src/jalview/gui/SeqCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  25 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
  26 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  27 import jalview.datamodel.SequenceI;
  28 import jalview.renderer.ScaleRenderer;
  29 import jalview.renderer.ScaleRenderer.ScaleMark;
  30 import jalview.viewmodel.ViewportListenerI;
  31 import jalview.viewmodel.ViewportRanges;
  32
  33 import java.awt.BasicStroke;
  34 import java.awt.BorderLayout;
  35 import java.awt.Color;
  36 import java.awt.FontMetrics;
  37 import java.awt.Graphics;
  38 import java.awt.Graphics2D;
  39 import java.awt.RenderingHints;
  40 import java.awt.Shape;
  41 import java.awt.image.BufferedImage;
  42 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  43 import java.util.List;
  44
  45 import javax.swing.JComponent;
  46
  47 /**
  48  * DOCUMENT ME!
  49  *
  50  * @author $author$
  51  * @version $Revision$
  52  */
  53 public class SeqCanvas extends JComponent implements ViewportListenerI
  54 {
  55   final FeatureRenderer fr;
  56
  57   final SequenceRenderer sr;
  58
  59   BufferedImage img;
  60
  61   Graphics2D gg;
  62
  63   int imgWidth;
  64
  65   int imgHeight;
  66
  67   AlignViewport av;
  68
  69   boolean fastPaint = false;
  70
  71   int LABEL_WEST;
  72
  73   int LABEL_EAST;
  74
  75   int cursorX = 0;
  76
  77   int cursorY = 0;
  78
  79   /**
  80    * Creates a new SeqCanvas object.
  81    *
  82    * @param av
  83    *          DOCUMENT ME!
  84    */
  85   public SeqCanvas(AlignmentPanel ap)
  86   {
  87     this.av = ap.av;
  88     updateViewport();
  89     fr = new FeatureRenderer(ap);
  90     sr = new SequenceRenderer(av);
  91     setLayout(new BorderLayout());
  92     PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());
  93     setBackground(Color.white);
  94
  95     av.getRanges().addPropertyChangeListener(this);
  96   }
  97
  98   public SequenceRenderer getSequenceRenderer()
  99   {
 100     return sr;
 101   }
 102
 103   public FeatureRenderer getFeatureRenderer()
 104   {
 105     return fr;
 106   }
 107
 108   int charHeight = 0, charWidth = 0;
 109
 110   private void updateViewport()
 111   {
 112     charHeight = av.getCharHeight();
 113     charWidth = av.getCharWidth();
 114   }
 115
 116   /**
 117    * DOCUMENT ME!
 118    *
 119    * @param g
 120    *          DOCUMENT ME!
 121    * @param startx
 122    *          DOCUMENT ME!
 123    * @param endx
 124    *          DOCUMENT ME!
 125    * @param ypos
 126    *          DOCUMENT ME!
 127    */
 128   private void drawNorthScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 129   {
 130     updateViewport();
 131     for (ScaleMark mark : new ScaleRenderer().calculateMarks(av, startx,
 132             endx))
 133     {
 134       int mpos = mark.column; // (i - startx - 1)
 135       if (mpos < 0)
 136       {
 137         continue;
 138       }
 139       String mstring = mark.text;
 140
 141       if (mark.major)
 142       {
 143         if (mstring != null)
 144         {
 145           g.drawString(mstring, mpos * charWidth, ypos - (charHeight / 2));
 146         }
 147         g.drawLine((mpos * charWidth) + (charWidth / 2), (ypos + 2)
 148                 - (charHeight / 2), (mpos * charWidth) + (charWidth / 2),
 149                 ypos - 2);
 150       }
 151     }
 152   }
 153
 154   /**
 155    * DOCUMENT ME!
 156    *
 157    * @param g
 158    *          DOCUMENT ME!
 159    * @param startx
 160    *          DOCUMENT ME!
 161    * @param endx
 162    *          DOCUMENT ME!
 163    * @param ypos
 164    *          DOCUMENT ME!
 165    */
 166   void drawWestScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 167   {
 168     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 169     ypos += charHeight;
 170
 171     if (av.hasHiddenColumns())
 172     {
 173       startx = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 174               .adjustForHiddenColumns(startx);
 175       endx = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 176               .adjustForHiddenColumns(endx);
 177     }
 178
 179     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth();
 180     if (av.hasHiddenColumns())
 181     {
 182       maxwidth = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 183               .findColumnPosition(maxwidth) - 1;
 184     }
 185
 186     // WEST SCALE
 187     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 188     {
 189       SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 190       int index = startx;
 191       int value = -1;
 192
 193       while (index < endx)
 194       {
 195         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))
 196         {
 197           index++;
 198
 199           continue;
 200         }
 201
 202         value = av.getAlignment().getSequenceAt(i).findPosition(index);
 203
 204         break;
 205       }
 206
 207       if (value != -1)
 208       {
 209         int x = LABEL_WEST - fm.stringWidth(String.valueOf(value))
 210                 - charWidth / 2;
 211         g.drawString(value + "", x, (ypos + (i * charHeight))
 212                 - (charHeight / 5));
 213       }
 214     }
 215   }
 216
 217   /**
 218    * DOCUMENT ME!
 219    *
 220    * @param g
 221    *          DOCUMENT ME!
 222    * @param startx
 223    *          DOCUMENT ME!
 224    * @param endx
 225    *          DOCUMENT ME!
 226    * @param ypos
 227    *          DOCUMENT ME!
 228    */
 229   void drawEastScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 230   {
 231     ypos += charHeight;
 232
 233     if (av.hasHiddenColumns())
 234     {
 235       endx = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 236               .adjustForHiddenColumns(endx);
 237     }
 238
 239     SequenceI seq;
 240     // EAST SCALE
 241     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 242     {
 243       seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 244       int index = endx;
 245       int value = -1;
 246
 247       while (index > startx)
 248       {
 249         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))
 250         {
 251           index--;
 252
 253           continue;
 254         }
 255
 256         value = seq.findPosition(index);
 257
 258         break;
 259       }
 260
 261       if (value != -1)
 262       {
 263         g.drawString(String.valueOf(value), 0, (ypos + (i * charHeight))
 264                 - (charHeight / 5));
 265       }
 266     }
 267   }
 268
 269   boolean fastpainting = false;
 270
 271   /**
 272    * need to make this thread safe move alignment rendering in response to
 273    * slider adjustment
 274    *
 275    * @param horizontal
 276    *          shift along
 277    * @param vertical
 278    *          shift up or down in repaint
 279    */
 280   public void fastPaint(int horizontal, int vertical)
 281   {
 282     if (fastpainting || gg == null)
 283     {
 284       return;
 285     }
 286     fastpainting = true;
 287     fastPaint = true;
 288     updateViewport();
 289     gg.copyArea(horizontal * charWidth, vertical * charHeight, imgWidth,
 290             imgHeight, -horizontal * charWidth, -vertical * charHeight);
 291
 292     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 293     int sr = ranges.getStartRes();
 294     int er = ranges.getEndRes();
 295     int ss = ranges.getStartSeq();
 296     int es = ranges.getEndSeq();
 297     int transX = 0;
 298     int transY = 0;
 299
 300     if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left
 301     {
 302       transX = (er - sr - horizontal) * charWidth;
 303       sr = er - horizontal;
 304     }
 305     else if (horizontal < 0)
 306     {
 307       er = sr - horizontal;
 308     }
 309     else if (vertical > 0) // scroll down
 310     {
 311       ss = es - vertical;
 312
 313       if (ss < ranges.getStartSeq())
 314       { // ie scrolling too fast, more than a page at a time
 315         ss = ranges.getStartSeq();
 316       }
 317       else
 318       {
 319         transY = imgHeight - ((vertical + 1) * charHeight);
 320       }
 321     }
 322     else if (vertical < 0)
 323     {
 324       es = ss - vertical;
 325
 326       if (es > ranges.getEndSeq())
 327       {
 328         es = ranges.getEndSeq();
 329       }
 330     }
 331
 332     gg.translate(transX, transY);
 333     drawPanel(gg, sr, er, ss, es, 0);
 334     gg.translate(-transX, -transY);
 335
 336     repaint();
 337     fastpainting = false;
 338   }
 339
 340   /**
 341    * Definitions of startx and endx (hopefully): SMJS This is what I'm working
 342    * towards! startx is the first residue (starting at 0) to display. endx is
 343    * the last residue to display (starting at 0). starty is the first sequence
 344    * to display (starting at 0). endy is the last sequence to display (starting
 345    * at 0). NOTE 1: The av limits are set in setFont in this class and in the
 346    * adjustment listener in SeqPanel when the scrollbars move.
 347    */
 348
 349   // Set this to false to force a full panel paint
 350   @Override
 351   public void paintComponent(Graphics g)
 352   {
 353     updateViewport();
 354     BufferedImage lcimg = img; // take reference since other threads may null
 355     // img and call later.
 356     super.paintComponent(g);
 357
 358     if (lcimg != null
 359             && (fastPaint
 360                     || (getVisibleRect().width != g.getClipBounds().width) || (getVisibleRect().height != g
 361                     .getClipBounds().height)))
 362     {
 363       g.drawImage(lcimg, 0, 0, this);
 364       fastPaint = false;
 365       return;
 366     }
 367
 368     // this draws the whole of the alignment
 369     imgWidth = getWidth();
 370     imgHeight = getHeight();
 371
 372     imgWidth -= (imgWidth % charWidth);
 373     imgHeight -= (imgHeight % charHeight);
 374
 375     if ((imgWidth < 1) || (imgHeight < 1))
 376     {
 377       return;
 378     }
 379
 380     if (lcimg == null || imgWidth != lcimg.getWidth()
 381             || imgHeight != lcimg.getHeight())
 382     {
 383       try
 384       {
 385         lcimg = img = new BufferedImage(imgWidth, imgHeight,
 386                 BufferedImage.TYPE_INT_RGB);
 387         gg = (Graphics2D) img.getGraphics();
 388         gg.setFont(av.getFont());
 389       } catch (OutOfMemoryError er)
 390       {
 391         System.gc();
 392         System.err.println("SeqCanvas OutOfMemory Redraw Error.\n" + er);
 393         new OOMWarning("Creating alignment image for display", er);
 394
 395         return;
 396       }
 397     }
 398
 399     if (av.antiAlias)
 400     {
 401       gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
 402               RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
 403     }
 404
 405     gg.setColor(Color.white);
 406     gg.fillRect(0, 0, imgWidth, imgHeight);
 407
 408     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 409     if (av.getWrapAlignment())
 410     {
 411       drawWrappedPanel(gg, getWidth(), getHeight(), ranges.getStartRes());
 412     }
 413     else
 414     {
 415       drawPanel(gg, ranges.getStartRes(), ranges.getEndRes(),
 416               ranges.getStartSeq(), ranges.getEndSeq(), 0);
 417     }
 418
 419     g.drawImage(lcimg, 0, 0, this);
 420
 421   }
 422
 423   /**
 424    * DOCUMENT ME!
 425    *
 426    * @param cwidth
 427    *          DOCUMENT ME!
 428    *
 429    * @return DOCUMENT ME!
 430    */
 431   public int getWrappedCanvasWidth(int cwidth)
 432   {
 433     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 434
 435     LABEL_EAST = 0;
 436     LABEL_WEST = 0;
 437
 438     if (av.getScaleRightWrapped())
 439     {
 440       LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());
 441     }
 442
 443     if (av.getScaleLeftWrapped())
 444     {
 445       LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());
 446     }
 447
 448     return (cwidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / charWidth;
 449   }
 450
 451   /**
 452    * Generates a string of zeroes.
 453    *
 454    * @return String
 455    */
 456   String getMask()
 457   {
 458     String mask = "00";
 459     int maxWidth = 0;
 460     int tmp;
 461     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 462     {
 463       tmp = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getEnd();
 464       if (tmp > maxWidth)
 465       {
 466         maxWidth = tmp;
 467       }
 468     }
 469
 470     for (int i = maxWidth; i > 0; i /= 10)
 471     {
 472       mask += "0";
 473     }
 474     return mask;
 475   }
 476
 477   /**
 478    * DOCUMENT ME!
 479    *
 480    * @param g
 481    *          DOCUMENT ME!
 482    * @param canvasWidth
 483    *          DOCUMENT ME!
 484    * @param canvasHeight
 485    *          DOCUMENT ME!
 486    * @param startRes
 487    *          DOCUMENT ME!
 488    */
 489   public void drawWrappedPanel(Graphics g, int canvasWidth,
 490           int canvasHeight, int startRes)
 491   {
 492     updateViewport();
 493     AlignmentI al = av.getAlignment();
 494
 495     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 496
 497     if (av.getScaleRightWrapped())
 498     {
 499       LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());
 500     }
 501
 502     if (av.getScaleLeftWrapped())
 503     {
 504       LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());
 505     }
 506
 507     int hgap = charHeight;
 508     if (av.getScaleAboveWrapped())
 509     {
 510       hgap += charHeight;
 511     }
 512
 513     int cWidth = (canvasWidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / charWidth;
 514     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * charHeight;
 515
 516     av.setWrappedWidth(cWidth);
 517
 518     av.getRanges().setEndRes(av.getRanges().getStartRes() + cWidth - 1);
 519
 520     int endx;
 521     int ypos = hgap;
 522     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 523
 524     if (av.hasHiddenColumns())
 525     {
 526       maxwidth = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 527               .findColumnPosition(maxwidth) - 1;
 528     }
 529
 530     while ((ypos <= canvasHeight) && (startRes < maxwidth))
 531     {
 532       endx = startRes + cWidth - 1;
 533
 534       if (endx > maxwidth)
 535       {
 536         endx = maxwidth;
 537       }
 538
 539       g.setFont(av.getFont());
 540       g.setColor(Color.black);
 541
 542       if (av.getScaleLeftWrapped())
 543       {
 544         drawWestScale(g, startRes, endx, ypos);
 545       }
 546
 547       if (av.getScaleRightWrapped())
 548       {
 549         g.translate(canvasWidth - LABEL_EAST, 0);
 550         drawEastScale(g, startRes, endx, ypos);
 551         g.translate(-(canvasWidth - LABEL_EAST), 0);
 552       }
 553
 554       g.translate(LABEL_WEST, 0);
 555
 556       if (av.getScaleAboveWrapped())
 557       {
 558         drawNorthScale(g, startRes, endx, ypos);
 559       }
 560
 561       if (av.hasHiddenColumns() && av.getShowHiddenMarkers())
 562       {
 563         g.setColor(Color.blue);
 564         int res;
 565         HiddenColumns hidden = av.getAlignment().getHiddenColumns();
 566         List<Integer> positions = hidden.findHiddenRegionPositions();
 567         for (int pos : positions)
 568         {
 569           res = pos - startRes;
 570
 571           if (res < 0 || res > endx - startRes)
 572           {
 573             continue;
 574           }
 575
 576           gg.fillPolygon(
 577                   new int[] { res * charWidth - charHeight / 4,
 578                       res * charWidth + charHeight / 4, res * charWidth },
 579                   new int[] { ypos - (charHeight / 2),
 580                       ypos - (charHeight / 2), ypos - (charHeight / 2) + 8 },
 581                   3);
 582
 583         }
 584       }
 585
 586       // When printing we have an extra clipped region,
 587       // the Printable page which we need to account for here
 588       Shape clip = g.getClip();
 589
 590       if (clip == null)
 591       {
 592         g.setClip(0, 0, cWidth * charWidth, canvasHeight);
 593       }
 594       else
 595       {
 596         g.setClip(0, (int) clip.getBounds().getY(), cWidth * charWidth,
 597                 (int) clip.getBounds().getHeight());
 598       }
 599
 600       drawPanel(g, startRes, endx, 0, al.getHeight() - 1, ypos);
 601
 602       if (av.isShowAnnotation())
 603       {
 604         g.translate(0, cHeight + ypos + 3);
 605         if (annotations == null)
 606         {
 607           annotations = new AnnotationPanel(av);
 608         }
 609
 610         annotations.renderer.drawComponent(annotations, av, g, -1,
 611                 startRes, endx + 1);
 612         g.translate(0, -cHeight - ypos - 3);
 613       }
 614       g.setClip(clip);
 615       g.translate(-LABEL_WEST, 0);
 616
 617       ypos += cHeight + getAnnotationHeight() + hgap;
 618
 619       startRes += cWidth;
 620     }
 621   }
 622
 623   AnnotationPanel annotations;
 624
 625   int getAnnotationHeight()
 626   {
 627     if (!av.isShowAnnotation())
 628     {
 629       return 0;
 630     }
 631
 632     if (annotations == null)
 633     {
 634       annotations = new AnnotationPanel(av);
 635     }
 636
 637     return annotations.adjustPanelHeight();
 638   }
 639
 640   /**
 641    * DOCUMENT ME!
 642    *
 643    * @param g1
 644    *          DOCUMENT ME!
 645    * @param startRes
 646    *          DOCUMENT ME!
 647    * @param endRes
 648    *          DOCUMENT ME!
 649    * @param startSeq
 650    *          DOCUMENT ME!
 651    * @param endSeq
 652    *          DOCUMENT ME!
 653    * @param offset
 654    *          DOCUMENT ME!
 655    */
 656   public void drawPanel(Graphics g1, int startRes, int endRes,
 657           int startSeq, int endSeq, int offset)
 658   {
 659     updateViewport();
 660     if (!av.hasHiddenColumns())
 661     {
 662       draw(g1, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);
 663     }
 664     else
 665     {
 666       int screenY = 0;
 667       int blockStart = startRes;
 668       int blockEnd = endRes;
 669
 670       for (int[] region : av.getAlignment().getHiddenColumns()
 671               .getHiddenColumnsCopyAsList())
 672       {
 673         int hideStart = region[0];
 674         int hideEnd = region[1];
 675
 676         if (hideStart <= blockStart)
 677         {
 678           blockStart += (hideEnd - hideStart) + 1;
 679           continue;
 680         }
 681
 682         blockEnd = hideStart - 1;
 683
 684         g1.translate(screenY * charWidth, 0);
 685
 686         draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);
 687
 688         if (av.getShowHiddenMarkers())
 689         {
 690           g1.setColor(Color.blue);
 691
 692           g1.drawLine((blockEnd - blockStart + 1) * charWidth - 1,
 693                   0 + offset, (blockEnd - blockStart + 1) * charWidth - 1,
 694                   (endSeq - startSeq + 1) * charHeight + offset);
 695         }
 696
 697         g1.translate(-screenY * charWidth, 0);
 698         screenY += blockEnd - blockStart + 1;
 699         blockStart = hideEnd + 1;
 700
 701         if (screenY > (endRes - startRes))
 702         {
 703           // already rendered last block
 704           return;
 705         }
 706       }
 707
 708       if (screenY <= (endRes - startRes))
 709       {
 710         // remaining visible region to render
 711         blockEnd = blockStart + (endRes - startRes) - screenY;
 712         g1.translate(screenY * charWidth, 0);
 713         draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);
 714
 715         g1.translate(-screenY * charWidth, 0);
 716       }
 717     }
 718
 719   }
 720
 721   // int startRes, int endRes, int startSeq, int endSeq, int x, int y,
 722   // int x1, int x2, int y1, int y2, int startx, int starty,
 723   private void draw(Graphics g, int startRes, int endRes, int startSeq,
 724           int endSeq, int offset)
 725   {
 726     g.setFont(av.getFont());
 727     sr.prepare(g, av.isRenderGaps());
 728
 729     SequenceI nextSeq;
 730
 731     // / First draw the sequences
 732     // ///////////////////////////
 733     for (int i = startSeq; i <= endSeq; i++)
 734     {
 735       nextSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 736       if (nextSeq == null)
 737       {
 738         // occasionally, a race condition occurs such that the alignment row is
 739         // empty
 740         continue;
 741       }
 742       sr.drawSequence(nextSeq, av.getAlignment().findAllGroups(nextSeq),
 743               startRes, endRes, offset + ((i - startSeq) * charHeight));
 744
 745       if (av.isShowSequenceFeatures())
 746       {
 747         fr.drawSequence(g, nextSeq, startRes, endRes, offset
 748                 + ((i - startSeq) * charHeight), false);
 749       }
 750
 751       // / Highlight search Results once all sequences have been drawn
 752       // ////////////////////////////////////////////////////////
 753       if (av.hasSearchResults())
 754       {
 755         int[] visibleResults = av.getSearchResults().getResults(nextSeq,
 756                 startRes, endRes);
 757         if (visibleResults != null)
 758         {
 759           for (int r = 0; r < visibleResults.length; r += 2)
 760           {
 761             sr.drawHighlightedText(nextSeq, visibleResults[r],
 762                     visibleResults[r + 1], (visibleResults[r] - startRes)
 763                             * charWidth, offset
 764                             + ((i - startSeq) * charHeight));
 765           }
 766         }
 767       }
 768
 769       if (av.cursorMode && cursorY == i && cursorX >= startRes
 770               && cursorX <= endRes)
 771       {
 772         sr.drawCursor(nextSeq, cursorX, (cursorX - startRes) * charWidth,
 773                 offset + ((i - startSeq) * charHeight));
 774       }
 775     }
 776
 777     if (av.getSelectionGroup() != null
 778             || av.getAlignment().getGroups().size() > 0)
 779     {
 780       drawGroupsBoundaries(g, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);
 781     }
 782
 783   }
 784
 785   void drawGroupsBoundaries(Graphics g1, int startRes, int endRes,
 786           int startSeq, int endSeq, int offset)
 787   {
 788     Graphics2D g = (Graphics2D) g1;
 789     //
 790     // ///////////////////////////////////
 791     // Now outline any areas if necessary
 792     // ///////////////////////////////////
 793     SequenceGroup group = av.getSelectionGroup();
 794
 795     int sx = -1;
 796     int sy = -1;
 797     int ex = -1;
 798     int groupIndex = -1;
 799     int visWidth = (endRes - startRes + 1) * charWidth;
 800
 801     if ((group == null) && (av.getAlignment().getGroups().size() > 0))
 802     {
 803       group = av.getAlignment().getGroups().get(0);
 804       groupIndex = 0;
 805     }
 806
 807     if (group != null)
 808     {
 809       do
 810       {
 811         int oldY = -1;
 812         int i = 0;
 813         boolean inGroup = false;
 814         int top = -1;
 815         int bottom = -1;
 816
 817         for (i = startSeq; i <= endSeq; i++)
 818         {
 819           sx = (group.getStartRes() - startRes) * charWidth;
 820           sy = offset + ((i - startSeq) * charHeight);
 821           ex = (((group.getEndRes() + 1) - group.getStartRes()) * charWidth) - 1;
 822
 823           if (sx + ex < 0 || sx > visWidth)
 824           {
 825             continue;
 826           }
 827
 828           if ((sx <= (endRes - startRes) * charWidth)
 829                   && group.getSequences(null).contains(
 830                           av.getAlignment().getSequenceAt(i)))
 831           {
 832             if ((bottom == -1)
 833                     && !group.getSequences(null).contains(
 834                             av.getAlignment().getSequenceAt(i + 1)))
 835             {
 836               bottom = sy + charHeight;
 837             }
 838
 839             if (!inGroup)
 840             {
 841               if (((top == -1) && (i == 0))
 842                       || !group.getSequences(null).contains(
 843                               av.getAlignment().getSequenceAt(i - 1)))
 844               {
 845                 top = sy;
 846               }
 847
 848               oldY = sy;
 849               inGroup = true;
 850
 851               if (group == av.getSelectionGroup())
 852               {
 853                 g.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_BUTT,
 854                         BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[] { 5f, 3f },
 855                         0f));
 856                 g.setColor(Color.RED);
 857               }
 858               else
 859               {
 860                 g.setStroke(new BasicStroke());
 861                 g.setColor(group.getOutlineColour());
 862               }
 863             }
 864           }
 865           else
 866           {
 867             if (inGroup)
 868             {
 869               if (sx >= 0 && sx < visWidth)
 870               {
 871                 g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);
 872               }
 873
 874               if (sx + ex < visWidth)
 875               {
 876                 g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);
 877               }
 878
 879               if (sx < 0)
 880               {
 881                 ex += sx;
 882                 sx = 0;
 883               }
 884
 885               if (sx + ex > visWidth)
 886               {
 887                 ex = visWidth;
 888               }
 889
 890               else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * charWidth)
 891               {
 892                 ex = (endRes - startRes + 1) * charWidth;
 893               }
 894
 895               if (top != -1)
 896               {
 897                 g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);
 898                 top = -1;
 899               }
 900
 901               if (bottom != -1)
 902               {
 903                 g.drawLine(sx, bottom, sx + ex, bottom);
 904                 bottom = -1;
 905               }
 906
 907               inGroup = false;
 908             }
 909           }
 910         }
 911
 912         if (inGroup)
 913         {
 914           sy = offset + ((i - startSeq) * charHeight);
 915           if (sx >= 0 && sx < visWidth)
 916           {
 917             g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);
 918           }
 919
 920           if (sx + ex < visWidth)
 921           {
 922             g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);
 923           }
 924
 925           if (sx < 0)
 926           {
 927             ex += sx;
 928             sx = 0;
 929           }
 930
 931           if (sx + ex > visWidth)
 932           {
 933             ex = visWidth;
 934           }
 935           else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * charWidth)
 936           {
 937             ex = (endRes - startRes + 1) * charWidth;
 938           }
 939
 940           if (top != -1)
 941           {
 942             g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);
 943             top = -1;
 944           }
 945
 946           if (bottom != -1)
 947           {
 948             g.drawLine(sx, bottom - 1, sx + ex, bottom - 1);
 949             bottom = -1;
 950           }
 951
 952           inGroup = false;
 953         }
 954
 955         groupIndex++;
 956
 957         g.setStroke(new BasicStroke());
 958
 959         if (groupIndex >= av.getAlignment().getGroups().size())
 960         {
 961           break;
 962         }
 963
 964         group = av.getAlignment().getGroups().get(groupIndex);
 965
 966       } while (groupIndex < av.getAlignment().getGroups().size());
 967
 968     }
 969
 970   }
 971
 972   /**
 973    * DOCUMENT ME!
 974    *
 975    * @param results
 976    *          DOCUMENT ME!
 977    */
 978   public void highlightSearchResults(SearchResultsI results)
 979   {
 980     img = null;
 981
 982     av.setSearchResults(results);
 983
 984     repaint();
 985   }
 986
 987   @Override
 988   public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
 989   {
 990     if (!av.getWrapAlignment())
 991     {
 992       if (evt.getPropertyName().equals("startres")
 993               || evt.getPropertyName().equals("endres"))
 994       {
 995         // Make sure we're not trying to draw a panel
 996         // larger than the visible window
 997         ViewportRanges vpRanges = av.getRanges();
 998         int scrollX = (int) evt.getNewValue() - (int) evt.getOldValue();
 999         if (scrollX > vpRanges.getEndRes() - vpRanges.getStartRes())
1000         {
1001           scrollX = vpRanges.getEndRes() - vpRanges.getStartRes();
1002         }
1003         else if (scrollX < vpRanges.getStartRes() - vpRanges.getEndRes())
1004         {
1005           scrollX = vpRanges.getStartRes() - vpRanges.getEndRes();
1006         }
1007         fastPaint(scrollX, 0);
1008       }
1009       else if (evt.getPropertyName().equals("startseq")
1010               || evt.getPropertyName().equals("endseq"))
1011       {
1012         fastPaint(0, (int) evt.getNewValue() - (int) evt.getOldValue());
1013       }
1014     }
1015   }
1016 }