src/jalview/gui/ScalePanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 \r
  26 import javax.swing.*;\r
  27 \r
  28 \r
  29 /**\r
  30  * DOCUMENT ME!\r
  31  *\r
  32  * @author $author$\r
  33  * @version $Revision$\r
  34  */\r
  35 public class ScalePanel extends JPanel implements MouseMotionListener, MouseListener\r
  36 {\r
  37     protected int offy = 4;\r
  38 \r
  39     /** DOCUMENT ME!! */\r
  40     public int width;\r
  41     protected AlignViewport av;\r
  42     AlignmentPanel ap;\r
  43     boolean stretchingGroup = false;\r
  44     int min; //used by mouseDragged to see if user\r
  45     int max; //used by mouseDragged to see if user\r
  46     boolean mouseDragging = false;\r
  47 \r
  48     // wants to delete columns\r
  49     public ScalePanel(AlignViewport av, AlignmentPanel ap)\r
  50     {\r
  51         this.av = av;\r
  52         this.ap = ap;\r
  53 \r
  54         addMouseListener(this);\r
  55         addMouseMotionListener(this);\r
  56     }\r
  57 \r
  58     /**\r
  59      * DOCUMENT ME!\r
  60      *\r
  61      * @param evt DOCUMENT ME!\r
  62      */\r
  63     public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
  64     {\r
  65         int x = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
  66         final int res;\r
  67 \r
  68         if(av.hasHiddenColumns)\r
  69           res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(x);\r
  70         else\r
  71           res = x;\r
  72 \r
  73         min = res;\r
  74         max = res;\r
  75 \r
  76         if(reveal != null && SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
  77           {\r
  78             JPopupMenu pop = new JPopupMenu();\r
  79             JMenuItem item = new JMenuItem("Reveal");\r
  80             item.addActionListener(new ActionListener()\r
  81             {\r
  82               public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
  83               {\r
  84                 av.showColumn(reveal[0]);\r
  85                 reveal = null;\r
  86                 ap.repaint();\r
  87                 if(ap.overviewPanel != null)\r
  88                     ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
  89               }\r
  90             });\r
  91             pop.add(item);\r
  92 \r
  93             if(av.getColumnSelection().size()>1)\r
  94             {\r
  95               item = new JMenuItem("Reveal All");\r
  96               item.addActionListener(new ActionListener()\r
  97               {\r
  98                 public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
  99                 {\r
 100                   av.showAllHiddenColumns();\r
 101                   reveal = null;\r
 102                   ap.repaint();\r
 103                   if(ap.overviewPanel != null)\r
 104                     ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 105                 }\r
 106               });\r
 107               pop.add(item);\r
 108             }\r
 109 \r
 110             pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 111 \r
 112           }\r
 113         else\r
 114       if (av.getColumnSelection().contains(res))\r
 115         {\r
 116           if( SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
 117           {\r
 118             JPopupMenu pop = new JPopupMenu();\r
 119             JMenuItem item = new JMenuItem("Hide Columns");\r
 120             item.addActionListener(new ActionListener()\r
 121             {\r
 122               public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 123               {\r
 124                 av.hideColumns(res, res);\r
 125                 ap.repaint();\r
 126                 if(ap.overviewPanel != null)\r
 127                   ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 128               }\r
 129             });\r
 130             pop.add(item);\r
 131             pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 132 \r
 133           }\r
 134           else\r
 135           {\r
 136             av.getColumnSelection().removeElement(res);\r
 137             av.setSelectionGroup(null);\r
 138           }\r
 139         }\r
 140         else\r
 141         {\r
 142             av.getColumnSelection().addElement(res);\r
 143             SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 144 \r
 145             for (int i = 0; i < av.alignment.getSequences().size(); i++)\r
 146             {\r
 147                 sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(i), false);\r
 148             }\r
 149 \r
 150             sg.setStartRes(res);\r
 151             sg.setEndRes(res);\r
 152             av.setSelectionGroup(sg);\r
 153         }\r
 154 \r
 155 \r
 156         ap.repaint();\r
 157     }\r
 158 \r
 159     /**\r
 160      * DOCUMENT ME!\r
 161      *\r
 162      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 163      */\r
 164     public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 165     {\r
 166         mouseDragging = false;\r
 167 \r
 168         int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 169 \r
 170         if(res> av.alignment.getWidth())\r
 171         {\r
 172           res = av.alignment.getWidth()-1;\r
 173         }\r
 174 \r
 175         if(av.hasHiddenColumns)\r
 176           res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 177 \r
 178         if (!stretchingGroup)\r
 179         {\r
 180             ap.repaint();\r
 181 \r
 182             return;\r
 183         }\r
 184 \r
 185         SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 186 \r
 187         if (res > sg.getStartRes())\r
 188         {\r
 189             sg.setEndRes(res);\r
 190         }\r
 191         else if (res < sg.getStartRes())\r
 192         {\r
 193             sg.setStartRes(res);\r
 194         }\r
 195 \r
 196         stretchingGroup = false;\r
 197         ap.repaint();\r
 198     }\r
 199 \r
 200     /**\r
 201      * DOCUMENT ME!\r
 202      *\r
 203      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 204      */\r
 205     public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 206     {\r
 207         mouseDragging = true;\r
 208 \r
 209         int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 210         if(res<0)\r
 211           res = 0;\r
 212 \r
 213         if(av.hasHiddenColumns)\r
 214           res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 215 \r
 216 \r
 217         if(res> av.alignment.getWidth())\r
 218         {\r
 219           res = av.alignment.getWidth()-1;\r
 220         }\r
 221 \r
 222         if (res < min)\r
 223         {\r
 224             min = res;\r
 225         }\r
 226 \r
 227         if (res > max)\r
 228         {\r
 229             max = res;\r
 230         }\r
 231 \r
 232 \r
 233 \r
 234         SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 235 \r
 236         if (sg != null)\r
 237         {\r
 238             stretchingGroup = true;\r
 239 \r
 240             if (!av.getColumnSelection().contains(res))\r
 241             {\r
 242                 av.getColumnSelection().addElement(res);\r
 243             }\r
 244 \r
 245             if (res > sg.getStartRes())\r
 246             {\r
 247                 sg.setEndRes(res);\r
 248             }\r
 249             if (res < sg.getStartRes())\r
 250             {\r
 251                 sg.setStartRes(res);\r
 252             }\r
 253 \r
 254             for (int i = min; i <= max; i++)\r
 255             {\r
 256                 if ((i < sg.getStartRes()) || (i > sg.getEndRes()))\r
 257                 {\r
 258                     av.getColumnSelection().removeElement(i);\r
 259                 }\r
 260                 else\r
 261                 {\r
 262                     av.getColumnSelection().addElement(i);\r
 263                 }\r
 264             }\r
 265 \r
 266             ap.repaint();\r
 267         }\r
 268     }\r
 269 \r
 270     public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
 271     {\r
 272       if(mouseDragging)\r
 273         ap.seqPanel.scrollCanvas(null);\r
 274     }\r
 275 \r
 276     public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
 277     {\r
 278       if(mouseDragging)\r
 279         ap.seqPanel.scrollCanvas(evt);\r
 280     }\r
 281 \r
 282     public void mouseClicked(MouseEvent evt){}\r
 283 \r
 284     public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 285     {\r
 286       if(!av.hasHiddenColumns)\r
 287         return;\r
 288 \r
 289       int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 290 \r
 291       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 292 \r
 293       reveal = null;\r
 294       for(int i=0; i<av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size(); i++)\r
 295       {\r
 296         int [] region = (int[])av.getColumnSelection().getHiddenColumns().elementAt(i);\r
 297         if(res+1==region[0] || res-1==region[1])\r
 298         {\r
 299           reveal = region;\r
 300           ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
 301           this.setToolTipText("Reveal Hidden Columns with Right Mouse Button");\r
 302           break;\r
 303         }\r
 304         else\r
 305           this.setToolTipText(null);\r
 306 \r
 307       }\r
 308 \r
 309       repaint();\r
 310     }\r
 311 \r
 312     int [] reveal;\r
 313 \r
 314     /**\r
 315      * DOCUMENT ME!\r
 316      *\r
 317      * @param g DOCUMENT ME!\r
 318      */\r
 319     public void paintComponent(Graphics g)\r
 320     {\r
 321         drawScale(g, av.getStartRes(), av.getEndRes(), getWidth(), getHeight());\r
 322     }\r
 323 \r
 324     // scalewidth will normally be screenwidth,\r
 325     public void drawScale(Graphics g, int startx, int endx, int width,\r
 326         int height)\r
 327     {\r
 328         Graphics2D gg = (Graphics2D) g;\r
 329         gg.setFont(av.getFont());\r
 330 \r
 331         if(av.antiAlias)\r
 332           gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 333                               RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 334 \r
 335         //Fill in the background\r
 336         gg.setColor(Color.white);\r
 337         gg.fillRect(0, 0, width, height);\r
 338         gg.setColor(Color.black);\r
 339 \r
 340         //Fill the selected columns\r
 341         ColumnSelection cs = av.getColumnSelection();\r
 342         gg.setColor(new Color(220, 0, 0));\r
 343 \r
 344         for (int i = 0; i < cs.size(); i++)\r
 345         {\r
 346             int sel = cs.columnAt(i);\r
 347             if(av.hasHiddenColumns)\r
 348                 sel = av.getColumnSelection().findColumnPosition(sel);\r
 349 \r
 350             if ((sel >= startx) && (sel <= endx))\r
 351             {\r
 352                 gg.fillRect((sel - startx) * av.charWidth, 0, av.charWidth,\r
 353                     getHeight());\r
 354             }\r
 355         }\r
 356 \r
 357         // Draw the scale numbers\r
 358         gg.setColor(Color.black);\r
 359 \r
 360         int scalestartx = (startx / 10) * 10;\r
 361 \r
 362         FontMetrics fm = gg.getFontMetrics(av.getFont());\r
 363         int y = av.charHeight - fm.getDescent();\r
 364 \r
 365         if ((scalestartx % 10) == 0)\r
 366         {\r
 367             scalestartx += 5;\r
 368         }\r
 369 \r
 370         String string;\r
 371         int maxX=0;\r
 372 \r
 373         for (int i = scalestartx; i < endx; i += 5)\r
 374         {\r
 375             if ((i % 10) == 0)\r
 376             {\r
 377                 string = String.valueOf(av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(i));\r
 378                 if ( (i - startx - 1) * av.charWidth > maxX)\r
 379                 {\r
 380                   gg.drawString(string,\r
 381                                 (i - startx - 1) * av.charWidth, y);\r
 382                   maxX = (i - startx + 1) * av.charWidth + fm.stringWidth(string);\r
 383                 }\r
 384 \r
 385                 gg.drawLine( (int) ( ( (i - startx - 1) * av.charWidth) +\r
 386                                     (av.charWidth / 2)), y + 2,\r
 387                             (int) ( ( (i - startx - 1) * av.charWidth) +\r
 388                                    (av.charWidth / 2)),\r
 389                             y + (fm.getDescent() * 2));\r
 390 \r
 391             }\r
 392             else\r
 393             {\r
 394                 gg.drawLine((int) (((i - startx - 1) * av.charWidth) +\r
 395                     (av.charWidth / 2)), y + fm.getDescent(),\r
 396                     (int) (((i - startx - 1) * av.charWidth) +\r
 397                     (av.charWidth / 2)), y + (fm.getDescent() * 2));\r
 398             }\r
 399         }\r
 400 \r
 401         if (av.hasHiddenColumns)\r
 402         {\r
 403           gg.setColor(Color.blue);\r
 404           int res;\r
 405           if(av.getShowHiddenMarkers())\r
 406           {\r
 407             for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size();\r
 408                  i++)\r
 409             {\r
 410 \r
 411               res = av.getColumnSelection().findHiddenRegionPosition(i) -\r
 412                   startx;\r
 413 \r
 414               if(res < 0 || res > endx-scalestartx)\r
 415                 continue;\r
 416 \r
 417               gg.fillPolygon(new int[]\r
 418                              {res * av.charWidth - av.charHeight / 4,\r
 419                              res * av.charWidth + av.charHeight / 4,\r
 420                              res * av.charWidth},\r
 421                              new int[]\r
 422                              {\r
 423                              y - av.charHeight / 2, y - av.charHeight / 2,\r
 424                              y + 8\r
 425               }, 3);\r
 426 \r
 427             }\r
 428           }\r
 429 \r
 430           if (reveal != null && reveal[0] > startx && reveal[0] < endx)\r
 431           {\r
 432             gg.drawString("Reveal Columns", reveal[0] * av.charWidth, 0);\r
 433           }\r
 434         }\r
 435 \r
 436 \r
 437     }\r
 438 }\r