src/jalview/gui/ScalePanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2007 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import java.awt.*;\r
  22 import java.awt.event.*;\r
  23 import javax.swing.*;\r
  24 \r
  25 import jalview.datamodel.*;\r
  26 \r
  27 /**\r
  28  * DOCUMENT ME!\r
  29  *\r
  30  * @author $author$\r
  31  * @version $Revision$\r
  32  */\r
  33 public class ScalePanel\r
  34     extends JPanel implements MouseMotionListener, MouseListener\r
  35 {\r
  36   protected int offy = 4;\r
  37 \r
  38   /** DOCUMENT ME!! */\r
  39   public int width;\r
  40   protected AlignViewport av;\r
  41   AlignmentPanel ap;\r
  42   boolean stretchingGroup = false;\r
  43   int min; //used by mouseDragged to see if user\r
  44   int max; //used by mouseDragged to see if user\r
  45   boolean mouseDragging = false;\r
  46 \r
  47   // wants to delete columns\r
  48   public ScalePanel(AlignViewport av, AlignmentPanel ap)\r
  49   {\r
  50     this.av = av;\r
  51     this.ap = ap;\r
  52 \r
  53     addMouseListener(this);\r
  54     addMouseMotionListener(this);\r
  55   }\r
  56 \r
  57   /**\r
  58    * DOCUMENT ME!\r
  59    *\r
  60    * @param evt DOCUMENT ME!\r
  61    */\r
  62   public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
  63   {\r
  64     int x = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
  65     final int res;\r
  66 \r
  67     if (av.hasHiddenColumns)\r
  68     {\r
  69       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(x);\r
  70     }\r
  71     else\r
  72     {\r
  73       res = x;\r
  74     }\r
  75 \r
  76     min = res;\r
  77     max = res;\r
  78 \r
  79     if (SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
  80     {\r
  81       JPopupMenu pop = new JPopupMenu();\r
  82       if (reveal != null)\r
  83       {\r
  84         JMenuItem item = new JMenuItem("Reveal");\r
  85         item.addActionListener(new ActionListener()\r
  86         {\r
  87           public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
  88           {\r
  89             av.showColumn(reveal[0]);\r
  90             reveal = null;\r
  91             ap.paintAlignment(true);\r
  92             if (ap.overviewPanel != null)\r
  93             {\r
  94               ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
  95             }\r
  96           }\r
  97         });\r
  98         pop.add(item);\r
  99 \r
 100         if (av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size() > 1)\r
 101         {\r
 102           item = new JMenuItem("Reveal All");\r
 103           item.addActionListener(new ActionListener()\r
 104           {\r
 105             public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 106             {\r
 107               av.showAllHiddenColumns();\r
 108               reveal = null;\r
 109               ap.paintAlignment(true);\r
 110               if (ap.overviewPanel != null)\r
 111               {\r
 112                 ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 113               }\r
 114             }\r
 115           });\r
 116           pop.add(item);\r
 117         }\r
 118         pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 119       }\r
 120       else if (av.getColumnSelection().contains(res))\r
 121       {\r
 122         JMenuItem item = new JMenuItem("Hide Columns");\r
 123         item.addActionListener(new ActionListener()\r
 124         {\r
 125           public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 126           {\r
 127             av.hideColumns(res, res);\r
 128             if (av.getSelectionGroup() != null\r
 129                 && av.getSelectionGroup().getSize() == av.alignment.getHeight())\r
 130             {\r
 131               av.setSelectionGroup(null);\r
 132             }\r
 133 \r
 134             ap.paintAlignment(true);\r
 135             if (ap.overviewPanel != null)\r
 136             {\r
 137               ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 138             }\r
 139           }\r
 140         });\r
 141         pop.add(item);\r
 142         pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 143       }\r
 144     }\r
 145     else // LEFT MOUSE TO SELECT\r
 146     {\r
 147       if (!evt.isControlDown() && !evt.isShiftDown())\r
 148       {\r
 149         av.getColumnSelection().clear();\r
 150       }\r
 151 \r
 152       av.getColumnSelection().addElement(res);\r
 153       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 154       for (int i = 0; i < av.alignment.getSequences().size(); i++)\r
 155       {\r
 156         sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(i), false);\r
 157       }\r
 158 \r
 159       sg.setStartRes(res);\r
 160       sg.setEndRes(res);\r
 161       av.setSelectionGroup(sg);\r
 162 \r
 163       if (evt.isShiftDown())\r
 164       {\r
 165         int min = Math.min(av.getColumnSelection().getMin(), res);\r
 166         int max = Math.max(av.getColumnSelection().getMax(), res);\r
 167         for (int i = min; i < max; i++)\r
 168         {\r
 169           av.getColumnSelection().addElement(i);\r
 170         }\r
 171         sg.setStartRes(min);\r
 172         sg.setEndRes(max);\r
 173       }\r
 174 \r
 175     }\r
 176 \r
 177     ap.paintAlignment(true);\r
 178   }\r
 179 \r
 180   /**\r
 181    * DOCUMENT ME!\r
 182    *\r
 183    * @param evt DOCUMENT ME!\r
 184    */\r
 185   public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 186   {\r
 187     mouseDragging = false;\r
 188 \r
 189     int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 190 \r
 191     if (res > av.alignment.getWidth())\r
 192     {\r
 193       res = av.alignment.getWidth() - 1;\r
 194     }\r
 195 \r
 196     if (av.hasHiddenColumns)\r
 197     {\r
 198       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 199     }\r
 200 \r
 201     if (!stretchingGroup)\r
 202     {\r
 203       ap.paintAlignment(true);\r
 204 \r
 205       return;\r
 206     }\r
 207 \r
 208     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 209 \r
 210     if (sg != null)\r
 211     {\r
 212       if (res > sg.getStartRes())\r
 213       {\r
 214         sg.setEndRes(res);\r
 215       }\r
 216       else if (res < sg.getStartRes())\r
 217       {\r
 218         sg.setStartRes(res);\r
 219       }\r
 220     }\r
 221     stretchingGroup = false;\r
 222     ap.paintAlignment(true);\r
 223   }\r
 224 \r
 225   /**\r
 226    * DOCUMENT ME!\r
 227    *\r
 228    * @param evt DOCUMENT ME!\r
 229    */\r
 230   public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 231   {\r
 232     mouseDragging = true;\r
 233 \r
 234     int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 235     if (res < 0)\r
 236     {\r
 237       res = 0;\r
 238     }\r
 239 \r
 240     if (av.hasHiddenColumns)\r
 241     {\r
 242       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 243     }\r
 244 \r
 245     if (res > av.alignment.getWidth())\r
 246     {\r
 247       res = av.alignment.getWidth() - 1;\r
 248     }\r
 249 \r
 250     if (res < min)\r
 251     {\r
 252       min = res;\r
 253     }\r
 254 \r
 255     if (res > max)\r
 256     {\r
 257       max = res;\r
 258     }\r
 259 \r
 260     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 261 \r
 262     if (sg != null)\r
 263     {\r
 264       stretchingGroup = true;\r
 265 \r
 266       if (!av.getColumnSelection().contains(res))\r
 267       {\r
 268         av.getColumnSelection().addElement(res);\r
 269       }\r
 270 \r
 271       if (res > sg.getStartRes())\r
 272       {\r
 273         sg.setEndRes(res);\r
 274       }\r
 275       if (res < sg.getStartRes())\r
 276       {\r
 277         sg.setStartRes(res);\r
 278       }\r
 279 \r
 280       int col;\r
 281       for (int i = min; i <= max; i++)\r
 282       {\r
 283         col = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(i);\r
 284 \r
 285         if ( (col < sg.getStartRes()) || (col > sg.getEndRes()))\r
 286         {\r
 287           av.getColumnSelection().removeElement(col);\r
 288         }\r
 289         else\r
 290         {\r
 291           av.getColumnSelection().addElement(col);\r
 292         }\r
 293       }\r
 294 \r
 295       ap.paintAlignment(true);\r
 296     }\r
 297   }\r
 298 \r
 299   public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
 300   {\r
 301     if (mouseDragging)\r
 302     {\r
 303       ap.seqPanel.scrollCanvas(null);\r
 304     }\r
 305   }\r
 306 \r
 307   public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
 308   {\r
 309     if (mouseDragging)\r
 310     {\r
 311       ap.seqPanel.scrollCanvas(evt);\r
 312     }\r
 313   }\r
 314 \r
 315   public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
 316   {}\r
 317 \r
 318   public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 319   {\r
 320     if (!av.hasHiddenColumns)\r
 321     {\r
 322       return;\r
 323     }\r
 324 \r
 325     int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 326 \r
 327     res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 328 \r
 329     reveal = null;\r
 330     for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size(); i++)\r
 331     {\r
 332       int[] region = (int[]) av.getColumnSelection().getHiddenColumns().\r
 333           elementAt(i);\r
 334       if (res + 1 == region[0] || res - 1 == region[1])\r
 335       {\r
 336         reveal = region;\r
 337         ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
 338         this.setToolTipText("Reveal Hidden Columns with Right Mouse Button");\r
 339         break;\r
 340       }\r
 341       else\r
 342       {\r
 343         this.setToolTipText(null);\r
 344       }\r
 345 \r
 346     }\r
 347 \r
 348     repaint();\r
 349   }\r
 350 \r
 351   int[] reveal;\r
 352 \r
 353   /**\r
 354    * DOCUMENT ME!\r
 355    *\r
 356    * @param g DOCUMENT ME!\r
 357    */\r
 358   public void paintComponent(Graphics g)\r
 359   {\r
 360     drawScale(g, av.getStartRes(), av.getEndRes(), getWidth(), getHeight());\r
 361   }\r
 362 \r
 363   // scalewidth will normally be screenwidth,\r
 364   public void drawScale(Graphics g, int startx, int endx, int width,\r
 365                         int height)\r
 366   {\r
 367     Graphics2D gg = (Graphics2D) g;\r
 368     gg.setFont(av.getFont());\r
 369 \r
 370     if (av.antiAlias)\r
 371     {\r
 372       gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 373                           RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 374     }\r
 375 \r
 376     //Fill in the background\r
 377     gg.setColor(Color.white);\r
 378     gg.fillRect(0, 0, width, height);\r
 379     gg.setColor(Color.black);\r
 380 \r
 381     //Fill the selected columns\r
 382     ColumnSelection cs = av.getColumnSelection();\r
 383     gg.setColor(new Color(220, 0, 0));\r
 384 \r
 385     for (int i = 0; i < cs.size(); i++)\r
 386     {\r
 387       int sel = cs.columnAt(i);\r
 388       if (av.hasHiddenColumns)\r
 389       {\r
 390         sel = av.getColumnSelection().findColumnPosition(sel);\r
 391       }\r
 392 \r
 393       if ( (sel >= startx) && (sel <= endx))\r
 394       {\r
 395         gg.fillRect( (sel - startx) * av.charWidth, 0, av.charWidth,\r
 396                     getHeight());\r
 397       }\r
 398     }\r
 399 \r
 400     // Draw the scale numbers\r
 401     gg.setColor(Color.black);\r
 402 \r
 403     int scalestartx = (startx / 10) * 10;\r
 404 \r
 405     FontMetrics fm = gg.getFontMetrics(av.getFont());\r
 406     int y = av.charHeight - fm.getDescent();\r
 407 \r
 408     if ( (scalestartx % 10) == 0)\r
 409     {\r
 410       scalestartx += 5;\r
 411     }\r
 412 \r
 413     String string;\r
 414     int maxX = 0;\r
 415 \r
 416     for (int i = scalestartx; i < endx; i += 5)\r
 417     {\r
 418       if ( (i % 10) == 0)\r
 419       {\r
 420         string = String.valueOf(av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(\r
 421             i));\r
 422         if ( (i - startx - 1) * av.charWidth > maxX)\r
 423         {\r
 424           gg.drawString(string,\r
 425                         (i - startx - 1) * av.charWidth, y);\r
 426           maxX = (i - startx + 1) * av.charWidth + fm.stringWidth(string);\r
 427         }\r
 428 \r
 429         gg.drawLine( (int) ( ( (i - startx - 1) * av.charWidth) +\r
 430                             (av.charWidth / 2)), y + 2,\r
 431                     (int) ( ( (i - startx - 1) * av.charWidth) +\r
 432                            (av.charWidth / 2)),\r
 433                     y + (fm.getDescent() * 2));\r
 434 \r
 435       }\r
 436       else\r
 437       {\r
 438         gg.drawLine( (int) ( ( (i - startx - 1) * av.charWidth) +\r
 439                             (av.charWidth / 2)), y + fm.getDescent(),\r
 440                     (int) ( ( (i - startx - 1) * av.charWidth) +\r
 441                            (av.charWidth / 2)), y + (fm.getDescent() * 2));\r
 442       }\r
 443     }\r
 444 \r
 445     if (av.hasHiddenColumns)\r
 446     {\r
 447       gg.setColor(Color.blue);\r
 448       int res;\r
 449       if (av.getShowHiddenMarkers())\r
 450       {\r
 451         for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size();\r
 452              i++)\r
 453         {\r
 454 \r
 455           res = av.getColumnSelection().findHiddenRegionPosition(i) -\r
 456               startx;\r
 457 \r
 458           if (res < 0 || res > endx - scalestartx)\r
 459           {\r
 460             continue;\r
 461           }\r
 462 \r
 463           gg.fillPolygon(new int[]\r
 464                          {res * av.charWidth - av.charHeight / 4,\r
 465                          res * av.charWidth + av.charHeight / 4,\r
 466                          res * av.charWidth},\r
 467                          new int[]\r
 468                          {\r
 469                          y - av.charHeight / 2, y - av.charHeight / 2,\r
 470                          y + 8\r
 471           }, 3);\r
 472 \r
 473         }\r
 474       }\r
 475 \r
 476       if (reveal != null && reveal[0] > startx && reveal[0] < endx)\r
 477       {\r
 478         gg.drawString("Reveal Columns", reveal[0] * av.charWidth, 0);\r
 479       }\r
 480     }\r
 481 \r
 482   }\r
 483 }\r