src/jalview/gui/SeqCanvas.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import java.awt.*;\r
   4 import javax.swing.*;\r
   5 import java.util.*;\r
   6 import jalview.datamodel.*;\r
   7 import jalview.schemes.*;\r
   8 import jalview.analysis.*;\r
   9 \r
  10 \r
  11 public class SeqCanvas extends JPanel\r
  12 {\r
  13     Image             img;\r
  14     Graphics          gg;\r
  15     int               imgWidth;\r
  16     int               imgHeight;\r
  17 \r
  18     AlignViewport     av;\r
  19     int pady = 2;\r
  20     int oldstartx;\r
  21     int oldstarty;\r
  22     int oldendx;\r
  23     int oldendy;\r
  24 \r
  25     public boolean paintFlag = false;\r
  26     boolean showScores = false;\r
  27 \r
  28     int chunkHeight;\r
  29     int chunkWidth;\r
  30 \r
  31     Graphics debugG;\r
  32    // FeatureRenderer fr = new FeatureRenderer();\r
  33   //  BlockRenderer   br = new BlockRenderer();\r
  34   //  CpGRenderer     cgr = new CpGRenderer();\r
  35 \r
  36     ColourSchemeI    cs = new ZappoColourScheme();\r
  37 \r
  38     public SeqCanvas(AlignViewport av)\r
  39     {\r
  40         this.av         = av;\r
  41        setLayout(new BorderLayout());\r
  42     }\r
  43 \r
  44   public void drawScale(int startx, int endx,double charWidth, int charHeight,int ypos) {\r
  45       int scalestartx = startx - startx%10 + 10;\r
  46 \r
  47       gg.setColor(Color.black);\r
  48 \r
  49       for (int i=scalestartx;i < endx;i+= 10) {\r
  50           String string = String.valueOf(i);\r
  51           gg.drawString(string,(int)((i-startx-1)*charWidth),ypos+15 - charHeight*(2));\r
  52       }\r
  53   }\r
  54 \r
  55 \r
  56 /**\r
  57  * Definitions of startx and endx (hopefully):\r
  58  * SMJS This is what I'm working towards!\r
  59  *   startx is the first residue (starting at 0) to display.\r
  60  *   endx   is the last residue to display (starting at 0).\r
  61  *   starty is the first sequence to display (starting at 0).\r
  62  *   endy   is the last sequence to display (starting at 0).\r
  63  * NOTE 1: The av limits are set in setFont in this class and\r
  64  * in the adjustment listener in SeqPanel when the scrollbars move.\r
  65  */\r
  66 \r
  67   public void paintComponent(Graphics g) {\r
  68     debugG = g;\r
  69 \r
  70     AlignmentI da = av.getAlignment();\r
  71 \r
  72     if (img == null ||\r
  73         imgWidth  !=  getWidth()  ||\r
  74         imgHeight !=  getHeight() ||\r
  75         paintFlag == true) {\r
  76 \r
  77       imgWidth  = (getWidth() > 0 ? getWidth() : 1);\r
  78       imgHeight = (getHeight() > 0 ? getHeight() : 1);\r
  79 \r
  80       img = createImage(imgWidth,imgHeight);\r
  81       gg  = img.getGraphics();\r
  82 \r
  83      // SMJS I added this in to update the AV when the size changes\r
  84       //      until I figure out how this should be done\r
  85       setFont(av.getFont());\r
  86 \r
  87       gg.setFont(av.getFont());\r
  88 \r
  89       paintFlag = false;\r
  90 \r
  91       oldstartx = -1;\r
  92       oldendx   = -1;\r
  93       oldstarty = -1;\r
  94       oldendy   = -1;\r
  95     }\r
  96 \r
  97     int startx = av.getStartRes();\r
  98     int starty = av.getStartSeq();\r
  99 \r
 100     int endx   = av.getEndRes();\r
 101     int endy   = av.getEndSeq();\r
 102 \r
 103     double charWidth  = av.getCharWidth();\r
 104     int charHeight    = av.getCharHeight();\r
 105 \r
 106     chunkWidth = (int)(getWidth()/charWidth);\r
 107     chunkHeight =  (da.getHeight() + 2)*charHeight;\r
 108 \r
 109     av.setChunkHeight(chunkHeight);\r
 110     av.setChunkWidth(chunkWidth);\r
 111 \r
 112     int offy = av.getStartSeq();\r
 113 \r
 114     if (oldendx == -1) {\r
 115       fillBackground(gg,Color.WHITE,0,0,imgWidth,imgHeight);\r
 116 \r
 117      if (av.getWrapAlignment()) {\r
 118           startx = (int)(offy/chunkWidth)*chunkWidth;\r
 119           endx   = startx + chunkWidth;\r
 120           starty = offy%chunkHeight;\r
 121           endy   = starty + da.getHeight();\r
 122 \r
 123           int ypos     = 0;\r
 124           int rowstart = starty;\r
 125 \r
 126           if (starty == 0) {\r
 127               ypos = 2*charHeight;\r
 128           } else if (starty == 1) {\r
 129               starty = 0;\r
 130               ypos = charHeight;\r
 131           }\r
 132 \r
 133           if (endy > da.getHeight()) {\r
 134               endy = da.getHeight();\r
 135           }\r
 136 \r
 137           if (endx > da.getWidth()) {\r
 138               endx = da.getWidth();\r
 139           }\r
 140 \r
 141           if (rowstart < 2) {\r
 142               drawScale(startx,endx,charWidth,charHeight,ypos);\r
 143           }\r
 144 \r
 145           drawPanel(gg,startx,endx,starty,endy,startx,starty,ypos);\r
 146 \r
 147           if (rowstart == 0) {\r
 148               ypos = ypos + chunkHeight;\r
 149           } else if (rowstart == 1) {\r
 150               ypos = ypos + chunkHeight;\r
 151           } else {\r
 152               ypos   = ypos + chunkHeight - rowstart*charHeight;\r
 153           }\r
 154 \r
 155           startx += chunkWidth;\r
 156           endx   = startx + chunkWidth;\r
 157           starty = 0;\r
 158 \r
 159           if (endx > da.getWidth()) {\r
 160               endx = da.getWidth();\r
 161           }\r
 162           // Draw the rest of the panels\r
 163 \r
 164           while (ypos <= getHeight()) {\r
 165               drawScale(startx,endx,charWidth,charHeight,ypos);\r
 166               drawPanel(gg,startx,endx,0,da.getHeight(),startx,starty,ypos);\r
 167 \r
 168               ypos   += chunkHeight;\r
 169               startx += chunkWidth;\r
 170               endx   = startx + chunkWidth;\r
 171 \r
 172               if (endy > da.getHeight()) {\r
 173                   endy = da.getHeight();\r
 174               }\r
 175 \r
 176               if (endx > da.getWidth()) {\r
 177                   endx = da.getWidth();\r
 178               }\r
 179 \r
 180           }\r
 181       }\r
 182       else\r
 183       {\r
 184           drawPanel(gg,startx,endx,starty,endy,startx,starty,0);\r
 185 \r
 186           oldstartx = startx;\r
 187           oldendx   = endx;\r
 188           oldstarty = starty;\r
 189           oldendy   = endy;\r
 190 \r
 191       }\r
 192     }\r
 193 \r
 194     else if (oldstartx < startx)\r
 195     {\r
 196       // This is dragging horizontal scrollbar to the right\r
 197 \r
 198       int delx  = (int)((startx - oldstartx) * charWidth);\r
 199       int delx2 = (int)((oldendx - startx + 1)   * charWidth);\r
 200 \r
 201       gg.copyArea(delx,0,delx2,AlignmentUtil.getPixelHeight(starty,endy,charHeight),-delx,0);\r
 202 \r
 203       if (startx > oldendx)\r
 204         drawPanel(gg,startx,endx,starty,endy,startx,starty,0);\r
 205       else\r
 206         drawPanel(gg,oldendx+1,endx,starty,endy,startx,starty,0);\r
 207 \r
 208 \r
 209       oldstartx = startx;\r
 210       oldendx   = endx;\r
 211 \r
 212     } else if (oldstartx > startx)\r
 213     {\r
 214      // Horizontal scrollbar pulled to the left\r
 215 \r
 216       int delx  = (int)((oldstartx - startx) * charWidth);\r
 217       int delx2 = (int)((endx - oldstartx +1)   * charWidth);\r
 218 \r
 219       gg.copyArea(0,0,delx2,AlignmentUtil.getPixelHeight(starty,endy,charHeight),delx,0);\r
 220 \r
 221       if (oldstartx > endx) {\r
 222         drawPanel(gg,startx,endx,starty,endy,startx,starty,0);\r
 223       } else {\r
 224         drawPanel(gg,startx,oldstartx-1,starty,endy,startx,starty,0);\r
 225       }\r
 226 \r
 227       oldstartx = startx;\r
 228       oldendx   = endx;\r
 229 \r
 230     }  else if (oldstarty < starty) {\r
 231       // Vertical scrollbar down\r
 232       int dely  = AlignmentUtil.getPixelHeight(oldstarty,starty,charHeight);\r
 233       int dely2 = AlignmentUtil.getPixelHeight(starty,oldendy,charHeight);\r
 234 \r
 235       gg.copyArea(0,dely,(int)((endx-startx+1)*charWidth),dely2,0,-dely);\r
 236 \r
 237       if (starty > oldendy) {\r
 238         drawPanel(gg,startx,endx,starty,endy,startx,starty,0);\r
 239       } else {\r
 240         drawPanel(gg,startx,endx,oldendy,endy,startx,starty,0);\r
 241       }\r
 242 \r
 243       oldstarty = starty;\r
 244       oldendy   = endy;\r
 245 \r
 246     } else if (oldstarty > starty) {\r
 247 \r
 248       // Vertical scrollbar up\r
 249       int dely  = AlignmentUtil.getPixelHeight(endy,oldendy,charHeight);\r
 250       int dely2 = AlignmentUtil.getPixelHeight(oldstarty,endy,charHeight);\r
 251 \r
 252       gg.copyArea(0,0,(int)((endx-startx+1)*charWidth),dely2,0,dely);\r
 253 \r
 254       if (oldstarty > endy) {\r
 255         drawPanel(gg,startx,endx,starty,endy,startx,starty,0);\r
 256       } else {\r
 257         drawPanel(gg,startx,endx,starty,oldstarty,startx,starty,0);\r
 258       }\r
 259 \r
 260       oldstarty = starty;\r
 261       oldendy   = endy;\r
 262     }\r
 263 \r
 264     if ((oldendy -oldstarty) > (int)((getWidth() / av.getCharWidth()))) {\r
 265       System.out.println("LIMITS ERROR LIMITS ERROR");\r
 266       System.out.println("Corrds " + (oldendy-oldstarty) + " " + (int)(getWidth()/av.getCharWidth()) + " " + getWidth() + " " + av.getCharWidth());\r
 267     }\r
 268 \r
 269 \r
 270     gg.setColor(Color.red);\r
 271     gg.drawRect( groupX, groupY, groupendX-groupX, groupendY-groupY );\r
 272     gg.drawRect( groupX+1, groupY+1, groupendX-groupX-2, groupendY-groupY-2 );\r
 273 \r
 274 \r
 275     g.drawImage(img,0,0,this);\r
 276 \r
 277   }\r
 278 \r
 279 \r
 280 \r
 281 \r
 282   public void drawPanel(Graphics g,int x1,int x2, int y1, int y2,int startx, int starty,int offset) {\r
 283 \r
 284 /*\r
 285     System.out.println("drawPanel called with g      = " + g);\r
 286     System.out.println("                      x1     = " + x1);\r
 287     System.out.println("                      x2     = " + x2);\r
 288     System.out.println("                      y1     = " + y1);\r
 289     System.out.println("                      y2     = " + y2);\r
 290     System.out.println("                      startx = " + startx);\r
 291     System.out.println("                      starty = " + starty);\r
 292 */\r
 293 \r
 294     g.setFont(av.getFont());\r
 295     double            charWidth  = av.getCharWidth();\r
 296     int               charHeight = av.getCharHeight();\r
 297     RendererI sr = av.getRenderer();\r
 298 \r
 299 \r
 300     /*Vector    pid    = av.getConsensus(false);\r
 301     Vector tmpseq = new Vector();\r
 302     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)\r
 303         if (!av.getSelection().contains(av.getAlignment().getSequenceAt(i)))\r
 304             tmpseq.addElement(av.getAlignment().getSequenceAt(i));\r
 305 \r
 306     if (sr instanceof SequenceRenderer)\r
 307         pid    = AAFrequency.calculate(tmpseq,x1,x2);\r
 308 \r
 309     else if (sr instanceof GraphRenderer)\r
 310         pid = AAFrequency.calculatePID(av.getAlignment().getSequenceAt(0),\r
 311                                        av.getAlignment().getSequences(),\r
 312                                        av.getPIDWindow(),x1,x2);\r
 313 \r
 314 */\r
 315 \r
 316     if (y2 > starty && y1 < av.getEndSeq())\r
 317     {\r
 318        fillBackground(g,\r
 319                    Color.WHITE,\r
 320                    (int)((x1-startx)*charWidth),\r
 321                    offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty,y1,av.getCharHeight()),\r
 322                    (int)((x2-x1+1)*charWidth),\r
 323                    offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(y1,y2,av.getCharHeight()));\r
 324     }\r
 325 \r
 326     SequenceI nextSeq;\r
 327     SequenceGroup group;\r
 328     for (int i = y1 ; i < y2 ;i++)\r
 329     {\r
 330       RendererI r = sr;\r
 331     /*  if (av.getSelection().contains(av.getAlignment().getSequenceAt(i))) {\r
 332           r = fr;\r
 333           System.out.println("use feature renderer");\r
 334       } else if ( i == 0) {\r
 335         //  r = br;\r
 336       } else if (av.getAlignment().getSequenceAt(i).getName().equals("CpG")) {\r
 337           r = cgr;\r
 338           System.out.println("cg renderer");\r
 339       }\r
 340 */\r
 341      nextSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);\r
 342      group = av.alignment.findGroup( nextSeq );\r
 343      if( group!=null )\r
 344      {\r
 345        r.drawSequence(g, group.cs, nextSeq,\r
 346                       x1,\r
 347                       x2,\r
 348                       (int) ( (x1 - startx) * charWidth),\r
 349                       offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.getCharHeight()),\r
 350                       charWidth, charHeight,\r
 351                       false, group.getDisplayBoxes(), group.getDisplayText(), group.getColourText(),\r
 352                       null, i);\r
 353      }\r
 354      else\r
 355      {\r
 356        r.drawSequence(g, cs, nextSeq,\r
 357                       x1,\r
 358                       x2,\r
 359                       (int) ( (x1 - startx) * charWidth),\r
 360                       offset + AlignmentUtil.getPixelHeight(starty, i, av.getCharHeight()),\r
 361                       charWidth,charHeight,\r
 362                       showScores, av.getShowBoxes(),  av.getShowText(), av.getColourText(),\r
 363                       null, i);\r
 364 \r
 365      }\r
 366 \r
 367 \r
 368     }\r
 369 \r
 370   }\r
 371 \r
 372   public int groupX, groupY, groupendX, groupendY;\r
 373 \r
 374 \r
 375   public void fillBackground(Graphics g,Color c, int x1,int y1,int width,int height) {\r
 376     g.setColor(c);\r
 377     g.fillRect(x1,y1,width,height);\r
 378   }\r
 379 \r
 380   public int getChunkWidth() {\r
 381     return chunkWidth;\r
 382   }\r
 383 \r
 384 }\r