  27 import jalview.renderer.ScaleRenderer;
  28 import jalview.renderer.ScaleRenderer.ScaleMark;
  29 import jalview.util.MessageManager;
  30 import jalview.util.Platform;
  31 import jalview.viewmodel.ViewportListenerI;
  32 import jalview.viewmodel.ViewportRanges;
  33
  34 import java.awt.Color;
  35 import java.awt.FontMetrics;
  36 import java.awt.Graphics;
  37 import java.awt.Graphics2D;
  38 import java.awt.RenderingHints;
  39 import java.awt.event.ActionEvent;
  40 import java.awt.event.ActionListener;
  41 import java.awt.event.MouseEvent;
  42 import java.awt.event.MouseListener;
  43 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  44 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  45 import java.util.Iterator;
  46 import java.util.List;
  47
  48 import javax.swing.JMenuItem;
  49 import javax.swing.JPanel;
  50 import javax.swing.JPopupMenu;
  51 import javax.swing.SwingUtilities;
  52 import javax.swing.ToolTipManager;
  53
  54 /**
  55  * The panel containing the sequence ruler (when not in wrapped mode), and
  56  * supports a range of mouse operations to select, hide or reveal columns.
  57  */
  58 public class ScalePanel extends JPanel
  59         implements MouseMotionListener, MouseListener, ViewportListenerI
  60 {
  61   protected int offy = 4;
  62
  63   public int width;
  64
  65   protected AlignViewport av;
  66
  67   AlignmentPanel ap;
  68
  69   boolean stretchingGroup = false;
  70
  71   /*
  72    * min, max hold the extent of a mouse drag action
  73    */
  74   int min;
  75
  76   int max;
  77
  78   boolean mouseDragging = false;
  79
  80   /*
  81    * holds a hidden column range when the mouse is over an adjacent column
  82    */
  83   int[] reveal;
  84
  85   /**
  86    * Constructor
  87    *
  88    * @param av
  89    * @param ap
  90    */
  91   public ScalePanel(AlignViewport av, AlignmentPanel ap)
  92   {
  93     this.av = av;
  94     this.ap = ap;
  95
  96     addMouseListener(this);
  97     addMouseMotionListener(this);
  98
  99     av.getRanges().addPropertyChangeListener(this);
 100   }
 101
 102   /**
 103    * DOCUMENT ME!
 104    *
 105    * @param evt
 106    *          DOCUMENT ME!
 107    */
 108   @Override
 109   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 110   {
 111     int x = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getRanges().getStartRes();
 112     final int res;
 113
 114     if (av.hasHiddenColumns())
 115     {
 116       x = av.getAlignment().getHiddenColumns().adjustForHiddenColumns(x);
 117     }
 118
 119     if (x >= av.getAlignment().getWidth())
 120     {
 121       res = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 122     }
 123     else
 124     {
 125       res = x;
 126     }
 127
 128     min = res;
 129     max = res;
 130
 131     if (evt.isPopupTrigger()) // Mac: mousePressed
 132     {
 133       rightMouseButtonPressed(evt, res);
 134     }
 135     else if (SwingUtilities.isRightMouseButton(evt) && !Platform.isAMac())
 136     {
 137       /*
 138        * defer right-mouse click handling to mouse up on Windows
 139        * (where isPopupTrigger() will answer true)
 140        * but accept Cmd-click on Mac which passes isRightMouseButton
 141        */
 142       return;
 143     }
 144     else
 145     {
 146       leftMouseButtonPressed(evt, res);
 147     }
 148   }
 149
 150   /**
 151    * Handles right mouse button press. If pressed in a selected column, opens
 152    * context menu for 'Hide Columns'. If pressed on a hidden columns marker,
 153    * opens context menu for 'Reveal / Reveal All'. Else does nothing.
 154    *
 155    * @param evt
 156    * @param res
 157    */
 158   protected void rightMouseButtonPressed(MouseEvent evt, final int res)
 159   {
 160     JPopupMenu pop = new JPopupMenu();
 161     if (reveal != null)
 162     {
 163       JMenuItem item = new JMenuItem(
 164               MessageManager.getString("label.reveal"));
 165       item.addActionListener(new ActionListener()
 166       {
 167         @Override
 168         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 169         {
 170           av.showColumn(reveal[0]);
 171           reveal = null;
 172           ap.paintAlignment(true, true);
 173           av.sendSelection();
 174         }
 175       });
 176       pop.add(item);
 177
 178       if (av.getAlignment().getHiddenColumns().hasManyHiddenColumns())
 179       {
 180         item = new JMenuItem(MessageManager.getString("action.reveal_all"));
 181         item.addActionListener(new ActionListener()
 182         {
 183           @Override
 184           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 185           {
 186             av.showAllHiddenColumns();
 187             reveal = null;
 188             ap.paintAlignment(true, true);
 189             av.sendSelection();
 190           }
 191         });
 192         pop.add(item);
 193       }
 194       pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());
 195     }
 196     else if (av.getColumnSelection().contains(res))
 197     {
 198       JMenuItem item = new JMenuItem(
 199               MessageManager.getString("label.hide_columns"));
 200       item.addActionListener(new ActionListener()
 201       {
 202         @Override
 203         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 204         {
 205           av.hideColumns(res, res);
 206           if (av.getSelectionGroup() != null && av.getSelectionGroup()
 207                   .getSize() == av.getAlignment().getHeight())
 208           {
 209             av.setSelectionGroup(null);
 210           }
 211
 212           ap.paintAlignment(true, true);
 213           av.sendSelection();
 214         }
 215       });
 216       pop.add(item);
 217       pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());
 218     }
 219   }
 220
 221   /**
 222    * Handles left mouse button press
 223    *
 224    * @param evt
 225    * @param res
 226    */
 227   protected void leftMouseButtonPressed(MouseEvent evt, final int res)
 228   {
 229     /*
 230      * Ctrl-click/Cmd-click adds to the selection
 231      * Shift-click extends the selection
 232      */
 233     // TODO Problem: right-click on Windows not reported until mouseReleased?!?
 234     if (!Platform.isControlDown(evt) && !evt.isShiftDown())
 235     {
 236       av.getColumnSelection().clear();
 237     }
 238
 239     av.getColumnSelection().addElement(res);
 240     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 241     // try to be as quick as possible
 242     SequenceI[] iVec = av.getAlignment().getSequencesArray();
 243     for (int i = 0; i < iVec.length; i++)
 244     {
 245       sg.addSequence(iVec[i], false);
 246       iVec[i] = null;
 247     }
 248     iVec = null;
 249     sg.setStartRes(res);
 250     sg.setEndRes(res);
 251
 252     if (evt.isShiftDown())
 253     {
 254       int min = Math.min(av.getColumnSelection().getMin(), res);
 255       int max = Math.max(av.getColumnSelection().getMax(), res);
 256       for (int i = min; i < max; i++)
 257       {
 258         av.getColumnSelection().addElement(i);
 259       }
 260       sg.setStartRes(min);
 261       sg.setEndRes(max);
 262     }
 263     av.setSelectionGroup(sg);
 264     ap.paintAlignment(false, false);
 265     av.sendSelection();
 266   }
 267
 268   /**
 269    * DOCUMENT ME!
 270    *
 271    * @param evt
 272    *          DOCUMENT ME!
 273    */
 274   @Override
 275   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 276   {
 277     mouseDragging = false;
 278
 279     int res = (evt.getX() / av.getCharWidth())
 280             + av.getRanges().getStartRes();
 281
 282     if (av.hasHiddenColumns())
 283     {
 284       res = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 285               .adjustForHiddenColumns(res);
 286     }
 287
 288     if (res >= av.getAlignment().getWidth())
 289     {
 290       res = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 291     }
 292
 293     if (!stretchingGroup)
 294     {
 295       if (evt.isPopupTrigger()) // Windows: mouseReleased
 296       {
 297         rightMouseButtonPressed(evt, res);
 298       }
 299       else
 300       {
 301         ap.paintAlignment(false, false);
 302       }
 303       return;
 304     }
 305
 306     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
 307
 308     if (sg != null)
 309     {
 310       if (res > sg.getStartRes())
 311       {
 312         sg.setEndRes(res);
 313       }
 314       else if (res < sg.getStartRes())
 315       {
 316         sg.setStartRes(res);
 317       }
 318     }
 319     stretchingGroup = false;
 320     ap.paintAlignment(false, false);
 321     av.sendSelection();
 322   }
 323
 324   /**
 325    * Action on dragging the mouse in the scale panel is to expand or shrink the
 326    * selection group range (including any hidden columns that it spans)
 327    *
 328    * @param evt
 329    */
 330   @Override
 331   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 332   {
 333     mouseDragging = true;
 334     ColumnSelection cs = av.getColumnSelection();
 335     HiddenColumns hidden = av.getAlignment().getHiddenColumns();
 336
 337     int res = (evt.getX() / av.getCharWidth())
 338             + av.getRanges().getStartRes();
 339     res = Math.max(0, res);
 340     res = hidden.adjustForHiddenColumns(res);
 341     res = Math.min(res, av.getAlignment().getWidth() - 1);
 342     min = Math.min(res, min);
 343     max = Math.max(res, max);
 344
 345     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
 346     if (sg != null)
 347     {
 348       stretchingGroup = true;
 349       cs.stretchGroup(res, sg, min, max);
 350       ap.paintAlignment(false, false);
 351     }
 352   }
 353
 354   @Override
 355   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 356   {
 357     if (mouseDragging)
 358     {
 359       ap.getSeqPanel().scrollCanvas(null);
 360     }
 361   }
 362
 363   @Override
 364   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 365   {
 366     if (mouseDragging)
 367     {
 368       ap.getSeqPanel().scrollCanvas(evt);
 369     }
 370   }
 371
 372   @Override
 373   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 374   {
 375   }
 376
 377   /**
 378    * Creates a tooltip when the mouse is over a hidden columns marker
 379    */
 380   @Override
 381   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 382   {
 383     this.setToolTipText(null);
 384     reveal = null;
 385     if (!av.hasHiddenColumns())
 386     {
 387       return;
 388     }
 389
 390     int res = (evt.getX() / av.getCharWidth())
 391             + av.getRanges().getStartRes();
 392
 393     reveal = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 394             .getRegionWithEdgeAtRes(res);
 395
 396     res = av.getAlignment().getHiddenColumns().adjustForHiddenColumns(res);
 397
 398     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);
 399     this.setToolTipText(
 400             MessageManager.getString("label.reveal_hidden_columns"));
 401     repaint();
 402   }
 403
 404   /**
 405    * DOCUMENT ME!
 406    *
 407    * @param g
 408    *          DOCUMENT ME!
 409    */
 410   @Override
 411   public void paintComponent(Graphics g)
 412   {
 413     /*
 414      * shouldn't get called in wrapped mode as the scale above is
 415      * drawn instead by SeqCanvas.drawNorthScale
 416      */
 417     if (!av.getWrapAlignment())
 418     {
 419       drawScale(g, av.getRanges().getStartRes(), av.getRanges().getEndRes(),
 420               getWidth(), getHeight());
 421     }
 422   }
 423
 424   // scalewidth will normally be screenwidth,
 425   public void drawScale(Graphics g, int startx, int endx, int width,
 426           int height)
 427   {
 428     Graphics2D gg = (Graphics2D) g;
 429     gg.setFont(av.getFont());
 430
 431     if (av.antiAlias)
 432     {
 433       gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
 434               RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
 435     }
 436
 437     // Fill in the background
 438     gg.setColor(Color.white);
 439     gg.fillRect(0, 0, width, height);
 440     gg.setColor(Color.black);
 441
 442     // Fill the selected columns
 443     ColumnSelection cs = av.getColumnSelection();
 444     HiddenColumns hidden = av.getAlignment().getHiddenColumns();
 445     int avCharWidth = av.getCharWidth();
 446     int avCharHeight = av.getCharHeight();
 447
 448     if (cs != null)
 449     {
 450       gg.setColor(new Color(220, 0, 0));
 451
 452       for (int sel : cs.getSelected())
 453       {
 454         // TODO: JAL-2001 - provide a fast method to list visible selected in a
 455         // given range
 456
 457         if (av.hasHiddenColumns())
 458         {
 459           if (hidden.isVisible(sel))
 460           {
 461             sel = hidden.findColumnPosition(sel);
 462           }
 463           else
 464           {
 465             continue;
 466           }
 467         }
 468
 469         if ((sel >= startx) && (sel <= endx))
 470         {
 471           gg.fillRect((sel - startx) * avCharWidth, 0, avCharWidth,
 472                   getHeight());
 473         }
 474       }
 475     }
 476
 477     int widthx = 1 + endx - startx;
 478
 479     FontMetrics fm = gg.getFontMetrics(av.getFont());
 480     int y = avCharHeight;
 481     int yOf = fm.getDescent();
 482     y -= yOf;
 483     if (av.hasHiddenColumns())
 484     {
 485       // draw any hidden column markers
 486       gg.setColor(Color.blue);
 487       int res;
 488
 489       if (av.getShowHiddenMarkers())
 490       {
 491         Iterator<Integer> it = hidden.getBoundedStartIterator(startx,
 492                 startx + widthx + 1);
 493         while (it.hasNext())
 494         {
 495           res = it.next() - startx;
 496
 497           gg.fillPolygon(
 498                   new int[]
 499           { -1 + res * avCharWidth - avCharHeight / 4,
 500               -1 + res * avCharWidth + avCharHeight / 4,
 501               -1 + res * avCharWidth }, new int[]
 502           { y, y, y + 2 * yOf }, 3);
 503         }
 504       }
 505     }
 506     // Draw the scale numbers
 507     gg.setColor(Color.black);
 508
 509     int maxX = 0;
 510     List<ScaleMark> marks = new ScaleRenderer().calculateMarks(av, startx,
 511             endx);
 512
 513     for (ScaleMark mark : marks)
 514     {
 515       boolean major = mark.major;
 516       int mpos = mark.column; // (i - startx - 1)
 517       String mstring = mark.text;
 518       if (mstring != null)
 519       {
 520         if (mpos * avCharWidth > maxX)
 521         {
 522           gg.drawString(mstring, mpos * avCharWidth, y);
 523           maxX = (mpos + 2) * avCharWidth + fm.stringWidth(mstring);
 524         }
 525       }
 526       if (major)
 527       {
 528         gg.drawLine((mpos * avCharWidth) + (avCharWidth / 2), y + 2,
 529                 (mpos * avCharWidth) + (avCharWidth / 2), y + (yOf * 2));
 530       }
 531       else
 532       {
 533         gg.drawLine((mpos * avCharWidth) + (avCharWidth / 2), y + yOf,
 534                 (mpos * avCharWidth) + (avCharWidth / 2), y + (yOf * 2));
 535       }
 536     }
 537   }
 538
 539   @Override
 540   public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 541   {
 542     // Respond to viewport change events (e.g. alignment panel was scrolled)
 543     // Both scrolling and resizing change viewport ranges: scrolling changes
 544     // both start and end points, but resize only changes end values.
 545     // Here we only want to fastpaint on a scroll, with resize using a normal
 546     // paint, so scroll events are identified as changes to the horizontal or
 547     // vertical start value.
 548     if (evt.getPropertyName().equals(ViewportRanges.STARTRES)
 549             || evt.getPropertyName().equals(ViewportRanges.STARTRESANDSEQ)
 550             || evt.getPropertyName().equals(ViewportRanges.MOVE_VIEWPORT))
 551     {
 552       // scroll event, repaint panel
 553       repaint();
 554     }
 555   }
 556
 557 }