src/jalview/gui/SeqCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  25 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
  26 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  27 import jalview.datamodel.SequenceI;
  28 import jalview.renderer.ScaleRenderer;
  29 import jalview.renderer.ScaleRenderer.ScaleMark;
  30 import jalview.viewmodel.ViewportListenerI;
  31 import jalview.viewmodel.ViewportRanges;
  32
  33 import java.awt.BasicStroke;
  34 import java.awt.BorderLayout;
  35 import java.awt.Color;
  36 import java.awt.FontMetrics;
  37 import java.awt.Graphics;
  38 import java.awt.Graphics2D;
  39 import java.awt.RenderingHints;
  40 import java.awt.Shape;
  41 import java.awt.image.BufferedImage;
  42 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  43 import java.util.List;
  44
  45 import javax.swing.JComponent;
  46
  47 /**
  48  * DOCUMENT ME!
  49  *
  50  * @author $author$
  51  * @version $Revision$
  52  */
  53 public class SeqCanvas extends JComponent implements ViewportListenerI
  54 {
  55   final FeatureRenderer fr;
  56
  57   final SequenceRenderer sr;
  58
  59   BufferedImage img;
  60
  61   Graphics2D gg;
  62
  63   int imgWidth;
  64
  65   int imgHeight;
  66
  67   AlignViewport av;
  68
  69   boolean fastPaint = false;
  70
  71   int LABEL_WEST;
  72
  73   int LABEL_EAST;
  74
  75   int cursorX = 0;
  76
  77   int cursorY = 0;
  78
  79   /**
  80    * Creates a new SeqCanvas object.
  81    *
  82    * @param av
  83    *          DOCUMENT ME!
  84    */
  85   public SeqCanvas(AlignmentPanel ap)
  86   {
  87     this.av = ap.av;
  88     updateViewport();
  89     fr = new FeatureRenderer(ap);
  90     sr = new SequenceRenderer(av);
  91     setLayout(new BorderLayout());
  92     PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());
  93     setBackground(Color.white);
  94
  95     av.getRanges().addPropertyChangeListener(this);
  96   }
  97
  98   public SequenceRenderer getSequenceRenderer()
  99   {
 100     return sr;
 101   }
 102
 103   public FeatureRenderer getFeatureRenderer()
 104   {
 105     return fr;
 106   }
 107
 108   int charHeight = 0, charWidth = 0;
 109
 110   private void updateViewport()
 111   {
 112     charHeight = av.getCharHeight();
 113     charWidth = av.getCharWidth();
 114   }
 115
 116   /**
 117    * DOCUMENT ME!
 118    *
 119    * @param g
 120    *          DOCUMENT ME!
 121    * @param startx
 122    *          DOCUMENT ME!
 123    * @param endx
 124    *          DOCUMENT ME!
 125    * @param ypos
 126    *          DOCUMENT ME!
 127    */
 128   private void drawNorthScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 129   {
 130     updateViewport();
 131     for (ScaleMark mark : new ScaleRenderer().calculateMarks(av, startx,
 132             endx))
 133     {
 134       int mpos = mark.column; // (i - startx - 1)
 135       if (mpos < 0)
 136       {
 137         continue;
 138       }
 139       String mstring = mark.text;
 140
 141       if (mark.major)
 142       {
 143         if (mstring != null)
 144         {
 145           g.drawString(mstring, mpos * charWidth, ypos - (charHeight / 2));
 146         }
 147         g.drawLine((mpos * charWidth) + (charWidth / 2), (ypos + 2)
 148                 - (charHeight / 2), (mpos * charWidth) + (charWidth / 2),
 149                 ypos - 2);
 150       }
 151     }
 152   }
 153
 154   /**
 155    * DOCUMENT ME!
 156    *
 157    * @param g
 158    *          DOCUMENT ME!
 159    * @param startx
 160    *          DOCUMENT ME!
 161    * @param endx
 162    *          DOCUMENT ME!
 163    * @param ypos
 164    *          DOCUMENT ME!
 165    */
 166   void drawWestScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 167   {
 168     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 169     ypos += charHeight;
 170
 171     if (av.hasHiddenColumns())
 172     {
 173       startx = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 174               .adjustForHiddenColumns(startx);
 175       endx = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 176               .adjustForHiddenColumns(endx);
 177     }
 178
 179     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth();
 180     if (av.hasHiddenColumns())
 181     {
 182       maxwidth = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 183               .findColumnPosition(maxwidth) - 1;
 184     }
 185
 186     // WEST SCALE
 187     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 188     {
 189       SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 190       int index = startx;
 191       int value = -1;
 192
 193       while (index < endx)
 194       {
 195         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))
 196         {
 197           index++;
 198
 199           continue;
 200         }
 201
 202         value = av.getAlignment().getSequenceAt(i).findPosition(index);
 203
 204         break;
 205       }
 206
 207       if (value != -1)
 208       {
 209         int x = LABEL_WEST - fm.stringWidth(String.valueOf(value))
 210                 - charWidth / 2;
 211         g.drawString(value + "", x, (ypos + (i * charHeight))
 212                 - (charHeight / 5));
 213       }
 214     }
 215   }
 216
 217   /**
 218    * DOCUMENT ME!
 219    *
 220    * @param g
 221    *          DOCUMENT ME!
 222    * @param startx
 223    *          DOCUMENT ME!
 224    * @param endx
 225    *          DOCUMENT ME!
 226    * @param ypos
 227    *          DOCUMENT ME!
 228    */
 229   void drawEastScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 230   {
 231     ypos += charHeight;
 232
 233     if (av.hasHiddenColumns())
 234     {
 235       endx = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 236               .adjustForHiddenColumns(endx);
 237     }
 238
 239     SequenceI seq;
 240     // EAST SCALE
 241     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 242     {
 243       seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 244       int index = endx;
 245       int value = -1;
 246
 247       while (index > startx)
 248       {
 249         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))
 250         {
 251           index--;
 252
 253           continue;
 254         }
 255
 256         value = seq.findPosition(index);
 257
 258         break;
 259       }
 260
 261       if (value != -1)
 262       {
 263         g.drawString(String.valueOf(value), 0, (ypos + (i * charHeight))
 264                 - (charHeight / 5));
 265       }
 266     }
 267   }
 268
 269   boolean fastpainting = false;
 270
 271   /**
 272    * need to make this thread safe move alignment rendering in response to
 273    * slider adjustment
 274    *
 275    * @param horizontal
 276    *          shift along
 277    * @param vertical
 278    *          shift up or down in repaint
 279    */
 280   public void fastPaint(int horizontal, int vertical, boolean isresize)
 281   {
 282     if (fastpainting || gg == null)
 283     {
 284       return;
 285     }
 286     fastpainting = true;
 287     fastPaint = true;
 288     updateViewport();
 289
 290     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 291     int sr = ranges.getStartRes();
 292     int er = ranges.getEndRes();
 293     int ss = ranges.getStartSeq();
 294     int es = ranges.getEndSeq();
 295     int transX = 0;
 296     int transY = 0;
 297
 298     if (isresize)
 299     {
 300       imgWidth = getWidth();
 301       imgHeight = getHeight();
 302
 303       imgWidth -= (imgWidth % charWidth);
 304       imgHeight -= (imgHeight % charHeight);
 305
 306       BufferedImage newimg = new BufferedImage(imgWidth, imgHeight,
 307               BufferedImage.TYPE_INT_ARGB);
 308
 309       gg = (Graphics2D) newimg.getGraphics();
 310       gg.setFont(av.getFont());
 311       gg.drawImage(img, null, 0, 0);
 312       img = newimg;
 313
 314       transX = (er - horizontal - sr) * charWidth;
 315       sr = er - horizontal - sr;
 316     }
 317     else
 318     {
 319       gg.copyArea(horizontal * charWidth, vertical * charHeight, imgWidth,
 320               imgHeight, -horizontal * charWidth, -vertical * charHeight);
 321
 322       if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left
 323       {
 324         transX = (er - sr - horizontal) * charWidth;
 325         sr = er - horizontal;
 326       }
 327       else if (horizontal < 0)
 328       {
 329         er = sr - horizontal;
 330       }
 331       else if (vertical > 0) // scroll down
 332       {
 333         ss = es - vertical;
 334
 335         if (ss < ranges.getStartSeq())
 336         { // ie scrolling too fast, more than a page at a time
 337           ss = ranges.getStartSeq();
 338         }
 339         else
 340         {
 341           transY = imgHeight - ((vertical + 1) * charHeight);
 342         }
 343       }
 344       else if (vertical < 0)
 345       {
 346         es = ss - vertical;
 347
 348         if (es > ranges.getEndSeq())
 349         {
 350           es = ranges.getEndSeq();
 351         }
 352       }
 353     }
 354
 355     gg.translate(transX, transY);
 356     drawPanel(gg, sr, er, ss, es, 0);
 357     gg.translate(-transX, -transY);
 358
 359     repaint();
 360     fastpainting = false;
 361   }
 362
 363   /**
 364    * Definitions of startx and endx (hopefully): SMJS This is what I'm working
 365    * towards! startx is the first residue (starting at 0) to display. endx is
 366    * the last residue to display (starting at 0). starty is the first sequence
 367    * to display (starting at 0). endy is the last sequence to display (starting
 368    * at 0). NOTE 1: The av limits are set in setFont in this class and in the
 369    * adjustment listener in SeqPanel when the scrollbars move.
 370    */
 371
 372   // Set this to false to force a full panel paint
 373   @Override
 374   public void paintComponent(Graphics g)
 375   {
 376     updateViewport();
 377     BufferedImage lcimg = img; // take reference since other threads may null
 378     // img and call later.
 379     super.paintComponent(g);
 380
 381     if (lcimg != null
 382             && (fastPaint
 383                     || (getVisibleRect().width != g.getClipBounds().width) || (getVisibleRect().height != g
 384                     .getClipBounds().height)))
 385     {
 386       g.drawImage(lcimg, 0, 0, this);
 387       fastPaint = false;
 388       return;
 389     }
 390
 391     // this draws the whole of the alignment
 392     imgWidth = getWidth();
 393     imgHeight = getHeight();
 394
 395     imgWidth -= (imgWidth % charWidth);
 396     imgHeight -= (imgHeight % charHeight);
 397
 398     if ((imgWidth < 1) || (imgHeight < 1))
 399     {
 400       return;
 401     }
 402
 403     if (lcimg == null || imgWidth != lcimg.getWidth()
 404             || imgHeight != lcimg.getHeight())
 405     {
 406       try
 407       {
 408         lcimg = img = new BufferedImage(imgWidth, imgHeight,
 409                 BufferedImage.TYPE_INT_RGB);
 410         gg = (Graphics2D) img.getGraphics();
 411         gg.setFont(av.getFont());
 412       } catch (OutOfMemoryError er)
 413       {
 414         System.gc();
 415         System.err.println("SeqCanvas OutOfMemory Redraw Error.\n" + er);
 416         new OOMWarning("Creating alignment image for display", er);
 417
 418         return;
 419       }
 420     }
 421
 422     if (av.antiAlias)
 423     {
 424       gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
 425               RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
 426     }
 427
 428     gg.setColor(Color.white);
 429     gg.fillRect(0, 0, imgWidth, imgHeight);
 430
 431     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 432     if (av.getWrapAlignment())
 433     {
 434       drawWrappedPanel(gg, getWidth(), getHeight(), ranges.getStartRes());
 435     }
 436     else
 437     {
 438       drawPanel(gg, ranges.getStartRes(), ranges.getEndRes(),
 439               ranges.getStartSeq(), ranges.getEndSeq(), 0);
 440     }
 441
 442     g.drawImage(lcimg, 0, 0, this);
 443
 444   }
 445
 446   /**
 447    * DOCUMENT ME!
 448    *
 449    * @param cwidth
 450    *          DOCUMENT ME!
 451    *
 452    * @return DOCUMENT ME!
 453    */
 454   public int getWrappedCanvasWidth(int cwidth)
 455   {
 456     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 457
 458     LABEL_EAST = 0;
 459     LABEL_WEST = 0;
 460
 461     if (av.getScaleRightWrapped())
 462     {
 463       LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());
 464     }
 465
 466     if (av.getScaleLeftWrapped())
 467     {
 468       LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());
 469     }
 470
 471     return (cwidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / charWidth;
 472   }
 473
 474   /**
 475    * Generates a string of zeroes.
 476    *
 477    * @return String
 478    */
 479   String getMask()
 480   {
 481     String mask = "00";
 482     int maxWidth = 0;
 483     int tmp;
 484     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 485     {
 486       tmp = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getEnd();
 487       if (tmp > maxWidth)
 488       {
 489         maxWidth = tmp;
 490       }
 491     }
 492
 493     for (int i = maxWidth; i > 0; i /= 10)
 494     {
 495       mask += "0";
 496     }
 497     return mask;
 498   }
 499
 500   /**
 501    * DOCUMENT ME!
 502    *
 503    * @param g
 504    *          DOCUMENT ME!
 505    * @param canvasWidth
 506    *          DOCUMENT ME!
 507    * @param canvasHeight
 508    *          DOCUMENT ME!
 509    * @param startRes
 510    *          DOCUMENT ME!
 511    */
 512   public void drawWrappedPanel(Graphics g, int canvasWidth,
 513           int canvasHeight, int startRes)
 514   {
 515     updateViewport();
 516     AlignmentI al = av.getAlignment();
 517
 518     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 519
 520     if (av.getScaleRightWrapped())
 521     {
 522       LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());
 523     }
 524
 525     if (av.getScaleLeftWrapped())
 526     {
 527       LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());
 528     }
 529
 530     int hgap = charHeight;
 531     if (av.getScaleAboveWrapped())
 532     {
 533       hgap += charHeight;
 534     }
 535
 536     int cWidth = (canvasWidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / charWidth;
 537     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * charHeight;
 538
 539     av.setWrappedWidth(cWidth);
 540
 541     av.getRanges().setEndRes(av.getRanges().getStartRes() + cWidth - 1);
 542
 543     int endx;
 544     int ypos = hgap;
 545     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 546
 547     if (av.hasHiddenColumns())
 548     {
 549       maxwidth = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 550               .findColumnPosition(maxwidth) - 1;
 551     }
 552
 553     while ((ypos <= canvasHeight) && (startRes < maxwidth))
 554     {
 555       endx = startRes + cWidth - 1;
 556
 557       if (endx > maxwidth)
 558       {
 559         endx = maxwidth;
 560       }
 561
 562       g.setFont(av.getFont());
 563       g.setColor(Color.black);
 564
 565       if (av.getScaleLeftWrapped())
 566       {
 567         drawWestScale(g, startRes, endx, ypos);
 568       }
 569
 570       if (av.getScaleRightWrapped())
 571       {
 572         g.translate(canvasWidth - LABEL_EAST, 0);
 573         drawEastScale(g, startRes, endx, ypos);
 574         g.translate(-(canvasWidth - LABEL_EAST), 0);
 575       }
 576
 577       g.translate(LABEL_WEST, 0);
 578
 579       if (av.getScaleAboveWrapped())
 580       {
 581         drawNorthScale(g, startRes, endx, ypos);
 582       }
 583
 584       if (av.hasHiddenColumns() && av.getShowHiddenMarkers())
 585       {
 586         g.setColor(Color.blue);
 587         int res;
 588         HiddenColumns hidden = av.getAlignment().getHiddenColumns();
 589         List<Integer> positions = hidden.findHiddenRegionPositions();
 590         for (int pos : positions)
 591         {
 592           res = pos - startRes;
 593
 594           if (res < 0 || res > endx - startRes)
 595           {
 596             continue;
 597           }
 598
 599           gg.fillPolygon(
 600                   new int[] { res * charWidth - charHeight / 4,
 601                       res * charWidth + charHeight / 4, res * charWidth },
 602                   new int[] { ypos - (charHeight / 2),
 603                       ypos - (charHeight / 2), ypos - (charHeight / 2) + 8 },
 604                   3);
 605
 606         }
 607       }
 608
 609       // When printing we have an extra clipped region,
 610       // the Printable page which we need to account for here
 611       Shape clip = g.getClip();
 612
 613       if (clip == null)
 614       {
 615         g.setClip(0, 0, cWidth * charWidth, canvasHeight);
 616       }
 617       else
 618       {
 619         g.setClip(0, (int) clip.getBounds().getY(), cWidth * charWidth,
 620                 (int) clip.getBounds().getHeight());
 621       }
 622
 623       drawPanel(g, startRes, endx, 0, al.getHeight() - 1, ypos);
 624
 625       if (av.isShowAnnotation())
 626       {
 627         g.translate(0, cHeight + ypos + 3);
 628         if (annotations == null)
 629         {
 630           annotations = new AnnotationPanel(av);
 631         }
 632
 633         annotations.renderer.drawComponent(annotations, av, g, -1,
 634                 startRes, endx + 1);
 635         g.translate(0, -cHeight - ypos - 3);
 636       }
 637       g.setClip(clip);
 638       g.translate(-LABEL_WEST, 0);
 639
 640       ypos += cHeight + getAnnotationHeight() + hgap;
 641
 642       startRes += cWidth;
 643     }
 644   }
 645
 646   AnnotationPanel annotations;
 647
 648   int getAnnotationHeight()
 649   {
 650     if (!av.isShowAnnotation())
 651     {
 652       return 0;
 653     }
 654
 655     if (annotations == null)
 656     {
 657       annotations = new AnnotationPanel(av);
 658     }
 659
 660     return annotations.adjustPanelHeight();
 661   }
 662
 663   /**
 664    * DOCUMENT ME!
 665    *
 666    * @param g1
 667    *          DOCUMENT ME!
 668    * @param startRes
 669    *          DOCUMENT ME!
 670    * @param endRes
 671    *          DOCUMENT ME!
 672    * @param startSeq
 673    *          DOCUMENT ME!
 674    * @param endSeq
 675    *          DOCUMENT ME!
 676    * @param offset
 677    *          DOCUMENT ME!
 678    */
 679   public void drawPanel(Graphics g1, int startRes, int endRes,
 680           int startSeq, int endSeq, int offset)
 681   {
 682     updateViewport();
 683     if (!av.hasHiddenColumns())
 684     {
 685       draw(g1, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);
 686     }
 687     else
 688     {
 689       int screenY = 0;
 690       int blockStart = startRes;
 691       int blockEnd = endRes;
 692
 693       for (int[] region : av.getAlignment().getHiddenColumns()
 694               .getHiddenColumnsCopy())
 695       {
 696         int hideStart = region[0];
 697         int hideEnd = region[1];
 698
 699         if (hideStart <= blockStart)
 700         {
 701           blockStart += (hideEnd - hideStart) + 1;
 702           continue;
 703         }
 704
 705         blockEnd = hideStart - 1;
 706
 707         g1.translate(screenY * charWidth, 0);
 708
 709         draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);
 710
 711         if (av.getShowHiddenMarkers())
 712         {
 713           g1.setColor(Color.blue);
 714
 715           g1.drawLine((blockEnd - blockStart + 1) * charWidth - 1,
 716                   0 + offset, (blockEnd - blockStart + 1) * charWidth - 1,
 717                   (endSeq - startSeq + 1) * charHeight + offset);
 718         }
 719
 720         g1.translate(-screenY * charWidth, 0);
 721         screenY += blockEnd - blockStart + 1;
 722         blockStart = hideEnd + 1;
 723
 724         if (screenY > (endRes - startRes))
 725         {
 726           // already rendered last block
 727           return;
 728         }
 729       }
 730
 731       if (screenY <= (endRes - startRes))
 732       {
 733         // remaining visible region to render
 734         blockEnd = blockStart + (endRes - startRes) - screenY;
 735         g1.translate(screenY * charWidth, 0);
 736         draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);
 737
 738         g1.translate(-screenY * charWidth, 0);
 739       }
 740     }
 741
 742   }
 743
 744   // int startRes, int endRes, int startSeq, int endSeq, int x, int y,
 745   // int x1, int x2, int y1, int y2, int startx, int starty,
 746   private void draw(Graphics g, int startRes, int endRes, int startSeq,
 747           int endSeq, int offset)
 748   {
 749     g.setFont(av.getFont());
 750     sr.prepare(g, av.isRenderGaps());
 751
 752     SequenceI nextSeq;
 753
 754     // / First draw the sequences
 755     // ///////////////////////////
 756     for (int i = startSeq; i <= endSeq; i++)
 757     {
 758       nextSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 759       if (nextSeq == null)
 760       {
 761         // occasionally, a race condition occurs such that the alignment row is
 762         // empty
 763         continue;
 764       }
 765       sr.drawSequence(nextSeq, av.getAlignment().findAllGroups(nextSeq),
 766               startRes, endRes, offset + ((i - startSeq) * charHeight));
 767
 768       if (av.isShowSequenceFeatures())
 769       {
 770         fr.drawSequence(g, nextSeq, startRes, endRes, offset
 771                 + ((i - startSeq) * charHeight), false);
 772       }
 773
 774       // / Highlight search Results once all sequences have been drawn
 775       // ////////////////////////////////////////////////////////
 776       if (av.hasSearchResults())
 777       {
 778         int[] visibleResults = av.getSearchResults().getResults(nextSeq,
 779                 startRes, endRes);
 780         if (visibleResults != null)
 781         {
 782           for (int r = 0; r < visibleResults.length; r += 2)
 783           {
 784             sr.drawHighlightedText(nextSeq, visibleResults[r],
 785                     visibleResults[r + 1], (visibleResults[r] - startRes)
 786                             * charWidth, offset
 787                             + ((i - startSeq) * charHeight));
 788           }
 789         }
 790       }
 791
 792       if (av.cursorMode && cursorY == i && cursorX >= startRes
 793               && cursorX <= endRes)
 794       {
 795         sr.drawCursor(nextSeq, cursorX, (cursorX - startRes) * charWidth,
 796                 offset + ((i - startSeq) * charHeight));
 797       }
 798     }
 799
 800     if (av.getSelectionGroup() != null
 801             || av.getAlignment().getGroups().size() > 0)
 802     {
 803       drawGroupsBoundaries(g, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);
 804     }
 805
 806   }
 807
 808   void drawGroupsBoundaries(Graphics g1, int startRes, int endRes,
 809           int startSeq, int endSeq, int offset)
 810   {
 811     Graphics2D g = (Graphics2D) g1;
 812     //
 813     // ///////////////////////////////////
 814     // Now outline any areas if necessary
 815     // ///////////////////////////////////
 816     SequenceGroup group = av.getSelectionGroup();
 817
 818     int sx = -1;
 819     int sy = -1;
 820     int ex = -1;
 821     int groupIndex = -1;
 822     int visWidth = (endRes - startRes + 1) * charWidth;
 823
 824     if ((group == null) && (av.getAlignment().getGroups().size() > 0))
 825     {
 826       group = av.getAlignment().getGroups().get(0);
 827       groupIndex = 0;
 828     }
 829
 830     if (group != null)
 831     {
 832       do
 833       {
 834         int oldY = -1;
 835         int i = 0;
 836         boolean inGroup = false;
 837         int top = -1;
 838         int bottom = -1;
 839
 840         for (i = startSeq; i <= endSeq; i++)
 841         {
 842           sx = (group.getStartRes() - startRes) * charWidth;
 843           sy = offset + ((i - startSeq) * charHeight);
 844           ex = (((group.getEndRes() + 1) - group.getStartRes()) * charWidth) - 1;
 845
 846           if (sx + ex < 0 || sx > visWidth)
 847           {
 848             continue;
 849           }
 850
 851           if ((sx <= (endRes - startRes) * charWidth)
 852                   && group.getSequences(null).contains(
 853                           av.getAlignment().getSequenceAt(i)))
 854           {
 855             if ((bottom == -1)
 856                     && !group.getSequences(null).contains(
 857                             av.getAlignment().getSequenceAt(i + 1)))
 858             {
 859               bottom = sy + charHeight;
 860             }
 861
 862             if (!inGroup)
 863             {
 864               if (((top == -1) && (i == 0))
 865                       || !group.getSequences(null).contains(
 866                               av.getAlignment().getSequenceAt(i - 1)))
 867               {
 868                 top = sy;
 869               }
 870
 871               oldY = sy;
 872               inGroup = true;
 873
 874               if (group == av.getSelectionGroup())
 875               {
 876                 g.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_BUTT,
 877                         BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[] { 5f, 3f },
 878                         0f));
 879                 g.setColor(Color.RED);
 880               }
 881               else
 882               {
 883                 g.setStroke(new BasicStroke());
 884                 g.setColor(group.getOutlineColour());
 885               }
 886             }
 887           }
 888           else
 889           {
 890             if (inGroup)
 891             {
 892               if (sx >= 0 && sx < visWidth)
 893               {
 894                 g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);
 895               }
 896
 897               if (sx + ex < visWidth)
 898               {
 899                 g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);
 900               }
 901
 902               if (sx < 0)
 903               {
 904                 ex += sx;
 905                 sx = 0;
 906               }
 907
 908               if (sx + ex > visWidth)
 909               {
 910                 ex = visWidth;
 911               }
 912
 913               else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * charWidth)
 914               {
 915                 ex = (endRes - startRes + 1) * charWidth;
 916               }
 917
 918               if (top != -1)
 919               {
 920                 g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);
 921                 top = -1;
 922               }
 923
 924               if (bottom != -1)
 925               {
 926                 g.drawLine(sx, bottom, sx + ex, bottom);
 927                 bottom = -1;
 928               }
 929
 930               inGroup = false;
 931             }
 932           }
 933         }
 934
 935         if (inGroup)
 936         {
 937           sy = offset + ((i - startSeq) * charHeight);
 938           if (sx >= 0 && sx < visWidth)
 939           {
 940             g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);
 941           }
 942
 943           if (sx + ex < visWidth)
 944           {
 945             g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);
 946           }
 947
 948           if (sx < 0)
 949           {
 950             ex += sx;
 951             sx = 0;
 952           }
 953
 954           if (sx + ex > visWidth)
 955           {
 956             ex = visWidth;
 957           }
 958           else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * charWidth)
 959           {
 960             ex = (endRes - startRes + 1) * charWidth;
 961           }
 962
 963           if (top != -1)
 964           {
 965             g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);
 966             top = -1;
 967           }
 968
 969           if (bottom != -1)
 970           {
 971             g.drawLine(sx, bottom - 1, sx + ex, bottom - 1);
 972             bottom = -1;
 973           }
 974
 975           inGroup = false;
 976         }
 977
 978         groupIndex++;
 979
 980         g.setStroke(new BasicStroke());
 981
 982         if (groupIndex >= av.getAlignment().getGroups().size())
 983         {
 984           break;
 985         }
 986
 987         group = av.getAlignment().getGroups().get(groupIndex);
 988
 989       } while (groupIndex < av.getAlignment().getGroups().size());
 990
 991     }
 992
 993   }
 994
 995   /**
 996    * DOCUMENT ME!
 997    *
 998    * @param results
 999    *          DOCUMENT ME!
1000    */
1001   public void highlightSearchResults(SearchResultsI results)
1002   {
1003     img = null;
1004
1005     av.setSearchResults(results);
1006
1007     repaint();
1008   }
1009
1010   @Override
1011   public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
1012   {
1013     if (!av.getWrapAlignment())
1014     {
1015       if (evt.getPropertyName().equals("startres"))
1016       {
1017         // scroll - startres and endres both change
1018
1019         // Make sure we're not trying to draw a panel
1020         // larger than the visible window
1021         ViewportRanges vpRanges = av.getRanges();
1022         int scrollX = (int) evt.getNewValue() - (int) evt.getOldValue();
1023         if (scrollX > vpRanges.getEndRes() - vpRanges.getStartRes())
1024         {
1025           scrollX = vpRanges.getEndRes() - vpRanges.getStartRes();
1026         }
1027         else if (scrollX < vpRanges.getStartRes() - vpRanges.getEndRes())
1028         {
1029           scrollX = vpRanges.getStartRes() - vpRanges.getEndRes();
1030         }
1031         fastPaint(scrollX, 0, false);
1032       }
1033       else if (evt.getPropertyName().equals("endres"))
1034       {
1035         // resize - only endres changes
1036         int scrollX = (int) evt.getNewValue() - (int) evt.getOldValue();
1037         fastPaint(scrollX, 0, true);
1038       }
1039       else if (evt.getPropertyName().equals("startseq"))
1040       {
1041         // scroll
1042         fastPaint(0, (int) evt.getNewValue() - (int) evt.getOldValue(), false);
1043       }
1044       else if (evt.getPropertyName().equals("endseq"))
1045       {
1046         // resize
1047       }
1048     }
1049   }
1050 }