src/jalview/gui/ScalePanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2006 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 \r
  26 import javax.swing.*;\r
  27 \r
  28 \r
  29 /**\r
  30  * DOCUMENT ME!\r
  31  *\r
  32  * @author $author$\r
  33  * @version $Revision$\r
  34  */\r
  35 public class ScalePanel extends JPanel implements MouseMotionListener, MouseListener\r
  36 {\r
  37     protected int offy = 4;\r
  38 \r
  39     /** DOCUMENT ME!! */\r
  40     public int width;\r
  41     protected AlignViewport av;\r
  42     AlignmentPanel ap;\r
  43     boolean stretchingGroup = false;\r
  44     int min; //used by mouseDragged to see if user\r
  45     int max; //used by mouseDragged to see if user\r
  46     boolean mouseDragging = false;\r
  47 \r
  48     // wants to delete columns\r
  49     public ScalePanel(AlignViewport av, AlignmentPanel ap)\r
  50     {\r
  51         this.av = av;\r
  52         this.ap = ap;\r
  53 \r
  54         addMouseListener(this);\r
  55         addMouseMotionListener(this);\r
  56     }\r
  57 \r
  58     /**\r
  59      * DOCUMENT ME!\r
  60      *\r
  61      * @param evt DOCUMENT ME!\r
  62      */\r
  63     public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
  64     {\r
  65         int x = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
  66         final int res;\r
  67 \r
  68         if(av.hasHiddenColumns)\r
  69           res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(x);\r
  70         else\r
  71           res = x;\r
  72 \r
  73         min = res;\r
  74         max = res;\r
  75 \r
  76         if (SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
  77         {\r
  78           JPopupMenu pop = new JPopupMenu();\r
  79           if (reveal != null)\r
  80           {\r
  81             JMenuItem item = new JMenuItem("Reveal");\r
  82             item.addActionListener(new ActionListener()\r
  83             {\r
  84               public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
  85               {\r
  86                 av.showColumn(reveal[0]);\r
  87                 reveal = null;\r
  88                 ap.repaint();\r
  89                 if (ap.overviewPanel != null)\r
  90                   ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
  91               }\r
  92             });\r
  93             pop.add(item);\r
  94 \r
  95             if (av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size() > 1)\r
  96             {\r
  97               item = new JMenuItem("Reveal All");\r
  98               item.addActionListener(new ActionListener()\r
  99               {\r
 100                 public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 101                 {\r
 102                   av.showAllHiddenColumns();\r
 103                   reveal = null;\r
 104                   ap.repaint();\r
 105                   if (ap.overviewPanel != null)\r
 106                     ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 107                 }\r
 108               });\r
 109               pop.add(item);\r
 110             }\r
 111             pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 112           }\r
 113           else if (av.getColumnSelection().contains(res))\r
 114           {\r
 115             JMenuItem item = new JMenuItem("Hide Columns");\r
 116             item.addActionListener(new ActionListener()\r
 117             {\r
 118               public void actionPerformed(ActionEvent e)\r
 119               {\r
 120                 av.hideColumns(res, res);\r
 121                 if(av.getSelectionGroup()!=null\r
 122                    && av.getSelectionGroup().getSize(false)==av.alignment.getHeight())\r
 123                   av.setSelectionGroup(null);\r
 124 \r
 125                 ap.repaint();\r
 126                 if (ap.overviewPanel != null)\r
 127                   ap.overviewPanel.updateOverviewImage();\r
 128               }\r
 129             });\r
 130             pop.add(item);\r
 131             pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 132           }\r
 133         }\r
 134         else // LEFT MOUSE TO SELECT\r
 135         {\r
 136           if (!evt.isControlDown() && !evt.isShiftDown())\r
 137           {\r
 138             av.getColumnSelection().clear();\r
 139           }\r
 140 \r
 141           av.getColumnSelection().addElement(res);\r
 142           SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 143           for (int i = 0; i < av.alignment.getSequences().size(); i++)\r
 144           {\r
 145             sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(i), false);\r
 146           }\r
 147 \r
 148           sg.setStartRes(res);\r
 149           sg.setEndRes(res);\r
 150           av.setSelectionGroup(sg);\r
 151 \r
 152           if(evt.isShiftDown())\r
 153           {\r
 154             int min = Math.min(av.getColumnSelection().getMin(), res);\r
 155             int max = Math.max(av.getColumnSelection().getMax(), res);\r
 156             for (int i = min; i<max; i++)\r
 157             {\r
 158                 av.getColumnSelection().addElement(i);\r
 159             }\r
 160             sg.setStartRes(min);\r
 161             sg.setEndRes(max);\r
 162           }\r
 163 \r
 164 \r
 165         }\r
 166 \r
 167 \r
 168         ap.repaint();\r
 169     }\r
 170 \r
 171     /**\r
 172      * DOCUMENT ME!\r
 173      *\r
 174      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 175      */\r
 176     public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 177     {\r
 178         mouseDragging = false;\r
 179 \r
 180         int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 181 \r
 182         if(res> av.alignment.getWidth())\r
 183         {\r
 184           res = av.alignment.getWidth()-1;\r
 185         }\r
 186 \r
 187         if(av.hasHiddenColumns)\r
 188           res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 189 \r
 190         if (!stretchingGroup)\r
 191         {\r
 192             ap.repaint();\r
 193 \r
 194             return;\r
 195         }\r
 196 \r
 197         SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 198 \r
 199         if (res > sg.getStartRes())\r
 200         {\r
 201             sg.setEndRes(res);\r
 202         }\r
 203         else if (res < sg.getStartRes())\r
 204         {\r
 205             sg.setStartRes(res);\r
 206         }\r
 207 \r
 208         stretchingGroup = false;\r
 209         ap.repaint();\r
 210     }\r
 211 \r
 212     /**\r
 213      * DOCUMENT ME!\r
 214      *\r
 215      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 216      */\r
 217     public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 218     {\r
 219         mouseDragging = true;\r
 220 \r
 221         int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 222         if(res<0)\r
 223           res = 0;\r
 224 \r
 225         if(av.hasHiddenColumns)\r
 226           res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 227 \r
 228 \r
 229         if(res> av.alignment.getWidth())\r
 230         {\r
 231           res = av.alignment.getWidth()-1;\r
 232         }\r
 233 \r
 234         if (res < min)\r
 235         {\r
 236             min = res;\r
 237         }\r
 238 \r
 239         if (res > max)\r
 240         {\r
 241             max = res;\r
 242         }\r
 243 \r
 244 \r
 245 \r
 246         SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 247 \r
 248         if (sg != null)\r
 249         {\r
 250             stretchingGroup = true;\r
 251 \r
 252             if (!av.getColumnSelection().contains(res))\r
 253             {\r
 254                 av.getColumnSelection().addElement(res);\r
 255             }\r
 256 \r
 257             if (res > sg.getStartRes())\r
 258             {\r
 259                 sg.setEndRes(res);\r
 260             }\r
 261             if (res < sg.getStartRes())\r
 262             {\r
 263                 sg.setStartRes(res);\r
 264             }\r
 265 \r
 266             for (int i = min; i <= max; i++)\r
 267             {\r
 268                 if ((i < sg.getStartRes()) || (i > sg.getEndRes()))\r
 269                 {\r
 270                     av.getColumnSelection().removeElement(i);\r
 271                 }\r
 272                 else\r
 273                 {\r
 274                     av.getColumnSelection().addElement(i);\r
 275                 }\r
 276             }\r
 277 \r
 278             ap.repaint();\r
 279         }\r
 280     }\r
 281 \r
 282     public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
 283     {\r
 284       if(mouseDragging)\r
 285         ap.seqPanel.scrollCanvas(null);\r
 286     }\r
 287 \r
 288     public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
 289     {\r
 290       if(mouseDragging)\r
 291         ap.seqPanel.scrollCanvas(evt);\r
 292     }\r
 293 \r
 294     public void mouseClicked(MouseEvent evt){}\r
 295 \r
 296     public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 297     {\r
 298       if(!av.hasHiddenColumns)\r
 299         return;\r
 300 \r
 301       int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 302 \r
 303       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 304 \r
 305       reveal = null;\r
 306       for(int i=0; i<av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size(); i++)\r
 307       {\r
 308         int [] region = (int[])av.getColumnSelection().getHiddenColumns().elementAt(i);\r
 309         if(res+1==region[0] || res-1==region[1])\r
 310         {\r
 311           reveal = region;\r
 312           ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
 313           this.setToolTipText("Reveal Hidden Columns with Right Mouse Button");\r
 314           break;\r
 315         }\r
 316         else\r
 317           this.setToolTipText(null);\r
 318 \r
 319       }\r
 320 \r
 321       repaint();\r
 322     }\r
 323 \r
 324     int [] reveal;\r
 325 \r
 326     /**\r
 327      * DOCUMENT ME!\r
 328      *\r
 329      * @param g DOCUMENT ME!\r
 330      */\r
 331     public void paintComponent(Graphics g)\r
 332     {\r
 333         drawScale(g, av.getStartRes(), av.getEndRes(), getWidth(), getHeight());\r
 334     }\r
 335 \r
 336     // scalewidth will normally be screenwidth,\r
 337     public void drawScale(Graphics g, int startx, int endx, int width,\r
 338         int height)\r
 339     {\r
 340         Graphics2D gg = (Graphics2D) g;\r
 341         gg.setFont(av.getFont());\r
 342 \r
 343         if(av.antiAlias)\r
 344           gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 345                               RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 346 \r
 347         //Fill in the background\r
 348         gg.setColor(Color.white);\r
 349         gg.fillRect(0, 0, width, height);\r
 350         gg.setColor(Color.black);\r
 351 \r
 352         //Fill the selected columns\r
 353         ColumnSelection cs = av.getColumnSelection();\r
 354         gg.setColor(new Color(220, 0, 0));\r
 355 \r
 356         for (int i = 0; i < cs.size(); i++)\r
 357         {\r
 358             int sel = cs.columnAt(i);\r
 359             if(av.hasHiddenColumns)\r
 360                 sel = av.getColumnSelection().findColumnPosition(sel);\r
 361 \r
 362             if ((sel >= startx) && (sel <= endx))\r
 363             {\r
 364                 gg.fillRect((sel - startx) * av.charWidth, 0, av.charWidth,\r
 365                     getHeight());\r
 366             }\r
 367         }\r
 368 \r
 369         // Draw the scale numbers\r
 370         gg.setColor(Color.black);\r
 371 \r
 372         int scalestartx = (startx / 10) * 10;\r
 373 \r
 374         FontMetrics fm = gg.getFontMetrics(av.getFont());\r
 375         int y = av.charHeight - fm.getDescent();\r
 376 \r
 377         if ((scalestartx % 10) == 0)\r
 378         {\r
 379             scalestartx += 5;\r
 380         }\r
 381 \r
 382         String string;\r
 383         int maxX=0;\r
 384 \r
 385         for (int i = scalestartx; i < endx; i += 5)\r
 386         {\r
 387             if ((i % 10) == 0)\r
 388             {\r
 389                 string = String.valueOf(av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(i));\r
 390                 if ( (i - startx - 1) * av.charWidth > maxX)\r
 391                 {\r
 392                   gg.drawString(string,\r
 393                                 (i - startx - 1) * av.charWidth, y);\r
 394                   maxX = (i - startx + 1) * av.charWidth + fm.stringWidth(string);\r
 395                 }\r
 396 \r
 397                 gg.drawLine( (int) ( ( (i - startx - 1) * av.charWidth) +\r
 398                                     (av.charWidth / 2)), y + 2,\r
 399                             (int) ( ( (i - startx - 1) * av.charWidth) +\r
 400                                    (av.charWidth / 2)),\r
 401                             y + (fm.getDescent() * 2));\r
 402 \r
 403             }\r
 404             else\r
 405             {\r
 406                 gg.drawLine((int) (((i - startx - 1) * av.charWidth) +\r
 407                     (av.charWidth / 2)), y + fm.getDescent(),\r
 408                     (int) (((i - startx - 1) * av.charWidth) +\r
 409                     (av.charWidth / 2)), y + (fm.getDescent() * 2));\r
 410             }\r
 411         }\r
 412 \r
 413         if (av.hasHiddenColumns)\r
 414         {\r
 415           gg.setColor(Color.blue);\r
 416           int res;\r
 417           if(av.getShowHiddenMarkers())\r
 418           {\r
 419             for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns().size();\r
 420                  i++)\r
 421             {\r
 422 \r
 423               res = av.getColumnSelection().findHiddenRegionPosition(i) -\r
 424                   startx;\r
 425 \r
 426               if(res < 0 || res > endx-scalestartx)\r
 427                 continue;\r
 428 \r
 429               gg.fillPolygon(new int[]\r
 430                              {res * av.charWidth - av.charHeight / 4,\r
 431                              res * av.charWidth + av.charHeight / 4,\r
 432                              res * av.charWidth},\r
 433                              new int[]\r
 434                              {\r
 435                              y - av.charHeight / 2, y - av.charHeight / 2,\r
 436                              y + 8\r
 437               }, 3);\r
 438 \r
 439             }\r
 440           }\r
 441 \r
 442           if (reveal != null && reveal[0] > startx && reveal[0] < endx)\r
 443           {\r
 444             gg.drawString("Reveal Columns", reveal[0] * av.charWidth, 0);\r
 445           }\r
 446         }\r
 447 \r
 448 \r
 449     }\r
 450 }\r