src/jalview/gui/Selection.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import jalview.datamodel.*;\r
   4 \r
   5 import java.util.*;\r
   6 \r
   7 public class Selection\r
   8 {\r
   9 \r
  10   Vector selected = new Vector();\r
  11   AlignViewport av;\r
  12 \r
  13   public Selection(AlignViewport av)\r
  14   {\r
  15     this.av = av;\r
  16   }\r
  17 \r
  18   public void addElement(SequenceI seq) {\r
  19     selected.addElement(seq);\r
  20     SequenceGroup sg = av.getRubberbandGroup();\r
  21     if(sg==null)\r
  22     {\r
  23       sg = new SequenceGroup();\r
  24       sg.setEndRes(av.alignment.getWidth()-1);\r
  25       av.setRubberbandGroup(sg);\r
  26     }\r
  27 \r
  28     sg.addSequence(seq);\r
  29 \r
  30   }\r
  31 \r
  32   public void clear() {\r
  33     selected.removeAllElements();\r
  34   }\r
  35 \r
  36   public void removeElement(SequenceI seq) {\r
  37     if (selected.contains(seq))\r
  38       selected.removeElement(seq);\r
  39     else\r
  40       System.err.println("WARNING: Tried to remove SequenceI NOT in Selection");\r
  41 \r
  42     SequenceGroup sg = av.getRubberbandGroup();\r
  43     if (sg != null)\r
  44       sg.deleteSequence(seq);\r
  45 \r
  46 \r
  47   }\r
  48 \r
  49   public boolean contains(SequenceI seq) {\r
  50     return selected.contains(seq);\r
  51   }\r
  52 \r
  53   public SequenceI sequenceAt(int i) {\r
  54     return (SequenceI)selected.elementAt(i);\r
  55   }\r
  56 \r
  57   public int size() {\r
  58     return selected.size();\r
  59   }\r
  60 \r
  61   public Vector asVector() {\r
  62     return selected;\r
  63   }\r
  64 \r
  65   public void selectAll(AlignmentI align) {\r
  66     for (int i=0;i<align.getSequences().size();i++) {\r
  67       SequenceI seq = align.getSequenceAt(i);\r
  68       if (!contains(seq)) {\r
  69         addElement(seq);\r
  70       }\r
  71     }\r
  72   }\r
  73 }\r