src/jalview/gui/SeqCanvas.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.image.*;\r
  25 \r
  26 import javax.swing.*;\r
  27 import jalview.schemes.*;\r
  28 \r
  29 \r
  30 /**\r
  31  * DOCUMENT ME!\r
  32  *\r
  33  * @author $author$\r
  34  * @version $Revision$\r
  35  */\r
  36 public class SeqCanvas extends JComponent\r
  37 {\r
  38     FeatureRenderer fr;\r
  39     SequenceRenderer sr;\r
  40     BufferedImage img;\r
  41     Graphics2D gg;\r
  42     int imgWidth;\r
  43     int imgHeight;\r
  44     AlignViewport av;\r
  45     boolean displaySearch = false;\r
  46     int[] searchResults = null;\r
  47     boolean fastPaint = false;\r
  48     int LABEL_WEST;\r
  49     int LABEL_EAST;\r
  50 \r
  51     /**\r
  52      * Creates a new SeqCanvas object.\r
  53      *\r
  54      * @param av DOCUMENT ME!\r
  55      */\r
  56     public SeqCanvas(AlignViewport av)\r
  57     {\r
  58         this.av = av;\r
  59         fr = new FeatureRenderer(av);\r
  60         sr = new SequenceRenderer(av);\r
  61         setLayout(new BorderLayout());\r
  62         PaintRefresher.Register(this, av.alignment);\r
  63         setBackground(Color.white);\r
  64     }\r
  65 \r
  66     MCview.PDBCanvas pdbCanvas;\r
  67     public SequenceRenderer getSequenceRenderer()\r
  68     {\r
  69       return sr;\r
  70     }\r
  71 \r
  72     public FeatureRenderer getFeatureRenderer()\r
  73     {\r
  74       return fr;\r
  75     }\r
  76 \r
  77     public void setPDBCanvas(MCview.PDBCanvas pc)\r
  78     {\r
  79       pdbCanvas = pc;\r
  80     }\r
  81 \r
  82     public AlignViewport getViewport()\r
  83     {\r
  84       return av;\r
  85     }\r
  86 \r
  87 \r
  88     /**\r
  89      * DOCUMENT ME!\r
  90      *\r
  91      * @param g DOCUMENT ME!\r
  92      * @param startx DOCUMENT ME!\r
  93      * @param endx DOCUMENT ME!\r
  94      * @param ypos DOCUMENT ME!\r
  95      */\r
  96     void drawNorthScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)\r
  97     {\r
  98         int scalestartx = startx - (startx % 10) + 10;\r
  99 \r
 100         g.setColor(Color.black);\r
 101 \r
 102         // NORTH SCALE\r
 103         for (int i = scalestartx; i < endx; i += 10)\r
 104         {\r
 105             String string = String.valueOf(i);\r
 106             g.drawString(string, (i - startx - 1) * av.charWidth,\r
 107                 ypos - (av.charHeight / 2));\r
 108 \r
 109             g.drawLine(((i - startx - 1) * av.charWidth) + (av.charWidth / 2),\r
 110                 (ypos + 2) - (av.charHeight / 2),\r
 111                 ((i - startx - 1) * av.charWidth) + (av.charWidth / 2), ypos -\r
 112                 2);\r
 113         }\r
 114     }\r
 115 \r
 116     /**\r
 117      * DOCUMENT ME!\r
 118      *\r
 119      * @param g DOCUMENT ME!\r
 120      * @param startx DOCUMENT ME!\r
 121      * @param endx DOCUMENT ME!\r
 122      * @param ypos DOCUMENT ME!\r
 123      */\r
 124     void drawWestScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)\r
 125     {\r
 126         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 127         ypos += av.charHeight;\r
 128 \r
 129         // EAST SCALE\r
 130         for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 131         {\r
 132             SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 133             int index = startx;\r
 134             int value = -1;\r
 135 \r
 136             while (index < endx)\r
 137             {\r
 138                 if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))\r
 139                 {\r
 140                     index++;\r
 141 \r
 142                     continue;\r
 143                 }\r
 144 \r
 145                 value = av.alignment.getSequenceAt(i).findPosition(index);\r
 146 \r
 147                 break;\r
 148             }\r
 149 \r
 150             if (value != -1)\r
 151             {\r
 152                 int x = LABEL_WEST - fm.stringWidth(String.valueOf(value))-av.charWidth/2;\r
 153                 g.drawString(value + "", x,\r
 154                     (ypos + (i * av.charHeight)) - (av.charHeight / 5));\r
 155             }\r
 156         }\r
 157     }\r
 158 \r
 159     /**\r
 160      * DOCUMENT ME!\r
 161      *\r
 162      * @param g DOCUMENT ME!\r
 163      * @param startx DOCUMENT ME!\r
 164      * @param endx DOCUMENT ME!\r
 165      * @param ypos DOCUMENT ME!\r
 166      */\r
 167     void drawEastScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)\r
 168     {\r
 169         ypos += av.charHeight;\r
 170 \r
 171         // EAST SCALE\r
 172         for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 173         {\r
 174             SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 175             int index = endx;\r
 176             int value = -1;\r
 177 \r
 178             while (index > startx)\r
 179             {\r
 180                 if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))\r
 181                 {\r
 182                     index--;\r
 183 \r
 184                     continue;\r
 185                 }\r
 186 \r
 187                 value = av.alignment.getSequenceAt(i).findPosition(index);\r
 188 \r
 189                 break;\r
 190             }\r
 191 \r
 192             if (value != -1)\r
 193             {\r
 194                 g.drawString(String.valueOf(value), av.charWidth/2,\r
 195                     (ypos + (i * av.charHeight)) - (av.charHeight / 5));\r
 196             }\r
 197         }\r
 198     }\r
 199 \r
 200     /**\r
 201      * DOCUMENT ME!\r
 202      *\r
 203      * @param horizontal DOCUMENT ME!\r
 204      * @param vertical DOCUMENT ME!\r
 205      */\r
 206     public void fastPaint(int horizontal, int vertical)\r
 207     {\r
 208         if (gg == null)\r
 209         {\r
 210             return;\r
 211         }\r
 212 \r
 213         gg.copyArea(horizontal * av.charWidth,\r
 214                     vertical * av.charHeight,\r
 215                     imgWidth,\r
 216                     imgHeight,\r
 217                     -horizontal * av.charWidth,\r
 218                     -vertical * av.charHeight);\r
 219 \r
 220         int sr = av.startRes;\r
 221         int er = av.endRes;\r
 222         int ss = av.startSeq;\r
 223         int es = av.endSeq;\r
 224         int transX = 0;\r
 225         int transY = 0;\r
 226 \r
 227         if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left\r
 228         {\r
 229             er ++;\r
 230             transX = (er - sr - horizontal) * av.charWidth;\r
 231             sr = er - horizontal;\r
 232         }\r
 233         else if (horizontal < 0)\r
 234         {\r
 235             er = sr - horizontal-1;\r
 236         }\r
 237         else if (vertical > 0) // scroll down\r
 238         {\r
 239             ss = es - vertical;\r
 240 \r
 241             if (ss < av.startSeq)\r
 242             { // ie scrolling too fast, more than a page at a time\r
 243                 ss = av.startSeq;\r
 244             }\r
 245             else\r
 246             {\r
 247                 transY = imgHeight - (vertical * av.charHeight);\r
 248             }\r
 249         }\r
 250         else if (vertical < 0)\r
 251         {\r
 252             es = ss - vertical;\r
 253 \r
 254             if (es > av.endSeq)\r
 255             {\r
 256                 es = av.endSeq;\r
 257             }\r
 258         }\r
 259 \r
 260         gg.translate(transX, transY);\r
 261         drawPanel(gg, sr, er, ss, es, sr, ss, 0);\r
 262         gg.translate(-transX, -transY);\r
 263 \r
 264         fastPaint = true;\r
 265         repaint();\r
 266     }\r
 267 \r
 268     /**\r
 269      * Definitions of startx and endx (hopefully):\r
 270      * SMJS This is what I'm working towards!\r
 271      *   startx is the first residue (starting at 0) to display.\r
 272      *   endx   is the last residue to display (starting at 0).\r
 273      *   starty is the first sequence to display (starting at 0).\r
 274      *   endy   is the last sequence to display (starting at 0).\r
 275      * NOTE 1: The av limits are set in setFont in this class and\r
 276      * in the adjustment listener in SeqPanel when the scrollbars move.\r
 277      */\r
 278 \r
 279     // Set this to false to force a full panel paint\r
 280     public void paintComponent(Graphics g)\r
 281     {\r
 282         sr.renderGaps(av.renderGaps);\r
 283 \r
 284         if ((img != null) &&\r
 285                 (fastPaint && getVisibleRect() != g.getClipBounds()))\r
 286         {\r
 287             g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 288             fastPaint = false;\r
 289             return;\r
 290         }\r
 291 \r
 292 \r
 293 \r
 294 \r
 295         // this draws the whole of the alignment\r
 296         imgWidth = getWidth();\r
 297         imgHeight = getHeight();\r
 298 \r
 299         imgWidth -= (imgWidth % av.charWidth);\r
 300         imgHeight -= (imgHeight % av.charHeight);\r
 301 \r
 302         if ((imgWidth < 1) || (imgHeight < 1))\r
 303         {\r
 304             return;\r
 305         }\r
 306 \r
 307         img = new BufferedImage(imgWidth, imgHeight, BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 308         gg = (Graphics2D) img.getGraphics();\r
 309         gg.setFont(av.getFont());\r
 310         gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 311           RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 312 \r
 313         gg.setColor(Color.white);\r
 314         gg.fillRect(0, 0, imgWidth, imgHeight);\r
 315 \r
 316 \r
 317         if (av.getWrapAlignment())\r
 318         {\r
 319             drawWrappedPanel(gg, getWidth(), getHeight(), av.startRes);\r
 320         }\r
 321         else\r
 322         {\r
 323             drawPanel(gg, av.startRes, av.endRes, av.startSeq, av.endSeq,\r
 324                 av.startRes, av.startSeq, 0);\r
 325         }\r
 326 \r
 327         g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 328 \r
 329         if (pdbCanvas != null)\r
 330         {\r
 331           pdbCanvas.updateSeqColours();\r
 332         }\r
 333 \r
 334     }\r
 335 \r
 336     /**\r
 337      * DOCUMENT ME!\r
 338      *\r
 339      * @param cwidth DOCUMENT ME!\r
 340      *\r
 341      * @return DOCUMENT ME!\r
 342      */\r
 343     public int getWrappedCanvasWidth(int cwidth)\r
 344     {\r
 345         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 346 \r
 347         LABEL_EAST = 0;\r
 348         LABEL_WEST = 0;\r
 349 \r
 350         if (av.scaleRightWrapped)\r
 351         {\r
 352             LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask()+"0");\r
 353         }\r
 354 \r
 355         if (av.scaleLeftWrapped)\r
 356         {\r
 357             LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());\r
 358         }\r
 359 \r
 360         return (cwidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / av.charWidth;\r
 361     }\r
 362 \r
 363 \r
 364     /**\r
 365      * Generates a string of zeroes.\r
 366      * @return String\r
 367      */\r
 368     String getMask()\r
 369     {\r
 370       String mask = "0";\r
 371       for (int i = av.alignment.getWidth(); i > 0; i /= 10)\r
 372       {\r
 373         mask += "0";\r
 374       }\r
 375       return mask;\r
 376     }\r
 377 \r
 378     /**\r
 379      * DOCUMENT ME!\r
 380      *\r
 381      * @param g DOCUMENT ME!\r
 382      * @param canvasWidth DOCUMENT ME!\r
 383      * @param canvasHeight DOCUMENT ME!\r
 384      * @param startRes DOCUMENT ME!\r
 385      */\r
 386     public void drawWrappedPanel(Graphics g, int canvasWidth, int canvasHeight,\r
 387         int startRes)\r
 388     {\r
 389 \r
 390         AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 391 \r
 392         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 393 \r
 394         int LABEL_EAST = 0;\r
 395 \r
 396         if (av.scaleRightWrapped)\r
 397         {\r
 398             LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask()+"0");\r
 399         }\r
 400 \r
 401         int LABEL_WEST = 0;\r
 402 \r
 403         if (av.scaleLeftWrapped)\r
 404         {\r
 405             LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());\r
 406         }\r
 407 \r
 408         int hgap = av.charHeight;\r
 409         if(av.scaleAboveWrapped)\r
 410           hgap += av.charHeight;\r
 411 \r
 412         int cWidth = (canvasWidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / av.charWidth;\r
 413         int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight;\r
 414 \r
 415         av.setWrappedWidth(cWidth);\r
 416 \r
 417         av.endRes = av.startRes + cWidth;\r
 418 \r
 419 \r
 420         int endx = (startRes + cWidth) - 1;\r
 421         int ypos = hgap;\r
 422 \r
 423 \r
 424         while ((ypos <= canvasHeight) && (startRes < av.alignment.getWidth()))\r
 425         {\r
 426             g.setFont(av.getFont());\r
 427             g.setColor(Color.black);\r
 428 \r
 429             if (av.scaleLeftWrapped)\r
 430             {\r
 431                 drawWestScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 432             }\r
 433 \r
 434             if (av.scaleRightWrapped)\r
 435             {\r
 436                 g.translate(canvasWidth - LABEL_EAST, 0);\r
 437                 drawEastScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 438                 g.translate(-(canvasWidth - LABEL_EAST), 0);\r
 439             }\r
 440 \r
 441             g.translate(LABEL_WEST, 0);\r
 442 \r
 443             if (av.scaleAboveWrapped)\r
 444             {\r
 445                 drawNorthScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 446             }\r
 447 \r
 448             // When printing we have an extra clipped region,\r
 449             // the Printable page which we need to account for here\r
 450             Shape clip = g.getClip();\r
 451 \r
 452             if (clip == null)\r
 453             {\r
 454                 g.setClip(0, 0, cWidth * av.charWidth, canvasHeight);\r
 455             }\r
 456             else\r
 457             {\r
 458                 g.setClip(0, (int) clip.getBounds().getY(),\r
 459                     cWidth * av.charWidth, (int) clip.getBounds().getHeight());\r
 460             }\r
 461 \r
 462             if (av.vconsensus!=null && av.alignment.getWidth() >= av.vconsensus.size())\r
 463             {\r
 464               endx = av.vconsensus.size() - 2;\r
 465             }\r
 466 \r
 467 \r
 468             drawPanel(g, startRes, endx, 0, al.getHeight(), startRes, 0, ypos);\r
 469 \r
 470             if(av.showAnnotation)\r
 471             {\r
 472               g.translate(0, cHeight + ypos + 3);\r
 473               if(annotations==null)\r
 474                 annotations = new AnnotationPanel(av);\r
 475 \r
 476               annotations.drawComponent( (Graphics2D) g, startRes, endx + 1);\r
 477               g.translate(0, -cHeight - ypos);\r
 478             }\r
 479             g.setClip(clip);\r
 480             g.translate(-LABEL_WEST, 0);\r
 481 \r
 482             ypos += cHeight+getAnnotationHeight()+hgap;\r
 483             if(av.showAnnotation)\r
 484               ypos -= 3;\r
 485 \r
 486             startRes += cWidth;\r
 487             endx = (startRes + cWidth) - 1;\r
 488 \r
 489             if (endx > al.getWidth())\r
 490             {\r
 491                 endx = al.getWidth();\r
 492             }\r
 493         }\r
 494     }\r
 495 \r
 496     AnnotationPanel annotations;\r
 497     int getAnnotationHeight()\r
 498     {\r
 499       if(!av.showAnnotation)\r
 500         return 0;\r
 501 \r
 502       if(annotations==null)\r
 503         annotations = new AnnotationPanel(av);\r
 504 \r
 505       return annotations.adjustPanelHeight();\r
 506     }\r
 507 \r
 508     /**\r
 509      * DOCUMENT ME!\r
 510      *\r
 511      * @param g1 DOCUMENT ME!\r
 512      * @param x1 DOCUMENT ME!\r
 513      * @param x2 DOCUMENT ME!\r
 514      * @param y1 DOCUMENT ME!\r
 515      * @param y2 DOCUMENT ME!\r
 516      * @param startx DOCUMENT ME!\r
 517      * @param starty DOCUMENT ME!\r
 518      * @param offset DOCUMENT ME!\r
 519      */\r
 520 \r
 521     float aaRatio = 2f/3f;\r
 522     public void increaseAARatio()\r
 523     {\r
 524       aaRatio += .025;\r
 525       if(aaRatio>1)\r
 526         aaRatio = 1;\r
 527 \r
 528       repaint();\r
 529     }\r
 530 \r
 531     public void decreaseAARation()\r
 532     {\r
 533       aaRatio -= .025;\r
 534       if(aaRatio<0)\r
 535         aaRatio = 0;\r
 536 \r
 537       repaint();\r
 538     }\r
 539 \r
 540 \r
 541     synchronized public void drawPanel(Graphics g1, int x1, int x2, int y1,\r
 542         int y2, int startx, int starty, int offset)\r
 543     {\r
 544       Graphics2D g = (Graphics2D) g1;\r
 545       g.setFont(av.getFont());\r
 546 \r
 547       SequenceI nextSeq, dna = null;\r
 548       int aaHeight = av.charHeight, dnaHeight = av.charHeight;\r
 549       Font dnafont = null, aafont = av.getFont();\r
 550 \r
 551  /*     if (av.getShowTranslation())\r
 552       {\r
 553         aaHeight = (int) (av.getCharHeight() * aaRatio);\r
 554         dnaHeight = (int) (av.getCharHeight() * (1 - aaRatio));\r
 555         java.awt.geom.AffineTransform transform = new java.awt.geom.AffineTransform();\r
 556         transform.scale(1f / 3f, 1);\r
 557         dnafont = new Font(av.getFont().getName(), av.getFont().getStyle(),\r
 558                                 dnaHeight);\r
 559         dnafont = dnafont.deriveFont(transform);\r
 560 \r
 561         aafont = new Font(av.getFont().getName(), av.getFont().getStyle(),\r
 562                                aaHeight);\r
 563         transform = new java.awt.geom.AffineTransform();\r
 564         transform.scale(1 / aaRatio, 1);\r
 565         aafont = aafont.deriveFont(transform);\r
 566       }\r
 567 */\r
 568 \r
 569       ColourSchemeI cs = av.getGlobalColourScheme();\r
 570 \r
 571         /// First draw the sequences\r
 572         /////////////////////////////\r
 573         for (int i = y1; i < y2; i++)\r
 574         {\r
 575             nextSeq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 576             g.setFont(aafont);\r
 577          /*   if(av.getShowTranslation())\r
 578             {\r
 579               dna = nextSeq;\r
 580               StringBuffer sb = new StringBuffer();\r
 581               for(int r = 0; r<nextSeq.getLength(); r+=3)\r
 582               {\r
 583                 String codon = nextSeq.getSequence(r, r+3);\r
 584                 codon = codon.replace('U', 'T');\r
 585                 String res = ResidueProperties.codonTranslate(codon);\r
 586                 if(res !=null )\r
 587                 {\r
 588                   if (res.equals("STOP"))\r
 589                     sb.append("X");\r
 590                   else\r
 591                     sb.append(res);\r
 592                 }\r
 593               }\r
 594               nextSeq = new Sequence("d", sb.toString());\r
 595             }*/\r
 596 \r
 597             sr.drawSequence(g, nextSeq, av.alignment.findAllGroups(nextSeq),\r
 598                             x1, x2, (x1 - startx) * av.charWidth,\r
 599                             offset + ( (i - starty) * av.charHeight), av.charWidth,\r
 600                             aaHeight);\r
 601 \r
 602          /*   if(av.getShowTranslation())\r
 603             {\r
 604               av.setGlobalColourScheme(new NucleotideColourScheme());\r
 605               g.setFont(dnafont);\r
 606               sr.drawSequence(g, dna, null,\r
 607                               x1*3, (x2+2) * 3, ( (x1 - startx) * av.charWidth) / 3,\r
 608                               offset + ( (i - starty) * av.charHeight) + aaHeight,\r
 609                               av.charWidth / 3,\r
 610                               dnaHeight);\r
 611               av.setGlobalColourScheme(cs);\r
 612             }*/\r
 613 \r
 614             if (av.showSequenceFeatures)\r
 615             {\r
 616                 fr.drawSequence(g, nextSeq, x1, x2,\r
 617                     (x1 - startx) * av.charWidth,\r
 618                     offset + ((i - starty) * av.charHeight), av.charWidth,\r
 619                     av.charHeight);\r
 620             }\r
 621         }\r
 622 \r
 623         //\r
 624         /////////////////////////////////////\r
 625         // Now outline any areas if necessary\r
 626         /////////////////////////////////////\r
 627         SequenceGroup group = av.getSelectionGroup();\r
 628 \r
 629         int sx = -1;\r
 630         int sy = -1;\r
 631         int ex = -1;\r
 632         int groupIndex = -1;\r
 633 \r
 634         if ((group == null) && (av.alignment.getGroups().size() > 0))\r
 635         {\r
 636             group = (SequenceGroup) av.alignment.getGroups().elementAt(0);\r
 637             groupIndex = 0;\r
 638         }\r
 639 \r
 640         if (group != null)\r
 641         {\r
 642             do\r
 643             {\r
 644                 int oldY = -1;\r
 645                 int i = 0;\r
 646                 boolean inGroup = false;\r
 647                 int top = -1;\r
 648                 int bottom = -1;\r
 649 \r
 650                 for (i = y1; i < y2; i++)\r
 651                 {\r
 652                     sx = (group.getStartRes() - startx) * av.charWidth;\r
 653                     sy = offset + ((i - starty) * av.charHeight);\r
 654                     ex = (((group.getEndRes() + 1) - group.getStartRes()) * av.charWidth) -\r
 655                         1;\r
 656 \r
 657                     if(sx+ex<0 || sx>imgWidth)\r
 658                     {\r
 659                       continue;\r
 660                     }\r
 661 \r
 662                     if ( (sx <= (x2-x1)*av.charWidth) &&\r
 663                             group.sequences.contains(av.alignment.getSequenceAt(\r
 664                                     i)))\r
 665                     {\r
 666                         if ((bottom == -1) &&\r
 667                                 !group.sequences.contains(\r
 668                                     av.alignment.getSequenceAt(i + 1)))\r
 669                         {\r
 670                             bottom = sy + av.charHeight;\r
 671                         }\r
 672 \r
 673                         if (!inGroup)\r
 674                         {\r
 675                             if (((top == -1) && (i == 0)) ||\r
 676                                     !group.sequences.contains(\r
 677                                         av.alignment.getSequenceAt(i - 1)))\r
 678                             {\r
 679                                 top = sy;\r
 680                             }\r
 681 \r
 682                             oldY = sy;\r
 683                             inGroup = true;\r
 684 \r
 685                             if (group == av.getSelectionGroup())\r
 686                             {\r
 687                                 g.setStroke(new BasicStroke(1,\r
 688                                         BasicStroke.CAP_BUTT,\r
 689                                         BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f,\r
 690                                         new float[] { 5f, 3f }, 0f));\r
 691                                 g.setColor(Color.RED);\r
 692                             }\r
 693                             else\r
 694                             {\r
 695                                 g.setStroke(new BasicStroke());\r
 696                                 g.setColor(group.getOutlineColour());\r
 697                             }\r
 698                         }\r
 699                     }\r
 700                     else\r
 701                     {\r
 702                       if (inGroup)\r
 703                       {\r
 704                         if (sx >= 0 && sx < imgWidth)\r
 705                           g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);\r
 706 \r
 707                         if (sx + ex < imgWidth)\r
 708                           g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);\r
 709 \r
 710                         if (sx < 0)\r
 711                         {\r
 712                           ex += sx;\r
 713                           sx = 0;\r
 714                         }\r
 715 \r
 716                         if (sx + ex > imgWidth)\r
 717                           ex = imgWidth;\r
 718 \r
 719                         else if (sx + ex >= (x2 - x1 + 1) * av.charWidth)\r
 720                           ex = (x2 - x1 + 1) * av.charWidth;\r
 721 \r
 722                         if (top != -1)\r
 723                         {\r
 724                           g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);\r
 725                           top = -1;\r
 726                         }\r
 727 \r
 728                         if (bottom != -1)\r
 729                         {\r
 730                           g.drawLine(sx, bottom, sx + ex, bottom);\r
 731                           bottom = -1;\r
 732                         }\r
 733 \r
 734                         inGroup = false;\r
 735                         }\r
 736                     }\r
 737                 }\r
 738 \r
 739                 if (inGroup)\r
 740                 {\r
 741                   sy = offset + ( (i - starty) * av.charHeight);\r
 742                   if (sx >= 0 && sx < imgWidth)\r
 743                     g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);\r
 744 \r
 745                   if (sx + ex < imgWidth)\r
 746                     g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);\r
 747 \r
 748                   if (sx < 0)\r
 749                   {\r
 750                     ex += sx;\r
 751                     sx = 0;\r
 752                   }\r
 753 \r
 754                   if (sx + ex > imgWidth)\r
 755                     ex = imgWidth;\r
 756                   else if (sx + ex >= (x2 - x1 + 1) * av.charWidth)\r
 757                     ex = (x2 - x1 + 1) * av.charWidth;\r
 758 \r
 759                   if (top != -1)\r
 760                   {\r
 761                     g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);\r
 762                     top = -1;\r
 763                   }\r
 764 \r
 765                   if (bottom != -1)\r
 766                   {\r
 767                     g.drawLine(sx, bottom - 1, sx + ex, bottom - 1);\r
 768                     bottom = -1;\r
 769                   }\r
 770 \r
 771                     inGroup = false;\r
 772                 }\r
 773 \r
 774                 groupIndex++;\r
 775 \r
 776                 if (groupIndex >= av.alignment.getGroups().size())\r
 777                 {\r
 778                     break;\r
 779                 }\r
 780 \r
 781                 group = (SequenceGroup) av.alignment.getGroups().elementAt(groupIndex);\r
 782             }\r
 783             while (groupIndex < av.alignment.getGroups().size());\r
 784         }\r
 785 \r
 786         /// Highlight search Results once all sequences have been drawn\r
 787         //////////////////////////////////////////////////////////\r
 788         if (displaySearch)\r
 789         {\r
 790             for (int r = 0; r < searchResults.length; r += 3)\r
 791             {\r
 792                 int searchSeq = searchResults[r];\r
 793 \r
 794                 if ((searchSeq >= y1) && (searchSeq < y2))\r
 795                 {\r
 796                     SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(searchSeq);\r
 797 \r
 798                     int searchStart = seq.findIndex(searchResults[r + 1]) - 1;\r
 799                     int searchEnd = seq.findIndex(searchResults[r + 2]) - 1;\r
 800 \r
 801                     SequenceRenderer ssr = (SequenceRenderer) sr;\r
 802 \r
 803                     if (searchStart < x1)\r
 804                     {\r
 805                         searchStart = x1;\r
 806                     }\r
 807 \r
 808                     if (searchEnd > x2)\r
 809                     {\r
 810                         searchEnd = x2;\r
 811                     }\r
 812 \r
 813                     ssr.drawHighlightedText(seq, searchStart, searchEnd,\r
 814                         (searchStart - startx) * av.charWidth,\r
 815                         offset + ((searchSeq - starty) * av.charHeight),\r
 816                         av.charWidth, av.charHeight);\r
 817                 }\r
 818             }\r
 819         }\r
 820     }\r
 821 \r
 822     /**\r
 823      * DOCUMENT ME!\r
 824      *\r
 825      * @param results DOCUMENT ME!\r
 826      */\r
 827     public void highlightSearchResults(int[] results)\r
 828     {\r
 829         // results are in the order sequence, startRes, endRes\r
 830         if (results == null)\r
 831         {\r
 832             displaySearch = false;\r
 833         }\r
 834         else\r
 835         {\r
 836             displaySearch = true;\r
 837         }\r
 838 \r
 839         searchResults = results;\r
 840 \r
 841         repaint();\r
 842     }\r
 843 }\r