src/jalview/gui/SeqCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
  25 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  26 import jalview.datamodel.SequenceI;
  27 import jalview.renderer.ScaleRenderer;
  28 import jalview.renderer.ScaleRenderer.ScaleMark;
  29 import jalview.viewmodel.ViewportRanges;
  30
  31 import java.awt.BasicStroke;
  32 import java.awt.BorderLayout;
  33 import java.awt.Color;
  34 import java.awt.FontMetrics;
  35 import java.awt.Graphics;
  36 import java.awt.Graphics2D;
  37 import java.awt.RenderingHints;
  38 import java.awt.Shape;
  39 import java.awt.image.BufferedImage;
  40 import java.util.List;
  41
  42 import javax.swing.JComponent;
  43
  44 /**
  45  * DOCUMENT ME!
  46  *
  47  * @author $author$
  48  * @version $Revision$
  49  */
  50 public class SeqCanvas extends JComponent
  51 {
  52   final FeatureRenderer fr;
  53
  54   final SequenceRenderer sr;
  55
  56   BufferedImage img;
  57
  58   Graphics2D gg;
  59
  60   int imgWidth;
  61
  62   int imgHeight;
  63
  64   AlignViewport av;
  65
  66   boolean fastPaint = false;
  67
  68   int LABEL_WEST;
  69
  70   int LABEL_EAST;
  71
  72   int cursorX = 0;
  73
  74   int cursorY = 0;
  75
  76   /**
  77    * Creates a new SeqCanvas object.
  78    *
  79    * @param av
  80    *          DOCUMENT ME!
  81    */
  82   public SeqCanvas(AlignmentPanel ap)
  83   {
  84     this.av = ap.av;
  85     updateViewport();
  86     fr = new FeatureRenderer(ap);
  87     sr = new SequenceRenderer(av);
  88     setLayout(new BorderLayout());
  89     PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());
  90     setBackground(Color.white);
  91   }
  92
  93   public SequenceRenderer getSequenceRenderer()
  94   {
  95     return sr;
  96   }
  97
  98   public FeatureRenderer getFeatureRenderer()
  99   {
 100     return fr;
 101   }
 102
 103   int charHeight = 0, charWidth = 0;
 104
 105   private void updateViewport()
 106   {
 107     charHeight = av.getCharHeight();
 108     charWidth = av.getCharWidth();
 109   }
 110
 111   /**
 112    * DOCUMENT ME!
 113    *
 114    * @param g
 115    *          DOCUMENT ME!
 116    * @param startx
 117    *          DOCUMENT ME!
 118    * @param endx
 119    *          DOCUMENT ME!
 120    * @param ypos
 121    *          DOCUMENT ME!
 122    */
 123   private void drawNorthScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 124   {
 125     updateViewport();
 126     for (ScaleMark mark : new ScaleRenderer().calculateMarks(av, startx,
 127             endx))
 128     {
 129       int mpos = mark.column; // (i - startx - 1)
 130       if (mpos < 0)
 131       {
 132         continue;
 133       }
 134       String mstring = mark.text;
 135
 136       if (mark.major)
 137       {
 138         if (mstring != null)
 139         {
 140           g.drawString(mstring, mpos * charWidth, ypos - (charHeight / 2));
 141         }
 142         g.drawLine((mpos * charWidth) + (charWidth / 2), (ypos + 2)
 143                 - (charHeight / 2), (mpos * charWidth) + (charWidth / 2),
 144                 ypos - 2);
 145       }
 146     }
 147   }
 148
 149   /**
 150    * DOCUMENT ME!
 151    *
 152    * @param g
 153    *          DOCUMENT ME!
 154    * @param startx
 155    *          DOCUMENT ME!
 156    * @param endx
 157    *          DOCUMENT ME!
 158    * @param ypos
 159    *          DOCUMENT ME!
 160    */
 161   void drawWestScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 162   {
 163     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 164     ypos += charHeight;
 165
 166     if (av.hasHiddenColumns())
 167     {
 168       startx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(startx);
 169       endx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(endx);
 170     }
 171
 172     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth();
 173     if (av.hasHiddenColumns())
 174     {
 175       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;
 176     }
 177
 178     // WEST SCALE
 179     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 180     {
 181       SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 182       int index = startx;
 183       int value = -1;
 184
 185       while (index < endx)
 186       {
 187         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))
 188         {
 189           index++;
 190
 191           continue;
 192         }
 193
 194         value = av.getAlignment().getSequenceAt(i).findPosition(index);
 195
 196         break;
 197       }
 198
 199       if (value != -1)
 200       {
 201         int x = LABEL_WEST - fm.stringWidth(String.valueOf(value))
 202                 - charWidth / 2;
 203         g.drawString(value + "", x, (ypos + (i * charHeight))
 204                 - (charHeight / 5));
 205       }
 206     }
 207   }
 208
 209   /**
 210    * DOCUMENT ME!
 211    *
 212    * @param g
 213    *          DOCUMENT ME!
 214    * @param startx
 215    *          DOCUMENT ME!
 216    * @param endx
 217    *          DOCUMENT ME!
 218    * @param ypos
 219    *          DOCUMENT ME!
 220    */
 221   void drawEastScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 222   {
 223     ypos += charHeight;
 224
 225     if (av.hasHiddenColumns())
 226     {
 227       endx = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(endx);
 228     }
 229
 230     SequenceI seq;
 231     // EAST SCALE
 232     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 233     {
 234       seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 235       int index = endx;
 236       int value = -1;
 237
 238       while (index > startx)
 239       {
 240         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))
 241         {
 242           index--;
 243
 244           continue;
 245         }
 246
 247         value = seq.findPosition(index);
 248
 249         break;
 250       }
 251
 252       if (value != -1)
 253       {
 254         g.drawString(String.valueOf(value), 0, (ypos + (i * charHeight))
 255                 - (charHeight / 5));
 256       }
 257     }
 258   }
 259
 260   boolean fastpainting = false;
 261
 262   /**
 263    * need to make this thread safe move alignment rendering in response to
 264    * slider adjustment
 265    *
 266    * @param horizontal
 267    *          shift along
 268    * @param vertical
 269    *          shift up or down in repaint
 270    */
 271   public void fastPaint(int horizontal, int vertical)
 272   {
 273     if (fastpainting || gg == null)
 274     {
 275       return;
 276     }
 277     fastpainting = true;
 278     fastPaint = true;
 279     updateViewport();
 280     gg.copyArea(horizontal * charWidth, vertical * charHeight, imgWidth,
 281             imgHeight, -horizontal * charWidth, -vertical * charHeight);
 282
 283     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 284     int sr = ranges.getStartRes();
 285     int er = ranges.getEndRes();
 286     int ss = ranges.getStartSeq();
 287     int es = ranges.getEndSeq();
 288     int transX = 0;
 289     int transY = 0;
 290
 291     if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left
 292     {
 293       er++;
 294       transX = (er - sr - horizontal) * charWidth;
 295       sr = er - horizontal;
 296     }
 297     else if (horizontal < 0)
 298     {
 299       er = sr - horizontal - 1;
 300     }
 301     else if (vertical > 0) // scroll down
 302     {
 303       ss = es - vertical;
 304
 305       if (ss < ranges.getStartSeq())
 306       { // ie scrolling too fast, more than a page at a time
 307         ss = ranges.getStartSeq();
 308       }
 309       else
 310       {
 311         transY = imgHeight - ((vertical + 1) * charHeight);
 312       }
 313     }
 314     else if (vertical < 0)
 315     {
 316       es = ss - vertical;
 317
 318       if (es > ranges.getEndSeq())
 319       {
 320         es = ranges.getEndSeq();
 321       }
 322     }
 323
 324     gg.translate(transX, transY);
 325     drawPanel(gg, sr, er, ss, es, 0);
 326     gg.translate(-transX, -transY);
 327
 328     repaint();
 329     fastpainting = false;
 330   }
 331
 332   /**
 333    * Definitions of startx and endx (hopefully): SMJS This is what I'm working
 334    * towards! startx is the first residue (starting at 0) to display. endx is
 335    * the last residue to display (starting at 0). starty is the first sequence
 336    * to display (starting at 0). endy is the last sequence to display (starting
 337    * at 0). NOTE 1: The av limits are set in setFont in this class and in the
 338    * adjustment listener in SeqPanel when the scrollbars move.
 339    */
 340
 341   // Set this to false to force a full panel paint
 342   @Override
 343   public void paintComponent(Graphics g)
 344   {
 345     updateViewport();
 346     BufferedImage lcimg = img; // take reference since other threads may null
 347     // img and call later.
 348     super.paintComponent(g);
 349
 350     if (lcimg != null
 351             && (fastPaint
 352                     || (getVisibleRect().width != g.getClipBounds().width) || (getVisibleRect().height != g
 353                     .getClipBounds().height)))
 354     {
 355       g.drawImage(lcimg, 0, 0, this);
 356       fastPaint = false;
 357       return;
 358     }
 359
 360     // this draws the whole of the alignment
 361     imgWidth = getWidth();
 362     imgHeight = getHeight();
 363
 364     imgWidth -= (imgWidth % charWidth);
 365     imgHeight -= (imgHeight % charHeight);
 366
 367     if ((imgWidth < 1) || (imgHeight < 1))
 368     {
 369       return;
 370     }
 371
 372     if (lcimg == null || imgWidth != lcimg.getWidth()
 373             || imgHeight != lcimg.getHeight())
 374     {
 375       try
 376       {
 377         lcimg = img = new BufferedImage(imgWidth, imgHeight,
 378                 BufferedImage.TYPE_INT_RGB);
 379         gg = (Graphics2D) img.getGraphics();
 380         gg.setFont(av.getFont());
 381       } catch (OutOfMemoryError er)
 382       {
 383         System.gc();
 384         System.err.println("SeqCanvas OutOfMemory Redraw Error.\n" + er);
 385         new OOMWarning("Creating alignment image for display", er);
 386
 387         return;
 388       }
 389     }
 390
 391     if (av.antiAlias)
 392     {
 393       gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
 394               RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
 395     }
 396
 397     gg.setColor(Color.white);
 398     gg.fillRect(0, 0, imgWidth, imgHeight);
 399
 400     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 401     if (av.getWrapAlignment())
 402     {
 403       drawWrappedPanel(gg, getWidth(), getHeight(), ranges.getStartRes());
 404     }
 405     else
 406     {
 407       drawPanel(gg, ranges.getStartRes(), ranges.getEndRes(),
 408               ranges.getStartSeq(), ranges.getEndSeq(), 0);
 409     }
 410
 411     g.drawImage(lcimg, 0, 0, this);
 412
 413   }
 414
 415   /**
 416    * DOCUMENT ME!
 417    *
 418    * @param cwidth
 419    *          DOCUMENT ME!
 420    *
 421    * @return DOCUMENT ME!
 422    */
 423   public int getWrappedCanvasWidth(int cwidth)
 424   {
 425     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 426
 427     LABEL_EAST = 0;
 428     LABEL_WEST = 0;
 429
 430     if (av.getScaleRightWrapped())
 431     {
 432       LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());
 433     }
 434
 435     if (av.getScaleLeftWrapped())
 436     {
 437       LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());
 438     }
 439
 440     return (cwidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / charWidth;
 441   }
 442
 443   /**
 444    * Generates a string of zeroes.
 445    *
 446    * @return String
 447    */
 448   String getMask()
 449   {
 450     String mask = "00";
 451     int maxWidth = 0;
 452     int tmp;
 453     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 454     {
 455       tmp = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getEnd();
 456       if (tmp > maxWidth)
 457       {
 458         maxWidth = tmp;
 459       }
 460     }
 461
 462     for (int i = maxWidth; i > 0; i /= 10)
 463     {
 464       mask += "0";
 465     }
 466     return mask;
 467   }
 468
 469   /**
 470    * DOCUMENT ME!
 471    *
 472    * @param g
 473    *          DOCUMENT ME!
 474    * @param canvasWidth
 475    *          DOCUMENT ME!
 476    * @param canvasHeight
 477    *          DOCUMENT ME!
 478    * @param startRes
 479    *          DOCUMENT ME!
 480    */
 481   public void drawWrappedPanel(Graphics g, int canvasWidth,
 482           int canvasHeight, int startRes)
 483   {
 484     updateViewport();
 485     AlignmentI al = av.getAlignment();
 486
 487     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 488
 489     if (av.getScaleRightWrapped())
 490     {
 491       LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());
 492     }
 493
 494     if (av.getScaleLeftWrapped())
 495     {
 496       LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());
 497     }
 498
 499     int hgap = charHeight;
 500     if (av.getScaleAboveWrapped())
 501     {
 502       hgap += charHeight;
 503     }
 504
 505     int cWidth = (canvasWidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / charWidth;
 506     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * charHeight;
 507
 508     av.setWrappedWidth(cWidth);
 509
 510     av.getRanges().setEndRes(av.getRanges().getStartRes() + cWidth);
 511
 512     int endx;
 513     int ypos = hgap;
 514     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 515
 516     if (av.hasHiddenColumns())
 517     {
 518       maxwidth = av.getColumnSelection().findColumnPosition(maxwidth) - 1;
 519     }
 520
 521     while ((ypos <= canvasHeight) && (startRes < maxwidth))
 522     {
 523       endx = startRes + cWidth - 1;
 524
 525       if (endx > maxwidth)
 526       {
 527         endx = maxwidth;
 528       }
 529
 530       g.setFont(av.getFont());
 531       g.setColor(Color.black);
 532
 533       if (av.getScaleLeftWrapped())
 534       {
 535         drawWestScale(g, startRes, endx, ypos);
 536       }
 537
 538       if (av.getScaleRightWrapped())
 539       {
 540         g.translate(canvasWidth - LABEL_EAST, 0);
 541         drawEastScale(g, startRes, endx, ypos);
 542         g.translate(-(canvasWidth - LABEL_EAST), 0);
 543       }
 544
 545       g.translate(LABEL_WEST, 0);
 546
 547       if (av.getScaleAboveWrapped())
 548       {
 549         drawNorthScale(g, startRes, endx, ypos);
 550       }
 551
 552       if (av.hasHiddenColumns() && av.getShowHiddenMarkers())
 553       {
 554         g.setColor(Color.blue);
 555         int res;
 556         for (int i = 0; i < av.getColumnSelection().getHiddenColumns()
 557                 .size(); i++)
 558         {
 559           res = av.getColumnSelection().findHiddenRegionPosition(i)
 560                   - startRes;
 561
 562           if (res < 0 || res > endx - startRes)
 563           {
 564             continue;
 565           }
 566
 567           gg.fillPolygon(
 568                   new int[] { res * charWidth - charHeight / 4,
 569                       res * charWidth + charHeight / 4, res * charWidth },
 570                   new int[] { ypos - (charHeight / 2),
 571                       ypos - (charHeight / 2), ypos - (charHeight / 2) + 8 },
 572                   3);
 573
 574         }
 575       }
 576
 577       // When printing we have an extra clipped region,
 578       // the Printable page which we need to account for here
 579       Shape clip = g.getClip();
 580
 581       if (clip == null)
 582       {
 583         g.setClip(0, 0, cWidth * charWidth, canvasHeight);
 584       }
 585       else
 586       {
 587         g.setClip(0, (int) clip.getBounds().getY(), cWidth * charWidth,
 588                 (int) clip.getBounds().getHeight());
 589       }
 590
 591       drawPanel(g, startRes, endx, 0, al.getHeight(), ypos);
 592
 593       if (av.isShowAnnotation())
 594       {
 595         g.translate(0, cHeight + ypos + 3);
 596         if (annotations == null)
 597         {
 598           annotations = new AnnotationPanel(av);
 599         }
 600
 601         annotations.renderer.drawComponent(annotations, av, g, -1,
 602                 startRes, endx + 1);
 603         g.translate(0, -cHeight - ypos - 3);
 604       }
 605       g.setClip(clip);
 606       g.translate(-LABEL_WEST, 0);
 607
 608       ypos += cHeight + getAnnotationHeight() + hgap;
 609
 610       startRes += cWidth;
 611     }
 612   }
 613
 614   AnnotationPanel annotations;
 615
 616   int getAnnotationHeight()
 617   {
 618     if (!av.isShowAnnotation())
 619     {
 620       return 0;
 621     }
 622
 623     if (annotations == null)
 624     {
 625       annotations = new AnnotationPanel(av);
 626     }
 627
 628     return annotations.adjustPanelHeight();
 629   }
 630
 631   /**
 632    * DOCUMENT ME!
 633    *
 634    * @param g1
 635    *          DOCUMENT ME!
 636    * @param startRes
 637    *          DOCUMENT ME!
 638    * @param endRes
 639    *          DOCUMENT ME!
 640    * @param startSeq
 641    *          DOCUMENT ME!
 642    * @param endSeq
 643    *          DOCUMENT ME!
 644    * @param offset
 645    *          DOCUMENT ME!
 646    */
 647   public void drawPanel(Graphics g1, int startRes, int endRes,
 648           int startSeq, int endSeq, int offset)
 649   {
 650     updateViewport();
 651     if (!av.hasHiddenColumns())
 652     {
 653       draw(g1, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);
 654     }
 655     else
 656     {
 657       List<int[]> regions = av.getColumnSelection().getHiddenColumns();
 658
 659       int screenY = 0;
 660       int blockStart = startRes;
 661       int blockEnd = endRes;
 662
 663       for (int[] region : regions)
 664       {
 665         int hideStart = region[0];
 666         int hideEnd = region[1];
 667
 668         if (hideStart <= blockStart)
 669         {
 670           blockStart += (hideEnd - hideStart) + 1;
 671           continue;
 672         }
 673
 674         blockEnd = hideStart - 1;
 675
 676         g1.translate(screenY * charWidth, 0);
 677
 678         draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);
 679
 680         if (av.getShowHiddenMarkers())
 681         {
 682           g1.setColor(Color.blue);
 683
 684           g1.drawLine((blockEnd - blockStart + 1) * charWidth - 1,
 685                   0 + offset, (blockEnd - blockStart + 1) * charWidth - 1,
 686                   (endSeq - startSeq + 1) * charHeight + offset);
 687         }
 688
 689         g1.translate(-screenY * charWidth, 0);
 690         screenY += blockEnd - blockStart + 1;
 691         blockStart = hideEnd + 1;
 692
 693         if (screenY > (endRes - startRes))
 694         {
 695           // already rendered last block
 696           return;
 697         }
 698       }
 699
 700       if (screenY <= (endRes - startRes))
 701       {
 702         // remaining visible region to render
 703         blockEnd = blockStart + (endRes - startRes) - screenY;
 704         g1.translate(screenY * charWidth, 0);
 705         draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);
 706
 707         g1.translate(-screenY * charWidth, 0);
 708       }
 709     }
 710
 711   }
 712
 713   // int startRes, int endRes, int startSeq, int endSeq, int x, int y,
 714   // int x1, int x2, int y1, int y2, int startx, int starty,
 715   private void draw(Graphics g, int startRes, int endRes, int startSeq,
 716           int endSeq, int offset)
 717   {
 718     g.setFont(av.getFont());
 719     sr.prepare(g, av.isRenderGaps());
 720
 721     SequenceI nextSeq;
 722
 723     // / First draw the sequences
 724     // ///////////////////////////
 725     for (int i = startSeq; i <= endSeq; i++)
 726     {
 727       nextSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 728       if (nextSeq == null)
 729       {
 730         // occasionally, a race condition occurs such that the alignment row is
 731         // empty
 732         continue;
 733       }
 734       sr.drawSequence(nextSeq, av.getAlignment().findAllGroups(nextSeq),
 735               startRes, endRes, offset + ((i - startSeq) * charHeight));
 736
 737       if (av.isShowSequenceFeatures())
 738       {
 739         fr.drawSequence(g, nextSeq, startRes, endRes, offset
 740                 + ((i - startSeq) * charHeight), false);
 741       }
 742
 743       // / Highlight search Results once all sequences have been drawn
 744       // ////////////////////////////////////////////////////////
 745       if (av.hasSearchResults())
 746       {
 747         int[] visibleResults = av.getSearchResults().getResults(nextSeq,
 748                 startRes, endRes);
 749         if (visibleResults != null)
 750         {
 751           for (int r = 0; r < visibleResults.length; r += 2)
 752           {
 753             sr.drawHighlightedText(nextSeq, visibleResults[r],
 754                     visibleResults[r + 1], (visibleResults[r] - startRes)
 755                             * charWidth, offset
 756                             + ((i - startSeq) * charHeight));
 757           }
 758         }
 759       }
 760
 761       if (av.cursorMode && cursorY == i && cursorX >= startRes
 762               && cursorX <= endRes)
 763       {
 764         sr.drawCursor(nextSeq, cursorX, (cursorX - startRes) * charWidth,
 765                 offset + ((i - startSeq) * charHeight));
 766       }
 767     }
 768
 769     if (av.getSelectionGroup() != null
 770             || av.getAlignment().getGroups().size() > 0)
 771     {
 772       drawGroupsBoundaries(g, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);
 773     }
 774
 775   }
 776
 777   void drawGroupsBoundaries(Graphics g1, int startRes, int endRes,
 778           int startSeq, int endSeq, int offset)
 779   {
 780     Graphics2D g = (Graphics2D) g1;
 781     //
 782     // ///////////////////////////////////
 783     // Now outline any areas if necessary
 784     // ///////////////////////////////////
 785     SequenceGroup group = av.getSelectionGroup();
 786
 787     int sx = -1;
 788     int sy = -1;
 789     int ex = -1;
 790     int groupIndex = -1;
 791     int visWidth = (endRes - startRes + 1) * charWidth;
 792
 793     if ((group == null) && (av.getAlignment().getGroups().size() > 0))
 794     {
 795       group = av.getAlignment().getGroups().get(0);
 796       groupIndex = 0;
 797     }
 798
 799     if (group != null)
 800     {
 801       do
 802       {
 803         int oldY = -1;
 804         int i = 0;
 805         boolean inGroup = false;
 806         int top = -1;
 807         int bottom = -1;
 808
 809         for (i = startSeq; i <= endSeq; i++)
 810         {
 811           sx = (group.getStartRes() - startRes) * charWidth;
 812           sy = offset + ((i - startSeq) * charHeight);
 813           ex = (((group.getEndRes() + 1) - group.getStartRes()) * charWidth) - 1;
 814
 815           if (sx + ex < 0 || sx > visWidth)
 816           {
 817             continue;
 818           }
 819
 820           if ((sx <= (endRes - startRes) * charWidth)
 821                   && group.getSequences(null).contains(
 822                           av.getAlignment().getSequenceAt(i)))
 823           {
 824             if ((bottom == -1)
 825                     && !group.getSequences(null).contains(
 826                             av.getAlignment().getSequenceAt(i + 1)))
 827             {
 828               bottom = sy + charHeight;
 829             }
 830
 831             if (!inGroup)
 832             {
 833               if (((top == -1) && (i == 0))
 834                       || !group.getSequences(null).contains(
 835                               av.getAlignment().getSequenceAt(i - 1)))
 836               {
 837                 top = sy;
 838               }
 839
 840               oldY = sy;
 841               inGroup = true;
 842
 843               if (group == av.getSelectionGroup())
 844               {
 845                 g.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_BUTT,
 846                         BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[] { 5f, 3f },
 847                         0f));
 848                 g.setColor(Color.RED);
 849               }
 850               else
 851               {
 852                 g.setStroke(new BasicStroke());
 853                 g.setColor(group.getOutlineColour());
 854               }
 855             }
 856           }
 857           else
 858           {
 859             if (inGroup)
 860             {
 861               if (sx >= 0 && sx < visWidth)
 862               {
 863                 g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);
 864               }
 865
 866               if (sx + ex < visWidth)
 867               {
 868                 g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);
 869               }
 870
 871               if (sx < 0)
 872               {
 873                 ex += sx;
 874                 sx = 0;
 875               }
 876
 877               if (sx + ex > visWidth)
 878               {
 879                 ex = visWidth;
 880               }
 881
 882               else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * charWidth)
 883               {
 884                 ex = (endRes - startRes + 1) * charWidth;
 885               }
 886
 887               if (top != -1)
 888               {
 889                 g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);
 890                 top = -1;
 891               }
 892
 893               if (bottom != -1)
 894               {
 895                 g.drawLine(sx, bottom, sx + ex, bottom);
 896                 bottom = -1;
 897               }
 898
 899               inGroup = false;
 900             }
 901           }
 902         }
 903
 904         if (inGroup)
 905         {
 906           sy = offset + ((i - startSeq) * charHeight);
 907           if (sx >= 0 && sx < visWidth)
 908           {
 909             g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);
 910           }
 911
 912           if (sx + ex < visWidth)
 913           {
 914             g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);
 915           }
 916
 917           if (sx < 0)
 918           {
 919             ex += sx;
 920             sx = 0;
 921           }
 922
 923           if (sx + ex > visWidth)
 924           {
 925             ex = visWidth;
 926           }
 927           else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * charWidth)
 928           {
 929             ex = (endRes - startRes + 1) * charWidth;
 930           }
 931
 932           if (top != -1)
 933           {
 934             g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);
 935             top = -1;
 936           }
 937
 938           if (bottom != -1)
 939           {
 940             g.drawLine(sx, bottom - 1, sx + ex, bottom - 1);
 941             bottom = -1;
 942           }
 943
 944           inGroup = false;
 945         }
 946
 947         groupIndex++;
 948
 949         g.setStroke(new BasicStroke());
 950
 951         if (groupIndex >= av.getAlignment().getGroups().size())
 952         {
 953           break;
 954         }
 955
 956         group = av.getAlignment().getGroups().get(groupIndex);
 957
 958       } while (groupIndex < av.getAlignment().getGroups().size());
 959
 960     }
 961
 962   }
 963
 964   /**
 965    * DOCUMENT ME!
 966    *
 967    * @param results
 968    *          DOCUMENT ME!
 969    */
 970   public void highlightSearchResults(SearchResultsI results)
 971   {
 972     img = null;
 973
 974     av.setSearchResults(results);
 975
 976     repaint();
 977   }
 978 }