src/jalview/gui/SeqCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  25 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
  26 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  27 import jalview.datamodel.SequenceI;
  28 import jalview.renderer.ScaleRenderer;
  29 import jalview.renderer.ScaleRenderer.ScaleMark;
  30 import jalview.viewmodel.ViewportListenerI;
  31 import jalview.viewmodel.ViewportRanges;
  32
  33 import java.awt.AlphaComposite;
  34 import java.awt.BasicStroke;
  35 import java.awt.BorderLayout;
  36 import java.awt.Color;
  37 import java.awt.FontMetrics;
  38 import java.awt.Graphics;
  39 import java.awt.Graphics2D;
  40 import java.awt.RenderingHints;
  41 import java.awt.Shape;
  42 import java.awt.image.BufferedImage;
  43 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  44 import java.util.List;
  45
  46 import javax.swing.JComponent;
  47
  48 /**
  49  * DOCUMENT ME!
  50  *
  51  * @author $author$
  52  * @version $Revision$
  53  */
  54 public class SeqCanvas extends JComponent implements ViewportListenerI
  55 {
  56   private static String ZEROS = "0000000000";
  57
  58   final FeatureRenderer fr;
  59
  60   final SequenceRenderer seqRdr;
  61
  62   BufferedImage img;
  63
  64   Graphics2D gg;
  65
  66   AlignViewport av;
  67
  68   boolean fastPaint = false;
  69
  70   int labelWidthWest;
  71
  72   int labelWidthEast;
  73
  74   int cursorX = 0;
  75
  76   int cursorY = 0;
  77
  78   int charHeight = 0;
  79
  80   int charWidth = 0;
  81
  82   boolean fastpainting = false;
  83
  84   AnnotationPanel annotations;
  85
  86   /**
  87    * Creates a new SeqCanvas object.
  88    *
  89    * @param av
  90    *          DOCUMENT ME!
  91    */
  92   public SeqCanvas(AlignmentPanel ap)
  93   {
  94     this.av = ap.av;
  95     updateViewport();
  96     fr = new FeatureRenderer(ap);
  97     seqRdr = new SequenceRenderer(av);
  98     setLayout(new BorderLayout());
  99     PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());
 100     setBackground(Color.white);
 101
 102     av.getRanges().addPropertyChangeListener(this);
 103   }
 104
 105   public SequenceRenderer getSequenceRenderer()
 106   {
 107     return seqRdr;
 108   }
 109
 110   public FeatureRenderer getFeatureRenderer()
 111   {
 112     return fr;
 113   }
 114
 115   private void updateViewport()
 116   {
 117     charHeight = av.getCharHeight();
 118     charWidth = av.getCharWidth();
 119   }
 120
 121   /**
 122    * DOCUMENT ME!
 123    *
 124    * @param g
 125    *          DOCUMENT ME!
 126    * @param startx
 127    *          DOCUMENT ME!
 128    * @param endx
 129    *          DOCUMENT ME!
 130    * @param ypos
 131    *          DOCUMENT ME!
 132    */
 133   private void drawNorthScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 134   {
 135     updateViewport();
 136     for (ScaleMark mark : new ScaleRenderer().calculateMarks(av, startx,
 137             endx))
 138     {
 139       int mpos = mark.column; // (i - startx - 1)
 140       if (mpos < 0)
 141       {
 142         continue;
 143       }
 144       String mstring = mark.text;
 145
 146       if (mark.major)
 147       {
 148         if (mstring != null)
 149         {
 150           g.drawString(mstring, mpos * charWidth, ypos - (charHeight / 2));
 151         }
 152         g.drawLine((mpos * charWidth) + (charWidth / 2),
 153                 (ypos + 2) - (charHeight / 2),
 154                 (mpos * charWidth) + (charWidth / 2), ypos - 2);
 155       }
 156     }
 157   }
 158
 159   /**
 160    * DOCUMENT ME!
 161    *
 162    * @param g
 163    *          DOCUMENT ME!
 164    * @param startx
 165    *          DOCUMENT ME!
 166    * @param endx
 167    *          DOCUMENT ME!
 168    * @param ypos
 169    *          DOCUMENT ME!
 170    */
 171   void drawWestScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 172   {
 173     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 174     ypos += charHeight;
 175
 176     if (av.hasHiddenColumns())
 177     {
 178       startx = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 179               .adjustForHiddenColumns(startx);
 180       endx = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 181               .adjustForHiddenColumns(endx);
 182     }
 183
 184     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth();
 185     if (av.hasHiddenColumns())
 186     {
 187       maxwidth = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 188               .findColumnPosition(maxwidth) - 1;
 189     }
 190
 191     // WEST SCALE
 192     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 193     {
 194       SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 195       int index = startx;
 196       int value = -1;
 197
 198       while (index < endx)
 199       {
 200         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))
 201         {
 202           index++;
 203
 204           continue;
 205         }
 206
 207         value = av.getAlignment().getSequenceAt(i).findPosition(index);
 208
 209         break;
 210       }
 211
 212       if (value != -1)
 213       {
 214         int x = labelWidthWest - fm.stringWidth(String.valueOf(value))
 215                 - charWidth / 2;
 216         g.drawString(value + "", x,
 217                 (ypos + (i * charHeight)) - (charHeight / 5));
 218       }
 219     }
 220   }
 221
 222   /**
 223    * DOCUMENT ME!
 224    *
 225    * @param g
 226    *          DOCUMENT ME!
 227    * @param startx
 228    *          DOCUMENT ME!
 229    * @param endx
 230    *          DOCUMENT ME!
 231    * @param ypos
 232    *          DOCUMENT ME!
 233    */
 234   void drawEastScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 235   {
 236     ypos += charHeight;
 237
 238     if (av.hasHiddenColumns())
 239     {
 240       endx = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 241               .adjustForHiddenColumns(endx);
 242     }
 243
 244     SequenceI seq;
 245     // EAST SCALE
 246     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 247     {
 248       seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 249       int index = endx;
 250       int value = -1;
 251
 252       while (index > startx)
 253       {
 254         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))
 255         {
 256           index--;
 257
 258           continue;
 259         }
 260
 261         value = seq.findPosition(index);
 262
 263         break;
 264       }
 265
 266       if (value != -1)
 267       {
 268         g.drawString(String.valueOf(value), 0,
 269                 (ypos + (i * charHeight)) - (charHeight / 5));
 270       }
 271     }
 272   }
 273
 274
 275   /**
 276    * need to make this thread safe move alignment rendering in response to
 277    * slider adjustment
 278    *
 279    * @param horizontal
 280    *          shift along
 281    * @param vertical
 282    *          shift up or down in repaint
 283    */
 284   public void fastPaint(int horizontal, int vertical)
 285   {
 286     if (fastpainting || gg == null)
 287     {
 288       return;
 289     }
 290     fastpainting = true;
 291     fastPaint = true;
 292     updateViewport();
 293
 294     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 295     int startRes = ranges.getStartRes();
 296     int endRes = ranges.getEndRes();
 297     int startSeq = ranges.getStartSeq();
 298     int endSeq = ranges.getEndSeq();
 299     int transX = 0;
 300     int transY = 0;
 301
 302     gg.copyArea(horizontal * charWidth, vertical * charHeight,
 303             img.getWidth(), img.getHeight(), -horizontal * charWidth,
 304             -vertical * charHeight);
 305
 306     if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left
 307     {
 308       transX = (endRes - startRes - horizontal) * charWidth;
 309       startRes = endRes - horizontal;
 310     }
 311     else if (horizontal < 0)
 312     {
 313       endRes = startRes - horizontal;
 314     }
 315     else if (vertical > 0) // scroll down
 316     {
 317       startSeq = endSeq - vertical;
 318
 319       if (startSeq < ranges.getStartSeq())
 320       { // ie scrolling too fast, more than a page at a time
 321         startSeq = ranges.getStartSeq();
 322       }
 323       else
 324       {
 325         transY = img.getHeight() - ((vertical + 1) * charHeight);
 326       }
 327     }
 328     else if (vertical < 0)
 329     {
 330       endSeq = startSeq - vertical;
 331
 332       if (endSeq > ranges.getEndSeq())
 333       {
 334         endSeq = ranges.getEndSeq();
 335       }
 336     }
 337
 338     gg.translate(transX, transY);
 339     drawPanel(gg, startRes, endRes, startSeq, endSeq, 0);
 340     gg.translate(-transX, -transY);
 341
 342     repaint();
 343     fastpainting = false;
 344   }
 345
 346   @Override
 347   public void paintComponent(Graphics g)
 348   {
 349     super.paintComponent(g);
 350
 351     updateViewport();
 352
 353     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 354
 355     int width = getWidth();
 356     int height = getHeight();
 357
 358     width -= (width % charWidth);
 359     height -= (height % charHeight);
 360
 361     // selectImage is the selection group outline image
 362     BufferedImage selectImage = drawSelectionGroup(
 363             ranges.getStartRes(), ranges.getEndRes(),
 364             ranges.getStartSeq(), ranges.getEndSeq());
 365
 366     if ((img != null) && (fastPaint
 367             || (getVisibleRect().width != g.getClipBounds().width)
 368             || (getVisibleRect().height != g.getClipBounds().height)))
 369     {
 370       BufferedImage lcimg = buildLocalImage(selectImage);
 371       g.drawImage(lcimg, 0, 0, this);
 372       fastPaint = false;
 373     }
 374     else if ((width > 0) && (height > 0))
 375     {
 376       // img is a cached version of the last view we drew, if any
 377       // if we have no img or the size has changed, make a new one
 378       if (img == null || width != img.getWidth()
 379               || height != img.getHeight())
 380       {
 381         img = setupImage();
 382         if (img == null)
 383         {
 384           return;
 385         }
 386         gg = (Graphics2D) img.getGraphics();
 387         gg.setFont(av.getFont());
 388       }
 389
 390       if (av.antiAlias)
 391       {
 392         gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
 393                 RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
 394       }
 395
 396       gg.setColor(Color.white);
 397       gg.fillRect(0, 0, img.getWidth(), img.getHeight());
 398
 399       if (av.getWrapAlignment())
 400       {
 401         drawWrappedPanel(gg, getWidth(), getHeight(), ranges.getStartRes());
 402       }
 403       else
 404       {
 405         drawPanel(gg, ranges.getStartRes(), ranges.getEndRes(),
 406                 ranges.getStartSeq(), ranges.getEndSeq(), 0);
 407       }
 408
 409       // lcimg is a local *copy* of img which we'll draw selectImage on top of
 410       BufferedImage lcimg = buildLocalImage(selectImage);
 411       g.drawImage(lcimg, 0, 0, this);
 412     }
 413   }
 414
 415   /**
 416    * Draw an alignment panel for printing
 417    *
 418    * @param g1
 419    *          Graphics object to draw with
 420    * @param startRes
 421    *          start residue of print area
 422    * @param endRes
 423    *          end residue of print area
 424    * @param startSeq
 425    *          start sequence of print area
 426    * @param endSeq
 427    *          end sequence of print area
 428    */
 429   public void drawPanelForPrinting(Graphics g1, int startRes, int endRes,
 430           int startSeq, int endSeq)
 431   {
 432     BufferedImage selectImage = drawSelectionGroup(startRes, endRes,
 433             startSeq, endSeq);
 434     drawPanel(g1, startRes, endRes, startSeq, endSeq, 0);
 435     ((Graphics2D) g1).setComposite(
 436             AlphaComposite.getInstance(AlphaComposite.SRC_OVER));
 437     g1.drawImage(selectImage, 0, 0, this);
 438   }
 439
 440   /**
 441    * Draw a wrapped alignment panel for printing
 442    *
 443    * @param g
 444    *          Graphics object to draw with
 445    * @param canvasWidth
 446    *          width of drawing area
 447    * @param canvasHeight
 448    *          height of drawing area
 449    * @param startRes
 450    *          start residue of print area
 451    */
 452   public void drawWrappedPanelForPrinting(Graphics g, int canvasWidth,
 453           int canvasHeight, int startRes)
 454   {
 455     SequenceGroup group = av.getSelectionGroup();
 456
 457     drawWrappedPanel(g, canvasWidth, canvasHeight, startRes);
 458
 459     if (group != null)
 460     {
 461       BufferedImage selectImage = null;
 462       try
 463       {
 464         selectImage = new BufferedImage(canvasWidth, canvasHeight,
 465                 BufferedImage.TYPE_INT_ARGB); // ARGB so alpha compositing works
 466       } catch (OutOfMemoryError er)
 467       {
 468         System.gc();
 469         System.err.println("Print image OutOfMemory Error.\n" + er);
 470         new OOMWarning("Creating wrapped alignment image for printing", er);
 471       }
 472       if (selectImage != null)
 473       {
 474         Graphics2D g2 = selectImage.createGraphics();
 475         setupSelectionGroup(g2, selectImage);
 476         drawWrappedSelection(g2, group, canvasWidth, canvasHeight,
 477                 startRes);
 478
 479         g2.setComposite(
 480                 AlphaComposite.getInstance(AlphaComposite.SRC_OVER));
 481         g.drawImage(selectImage, 0, 0, this);
 482         g2.dispose();
 483       }
 484     }
 485   }
 486
 487   /*
 488    * Make a local image by combining the cached image img
 489    * with any selection
 490    */
 491   private BufferedImage buildLocalImage(BufferedImage selectImage)
 492   {
 493     // clone the cached image
 494     BufferedImage lcimg = new BufferedImage(img.getWidth(), img.getHeight(),
 495             img.getType());
 496     Graphics2D g2d = lcimg.createGraphics();
 497     g2d.drawImage(img, 0, 0, null);
 498
 499     // overlay selection group on lcimg
 500     if (selectImage != null)
 501     {
 502       g2d.setComposite(
 503               AlphaComposite.getInstance(AlphaComposite.SRC_OVER));
 504       g2d.drawImage(selectImage, 0, 0, this);
 505     }
 506     g2d.dispose();
 507
 508     return lcimg;
 509   }
 510
 511   /*
 512    * Set up a buffered image of the correct height and size for the sequence canvas
 513    */
 514   private BufferedImage setupImage()
 515   {
 516     BufferedImage lcimg = null;
 517
 518     int width = getWidth();
 519     int height = getHeight();
 520
 521     width -= (width % charWidth);
 522     height -= (height % charHeight);
 523
 524     if ((width < 1) || (height < 1))
 525     {
 526       return null;
 527     }
 528
 529     try
 530     {
 531       lcimg = new BufferedImage(width, height,
 532               BufferedImage.TYPE_INT_ARGB); // ARGB so alpha compositing works
 533     } catch (OutOfMemoryError er)
 534     {
 535       System.gc();
 536       System.err.println(
 537               "Group image OutOfMemory Redraw Error.\n" + er);
 538       new OOMWarning("Creating alignment image for display", er);
 539
 540       return null;
 541     }
 542
 543     return lcimg;
 544   }
 545
 546   /**
 547    * Returns the visible width of the canvas in residues, after allowing for
 548    * East or West scales (if shown)
 549    *
 550    * @param canvasWidth
 551    *          the width in pixels (possibly including scales)
 552    *
 553    * @return
 554    */
 555   public int getWrappedCanvasWidth(int canvasWidth)
 556   {
 557     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 558
 559     labelWidthEast = 0;
 560     labelWidthWest = 0;
 561
 562     if (av.getScaleRightWrapped())
 563     {
 564       labelWidthEast = getLabelWidth(fm);
 565     }
 566
 567     if (av.getScaleLeftWrapped())
 568     {
 569       labelWidthWest = labelWidthEast > 0 ? labelWidthEast
 570               : getLabelWidth(fm);
 571     }
 572
 573     return (canvasWidth - labelWidthEast - labelWidthWest) / charWidth;
 574   }
 575
 576   /**
 577    * Returns a pixel width suitable for showing the largest sequence coordinate
 578    * (end position) in the alignment. Returns 2 plus the number of decimal
 579    * digits to be shown (3 for 1-10, 4 for 11-99 etc).
 580    *
 581    * @param fm
 582    * @return
 583    */
 584   protected int getLabelWidth(FontMetrics fm)
 585   {
 586     /*
 587      * find the biggest sequence end position we need to show
 588      * (note this is not necessarily the sequence length)
 589      */
 590     int maxWidth = 0;
 591     AlignmentI alignment = av.getAlignment();
 592     for (int i = 0; i < alignment.getHeight(); i++)
 593     {
 594       maxWidth = Math.max(maxWidth, alignment.getSequenceAt(i).getEnd());
 595     }
 596
 597     int length = 2;
 598     for (int i = maxWidth; i > 0; i /= 10)
 599     {
 600       length++;
 601     }
 602
 603     return fm.stringWidth(ZEROS.substring(0, length));
 604   }
 605
 606   /**
 607    * DOCUMENT ME!
 608    *
 609    * @param g
 610    *          DOCUMENT ME!
 611    * @param canvasWidth
 612    *          DOCUMENT ME!
 613    * @param canvasHeight
 614    *          DOCUMENT ME!
 615    * @param startRes
 616    *          DOCUMENT ME!
 617    */
 618   private void drawWrappedPanel(Graphics g, int canvasWidth,
 619           int canvasHeight, int startRes)
 620   {
 621     updateViewport();
 622     AlignmentI al = av.getAlignment();
 623
 624     int labelWidth = 0;
 625     if (av.getScaleRightWrapped() || av.getScaleLeftWrapped())
 626     {
 627       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 628       labelWidth = getLabelWidth(fm);
 629     }
 630
 631     labelWidthEast = av.getScaleRightWrapped() ? labelWidth : 0;
 632     labelWidthWest = av.getScaleLeftWrapped() ? labelWidth : 0;
 633
 634     int hgap = charHeight;
 635     if (av.getScaleAboveWrapped())
 636     {
 637       hgap += charHeight;
 638     }
 639
 640     int cWidth = (canvasWidth - labelWidthEast - labelWidthWest) / charWidth;
 641     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * charHeight;
 642
 643     av.setWrappedWidth(cWidth);
 644
 645     av.getRanges().setViewportStartAndWidth(startRes, cWidth);
 646
 647     int endx;
 648     int ypos = hgap;
 649     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth();
 650
 651     if (av.hasHiddenColumns())
 652     {
 653       maxwidth = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 654               .findColumnPosition(maxwidth);
 655     }
 656
 657     int annotationHeight = getAnnotationHeight();
 658
 659     while ((ypos <= canvasHeight) && (startRes < maxwidth))
 660     {
 661       endx = startRes + cWidth - 1;
 662
 663       if (endx > maxwidth)
 664       {
 665         endx = maxwidth;
 666       }
 667
 668       g.setFont(av.getFont());
 669       g.setColor(Color.black);
 670
 671       if (av.getScaleLeftWrapped())
 672       {
 673         drawWestScale(g, startRes, endx, ypos);
 674       }
 675
 676       if (av.getScaleRightWrapped())
 677       {
 678         g.translate(canvasWidth - labelWidthEast, 0);
 679         drawEastScale(g, startRes, endx, ypos);
 680         g.translate(-(canvasWidth - labelWidthEast), 0);
 681       }
 682
 683       g.translate(labelWidthWest, 0);
 684
 685       if (av.getScaleAboveWrapped())
 686       {
 687         drawNorthScale(g, startRes, endx, ypos);
 688       }
 689
 690       if (av.hasHiddenColumns() && av.getShowHiddenMarkers())
 691       {
 692         g.setColor(Color.blue);
 693         int res;
 694         HiddenColumns hidden = av.getAlignment().getHiddenColumns();
 695         List<Integer> positions = hidden.findHiddenRegionPositions();
 696         for (int pos : positions)
 697         {
 698           res = pos - startRes;
 699
 700           if (res < 0 || res > endx - startRes)
 701           {
 702             continue;
 703           }
 704
 705           gg.fillPolygon(
 706                   new int[]
 707                   { res * charWidth - charHeight / 4,
 708                       res * charWidth + charHeight / 4, res * charWidth },
 709                   new int[]
 710                   { ypos - (charHeight / 2), ypos - (charHeight / 2),
 711                       ypos - (charHeight / 2) + 8 },
 712                   3);
 713
 714         }
 715       }
 716
 717       // When printing we have an extra clipped region,
 718       // the Printable page which we need to account for here
 719       Shape clip = g.getClip();
 720
 721       if (clip == null)
 722       {
 723         g.setClip(0, 0, cWidth * charWidth, canvasHeight);
 724       }
 725       else
 726       {
 727         g.setClip(0, (int) clip.getBounds().getY(), cWidth * charWidth,
 728                 (int) clip.getBounds().getHeight());
 729       }
 730
 731       drawPanel(g, startRes, endx, 0, al.getHeight() - 1, ypos);
 732
 733       if (av.isShowAnnotation())
 734       {
 735         g.translate(0, cHeight + ypos + 3);
 736         if (annotations == null)
 737         {
 738           annotations = new AnnotationPanel(av);
 739         }
 740
 741         annotations.renderer.drawComponent(annotations, av, g, -1, startRes,
 742                 endx + 1);
 743         g.translate(0, -cHeight - ypos - 3);
 744       }
 745       g.setClip(clip);
 746       g.translate(-labelWidthWest, 0);
 747
 748       ypos += cHeight + annotationHeight + hgap;
 749
 750       startRes += cWidth;
 751     }
 752   }
 753
 754   /*
 755    * Draw a selection group over a wrapped alignment
 756    */
 757   private void drawWrappedSelection(Graphics2D g, SequenceGroup group,
 758           int canvasWidth,
 759           int canvasHeight, int startRes)
 760   {
 761     // height gap above each panel
 762     int hgap = charHeight;
 763     if (av.getScaleAboveWrapped())
 764     {
 765       hgap += charHeight;
 766     }
 767
 768     int cWidth = (canvasWidth - labelWidthEast - labelWidthWest)
 769             / charWidth;
 770     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * charHeight;
 771
 772     int startx = startRes;
 773     int endx;
 774     int ypos = hgap; // vertical offset
 775     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth();
 776
 777     if (av.hasHiddenColumns())
 778     {
 779       maxwidth = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 780               .findColumnPosition(maxwidth);
 781     }
 782
 783     // chop the wrapped alignment extent up into panel-sized blocks and treat
 784     // each block as if it were a block from an unwrapped alignment
 785     while ((ypos <= canvasHeight) && (startx < maxwidth))
 786     {
 787       // set end value to be start + width, or maxwidth, whichever is smaller
 788       endx = startx + cWidth - 1;
 789
 790       if (endx > maxwidth)
 791       {
 792         endx = maxwidth;
 793       }
 794
 795       g.translate(labelWidthWest, 0);
 796
 797       drawUnwrappedSelection(g, group, startx, endx, 0,
 798               av.getAlignment().getHeight() - 1,
 799               ypos);
 800
 801       g.translate(-labelWidthWest, 0);
 802
 803       // update vertical offset
 804       ypos += cHeight + getAnnotationHeight() + hgap;
 805
 806       // update horizontal offset
 807       startx += cWidth;
 808     }
 809   }
 810
 811   int getAnnotationHeight()
 812   {
 813     if (!av.isShowAnnotation())
 814     {
 815       return 0;
 816     }
 817
 818     if (annotations == null)
 819     {
 820       annotations = new AnnotationPanel(av);
 821     }
 822
 823     return annotations.adjustPanelHeight();
 824   }
 825
 826   /**
 827    * Draws the visible region of the alignment on the graphics context. If there
 828    * are hidden column markers in the visible region, then each sub-region
 829    * between the markers is drawn separately, followed by the hidden column
 830    * marker.
 831    *
 832    * @param g1
 833    *          Graphics object to draw with
 834    * @param startRes
 835    *          offset of the first column in the visible region (0..)
 836    * @param endRes
 837    *          offset of the last column in the visible region (0..)
 838    * @param startSeq
 839    *          offset of the first sequence in the visible region (0..)
 840    * @param endSeq
 841    *          offset of the last sequence in the visible region (0..)
 842    * @param yOffset
 843    *          vertical offset at which to draw (for wrapped alignments)
 844    */
 845   public void drawPanel(Graphics g1, final int startRes, final int endRes,
 846           final int startSeq, final int endSeq, final int yOffset)
 847   {
 848     updateViewport();
 849     if (!av.hasHiddenColumns())
 850     {
 851       draw(g1, startRes, endRes, startSeq, endSeq, yOffset);
 852     }
 853     else
 854     {
 855       int screenY = 0;
 856       final int screenYMax = endRes - startRes;
 857       int blockStart = startRes;
 858       int blockEnd = endRes;
 859
 860       for (int[] region : av.getAlignment().getHiddenColumns()
 861               .getHiddenColumnsCopy())
 862       {
 863         int hideStart = region[0];
 864         int hideEnd = region[1];
 865
 866         if (hideStart <= blockStart)
 867         {
 868           blockStart += (hideEnd - hideStart) + 1;
 869           continue;
 870         }
 871
 872         /*
 873          * draw up to just before the next hidden region, or the end of
 874          * the visible region, whichever comes first
 875          */
 876         blockEnd = Math.min(hideStart - 1, blockStart + screenYMax
 877                 - screenY);
 878
 879         g1.translate(screenY * charWidth, 0);
 880
 881         draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, yOffset);
 882
 883         /*
 884          * draw the downline of the hidden column marker (ScalePanel draws the
 885          * triangle on top) if we reached it
 886          */
 887         if (av.getShowHiddenMarkers() && blockEnd == hideStart - 1)
 888         {
 889           g1.setColor(Color.blue);
 890
 891           g1.drawLine((blockEnd - blockStart + 1) * charWidth - 1,
 892                   0 + yOffset, (blockEnd - blockStart + 1) * charWidth - 1,
 893                   (endSeq - startSeq + 1) * charHeight + yOffset);
 894         }
 895
 896         g1.translate(-screenY * charWidth, 0);
 897         screenY += blockEnd - blockStart + 1;
 898         blockStart = hideEnd + 1;
 899
 900         if (screenY > screenYMax)
 901         {
 902           // already rendered last block
 903           return;
 904         }
 905       }
 906
 907       if (screenY <= screenYMax)
 908       {
 909         // remaining visible region to render
 910         blockEnd = blockStart + screenYMax - screenY;
 911         g1.translate(screenY * charWidth, 0);
 912         draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, yOffset);
 913
 914         g1.translate(-screenY * charWidth, 0);
 915       }
 916     }
 917
 918   }
 919
 920   /**
 921    * Draws a region of the visible alignment
 922    *
 923    * @param g1
 924    * @param startRes
 925    *          offset of the first column in the visible region (0..)
 926    * @param endRes
 927    *          offset of the last column in the visible region (0..)
 928    * @param startSeq
 929    *          offset of the first sequence in the visible region (0..)
 930    * @param endSeq
 931    *          offset of the last sequence in the visible region (0..)
 932    * @param yOffset
 933    *          vertical offset at which to draw (for wrapped alignments)
 934    */
 935   private void draw(Graphics g, int startRes, int endRes, int startSeq,
 936           int endSeq, int offset)
 937   {
 938     g.setFont(av.getFont());
 939     seqRdr.prepare(g, av.isRenderGaps());
 940
 941     SequenceI nextSeq;
 942
 943     // / First draw the sequences
 944     // ///////////////////////////
 945     for (int i = startSeq; i <= endSeq; i++)
 946     {
 947       nextSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 948       if (nextSeq == null)
 949       {
 950         // occasionally, a race condition occurs such that the alignment row is
 951         // empty
 952         continue;
 953       }
 954       seqRdr.drawSequence(nextSeq, av.getAlignment().findAllGroups(nextSeq),
 955               startRes, endRes, offset + ((i - startSeq) * charHeight));
 956
 957       if (av.isShowSequenceFeatures())
 958       {
 959         fr.drawSequence(g, nextSeq, startRes, endRes,
 960                 offset + ((i - startSeq) * charHeight), false);
 961       }
 962
 963       /*
 964        * highlight search Results once sequence has been drawn
 965        */
 966       if (av.hasSearchResults())
 967       {
 968         SearchResultsI searchResults = av.getSearchResults();
 969         int[] visibleResults = searchResults.getResults(nextSeq,
 970                 startRes, endRes);
 971         if (visibleResults != null)
 972         {
 973           for (int r = 0; r < visibleResults.length; r += 2)
 974           {
 975             seqRdr.drawHighlightedText(nextSeq, visibleResults[r],
 976                     visibleResults[r + 1], (visibleResults[r] - startRes)
 977                             * charWidth, offset
 978                             + ((i - startSeq) * charHeight));
 979           }
 980         }
 981       }
 982
 983       if (av.cursorMode && cursorY == i && cursorX >= startRes
 984               && cursorX <= endRes)
 985       {
 986         seqRdr.drawCursor(nextSeq, cursorX, (cursorX - startRes) * charWidth,
 987                 offset + ((i - startSeq) * charHeight));
 988       }
 989     }
 990
 991     if (av.getSelectionGroup() != null
 992             || av.getAlignment().getGroups().size() > 0)
 993     {
 994       drawGroupsBoundaries(g, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);
 995     }
 996
 997   }
 998
 999   void drawGroupsBoundaries(Graphics g1, int startRes, int endRes,
1000           int startSeq, int endSeq, int offset)
1001   {
1002     Graphics2D g = (Graphics2D) g1;
1003     //
1004     // ///////////////////////////////////
1005     // Now outline any areas if necessary
1006     // ///////////////////////////////////
1007
1008     SequenceGroup group = null;
1009     int groupIndex = -1;
1010
1011     if (av.getAlignment().getGroups().size() > 0)
1012     {
1013       group = av.getAlignment().getGroups().get(0);
1014       groupIndex = 0;
1015     }
1016
1017     if (group != null)
1018     {
1019       g.setStroke(new BasicStroke());
1020       g.setColor(group.getOutlineColour());
1021
1022       do
1023       {
1024         drawPartialGroupOutline(g, group, startRes, endRes, startSeq,
1025                 endSeq, offset);
1026
1027         groupIndex++;
1028
1029         g.setStroke(new BasicStroke());
1030
1031         if (groupIndex >= av.getAlignment().getGroups().size())
1032         {
1033           break;
1034         }
1035
1036         group = av.getAlignment().getGroups().get(groupIndex);
1037
1038       } while (groupIndex < av.getAlignment().getGroups().size());
1039
1040     }
1041
1042   }
1043
1044
1045   /*
1046    * Draw the selection group as a separate image and overlay
1047    */
1048   private BufferedImage drawSelectionGroup(int startRes, int endRes,
1049           int startSeq, int endSeq)
1050   {
1051     // get a new image of the correct size
1052     BufferedImage selectionImage = setupImage();
1053
1054     if (selectionImage == null)
1055     {
1056       return null;
1057     }
1058
1059     SequenceGroup group = av.getSelectionGroup();
1060     if (group == null)
1061     {
1062       // nothing to draw
1063       return null;
1064     }
1065
1066     // set up drawing colour
1067     Graphics2D g = (Graphics2D) selectionImage.getGraphics();
1068
1069     setupSelectionGroup(g, selectionImage);
1070
1071     if (!av.getWrapAlignment())
1072     {
1073       drawUnwrappedSelection(g, group, startRes, endRes, startSeq, endSeq,
1074               0);
1075     }
1076     else
1077     {
1078       drawWrappedSelection(g, group, getWidth(), getHeight(),
1079               av.getRanges().getStartRes());
1080     }
1081
1082     g.dispose();
1083     return selectionImage;
1084   }
1085
1086   /*
1087    * Set up graphics for selection group
1088    */
1089   private void setupSelectionGroup(Graphics2D g,
1090           BufferedImage selectionImage)
1091   {
1092     // set background to transparent
1093     g.setComposite(AlphaComposite.getInstance(AlphaComposite.CLEAR, 0.0f));
1094     g.fillRect(0, 0, selectionImage.getWidth(), selectionImage.getHeight());
1095
1096     // set up foreground to draw red dashed line
1097     g.setComposite(AlphaComposite.Src);
1098     g.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_BUTT,
1099             BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[]
1100     { 5f, 3f }, 0f));
1101     g.setColor(Color.RED);
1102   }
1103
1104   /*
1105    * Draw a selection group over an unwrapped alignment
1106    * @param g graphics object to draw with
1107    * @param group selection group
1108    * @param startRes start residue of area to draw
1109    * @param endRes end residue of area to draw
1110    * @param startSeq start sequence of area to draw
1111    * @param endSeq end sequence of area to draw
1112    * @param offset vertical offset (used when called from wrapped alignment code)
1113    */
1114   private void drawUnwrappedSelection(Graphics2D g, SequenceGroup group,
1115           int startRes, int endRes, int startSeq, int endSeq, int offset)
1116   {
1117     if (!av.hasHiddenColumns())
1118     {
1119       drawPartialGroupOutline(g, group, startRes, endRes, startSeq, endSeq,
1120               offset);
1121     }
1122     else
1123     {
1124       // package into blocks of visible columns
1125       int screenY = 0;
1126       int blockStart = startRes;
1127       int blockEnd = endRes;
1128
1129       for (int[] region : av.getAlignment().getHiddenColumns()
1130               .getHiddenColumnsCopy())
1131       {
1132         int hideStart = region[0];
1133         int hideEnd = region[1];
1134
1135         if (hideStart <= blockStart)
1136         {
1137           blockStart += (hideEnd - hideStart) + 1;
1138           continue;
1139         }
1140
1141         blockEnd = hideStart - 1;
1142
1143         g.translate(screenY * charWidth, 0);
1144         drawPartialGroupOutline(g, group,
1145                 blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);
1146
1147         g.translate(-screenY * charWidth, 0);
1148         screenY += blockEnd - blockStart + 1;
1149         blockStart = hideEnd + 1;
1150
1151         if (screenY > (endRes - startRes))
1152         {
1153           // already rendered last block
1154           break;
1155         }
1156       }
1157
1158       if (screenY <= (endRes - startRes))
1159       {
1160         // remaining visible region to render
1161         blockEnd = blockStart + (endRes - startRes) - screenY;
1162         g.translate(screenY * charWidth, 0);
1163         drawPartialGroupOutline(g, group,
1164                 blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);
1165
1166         g.translate(-screenY * charWidth, 0);
1167       }
1168     }
1169   }
1170
1171   /*
1172    * Draw the selection group as a separate image and overlay
1173    */
1174   private void drawPartialGroupOutline(Graphics2D g, SequenceGroup group,
1175           int startRes, int endRes, int startSeq, int endSeq,
1176           int verticalOffset)
1177   {
1178     int visWidth = (endRes - startRes + 1) * charWidth;
1179
1180     int oldY = -1;
1181     int i = 0;
1182     boolean inGroup = false;
1183     int top = -1;
1184     int bottom = -1;
1185
1186     int sx = -1;
1187     int sy = -1;
1188     int xwidth = -1;
1189
1190     for (i = startSeq; i <= endSeq; i++)
1191     {
1192       // position of start residue of group relative to startRes, in pixels
1193       sx = (group.getStartRes() - startRes) * charWidth;
1194
1195       // width of group in pixels
1196       xwidth = (((group.getEndRes() + 1) - group.getStartRes()) * charWidth)
1197               - 1;
1198
1199       sy = verticalOffset + (i - startSeq) * charHeight;
1200
1201       if (sx + xwidth < 0 || sx > visWidth)
1202       {
1203         continue;
1204       }
1205
1206       if ((sx <= (endRes - startRes) * charWidth)
1207               && group.getSequences(null)
1208                       .contains(av.getAlignment().getSequenceAt(i)))
1209       {
1210         if ((bottom == -1) && !group.getSequences(null)
1211                 .contains(av.getAlignment().getSequenceAt(i + 1)))
1212         {
1213           bottom = sy + charHeight;
1214         }
1215
1216         if (!inGroup)
1217         {
1218           if (((top == -1) && (i == 0)) || !group.getSequences(null)
1219                   .contains(av.getAlignment().getSequenceAt(i - 1)))
1220           {
1221             top = sy;
1222           }
1223
1224           oldY = sy;
1225           inGroup = true;
1226         }
1227       }
1228       else
1229       {
1230         if (inGroup)
1231         {
1232           // if start position is visible, draw vertical line to left of
1233           // group
1234           if (sx >= 0 && sx < visWidth)
1235           {
1236             g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);
1237           }
1238
1239           // if end position is visible, draw vertical line to right of
1240           // group
1241           if (sx + xwidth < visWidth)
1242           {
1243             g.drawLine(sx + xwidth, oldY, sx + xwidth, sy);
1244           }
1245
1246           if (sx < 0)
1247           {
1248             xwidth += sx;
1249             sx = 0;
1250           }
1251
1252           // don't let width extend beyond current block, or group extent
1253           // fixes JAL-2672
1254           if (sx + xwidth >= (endRes - startRes + 1) * charWidth)
1255           {
1256             xwidth = (endRes - startRes + 1) * charWidth - sx;
1257           }
1258
1259           // draw horizontal line at top of group
1260           if (top != -1)
1261           {
1262             g.drawLine(sx, top, sx + xwidth, top);
1263             top = -1;
1264           }
1265
1266           // draw horizontal line at bottom of group
1267           if (bottom != -1)
1268           {
1269             g.drawLine(sx, bottom, sx + xwidth, bottom);
1270             bottom = -1;
1271           }
1272
1273           inGroup = false;
1274         }
1275       }
1276     }
1277
1278     if (inGroup)
1279     {
1280       sy = verticalOffset + ((i - startSeq) * charHeight);
1281       if (sx >= 0 && sx < visWidth)
1282       {
1283         g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);
1284       }
1285
1286       if (sx + xwidth < visWidth)
1287       {
1288         g.drawLine(sx + xwidth, oldY, sx + xwidth, sy);
1289       }
1290
1291       if (sx < 0)
1292       {
1293         xwidth += sx;
1294         sx = 0;
1295       }
1296
1297       if (sx + xwidth > visWidth)
1298       {
1299         xwidth = visWidth;
1300       }
1301       else if (sx + xwidth >= (endRes - startRes + 1) * charWidth)
1302       {
1303         xwidth = (endRes - startRes + 1) * charWidth;
1304       }
1305
1306       if (top != -1)
1307       {
1308         g.drawLine(sx, top, sx + xwidth, top);
1309         top = -1;
1310       }
1311
1312       if (bottom != -1)
1313       {
1314         g.drawLine(sx, bottom - 1, sx + xwidth, bottom - 1);
1315         bottom = -1;
1316       }
1317
1318       inGroup = false;
1319     }
1320   }
1321
1322   /**
1323    * Highlights search results in the visible region by rendering as white text
1324    * on a black background. Any previous highlighting is removed. Answers true
1325    * if any highlight was left on the visible alignment (so status bar should be
1326    * set to match), else false.
1327    * <p>
1328    * Currently fastPaint is not implemented for wrapped alignments. If a wrapped
1329    * alignment had to be scrolled to show the highlighted region, then it should
1330    * be fully redrawn, otherwise a fast paint can be performed. This argument
1331    * could be removed if fast paint of scrolled wrapped alignment is coded in
1332    * future (JAL-2609).
1333    *
1334    * @param results
1335    * @param noFastPaint
1336    * @return
1337    */
1338   public boolean highlightSearchResults(SearchResultsI results,
1339           boolean noFastPaint)
1340   {
1341     if (fastpainting)
1342     {
1343       return false;
1344     }
1345     boolean wrapped = av.getWrapAlignment();
1346
1347     try
1348     {
1349       fastPaint = !noFastPaint;
1350       fastpainting = fastPaint;
1351
1352       updateViewport();
1353
1354       /*
1355        * to avoid redrawing the whole visible region, we instead
1356        * redraw just the minimal regions to remove previous highlights
1357        * and add new ones
1358        */
1359       SearchResultsI previous = av.getSearchResults();
1360       av.setSearchResults(results);
1361       boolean redrawn = false;
1362       boolean drawn = false;
1363       if (wrapped)
1364       {
1365         redrawn = drawMappedPositionsWrapped(previous);
1366         drawn = drawMappedPositionsWrapped(results);
1367         redrawn |= drawn;
1368       }
1369       else
1370       {
1371         redrawn = drawMappedPositions(previous);
1372         drawn = drawMappedPositions(results);
1373         redrawn |= drawn;
1374       }
1375
1376       /*
1377        * if highlights were either removed or added, repaint
1378        */
1379       if (redrawn)
1380       {
1381         repaint();
1382       }
1383
1384       /*
1385        * return true only if highlights were added
1386        */
1387       return drawn;
1388
1389     } finally
1390     {
1391       fastpainting = false;
1392     }
1393   }
1394
1395   /**
1396    * Redraws the minimal rectangle in the visible region (if any) that includes
1397    * mapped positions of the given search results. Whether or not positions are
1398    * highlighted depends on the SearchResults set on the Viewport. This allows
1399    * this method to be called to either clear or set highlighting. Answers true
1400    * if any positions were drawn (in which case a repaint is still required),
1401    * else false.
1402    *
1403    * @param results
1404    * @return
1405    */
1406   protected boolean drawMappedPositions(SearchResultsI results)
1407   {
1408     if (results == null)
1409     {
1410       return false;
1411     }
1412
1413     /*
1414      * calculate the minimal rectangle to redraw that
1415      * includes both new and existing search results
1416      */
1417     int firstSeq = Integer.MAX_VALUE;
1418     int lastSeq = -1;
1419     int firstCol = Integer.MAX_VALUE;
1420     int lastCol = -1;
1421     boolean matchFound = false;
1422
1423     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
1424     int firstVisibleColumn = ranges.getStartRes();
1425     int lastVisibleColumn = ranges.getEndRes();
1426     AlignmentI alignment = av.getAlignment();
1427     if (av.hasHiddenColumns())
1428     {
1429       firstVisibleColumn = alignment.getHiddenColumns()
1430               .adjustForHiddenColumns(firstVisibleColumn);
1431       lastVisibleColumn = alignment.getHiddenColumns()
1432               .adjustForHiddenColumns(lastVisibleColumn);
1433     }
1434
1435     for (int seqNo = ranges.getStartSeq(); seqNo <= ranges
1436             .getEndSeq(); seqNo++)
1437     {
1438       SequenceI seq = alignment.getSequenceAt(seqNo);
1439
1440       int[] visibleResults = results.getResults(seq, firstVisibleColumn,
1441               lastVisibleColumn);
1442       if (visibleResults != null)
1443       {
1444         for (int i = 0; i < visibleResults.length - 1; i += 2)
1445         {
1446           int firstMatchedColumn = visibleResults[i];
1447           int lastMatchedColumn = visibleResults[i + 1];
1448           if (firstMatchedColumn <= lastVisibleColumn
1449                   && lastMatchedColumn >= firstVisibleColumn)
1450           {
1451             /*
1452              * found a search results match in the visible region -
1453              * remember the first and last sequence matched, and the first
1454              * and last visible columns in the matched positions
1455              */
1456             matchFound = true;
1457             firstSeq = Math.min(firstSeq, seqNo);
1458             lastSeq = Math.max(lastSeq, seqNo);
1459             firstMatchedColumn = Math.max(firstMatchedColumn,
1460                     firstVisibleColumn);
1461             lastMatchedColumn = Math.min(lastMatchedColumn,
1462                     lastVisibleColumn);
1463             firstCol = Math.min(firstCol, firstMatchedColumn);
1464             lastCol = Math.max(lastCol, lastMatchedColumn);
1465           }
1466         }
1467       }
1468     }
1469
1470     if (matchFound)
1471     {
1472       if (av.hasHiddenColumns())
1473       {
1474         firstCol = alignment.getHiddenColumns()
1475                 .findColumnPosition(firstCol);
1476         lastCol = alignment.getHiddenColumns().findColumnPosition(lastCol);
1477       }
1478       int transX = (firstCol - ranges.getStartRes()) * av.getCharWidth();
1479       int transY = (firstSeq - ranges.getStartSeq()) * av.getCharHeight();
1480       gg.translate(transX, transY);
1481       drawPanel(gg, firstCol, lastCol, firstSeq, lastSeq, 0);
1482       gg.translate(-transX, -transY);
1483     }
1484
1485     return matchFound;
1486   }
1487
1488   @Override
1489   public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
1490   {
1491     String eventName = evt.getPropertyName();
1492
1493     if (eventName.equals(SequenceGroup.SEQ_GROUP_CHANGED))
1494     {
1495       fastPaint = true;
1496       repaint();
1497     }
1498     else if (av.getWrapAlignment())
1499     {
1500       if (eventName.equals(ViewportRanges.STARTRES))
1501       {
1502         repaint();
1503       }
1504     }
1505     else
1506     {
1507       int scrollX = 0;
1508       if (eventName.equals(ViewportRanges.STARTRES))
1509       {
1510         // Make sure we're not trying to draw a panel
1511         // larger than the visible window
1512         ViewportRanges vpRanges = av.getRanges();
1513         scrollX = (int) evt.getNewValue() - (int) evt.getOldValue();
1514         int range = vpRanges.getEndRes() - vpRanges.getStartRes();
1515         if (scrollX > range)
1516         {
1517           scrollX = range;
1518         }
1519         else if (scrollX < -range)
1520         {
1521           scrollX = -range;
1522         }
1523       }
1524
1525       // Both scrolling and resizing change viewport ranges: scrolling changes
1526       // both start and end points, but resize only changes end values.
1527       // Here we only want to fastpaint on a scroll, with resize using a normal
1528       // paint, so scroll events are identified as changes to the horizontal or
1529       // vertical start value.
1530       if (eventName.equals(ViewportRanges.STARTRES))
1531       {
1532         // scroll - startres and endres both change
1533         fastPaint(scrollX, 0);
1534       }
1535       else if (eventName.equals(ViewportRanges.STARTSEQ))
1536       {
1537         // scroll
1538         fastPaint(0, (int) evt.getNewValue() - (int) evt.getOldValue());
1539       }
1540     }
1541   }
1542
1543   /**
1544    * Redraws any positions in the search results in the visible region of a
1545    * wrapped alignment. Any highlights are drawn depending on the search results
1546    * set on the Viewport, not the <code>results</code> argument. This allows
1547    * this method to be called either to clear highlights (passing the previous
1548    * search results), or to draw new highlights.
1549    *
1550    * @param results
1551    * @return
1552    */
1553   protected boolean drawMappedPositionsWrapped(SearchResultsI results)
1554   {
1555     if (results == null)
1556     {
1557       return false;
1558     }
1559
1560     boolean matchFound = false;
1561
1562     int wrappedWidth = av.getWrappedWidth();
1563     int wrappedHeight = getRepeatHeightWrapped();
1564
1565     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
1566     int canvasHeight = getHeight();
1567     int repeats = canvasHeight / wrappedHeight;
1568     if (canvasHeight / wrappedHeight > 0)
1569     {
1570       repeats++;
1571     }
1572
1573     int firstVisibleColumn = ranges.getStartRes();
1574     int lastVisibleColumn = ranges.getStartRes() + repeats
1575             * ranges.getViewportWidth() - 1;
1576
1577     AlignmentI alignment = av.getAlignment();
1578     if (av.hasHiddenColumns())
1579     {
1580       firstVisibleColumn = alignment.getHiddenColumns()
1581               .adjustForHiddenColumns(firstVisibleColumn);
1582       lastVisibleColumn = alignment.getHiddenColumns()
1583               .adjustForHiddenColumns(lastVisibleColumn);
1584     }
1585
1586     int gapHeight = charHeight * (av.getScaleAboveWrapped() ? 2 : 1);
1587
1588     for (int seqNo = ranges.getStartSeq(); seqNo <= ranges
1589             .getEndSeq(); seqNo++)
1590     {
1591       SequenceI seq = alignment.getSequenceAt(seqNo);
1592
1593       int[] visibleResults = results.getResults(seq, firstVisibleColumn,
1594               lastVisibleColumn);
1595       if (visibleResults != null)
1596       {
1597         for (int i = 0; i < visibleResults.length - 1; i += 2)
1598         {
1599           int firstMatchedColumn = visibleResults[i];
1600           int lastMatchedColumn = visibleResults[i + 1];
1601           if (firstMatchedColumn <= lastVisibleColumn
1602                   && lastMatchedColumn >= firstVisibleColumn)
1603           {
1604             /*
1605              * found a search results match in the visible region
1606              */
1607             firstMatchedColumn = Math.max(firstMatchedColumn,
1608                     firstVisibleColumn);
1609             lastMatchedColumn = Math.min(lastMatchedColumn,
1610                     lastVisibleColumn);
1611
1612             /*
1613              * draw each mapped position separately (as contiguous positions may
1614              * wrap across lines)
1615              */
1616             for (int mappedPos = firstMatchedColumn; mappedPos <= lastMatchedColumn; mappedPos++)
1617             {
1618               int displayColumn = mappedPos;
1619               if (av.hasHiddenColumns())
1620               {
1621                 displayColumn = alignment.getHiddenColumns()
1622                         .findColumnPosition(displayColumn);
1623               }
1624
1625               /*
1626                * transX: offset from left edge of canvas to residue position
1627                */
1628               int transX = labelWidthWest
1629                       + ((displayColumn - ranges.getStartRes()) % wrappedWidth)
1630                       * av.getCharWidth();
1631
1632               /*
1633                * transY: offset from top edge of canvas to residue position
1634                */
1635               int transY = gapHeight;
1636               transY += (displayColumn - ranges.getStartRes())
1637                       / wrappedWidth * wrappedHeight;
1638               transY += (seqNo - ranges.getStartSeq()) * av.getCharHeight();
1639
1640               /*
1641                * yOffset is from graphics origin to start of visible region
1642                */
1643               int yOffset = 0;// (displayColumn / wrappedWidth) * wrappedHeight;
1644               if (transY < getHeight())
1645               {
1646                 matchFound = true;
1647                 gg.translate(transX, transY);
1648                 drawPanel(gg, displayColumn, displayColumn, seqNo, seqNo,
1649                         yOffset);
1650                 gg.translate(-transX, -transY);
1651               }
1652             }
1653           }
1654         }
1655       }
1656     }
1657
1658     return matchFound;
1659   }
1660
1661   /**
1662    * Answers the height in pixels of a repeating section of the wrapped
1663    * alignment, including space above, scale above if shown, sequences, and
1664    * annotation panel if shown
1665    *
1666    * @return
1667    */
1668   protected int getRepeatHeightWrapped()
1669   {
1670     // gap (and maybe scale) above
1671     int repeatHeight = charHeight * (av.getScaleAboveWrapped() ? 2 : 1);
1672
1673     // add sequences
1674     repeatHeight += av.getRanges().getViewportHeight() * charHeight;
1675
1676     // add annotations panel height if shown
1677     repeatHeight += getAnnotationHeight();
1678
1679     return repeatHeight;
1680   }
1681 }