src/jalview/gui/SeqCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  25 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
  26 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  27 import jalview.datamodel.SequenceI;
  28 import jalview.renderer.ScaleRenderer;
  29 import jalview.renderer.ScaleRenderer.ScaleMark;
  30 import jalview.viewmodel.ViewportListenerI;
  31 import jalview.viewmodel.ViewportRanges;
  32
  33 import java.awt.BasicStroke;
  34 import java.awt.BorderLayout;
  35 import java.awt.Color;
  36 import java.awt.FontMetrics;
  37 import java.awt.Graphics;
  38 import java.awt.Graphics2D;
  39 import java.awt.RenderingHints;
  40 import java.awt.Shape;
  41 import java.awt.image.BufferedImage;
  42 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  43
  44 import javax.swing.JComponent;
  45
  46 /**
  47  * DOCUMENT ME!
  48  *
  49  * @author $author$
  50  * @version $Revision$
  51  */
  52 public class SeqCanvas extends JComponent implements ViewportListenerI
  53 {
  54   final FeatureRenderer fr;
  55
  56   final SequenceRenderer sr;
  57
  58   BufferedImage img;
  59
  60   Graphics2D gg;
  61
  62   int imgWidth;
  63
  64   int imgHeight;
  65
  66   AlignViewport av;
  67
  68   boolean fastPaint = false;
  69
  70   int LABEL_WEST;
  71
  72   int LABEL_EAST;
  73
  74   int cursorX = 0;
  75
  76   int cursorY = 0;
  77
  78   /**
  79    * Creates a new SeqCanvas object.
  80    *
  81    * @param av
  82    *          DOCUMENT ME!
  83    */
  84   public SeqCanvas(AlignmentPanel ap)
  85   {
  86     this.av = ap.av;
  87     updateViewport();
  88     fr = new FeatureRenderer(ap);
  89     sr = new SequenceRenderer(av);
  90     setLayout(new BorderLayout());
  91     PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());
  92     setBackground(Color.white);
  93
  94     av.getRanges().addPropertyChangeListener(this);
  95   }
  96
  97   public SequenceRenderer getSequenceRenderer()
  98   {
  99     return sr;
 100   }
 101
 102   public FeatureRenderer getFeatureRenderer()
 103   {
 104     return fr;
 105   }
 106
 107   int charHeight = 0, charWidth = 0;
 108
 109   private void updateViewport()
 110   {
 111     charHeight = av.getCharHeight();
 112     charWidth = av.getCharWidth();
 113   }
 114
 115   /**
 116    * DOCUMENT ME!
 117    *
 118    * @param g
 119    *          DOCUMENT ME!
 120    * @param startx
 121    *          DOCUMENT ME!
 122    * @param endx
 123    *          DOCUMENT ME!
 124    * @param ypos
 125    *          DOCUMENT ME!
 126    */
 127   private void drawNorthScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 128   {
 129     updateViewport();
 130     for (ScaleMark mark : new ScaleRenderer().calculateMarks(av, startx,
 131             endx))
 132     {
 133       int mpos = mark.column; // (i - startx - 1)
 134       if (mpos < 0)
 135       {
 136         continue;
 137       }
 138       String mstring = mark.text;
 139
 140       if (mark.major)
 141       {
 142         if (mstring != null)
 143         {
 144           g.drawString(mstring, mpos * charWidth, ypos - (charHeight / 2));
 145         }
 146         g.drawLine((mpos * charWidth) + (charWidth / 2), (ypos + 2)
 147                 - (charHeight / 2), (mpos * charWidth) + (charWidth / 2),
 148                 ypos - 2);
 149       }
 150     }
 151   }
 152
 153   /**
 154    * DOCUMENT ME!
 155    *
 156    * @param g
 157    *          DOCUMENT ME!
 158    * @param startx
 159    *          DOCUMENT ME!
 160    * @param endx
 161    *          DOCUMENT ME!
 162    * @param ypos
 163    *          DOCUMENT ME!
 164    */
 165   void drawWestScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 166   {
 167     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 168     ypos += charHeight;
 169
 170     if (av.hasHiddenColumns())
 171     {
 172       startx = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 173               .adjustForHiddenColumns(startx);
 174       endx = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 175               .adjustForHiddenColumns(endx);
 176     }
 177
 178     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth();
 179     if (av.hasHiddenColumns())
 180     {
 181       maxwidth = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 182               .findColumnPosition(maxwidth) - 1;
 183     }
 184
 185     // WEST SCALE
 186     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 187     {
 188       SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 189       int index = startx;
 190       int value = -1;
 191
 192       while (index < endx)
 193       {
 194         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))
 195         {
 196           index++;
 197
 198           continue;
 199         }
 200
 201         value = av.getAlignment().getSequenceAt(i).findPosition(index);
 202
 203         break;
 204       }
 205
 206       if (value != -1)
 207       {
 208         int x = LABEL_WEST - fm.stringWidth(String.valueOf(value))
 209                 - charWidth / 2;
 210         g.drawString(value + "", x, (ypos + (i * charHeight))
 211                 - (charHeight / 5));
 212       }
 213     }
 214   }
 215
 216   /**
 217    * DOCUMENT ME!
 218    *
 219    * @param g
 220    *          DOCUMENT ME!
 221    * @param startx
 222    *          DOCUMENT ME!
 223    * @param endx
 224    *          DOCUMENT ME!
 225    * @param ypos
 226    *          DOCUMENT ME!
 227    */
 228   void drawEastScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 229   {
 230     ypos += charHeight;
 231
 232     if (av.hasHiddenColumns())
 233     {
 234       endx = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 235               .adjustForHiddenColumns(endx);
 236     }
 237
 238     SequenceI seq;
 239     // EAST SCALE
 240     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 241     {
 242       seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 243       int index = endx;
 244       int value = -1;
 245
 246       while (index > startx)
 247       {
 248         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))
 249         {
 250           index--;
 251
 252           continue;
 253         }
 254
 255         value = seq.findPosition(index);
 256
 257         break;
 258       }
 259
 260       if (value != -1)
 261       {
 262         g.drawString(String.valueOf(value), 0, (ypos + (i * charHeight))
 263                 - (charHeight / 5));
 264       }
 265     }
 266   }
 267
 268   boolean fastpainting = false;
 269
 270   /**
 271    * need to make this thread safe move alignment rendering in response to
 272    * slider adjustment
 273    *
 274    * @param horizontal
 275    *          shift along
 276    * @param vertical
 277    *          shift up or down in repaint
 278    */
 279   public void fastPaint(int horizontal, int vertical)
 280   {
 281     if (fastpainting || gg == null)
 282     {
 283       return;
 284     }
 285     fastpainting = true;
 286     fastPaint = true;
 287     updateViewport();
 288     gg.copyArea(horizontal * charWidth, vertical * charHeight, imgWidth,
 289             imgHeight, -horizontal * charWidth, -vertical * charHeight);
 290
 291     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 292     int sr = ranges.getStartRes();
 293     int er = ranges.getEndRes();
 294     int ss = ranges.getStartSeq();
 295     int es = ranges.getEndSeq();
 296     int transX = 0;
 297     int transY = 0;
 298
 299     if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left
 300     {
 301       transX = (er - sr - horizontal) * charWidth;
 302       sr = er - horizontal;
 303     }
 304     else if (horizontal < 0)
 305     {
 306       er = sr - horizontal;
 307     }
 308     else if (vertical > 0) // scroll down
 309     {
 310       ss = es - vertical;
 311
 312       if (ss < ranges.getStartSeq())
 313       { // ie scrolling too fast, more than a page at a time
 314         ss = ranges.getStartSeq();
 315       }
 316       else
 317       {
 318         transY = imgHeight - ((vertical + 1) * charHeight);
 319       }
 320     }
 321     else if (vertical < 0)
 322     {
 323       es = ss - vertical;
 324
 325       if (es > ranges.getEndSeq())
 326       {
 327         es = ranges.getEndSeq();
 328       }
 329     }
 330
 331     gg.translate(transX, transY);
 332     drawPanel(gg, sr, er, ss, es, 0);
 333     gg.translate(-transX, -transY);
 334
 335     repaint();
 336     fastpainting = false;
 337   }
 338
 339   /**
 340    * Definitions of startx and endx (hopefully): SMJS This is what I'm working
 341    * towards! startx is the first residue (starting at 0) to display. endx is
 342    * the last residue to display (starting at 0). starty is the first sequence
 343    * to display (starting at 0). endy is the last sequence to display (starting
 344    * at 0). NOTE 1: The av limits are set in setFont in this class and in the
 345    * adjustment listener in SeqPanel when the scrollbars move.
 346    */
 347
 348   // Set this to false to force a full panel paint
 349   @Override
 350   public void paintComponent(Graphics g)
 351   {
 352     updateViewport();
 353     BufferedImage lcimg = img; // take reference since other threads may null
 354     // img and call later.
 355     super.paintComponent(g);
 356
 357     if (lcimg != null
 358             && (fastPaint
 359                     || (getVisibleRect().width != g.getClipBounds().width) || (getVisibleRect().height != g
 360                     .getClipBounds().height)))
 361     {
 362       g.drawImage(lcimg, 0, 0, this);
 363       fastPaint = false;
 364       return;
 365     }
 366
 367     // this draws the whole of the alignment
 368     imgWidth = getWidth();
 369     imgHeight = getHeight();
 370
 371     imgWidth -= (imgWidth % charWidth);
 372     imgHeight -= (imgHeight % charHeight);
 373
 374     if ((imgWidth < 1) || (imgHeight < 1))
 375     {
 376       return;
 377     }
 378
 379     if (lcimg == null || imgWidth != lcimg.getWidth()
 380             || imgHeight != lcimg.getHeight())
 381     {
 382       try
 383       {
 384         lcimg = img = new BufferedImage(imgWidth, imgHeight,
 385                 BufferedImage.TYPE_INT_RGB);
 386         gg = (Graphics2D) img.getGraphics();
 387         gg.setFont(av.getFont());
 388       } catch (OutOfMemoryError er)
 389       {
 390         System.gc();
 391         System.err.println("SeqCanvas OutOfMemory Redraw Error.\n" + er);
 392         new OOMWarning("Creating alignment image for display", er);
 393
 394         return;
 395       }
 396     }
 397
 398     if (av.antiAlias)
 399     {
 400       gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
 401               RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
 402     }
 403
 404     gg.setColor(Color.white);
 405     gg.fillRect(0, 0, imgWidth, imgHeight);
 406
 407     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 408     if (av.getWrapAlignment())
 409     {
 410       drawWrappedPanel(gg, getWidth(), getHeight(), ranges.getStartRes());
 411     }
 412     else
 413     {
 414       drawPanel(gg, ranges.getStartRes(), ranges.getEndRes(),
 415               ranges.getStartSeq(), ranges.getEndSeq(), 0);
 416     }
 417
 418     g.drawImage(lcimg, 0, 0, this);
 419
 420   }
 421
 422   /**
 423    * DOCUMENT ME!
 424    *
 425    * @param cwidth
 426    *          DOCUMENT ME!
 427    *
 428    * @return DOCUMENT ME!
 429    */
 430   public int getWrappedCanvasWidth(int cwidth)
 431   {
 432     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 433
 434     LABEL_EAST = 0;
 435     LABEL_WEST = 0;
 436
 437     if (av.getScaleRightWrapped())
 438     {
 439       LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());
 440     }
 441
 442     if (av.getScaleLeftWrapped())
 443     {
 444       LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());
 445     }
 446
 447     return (cwidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / charWidth;
 448   }
 449
 450   /**
 451    * Generates a string of zeroes.
 452    *
 453    * @return String
 454    */
 455   String getMask()
 456   {
 457     String mask = "00";
 458     int maxWidth = 0;
 459     int tmp;
 460     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 461     {
 462       tmp = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getEnd();
 463       if (tmp > maxWidth)
 464       {
 465         maxWidth = tmp;
 466       }
 467     }
 468
 469     for (int i = maxWidth; i > 0; i /= 10)
 470     {
 471       mask += "0";
 472     }
 473     return mask;
 474   }
 475
 476   /**
 477    * DOCUMENT ME!
 478    *
 479    * @param g
 480    *          DOCUMENT ME!
 481    * @param canvasWidth
 482    *          DOCUMENT ME!
 483    * @param canvasHeight
 484    *          DOCUMENT ME!
 485    * @param startRes
 486    *          DOCUMENT ME!
 487    */
 488   public void drawWrappedPanel(Graphics g, int canvasWidth,
 489           int canvasHeight, int startRes)
 490   {
 491     updateViewport();
 492     AlignmentI al = av.getAlignment();
 493
 494     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 495
 496     if (av.getScaleRightWrapped())
 497     {
 498       LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());
 499     }
 500
 501     if (av.getScaleLeftWrapped())
 502     {
 503       LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());
 504     }
 505
 506     int hgap = charHeight;
 507     if (av.getScaleAboveWrapped())
 508     {
 509       hgap += charHeight;
 510     }
 511
 512     int cWidth = (canvasWidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / charWidth;
 513     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * charHeight;
 514
 515     av.setWrappedWidth(cWidth);
 516
 517     av.getRanges().setEndRes(av.getRanges().getStartRes() + cWidth - 1);
 518
 519     int endx;
 520     int ypos = hgap;
 521     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 522
 523     if (av.hasHiddenColumns())
 524     {
 525       maxwidth = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 526               .findColumnPosition(maxwidth) - 1;
 527     }
 528
 529     while ((ypos <= canvasHeight) && (startRes < maxwidth))
 530     {
 531       endx = startRes + cWidth - 1;
 532
 533       if (endx > maxwidth)
 534       {
 535         endx = maxwidth;
 536       }
 537
 538       g.setFont(av.getFont());
 539       g.setColor(Color.black);
 540
 541       if (av.getScaleLeftWrapped())
 542       {
 543         drawWestScale(g, startRes, endx, ypos);
 544       }
 545
 546       if (av.getScaleRightWrapped())
 547       {
 548         g.translate(canvasWidth - LABEL_EAST, 0);
 549         drawEastScale(g, startRes, endx, ypos);
 550         g.translate(-(canvasWidth - LABEL_EAST), 0);
 551       }
 552
 553       g.translate(LABEL_WEST, 0);
 554
 555       if (av.getScaleAboveWrapped())
 556       {
 557         drawNorthScale(g, startRes, endx, ypos);
 558       }
 559
 560       if (av.hasHiddenColumns() && av.getShowHiddenMarkers())
 561       {
 562         g.setColor(Color.blue);
 563         int res;
 564         HiddenColumns hidden = av.getAlignment().getHiddenColumns();
 565         for (int i = 0; i < hidden.getHiddenRegions().size(); i++)
 566         {
 567           res = hidden.findHiddenRegionPosition(i) - startRes;
 568
 569           if (res < 0 || res > endx - startRes)
 570           {
 571             continue;
 572           }
 573
 574           gg.fillPolygon(
 575                   new int[] { res * charWidth - charHeight / 4,
 576                       res * charWidth + charHeight / 4, res * charWidth },
 577                   new int[] { ypos - (charHeight / 2),
 578                       ypos - (charHeight / 2), ypos - (charHeight / 2) + 8 },
 579                   3);
 580
 581         }
 582       }
 583
 584       // When printing we have an extra clipped region,
 585       // the Printable page which we need to account for here
 586       Shape clip = g.getClip();
 587
 588       if (clip == null)
 589       {
 590         g.setClip(0, 0, cWidth * charWidth, canvasHeight);
 591       }
 592       else
 593       {
 594         g.setClip(0, (int) clip.getBounds().getY(), cWidth * charWidth,
 595                 (int) clip.getBounds().getHeight());
 596       }
 597
 598       drawPanel(g, startRes, endx, 0, al.getHeight() - 1, ypos);
 599
 600       if (av.isShowAnnotation())
 601       {
 602         g.translate(0, cHeight + ypos + 3);
 603         if (annotations == null)
 604         {
 605           annotations = new AnnotationPanel(av);
 606         }
 607
 608         annotations.renderer.drawComponent(annotations, av, g, -1,
 609                 startRes, endx + 1);
 610         g.translate(0, -cHeight - ypos - 3);
 611       }
 612       g.setClip(clip);
 613       g.translate(-LABEL_WEST, 0);
 614
 615       ypos += cHeight + getAnnotationHeight() + hgap;
 616
 617       startRes += cWidth;
 618     }
 619   }
 620
 621   AnnotationPanel annotations;
 622
 623   int getAnnotationHeight()
 624   {
 625     if (!av.isShowAnnotation())
 626     {
 627       return 0;
 628     }
 629
 630     if (annotations == null)
 631     {
 632       annotations = new AnnotationPanel(av);
 633     }
 634
 635     return annotations.adjustPanelHeight();
 636   }
 637
 638   /**
 639    * DOCUMENT ME!
 640    *
 641    * @param g1
 642    *          DOCUMENT ME!
 643    * @param startRes
 644    *          DOCUMENT ME!
 645    * @param endRes
 646    *          DOCUMENT ME!
 647    * @param startSeq
 648    *          DOCUMENT ME!
 649    * @param endSeq
 650    *          DOCUMENT ME!
 651    * @param offset
 652    *          DOCUMENT ME!
 653    */
 654   public void drawPanel(Graphics g1, int startRes, int endRes,
 655           int startSeq, int endSeq, int offset)
 656   {
 657     updateViewport();
 658     if (!av.hasHiddenColumns())
 659     {
 660       draw(g1, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);
 661     }
 662     else
 663     {
 664       int screenY = 0;
 665       int blockStart = startRes;
 666       int blockEnd = endRes;
 667
 668       for (int[] region : av.getAlignment().getHiddenColumns())
 669       {
 670         int hideStart = region[0];
 671         int hideEnd = region[1];
 672
 673         if (hideStart <= blockStart)
 674         {
 675           blockStart += (hideEnd - hideStart) + 1;
 676           continue;
 677         }
 678
 679         blockEnd = hideStart - 1;
 680
 681         g1.translate(screenY * charWidth, 0);
 682
 683         draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);
 684
 685         if (av.getShowHiddenMarkers())
 686         {
 687           g1.setColor(Color.blue);
 688
 689           g1.drawLine((blockEnd - blockStart + 1) * charWidth - 1,
 690                   0 + offset, (blockEnd - blockStart + 1) * charWidth - 1,
 691                   (endSeq - startSeq + 1) * charHeight + offset);
 692         }
 693
 694         g1.translate(-screenY * charWidth, 0);
 695         screenY += blockEnd - blockStart + 1;
 696         blockStart = hideEnd + 1;
 697
 698         if (screenY > (endRes - startRes))
 699         {
 700           // already rendered last block
 701           return;
 702         }
 703       }
 704
 705       if (screenY <= (endRes - startRes))
 706       {
 707         // remaining visible region to render
 708         blockEnd = blockStart + (endRes - startRes) - screenY;
 709         g1.translate(screenY * charWidth, 0);
 710         draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);
 711
 712         g1.translate(-screenY * charWidth, 0);
 713       }
 714     }
 715
 716   }
 717
 718   // int startRes, int endRes, int startSeq, int endSeq, int x, int y,
 719   // int x1, int x2, int y1, int y2, int startx, int starty,
 720   private void draw(Graphics g, int startRes, int endRes, int startSeq,
 721           int endSeq, int offset)
 722   {
 723     g.setFont(av.getFont());
 724     sr.prepare(g, av.isRenderGaps());
 725
 726     SequenceI nextSeq;
 727
 728     // / First draw the sequences
 729     // ///////////////////////////
 730     for (int i = startSeq; i <= endSeq; i++)
 731     {
 732       nextSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 733       if (nextSeq == null)
 734       {
 735         // occasionally, a race condition occurs such that the alignment row is
 736         // empty
 737         continue;
 738       }
 739       sr.drawSequence(nextSeq, av.getAlignment().findAllGroups(nextSeq),
 740               startRes, endRes, offset + ((i - startSeq) * charHeight));
 741
 742       if (av.isShowSequenceFeatures())
 743       {
 744         fr.drawSequence(g, nextSeq, startRes, endRes, offset
 745                 + ((i - startSeq) * charHeight), false);
 746       }
 747
 748       // / Highlight search Results once all sequences have been drawn
 749       // ////////////////////////////////////////////////////////
 750       if (av.hasSearchResults())
 751       {
 752         int[] visibleResults = av.getSearchResults().getResults(nextSeq,
 753                 startRes, endRes);
 754         if (visibleResults != null)
 755         {
 756           for (int r = 0; r < visibleResults.length; r += 2)
 757           {
 758             sr.drawHighlightedText(nextSeq, visibleResults[r],
 759                     visibleResults[r + 1], (visibleResults[r] - startRes)
 760                             * charWidth, offset
 761                             + ((i - startSeq) * charHeight));
 762           }
 763         }
 764       }
 765
 766       if (av.cursorMode && cursorY == i && cursorX >= startRes
 767               && cursorX <= endRes)
 768       {
 769         sr.drawCursor(nextSeq, cursorX, (cursorX - startRes) * charWidth,
 770                 offset + ((i - startSeq) * charHeight));
 771       }
 772     }
 773
 774     if (av.getSelectionGroup() != null
 775             || av.getAlignment().getGroups().size() > 0)
 776     {
 777       drawGroupsBoundaries(g, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);
 778     }
 779
 780   }
 781
 782   void drawGroupsBoundaries(Graphics g1, int startRes, int endRes,
 783           int startSeq, int endSeq, int offset)
 784   {
 785     Graphics2D g = (Graphics2D) g1;
 786     //
 787     // ///////////////////////////////////
 788     // Now outline any areas if necessary
 789     // ///////////////////////////////////
 790     SequenceGroup group = av.getSelectionGroup();
 791
 792     int sx = -1;
 793     int sy = -1;
 794     int ex = -1;
 795     int groupIndex = -1;
 796     int visWidth = (endRes - startRes + 1) * charWidth;
 797
 798     if ((group == null) && (av.getAlignment().getGroups().size() > 0))
 799     {
 800       group = av.getAlignment().getGroups().get(0);
 801       groupIndex = 0;
 802     }
 803
 804     if (group != null)
 805     {
 806       do
 807       {
 808         int oldY = -1;
 809         int i = 0;
 810         boolean inGroup = false;
 811         int top = -1;
 812         int bottom = -1;
 813
 814         for (i = startSeq; i <= endSeq; i++)
 815         {
 816           sx = (group.getStartRes() - startRes) * charWidth;
 817           sy = offset + ((i - startSeq) * charHeight);
 818           ex = (((group.getEndRes() + 1) - group.getStartRes()) * charWidth) - 1;
 819
 820           if (sx + ex < 0 || sx > visWidth)
 821           {
 822             continue;
 823           }
 824
 825           if ((sx <= (endRes - startRes) * charWidth)
 826                   && group.getSequences(null).contains(
 827                           av.getAlignment().getSequenceAt(i)))
 828           {
 829             if ((bottom == -1)
 830                     && !group.getSequences(null).contains(
 831                             av.getAlignment().getSequenceAt(i + 1)))
 832             {
 833               bottom = sy + charHeight;
 834             }
 835
 836             if (!inGroup)
 837             {
 838               if (((top == -1) && (i == 0))
 839                       || !group.getSequences(null).contains(
 840                               av.getAlignment().getSequenceAt(i - 1)))
 841               {
 842                 top = sy;
 843               }
 844
 845               oldY = sy;
 846               inGroup = true;
 847
 848               if (group == av.getSelectionGroup())
 849               {
 850                 g.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_BUTT,
 851                         BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[] { 5f, 3f },
 852                         0f));
 853                 g.setColor(Color.RED);
 854               }
 855               else
 856               {
 857                 g.setStroke(new BasicStroke());
 858                 g.setColor(group.getOutlineColour());
 859               }
 860             }
 861           }
 862           else
 863           {
 864             if (inGroup)
 865             {
 866               if (sx >= 0 && sx < visWidth)
 867               {
 868                 g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);
 869               }
 870
 871               if (sx + ex < visWidth)
 872               {
 873                 g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);
 874               }
 875
 876               if (sx < 0)
 877               {
 878                 ex += sx;
 879                 sx = 0;
 880               }
 881
 882               if (sx + ex > visWidth)
 883               {
 884                 ex = visWidth;
 885               }
 886
 887               else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * charWidth)
 888               {
 889                 ex = (endRes - startRes + 1) * charWidth;
 890               }
 891
 892               if (top != -1)
 893               {
 894                 g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);
 895                 top = -1;
 896               }
 897
 898               if (bottom != -1)
 899               {
 900                 g.drawLine(sx, bottom, sx + ex, bottom);
 901                 bottom = -1;
 902               }
 903
 904               inGroup = false;
 905             }
 906           }
 907         }
 908
 909         if (inGroup)
 910         {
 911           sy = offset + ((i - startSeq) * charHeight);
 912           if (sx >= 0 && sx < visWidth)
 913           {
 914             g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);
 915           }
 916
 917           if (sx + ex < visWidth)
 918           {
 919             g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);
 920           }
 921
 922           if (sx < 0)
 923           {
 924             ex += sx;
 925             sx = 0;
 926           }
 927
 928           if (sx + ex > visWidth)
 929           {
 930             ex = visWidth;
 931           }
 932           else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * charWidth)
 933           {
 934             ex = (endRes - startRes + 1) * charWidth;
 935           }
 936
 937           if (top != -1)
 938           {
 939             g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);
 940             top = -1;
 941           }
 942
 943           if (bottom != -1)
 944           {
 945             g.drawLine(sx, bottom - 1, sx + ex, bottom - 1);
 946             bottom = -1;
 947           }
 948
 949           inGroup = false;
 950         }
 951
 952         groupIndex++;
 953
 954         g.setStroke(new BasicStroke());
 955
 956         if (groupIndex >= av.getAlignment().getGroups().size())
 957         {
 958           break;
 959         }
 960
 961         group = av.getAlignment().getGroups().get(groupIndex);
 962
 963       } while (groupIndex < av.getAlignment().getGroups().size());
 964
 965     }
 966
 967   }
 968
 969   /**
 970    * DOCUMENT ME!
 971    *
 972    * @param results
 973    *          DOCUMENT ME!
 974    */
 975   public void highlightSearchResults(SearchResultsI results)
 976   {
 977     img = null;
 978
 979     av.setSearchResults(results);
 980
 981     repaint();
 982   }
 983
 984   @Override
 985   public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 986   {
 987     if (!av.getWrapAlignment())
 988     {
 989       if (evt.getPropertyName().equals("startres")
 990               || evt.getPropertyName().equals("endres"))
 991       {
 992         // Make sure we're not trying to draw a panel
 993         // larger than the visible window
 994         ViewportRanges vpRanges = av.getRanges();
 995         int scrollX = (int) evt.getNewValue() - (int) evt.getOldValue();
 996         if (scrollX > vpRanges.getEndRes() - vpRanges.getStartRes())
 997         {
 998           scrollX = vpRanges.getEndRes() - vpRanges.getStartRes();
 999         }
1000         else if (scrollX < vpRanges.getStartRes() - vpRanges.getEndRes())
1001         {
1002           scrollX = vpRanges.getStartRes() - vpRanges.getEndRes();
1003         }
1004         fastPaint(scrollX, 0);
1005       }
1006       else if (evt.getPropertyName().equals("startseq")
1007               || evt.getPropertyName().equals("endseq"))
1008       {
1009         fastPaint(0, (int) evt.getNewValue() - (int) evt.getOldValue());
1010       }
1011     }
1012   }
1013 }