src/jalview/gui/SeqCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  25 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
  26 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  27 import jalview.datamodel.SequenceI;
  28 import jalview.renderer.ScaleRenderer;
  29 import jalview.renderer.ScaleRenderer.ScaleMark;
  30 import jalview.viewmodel.ViewportListenerI;
  31 import jalview.viewmodel.ViewportRanges;
  32
  33 import java.awt.AlphaComposite;
  34 import java.awt.BasicStroke;
  35 import java.awt.BorderLayout;
  36 import java.awt.Color;
  37 import java.awt.FontMetrics;
  38 import java.awt.Graphics;
  39 import java.awt.Graphics2D;
  40 import java.awt.RenderingHints;
  41 import java.awt.Shape;
  42 import java.awt.image.BufferedImage;
  43 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  44 import java.util.Iterator;
  45
  46 import javax.swing.JComponent;
  47
  48 /**
  49  * DOCUMENT ME!
  50  *
  51  * @author $author$
  52  * @version $Revision$
  53  */
  54 public class SeqCanvas extends JComponent implements ViewportListenerI
  55 {
  56   private static String ZEROS = "0000000000";
  57
  58   final FeatureRenderer fr;
  59
  60   final SequenceRenderer seqRdr;
  61
  62   BufferedImage img;
  63
  64   Graphics2D gg;
  65
  66   AlignViewport av;
  67
  68   boolean fastPaint = false;
  69
  70   int labelWidthWest;
  71
  72   int labelWidthEast;
  73
  74   int cursorX = 0;
  75
  76   int cursorY = 0;
  77
  78   int charHeight = 0;
  79
  80   int charWidth = 0;
  81
  82   boolean fastpainting = false;
  83
  84   AnnotationPanel annotations;
  85
  86   /**
  87    * Creates a new SeqCanvas object.
  88    *
  89    * @param av
  90    *          DOCUMENT ME!
  91    */
  92   public SeqCanvas(AlignmentPanel ap)
  93   {
  94     this.av = ap.av;
  95     updateViewport();
  96     fr = new FeatureRenderer(ap);
  97     seqRdr = new SequenceRenderer(av);
  98     setLayout(new BorderLayout());
  99     PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());
 100     setBackground(Color.white);
 101
 102     av.getRanges().addPropertyChangeListener(this);
 103   }
 104
 105   public SequenceRenderer getSequenceRenderer()
 106   {
 107     return seqRdr;
 108   }
 109
 110   public FeatureRenderer getFeatureRenderer()
 111   {
 112     return fr;
 113   }
 114
 115   private void updateViewport()
 116   {
 117     charHeight = av.getCharHeight();
 118     charWidth = av.getCharWidth();
 119   }
 120
 121   /**
 122    * DOCUMENT ME!
 123    *
 124    * @param g
 125    *          DOCUMENT ME!
 126    * @param startx
 127    *          DOCUMENT ME!
 128    * @param endx
 129    *          DOCUMENT ME!
 130    * @param ypos
 131    *          DOCUMENT ME!
 132    */
 133   private void drawNorthScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 134   {
 135     updateViewport();
 136     for (ScaleMark mark : new ScaleRenderer().calculateMarks(av, startx,
 137             endx))
 138     {
 139       int mpos = mark.column; // (i - startx - 1)
 140       if (mpos < 0)
 141       {
 142         continue;
 143       }
 144       String mstring = mark.text;
 145
 146       if (mark.major)
 147       {
 148         if (mstring != null)
 149         {
 150           g.drawString(mstring, mpos * charWidth, ypos - (charHeight / 2));
 151         }
 152         g.drawLine((mpos * charWidth) + (charWidth / 2),
 153                 (ypos + 2) - (charHeight / 2),
 154                 (mpos * charWidth) + (charWidth / 2), ypos - 2);
 155       }
 156     }
 157   }
 158
 159   /**
 160    * DOCUMENT ME!
 161    *
 162    * @param g
 163    *          DOCUMENT ME!
 164    * @param startx
 165    *          DOCUMENT ME!
 166    * @param endx
 167    *          DOCUMENT ME!
 168    * @param ypos
 169    *          DOCUMENT ME!
 170    */
 171   void drawWestScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 172   {
 173     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 174     ypos += charHeight;
 175
 176     if (av.hasHiddenColumns())
 177     {
 178       startx = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 179               .adjustForHiddenColumns(startx);
 180       endx = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 181               .adjustForHiddenColumns(endx);
 182     }
 183
 184     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth();
 185     if (av.hasHiddenColumns())
 186     {
 187       maxwidth = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 188               .findColumnPosition(maxwidth) - 1;
 189     }
 190
 191     // WEST SCALE
 192     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 193     {
 194       SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 195       int index = startx;
 196       int value = -1;
 197
 198       while (index < endx)
 199       {
 200         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))
 201         {
 202           index++;
 203
 204           continue;
 205         }
 206
 207         value = av.getAlignment().getSequenceAt(i).findPosition(index);
 208
 209         break;
 210       }
 211
 212       if (value != -1)
 213       {
 214         int x = labelWidthWest - fm.stringWidth(String.valueOf(value))
 215                 - charWidth / 2;
 216         g.drawString(value + "", x,
 217                 (ypos + (i * charHeight)) - (charHeight / 5));
 218       }
 219     }
 220   }
 221
 222   /**
 223    * DOCUMENT ME!
 224    *
 225    * @param g
 226    *          DOCUMENT ME!
 227    * @param startx
 228    *          DOCUMENT ME!
 229    * @param endx
 230    *          DOCUMENT ME!
 231    * @param ypos
 232    *          DOCUMENT ME!
 233    */
 234   void drawEastScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 235   {
 236     ypos += charHeight;
 237
 238     if (av.hasHiddenColumns())
 239     {
 240       endx = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 241               .adjustForHiddenColumns(endx);
 242     }
 243
 244     SequenceI seq;
 245     // EAST SCALE
 246     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 247     {
 248       seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 249       int index = endx;
 250       int value = -1;
 251
 252       while (index > startx)
 253       {
 254         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))
 255         {
 256           index--;
 257
 258           continue;
 259         }
 260
 261         value = seq.findPosition(index);
 262
 263         break;
 264       }
 265
 266       if (value != -1)
 267       {
 268         g.drawString(String.valueOf(value), 0,
 269                 (ypos + (i * charHeight)) - (charHeight / 5));
 270       }
 271     }
 272   }
 273
 274
 275   /**
 276    * need to make this thread safe move alignment rendering in response to
 277    * slider adjustment
 278    *
 279    * @param horizontal
 280    *          shift along
 281    * @param vertical
 282    *          shift up or down in repaint
 283    */
 284   public void fastPaint(int horizontal, int vertical)
 285   {
 286     if (fastpainting || gg == null || img == null)
 287     {
 288       return;
 289     }
 290     fastpainting = true;
 291     fastPaint = true;
 292     updateViewport();
 293
 294     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 295     int startRes = ranges.getStartRes();
 296     int endRes = ranges.getEndRes();
 297     int startSeq = ranges.getStartSeq();
 298     int endSeq = ranges.getEndSeq();
 299     int transX = 0;
 300     int transY = 0;
 301
 302     gg.copyArea(horizontal * charWidth, vertical * charHeight,
 303             img.getWidth(), img.getHeight(), -horizontal * charWidth,
 304             -vertical * charHeight);
 305
 306     if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left
 307     {
 308       transX = (endRes - startRes - horizontal) * charWidth;
 309       startRes = endRes - horizontal;
 310     }
 311     else if (horizontal < 0)
 312     {
 313       endRes = startRes - horizontal;
 314     }
 315     else if (vertical > 0) // scroll down
 316     {
 317       startSeq = endSeq - vertical;
 318
 319       if (startSeq < ranges.getStartSeq())
 320       { // ie scrolling too fast, more than a page at a time
 321         startSeq = ranges.getStartSeq();
 322       }
 323       else
 324       {
 325         transY = img.getHeight() - ((vertical + 1) * charHeight);
 326       }
 327     }
 328     else if (vertical < 0)
 329     {
 330       endSeq = startSeq - vertical;
 331
 332       if (endSeq > ranges.getEndSeq())
 333       {
 334         endSeq = ranges.getEndSeq();
 335       }
 336     }
 337
 338     gg.translate(transX, transY);
 339     drawPanel(gg, startRes, endRes, startSeq, endSeq, 0);
 340     gg.translate(-transX, -transY);
 341
 342     repaint();
 343     fastpainting = false;
 344   }
 345
 346   @Override
 347   public void paintComponent(Graphics g)
 348   {
 349     super.paintComponent(g);
 350
 351     updateViewport();
 352
 353     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 354
 355     int width = getWidth();
 356     int height = getHeight();
 357
 358     width -= (width % charWidth);
 359     height -= (height % charHeight);
 360
 361     // selectImage is the selection group outline image
 362     BufferedImage selectImage = drawSelectionGroup(
 363             ranges.getStartRes(), ranges.getEndRes(),
 364             ranges.getStartSeq(), ranges.getEndSeq());
 365
 366     if ((img != null) && (fastPaint
 367             || (getVisibleRect().width != g.getClipBounds().width)
 368             || (getVisibleRect().height != g.getClipBounds().height)))
 369     {
 370       BufferedImage lcimg = buildLocalImage(selectImage);
 371       g.drawImage(lcimg, 0, 0, this);
 372       fastPaint = false;
 373     }
 374     else if ((width > 0) && (height > 0))
 375     {
 376       // img is a cached version of the last view we drew, if any
 377       // if we have no img or the size has changed, make a new one
 378       if (img == null || width != img.getWidth()
 379               || height != img.getHeight())
 380       {
 381         img = setupImage();
 382         if (img == null)
 383         {
 384           return;
 385         }
 386         gg = (Graphics2D) img.getGraphics();
 387         gg.setFont(av.getFont());
 388       }
 389
 390       if (av.antiAlias)
 391       {
 392         gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
 393                 RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
 394       }
 395
 396       gg.setColor(Color.white);
 397       gg.fillRect(0, 0, img.getWidth(), img.getHeight());
 398
 399       if (av.getWrapAlignment())
 400       {
 401         drawWrappedPanel(gg, getWidth(), getHeight(), ranges.getStartRes());
 402       }
 403       else
 404       {
 405         drawPanel(gg, ranges.getStartRes(), ranges.getEndRes(),
 406                 ranges.getStartSeq(), ranges.getEndSeq(), 0);
 407       }
 408
 409       // lcimg is a local *copy* of img which we'll draw selectImage on top of
 410       BufferedImage lcimg = buildLocalImage(selectImage);
 411       g.drawImage(lcimg, 0, 0, this);
 412     }
 413   }
 414
 415   /**
 416    * Draw an alignment panel for printing
 417    *
 418    * @param g1
 419    *          Graphics object to draw with
 420    * @param startRes
 421    *          start residue of print area
 422    * @param endRes
 423    *          end residue of print area
 424    * @param startSeq
 425    *          start sequence of print area
 426    * @param endSeq
 427    *          end sequence of print area
 428    */
 429   public void drawPanelForPrinting(Graphics g1, int startRes, int endRes,
 430           int startSeq, int endSeq)
 431   {
 432     drawPanel(g1, startRes, endRes, startSeq, endSeq, 0);
 433
 434     BufferedImage selectImage = drawSelectionGroup(startRes, endRes,
 435             startSeq, endSeq);
 436     if (selectImage != null)
 437     {
 438       ((Graphics2D) g1).setComposite(AlphaComposite
 439               .getInstance(AlphaComposite.SRC_OVER));
 440       g1.drawImage(selectImage, 0, 0, this);
 441     }
 442   }
 443
 444   /**
 445    * Draw a wrapped alignment panel for printing
 446    *
 447    * @param g
 448    *          Graphics object to draw with
 449    * @param canvasWidth
 450    *          width of drawing area
 451    * @param canvasHeight
 452    *          height of drawing area
 453    * @param startRes
 454    *          start residue of print area
 455    */
 456   public void drawWrappedPanelForPrinting(Graphics g, int canvasWidth,
 457           int canvasHeight, int startRes)
 458   {
 459     SequenceGroup group = av.getSelectionGroup();
 460
 461     drawWrappedPanel(g, canvasWidth, canvasHeight, startRes);
 462
 463     if (group != null)
 464     {
 465       BufferedImage selectImage = null;
 466       try
 467       {
 468         selectImage = new BufferedImage(canvasWidth, canvasHeight,
 469                 BufferedImage.TYPE_INT_ARGB); // ARGB so alpha compositing works
 470       } catch (OutOfMemoryError er)
 471       {
 472         System.gc();
 473         System.err.println("Print image OutOfMemory Error.\n" + er);
 474         new OOMWarning("Creating wrapped alignment image for printing", er);
 475       }
 476       if (selectImage != null)
 477       {
 478         Graphics2D g2 = selectImage.createGraphics();
 479         setupSelectionGroup(g2, selectImage);
 480         drawWrappedSelection(g2, group, canvasWidth, canvasHeight,
 481                 startRes);
 482
 483         g2.setComposite(
 484                 AlphaComposite.getInstance(AlphaComposite.SRC_OVER));
 485         g.drawImage(selectImage, 0, 0, this);
 486         g2.dispose();
 487       }
 488     }
 489   }
 490
 491   /*
 492    * Make a local image by combining the cached image img
 493    * with any selection
 494    */
 495   private BufferedImage buildLocalImage(BufferedImage selectImage)
 496   {
 497     // clone the cached image
 498     BufferedImage lcimg = new BufferedImage(img.getWidth(), img.getHeight(),
 499             img.getType());
 500     Graphics2D g2d = lcimg.createGraphics();
 501     g2d.drawImage(img, 0, 0, null);
 502
 503     // overlay selection group on lcimg
 504     if (selectImage != null)
 505     {
 506       g2d.setComposite(
 507               AlphaComposite.getInstance(AlphaComposite.SRC_OVER));
 508       g2d.drawImage(selectImage, 0, 0, this);
 509     }
 510     g2d.dispose();
 511
 512     return lcimg;
 513   }
 514
 515   /*
 516    * Set up a buffered image of the correct height and size for the sequence canvas
 517    */
 518   private BufferedImage setupImage()
 519   {
 520     BufferedImage lcimg = null;
 521
 522     int width = getWidth();
 523     int height = getHeight();
 524
 525     width -= (width % charWidth);
 526     height -= (height % charHeight);
 527
 528     if ((width < 1) || (height < 1))
 529     {
 530       return null;
 531     }
 532
 533     try
 534     {
 535       lcimg = new BufferedImage(width, height,
 536               BufferedImage.TYPE_INT_ARGB); // ARGB so alpha compositing works
 537     } catch (OutOfMemoryError er)
 538     {
 539       System.gc();
 540       System.err.println(
 541               "Group image OutOfMemory Redraw Error.\n" + er);
 542       new OOMWarning("Creating alignment image for display", er);
 543
 544       return null;
 545     }
 546
 547     return lcimg;
 548   }
 549
 550   /**
 551    * Returns the visible width of the canvas in residues, after allowing for
 552    * East or West scales (if shown)
 553    *
 554    * @param canvasWidth
 555    *          the width in pixels (possibly including scales)
 556    *
 557    * @return
 558    */
 559   public int getWrappedCanvasWidth(int canvasWidth)
 560   {
 561     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 562
 563     labelWidthEast = 0;
 564     labelWidthWest = 0;
 565
 566     if (av.getScaleRightWrapped())
 567     {
 568       labelWidthEast = getLabelWidth(fm);
 569     }
 570
 571     if (av.getScaleLeftWrapped())
 572     {
 573       labelWidthWest = labelWidthEast > 0 ? labelWidthEast
 574               : getLabelWidth(fm);
 575     }
 576
 577     return (canvasWidth - labelWidthEast - labelWidthWest) / charWidth;
 578   }
 579
 580   /**
 581    * Returns a pixel width suitable for showing the largest sequence coordinate
 582    * (end position) in the alignment. Returns 2 plus the number of decimal
 583    * digits to be shown (3 for 1-10, 4 for 11-99 etc).
 584    *
 585    * @param fm
 586    * @return
 587    */
 588   protected int getLabelWidth(FontMetrics fm)
 589   {
 590     /*
 591      * find the biggest sequence end position we need to show
 592      * (note this is not necessarily the sequence length)
 593      */
 594     int maxWidth = 0;
 595     AlignmentI alignment = av.getAlignment();
 596     for (int i = 0; i < alignment.getHeight(); i++)
 597     {
 598       maxWidth = Math.max(maxWidth, alignment.getSequenceAt(i).getEnd());
 599     }
 600
 601     int length = 2;
 602     for (int i = maxWidth; i > 0; i /= 10)
 603     {
 604       length++;
 605     }
 606
 607     return fm.stringWidth(ZEROS.substring(0, length));
 608   }
 609
 610   /**
 611    * DOCUMENT ME!
 612    *
 613    * @param g
 614    *          DOCUMENT ME!
 615    * @param canvasWidth
 616    *          DOCUMENT ME!
 617    * @param canvasHeight
 618    *          DOCUMENT ME!
 619    * @param startRes
 620    *          DOCUMENT ME!
 621    */
 622   private void drawWrappedPanel(Graphics g, int canvasWidth,
 623           int canvasHeight, int startRes)
 624   {
 625     updateViewport();
 626     AlignmentI al = av.getAlignment();
 627
 628     int labelWidth = 0;
 629     if (av.getScaleRightWrapped() || av.getScaleLeftWrapped())
 630     {
 631       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 632       labelWidth = getLabelWidth(fm);
 633     }
 634
 635     labelWidthEast = av.getScaleRightWrapped() ? labelWidth : 0;
 636     labelWidthWest = av.getScaleLeftWrapped() ? labelWidth : 0;
 637
 638     int hgap = charHeight;
 639     if (av.getScaleAboveWrapped())
 640     {
 641       hgap += charHeight;
 642     }
 643
 644     int cWidth = (canvasWidth - labelWidthEast - labelWidthWest) / charWidth;
 645     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * charHeight;
 646
 647     av.setWrappedWidth(cWidth);
 648
 649     av.getRanges().setViewportStartAndWidth(startRes, cWidth);
 650
 651     int endx;
 652     int ypos = hgap;
 653     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth();
 654
 655     if (av.hasHiddenColumns())
 656     {
 657       maxwidth = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 658               .findColumnPosition(maxwidth);
 659     }
 660
 661     int annotationHeight = getAnnotationHeight();
 662
 663     while ((ypos <= canvasHeight) && (startRes < maxwidth))
 664     {
 665       endx = startRes + cWidth - 1;
 666
 667       if (endx > maxwidth)
 668       {
 669         endx = maxwidth;
 670       }
 671
 672       g.setFont(av.getFont());
 673       g.setColor(Color.black);
 674
 675       if (av.getScaleLeftWrapped())
 676       {
 677         drawWestScale(g, startRes, endx, ypos);
 678       }
 679
 680       if (av.getScaleRightWrapped())
 681       {
 682         g.translate(canvasWidth - labelWidthEast, 0);
 683         drawEastScale(g, startRes, endx, ypos);
 684         g.translate(-(canvasWidth - labelWidthEast), 0);
 685       }
 686
 687       g.translate(labelWidthWest, 0);
 688
 689       if (av.getScaleAboveWrapped())
 690       {
 691         drawNorthScale(g, startRes, endx, ypos);
 692       }
 693
 694       if (av.hasHiddenColumns() && av.getShowHiddenMarkers())
 695       {
 696         g.setColor(Color.blue);
 697         int res;
 698         HiddenColumns hidden = av.getAlignment().getHiddenColumns();
 699
 700         Iterator<Integer> it = hidden.getBoundedStartIterator(startRes,
 701                 endx + 1);
 702         while (it.hasNext())
 703         {
 704           res = it.next() - startRes;
 705           gg.fillPolygon(
 706                   new int[]
 707           { res * charWidth - charHeight / 4,
 708               res * charWidth + charHeight / 4, res * charWidth },
 709                   new int[]
 710           { ypos - (charHeight / 2), ypos - (charHeight / 2),
 711               ypos - (charHeight / 2) + 8 }, 3);
 712         }
 713       }
 714
 715       // When printing we have an extra clipped region,
 716       // the Printable page which we need to account for here
 717       Shape clip = g.getClip();
 718
 719       if (clip == null)
 720       {
 721         g.setClip(0, 0, cWidth * charWidth, canvasHeight);
 722       }
 723       else
 724       {
 725         g.setClip(0, (int) clip.getBounds().getY(), cWidth * charWidth,
 726                 (int) clip.getBounds().getHeight());
 727       }
 728
 729       drawPanel(g, startRes, endx, 0, al.getHeight() - 1, ypos);
 730
 731       if (av.isShowAnnotation())
 732       {
 733         g.translate(0, cHeight + ypos + 3);
 734         if (annotations == null)
 735         {
 736           annotations = new AnnotationPanel(av);
 737         }
 738
 739         annotations.renderer.drawComponent(annotations, av, g, -1, startRes,
 740                 endx + 1);
 741         g.translate(0, -cHeight - ypos - 3);
 742       }
 743       g.setClip(clip);
 744       g.translate(-labelWidthWest, 0);
 745
 746       ypos += cHeight + annotationHeight + hgap;
 747
 748       startRes += cWidth;
 749     }
 750   }
 751
 752   /*
 753    * Draw a selection group over a wrapped alignment
 754    */
 755   private void drawWrappedSelection(Graphics2D g, SequenceGroup group,
 756           int canvasWidth,
 757           int canvasHeight, int startRes)
 758   {
 759     // height gap above each panel
 760     int hgap = charHeight;
 761     if (av.getScaleAboveWrapped())
 762     {
 763       hgap += charHeight;
 764     }
 765
 766     int cWidth = (canvasWidth - labelWidthEast - labelWidthWest)
 767             / charWidth;
 768     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * charHeight;
 769
 770     int startx = startRes;
 771     int endx;
 772     int ypos = hgap; // vertical offset
 773     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth();
 774
 775     if (av.hasHiddenColumns())
 776     {
 777       maxwidth = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 778               .findColumnPosition(maxwidth);
 779     }
 780
 781     // chop the wrapped alignment extent up into panel-sized blocks and treat
 782     // each block as if it were a block from an unwrapped alignment
 783     while ((ypos <= canvasHeight) && (startx < maxwidth))
 784     {
 785       // set end value to be start + width, or maxwidth, whichever is smaller
 786       endx = startx + cWidth - 1;
 787
 788       if (endx > maxwidth)
 789       {
 790         endx = maxwidth;
 791       }
 792
 793       g.translate(labelWidthWest, 0);
 794
 795       drawUnwrappedSelection(g, group, startx, endx, 0,
 796               av.getAlignment().getHeight() - 1,
 797               ypos);
 798
 799       g.translate(-labelWidthWest, 0);
 800
 801       // update vertical offset
 802       ypos += cHeight + getAnnotationHeight() + hgap;
 803
 804       // update horizontal offset
 805       startx += cWidth;
 806     }
 807   }
 808
 809   int getAnnotationHeight()
 810   {
 811     if (!av.isShowAnnotation())
 812     {
 813       return 0;
 814     }
 815
 816     if (annotations == null)
 817     {
 818       annotations = new AnnotationPanel(av);
 819     }
 820
 821     return annotations.adjustPanelHeight();
 822   }
 823
 824   /**
 825    * Draws the visible region of the alignment on the graphics context. If there
 826    * are hidden column markers in the visible region, then each sub-region
 827    * between the markers is drawn separately, followed by the hidden column
 828    * marker.
 829    *
 830    * @param g1
 831    *          Graphics object to draw with
 832    * @param startRes
 833    *          offset of the first column in the visible region (0..)
 834    * @param endRes
 835    *          offset of the last column in the visible region (0..)
 836    * @param startSeq
 837    *          offset of the first sequence in the visible region (0..)
 838    * @param endSeq
 839    *          offset of the last sequence in the visible region (0..)
 840    * @param yOffset
 841    *          vertical offset at which to draw (for wrapped alignments)
 842    */
 843   public void drawPanel(Graphics g1, final int startRes, final int endRes,
 844           final int startSeq, final int endSeq, final int yOffset)
 845   {
 846     updateViewport();
 847     if (!av.hasHiddenColumns())
 848     {
 849       draw(g1, startRes, endRes, startSeq, endSeq, yOffset);
 850     }
 851     else
 852     {
 853       int screenY = 0;
 854       final int screenYMax = endRes - startRes;
 855       int blockStart = startRes;
 856       int blockEnd = endRes;
 857
 858       HiddenColumns hidden = av.getAlignment().getHiddenColumns();
 859       Iterator<int[]> regions = hidden.iterator();
 860       while (regions.hasNext())
 861       {
 862         int[] region = regions.next();
 863         int hideStart = region[0];
 864         int hideEnd = region[1];
 865
 866         if (hideStart <= blockStart)
 867         {
 868           blockStart += (hideEnd - hideStart) + 1;
 869           continue;
 870         }
 871
 872         /*
 873          * draw up to just before the next hidden region, or the end of
 874          * the visible region, whichever comes first
 875          */
 876         blockEnd = Math.min(hideStart - 1,
 877                 blockStart + screenYMax - screenY);
 878         g1.translate(screenY * charWidth, 0);
 879
 880         draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, yOffset);
 881
 882         /*
 883          * draw the downline of the hidden column marker (ScalePanel draws the
 884          * triangle on top) if we reached it
 885          */
 886         if (av.getShowHiddenMarkers() && blockEnd == hideStart - 1)
 887         {
 888           g1.setColor(Color.blue);
 889
 890           g1.drawLine((blockEnd - blockStart + 1) * charWidth - 1,
 891                   0 + yOffset, (blockEnd - blockStart + 1) * charWidth - 1,
 892                   (endSeq - startSeq + 1) * charHeight + yOffset);
 893         }
 894
 895         g1.translate(-screenY * charWidth, 0);
 896         screenY += blockEnd - blockStart + 1;
 897         blockStart = hideEnd + 1;
 898
 899         if (screenY > screenYMax)
 900         {
 901           // already rendered last block
 902           return;
 903         }
 904       }
 905
 906       if (screenY <= screenYMax)
 907       {
 908         // remaining visible region to render
 909         blockEnd = blockStart + screenYMax - screenY;
 910         g1.translate(screenY * charWidth, 0);
 911         draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, yOffset);
 912
 913         g1.translate(-screenY * charWidth, 0);
 914       }
 915     }
 916
 917   }
 918
 919   /**
 920    * Draws a region of the visible alignment
 921    *
 922    * @param g1
 923    * @param startRes
 924    *          offset of the first column in the visible region (0..)
 925    * @param endRes
 926    *          offset of the last column in the visible region (0..)
 927    * @param startSeq
 928    *          offset of the first sequence in the visible region (0..)
 929    * @param endSeq
 930    *          offset of the last sequence in the visible region (0..)
 931    * @param yOffset
 932    *          vertical offset at which to draw (for wrapped alignments)
 933    */
 934   private void draw(Graphics g, int startRes, int endRes, int startSeq,
 935           int endSeq, int offset)
 936   {
 937     g.setFont(av.getFont());
 938     seqRdr.prepare(g, av.isRenderGaps());
 939
 940     SequenceI nextSeq;
 941
 942     // / First draw the sequences
 943     // ///////////////////////////
 944     for (int i = startSeq; i <= endSeq; i++)
 945     {
 946       nextSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 947       if (nextSeq == null)
 948       {
 949         // occasionally, a race condition occurs such that the alignment row is
 950         // empty
 951         continue;
 952       }
 953       seqRdr.drawSequence(nextSeq, av.getAlignment().findAllGroups(nextSeq),
 954               startRes, endRes, offset + ((i - startSeq) * charHeight));
 955
 956       if (av.isShowSequenceFeatures())
 957       {
 958         fr.drawSequence(g, nextSeq, startRes, endRes,
 959                 offset + ((i - startSeq) * charHeight), false);
 960       }
 961
 962       /*
 963        * highlight search Results once sequence has been drawn
 964        */
 965       if (av.hasSearchResults())
 966       {
 967         SearchResultsI searchResults = av.getSearchResults();
 968         int[] visibleResults = searchResults.getResults(nextSeq,
 969                 startRes, endRes);
 970         if (visibleResults != null)
 971         {
 972           for (int r = 0; r < visibleResults.length; r += 2)
 973           {
 974             seqRdr.drawHighlightedText(nextSeq, visibleResults[r],
 975                     visibleResults[r + 1], (visibleResults[r] - startRes)
 976                             * charWidth, offset
 977                             + ((i - startSeq) * charHeight));
 978           }
 979         }
 980       }
 981
 982       if (av.cursorMode && cursorY == i && cursorX >= startRes
 983               && cursorX <= endRes)
 984       {
 985         seqRdr.drawCursor(nextSeq, cursorX, (cursorX - startRes) * charWidth,
 986                 offset + ((i - startSeq) * charHeight));
 987       }
 988     }
 989
 990     if (av.getSelectionGroup() != null
 991             || av.getAlignment().getGroups().size() > 0)
 992     {
 993       drawGroupsBoundaries(g, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);
 994     }
 995
 996   }
 997
 998   void drawGroupsBoundaries(Graphics g1, int startRes, int endRes,
 999           int startSeq, int endSeq, int offset)
1000   {
1001     Graphics2D g = (Graphics2D) g1;
1002     //
1003     // ///////////////////////////////////
1004     // Now outline any areas if necessary
1005     // ///////////////////////////////////
1006
1007     SequenceGroup group = null;
1008     int groupIndex = -1;
1009
1010     if (av.getAlignment().getGroups().size() > 0)
1011     {
1012       group = av.getAlignment().getGroups().get(0);
1013       groupIndex = 0;
1014     }
1015
1016     if (group != null)
1017     {
1018       g.setStroke(new BasicStroke());
1019       g.setColor(group.getOutlineColour());
1020
1021       do
1022       {
1023         drawPartialGroupOutline(g, group, startRes, endRes, startSeq,
1024                 endSeq, offset);
1025
1026         groupIndex++;
1027
1028         g.setStroke(new BasicStroke());
1029
1030         if (groupIndex >= av.getAlignment().getGroups().size())
1031         {
1032           break;
1033         }
1034
1035         group = av.getAlignment().getGroups().get(groupIndex);
1036
1037       } while (groupIndex < av.getAlignment().getGroups().size());
1038
1039     }
1040
1041   }
1042
1043
1044   /*
1045    * Draw the selection group as a separate image and overlay
1046    */
1047   private BufferedImage drawSelectionGroup(int startRes, int endRes,
1048           int startSeq, int endSeq)
1049   {
1050     // get a new image of the correct size
1051     BufferedImage selectionImage = setupImage();
1052
1053     if (selectionImage == null)
1054     {
1055       return null;
1056     }
1057
1058     SequenceGroup group = av.getSelectionGroup();
1059     if (group == null)
1060     {
1061       // nothing to draw
1062       return null;
1063     }
1064
1065     // set up drawing colour
1066     Graphics2D g = (Graphics2D) selectionImage.getGraphics();
1067
1068     setupSelectionGroup(g, selectionImage);
1069
1070     if (!av.getWrapAlignment())
1071     {
1072       drawUnwrappedSelection(g, group, startRes, endRes, startSeq, endSeq,
1073               0);
1074     }
1075     else
1076     {
1077       drawWrappedSelection(g, group, getWidth(), getHeight(),
1078               av.getRanges().getStartRes());
1079     }
1080
1081     g.dispose();
1082     return selectionImage;
1083   }
1084
1085   /*
1086    * Set up graphics for selection group
1087    */
1088   private void setupSelectionGroup(Graphics2D g,
1089           BufferedImage selectionImage)
1090   {
1091     // set background to transparent
1092     g.setComposite(AlphaComposite.getInstance(AlphaComposite.CLEAR, 0.0f));
1093     g.fillRect(0, 0, selectionImage.getWidth(), selectionImage.getHeight());
1094
1095     // set up foreground to draw red dashed line
1096     g.setComposite(AlphaComposite.Src);
1097     g.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_BUTT,
1098             BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[]
1099     { 5f, 3f }, 0f));
1100     g.setColor(Color.RED);
1101   }
1102
1103   /*
1104    * Draw a selection group over an unwrapped alignment
1105    * @param g graphics object to draw with
1106    * @param group selection group
1107    * @param startRes start residue of area to draw
1108    * @param endRes end residue of area to draw
1109    * @param startSeq start sequence of area to draw
1110    * @param endSeq end sequence of area to draw
1111    * @param offset vertical offset (used when called from wrapped alignment code)
1112    */
1113   private void drawUnwrappedSelection(Graphics2D g, SequenceGroup group,
1114           int startRes, int endRes, int startSeq, int endSeq, int offset)
1115   {
1116     if (!av.hasHiddenColumns())
1117     {
1118       drawPartialGroupOutline(g, group, startRes, endRes, startSeq, endSeq,
1119               offset);
1120     }
1121     else
1122     {
1123       // package into blocks of visible columns
1124       int screenY = 0;
1125       int blockStart = startRes;
1126       int blockEnd = endRes;
1127
1128       HiddenColumns hidden = av.getAlignment().getHiddenColumns();
1129       Iterator<int[]> regions = hidden.iterator();
1130       while (regions.hasNext())
1131       {
1132         int[] region = regions.next();
1133         int hideStart = region[0];
1134         int hideEnd = region[1];
1135
1136         if (hideStart <= blockStart)
1137         {
1138           blockStart += (hideEnd - hideStart) + 1;
1139           continue;
1140         }
1141
1142         blockEnd = hideStart - 1;
1143
1144         g.translate(screenY * charWidth, 0);
1145         drawPartialGroupOutline(g, group,
1146                 blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);
1147
1148         g.translate(-screenY * charWidth, 0);
1149         screenY += blockEnd - blockStart + 1;
1150         blockStart = hideEnd + 1;
1151
1152         if (screenY > (endRes - startRes))
1153         {
1154           // already rendered last block
1155           break;
1156         }
1157       }
1158
1159       if (screenY <= (endRes - startRes))
1160       {
1161         // remaining visible region to render
1162         blockEnd = blockStart + (endRes - startRes) - screenY;
1163         g.translate(screenY * charWidth, 0);
1164         drawPartialGroupOutline(g, group,
1165                 blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);
1166
1167         g.translate(-screenY * charWidth, 0);
1168       }
1169     }
1170   }
1171
1172   /*
1173    * Draw the selection group as a separate image and overlay
1174    */
1175   private void drawPartialGroupOutline(Graphics2D g, SequenceGroup group,
1176           int startRes, int endRes, int startSeq, int endSeq,
1177           int verticalOffset)
1178   {
1179     int visWidth = (endRes - startRes + 1) * charWidth;
1180
1181     int oldY = -1;
1182     int i = 0;
1183     boolean inGroup = false;
1184     int top = -1;
1185     int bottom = -1;
1186
1187     int sx = -1;
1188     int sy = -1;
1189     int xwidth = -1;
1190
1191     for (i = startSeq; i <= endSeq; i++)
1192     {
1193       // position of start residue of group relative to startRes, in pixels
1194       sx = (group.getStartRes() - startRes) * charWidth;
1195
1196       // width of group in pixels
1197       xwidth = (((group.getEndRes() + 1) - group.getStartRes()) * charWidth)
1198               - 1;
1199
1200       sy = verticalOffset + (i - startSeq) * charHeight;
1201
1202       if (sx + xwidth < 0 || sx > visWidth)
1203       {
1204         continue;
1205       }
1206
1207       if ((sx <= (endRes - startRes) * charWidth)
1208               && group.getSequences(null)
1209                       .contains(av.getAlignment().getSequenceAt(i)))
1210       {
1211         if ((bottom == -1) && !group.getSequences(null)
1212                 .contains(av.getAlignment().getSequenceAt(i + 1)))
1213         {
1214           bottom = sy + charHeight;
1215         }
1216
1217         if (!inGroup)
1218         {
1219           if (((top == -1) && (i == 0)) || !group.getSequences(null)
1220                   .contains(av.getAlignment().getSequenceAt(i - 1)))
1221           {
1222             top = sy;
1223           }
1224
1225           oldY = sy;
1226           inGroup = true;
1227         }
1228       }
1229       else
1230       {
1231         if (inGroup)
1232         {
1233           // if start position is visible, draw vertical line to left of
1234           // group
1235           if (sx >= 0 && sx < visWidth)
1236           {
1237             g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);
1238           }
1239
1240           // if end position is visible, draw vertical line to right of
1241           // group
1242           if (sx + xwidth < visWidth)
1243           {
1244             g.drawLine(sx + xwidth, oldY, sx + xwidth, sy);
1245           }
1246
1247           if (sx < 0)
1248           {
1249             xwidth += sx;
1250             sx = 0;
1251           }
1252
1253           // don't let width extend beyond current block, or group extent
1254           // fixes JAL-2672
1255           if (sx + xwidth >= (endRes - startRes + 1) * charWidth)
1256           {
1257             xwidth = (endRes - startRes + 1) * charWidth - sx;
1258           }
1259
1260           // draw horizontal line at top of group
1261           if (top != -1)
1262           {
1263             g.drawLine(sx, top, sx + xwidth, top);
1264             top = -1;
1265           }
1266
1267           // draw horizontal line at bottom of group
1268           if (bottom != -1)
1269           {
1270             g.drawLine(sx, bottom, sx + xwidth, bottom);
1271             bottom = -1;
1272           }
1273
1274           inGroup = false;
1275         }
1276       }
1277     }
1278
1279     if (inGroup)
1280     {
1281       sy = verticalOffset + ((i - startSeq) * charHeight);
1282       if (sx >= 0 && sx < visWidth)
1283       {
1284         g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);
1285       }
1286
1287       if (sx + xwidth < visWidth)
1288       {
1289         g.drawLine(sx + xwidth, oldY, sx + xwidth, sy);
1290       }
1291
1292       if (sx < 0)
1293       {
1294         xwidth += sx;
1295         sx = 0;
1296       }
1297
1298       if (sx + xwidth > visWidth)
1299       {
1300         xwidth = visWidth;
1301       }
1302       else if (sx + xwidth >= (endRes - startRes + 1) * charWidth)
1303       {
1304         xwidth = (endRes - startRes + 1) * charWidth;
1305       }
1306
1307       if (top != -1)
1308       {
1309         g.drawLine(sx, top, sx + xwidth, top);
1310         top = -1;
1311       }
1312
1313       if (bottom != -1)
1314       {
1315         g.drawLine(sx, bottom - 1, sx + xwidth, bottom - 1);
1316         bottom = -1;
1317       }
1318
1319       inGroup = false;
1320     }
1321   }
1322
1323   /**
1324    * Highlights search results in the visible region by rendering as white text
1325    * on a black background. Any previous highlighting is removed. Answers true
1326    * if any highlight was left on the visible alignment (so status bar should be
1327    * set to match), else false.
1328    * <p>
1329    * Currently fastPaint is not implemented for wrapped alignments. If a wrapped
1330    * alignment had to be scrolled to show the highlighted region, then it should
1331    * be fully redrawn, otherwise a fast paint can be performed. This argument
1332    * could be removed if fast paint of scrolled wrapped alignment is coded in
1333    * future (JAL-2609).
1334    *
1335    * @param results
1336    * @param noFastPaint
1337    * @return
1338    */
1339   public boolean highlightSearchResults(SearchResultsI results,
1340           boolean noFastPaint)
1341   {
1342     if (fastpainting)
1343     {
1344       return false;
1345     }
1346     boolean wrapped = av.getWrapAlignment();
1347
1348     try
1349     {
1350       fastPaint = !noFastPaint;
1351       fastpainting = fastPaint;
1352
1353       updateViewport();
1354
1355       /*
1356        * to avoid redrawing the whole visible region, we instead
1357        * redraw just the minimal regions to remove previous highlights
1358        * and add new ones
1359        */
1360       SearchResultsI previous = av.getSearchResults();
1361       av.setSearchResults(results);
1362       boolean redrawn = false;
1363       boolean drawn = false;
1364       if (wrapped)
1365       {
1366         redrawn = drawMappedPositionsWrapped(previous);
1367         drawn = drawMappedPositionsWrapped(results);
1368         redrawn |= drawn;
1369       }
1370       else
1371       {
1372         redrawn = drawMappedPositions(previous);
1373         drawn = drawMappedPositions(results);
1374         redrawn |= drawn;
1375       }
1376
1377       /*
1378        * if highlights were either removed or added, repaint
1379        */
1380       if (redrawn)
1381       {
1382         repaint();
1383       }
1384
1385       /*
1386        * return true only if highlights were added
1387        */
1388       return drawn;
1389
1390     } finally
1391     {
1392       fastpainting = false;
1393     }
1394   }
1395
1396   /**
1397    * Redraws the minimal rectangle in the visible region (if any) that includes
1398    * mapped positions of the given search results. Whether or not positions are
1399    * highlighted depends on the SearchResults set on the Viewport. This allows
1400    * this method to be called to either clear or set highlighting. Answers true
1401    * if any positions were drawn (in which case a repaint is still required),
1402    * else false.
1403    *
1404    * @param results
1405    * @return
1406    */
1407   protected boolean drawMappedPositions(SearchResultsI results)
1408   {
1409     if (results == null)
1410     {
1411       return false;
1412     }
1413
1414     /*
1415      * calculate the minimal rectangle to redraw that
1416      * includes both new and existing search results
1417      */
1418     int firstSeq = Integer.MAX_VALUE;
1419     int lastSeq = -1;
1420     int firstCol = Integer.MAX_VALUE;
1421     int lastCol = -1;
1422     boolean matchFound = false;
1423
1424     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
1425     int firstVisibleColumn = ranges.getStartRes();
1426     int lastVisibleColumn = ranges.getEndRes();
1427     AlignmentI alignment = av.getAlignment();
1428     if (av.hasHiddenColumns())
1429     {
1430       firstVisibleColumn = alignment.getHiddenColumns()
1431               .adjustForHiddenColumns(firstVisibleColumn);
1432       lastVisibleColumn = alignment.getHiddenColumns()
1433               .adjustForHiddenColumns(lastVisibleColumn);
1434     }
1435
1436     for (int seqNo = ranges.getStartSeq(); seqNo <= ranges
1437             .getEndSeq(); seqNo++)
1438     {
1439       SequenceI seq = alignment.getSequenceAt(seqNo);
1440
1441       int[] visibleResults = results.getResults(seq, firstVisibleColumn,
1442               lastVisibleColumn);
1443       if (visibleResults != null)
1444       {
1445         for (int i = 0; i < visibleResults.length - 1; i += 2)
1446         {
1447           int firstMatchedColumn = visibleResults[i];
1448           int lastMatchedColumn = visibleResults[i + 1];
1449           if (firstMatchedColumn <= lastVisibleColumn
1450                   && lastMatchedColumn >= firstVisibleColumn)
1451           {
1452             /*
1453              * found a search results match in the visible region -
1454              * remember the first and last sequence matched, and the first
1455              * and last visible columns in the matched positions
1456              */
1457             matchFound = true;
1458             firstSeq = Math.min(firstSeq, seqNo);
1459             lastSeq = Math.max(lastSeq, seqNo);
1460             firstMatchedColumn = Math.max(firstMatchedColumn,
1461                     firstVisibleColumn);
1462             lastMatchedColumn = Math.min(lastMatchedColumn,
1463                     lastVisibleColumn);
1464             firstCol = Math.min(firstCol, firstMatchedColumn);
1465             lastCol = Math.max(lastCol, lastMatchedColumn);
1466           }
1467         }
1468       }
1469     }
1470
1471     if (matchFound)
1472     {
1473       if (av.hasHiddenColumns())
1474       {
1475         firstCol = alignment.getHiddenColumns()
1476                 .findColumnPosition(firstCol);
1477         lastCol = alignment.getHiddenColumns().findColumnPosition(lastCol);
1478       }
1479       int transX = (firstCol - ranges.getStartRes()) * av.getCharWidth();
1480       int transY = (firstSeq - ranges.getStartSeq()) * av.getCharHeight();
1481       gg.translate(transX, transY);
1482       drawPanel(gg, firstCol, lastCol, firstSeq, lastSeq, 0);
1483       gg.translate(-transX, -transY);
1484     }
1485
1486     return matchFound;
1487   }
1488
1489   @Override
1490   public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
1491   {
1492     String eventName = evt.getPropertyName();
1493
1494     if (eventName.equals(SequenceGroup.SEQ_GROUP_CHANGED))
1495     {
1496       fastPaint = true;
1497       repaint();
1498     }
1499     else if (av.getWrapAlignment())
1500     {
1501       if (eventName.equals(ViewportRanges.STARTRES))
1502       {
1503         repaint();
1504       }
1505     }
1506     else
1507     {
1508       int scrollX = 0;
1509       if (eventName.equals(ViewportRanges.STARTRES))
1510       {
1511         // Make sure we're not trying to draw a panel
1512         // larger than the visible window
1513         ViewportRanges vpRanges = av.getRanges();
1514         scrollX = (int) evt.getNewValue() - (int) evt.getOldValue();
1515         int range = vpRanges.getEndRes() - vpRanges.getStartRes();
1516         if (scrollX > range)
1517         {
1518           scrollX = range;
1519         }
1520         else if (scrollX < -range)
1521         {
1522           scrollX = -range;
1523         }
1524       }
1525
1526       // Both scrolling and resizing change viewport ranges: scrolling changes
1527       // both start and end points, but resize only changes end values.
1528       // Here we only want to fastpaint on a scroll, with resize using a normal
1529       // paint, so scroll events are identified as changes to the horizontal or
1530       // vertical start value.
1531       if (eventName.equals(ViewportRanges.STARTRES))
1532       {
1533         // scroll - startres and endres both change
1534         fastPaint(scrollX, 0);
1535       }
1536       else if (eventName.equals(ViewportRanges.STARTSEQ))
1537       {
1538         // scroll
1539         fastPaint(0, (int) evt.getNewValue() - (int) evt.getOldValue());
1540       }
1541     }
1542   }
1543
1544   /**
1545    * Redraws any positions in the search results in the visible region of a
1546    * wrapped alignment. Any highlights are drawn depending on the search results
1547    * set on the Viewport, not the <code>results</code> argument. This allows
1548    * this method to be called either to clear highlights (passing the previous
1549    * search results), or to draw new highlights.
1550    *
1551    * @param results
1552    * @return
1553    */
1554   protected boolean drawMappedPositionsWrapped(SearchResultsI results)
1555   {
1556     if (results == null)
1557     {
1558       return false;
1559     }
1560
1561     boolean matchFound = false;
1562
1563     int wrappedWidth = av.getWrappedWidth();
1564     int wrappedHeight = getRepeatHeightWrapped();
1565
1566     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
1567     int canvasHeight = getHeight();
1568     int repeats = canvasHeight / wrappedHeight;
1569     if (canvasHeight / wrappedHeight > 0)
1570     {
1571       repeats++;
1572     }
1573
1574     int firstVisibleColumn = ranges.getStartRes();
1575     int lastVisibleColumn = ranges.getStartRes() + repeats
1576             * ranges.getViewportWidth() - 1;
1577
1578     AlignmentI alignment = av.getAlignment();
1579     if (av.hasHiddenColumns())
1580     {
1581       firstVisibleColumn = alignment.getHiddenColumns()
1582               .adjustForHiddenColumns(firstVisibleColumn);
1583       lastVisibleColumn = alignment.getHiddenColumns()
1584               .adjustForHiddenColumns(lastVisibleColumn);
1585     }
1586
1587     int gapHeight = charHeight * (av.getScaleAboveWrapped() ? 2 : 1);
1588
1589     for (int seqNo = ranges.getStartSeq(); seqNo <= ranges
1590             .getEndSeq(); seqNo++)
1591     {
1592       SequenceI seq = alignment.getSequenceAt(seqNo);
1593
1594       int[] visibleResults = results.getResults(seq, firstVisibleColumn,
1595               lastVisibleColumn);
1596       if (visibleResults != null)
1597       {
1598         for (int i = 0; i < visibleResults.length - 1; i += 2)
1599         {
1600           int firstMatchedColumn = visibleResults[i];
1601           int lastMatchedColumn = visibleResults[i + 1];
1602           if (firstMatchedColumn <= lastVisibleColumn
1603                   && lastMatchedColumn >= firstVisibleColumn)
1604           {
1605             /*
1606              * found a search results match in the visible region
1607              */
1608             firstMatchedColumn = Math.max(firstMatchedColumn,
1609                     firstVisibleColumn);
1610             lastMatchedColumn = Math.min(lastMatchedColumn,
1611                     lastVisibleColumn);
1612
1613             /*
1614              * draw each mapped position separately (as contiguous positions may
1615              * wrap across lines)
1616              */
1617             for (int mappedPos = firstMatchedColumn; mappedPos <= lastMatchedColumn; mappedPos++)
1618             {
1619               int displayColumn = mappedPos;
1620               if (av.hasHiddenColumns())
1621               {
1622                 displayColumn = alignment.getHiddenColumns()
1623                         .findColumnPosition(displayColumn);
1624               }
1625
1626               /*
1627                * transX: offset from left edge of canvas to residue position
1628                */
1629               int transX = labelWidthWest
1630                       + ((displayColumn - ranges.getStartRes()) % wrappedWidth)
1631                       * av.getCharWidth();
1632
1633               /*
1634                * transY: offset from top edge of canvas to residue position
1635                */
1636               int transY = gapHeight;
1637               transY += (displayColumn - ranges.getStartRes())
1638                       / wrappedWidth * wrappedHeight;
1639               transY += (seqNo - ranges.getStartSeq()) * av.getCharHeight();
1640
1641               /*
1642                * yOffset is from graphics origin to start of visible region
1643                */
1644               int yOffset = 0;// (displayColumn / wrappedWidth) * wrappedHeight;
1645               if (transY < getHeight())
1646               {
1647                 matchFound = true;
1648                 gg.translate(transX, transY);
1649                 drawPanel(gg, displayColumn, displayColumn, seqNo, seqNo,
1650                         yOffset);
1651                 gg.translate(-transX, -transY);
1652               }
1653             }
1654           }
1655         }
1656       }
1657     }
1658
1659     return matchFound;
1660   }
1661
1662   /**
1663    * Answers the height in pixels of a repeating section of the wrapped
1664    * alignment, including space above, scale above if shown, sequences, and
1665    * annotation panel if shown
1666    *
1667    * @return
1668    */
1669   protected int getRepeatHeightWrapped()
1670   {
1671     // gap (and maybe scale) above
1672     int repeatHeight = charHeight * (av.getScaleAboveWrapped() ? 2 : 1);
1673
1674     // add sequences
1675     repeatHeight += av.getRanges().getViewportHeight() * charHeight;
1676
1677     // add annotations panel height if shown
1678     repeatHeight += getAnnotationHeight();
1679
1680     return repeatHeight;
1681   }
1682 }