src/jalview/gui/ScalePanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  24 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  25 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  26 import jalview.renderer.ScaleRenderer;
  27 import jalview.renderer.ScaleRenderer.ScaleMark;
  28 import jalview.util.MessageManager;
  29 import jalview.util.Platform;
  30 import jalview.viewmodel.ViewportListenerI;
  31 import jalview.viewmodel.ViewportRanges;
  32
  33 import java.awt.Color;
  34 import java.awt.FontMetrics;
  35 import java.awt.Graphics;
  36 import java.awt.Graphics2D;
  37 import java.awt.Point;
  38 import java.awt.RenderingHints;
  39 import java.awt.event.ActionEvent;
  40 import java.awt.event.ActionListener;
  41 import java.awt.event.MouseEvent;
  42 import java.awt.event.MouseListener;
  43 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  44 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  45 import java.util.Iterator;
  46 import java.util.List;
  47
  48 import javax.swing.JMenuItem;
  49 import javax.swing.JPanel;
  50 import javax.swing.JPopupMenu;
  51 import javax.swing.SwingUtilities;
  52 import javax.swing.ToolTipManager;
  53
  54 /**
  55  * The panel containing the sequence ruler (when not in wrapped mode), and
  56  * supports a range of mouse operations to select, hide or reveal columns.
  57  */
  58 public class ScalePanel extends JPanel
  59         implements MouseMotionListener, MouseListener, ViewportListenerI
  60 {
  61   protected int offy = 4;
  62
  63   public int width;
  64
  65   protected AlignViewport av;
  66
  67   AlignmentPanel ap;
  68
  69   boolean stretchingGroup = false;
  70
  71   /*
  72    * min, max hold the extent of a mouse drag action
  73    */
  74   int min;
  75
  76   int max;
  77
  78   boolean mouseDragging = false;
  79
  80   /*
  81    * holds a hidden column range when the mouse is over an adjacent column
  82    */
  83   int[] reveal;
  84
  85   /**
  86    * Constructor
  87    *
  88    * @param av
  89    * @param ap
  90    */
  91   public ScalePanel(AlignViewport av, AlignmentPanel ap)
  92   {
  93     this.av = av;
  94     this.ap = ap;
  95
  96     addMouseListener(this);
  97     addMouseMotionListener(this);
  98
  99     av.getRanges().addPropertyChangeListener(this);
 100   }
 101
 102   /**
 103    * DOCUMENT ME!
 104    *
 105    * @param evt
 106    *          DOCUMENT ME!
 107    */
 108   @Override
 109   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 110   {
 111     int x = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getRanges().getStartRes();
 112     final int res;
 113
 114     if (av.hasHiddenColumns())
 115     {
 116       x = av.getAlignment().getHiddenColumns().visibleToAbsoluteColumn(x);
 117     }
 118
 119     if (x >= av.getAlignment().getWidth())
 120     {
 121       res = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 122     }
 123     else
 124     {
 125       res = x;
 126     }
 127
 128     min = res;
 129     max = res;
 130
 131     if (evt.isPopupTrigger()) // Mac: mousePressed
 132     {
 133       rightMouseButtonPressed(evt, res);
 134       return;
 135     }
 136     if (Platform.isWinRightButton(evt))
 137     {
 138       /*
 139        * defer right-mouse click handling to mouse up on Windows
 140        * (where isPopupTrigger() will answer true)
 141        * but accept Cmd-click on Mac which passes isRightMouseButton
 142        */
 143       return;
 144     }
 145     leftMouseButtonPressed(evt, res);
 146   }
 147
 148   /**
 149    * Handles right mouse button press. If pressed in a selected column, opens
 150    * context menu for 'Hide Columns'. If pressed on a hidden columns marker,
 151    * opens context menu for 'Reveal / Reveal All'. Else does nothing.
 152    *
 153    * @param evt
 154    * @param res
 155    */
 156   protected void rightMouseButtonPressed(MouseEvent evt, final int res)
 157   {
 158     JPopupMenu pop = new JPopupMenu();
 159
 160     /*
 161      * grab the hidden range in case mouseMoved nulls it
 162      */
 163     final int[] hiddenRange = reveal;
 164     if (hiddenRange != null)
 165     {
 166       JMenuItem item = new JMenuItem(
 167               MessageManager.getString("label.reveal"));
 168       item.addActionListener(new ActionListener()
 169       {
 170         @Override
 171         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 172         {
 173           av.showColumn(hiddenRange[0]);
 174           reveal = null;
 175           ap.updateLayout();
 176           ap.paintAlignment(true, true);
 177           av.sendSelection();
 178         }
 179       });
 180       pop.add(item);
 181
 182       if (av.getAlignment().getHiddenColumns().hasMultiHiddenColumnRegions())
 183       {
 184         item = new JMenuItem(MessageManager.getString("action.reveal_all"));
 185         item.addActionListener(new ActionListener()
 186         {
 187           @Override
 188           public void actionPerformed(ActionEvent e)
 189           {
 190             av.showAllHiddenColumns();
 191             reveal = null;
 192             ap.updateLayout();
 193             ap.paintAlignment(true, true);
 194             av.sendSelection();
 195           }
 196         });
 197         pop.add(item);
 198       }
 199       pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());
 200     }
 201     else if (av.getColumnSelection().contains(res))
 202     {
 203       JMenuItem item = new JMenuItem(
 204               MessageManager.getString("label.hide_columns"));
 205       item.addActionListener(new ActionListener()
 206       {
 207         @Override
 208         public void actionPerformed(ActionEvent e)
 209         {
 210           av.hideColumns(res, res);
 211           if (av.getSelectionGroup() != null && av.getSelectionGroup()
 212                   .getSize() == av.getAlignment().getHeight())
 213           {
 214             av.setSelectionGroup(null);
 215           }
 216
 217           ap.updateLayout();
 218           ap.paintAlignment(true, true);
 219           av.sendSelection();
 220         }
 221       });
 222       pop.add(item);
 223       pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());
 224     }
 225   }
 226
 227   /**
 228    * Handles left mouse button press
 229    *
 230    * @param evt
 231    * @param res
 232    */
 233   protected void leftMouseButtonPressed(MouseEvent evt, final int res)
 234   {
 235     /*
 236      * Ctrl-click/Cmd-click adds to the selection
 237      * Shift-click extends the selection
 238      */
 239     // TODO Problem: right-click on Windows not reported until mouseReleased?!?
 240     if (!Platform.isControlDown(evt) && !evt.isShiftDown())
 241     {
 242       av.getColumnSelection().clear();
 243     }
 244
 245     av.getColumnSelection().addElement(res);
 246     SequenceGroup sg = new SequenceGroup(av.getAlignment().getSequences());
 247     sg.setStartRes(res);
 248     sg.setEndRes(res);
 249
 250     if (evt.isShiftDown())
 251     {
 252       int min = Math.min(av.getColumnSelection().getMin(), res);
 253       int max = Math.max(av.getColumnSelection().getMax(), res);
 254       for (int i = min; i < max; i++)
 255       {
 256         av.getColumnSelection().addElement(i);
 257       }
 258       sg.setStartRes(min);
 259       sg.setEndRes(max);
 260     }
 261     av.setSelectionGroup(sg);
 262     ap.paintAlignment(false, false);
 263     av.sendSelection();
 264   }
 265
 266   /**
 267    * Action on mouseUp is to set the limit of the current selection group (if
 268    * there is one) and broadcast the selection
 269    *
 270    * @param evt
 271    */
 272   @Override
 273   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 274   {
 275     boolean wasDragging = mouseDragging;
 276     mouseDragging = false;
 277     ap.getSeqPanel().stopScrolling();
 278
 279     // todo res calculation should be a method on AlignViewport
 280     int xCords = Math.max(0, evt.getX()); // prevent negative X coordinates
 281     int res = (xCords / av.getCharWidth())
 282             + av.getRanges().getStartRes();
 283
 284     if (av.hasHiddenColumns())
 285     {
 286       res = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 287               .visibleToAbsoluteColumn(res);
 288     }
 289     res = Math.min(res, av.getRanges().getEndRes());
 290     res = Math.max(0, res);
 291
 292     if (!stretchingGroup)
 293     {
 294       if (evt.isPopupTrigger()) // Windows: mouseReleased
 295       {
 296         rightMouseButtonPressed(evt, res);
 297       }
 298       else
 299       {
 300         ap.paintAlignment(false, false);
 301       }
 302       return;
 303     }
 304
 305     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
 306
 307     if (sg != null)
 308     {
 309       if (res > sg.getStartRes())
 310       {
 311         sg.setEndRes(res);
 312       }
 313       else if (res < sg.getStartRes())
 314       {
 315         sg.setStartRes(res);
 316       }
 317       if (wasDragging)
 318       {
 319         min = Math.min(res, min);
 320         max = Math.max(res, max);
 321         av.getColumnSelection().stretchGroup(res, sg, min, max);
 322       }
 323     }
 324     stretchingGroup = false;
 325     ap.paintAlignment(false, false);
 326     av.isSelectionGroupChanged(true);
 327     av.isColSelChanged(true);
 328     av.sendSelection();
 329   }
 330
 331   /**
 332    * Action on dragging the mouse in the scale panel is to expand or shrink the
 333    * selection group range (including any hidden columns that it spans). Note
 334    * that the selection is only broadcast at the start of the drag (on
 335    * mousePressed) and at the end (on mouseReleased), to avoid overload
 336    * redrawing of other views.
 337    *
 338    * @param evt
 339    */
 340   @Override
 341   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 342   {
 343     mouseDragging = true;
 344     ColumnSelection cs = av.getColumnSelection();
 345     HiddenColumns hidden = av.getAlignment().getHiddenColumns();
 346
 347     int res = (evt.getX() / av.getCharWidth())
 348             + av.getRanges().getStartRes();
 349     res = Math.max(0, res);
 350     res = hidden.visibleToAbsoluteColumn(res);
 351     res = Math.min(res, av.getAlignment().getWidth() - 1);
 352     min = Math.min(res, min);
 353     max = Math.max(res, max);
 354
 355     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
 356     if (sg != null)
 357     {
 358       stretchingGroup = true;
 359       cs.stretchGroup(res, sg, min, max);
 360       ap.paintAlignment(false, false);
 361     }
 362   }
 363
 364   @Override
 365   public void mouseEntered(MouseEvent evt)
 366   {
 367     if (mouseDragging)
 368     {
 369       mouseDragging = false;
 370       ap.getSeqPanel().stopScrolling();
 371     }
 372   }
 373
 374   /**
 375    * Action on leaving the panel bounds with mouse drag in progress is to start
 376    * scrolling the alignment in the direction of the mouse. To restrict
 377    * scrolling to left-right (not up-down), the y-value of the mouse position is
 378    * replaced with zero.
 379    */
 380   @Override
 381   public void mouseExited(MouseEvent evt)
 382   {
 383     if (mouseDragging)
 384     {
 385       ap.getSeqPanel().startScrolling(new Point(evt.getX(), 0));
 386     }
 387   }
 388
 389   @Override
 390   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
 391   {
 392   }
 393
 394   /**
 395    * Creates a tooltip when the mouse is over a hidden columns marker
 396    */
 397   @Override
 398   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 399   {
 400     this.setToolTipText(null);
 401     reveal = null;
 402     if (!av.hasHiddenColumns())
 403     {
 404       return;
 405     }
 406
 407     int res = (evt.getX() / av.getCharWidth())
 408             + av.getRanges().getStartRes();
 409
 410     reveal = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 411             .getRegionWithEdgeAtRes(res);
 412
 413     res = av.getAlignment().getHiddenColumns().visibleToAbsoluteColumn(res);
 414
 415     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);
 416     this.setToolTipText(
 417             MessageManager.getString("label.reveal_hidden_columns"));
 418     repaint();
 419   }
 420
 421   /**
 422    * DOCUMENT ME!
 423    *
 424    * @param g
 425    *          DOCUMENT ME!
 426    */
 427   @Override
 428   public void paintComponent(Graphics g)
 429   {
 430     //super.paintComponent(g);  // BH 2019
 431
 432     /*
 433      * shouldn't get called in wrapped mode as the scale above is
 434      * drawn instead by SeqCanvas.drawNorthScale
 435      */
 436     if (!av.getWrapAlignment())
 437     {
 438       drawScale(g, av.getRanges().getStartRes(), av.getRanges().getEndRes(),
 439               getWidth(), getHeight());
 440     }
 441   }
 442
 443   // scalewidth will normally be screenwidth,
 444   public void drawScale(Graphics g, int startx, int endx, int width,
 445           int height)
 446   {
 447     Graphics2D gg = (Graphics2D) g;
 448     gg.setFont(av.getFont());
 449
 450     if (av.antiAlias)
 451     {
 452       gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
 453               RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
 454     }
 455
 456     // Fill in the background
 457     gg.setColor(Color.white);
 458     gg.fillRect(0, 0, width, height);
 459     gg.setColor(Color.black);
 460
 461     // Fill the selected columns
 462     ColumnSelection cs = av.getColumnSelection();
 463     HiddenColumns hidden = av.getAlignment().getHiddenColumns();
 464     int avCharWidth = av.getCharWidth();
 465     int avCharHeight = av.getCharHeight();
 466
 467     if (cs != null)
 468     {
 469       gg.setColor(new Color(220, 0, 0));
 470
 471       for (int sel : cs.getSelected())
 472       {
 473         // TODO: JAL-2001 - provide a fast method to list visible selected in a
 474         // given range
 475
 476         if (av.hasHiddenColumns())
 477         {
 478           if (hidden.isVisible(sel))
 479           {
 480             sel = hidden.absoluteToVisibleColumn(sel);
 481           }
 482           else
 483           {
 484             continue;
 485           }
 486         }
 487
 488         if ((sel >= startx) && (sel <= endx))
 489         {
 490           gg.fillRect((sel - startx) * avCharWidth, 0, avCharWidth,
 491                   getHeight());
 492         }
 493       }
 494     }
 495
 496     int widthx = 1 + endx - startx;
 497
 498     FontMetrics fm = gg.getFontMetrics(av.getFont());
 499     int y = avCharHeight;
 500     int yOf = fm.getDescent();
 501     y -= yOf;
 502     if (av.hasHiddenColumns())
 503     {
 504       // draw any hidden column markers
 505       gg.setColor(Color.blue);
 506       int res;
 507
 508       if (av.getShowHiddenMarkers())
 509       {
 510         Iterator<Integer> it = hidden.getStartRegionIterator(startx,
 511                 startx + widthx + 1);
 512         while (it.hasNext())
 513         {
 514           res = it.next() - startx;
 515
 516           gg.fillPolygon(
 517                   new int[]
 518           { -1 + res * avCharWidth - avCharHeight / 4,
 519               -1 + res * avCharWidth + avCharHeight / 4,
 520               -1 + res * avCharWidth }, new int[]
 521           { y, y, y + 2 * yOf }, 3);
 522         }
 523       }
 524     }
 525     // Draw the scale numbers
 526     gg.setColor(Color.black);
 527
 528     int maxX = 0;
 529     List<ScaleMark> marks = new ScaleRenderer().calculateMarks(av, startx,
 530             endx);
 531
 532     for (ScaleMark mark : marks)
 533     {
 534       boolean major = mark.major;
 535       int mpos = mark.column; // (i - startx - 1)
 536       String mstring = mark.text;
 537       if (mstring != null)
 538       {
 539         if (mpos * avCharWidth > maxX)
 540         {
 541           gg.drawString(mstring, mpos * avCharWidth, y);
 542           maxX = (mpos + 2) * avCharWidth + fm.stringWidth(mstring);
 543         }
 544       }
 545       if (major)
 546       {
 547         gg.drawLine((mpos * avCharWidth) + (avCharWidth / 2), y + 2,
 548                 (mpos * avCharWidth) + (avCharWidth / 2), y + (yOf * 2));
 549       }
 550       else
 551       {
 552         gg.drawLine((mpos * avCharWidth) + (avCharWidth / 2), y + yOf,
 553                 (mpos * avCharWidth) + (avCharWidth / 2), y + (yOf * 2));
 554       }
 555     }
 556   }
 557
 558   @Override
 559   public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 560   {
 561     // Respond to viewport change events (e.g. alignment panel was scrolled)
 562     // Both scrolling and resizing change viewport ranges: scrolling changes
 563     // both start and end points, but resize only changes end values.
 564     // Here we only want to fastpaint on a scroll, with resize using a normal
 565     // paint, so scroll events are identified as changes to the horizontal or
 566     // vertical start value.
 567     if (evt.getPropertyName().equals(ViewportRanges.STARTRES)
 568             || evt.getPropertyName().equals(ViewportRanges.STARTRESANDSEQ)
 569             || evt.getPropertyName().equals(ViewportRanges.MOVE_VIEWPORT))
 570     {
 571       // scroll event, repaint panel
 572
 573         // Call repaint on alignment panel so that repaints from other alignment
 574     // panel components can be aggregated. Otherwise performance of the overview
 575     // window and others may be adversely affected.
 576       av.getAlignPanel().repaint();
 577     }
 578   }
 579
 580 }