src/jalview/gui/SeqCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  25 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
  26 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  27 import jalview.datamodel.SequenceI;
  28 import jalview.renderer.ScaleRenderer;
  29 import jalview.renderer.ScaleRenderer.ScaleMark;
  30 import jalview.viewmodel.ViewportListenerI;
  31 import jalview.viewmodel.ViewportRanges;
  32
  33 import java.awt.BasicStroke;
  34 import java.awt.BorderLayout;
  35 import java.awt.Color;
  36 import java.awt.FontMetrics;
  37 import java.awt.Graphics;
  38 import java.awt.Graphics2D;
  39 import java.awt.RenderingHints;
  40 import java.awt.Shape;
  41 import java.awt.image.BufferedImage;
  42 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  43 import java.util.List;
  44
  45 import javax.swing.JComponent;
  46
  47 /**
  48  * DOCUMENT ME!
  49  *
  50  * @author $author$
  51  * @version $Revision$
  52  */
  53 public class SeqCanvas extends JComponent implements ViewportListenerI
  54 {
  55   final FeatureRenderer fr;
  56
  57   final SequenceRenderer sr;
  58
  59   BufferedImage img;
  60
  61   Graphics2D gg;
  62
  63   int imgWidth;
  64
  65   int imgHeight;
  66
  67   AlignViewport av;
  68
  69   boolean fastPaint = false;
  70
  71   int LABEL_WEST;
  72
  73   int LABEL_EAST;
  74
  75   int cursorX = 0;
  76
  77   int cursorY = 0;
  78
  79   /**
  80    * Creates a new SeqCanvas object.
  81    *
  82    * @param av
  83    *          DOCUMENT ME!
  84    */
  85   public SeqCanvas(AlignmentPanel ap)
  86   {
  87     this.av = ap.av;
  88     updateViewport();
  89     fr = new FeatureRenderer(ap);
  90     sr = new SequenceRenderer(av);
  91     setLayout(new BorderLayout());
  92     PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());
  93     setBackground(Color.white);
  94
  95     av.getRanges().addPropertyChangeListener(this);
  96   }
  97
  98   public SequenceRenderer getSequenceRenderer()
  99   {
 100     return sr;
 101   }
 102
 103   public FeatureRenderer getFeatureRenderer()
 104   {
 105     return fr;
 106   }
 107
 108   int charHeight = 0, charWidth = 0;
 109
 110   private void updateViewport()
 111   {
 112     charHeight = av.getCharHeight();
 113     charWidth = av.getCharWidth();
 114   }
 115
 116   /**
 117    * DOCUMENT ME!
 118    *
 119    * @param g
 120    *          DOCUMENT ME!
 121    * @param startx
 122    *          DOCUMENT ME!
 123    * @param endx
 124    *          DOCUMENT ME!
 125    * @param ypos
 126    *          DOCUMENT ME!
 127    */
 128   private void drawNorthScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 129   {
 130     updateViewport();
 131     for (ScaleMark mark : new ScaleRenderer().calculateMarks(av, startx,
 132             endx))
 133     {
 134       int mpos = mark.column; // (i - startx - 1)
 135       if (mpos < 0)
 136       {
 137         continue;
 138       }
 139       String mstring = mark.text;
 140
 141       if (mark.major)
 142       {
 143         if (mstring != null)
 144         {
 145           g.drawString(mstring, mpos * charWidth, ypos - (charHeight / 2));
 146         }
 147         g.drawLine((mpos * charWidth) + (charWidth / 2), (ypos + 2)
 148                 - (charHeight / 2), (mpos * charWidth) + (charWidth / 2),
 149                 ypos - 2);
 150       }
 151     }
 152   }
 153
 154   /**
 155    * DOCUMENT ME!
 156    *
 157    * @param g
 158    *          DOCUMENT ME!
 159    * @param startx
 160    *          DOCUMENT ME!
 161    * @param endx
 162    *          DOCUMENT ME!
 163    * @param ypos
 164    *          DOCUMENT ME!
 165    */
 166   void drawWestScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 167   {
 168     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 169     ypos += charHeight;
 170
 171     if (av.hasHiddenColumns())
 172     {
 173       startx = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 174               .adjustForHiddenColumns(startx);
 175       endx = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 176               .adjustForHiddenColumns(endx);
 177     }
 178
 179     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth();
 180     if (av.hasHiddenColumns())
 181     {
 182       maxwidth = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 183               .findColumnPosition(maxwidth) - 1;
 184     }
 185
 186     // WEST SCALE
 187     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 188     {
 189       SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 190       int index = startx;
 191       int value = -1;
 192
 193       while (index < endx)
 194       {
 195         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))
 196         {
 197           index++;
 198
 199           continue;
 200         }
 201
 202         value = av.getAlignment().getSequenceAt(i).findPosition(index);
 203
 204         break;
 205       }
 206
 207       if (value != -1)
 208       {
 209         int x = LABEL_WEST - fm.stringWidth(String.valueOf(value))
 210                 - charWidth / 2;
 211         g.drawString(value + "", x, (ypos + (i * charHeight))
 212                 - (charHeight / 5));
 213       }
 214     }
 215   }
 216
 217   /**
 218    * DOCUMENT ME!
 219    *
 220    * @param g
 221    *          DOCUMENT ME!
 222    * @param startx
 223    *          DOCUMENT ME!
 224    * @param endx
 225    *          DOCUMENT ME!
 226    * @param ypos
 227    *          DOCUMENT ME!
 228    */
 229   void drawEastScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 230   {
 231     ypos += charHeight;
 232
 233     if (av.hasHiddenColumns())
 234     {
 235       endx = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 236               .adjustForHiddenColumns(endx);
 237     }
 238
 239     SequenceI seq;
 240     // EAST SCALE
 241     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 242     {
 243       seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 244       int index = endx;
 245       int value = -1;
 246
 247       while (index > startx)
 248       {
 249         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))
 250         {
 251           index--;
 252
 253           continue;
 254         }
 255
 256         value = seq.findPosition(index);
 257
 258         break;
 259       }
 260
 261       if (value != -1)
 262       {
 263         g.drawString(String.valueOf(value), 0, (ypos + (i * charHeight))
 264                 - (charHeight / 5));
 265       }
 266     }
 267   }
 268
 269   boolean fastpainting = false;
 270
 271   /**
 272    * need to make this thread safe move alignment rendering in response to
 273    * slider adjustment
 274    *
 275    * @param horizontal
 276    *          shift along
 277    * @param vertical
 278    *          shift up or down in repaint
 279    */
 280   public void fastPaint(int horizontal, int vertical, boolean isresize)
 281   {
 282     if (fastpainting || gg == null)
 283     {
 284       return;
 285     }
 286     fastpainting = true;
 287     fastPaint = true;
 288     updateViewport();
 289
 290     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 291     int sr = ranges.getStartRes();
 292     int er = ranges.getEndRes();
 293     int ss = ranges.getStartSeq();
 294     int es = ranges.getEndSeq();
 295     int transX = 0;
 296     int transY = 0;
 297
 298     if (isresize)
 299     {
 300       imgWidth = getWidth();
 301       imgHeight = getHeight();
 302
 303       imgWidth -= (imgWidth % charWidth);
 304       imgHeight -= (imgHeight % charHeight);
 305
 306       if ((imgWidth > 0) && (imgHeight > 0))
 307       {
 308         BufferedImage newimg = new BufferedImage(imgWidth, imgHeight,
 309                 BufferedImage.TYPE_INT_ARGB);
 310
 311         gg = (Graphics2D) newimg.getGraphics();
 312         gg.setFont(av.getFont());
 313         gg.drawImage(img, null, 0, 0);
 314         img = newimg;
 315
 316         if (horizontal != 0)
 317         {
 318           transX = (er - horizontal - sr) * charWidth;
 319           sr = er - horizontal - sr;
 320         }
 321         else if (vertical != 0)
 322         {
 323           transY = imgHeight - ((vertical + 1) * charHeight);
 324           ss = es - vertical - ss;
 325         }
 326       }
 327     }
 328     else
 329     {
 330       gg.copyArea(horizontal * charWidth, vertical * charHeight, imgWidth,
 331               imgHeight, -horizontal * charWidth, -vertical * charHeight);
 332
 333       if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left
 334       {
 335         transX = (er - sr - horizontal) * charWidth;
 336         sr = er - horizontal;
 337       }
 338       else if (horizontal < 0)
 339       {
 340         er = sr - horizontal;
 341       }
 342       else if (vertical > 0) // scroll down
 343       {
 344         ss = es - vertical;
 345
 346         if (ss < ranges.getStartSeq())
 347         { // ie scrolling too fast, more than a page at a time
 348           ss = ranges.getStartSeq();
 349         }
 350         else
 351         {
 352           transY = imgHeight - ((vertical + 1) * charHeight);
 353         }
 354       }
 355       else if (vertical < 0)
 356       {
 357         es = ss - vertical;
 358
 359         if (es > ranges.getEndSeq())
 360         {
 361           es = ranges.getEndSeq();
 362         }
 363       }
 364     }
 365
 366     gg.translate(transX, transY);
 367     drawPanel(gg, sr, er, ss, es, 0);
 368     gg.translate(-transX, -transY);
 369
 370     repaint();
 371     fastpainting = false;
 372   }
 373
 374   /**
 375    * Definitions of startx and endx (hopefully): SMJS This is what I'm working
 376    * towards! startx is the first residue (starting at 0) to display. endx is
 377    * the last residue to display (starting at 0). starty is the first sequence
 378    * to display (starting at 0). endy is the last sequence to display (starting
 379    * at 0). NOTE 1: The av limits are set in setFont in this class and in the
 380    * adjustment listener in SeqPanel when the scrollbars move.
 381    */
 382
 383   // Set this to false to force a full panel paint
 384   @Override
 385   public void paintComponent(Graphics g)
 386   {
 387     updateViewport();
 388     BufferedImage lcimg = img; // take reference since other threads may null
 389     // img and call later.
 390     super.paintComponent(g);
 391
 392     if (lcimg != null
 393             && (fastPaint
 394                     || (getVisibleRect().width != g.getClipBounds().width) || (getVisibleRect().height != g
 395                     .getClipBounds().height)))
 396     {
 397       g.drawImage(lcimg, 0, 0, this);
 398       fastPaint = false;
 399       return;
 400     }
 401
 402     // this draws the whole of the alignment
 403     imgWidth = getWidth();
 404     imgHeight = getHeight();
 405
 406     imgWidth -= (imgWidth % charWidth);
 407     imgHeight -= (imgHeight % charHeight);
 408
 409     if ((imgWidth < 1) || (imgHeight < 1))
 410     {
 411       return;
 412     }
 413
 414     if (lcimg == null || imgWidth != lcimg.getWidth()
 415             || imgHeight != lcimg.getHeight())
 416     {
 417       try
 418       {
 419         lcimg = img = new BufferedImage(imgWidth, imgHeight,
 420                 BufferedImage.TYPE_INT_RGB);
 421         gg = (Graphics2D) img.getGraphics();
 422         gg.setFont(av.getFont());
 423       } catch (OutOfMemoryError er)
 424       {
 425         System.gc();
 426         System.err.println("SeqCanvas OutOfMemory Redraw Error.\n" + er);
 427         new OOMWarning("Creating alignment image for display", er);
 428
 429         return;
 430       }
 431     }
 432
 433     if (av.antiAlias)
 434     {
 435       gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
 436               RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
 437     }
 438
 439     gg.setColor(Color.white);
 440     gg.fillRect(0, 0, imgWidth, imgHeight);
 441
 442     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 443     if (av.getWrapAlignment())
 444     {
 445       drawWrappedPanel(gg, getWidth(), getHeight(), ranges.getStartRes());
 446     }
 447     else
 448     {
 449       drawPanel(gg, ranges.getStartRes(), ranges.getEndRes(),
 450               ranges.getStartSeq(), ranges.getEndSeq(), 0);
 451     }
 452
 453     g.drawImage(lcimg, 0, 0, this);
 454
 455   }
 456
 457   /**
 458    * DOCUMENT ME!
 459    *
 460    * @param cwidth
 461    *          DOCUMENT ME!
 462    *
 463    * @return DOCUMENT ME!
 464    */
 465   public int getWrappedCanvasWidth(int cwidth)
 466   {
 467     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 468
 469     LABEL_EAST = 0;
 470     LABEL_WEST = 0;
 471
 472     if (av.getScaleRightWrapped())
 473     {
 474       LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());
 475     }
 476
 477     if (av.getScaleLeftWrapped())
 478     {
 479       LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());
 480     }
 481
 482     return (cwidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / charWidth;
 483   }
 484
 485   /**
 486    * Generates a string of zeroes.
 487    *
 488    * @return String
 489    */
 490   String getMask()
 491   {
 492     String mask = "00";
 493     int maxWidth = 0;
 494     int tmp;
 495     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 496     {
 497       tmp = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getEnd();
 498       if (tmp > maxWidth)
 499       {
 500         maxWidth = tmp;
 501       }
 502     }
 503
 504     for (int i = maxWidth; i > 0; i /= 10)
 505     {
 506       mask += "0";
 507     }
 508     return mask;
 509   }
 510
 511   /**
 512    * DOCUMENT ME!
 513    *
 514    * @param g
 515    *          DOCUMENT ME!
 516    * @param canvasWidth
 517    *          DOCUMENT ME!
 518    * @param canvasHeight
 519    *          DOCUMENT ME!
 520    * @param startRes
 521    *          DOCUMENT ME!
 522    */
 523   public void drawWrappedPanel(Graphics g, int canvasWidth,
 524           int canvasHeight, int startRes)
 525   {
 526     updateViewport();
 527     AlignmentI al = av.getAlignment();
 528
 529     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 530
 531     if (av.getScaleRightWrapped())
 532     {
 533       LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());
 534     }
 535
 536     if (av.getScaleLeftWrapped())
 537     {
 538       LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());
 539     }
 540
 541     int hgap = charHeight;
 542     if (av.getScaleAboveWrapped())
 543     {
 544       hgap += charHeight;
 545     }
 546
 547     int cWidth = (canvasWidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / charWidth;
 548     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * charHeight;
 549
 550     av.setWrappedWidth(cWidth);
 551
 552     av.getRanges().setEndRes(av.getRanges().getStartRes() + cWidth - 1);
 553
 554     int endx;
 555     int ypos = hgap;
 556     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 557
 558     if (av.hasHiddenColumns())
 559     {
 560       maxwidth = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 561               .findColumnPosition(maxwidth) - 1;
 562     }
 563
 564     while ((ypos <= canvasHeight) && (startRes < maxwidth))
 565     {
 566       endx = startRes + cWidth - 1;
 567
 568       if (endx > maxwidth)
 569       {
 570         endx = maxwidth;
 571       }
 572
 573       g.setFont(av.getFont());
 574       g.setColor(Color.black);
 575
 576       if (av.getScaleLeftWrapped())
 577       {
 578         drawWestScale(g, startRes, endx, ypos);
 579       }
 580
 581       if (av.getScaleRightWrapped())
 582       {
 583         g.translate(canvasWidth - LABEL_EAST, 0);
 584         drawEastScale(g, startRes, endx, ypos);
 585         g.translate(-(canvasWidth - LABEL_EAST), 0);
 586       }
 587
 588       g.translate(LABEL_WEST, 0);
 589
 590       if (av.getScaleAboveWrapped())
 591       {
 592         drawNorthScale(g, startRes, endx, ypos);
 593       }
 594
 595       if (av.hasHiddenColumns() && av.getShowHiddenMarkers())
 596       {
 597         g.setColor(Color.blue);
 598         int res;
 599         HiddenColumns hidden = av.getAlignment().getHiddenColumns();
 600         List<Integer> positions = hidden.findHiddenRegionPositions();
 601         for (int pos : positions)
 602         {
 603           res = pos - startRes;
 604
 605           if (res < 0 || res > endx - startRes)
 606           {
 607             continue;
 608           }
 609
 610           gg.fillPolygon(
 611                   new int[] { res * charWidth - charHeight / 4,
 612                       res * charWidth + charHeight / 4, res * charWidth },
 613                   new int[] { ypos - (charHeight / 2),
 614                       ypos - (charHeight / 2), ypos - (charHeight / 2) + 8 },
 615                   3);
 616
 617         }
 618       }
 619
 620       // When printing we have an extra clipped region,
 621       // the Printable page which we need to account for here
 622       Shape clip = g.getClip();
 623
 624       if (clip == null)
 625       {
 626         g.setClip(0, 0, cWidth * charWidth, canvasHeight);
 627       }
 628       else
 629       {
 630         g.setClip(0, (int) clip.getBounds().getY(), cWidth * charWidth,
 631                 (int) clip.getBounds().getHeight());
 632       }
 633
 634       drawPanel(g, startRes, endx, 0, al.getHeight() - 1, ypos);
 635
 636       if (av.isShowAnnotation())
 637       {
 638         g.translate(0, cHeight + ypos + 3);
 639         if (annotations == null)
 640         {
 641           annotations = new AnnotationPanel(av);
 642         }
 643
 644         annotations.renderer.drawComponent(annotations, av, g, -1,
 645                 startRes, endx + 1);
 646         g.translate(0, -cHeight - ypos - 3);
 647       }
 648       g.setClip(clip);
 649       g.translate(-LABEL_WEST, 0);
 650
 651       ypos += cHeight + getAnnotationHeight() + hgap;
 652
 653       startRes += cWidth;
 654     }
 655   }
 656
 657   AnnotationPanel annotations;
 658
 659   int getAnnotationHeight()
 660   {
 661     if (!av.isShowAnnotation())
 662     {
 663       return 0;
 664     }
 665
 666     if (annotations == null)
 667     {
 668       annotations = new AnnotationPanel(av);
 669     }
 670
 671     return annotations.adjustPanelHeight();
 672   }
 673
 674   /**
 675    * DOCUMENT ME!
 676    *
 677    * @param g1
 678    *          DOCUMENT ME!
 679    * @param startRes
 680    *          DOCUMENT ME!
 681    * @param endRes
 682    *          DOCUMENT ME!
 683    * @param startSeq
 684    *          DOCUMENT ME!
 685    * @param endSeq
 686    *          DOCUMENT ME!
 687    * @param offset
 688    *          DOCUMENT ME!
 689    */
 690   public void drawPanel(Graphics g1, int startRes, int endRes,
 691           int startSeq, int endSeq, int offset)
 692   {
 693     updateViewport();
 694     if (!av.hasHiddenColumns())
 695     {
 696       draw(g1, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);
 697     }
 698     else
 699     {
 700       int screenY = 0;
 701       int blockStart = startRes;
 702       int blockEnd = endRes;
 703
 704       for (int[] region : av.getAlignment().getHiddenColumns()
 705               .getHiddenColumnsCopy())
 706       {
 707         int hideStart = region[0];
 708         int hideEnd = region[1];
 709
 710         if (hideStart <= blockStart)
 711         {
 712           blockStart += (hideEnd - hideStart) + 1;
 713           continue;
 714         }
 715
 716         blockEnd = hideStart - 1;
 717
 718         g1.translate(screenY * charWidth, 0);
 719
 720         draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);
 721
 722         if (av.getShowHiddenMarkers())
 723         {
 724           g1.setColor(Color.blue);
 725
 726           g1.drawLine((blockEnd - blockStart + 1) * charWidth - 1,
 727                   0 + offset, (blockEnd - blockStart + 1) * charWidth - 1,
 728                   (endSeq - startSeq + 1) * charHeight + offset);
 729         }
 730
 731         g1.translate(-screenY * charWidth, 0);
 732         screenY += blockEnd - blockStart + 1;
 733         blockStart = hideEnd + 1;
 734
 735         if (screenY > (endRes - startRes))
 736         {
 737           // already rendered last block
 738           return;
 739         }
 740       }
 741
 742       if (screenY <= (endRes - startRes))
 743       {
 744         // remaining visible region to render
 745         blockEnd = blockStart + (endRes - startRes) - screenY;
 746         g1.translate(screenY * charWidth, 0);
 747         draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);
 748
 749         g1.translate(-screenY * charWidth, 0);
 750       }
 751     }
 752
 753   }
 754
 755   // int startRes, int endRes, int startSeq, int endSeq, int x, int y,
 756   // int x1, int x2, int y1, int y2, int startx, int starty,
 757   private void draw(Graphics g, int startRes, int endRes, int startSeq,
 758           int endSeq, int offset)
 759   {
 760     g.setFont(av.getFont());
 761     sr.prepare(g, av.isRenderGaps());
 762
 763     SequenceI nextSeq;
 764
 765     // / First draw the sequences
 766     // ///////////////////////////
 767     for (int i = startSeq; i <= endSeq; i++)
 768     {
 769       nextSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 770       if (nextSeq == null)
 771       {
 772         // occasionally, a race condition occurs such that the alignment row is
 773         // empty
 774         continue;
 775       }
 776       sr.drawSequence(nextSeq, av.getAlignment().findAllGroups(nextSeq),
 777               startRes, endRes, offset + ((i - startSeq) * charHeight));
 778
 779       if (av.isShowSequenceFeatures())
 780       {
 781         fr.drawSequence(g, nextSeq, startRes, endRes, offset
 782                 + ((i - startSeq) * charHeight), false);
 783       }
 784
 785       // / Highlight search Results once all sequences have been drawn
 786       // ////////////////////////////////////////////////////////
 787       if (av.hasSearchResults())
 788       {
 789         int[] visibleResults = av.getSearchResults().getResults(nextSeq,
 790                 startRes, endRes);
 791         if (visibleResults != null)
 792         {
 793           for (int r = 0; r < visibleResults.length; r += 2)
 794           {
 795             sr.drawHighlightedText(nextSeq, visibleResults[r],
 796                     visibleResults[r + 1], (visibleResults[r] - startRes)
 797                             * charWidth, offset
 798                             + ((i - startSeq) * charHeight));
 799           }
 800         }
 801       }
 802
 803       if (av.cursorMode && cursorY == i && cursorX >= startRes
 804               && cursorX <= endRes)
 805       {
 806         sr.drawCursor(nextSeq, cursorX, (cursorX - startRes) * charWidth,
 807                 offset + ((i - startSeq) * charHeight));
 808       }
 809     }
 810
 811     if (av.getSelectionGroup() != null
 812             || av.getAlignment().getGroups().size() > 0)
 813     {
 814       drawGroupsBoundaries(g, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);
 815     }
 816
 817   }
 818
 819   void drawGroupsBoundaries(Graphics g1, int startRes, int endRes,
 820           int startSeq, int endSeq, int offset)
 821   {
 822     Graphics2D g = (Graphics2D) g1;
 823     //
 824     // ///////////////////////////////////
 825     // Now outline any areas if necessary
 826     // ///////////////////////////////////
 827     SequenceGroup group = av.getSelectionGroup();
 828
 829     int sx = -1;
 830     int sy = -1;
 831     int ex = -1;
 832     int groupIndex = -1;
 833     int visWidth = (endRes - startRes + 1) * charWidth;
 834
 835     if ((group == null) && (av.getAlignment().getGroups().size() > 0))
 836     {
 837       group = av.getAlignment().getGroups().get(0);
 838       groupIndex = 0;
 839     }
 840
 841     if (group != null)
 842     {
 843       do
 844       {
 845         int oldY = -1;
 846         int i = 0;
 847         boolean inGroup = false;
 848         int top = -1;
 849         int bottom = -1;
 850
 851         for (i = startSeq; i <= endSeq; i++)
 852         {
 853           sx = (group.getStartRes() - startRes) * charWidth;
 854           sy = offset + ((i - startSeq) * charHeight);
 855           ex = (((group.getEndRes() + 1) - group.getStartRes()) * charWidth) - 1;
 856
 857           if (sx + ex < 0 || sx > visWidth)
 858           {
 859             continue;
 860           }
 861
 862           if ((sx <= (endRes - startRes) * charWidth)
 863                   && group.getSequences(null).contains(
 864                           av.getAlignment().getSequenceAt(i)))
 865           {
 866             if ((bottom == -1)
 867                     && !group.getSequences(null).contains(
 868                             av.getAlignment().getSequenceAt(i + 1)))
 869             {
 870               bottom = sy + charHeight;
 871             }
 872
 873             if (!inGroup)
 874             {
 875               if (((top == -1) && (i == 0))
 876                       || !group.getSequences(null).contains(
 877                               av.getAlignment().getSequenceAt(i - 1)))
 878               {
 879                 top = sy;
 880               }
 881
 882               oldY = sy;
 883               inGroup = true;
 884
 885               if (group == av.getSelectionGroup())
 886               {
 887                 g.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_BUTT,
 888                         BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[] { 5f, 3f },
 889                         0f));
 890                 g.setColor(Color.RED);
 891               }
 892               else
 893               {
 894                 g.setStroke(new BasicStroke());
 895                 g.setColor(group.getOutlineColour());
 896               }
 897             }
 898           }
 899           else
 900           {
 901             if (inGroup)
 902             {
 903               if (sx >= 0 && sx < visWidth)
 904               {
 905                 g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);
 906               }
 907
 908               if (sx + ex < visWidth)
 909               {
 910                 g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);
 911               }
 912
 913               if (sx < 0)
 914               {
 915                 ex += sx;
 916                 sx = 0;
 917               }
 918
 919               if (sx + ex > visWidth)
 920               {
 921                 ex = visWidth;
 922               }
 923
 924               else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * charWidth)
 925               {
 926                 ex = (endRes - startRes + 1) * charWidth;
 927               }
 928
 929               if (top != -1)
 930               {
 931                 g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);
 932                 top = -1;
 933               }
 934
 935               if (bottom != -1)
 936               {
 937                 g.drawLine(sx, bottom, sx + ex, bottom);
 938                 bottom = -1;
 939               }
 940
 941               inGroup = false;
 942             }
 943           }
 944         }
 945
 946         if (inGroup)
 947         {
 948           sy = offset + ((i - startSeq) * charHeight);
 949           if (sx >= 0 && sx < visWidth)
 950           {
 951             g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);
 952           }
 953
 954           if (sx + ex < visWidth)
 955           {
 956             g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);
 957           }
 958
 959           if (sx < 0)
 960           {
 961             ex += sx;
 962             sx = 0;
 963           }
 964
 965           if (sx + ex > visWidth)
 966           {
 967             ex = visWidth;
 968           }
 969           else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * charWidth)
 970           {
 971             ex = (endRes - startRes + 1) * charWidth;
 972           }
 973
 974           if (top != -1)
 975           {
 976             g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);
 977             top = -1;
 978           }
 979
 980           if (bottom != -1)
 981           {
 982             g.drawLine(sx, bottom - 1, sx + ex, bottom - 1);
 983             bottom = -1;
 984           }
 985
 986           inGroup = false;
 987         }
 988
 989         groupIndex++;
 990
 991         g.setStroke(new BasicStroke());
 992
 993         if (groupIndex >= av.getAlignment().getGroups().size())
 994         {
 995           break;
 996         }
 997
 998         group = av.getAlignment().getGroups().get(groupIndex);
 999
1000       } while (groupIndex < av.getAlignment().getGroups().size());
1001
1002     }
1003
1004   }
1005
1006   /**
1007    * DOCUMENT ME!
1008    *
1009    * @param results
1010    *          DOCUMENT ME!
1011    */
1012   public void highlightSearchResults(SearchResultsI results)
1013   {
1014     img = null;
1015
1016     av.setSearchResults(results);
1017
1018     repaint();
1019   }
1020
1021   @Override
1022   public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
1023   {
1024     if (!av.getWrapAlignment())
1025     {
1026       if (evt.getPropertyName().equals("startres"))
1027       {
1028         // scroll - startres and endres both change
1029
1030         // Make sure we're not trying to draw a panel
1031         // larger than the visible window
1032         ViewportRanges vpRanges = av.getRanges();
1033         int scrollX = (int) evt.getNewValue() - (int) evt.getOldValue();
1034         if (scrollX > vpRanges.getEndRes() - vpRanges.getStartRes())
1035         {
1036           scrollX = vpRanges.getEndRes() - vpRanges.getStartRes();
1037         }
1038         else if (scrollX < vpRanges.getStartRes() - vpRanges.getEndRes())
1039         {
1040           scrollX = vpRanges.getStartRes() - vpRanges.getEndRes();
1041         }
1042         fastPaint(scrollX, 0, false);
1043       }
1044       else if (evt.getPropertyName().equals("endres"))
1045       {
1046         // resize - only endres changes
1047         int scrollX = (int) evt.getNewValue() - (int) evt.getOldValue();
1048         fastPaint(scrollX, 0, true);
1049       }
1050       else if (evt.getPropertyName().equals("startseq"))
1051       {
1052         // scroll
1053         fastPaint(0, (int) evt.getNewValue() - (int) evt.getOldValue(), false);
1054       }
1055       else if (evt.getPropertyName().equals("endseq"))
1056       {
1057         // resize
1058         fastPaint(0, (int) evt.getNewValue() - (int) evt.getOldValue(),
1059                 true);
1060       }
1061     }
1062   }
1063 }