src/jalview/gui/SeqCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  25 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
  26 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  27 import jalview.datamodel.SequenceI;
  28 import jalview.renderer.ScaleRenderer;
  29 import jalview.renderer.ScaleRenderer.ScaleMark;
  30 import jalview.viewmodel.ViewportListenerI;
  31 import jalview.viewmodel.ViewportRanges;
  32
  33 import java.awt.BasicStroke;
  34 import java.awt.BorderLayout;
  35 import java.awt.Color;
  36 import java.awt.FontMetrics;
  37 import java.awt.Graphics;
  38 import java.awt.Graphics2D;
  39 import java.awt.RenderingHints;
  40 import java.awt.Shape;
  41 import java.awt.image.BufferedImage;
  42 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  43 import java.util.List;
  44
  45 import javax.swing.JComponent;
  46
  47 /**
  48  * DOCUMENT ME!
  49  *
  50  * @author $author$
  51  * @version $Revision$
  52  */
  53 public class SeqCanvas extends JComponent implements ViewportListenerI
  54 {
  55   final FeatureRenderer fr;
  56
  57   final SequenceRenderer sr;
  58
  59   BufferedImage img;
  60
  61   Graphics2D gg;
  62
  63   int imgWidth;
  64
  65   int imgHeight;
  66
  67   AlignViewport av;
  68
  69   boolean fastPaint = false;
  70
  71   int LABEL_WEST;
  72
  73   int LABEL_EAST;
  74
  75   int cursorX = 0;
  76
  77   int cursorY = 0;
  78
  79   /**
  80    * Creates a new SeqCanvas object.
  81    *
  82    * @param av
  83    *          DOCUMENT ME!
  84    */
  85   public SeqCanvas(AlignmentPanel ap)
  86   {
  87     this.av = ap.av;
  88     updateViewport();
  89     fr = new FeatureRenderer(ap);
  90     sr = new SequenceRenderer(av);
  91     setLayout(new BorderLayout());
  92     PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());
  93     setBackground(Color.white);
  94
  95     av.getRanges().addPropertyChangeListener(this);
  96   }
  97
  98   public SequenceRenderer getSequenceRenderer()
  99   {
 100     return sr;
 101   }
 102
 103   public FeatureRenderer getFeatureRenderer()
 104   {
 105     return fr;
 106   }
 107
 108   int charHeight = 0, charWidth = 0;
 109
 110   private void updateViewport()
 111   {
 112     charHeight = av.getCharHeight();
 113     charWidth = av.getCharWidth();
 114   }
 115
 116   /**
 117    * DOCUMENT ME!
 118    *
 119    * @param g
 120    *          DOCUMENT ME!
 121    * @param startx
 122    *          DOCUMENT ME!
 123    * @param endx
 124    *          DOCUMENT ME!
 125    * @param ypos
 126    *          DOCUMENT ME!
 127    */
 128   private void drawNorthScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 129   {
 130     updateViewport();
 131     for (ScaleMark mark : new ScaleRenderer().calculateMarks(av, startx,
 132             endx))
 133     {
 134       int mpos = mark.column; // (i - startx - 1)
 135       if (mpos < 0)
 136       {
 137         continue;
 138       }
 139       String mstring = mark.text;
 140
 141       if (mark.major)
 142       {
 143         if (mstring != null)
 144         {
 145           g.drawString(mstring, mpos * charWidth, ypos - (charHeight / 2));
 146         }
 147         g.drawLine((mpos * charWidth) + (charWidth / 2), (ypos + 2)
 148                 - (charHeight / 2), (mpos * charWidth) + (charWidth / 2),
 149                 ypos - 2);
 150       }
 151     }
 152   }
 153
 154   /**
 155    * DOCUMENT ME!
 156    *
 157    * @param g
 158    *          DOCUMENT ME!
 159    * @param startx
 160    *          DOCUMENT ME!
 161    * @param endx
 162    *          DOCUMENT ME!
 163    * @param ypos
 164    *          DOCUMENT ME!
 165    */
 166   void drawWestScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 167   {
 168     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 169     ypos += charHeight;
 170
 171     if (av.hasHiddenColumns())
 172     {
 173       startx = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 174               .adjustForHiddenColumns(startx);
 175       endx = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 176               .adjustForHiddenColumns(endx);
 177     }
 178
 179     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth();
 180     if (av.hasHiddenColumns())
 181     {
 182       maxwidth = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 183               .findColumnPosition(maxwidth) - 1;
 184     }
 185
 186     // WEST SCALE
 187     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 188     {
 189       SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 190       int index = startx;
 191       int value = -1;
 192
 193       while (index < endx)
 194       {
 195         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))
 196         {
 197           index++;
 198
 199           continue;
 200         }
 201
 202         value = av.getAlignment().getSequenceAt(i).findPosition(index);
 203
 204         break;
 205       }
 206
 207       if (value != -1)
 208       {
 209         int x = LABEL_WEST - fm.stringWidth(String.valueOf(value))
 210                 - charWidth / 2;
 211         g.drawString(value + "", x, (ypos + (i * charHeight))
 212                 - (charHeight / 5));
 213       }
 214     }
 215   }
 216
 217   /**
 218    * DOCUMENT ME!
 219    *
 220    * @param g
 221    *          DOCUMENT ME!
 222    * @param startx
 223    *          DOCUMENT ME!
 224    * @param endx
 225    *          DOCUMENT ME!
 226    * @param ypos
 227    *          DOCUMENT ME!
 228    */
 229   void drawEastScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 230   {
 231     ypos += charHeight;
 232
 233     if (av.hasHiddenColumns())
 234     {
 235       endx = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 236               .adjustForHiddenColumns(endx);
 237     }
 238
 239     SequenceI seq;
 240     // EAST SCALE
 241     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 242     {
 243       seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 244       int index = endx;
 245       int value = -1;
 246
 247       while (index > startx)
 248       {
 249         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))
 250         {
 251           index--;
 252
 253           continue;
 254         }
 255
 256         value = seq.findPosition(index);
 257
 258         break;
 259       }
 260
 261       if (value != -1)
 262       {
 263         g.drawString(String.valueOf(value), 0, (ypos + (i * charHeight))
 264                 - (charHeight / 5));
 265       }
 266     }
 267   }
 268
 269   boolean fastpainting = false;
 270
 271   /**
 272    * need to make this thread safe move alignment rendering in response to
 273    * slider adjustment
 274    *
 275    * @param horizontal
 276    *          shift along
 277    * @param vertical
 278    *          shift up or down in repaint
 279    */
 280   public void fastPaint(int horizontal, int vertical, boolean isresize)
 281   {
 282     if (fastpainting || gg == null)
 283     {
 284       return;
 285     }
 286     fastpainting = true;
 287     fastPaint = true;
 288     updateViewport();
 289
 290     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 291     int sr = ranges.getStartRes();
 292     int er = ranges.getEndRes();
 293     int ss = ranges.getStartSeq();
 294     int es = ranges.getEndSeq();
 295     int transX = 0;
 296     int transY = 0;
 297
 298     if (isresize)
 299     {
 300       imgWidth = getWidth();
 301       imgHeight = getHeight();
 302
 303       imgWidth -= (imgWidth % charWidth);
 304       imgHeight -= (imgHeight % charHeight);
 305
 306       BufferedImage newimg = new BufferedImage(imgWidth, imgHeight,
 307               BufferedImage.TYPE_INT_ARGB);
 308
 309       gg = (Graphics2D) newimg.getGraphics();
 310       gg.setFont(av.getFont());
 311       gg.drawImage(img, null, 0, 0);
 312       img = newimg;
 313
 314       if (horizontal != 0)
 315       {
 316         transX = (er - horizontal - sr) * charWidth;
 317         sr = er - horizontal - sr;
 318       }
 319       else if (vertical != 0)
 320       {
 321         transY = imgHeight - ((vertical + 1) * charHeight);
 322         ss = es - vertical - ss;
 323       }
 324     }
 325     else
 326     {
 327       gg.copyArea(horizontal * charWidth, vertical * charHeight, imgWidth,
 328               imgHeight, -horizontal * charWidth, -vertical * charHeight);
 329
 330       if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left
 331       {
 332         transX = (er - sr - horizontal) * charWidth;
 333         sr = er - horizontal;
 334       }
 335       else if (horizontal < 0)
 336       {
 337         er = sr - horizontal;
 338       }
 339       else if (vertical > 0) // scroll down
 340       {
 341         ss = es - vertical;
 342
 343         if (ss < ranges.getStartSeq())
 344         { // ie scrolling too fast, more than a page at a time
 345           ss = ranges.getStartSeq();
 346         }
 347         else
 348         {
 349           transY = imgHeight - ((vertical + 1) * charHeight);
 350         }
 351       }
 352       else if (vertical < 0)
 353       {
 354         es = ss - vertical;
 355
 356         if (es > ranges.getEndSeq())
 357         {
 358           es = ranges.getEndSeq();
 359         }
 360       }
 361     }
 362
 363     gg.translate(transX, transY);
 364     drawPanel(gg, sr, er, ss, es, 0);
 365     gg.translate(-transX, -transY);
 366
 367     repaint();
 368     fastpainting = false;
 369   }
 370
 371   /**
 372    * Definitions of startx and endx (hopefully): SMJS This is what I'm working
 373    * towards! startx is the first residue (starting at 0) to display. endx is
 374    * the last residue to display (starting at 0). starty is the first sequence
 375    * to display (starting at 0). endy is the last sequence to display (starting
 376    * at 0). NOTE 1: The av limits are set in setFont in this class and in the
 377    * adjustment listener in SeqPanel when the scrollbars move.
 378    */
 379
 380   // Set this to false to force a full panel paint
 381   @Override
 382   public void paintComponent(Graphics g)
 383   {
 384     updateViewport();
 385     BufferedImage lcimg = img; // take reference since other threads may null
 386     // img and call later.
 387     super.paintComponent(g);
 388
 389     if (lcimg != null
 390             && (fastPaint
 391                     || (getVisibleRect().width != g.getClipBounds().width) || (getVisibleRect().height != g
 392                     .getClipBounds().height)))
 393     {
 394       g.drawImage(lcimg, 0, 0, this);
 395       fastPaint = false;
 396       return;
 397     }
 398
 399     // this draws the whole of the alignment
 400     imgWidth = getWidth();
 401     imgHeight = getHeight();
 402
 403     imgWidth -= (imgWidth % charWidth);
 404     imgHeight -= (imgHeight % charHeight);
 405
 406     if ((imgWidth < 1) || (imgHeight < 1))
 407     {
 408       return;
 409     }
 410
 411     if (lcimg == null || imgWidth != lcimg.getWidth()
 412             || imgHeight != lcimg.getHeight())
 413     {
 414       try
 415       {
 416         lcimg = img = new BufferedImage(imgWidth, imgHeight,
 417                 BufferedImage.TYPE_INT_RGB);
 418         gg = (Graphics2D) img.getGraphics();
 419         gg.setFont(av.getFont());
 420       } catch (OutOfMemoryError er)
 421       {
 422         System.gc();
 423         System.err.println("SeqCanvas OutOfMemory Redraw Error.\n" + er);
 424         new OOMWarning("Creating alignment image for display", er);
 425
 426         return;
 427       }
 428     }
 429
 430     if (av.antiAlias)
 431     {
 432       gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
 433               RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
 434     }
 435
 436     gg.setColor(Color.white);
 437     gg.fillRect(0, 0, imgWidth, imgHeight);
 438
 439     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 440     if (av.getWrapAlignment())
 441     {
 442       drawWrappedPanel(gg, getWidth(), getHeight(), ranges.getStartRes());
 443     }
 444     else
 445     {
 446       drawPanel(gg, ranges.getStartRes(), ranges.getEndRes(),
 447               ranges.getStartSeq(), ranges.getEndSeq(), 0);
 448     }
 449
 450     g.drawImage(lcimg, 0, 0, this);
 451
 452   }
 453
 454   /**
 455    * DOCUMENT ME!
 456    *
 457    * @param cwidth
 458    *          DOCUMENT ME!
 459    *
 460    * @return DOCUMENT ME!
 461    */
 462   public int getWrappedCanvasWidth(int cwidth)
 463   {
 464     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 465
 466     LABEL_EAST = 0;
 467     LABEL_WEST = 0;
 468
 469     if (av.getScaleRightWrapped())
 470     {
 471       LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());
 472     }
 473
 474     if (av.getScaleLeftWrapped())
 475     {
 476       LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());
 477     }
 478
 479     return (cwidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / charWidth;
 480   }
 481
 482   /**
 483    * Generates a string of zeroes.
 484    *
 485    * @return String
 486    */
 487   String getMask()
 488   {
 489     String mask = "00";
 490     int maxWidth = 0;
 491     int tmp;
 492     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 493     {
 494       tmp = av.getAlignment().getSequenceAt(i).getEnd();
 495       if (tmp > maxWidth)
 496       {
 497         maxWidth = tmp;
 498       }
 499     }
 500
 501     for (int i = maxWidth; i > 0; i /= 10)
 502     {
 503       mask += "0";
 504     }
 505     return mask;
 506   }
 507
 508   /**
 509    * DOCUMENT ME!
 510    *
 511    * @param g
 512    *          DOCUMENT ME!
 513    * @param canvasWidth
 514    *          DOCUMENT ME!
 515    * @param canvasHeight
 516    *          DOCUMENT ME!
 517    * @param startRes
 518    *          DOCUMENT ME!
 519    */
 520   public void drawWrappedPanel(Graphics g, int canvasWidth,
 521           int canvasHeight, int startRes)
 522   {
 523     updateViewport();
 524     AlignmentI al = av.getAlignment();
 525
 526     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 527
 528     if (av.getScaleRightWrapped())
 529     {
 530       LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask());
 531     }
 532
 533     if (av.getScaleLeftWrapped())
 534     {
 535       LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());
 536     }
 537
 538     int hgap = charHeight;
 539     if (av.getScaleAboveWrapped())
 540     {
 541       hgap += charHeight;
 542     }
 543
 544     int cWidth = (canvasWidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / charWidth;
 545     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * charHeight;
 546
 547     av.setWrappedWidth(cWidth);
 548
 549     av.getRanges().setEndRes(av.getRanges().getStartRes() + cWidth - 1);
 550
 551     int endx;
 552     int ypos = hgap;
 553     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 554
 555     if (av.hasHiddenColumns())
 556     {
 557       maxwidth = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 558               .findColumnPosition(maxwidth) - 1;
 559     }
 560
 561     while ((ypos <= canvasHeight) && (startRes < maxwidth))
 562     {
 563       endx = startRes + cWidth - 1;
 564
 565       if (endx > maxwidth)
 566       {
 567         endx = maxwidth;
 568       }
 569
 570       g.setFont(av.getFont());
 571       g.setColor(Color.black);
 572
 573       if (av.getScaleLeftWrapped())
 574       {
 575         drawWestScale(g, startRes, endx, ypos);
 576       }
 577
 578       if (av.getScaleRightWrapped())
 579       {
 580         g.translate(canvasWidth - LABEL_EAST, 0);
 581         drawEastScale(g, startRes, endx, ypos);
 582         g.translate(-(canvasWidth - LABEL_EAST), 0);
 583       }
 584
 585       g.translate(LABEL_WEST, 0);
 586
 587       if (av.getScaleAboveWrapped())
 588       {
 589         drawNorthScale(g, startRes, endx, ypos);
 590       }
 591
 592       if (av.hasHiddenColumns() && av.getShowHiddenMarkers())
 593       {
 594         g.setColor(Color.blue);
 595         int res;
 596         HiddenColumns hidden = av.getAlignment().getHiddenColumns();
 597         List<Integer> positions = hidden.findHiddenRegionPositions();
 598         for (int pos : positions)
 599         {
 600           res = pos - startRes;
 601
 602           if (res < 0 || res > endx - startRes)
 603           {
 604             continue;
 605           }
 606
 607           gg.fillPolygon(
 608                   new int[] { res * charWidth - charHeight / 4,
 609                       res * charWidth + charHeight / 4, res * charWidth },
 610                   new int[] { ypos - (charHeight / 2),
 611                       ypos - (charHeight / 2), ypos - (charHeight / 2) + 8 },
 612                   3);
 613
 614         }
 615       }
 616
 617       // When printing we have an extra clipped region,
 618       // the Printable page which we need to account for here
 619       Shape clip = g.getClip();
 620
 621       if (clip == null)
 622       {
 623         g.setClip(0, 0, cWidth * charWidth, canvasHeight);
 624       }
 625       else
 626       {
 627         g.setClip(0, (int) clip.getBounds().getY(), cWidth * charWidth,
 628                 (int) clip.getBounds().getHeight());
 629       }
 630
 631       drawPanel(g, startRes, endx, 0, al.getHeight() - 1, ypos);
 632
 633       if (av.isShowAnnotation())
 634       {
 635         g.translate(0, cHeight + ypos + 3);
 636         if (annotations == null)
 637         {
 638           annotations = new AnnotationPanel(av);
 639         }
 640
 641         annotations.renderer.drawComponent(annotations, av, g, -1,
 642                 startRes, endx + 1);
 643         g.translate(0, -cHeight - ypos - 3);
 644       }
 645       g.setClip(clip);
 646       g.translate(-LABEL_WEST, 0);
 647
 648       ypos += cHeight + getAnnotationHeight() + hgap;
 649
 650       startRes += cWidth;
 651     }
 652   }
 653
 654   AnnotationPanel annotations;
 655
 656   int getAnnotationHeight()
 657   {
 658     if (!av.isShowAnnotation())
 659     {
 660       return 0;
 661     }
 662
 663     if (annotations == null)
 664     {
 665       annotations = new AnnotationPanel(av);
 666     }
 667
 668     return annotations.adjustPanelHeight();
 669   }
 670
 671   /**
 672    * DOCUMENT ME!
 673    *
 674    * @param g1
 675    *          DOCUMENT ME!
 676    * @param startRes
 677    *          DOCUMENT ME!
 678    * @param endRes
 679    *          DOCUMENT ME!
 680    * @param startSeq
 681    *          DOCUMENT ME!
 682    * @param endSeq
 683    *          DOCUMENT ME!
 684    * @param offset
 685    *          DOCUMENT ME!
 686    */
 687   public void drawPanel(Graphics g1, int startRes, int endRes,
 688           int startSeq, int endSeq, int offset)
 689   {
 690     updateViewport();
 691     if (!av.hasHiddenColumns())
 692     {
 693       draw(g1, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);
 694     }
 695     else
 696     {
 697       int screenY = 0;
 698       int blockStart = startRes;
 699       int blockEnd = endRes;
 700
 701       for (int[] region : av.getAlignment().getHiddenColumns()
 702               .getHiddenColumnsCopy())
 703       {
 704         int hideStart = region[0];
 705         int hideEnd = region[1];
 706
 707         if (hideStart <= blockStart)
 708         {
 709           blockStart += (hideEnd - hideStart) + 1;
 710           continue;
 711         }
 712
 713         blockEnd = hideStart - 1;
 714
 715         g1.translate(screenY * charWidth, 0);
 716
 717         draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);
 718
 719         if (av.getShowHiddenMarkers())
 720         {
 721           g1.setColor(Color.blue);
 722
 723           g1.drawLine((blockEnd - blockStart + 1) * charWidth - 1,
 724                   0 + offset, (blockEnd - blockStart + 1) * charWidth - 1,
 725                   (endSeq - startSeq + 1) * charHeight + offset);
 726         }
 727
 728         g1.translate(-screenY * charWidth, 0);
 729         screenY += blockEnd - blockStart + 1;
 730         blockStart = hideEnd + 1;
 731
 732         if (screenY > (endRes - startRes))
 733         {
 734           // already rendered last block
 735           return;
 736         }
 737       }
 738
 739       if (screenY <= (endRes - startRes))
 740       {
 741         // remaining visible region to render
 742         blockEnd = blockStart + (endRes - startRes) - screenY;
 743         g1.translate(screenY * charWidth, 0);
 744         draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);
 745
 746         g1.translate(-screenY * charWidth, 0);
 747       }
 748     }
 749
 750   }
 751
 752   // int startRes, int endRes, int startSeq, int endSeq, int x, int y,
 753   // int x1, int x2, int y1, int y2, int startx, int starty,
 754   private void draw(Graphics g, int startRes, int endRes, int startSeq,
 755           int endSeq, int offset)
 756   {
 757     g.setFont(av.getFont());
 758     sr.prepare(g, av.isRenderGaps());
 759
 760     SequenceI nextSeq;
 761
 762     // / First draw the sequences
 763     // ///////////////////////////
 764     for (int i = startSeq; i <= endSeq; i++)
 765     {
 766       nextSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 767       if (nextSeq == null)
 768       {
 769         // occasionally, a race condition occurs such that the alignment row is
 770         // empty
 771         continue;
 772       }
 773       sr.drawSequence(nextSeq, av.getAlignment().findAllGroups(nextSeq),
 774               startRes, endRes, offset + ((i - startSeq) * charHeight));
 775
 776       if (av.isShowSequenceFeatures())
 777       {
 778         fr.drawSequence(g, nextSeq, startRes, endRes, offset
 779                 + ((i - startSeq) * charHeight), false);
 780       }
 781
 782       // / Highlight search Results once all sequences have been drawn
 783       // ////////////////////////////////////////////////////////
 784       if (av.hasSearchResults())
 785       {
 786         int[] visibleResults = av.getSearchResults().getResults(nextSeq,
 787                 startRes, endRes);
 788         if (visibleResults != null)
 789         {
 790           for (int r = 0; r < visibleResults.length; r += 2)
 791           {
 792             sr.drawHighlightedText(nextSeq, visibleResults[r],
 793                     visibleResults[r + 1], (visibleResults[r] - startRes)
 794                             * charWidth, offset
 795                             + ((i - startSeq) * charHeight));
 796           }
 797         }
 798       }
 799
 800       if (av.cursorMode && cursorY == i && cursorX >= startRes
 801               && cursorX <= endRes)
 802       {
 803         sr.drawCursor(nextSeq, cursorX, (cursorX - startRes) * charWidth,
 804                 offset + ((i - startSeq) * charHeight));
 805       }
 806     }
 807
 808     if (av.getSelectionGroup() != null
 809             || av.getAlignment().getGroups().size() > 0)
 810     {
 811       drawGroupsBoundaries(g, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);
 812     }
 813
 814   }
 815
 816   void drawGroupsBoundaries(Graphics g1, int startRes, int endRes,
 817           int startSeq, int endSeq, int offset)
 818   {
 819     Graphics2D g = (Graphics2D) g1;
 820     //
 821     // ///////////////////////////////////
 822     // Now outline any areas if necessary
 823     // ///////////////////////////////////
 824     SequenceGroup group = av.getSelectionGroup();
 825
 826     int sx = -1;
 827     int sy = -1;
 828     int ex = -1;
 829     int groupIndex = -1;
 830     int visWidth = (endRes - startRes + 1) * charWidth;
 831
 832     if ((group == null) && (av.getAlignment().getGroups().size() > 0))
 833     {
 834       group = av.getAlignment().getGroups().get(0);
 835       groupIndex = 0;
 836     }
 837
 838     if (group != null)
 839     {
 840       do
 841       {
 842         int oldY = -1;
 843         int i = 0;
 844         boolean inGroup = false;
 845         int top = -1;
 846         int bottom = -1;
 847
 848         for (i = startSeq; i <= endSeq; i++)
 849         {
 850           sx = (group.getStartRes() - startRes) * charWidth;
 851           sy = offset + ((i - startSeq) * charHeight);
 852           ex = (((group.getEndRes() + 1) - group.getStartRes()) * charWidth) - 1;
 853
 854           if (sx + ex < 0 || sx > visWidth)
 855           {
 856             continue;
 857           }
 858
 859           if ((sx <= (endRes - startRes) * charWidth)
 860                   && group.getSequences(null).contains(
 861                           av.getAlignment().getSequenceAt(i)))
 862           {
 863             if ((bottom == -1)
 864                     && !group.getSequences(null).contains(
 865                             av.getAlignment().getSequenceAt(i + 1)))
 866             {
 867               bottom = sy + charHeight;
 868             }
 869
 870             if (!inGroup)
 871             {
 872               if (((top == -1) && (i == 0))
 873                       || !group.getSequences(null).contains(
 874                               av.getAlignment().getSequenceAt(i - 1)))
 875               {
 876                 top = sy;
 877               }
 878
 879               oldY = sy;
 880               inGroup = true;
 881
 882               if (group == av.getSelectionGroup())
 883               {
 884                 g.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_BUTT,
 885                         BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[] { 5f, 3f },
 886                         0f));
 887                 g.setColor(Color.RED);
 888               }
 889               else
 890               {
 891                 g.setStroke(new BasicStroke());
 892                 g.setColor(group.getOutlineColour());
 893               }
 894             }
 895           }
 896           else
 897           {
 898             if (inGroup)
 899             {
 900               if (sx >= 0 && sx < visWidth)
 901               {
 902                 g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);
 903               }
 904
 905               if (sx + ex < visWidth)
 906               {
 907                 g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);
 908               }
 909
 910               if (sx < 0)
 911               {
 912                 ex += sx;
 913                 sx = 0;
 914               }
 915
 916               if (sx + ex > visWidth)
 917               {
 918                 ex = visWidth;
 919               }
 920
 921               else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * charWidth)
 922               {
 923                 ex = (endRes - startRes + 1) * charWidth;
 924               }
 925
 926               if (top != -1)
 927               {
 928                 g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);
 929                 top = -1;
 930               }
 931
 932               if (bottom != -1)
 933               {
 934                 g.drawLine(sx, bottom, sx + ex, bottom);
 935                 bottom = -1;
 936               }
 937
 938               inGroup = false;
 939             }
 940           }
 941         }
 942
 943         if (inGroup)
 944         {
 945           sy = offset + ((i - startSeq) * charHeight);
 946           if (sx >= 0 && sx < visWidth)
 947           {
 948             g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);
 949           }
 950
 951           if (sx + ex < visWidth)
 952           {
 953             g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);
 954           }
 955
 956           if (sx < 0)
 957           {
 958             ex += sx;
 959             sx = 0;
 960           }
 961
 962           if (sx + ex > visWidth)
 963           {
 964             ex = visWidth;
 965           }
 966           else if (sx + ex >= (endRes - startRes + 1) * charWidth)
 967           {
 968             ex = (endRes - startRes + 1) * charWidth;
 969           }
 970
 971           if (top != -1)
 972           {
 973             g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);
 974             top = -1;
 975           }
 976
 977           if (bottom != -1)
 978           {
 979             g.drawLine(sx, bottom - 1, sx + ex, bottom - 1);
 980             bottom = -1;
 981           }
 982
 983           inGroup = false;
 984         }
 985
 986         groupIndex++;
 987
 988         g.setStroke(new BasicStroke());
 989
 990         if (groupIndex >= av.getAlignment().getGroups().size())
 991         {
 992           break;
 993         }
 994
 995         group = av.getAlignment().getGroups().get(groupIndex);
 996
 997       } while (groupIndex < av.getAlignment().getGroups().size());
 998
 999     }
1000
1001   }
1002
1003   /**
1004    * DOCUMENT ME!
1005    *
1006    * @param results
1007    *          DOCUMENT ME!
1008    */
1009   public void highlightSearchResults(SearchResultsI results)
1010   {
1011     img = null;
1012
1013     av.setSearchResults(results);
1014
1015     repaint();
1016   }
1017
1018   @Override
1019   public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
1020   {
1021     if (!av.getWrapAlignment())
1022     {
1023       if (evt.getPropertyName().equals("startres"))
1024       {
1025         // scroll - startres and endres both change
1026
1027         // Make sure we're not trying to draw a panel
1028         // larger than the visible window
1029         ViewportRanges vpRanges = av.getRanges();
1030         int scrollX = (int) evt.getNewValue() - (int) evt.getOldValue();
1031         if (scrollX > vpRanges.getEndRes() - vpRanges.getStartRes())
1032         {
1033           scrollX = vpRanges.getEndRes() - vpRanges.getStartRes();
1034         }
1035         else if (scrollX < vpRanges.getStartRes() - vpRanges.getEndRes())
1036         {
1037           scrollX = vpRanges.getStartRes() - vpRanges.getEndRes();
1038         }
1039         fastPaint(scrollX, 0, false);
1040       }
1041       else if (evt.getPropertyName().equals("endres"))
1042       {
1043         // resize - only endres changes
1044         int scrollX = (int) evt.getNewValue() - (int) evt.getOldValue();
1045         fastPaint(scrollX, 0, true);
1046       }
1047       else if (evt.getPropertyName().equals("startseq"))
1048       {
1049         // scroll
1050         fastPaint(0, (int) evt.getNewValue() - (int) evt.getOldValue(), false);
1051       }
1052       else if (evt.getPropertyName().equals("endseq"))
1053       {
1054         // resize
1055         fastPaint(0, (int) evt.getNewValue() - (int) evt.getOldValue(),
1056                 true);
1057       }
1058     }
1059   }
1060 }