src/jalview/gui/SeqCanvas.java.broken

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.datamodel.SearchResults;
  25 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  26 import jalview.datamodel.SequenceI;
  27
  28 import java.awt.BasicStroke;
  29 import java.awt.BorderLayout;
  30 import java.awt.Color;
  31 import java.awt.FontMetrics;
  32 import java.awt.Graphics;
  33 import java.awt.Graphics2D;
  34 import java.awt.RenderingHints;
  35 import java.awt.Shape;
  36 import java.awt.image.BufferedImage;
  37 import java.util.List;
  38
  39 import javax.swing.JComponent;
  40
  41 /**
  42  * DOCUMENT ME!
  43  *
  44  * @author $author$
  45  * @version $Revision$
  46  */
  47 public class SeqCanvas extends JComponent
  48 {
  49   final FeatureRenderer fr;
  50
  51   final SequenceRenderer sr;
  52
  53   BufferedImage img;
  54
  55   Graphics2D gg;
  56
  57   int imgWidth;
  58
  59   int imgHeight;
  60
  61   AlignViewport av;
  62
  63   SearchResults searchResults = null;
  64
  65   boolean fastPaint = false;
  66
  67   int LABEL_WEST;
  68
  69   int LABEL_EAST;
  70
  71   int cursorX = 0;
  72
  73   int cursorY = 0;
  74
  75   /**
  76    * Creates a new SeqCanvas object.
  77    *
  78    * @param av
  79    *          DOCUMENT ME!
  80    */
  81   public SeqCanvas(AlignmentPanel ap)
  82   {
  83     this.av = ap.av;
  84     updateViewport();
  85     fr = new FeatureRenderer(ap);
  86     sr = new SequenceRenderer(av);
  87     setLayout(new BorderLayout());
  88     PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());
  89     setBackground(Color.white);
  90   }
  91
  92   public SequenceRenderer getSequenceRenderer()
  93   {
  94     return sr;
  95   }
  96
  97   public FeatureRenderer getFeatureRenderer()
  98   {
  99     return fr;
 100   }
 101
 102   int charHeight = 0, charWidth = 0;
 103
 104   private void updateViewport()
 105   {
 106     charHeight = av.getCharHeight();
 107     charWidth = av.getCharWidth();
 108   }
 109
 110   /**
 111    * DOCUMENT ME!
 112    *
 113    * @param g
 114    *          DOCUMENT ME!
 115    * @param startx
 116    *          DOCUMENT ME!
 117    * @param endx
 118    *          DOCUMENT ME!
 119    * @param ypos
 120    *          DOCUMENT ME!
 121    */
 122   private void drawNorthScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 123   {
 124     updateViewport();
 125     int scalestartx = startx - (startx % 10) + 10;
 126
 127     g.setColor(Color.black);
 128     // NORTH SCALE
 129     for (int i = scalestartx; i < endx; i += 10)
 130     {
 131       int value = i;
 132       if (av.hasHiddenColumns())
 133       {
 134         value = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(value);
 135       }
 136
 137       g.drawString(String.valueOf(value), (i - startx - 1) * charWidth,
 138               ypos - (charHeight / 2));
 139
 140       g.drawLine(((i - startx - 1) * charWidth) + (charWidth / 2),
 141               (ypos + 2) - (charHeight / 2), ((i - startx - 1) * charWidth)
 142                       + (charWidth / 2), ypos - 2);
 143     }
 144   }
 145
 146   /**
 147    * DOCUMENT ME!
 148    *
 149    * @param g
 150    *          DOCUMENT ME!
 151    * @param startx
 152    *          DOCUMENT ME!
 153    * @param endx
 154    *          DOCUMENT ME!
 155    * @param ypos
 156    *          DOCUMENT ME!
 157    */
 158   void drawWestScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 159   {
 160     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 161     ypos += charHeight;
 162
 163     if (av.hasHiddenColumns())
 164     {
 165       startx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(startx);
 166       endx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(endx);
 167     }
 168
 169     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth();
 170     if (av.hasHiddenColumns())
 171     {
 172       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;
 173     }
 174
 175     // WEST SCALE
 176     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 177     {
 178       SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 179       int index = startx;
 180       int value = -1;
 181
 182       while (index < endx)
 183       {
 184         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))
 185         {
 186           index++;
 187
 188           continue;
 189         }
 190
 191         value = av.getAlignment().getSequenceAt(i).findPosition(index);
 192
 193         break;
 194       }
 195
 196       if (value != -1)
 197       {
 198         int x = LABEL_WEST - fm.stringWidth(String.valueOf(value))
 199                 - charWidth / 2;
 200         g.drawString(value + "", x, (ypos + (i * charHeight))
 201                 - (charHeight / 5));
 202       }
 203     }
 204   }
 205
 206   /**
 207    * DOCUMENT ME!
 208    *
 209    * @param g
 210    *          DOCUMENT ME!
 211    * @param startx
 212    *          DOCUMENT ME!
 213    * @param endx
 214    *          DOCUMENT ME!
 215    * @param ypos
 216    *          DOCUMENT ME!
 217    */
 218   void drawEastScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 219   {
 220     ypos += charHeight;
 221
 222     if (av.hasHiddenColumns())
 223     {
 224       endx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(endx);
 225     }
 226
 227     SequenceI seq;
 228     // EAST SCALE
 229     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 230     {
 231       seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 232       int index = endx;
 233       int value = -1;
 234
 235       while (index > startx)
 236       {
 237         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))
 238         {
 239           index--;
 240
 241           continue;
 242         }
 243
 244         value = seq.findPosition(index);
 245
 246         break;
 247       }
 248
 249       if (value != -1)
 250       {
 251         g.drawString(String.valueOf(value), 0, (ypos + (i * charHeight))
 252                 - (charHeight / 5));
 253       }
 254     }
 255   }
 256
 257   boolean fastpainting = false;
 258
 259   /**
 260    * need to make this thread safe move alignment rendering in response to
 261    * slider adjustment
 262    *
 263    * @param horizontal
 264    *          shift along
 265    * @param vertical
 266    *          shift up or down in repaint
 267    */
 268   public void fastPaint(int horizontal, int vertical)
 269   {
 270     if (fastpainting || gg == null)
 271     {
 272       return;
 273     }
 274     fastpainting = true;
 275     fastPaint = true;
 276     updateViewport();
 277     gg.copyArea(horizontal * charWidth, vertical * charHeight, imgWidth,
 278             imgHeight, -horizontal * charWidth, -vertical * charHeight);
 279
 280     int sr = av.startRes;
 281     int er = av.endRes;
 282     int ss = av.startSeq;
 283     int es = av.endSeq;
 284     int transX = 0;
 285     int transY = 0;
 286
 287     if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left
 288     {
 289       er++;
 290       transX = (er - sr - horizontal) * charWidth;
 291       sr = er - horizontal;
 292     }
 293     else if (horizontal < 0)
 294     {
 295       er = sr - horizontal - 1;
 296     }
 297     else if (vertical > 0) // scroll down
 298     {
 299       ss = es - vertical;
 300
 301       if (ss < av.startSeq)
 302       { // ie scrolling too fast, more than a page at a time
 303         ss = av.startSeq;
 304       }
 305       else
 306       {
 307         transY = imgHeight - (vertical * charHeight);
 308       }
 309     }
 310     else if (vertical < 0)
 311     {
 312       es = ss - vertical;
 313
 314       if (es > av.endSeq)
 315       {
 316         es = av.endSeq;
 317       }
 318     }
 319
 320     gg.translate(transX, transY);
 321     drawPanel(gg, sr, er, ss, es, 0);
 322     gg.translate(-transX, -transY);
 323
 324     repaint();
 325     fastpainting = false;
 326   }
 327
 328   /**
 329    * Definitions of startx and endx (hopefully): SMJS This is what I'm working
 330    * towards! startx is the first residue (starting at 0) to display. endx is
 331    * the last residue to display (starting at 0). starty is the first sequence
 332    * to display (starting at 0). endy is the last sequence to display (starting
 333    * at 0). NOTE 1: The av limits are set in setFont in this class and in the
 334    * adjustment listener in SeqPanel when the scrollbars move.
 335    */
 336
 337   // Set this to false to force a full panel paint
 338   @Override
 339   public void paintComponent(Graphics g)
 340   {
 341     updateViewport();
 342     BufferedImage lcimg = img; // take reference since other threads may null
 343     // img and call later.
 344     super.paintComponent(g);
 345
 346     if (lcimg != null
 347             && (fastPaint
 348                     || (getVisibleRect().width != g.getClipBounds().width) || (getVisibleRect().height != g
 349                     .getClipBounds().height)))
 350     {
 351       g.drawImage(lcimg, 0, 0, this);
 352       fastPaint = false;
 353       return;
 354     }
 355
 356     // this draws the whole of the alignment
 357     imgWidth = getWidth();
 358     imgHeight = getHeight();
 359
 360     imgWidth -= (imgWidth % charWidth);
 361     imgHeight -= (imgHeight % charHeight);
 362
 363     if ((imgWidth < 1) || (imgHeight < 1))
 364     {
 365       return;
 366     }
 367
 368     if (lcimg == null || imgWidth != lcimg.getWidth()
 369             || imgHeight != lcimg.getHeight())
 370     {
 371       try
 372       {
 373         lcimg = img = new BufferedImage(imgWidth, imgHeight,
 374                 BufferedImage.TYPE_INT_RGB);
 375         gg = (Graphics2D) img.getGraphics();
 376         gg.setFont(av.getFont());
 377       } catch (OutOfMemoryError er)
 378       {
 379         System.gc();
 380         System.err.println("SeqCanvas OutOfMemory Redraw Error.\n" + er);
 381         new OOMWarning("Creating alignment image for display", er);
 382
 383         return;
 384       }
 385     }
 386
 387     if (av.antiAlias)
 388     {
 389       gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
 390               RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
 391     }
 392
 393     gg.setColor(Color.white);
 394     gg.fillRect(0, 0, imgWidth, imgHeight);
 395
 396     if (av.getWrapAlignment())
 397     {
 398       drawWrappedPanel(gg, getWidth(), getHeight(), av.startRes);
 399     }
 400     else
 401     {
 402       drawPanel(gg, av.startRes, av.endRes, av.startSeq, av.endSeq, 0);
 403     }
 404
 405     g.drawImage(lcimg, 0, 0, this);
 406
 407   }
 408
 409   /**
 410    * DOCUMENT ME!
 411    *
 412    * @param cwidth
 413    *          DOCUMENT ME!
 414    *
 415    * @return DOCUMENT ME!
 416    */
 417   public int getWrappedCanvasWidth(int cwidth)
 418   {
 419     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 420
 421     LABEL_EAST = 0;
 422     LABEL_WEST = 0;
 423
 424     if (av.getScaleRightWrapped())
 425     {
 426       LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());
 427     }
 428
 429     if (av.getScaleLeftWrapped())
 430     {
 431       LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());
 432     }
 433
 434     return (cwidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / charWidth;
 435   }
 436
 437   /**
 438    * Generates a string of zeroes.
 439    *
 440    * @return String
 441    */
 442   String getMask()
 443   {
 444     String mask = "00";
 445     int maxWidth = 0;
 446     int tmp;
 447     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 448     {
 449       tmp = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getEnd();
 450       if (tmp > maxWidth)
 451       {
 452         maxWidth = tmp;
 453       }
 454     }
 455
 456     for (int i = maxWidth; i > 0; i /= 10)
 457     {
 458       mask += "0";
 459     }
 460     return mask;
 461   }
 462
 463   /**
 464    * DOCUMENT ME!
 465    *
 466    * @param g
 467    *          DOCUMENT ME!
 468    * @param canvasWidth
 469    *          DOCUMENT ME!
 470    * @param canvasHeight
 471    *          DOCUMENT ME!
 472    * @param startRes
 473    *          DOCUMENT ME!
 474    */
 475   public void drawWrappedPanel(Graphics g, int canvasWidth,
 476           int canvasHeight, int startRes)
 477   {
 478     updateViewport();
 479     AlignmentI al = av.getAlignment();
 480
 481     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 482
 483     if (av.getScaleRightWrapped())
 484     {
 485       LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());
 486     }
 487
 488     if (av.getScaleLeftWrapped())
 489     {
 490       LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());
 491     }
 492
 493     int hgap = charHeight;
 494     if (av.getScaleAboveWrapped())
 495     {
 496       hgap += charHeight;
 497     }
 498
 499     int cWidth = (canvasWidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / charWidth;
 500     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * charHeight;
 501
 502     av.setWrappedWidth(cWidth);
 503
 504     av.endRes = av.startRes + cWidth;
 505
 506     int endx;
 507     int ypos = hgap;
 508     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 509
 510     if (av.hasHiddenColumns())
 511     {
 512       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;
 513     }
 514
 515     while ((ypos <= canvasHeight) && (startRes < maxwidth))
 516     {
 517       endx = startRes + cWidth - 1;
 518
 519       if (endx > maxwidth)
 520       {
 521         endx = maxwidth;
 522       }
 523
 524       g.setFont(av.getFont());
 525       g.setColor(Color.black);
 526
 527       if (av.getScaleLeftWrapped())
 528       {
 529         drawWestScale(g, startRes, endx, ypos);
 530       }
 531
 532       if (av.getScaleRightWrapped())
 533       {
 534         g.translate(canvasWidth - LABEL_EAST, 0);
 535         drawEastScale(g, startRes, endx, ypos);
 536         g.translate(-(canvasWidth - LABEL_EAST), 0);
 537       }
 538
 539       g.translate(LABEL_WEST, 0);
 540
 541       if (av.getScaleAboveWrapped())
 542       {
 543         drawNorthScale(g, startRes, endx, ypos);
 544       }
 545
 546       if (av.hasHiddenColumns() && av.getShowHiddenMarkers())
 547       {
 548         g.setColor(Color.blue);
 549         int res;
 550         for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns()
 551                 .size(); i++)
 552         {
 553           res = av.getColumnSelection().findHiddenRegionPosition(i)
 554                   - startRes;
 555
 556           if (res < 0 || res > endx - startRes)
 557           {
 558             continue;
 559           }
 560
 561           gg.fillPolygon(
 562                   new int[] { res * charWidth - charHeight / 4,
 563                       res * charWidth + charHeight / 4, res * charWidth },
 564                   new int[] { ypos - (charHeight / 2),
 565                       ypos - (charHeight / 2), ypos - (charHeight / 2) + 8 },
 566                   3);
 567
 568         }
 569       }
 570
 571       // When printing we have an extra clipped region,
 572       // the Printable page which we need to account for here
 573       Shape clip = g.getClip();
 574
 575       if (clip == null)
 576       {
 577         g.setClip(0, 0, cWidth * charWidth, canvasHeight);
 578       }
 579       else
 580       {
 581         g.setClip(0, (int) clip.getBounds().getY(), cWidth * charWidth,
 582                 (int) clip.getBounds().getHeight());
 583       }
 584
 585       drawPanel(g, startRes, endx, 0, al.getHeight(), ypos);
 586
 587       if (av.isShowAnnotation())
 588       {
 589         g.translate(0, cHeight + ypos + 3);
 590         if (annotations == null)
 591         {
 592           annotations = new AnnotationPanel(av);
 593         }
 594
 595         annotations.renderer.drawComponent(annotations, av, g, -1,
 596                 startRes, endx + 1);
 597         g.translate(0, -cHeight - ypos - 3);
 598       }
 599       g.setClip(clip);
 600       g.translate(-LABEL_WEST, 0);
 601
 602       ypos += cHeight + getAnnotationHeight() + hgap;
 603
 604       startRes += cWidth;
 605     }
 606   }
 607
 608   AnnotationPanel annotations;
 609
 610   int getAnnotationHeight()
 611   {
 612     if (!av.isShowAnnotation())
 613     {
 614       return 0;
 615     }
 616
 617     if (annotations == null)
 618     {
 619       annotations = new AnnotationPanel(av);
 620     }
 621
 622     return annotations.adjustPanelHeight();
 623   }
 624
 625   /**
 626    * DOCUMENT ME!
 627    *
 628    * @param g1
 629    *          DOCUMENT ME!
 630    * @param startRes
 631    *          DOCUMENT ME!
 632    * @param endRes
 633    *          DOCUMENT ME!
 634    * @param startSeq
 635    *          DOCUMENT ME!
 636    * @param endSeq
 637    *          DOCUMENT ME!
 638    * @param offset
 639    *          DOCUMENT ME!
 640    */
 641   public void drawPanel(Graphics g1, int startRes, int endRes,
 642           int startSeq, int endSeq, int offset)
 643   {
 644     updateViewport();
 645     if (!av.hasHiddenColumns())
 646     {
 647       draw(g1, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);
 648     }
 649     else
 650     {
 651       List<int[]> regions = av.getColumnSelection().getHiddenColumns();
 652
 653       int screenY = 0;
 654       int blockStart = startRes;
 655       int blockEnd = endRes;
 656       int newY = 0, clip;
 657       for (int[] region : regions)
 658       {
 659         int hideStart = region[0];
 660         int hideEnd = region[1];
 661
 662         if (hideStart < blockStart)
 663         {
 664           blockStart += (hideEnd - hideStart) + 1;
 665           continue;
 666         }
 667         blockEnd = hideStart - 1;
 668
 669         g1.translate(screenY * charWidth, 0);
 670
 671         // find end of this visible block
 672         newY += blockEnd - blockStart + 1;
 673
 674         clip = newY - (endRes - startRes);
 675         if (clip > 0)
 676         {
 677           blockEnd = blockStart + (endRes - startRes) - screenY;
 678         }
 679         // TODO: JAL-1722 - does this block need clipping ?
 680         draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);
 681         // TODO: JAL-1722 - is this hidden marker visible ?
 682         if (clip < -1 && av.getShowHiddenMarkers())
 683         {
 684           g1.setColor(Color.blue);
 685
 686           g1.drawLine((blockEnd - blockStart + 1) * charWidth - 1,
 687                   0 + offset, (blockEnd - blockStart + 1) * charWidth - 1,
 688                   (endSeq - startSeq) * charHeight + offset);
 689         }
 690
 691         g1.translate(-screenY * charWidth, 0);
 692
 693         screenY = newY;
 694         blockStart = hideEnd + 1;
 695
 696         if (clip > 0)
 697         {
 698           // already rendered last block
 699           return;
 700         }
 701       }
 702
 703       if (screenY <= (endRes - startRes))
 704       {
 705         // remaining visible region to render
 706         blockEnd = blockStart + (endRes - startRes) - screenY;
 707         g1.translate(screenY * charWidth, 0);
 708         draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);
 709
 710         g1.translate(-screenY * charWidth, 0);
 711       }
 712     }
 713   }
 714
 715   // int startRes, int endRes, int startSeq, int endSeq, int x, int y,
 716   // int x1, int x2, int y1, int y2, int startx, int starty,
 717   private void draw(Graphics g, int startRes, int endRes, int startSeq,
 718           int endSeq, int offset)
 719   {
 720     g.setFont(av.getFont());
 721     sr.prepare(g, av.isRenderGaps());
 722
 723     SequenceI nextSeq;
 724
 725     // / First draw the sequences
 726     // ///////////////////////////
 727     for (int i = startSeq; i < endSeq; i++)
 728     {
 729       nextSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 730       if (nextSeq == null)
 731       {
 732         // occasionally, a race condition occurs such that the alignment row is
 733         // empty
 734         continue;
 735       }
 736       sr.drawSequence(nextSeq, av.getAlignment().findAllGroups(nextSeq),
 737               startRes, endRes, offset + ((i - startSeq) * charHeight));
 738
 739       if (av.isShowSequenceFeatures())
 740       {
 741         fr.drawSequence(g, nextSeq, startRes, endRes, offset
 742                 + ((i - startSeq) * charHeight));
 743       }
 744
 745       // / Highlight search Results once all sequences have been drawn
 746       // ////////////////////////////////////////////////////////
 747       if (searchResults != null)
 748       {
 749         int[] visibleResults = searchResults.getResults(nextSeq, startRes,
 750                 endRes);
 751         if (visibleResults != null)
 752         {
 753           for (int r = 0; r < visibleResults.length; r += 2)
 754           {
 755             sr.drawHighlightedText(nextSeq, visibleResults[r],
 756                     visibleResults[r + 1], (visibleResults[r] - startRes)
 757                             * charWidth, offset
 758                             + ((i - startSeq) * charHeight));
 759           }
 760         }
 761       }
 762
 763       if (av.cursorMode && cursorY == i && cursorX >= startRes
 764               && cursorX <= endRes)
 765       {
 766         sr.drawCursor(nextSeq, cursorX, (cursorX - startRes) * charWidth,
 767                 offset + ((i - startSeq) * charHeight));
 768       }
 769     }
 770
 771     if (av.getSelectionGroup() != null
 772             || av.getAlignment().getGroups().size() > 0)
 773     {
 774       drawGroupsBoundaries(g, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);
 775     }
 776
 777   }
 778
 779   void drawGroupsBoundaries(Graphics g1, int startRes, int endRes,
 780           int startSeq, int endSeq, int offset)
 781   {
 782     Graphics2D g = (Graphics2D) g1;
 783     //
 784     // ///////////////////////////////////
 785     // Now outline any areas if necessary
 786     // ///////////////////////////////////
 787     SequenceGroup group = av.getSelectionGroup();
 788
 789     int sx = -1;
 790     int sy = -1;
 791     int ex = -1;
 792     int groupIndex = -1;
 793     int visWidth = (endRes - startRes + 1) * charWidth;
 794
 795     if ((group == null) && (av.getAlignment().getGroups().size() > 0))
 796     {
 797       group = av.getAlignment().getGroups().get(0);
 798       groupIndex = 0;
 799     }
 800
 801     if (group != null)
 802     {
 803       do
 804       {
 805         int oldY = -1;
 806         int i = 0;
 807         boolean inGroup = false;
 808         int top = -1;
 809         int bottom = -1;
 810
 811         for (i = startSeq; i < endSeq; i++)
 812         {
 813           sx = (group.getStartRes() - startRes) * charWidth;
 814           sy = offset + ((i - startSeq) * charHeight);
 815           ex = (((group.getEndRes() + 1) - group.getStartRes()) * charWidth) - 1;
 816
 817           if (sx + ex < 0 || sx > visWidth)
 818           {
 819             continue;
 820           }
 821
 822           if ((sx <= (endRes - startRes) * charWidth)
 823                   && group.getSequences(null).contains(
 824                           av.getAlignment().getSequenceAt(i)))
 825           {
 826             if ((bottom == -1)
 827                     && !group.getSequences(null).contains(
 828                             av.getAlignment().getSequenceAt(i + 1)))
 829             {
 830               bottom = sy + charHeight;
 831             }
 832
 833             if (!inGroup)
 834             {
 835               if (((top == -1) && (i == 0))
 836                       || !group.getSequences(null).contains(
 837                               av.getAlignment().getSequenceAt(i - 1)))
 838               {
 839                 top = sy;
 840               }
 841
 842               oldY = sy;
 843               inGroup = true;
 844
 845               if (group == av.getSelectionGroup())
 846               {
 847                 g.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_BUTT,
 848                         BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[] { 5f, 3f },
 849                         0f));
 850                 g.setColor(Color.RED);
 851               }
 852               else
 853               {
 854                 g.setStroke(new BasicStroke());
 855                 g.setColor(group.getOutlineColour());
 856               }
 857             }
 858           }
 859           else
 860           {
 861             if (inGroup)
 862             {
 863               if (sx >= 0 && sx < visWidth)
 864               {
 865                 g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);
 866               }
 867
 868               if (sx + ex < visWidth)
 869               {
 870                 g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);
 871               }
 872
 873               if (sx < 0)
 874               {
 875                 ex += sx;
 876                 sx = 0;
 877               }
 878
 879               if (sx + ex > visWidth)
 880               {
 881                 ex = visWidth;
 882               }
 883
 884               else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * charWidth)
 885               {
 886                 ex = (endRes - startRes + 1) * charWidth;
 887               }
 888
 889               if (top != -1)
 890               {
 891                 g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);
 892                 top = -1;
 893               }
 894
 895               if (bottom != -1)
 896               {
 897                 g.drawLine(sx, bottom, sx + ex, bottom);
 898                 bottom = -1;
 899               }
 900
 901               inGroup = false;
 902             }
 903           }
 904         }
 905
 906         if (inGroup)
 907         {
 908           sy = offset + ((i - startSeq) * charHeight);
 909           if (sx >= 0 && sx < visWidth)
 910           {
 911             g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);
 912           }
 913
 914           if (sx + ex < visWidth)
 915           {
 916             g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);
 917           }
 918
 919           if (sx < 0)
 920           {
 921             ex += sx;
 922             sx = 0;
 923           }
 924
 925           if (sx + ex > visWidth)
 926           {
 927             ex = visWidth;
 928           }
 929           else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * charWidth)
 930           {
 931             ex = (endRes - startRes + 1) * charWidth;
 932           }
 933
 934           if (top != -1)
 935           {
 936             g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);
 937             top = -1;
 938           }
 939
 940           if (bottom != -1)
 941           {
 942             g.drawLine(sx, bottom - 1, sx + ex, bottom - 1);
 943             bottom = -1;
 944           }
 945
 946           inGroup = false;
 947         }
 948
 949         groupIndex++;
 950
 951         g.setStroke(new BasicStroke());
 952
 953         if (groupIndex >= av.getAlignment().getGroups().size())
 954         {
 955           break;
 956         }
 957
 958         group = av.getAlignment().getGroups().get(groupIndex);
 959
 960       } while (groupIndex < av.getAlignment().getGroups().size());
 961
 962     }
 963
 964   }
 965
 966   /**
 967    * DOCUMENT ME!
 968    *
 969    * @param results
 970    *          DOCUMENT ME!
 971    */
 972   public void highlightSearchResults(SearchResults results)
 973   {
 974     img = null;
 975
 976     searchResults = results;
 977
 978     repaint();
 979   }
 980 }