src/jalview/gui/ScalePanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import java.awt.Color;
  24 import java.awt.FontMetrics;
  25 import java.awt.Graphics;
  26 import java.awt.Graphics2D;
  27 import java.awt.Point;
  28 import java.awt.RenderingHints;
  29 import java.awt.event.ActionEvent;
  30 import java.awt.event.ActionListener;
  31 import java.awt.event.MouseEvent;
  32 import java.awt.event.MouseListener;
  33 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  34 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  35 import java.util.Iterator;
  36 import java.util.List;
  37
  38 import javax.swing.JMenuItem;
  39 import javax.swing.JPanel;
  40 import javax.swing.JPopupMenu;
  41 import javax.swing.ToolTipManager;
  42
  43 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  44 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  45 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  46 import jalview.renderer.ScaleRenderer;
  47 import jalview.renderer.ScaleRenderer.ScaleMark;
  48 import jalview.util.MessageManager;
  49 import jalview.util.Platform;
  50 import jalview.viewmodel.ViewportListenerI;
  51 import jalview.viewmodel.ViewportRanges;
  52
  53 /**
  54  * The panel containing the sequence ruler (when not in wrapped mode), and
  55  * supports a range of mouse operations to select, hide or reveal columns.
  56  */
  57 public class ScalePanel extends JPanel
  58         implements MouseMotionListener, MouseListener, ViewportListenerI
  59 {
  60   protected int offy = 4;
  61
  62   public int width;
  63
  64   protected AlignViewport av;
  65
  66   AlignmentPanel ap;
  67
  68   boolean stretchingGroup = false;
  69
  70   /*
  71    * min, max hold the extent of a mouse drag action
  72    */
  73   int min;
  74
  75   int max;
  76
  77   boolean mouseDragging = false;
  78
  79   /*
  80    * holds a hidden column range when the mouse is over an adjacent column
  81    */
  82   int[] reveal;
  83
  84   /**
  85    * Constructor
  86    *
  87    * @param av
  88    * @param ap
  89    */
  90   public ScalePanel(AlignViewport av, AlignmentPanel ap)
  91   {
  92     this.av = av;
  93     this.ap = ap;
  94
  95     addMouseListener(this);
  96     addMouseMotionListener(this);
  97
  98     av.getRanges().addPropertyChangeListener(this);
  99   }
 100
 101   /**
 102    * DOCUMENT ME!
 103    *
 104    * @param evt
 105    *          DOCUMENT ME!
 106    */
 107   @Override
 108   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 109   {
 110     int x = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getRanges().getStartRes();
 111     final int res;
 112
 113     if (av.hasHiddenColumns())
 114     {
 115       x = av.getAlignment().getHiddenColumns().visibleToAbsoluteColumn(x);
 116     }
 117     res = Math.min(x, av.getAlignment().getWidth() - 1);
 118
 119     min = res;
 120     max = res;
 121
 122     if (evt.isPopupTrigger()) // Mac: mousePressed
 123     {
 124       rightMouseButtonPressed(evt, res);
 125       return;
 126     }
 127     if (Platform.isWinRightButton(evt))
 128     {
 129       /*
 130        * defer right-mouse click handling to mouse up on Windows
 131        * (where isPopupTrigger() will answer true)
 132        * but accept Cmd-click on Mac which passes isRightMouseButton
 133        */
 134       return;
 135     }
 136     leftMouseButtonPressed(evt, res);
 137   }
 138
 139   /**
 140    * Handles right mouse button press. If pressed in a selected column, opens
 141    * context menu for 'Hide Columns'. If pressed on a hidden columns marker,
 142    * opens context menu for 'Reveal / Reveal All'. Else does nothing.
 143    *
 144    * @param evt
 145    * @param res
 146    */
 147   protected void rightMouseButtonPressed(MouseEvent evt, final int res)
 148   {
 149     JPopupMenu pop = buildPopupMenu(res);
 150     if (pop.getSubElements().length > 0)
 151     {
 152       pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());
 153     }
 154   }
 155
 156   /**
 157    * Builds a popup menu with 'Hide' or 'Reveal' options, or both, or neither
 158    *
 159    * @param res
 160    *          column number (0..)
 161    * @return
 162    */
 163   protected JPopupMenu buildPopupMenu(final int res)
 164   {
 165     JPopupMenu pop = new JPopupMenu();
 166
 167     /*
 168      * logic here depends on 'reveal', set in mouseMoved;
 169      * grab the hidden range in case mouseMoved nulls it later
 170      */
 171     final int[] hiddenRange = reveal;
 172     if (hiddenRange != null)
 173     {
 174       JMenuItem item = new JMenuItem(
 175               MessageManager.getString("label.reveal"));
 176       item.addActionListener(new ActionListener()
 177       {
 178         @Override
 179         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 180         {
 181           av.showColumn(hiddenRange[0]);
 182           reveal = null;
 183           ap.updateLayout();
 184           ap.paintAlignment(true, true);
 185           av.sendSelection();
 186         }
 187       });
 188       pop.add(item);
 189
 190       if (av.getAlignment().getHiddenColumns()
 191               .hasMultiHiddenColumnRegions())
 192       {
 193         item = new JMenuItem(MessageManager.getString("action.reveal_all"));
 194         item.addActionListener(new ActionListener()
 195         {
 196           @Override
 197           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 198           {
 199             av.showAllHiddenColumns();
 200             reveal = null;
 201             ap.updateLayout();
 202             ap.paintAlignment(true, true);
 203             av.sendSelection();
 204           }
 205         });
 206         pop.add(item);
 207       }
 208     }
 209
 210     if (av.getColumnSelection().contains(res))
 211     {
 212       JMenuItem item = new JMenuItem(
 213               MessageManager.getString("label.hide_columns"));
 214       item.addActionListener(new ActionListener()
 215       {
 216         @Override
 217         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 218         {
 219           av.hideColumns(res, res);
 220           if (av.getSelectionGroup() != null && av.getSelectionGroup()
 221                   .getSize() == av.getAlignment().getHeight())
 222           {
 223             av.setSelectionGroup(null);
 224           }
 225
 226           ap.updateLayout();
 227           ap.paintAlignment(true, true);
 228           av.sendSelection();
 229         }
 230       });
 231       pop.add(item);
 232     }
 233     return pop;
 234   }
 235
 236   /**
 237    * Handles left mouse button press
 238    *
 239    * @param evt
 240    * @param res
 241    */
 242   protected void leftMouseButtonPressed(MouseEvent evt, final int res)
 243   {
 244     /*
 245      * Ctrl-click/Cmd-click adds to the selection
 246      * Shift-click extends the selection
 247      */
 248     // TODO Problem: right-click on Windows not reported until mouseReleased?!?
 249     if (!Platform.isControlDown(evt) && !evt.isShiftDown())
 250     {
 251       av.getColumnSelection().clear();
 252     }
 253
 254     av.getColumnSelection().addElement(res);
 255     SequenceGroup sg = new SequenceGroup(av.getAlignment().getSequences());
 256     sg.setStartRes(res);
 257     sg.setEndRes(res);
 258
 259     if (evt.isShiftDown())
 260     {
 261       int min = Math.min(av.getColumnSelection().getMin(), res);
 262       int max = Math.max(av.getColumnSelection().getMax(), res);
 263       for (int i = min; i < max; i++)
 264       {
 265         av.getColumnSelection().addElement(i);
 266       }
 267       sg.setStartRes(min);
 268       sg.setEndRes(max);
 269     }
 270     av.setSelectionGroup(sg);
 271     ap.paintAlignment(false, false);
 272     av.sendSelection();
 273   }
 274
 275   /**
 276    * Action on mouseUp is to set the limit of the current selection group (if
 277    * there is one) and broadcast the selection
 278    *
 279    * @param evt
 280    */
 281   @Override
 282   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 283   {
 284     boolean wasDragging = mouseDragging;
 285     mouseDragging = false;
 286     ap.getSeqPanel().stopScrolling();
 287
 288     // todo res calculation should be a method on AlignViewport
 289     int xCords = Math.max(0, evt.getX()); // prevent negative X coordinates
 290     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 291     int res = (xCords / av.getCharWidth()) + ranges.getStartRes();
 292     res = Math.min(res, ranges.getEndRes());
 293     if (av.hasHiddenColumns())
 294     {
 295       res = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 296               .visibleToAbsoluteColumn(res);
 297     }
 298     res = Math.max(0, res);
 299
 300     if (!stretchingGroup)
 301     {
 302       if (evt.isPopupTrigger()) // Windows: mouseReleased
 303       {
 304         rightMouseButtonPressed(evt, res);
 305       }
 306       else
 307       {
 308         ap.paintAlignment(false, false);
 309       }
 310       return;
 311     }
 312
 313     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
 314
 315     if (sg != null)
 316     {
 317       if (res > sg.getStartRes())
 318       {
 319         sg.setEndRes(res);
 320       }
 321       else if (res < sg.getStartRes())
 322       {
 323         sg.setStartRes(res);
 324       }
 325       if (wasDragging)
 326       {
 327         min = Math.min(res, min);
 328         max = Math.max(res, max);
 329         av.getColumnSelection().stretchGroup(res, sg, min, max);
 330       }
 331     }
 332     stretchingGroup = false;
 333     ap.paintAlignment(false, false);
 334     av.isSelectionGroupChanged(true);
 335     av.isColSelChanged(true);
 336     av.sendSelection();
 337   }
 338
 339   /**
 340    * Action on dragging the mouse in the scale panel is to expand or shrink the
 341    * selection group range (including any hidden columns that it spans). Note
 342    * that the selection is only broadcast at the start of the drag (on
 343    * mousePressed) and at the end (on mouseReleased), to avoid overload
 344    * redrawing of other views.
 345    *
 346    * @param evt
 347    */
 348   @Override
 349   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 350   {
 351     mouseDragging = true;
 352     ColumnSelection cs = av.getColumnSelection();
 353     HiddenColumns hidden = av.getAlignment().getHiddenColumns();
 354
 355     int res = (evt.getX() / av.getCharWidth())
 356             + av.getRanges().getStartRes();
 357     res = Math.max(0, res);
 358     res = hidden.visibleToAbsoluteColumn(res);
 359     res = Math.min(res, av.getAlignment().getWidth() - 1);
 360     min = Math.min(res, min);
 361     max = Math.max(res, max);
 362
 363     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
 364     if (sg != null)
 365     {
 366       stretchingGroup = true;
 367       cs.stretchGroup(res, sg, min, max);
 368       ap.paintAlignment(false, false);
 369     }
 370   }
 371
 372   @Override
 373   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 374   {
 375     if (mouseDragging)
 376     {
 377       mouseDragging = false;
 378       ap.getSeqPanel().stopScrolling();
 379     }
 380   }
 381
 382   /**
 383    * Action on leaving the panel bounds with mouse drag in progress is to start
 384    * scrolling the alignment in the direction of the mouse. To restrict
 385    * scrolling to left-right (not up-down), the y-value of the mouse position is
 386    * replaced with zero.
 387    */
 388   @Override
 389   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 390   {
 391     if (mouseDragging)
 392     {
 393       ap.getSeqPanel().startScrolling(new Point(evt.getX(), 0));
 394     }
 395   }
 396
 397   @Override
 398   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 399   {
 400   }
 401
 402   /**
 403    * Creates a tooltip when the mouse is over a hidden columns marker
 404    */
 405   @Override
 406   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 407   {
 408     this.setToolTipText(null);
 409     reveal = null;
 410     if (!av.hasHiddenColumns())
 411     {
 412       int res = (evt.getX() / av.getCharWidth())
 413               + av.getRanges().getStartRes();
 414       highlightAllStructPos(res);
 415       return;
 416     }
 417
 418     int res = (evt.getX() / av.getCharWidth())
 419             + av.getRanges().getStartRes();
 420
 421     reveal = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 422             .getRegionWithEdgeAtRes(res);
 423
 424     res = av.getAlignment().getHiddenColumns().visibleToAbsoluteColumn(res);
 425     highlightAllStructPos(res);
 426     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);
 427     this.setToolTipText(
 428             MessageManager.getString("label.reveal_hidden_columns"));
 429     repaint();
 430   }
 431
 432   public void highlightAllStructPos(int col)
 433   {
 434     ap.getStructureSelectionManager().highlightPositionsOnMany(
 435             ap.av.getAlignment().getSequencesArray(), new int[]
 436             { col, col }, ap);
 437
 438   }
 439
 440   /**
 441    * DOCUMENT ME!
 442    *
 443    * @param g
 444    *          DOCUMENT ME!
 445    */
 446   @Override
 447   public void paintComponent(Graphics g)
 448   {
 449     // super.paintComponent(g); // BH 2019
 450
 451     /*
 452      * shouldn't get called in wrapped mode as the scale above is
 453      * drawn instead by SeqCanvas.drawNorthScale
 454      */
 455     if (!av.getWrapAlignment())
 456     {
 457       drawScale(g, av.getRanges().getStartRes(), av.getRanges().getEndRes(),
 458               getWidth(), getHeight());
 459     }
 460   }
 461
 462   // scalewidth will normally be screenwidth,
 463   public void drawScale(Graphics g, int startx, int endx, int width,
 464           int height)
 465   {
 466     Graphics2D gg = (Graphics2D) g;
 467     gg.setFont(av.getFont());
 468
 469     if (av.antiAlias)
 470     {
 471       gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
 472               RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
 473     }
 474
 475     // Fill in the background
 476     gg.setColor(Color.white);
 477     gg.fillRect(0, 0, width, height);
 478     gg.setColor(Color.black);
 479
 480     // Fill the selected columns
 481     ColumnSelection cs = av.getColumnSelection();
 482     HiddenColumns hidden = av.getAlignment().getHiddenColumns();
 483     int avCharWidth = av.getCharWidth();
 484     int avCharHeight = av.getCharHeight();
 485
 486     if (cs != null)
 487     {
 488       gg.setColor(new Color(220, 0, 0));
 489
 490       for (int sel : cs.getSelected())
 491       {
 492         // TODO: JAL-2001 - provide a fast method to list visible selected in a
 493         // given range
 494
 495         if (av.hasHiddenColumns())
 496         {
 497           if (hidden.isVisible(sel))
 498           {
 499             sel = hidden.absoluteToVisibleColumn(sel);
 500           }
 501           else
 502           {
 503             continue;
 504           }
 505         }
 506
 507         if ((sel >= startx) && (sel <= endx))
 508         {
 509           gg.fillRect((sel - startx) * avCharWidth, 0, avCharWidth,
 510                   getHeight());
 511         }
 512       }
 513     }
 514
 515     int widthx = 1 + endx - startx;
 516
 517     FontMetrics fm = gg.getFontMetrics(av.getFont());
 518     int y = avCharHeight;
 519     int yOf = fm.getDescent();
 520     y -= yOf;
 521     if (av.hasHiddenColumns())
 522     {
 523       // draw any hidden column markers
 524       gg.setColor(Color.blue);
 525       int res;
 526
 527       if (av.getShowHiddenMarkers())
 528       {
 529         Iterator<Integer> it = hidden.getStartRegionIterator(startx,
 530                 startx + widthx + 1);
 531         while (it.hasNext())
 532         {
 533           res = it.next() - startx;
 534
 535           gg.fillPolygon(
 536                   new int[]
 537                   { -1 + res * avCharWidth - avCharHeight / 4,
 538                       -1 + res * avCharWidth + avCharHeight / 4,
 539                       -1 + res * avCharWidth },
 540                   new int[]
 541                   { y, y, y + 2 * yOf }, 3);
 542         }
 543       }
 544     }
 545     // Draw the scale numbers
 546     gg.setColor(Color.black);
 547
 548     int maxX = 0;
 549     List<ScaleMark> marks = new ScaleRenderer().calculateMarks(av, startx,
 550             endx);
 551
 552     for (ScaleMark mark : marks)
 553     {
 554       boolean major = mark.major;
 555       int mpos = mark.column; // (i - startx - 1)
 556       String mstring = mark.text;
 557       if (mstring != null)
 558       {
 559         if (mpos * avCharWidth > maxX)
 560         {
 561           gg.drawString(mstring, mpos * avCharWidth, y);
 562           maxX = (mpos + 2) * avCharWidth + fm.stringWidth(mstring);
 563         }
 564       }
 565       if (major)
 566       {
 567         gg.drawLine((mpos * avCharWidth) + (avCharWidth / 2), y + 2,
 568                 (mpos * avCharWidth) + (avCharWidth / 2), y + (yOf * 2));
 569       }
 570       else
 571       {
 572         gg.drawLine((mpos * avCharWidth) + (avCharWidth / 2), y + yOf,
 573                 (mpos * avCharWidth) + (avCharWidth / 2), y + (yOf * 2));
 574       }
 575     }
 576   }
 577
 578   @Override
 579   public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 580   {
 581     // Respond to viewport change events (e.g. alignment panel was scrolled)
 582     // Both scrolling and resizing change viewport ranges: scrolling changes
 583     // both start and end points, but resize only changes end values.
 584     // Here we only want to fastpaint on a scroll, with resize using a normal
 585     // paint, so scroll events are identified as changes to the horizontal or
 586     // vertical start value.
 587     if (evt.getPropertyName().equals(ViewportRanges.STARTRES)
 588             || evt.getPropertyName().equals(ViewportRanges.STARTRESANDSEQ)
 589             || evt.getPropertyName().equals(ViewportRanges.MOVE_VIEWPORT))
 590     {
 591       // scroll event, repaint panel
 592
 593       // Call repaint on alignment panel so that repaints from other alignment
 594       // panel components can be aggregated. Otherwise performance of the
 595       // overview
 596       // window and others may be adversely affected.
 597       av.getAlignPanel().repaint();
 598     }
 599   }
 600
 601 }