src/jalview/gui/SeqCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  25 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
  26 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  27 import jalview.datamodel.SequenceI;
  28 import jalview.renderer.ScaleRenderer;
  29 import jalview.renderer.ScaleRenderer.ScaleMark;
  30 import jalview.viewmodel.ViewportListenerI;
  31 import jalview.viewmodel.ViewportRanges;
  32
  33 import java.awt.AlphaComposite;
  34 import java.awt.BasicStroke;
  35 import java.awt.BorderLayout;
  36 import java.awt.Color;
  37 import java.awt.FontMetrics;
  38 import java.awt.Graphics;
  39 import java.awt.Graphics2D;
  40 import java.awt.RenderingHints;
  41 import java.awt.Shape;
  42 import java.awt.image.BufferedImage;
  43 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  44 import java.util.Iterator;
  45
  46 import javax.swing.JComponent;
  47
  48 /**
  49  * DOCUMENT ME!
  50  *
  51  * @author $author$
  52  * @version $Revision$
  53  */
  54 public class SeqCanvas extends JComponent implements ViewportListenerI
  55 {
  56   private static String ZEROS = "0000000000";
  57
  58   final FeatureRenderer fr;
  59
  60   final SequenceRenderer seqRdr;
  61
  62   BufferedImage img;
  63
  64   Graphics2D gg;
  65
  66   AlignViewport av;
  67
  68   boolean fastPaint = false;
  69
  70   int labelWidthWest;
  71
  72   int labelWidthEast;
  73
  74   int cursorX = 0;
  75
  76   int cursorY = 0;
  77
  78   int charHeight = 0;
  79
  80   int charWidth = 0;
  81
  82   boolean fastpainting = false;
  83
  84   AnnotationPanel annotations;
  85
  86   /**
  87    * Creates a new SeqCanvas object.
  88    *
  89    * @param av
  90    *          DOCUMENT ME!
  91    */
  92   public SeqCanvas(AlignmentPanel ap)
  93   {
  94     this.av = ap.av;
  95     updateViewport();
  96     fr = new FeatureRenderer(ap);
  97     seqRdr = new SequenceRenderer(av);
  98     setLayout(new BorderLayout());
  99     PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());
 100     setBackground(Color.white);
 101
 102     av.getRanges().addPropertyChangeListener(this);
 103   }
 104
 105   public SequenceRenderer getSequenceRenderer()
 106   {
 107     return seqRdr;
 108   }
 109
 110   public FeatureRenderer getFeatureRenderer()
 111   {
 112     return fr;
 113   }
 114
 115   private void updateViewport()
 116   {
 117     charHeight = av.getCharHeight();
 118     charWidth = av.getCharWidth();
 119   }
 120
 121   /**
 122    * DOCUMENT ME!
 123    *
 124    * @param g
 125    *          DOCUMENT ME!
 126    * @param startx
 127    *          DOCUMENT ME!
 128    * @param endx
 129    *          DOCUMENT ME!
 130    * @param ypos
 131    *          DOCUMENT ME!
 132    */
 133   private void drawNorthScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 134   {
 135     updateViewport();
 136     for (ScaleMark mark : new ScaleRenderer().calculateMarks(av, startx,
 137             endx))
 138     {
 139       int mpos = mark.column; // (i - startx - 1)
 140       if (mpos < 0)
 141       {
 142         continue;
 143       }
 144       String mstring = mark.text;
 145
 146       if (mark.major)
 147       {
 148         if (mstring != null)
 149         {
 150           g.drawString(mstring, mpos * charWidth, ypos - (charHeight / 2));
 151         }
 152         g.drawLine((mpos * charWidth) + (charWidth / 2),
 153                 (ypos + 2) - (charHeight / 2),
 154                 (mpos * charWidth) + (charWidth / 2), ypos - 2);
 155       }
 156     }
 157   }
 158
 159   /**
 160    * DOCUMENT ME!
 161    *
 162    * @param g
 163    *          DOCUMENT ME!
 164    * @param startx
 165    *          DOCUMENT ME!
 166    * @param endx
 167    *          DOCUMENT ME!
 168    * @param ypos
 169    *          DOCUMENT ME!
 170    */
 171   void drawWestScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 172   {
 173     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 174     ypos += charHeight;
 175
 176     if (av.hasHiddenColumns())
 177     {
 178       startx = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 179               .adjustForHiddenColumns(startx);
 180       endx = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 181               .adjustForHiddenColumns(endx);
 182     }
 183
 184     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth();
 185     if (av.hasHiddenColumns())
 186     {
 187       maxwidth = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 188               .findColumnPosition(maxwidth) - 1;
 189     }
 190
 191     // WEST SCALE
 192     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 193     {
 194       SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 195       int index = startx;
 196       int value = -1;
 197
 198       while (index < endx)
 199       {
 200         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))
 201         {
 202           index++;
 203
 204           continue;
 205         }
 206
 207         value = av.getAlignment().getSequenceAt(i).findPosition(index);
 208
 209         break;
 210       }
 211
 212       if (value != -1)
 213       {
 214         int x = labelWidthWest - fm.stringWidth(String.valueOf(value))
 215                 - charWidth / 2;
 216         g.drawString(value + "", x,
 217                 (ypos + (i * charHeight)) - (charHeight / 5));
 218       }
 219     }
 220   }
 221
 222   /**
 223    * DOCUMENT ME!
 224    *
 225    * @param g
 226    *          DOCUMENT ME!
 227    * @param startx
 228    *          DOCUMENT ME!
 229    * @param endx
 230    *          DOCUMENT ME!
 231    * @param ypos
 232    *          DOCUMENT ME!
 233    */
 234   void drawEastScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 235   {
 236     ypos += charHeight;
 237
 238     if (av.hasHiddenColumns())
 239     {
 240       endx = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 241               .adjustForHiddenColumns(endx);
 242     }
 243
 244     SequenceI seq;
 245     // EAST SCALE
 246     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 247     {
 248       seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 249       int index = endx;
 250       int value = -1;
 251
 252       while (index > startx)
 253       {
 254         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))
 255         {
 256           index--;
 257
 258           continue;
 259         }
 260
 261         value = seq.findPosition(index);
 262
 263         break;
 264       }
 265
 266       if (value != -1)
 267       {
 268         g.drawString(String.valueOf(value), 0,
 269                 (ypos + (i * charHeight)) - (charHeight / 5));
 270       }
 271     }
 272   }
 273
 274
 275   /**
 276    * need to make this thread safe move alignment rendering in response to
 277    * slider adjustment
 278    *
 279    * @param horizontal
 280    *          shift along
 281    * @param vertical
 282    *          shift up or down in repaint
 283    */
 284   public void fastPaint(int horizontal, int vertical)
 285   {
 286     if (fastpainting || gg == null || img == null)
 287     {
 288       return;
 289     }
 290     fastpainting = true;
 291     fastPaint = true;
 292     updateViewport();
 293
 294     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 295     int startRes = ranges.getStartRes();
 296     int endRes = ranges.getEndRes();
 297     int startSeq = ranges.getStartSeq();
 298     int endSeq = ranges.getEndSeq();
 299     int transX = 0;
 300     int transY = 0;
 301
 302     gg.copyArea(horizontal * charWidth, vertical * charHeight,
 303             img.getWidth(), img.getHeight(), -horizontal * charWidth,
 304             -vertical * charHeight);
 305
 306     if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left
 307     {
 308       transX = (endRes - startRes - horizontal) * charWidth;
 309       startRes = endRes - horizontal;
 310     }
 311     else if (horizontal < 0)
 312     {
 313       endRes = startRes - horizontal;
 314     }
 315     else if (vertical > 0) // scroll down
 316     {
 317       startSeq = endSeq - vertical;
 318
 319       if (startSeq < ranges.getStartSeq())
 320       { // ie scrolling too fast, more than a page at a time
 321         startSeq = ranges.getStartSeq();
 322       }
 323       else
 324       {
 325         transY = img.getHeight() - ((vertical + 1) * charHeight);
 326       }
 327     }
 328     else if (vertical < 0)
 329     {
 330       endSeq = startSeq - vertical;
 331
 332       if (endSeq > ranges.getEndSeq())
 333       {
 334         endSeq = ranges.getEndSeq();
 335       }
 336     }
 337
 338     gg.translate(transX, transY);
 339     drawPanel(gg, startRes, endRes, startSeq, endSeq, 0);
 340     gg.translate(-transX, -transY);
 341
 342     repaint();
 343     fastpainting = false;
 344   }
 345
 346   @Override
 347   public void paintComponent(Graphics g)
 348   {
 349     super.paintComponent(g);
 350
 351     updateViewport();
 352
 353     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 354
 355     int width = getWidth();
 356     int height = getHeight();
 357
 358     width -= (width % charWidth);
 359     height -= (height % charHeight);
 360
 361     // selectImage is the selection group outline image
 362     BufferedImage selectImage = drawSelectionGroup(
 363             ranges.getStartRes(), ranges.getEndRes(),
 364             ranges.getStartSeq(), ranges.getEndSeq());
 365
 366     if ((img != null) && (fastPaint
 367             || (getVisibleRect().width != g.getClipBounds().width)
 368             || (getVisibleRect().height != g.getClipBounds().height)))
 369     {
 370       BufferedImage lcimg = buildLocalImage(selectImage);
 371       g.drawImage(lcimg, 0, 0, this);
 372       fastPaint = false;
 373     }
 374     else if ((width > 0) && (height > 0))
 375     {
 376       // img is a cached version of the last view we drew, if any
 377       // if we have no img or the size has changed, make a new one
 378       if (img == null || width != img.getWidth()
 379               || height != img.getHeight())
 380       {
 381         img = setupImage();
 382         if (img == null)
 383         {
 384           return;
 385         }
 386         gg = (Graphics2D) img.getGraphics();
 387         gg.setFont(av.getFont());
 388       }
 389
 390       if (av.antiAlias)
 391       {
 392         gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
 393                 RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
 394       }
 395
 396       gg.setColor(Color.white);
 397       gg.fillRect(0, 0, img.getWidth(), img.getHeight());
 398
 399       if (av.getWrapAlignment())
 400       {
 401         drawWrappedPanel(gg, getWidth(), getHeight(), ranges.getStartRes());
 402       }
 403       else
 404       {
 405         drawPanel(gg, ranges.getStartRes(), ranges.getEndRes(),
 406                 ranges.getStartSeq(), ranges.getEndSeq(), 0);
 407       }
 408
 409       // lcimg is a local *copy* of img which we'll draw selectImage on top of
 410       BufferedImage lcimg = buildLocalImage(selectImage);
 411       g.drawImage(lcimg, 0, 0, this);
 412     }
 413   }
 414
 415   /**
 416    * Draw an alignment panel for printing
 417    *
 418    * @param g1
 419    *          Graphics object to draw with
 420    * @param startRes
 421    *          start residue of print area
 422    * @param endRes
 423    *          end residue of print area
 424    * @param startSeq
 425    *          start sequence of print area
 426    * @param endSeq
 427    *          end sequence of print area
 428    */
 429   public void drawPanelForPrinting(Graphics g1, int startRes, int endRes,
 430           int startSeq, int endSeq)
 431   {
 432     drawPanel(g1, startRes, endRes, startSeq, endSeq, 0);
 433
 434     BufferedImage selectImage = drawSelectionGroup(startRes, endRes,
 435             startSeq, endSeq);
 436     if (selectImage != null)
 437     {
 438       ((Graphics2D) g1).setComposite(AlphaComposite
 439               .getInstance(AlphaComposite.SRC_OVER));
 440       g1.drawImage(selectImage, 0, 0, this);
 441     }
 442   }
 443
 444   /**
 445    * Draw a wrapped alignment panel for printing
 446    *
 447    * @param g
 448    *          Graphics object to draw with
 449    * @param canvasWidth
 450    *          width of drawing area
 451    * @param canvasHeight
 452    *          height of drawing area
 453    * @param startRes
 454    *          start residue of print area
 455    */
 456   public void drawWrappedPanelForPrinting(Graphics g, int canvasWidth,
 457           int canvasHeight, int startRes)
 458   {
 459     SequenceGroup group = av.getSelectionGroup();
 460
 461     drawWrappedPanel(g, canvasWidth, canvasHeight, startRes);
 462
 463     if (group != null)
 464     {
 465       BufferedImage selectImage = null;
 466       try
 467       {
 468         selectImage = new BufferedImage(canvasWidth, canvasHeight,
 469                 BufferedImage.TYPE_INT_ARGB); // ARGB so alpha compositing works
 470       } catch (OutOfMemoryError er)
 471       {
 472         System.gc();
 473         System.err.println("Print image OutOfMemory Error.\n" + er);
 474         new OOMWarning("Creating wrapped alignment image for printing", er);
 475       }
 476       if (selectImage != null)
 477       {
 478         Graphics2D g2 = selectImage.createGraphics();
 479         setupSelectionGroup(g2, selectImage);
 480         drawWrappedSelection(g2, group, canvasWidth, canvasHeight,
 481                 startRes);
 482
 483         g2.setComposite(
 484                 AlphaComposite.getInstance(AlphaComposite.SRC_OVER));
 485         g.drawImage(selectImage, 0, 0, this);
 486         g2.dispose();
 487       }
 488     }
 489   }
 490
 491   /*
 492    * Make a local image by combining the cached image img
 493    * with any selection
 494    */
 495   private BufferedImage buildLocalImage(BufferedImage selectImage)
 496   {
 497     // clone the cached image
 498     BufferedImage lcimg = new BufferedImage(img.getWidth(), img.getHeight(),
 499             img.getType());
 500     Graphics2D g2d = lcimg.createGraphics();
 501     g2d.drawImage(img, 0, 0, null);
 502
 503     // overlay selection group on lcimg
 504     if (selectImage != null)
 505     {
 506       g2d.setComposite(
 507               AlphaComposite.getInstance(AlphaComposite.SRC_OVER));
 508       g2d.drawImage(selectImage, 0, 0, this);
 509     }
 510     g2d.dispose();
 511
 512     return lcimg;
 513   }
 514
 515   /*
 516    * Set up a buffered image of the correct height and size for the sequence canvas
 517    */
 518   private BufferedImage setupImage()
 519   {
 520     BufferedImage lcimg = null;
 521
 522     int width = getWidth();
 523     int height = getHeight();
 524
 525     width -= (width % charWidth);
 526     height -= (height % charHeight);
 527
 528     if ((width < 1) || (height < 1))
 529     {
 530       return null;
 531     }
 532
 533     try
 534     {
 535       lcimg = new BufferedImage(width, height,
 536               BufferedImage.TYPE_INT_ARGB); // ARGB so alpha compositing works
 537     } catch (OutOfMemoryError er)
 538     {
 539       System.gc();
 540       System.err.println(
 541               "Group image OutOfMemory Redraw Error.\n" + er);
 542       new OOMWarning("Creating alignment image for display", er);
 543
 544       return null;
 545     }
 546
 547     return lcimg;
 548   }
 549
 550   /**
 551    * Returns the visible width of the canvas in residues, after allowing for
 552    * East or West scales (if shown)
 553    *
 554    * @param canvasWidth
 555    *          the width in pixels (possibly including scales)
 556    *
 557    * @return
 558    */
 559   public int getWrappedCanvasWidth(int canvasWidth)
 560   {
 561     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 562
 563     labelWidthEast = 0;
 564     labelWidthWest = 0;
 565
 566     if (av.getScaleRightWrapped())
 567     {
 568       labelWidthEast = getLabelWidth(fm);
 569     }
 570
 571     if (av.getScaleLeftWrapped())
 572     {
 573       labelWidthWest = labelWidthEast > 0 ? labelWidthEast
 574               : getLabelWidth(fm);
 575     }
 576
 577     return (canvasWidth - labelWidthEast - labelWidthWest) / charWidth;
 578   }
 579
 580   /**
 581    * Returns a pixel width suitable for showing the largest sequence coordinate
 582    * (end position) in the alignment. Returns 2 plus the number of decimal
 583    * digits to be shown (3 for 1-10, 4 for 11-99 etc).
 584    *
 585    * @param fm
 586    * @return
 587    */
 588   protected int getLabelWidth(FontMetrics fm)
 589   {
 590     /*
 591      * find the biggest sequence end position we need to show
 592      * (note this is not necessarily the sequence length)
 593      */
 594     int maxWidth = 0;
 595     AlignmentI alignment = av.getAlignment();
 596     for (int i = 0; i < alignment.getHeight(); i++)
 597     {
 598       maxWidth = Math.max(maxWidth, alignment.getSequenceAt(i).getEnd());
 599     }
 600
 601     int length = 2;
 602     for (int i = maxWidth; i > 0; i /= 10)
 603     {
 604       length++;
 605     }
 606
 607     return fm.stringWidth(ZEROS.substring(0, length));
 608   }
 609
 610   /**
 611    * DOCUMENT ME!
 612    *
 613    * @param g
 614    *          DOCUMENT ME!
 615    * @param canvasWidth
 616    *          DOCUMENT ME!
 617    * @param canvasHeight
 618    *          DOCUMENT ME!
 619    * @param startRes
 620    *          DOCUMENT ME!
 621    */
 622   private void drawWrappedPanel(Graphics g, int canvasWidth,
 623           int canvasHeight, int startRes)
 624   {
 625     updateViewport();
 626     AlignmentI al = av.getAlignment();
 627
 628     int labelWidth = 0;
 629     if (av.getScaleRightWrapped() || av.getScaleLeftWrapped())
 630     {
 631       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 632       labelWidth = getLabelWidth(fm);
 633     }
 634
 635     labelWidthEast = av.getScaleRightWrapped() ? labelWidth : 0;
 636     labelWidthWest = av.getScaleLeftWrapped() ? labelWidth : 0;
 637
 638     int hgap = charHeight;
 639     if (av.getScaleAboveWrapped())
 640     {
 641       hgap += charHeight;
 642     }
 643
 644     int cWidth = (canvasWidth - labelWidthEast - labelWidthWest) / charWidth;
 645     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * charHeight;
 646
 647     av.setWrappedWidth(cWidth);
 648
 649     av.getRanges().setViewportStartAndWidth(startRes, cWidth);
 650
 651     int endx;
 652     int ypos = hgap;
 653     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth();
 654
 655     if (av.hasHiddenColumns())
 656     {
 657       maxwidth = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 658               .findColumnPosition(maxwidth);
 659     }
 660
 661     int annotationHeight = getAnnotationHeight();
 662
 663     while ((ypos <= canvasHeight) && (startRes < maxwidth))
 664     {
 665       endx = startRes + cWidth - 1;
 666
 667       if (endx > maxwidth)
 668       {
 669         endx = maxwidth;
 670       }
 671
 672       g.setFont(av.getFont());
 673       g.setColor(Color.black);
 674
 675       if (av.getScaleLeftWrapped())
 676       {
 677         drawWestScale(g, startRes, endx, ypos);
 678       }
 679
 680       if (av.getScaleRightWrapped())
 681       {
 682         g.translate(canvasWidth - labelWidthEast, 0);
 683         drawEastScale(g, startRes, endx, ypos);
 684         g.translate(-(canvasWidth - labelWidthEast), 0);
 685       }
 686
 687       g.translate(labelWidthWest, 0);
 688
 689       if (av.getScaleAboveWrapped())
 690       {
 691         drawNorthScale(g, startRes, endx, ypos);
 692       }
 693
 694       if (av.hasHiddenColumns() && av.getShowHiddenMarkers())
 695       {
 696         g.setColor(Color.blue);
 697         int res;
 698         HiddenColumns hidden = av.getAlignment().getHiddenColumns();
 699
 700         Iterator<Integer> it = hidden.getBoundedStartIterator(startRes,
 701                 endx + 1, true);
 702         while (it.hasNext())
 703         {
 704           res = it.next() - startRes;
 705           gg.fillPolygon(
 706                   new int[]
 707           { res * charWidth - charHeight / 4,
 708               res * charWidth + charHeight / 4, res * charWidth },
 709                   new int[]
 710           { ypos - (charHeight / 2), ypos - (charHeight / 2),
 711               ypos - (charHeight / 2) + 8 }, 3);
 712         }
 713       }
 714
 715       // When printing we have an extra clipped region,
 716       // the Printable page which we need to account for here
 717       Shape clip = g.getClip();
 718
 719       if (clip == null)
 720       {
 721         g.setClip(0, 0, cWidth * charWidth, canvasHeight);
 722       }
 723       else
 724       {
 725         g.setClip(0, (int) clip.getBounds().getY(), cWidth * charWidth,
 726                 (int) clip.getBounds().getHeight());
 727       }
 728
 729       drawPanel(g, startRes, endx, 0, al.getHeight() - 1, ypos);
 730
 731       if (av.isShowAnnotation())
 732       {
 733         g.translate(0, cHeight + ypos + 3);
 734         if (annotations == null)
 735         {
 736           annotations = new AnnotationPanel(av);
 737         }
 738
 739         annotations.renderer.drawComponent(annotations, av, g, -1, startRes,
 740                 endx + 1);
 741         g.translate(0, -cHeight - ypos - 3);
 742       }
 743       g.setClip(clip);
 744       g.translate(-labelWidthWest, 0);
 745
 746       ypos += cHeight + annotationHeight + hgap;
 747
 748       startRes += cWidth;
 749     }
 750   }
 751
 752   /*
 753    * Draw a selection group over a wrapped alignment
 754    */
 755   private void drawWrappedSelection(Graphics2D g, SequenceGroup group,
 756           int canvasWidth,
 757           int canvasHeight, int startRes)
 758   {
 759     // height gap above each panel
 760     int hgap = charHeight;
 761     if (av.getScaleAboveWrapped())
 762     {
 763       hgap += charHeight;
 764     }
 765
 766     int cWidth = (canvasWidth - labelWidthEast - labelWidthWest)
 767             / charWidth;
 768     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * charHeight;
 769
 770     int startx = startRes;
 771     int endx;
 772     int ypos = hgap; // vertical offset
 773     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth();
 774
 775     if (av.hasHiddenColumns())
 776     {
 777       maxwidth = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 778               .findColumnPosition(maxwidth);
 779     }
 780
 781     // chop the wrapped alignment extent up into panel-sized blocks and treat
 782     // each block as if it were a block from an unwrapped alignment
 783     while ((ypos <= canvasHeight) && (startx < maxwidth))
 784     {
 785       // set end value to be start + width, or maxwidth, whichever is smaller
 786       endx = startx + cWidth - 1;
 787
 788       if (endx > maxwidth)
 789       {
 790         endx = maxwidth;
 791       }
 792
 793       g.translate(labelWidthWest, 0);
 794
 795       drawUnwrappedSelection(g, group, startx, endx, 0,
 796               av.getAlignment().getHeight() - 1,
 797               ypos);
 798
 799       g.translate(-labelWidthWest, 0);
 800
 801       // update vertical offset
 802       ypos += cHeight + getAnnotationHeight() + hgap;
 803
 804       // update horizontal offset
 805       startx += cWidth;
 806     }
 807   }
 808
 809   int getAnnotationHeight()
 810   {
 811     if (!av.isShowAnnotation())
 812     {
 813       return 0;
 814     }
 815
 816     if (annotations == null)
 817     {
 818       annotations = new AnnotationPanel(av);
 819     }
 820
 821     return annotations.adjustPanelHeight();
 822   }
 823
 824   /**
 825    * Draws the visible region of the alignment on the graphics context. If there
 826    * are hidden column markers in the visible region, then each sub-region
 827    * between the markers is drawn separately, followed by the hidden column
 828    * marker.
 829    *
 830    * @param g1
 831    *          Graphics object to draw with
 832    * @param startRes
 833    *          offset of the first column in the visible region (0..)
 834    * @param endRes
 835    *          offset of the last column in the visible region (0..)
 836    * @param startSeq
 837    *          offset of the first sequence in the visible region (0..)
 838    * @param endSeq
 839    *          offset of the last sequence in the visible region (0..)
 840    * @param yOffset
 841    *          vertical offset at which to draw (for wrapped alignments)
 842    */
 843   public void drawPanel(Graphics g1, final int startRes, final int endRes,
 844           final int startSeq, final int endSeq, final int yOffset)
 845   {
 846     updateViewport();
 847     if (!av.hasHiddenColumns())
 848     {
 849       draw(g1, startRes, endRes, startSeq, endSeq, yOffset);
 850     }
 851     else
 852     {
 853       int screenY = 0;
 854       final int screenYMax = endRes - startRes;
 855       int blockStart = startRes;
 856       int blockEnd = endRes;
 857
 858       for (int[] region : av.getAlignment().getHiddenColumns()
 859               .getHiddenColumnsCopy())
 860       {
 861         int hideStart = region[0];
 862         int hideEnd = region[1];
 863
 864         if (hideStart <= blockStart)
 865         {
 866           blockStart += (hideEnd - hideStart) + 1;
 867           continue;
 868         }
 869
 870         /*
 871          * draw up to just before the next hidden region, or the end of
 872          * the visible region, whichever comes first
 873          */
 874         blockEnd = Math.min(hideStart - 1, blockStart + screenYMax
 875                 - screenY);
 876
 877         g1.translate(screenY * charWidth, 0);
 878
 879         draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, yOffset);
 880
 881         /*
 882          * draw the downline of the hidden column marker (ScalePanel draws the
 883          * triangle on top) if we reached it
 884          */
 885         if (av.getShowHiddenMarkers() && blockEnd == hideStart - 1)
 886         {
 887           g1.setColor(Color.blue);
 888
 889           g1.drawLine((blockEnd - blockStart + 1) * charWidth - 1,
 890                   0 + yOffset, (blockEnd - blockStart + 1) * charWidth - 1,
 891                   (endSeq - startSeq + 1) * charHeight + yOffset);
 892         }
 893
 894         g1.translate(-screenY * charWidth, 0);
 895         screenY += blockEnd - blockStart + 1;
 896         blockStart = hideEnd + 1;
 897
 898         if (screenY > screenYMax)
 899         {
 900           // already rendered last block
 901           return;
 902         }
 903       }
 904
 905       if (screenY <= screenYMax)
 906       {
 907         // remaining visible region to render
 908         blockEnd = blockStart + screenYMax - screenY;
 909         g1.translate(screenY * charWidth, 0);
 910         draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, yOffset);
 911
 912         g1.translate(-screenY * charWidth, 0);
 913       }
 914     }
 915
 916   }
 917
 918   /**
 919    * Draws a region of the visible alignment
 920    *
 921    * @param g1
 922    * @param startRes
 923    *          offset of the first column in the visible region (0..)
 924    * @param endRes
 925    *          offset of the last column in the visible region (0..)
 926    * @param startSeq
 927    *          offset of the first sequence in the visible region (0..)
 928    * @param endSeq
 929    *          offset of the last sequence in the visible region (0..)
 930    * @param yOffset
 931    *          vertical offset at which to draw (for wrapped alignments)
 932    */
 933   private void draw(Graphics g, int startRes, int endRes, int startSeq,
 934           int endSeq, int offset)
 935   {
 936     g.setFont(av.getFont());
 937     seqRdr.prepare(g, av.isRenderGaps());
 938
 939     SequenceI nextSeq;
 940
 941     // / First draw the sequences
 942     // ///////////////////////////
 943     for (int i = startSeq; i <= endSeq; i++)
 944     {
 945       nextSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 946       if (nextSeq == null)
 947       {
 948         // occasionally, a race condition occurs such that the alignment row is
 949         // empty
 950         continue;
 951       }
 952       seqRdr.drawSequence(nextSeq, av.getAlignment().findAllGroups(nextSeq),
 953               startRes, endRes, offset + ((i - startSeq) * charHeight));
 954
 955       if (av.isShowSequenceFeatures())
 956       {
 957         fr.drawSequence(g, nextSeq, startRes, endRes,
 958                 offset + ((i - startSeq) * charHeight), false);
 959       }
 960
 961       /*
 962        * highlight search Results once sequence has been drawn
 963        */
 964       if (av.hasSearchResults())
 965       {
 966         SearchResultsI searchResults = av.getSearchResults();
 967         int[] visibleResults = searchResults.getResults(nextSeq,
 968                 startRes, endRes);
 969         if (visibleResults != null)
 970         {
 971           for (int r = 0; r < visibleResults.length; r += 2)
 972           {
 973             seqRdr.drawHighlightedText(nextSeq, visibleResults[r],
 974                     visibleResults[r + 1], (visibleResults[r] - startRes)
 975                             * charWidth, offset
 976                             + ((i - startSeq) * charHeight));
 977           }
 978         }
 979       }
 980
 981       if (av.cursorMode && cursorY == i && cursorX >= startRes
 982               && cursorX <= endRes)
 983       {
 984         seqRdr.drawCursor(nextSeq, cursorX, (cursorX - startRes) * charWidth,
 985                 offset + ((i - startSeq) * charHeight));
 986       }
 987     }
 988
 989     if (av.getSelectionGroup() != null
 990             || av.getAlignment().getGroups().size() > 0)
 991     {
 992       drawGroupsBoundaries(g, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);
 993     }
 994
 995   }
 996
 997   void drawGroupsBoundaries(Graphics g1, int startRes, int endRes,
 998           int startSeq, int endSeq, int offset)
 999   {
1000     Graphics2D g = (Graphics2D) g1;
1001     //
1002     // ///////////////////////////////////
1003     // Now outline any areas if necessary
1004     // ///////////////////////////////////
1005
1006     SequenceGroup group = null;
1007     int groupIndex = -1;
1008
1009     if (av.getAlignment().getGroups().size() > 0)
1010     {
1011       group = av.getAlignment().getGroups().get(0);
1012       groupIndex = 0;
1013     }
1014
1015     if (group != null)
1016     {
1017       g.setStroke(new BasicStroke());
1018       g.setColor(group.getOutlineColour());
1019
1020       do
1021       {
1022         drawPartialGroupOutline(g, group, startRes, endRes, startSeq,
1023                 endSeq, offset);
1024
1025         groupIndex++;
1026
1027         g.setStroke(new BasicStroke());
1028
1029         if (groupIndex >= av.getAlignment().getGroups().size())
1030         {
1031           break;
1032         }
1033
1034         group = av.getAlignment().getGroups().get(groupIndex);
1035
1036       } while (groupIndex < av.getAlignment().getGroups().size());
1037
1038     }
1039
1040   }
1041
1042
1043   /*
1044    * Draw the selection group as a separate image and overlay
1045    */
1046   private BufferedImage drawSelectionGroup(int startRes, int endRes,
1047           int startSeq, int endSeq)
1048   {
1049     // get a new image of the correct size
1050     BufferedImage selectionImage = setupImage();
1051
1052     if (selectionImage == null)
1053     {
1054       return null;
1055     }
1056
1057     SequenceGroup group = av.getSelectionGroup();
1058     if (group == null)
1059     {
1060       // nothing to draw
1061       return null;
1062     }
1063
1064     // set up drawing colour
1065     Graphics2D g = (Graphics2D) selectionImage.getGraphics();
1066
1067     setupSelectionGroup(g, selectionImage);
1068
1069     if (!av.getWrapAlignment())
1070     {
1071       drawUnwrappedSelection(g, group, startRes, endRes, startSeq, endSeq,
1072               0);
1073     }
1074     else
1075     {
1076       drawWrappedSelection(g, group, getWidth(), getHeight(),
1077               av.getRanges().getStartRes());
1078     }
1079
1080     g.dispose();
1081     return selectionImage;
1082   }
1083
1084   /*
1085    * Set up graphics for selection group
1086    */
1087   private void setupSelectionGroup(Graphics2D g,
1088           BufferedImage selectionImage)
1089   {
1090     // set background to transparent
1091     g.setComposite(AlphaComposite.getInstance(AlphaComposite.CLEAR, 0.0f));
1092     g.fillRect(0, 0, selectionImage.getWidth(), selectionImage.getHeight());
1093
1094     // set up foreground to draw red dashed line
1095     g.setComposite(AlphaComposite.Src);
1096     g.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_BUTT,
1097             BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[]
1098     { 5f, 3f }, 0f));
1099     g.setColor(Color.RED);
1100   }
1101
1102   /*
1103    * Draw a selection group over an unwrapped alignment
1104    * @param g graphics object to draw with
1105    * @param group selection group
1106    * @param startRes start residue of area to draw
1107    * @param endRes end residue of area to draw
1108    * @param startSeq start sequence of area to draw
1109    * @param endSeq end sequence of area to draw
1110    * @param offset vertical offset (used when called from wrapped alignment code)
1111    */
1112   private void drawUnwrappedSelection(Graphics2D g, SequenceGroup group,
1113           int startRes, int endRes, int startSeq, int endSeq, int offset)
1114   {
1115     if (!av.hasHiddenColumns())
1116     {
1117       drawPartialGroupOutline(g, group, startRes, endRes, startSeq, endSeq,
1118               offset);
1119     }
1120     else
1121     {
1122       // package into blocks of visible columns
1123       int screenY = 0;
1124       int blockStart = startRes;
1125       int blockEnd = endRes;
1126
1127       for (int[] region : av.getAlignment().getHiddenColumns()
1128               .getHiddenColumnsCopy())
1129       {
1130         int hideStart = region[0];
1131         int hideEnd = region[1];
1132
1133         if (hideStart <= blockStart)
1134         {
1135           blockStart += (hideEnd - hideStart) + 1;
1136           continue;
1137         }
1138
1139         blockEnd = hideStart - 1;
1140
1141         g.translate(screenY * charWidth, 0);
1142         drawPartialGroupOutline(g, group,
1143                 blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);
1144
1145         g.translate(-screenY * charWidth, 0);
1146         screenY += blockEnd - blockStart + 1;
1147         blockStart = hideEnd + 1;
1148
1149         if (screenY > (endRes - startRes))
1150         {
1151           // already rendered last block
1152           break;
1153         }
1154       }
1155
1156       if (screenY <= (endRes - startRes))
1157       {
1158         // remaining visible region to render
1159         blockEnd = blockStart + (endRes - startRes) - screenY;
1160         g.translate(screenY * charWidth, 0);
1161         drawPartialGroupOutline(g, group,
1162                 blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);
1163
1164         g.translate(-screenY * charWidth, 0);
1165       }
1166     }
1167   }
1168
1169   /*
1170    * Draw the selection group as a separate image and overlay
1171    */
1172   private void drawPartialGroupOutline(Graphics2D g, SequenceGroup group,
1173           int startRes, int endRes, int startSeq, int endSeq,
1174           int verticalOffset)
1175   {
1176     int visWidth = (endRes - startRes + 1) * charWidth;
1177
1178     int oldY = -1;
1179     int i = 0;
1180     boolean inGroup = false;
1181     int top = -1;
1182     int bottom = -1;
1183
1184     int sx = -1;
1185     int sy = -1;
1186     int xwidth = -1;
1187
1188     for (i = startSeq; i <= endSeq; i++)
1189     {
1190       // position of start residue of group relative to startRes, in pixels
1191       sx = (group.getStartRes() - startRes) * charWidth;
1192
1193       // width of group in pixels
1194       xwidth = (((group.getEndRes() + 1) - group.getStartRes()) * charWidth)
1195               - 1;
1196
1197       sy = verticalOffset + (i - startSeq) * charHeight;
1198
1199       if (sx + xwidth < 0 || sx > visWidth)
1200       {
1201         continue;
1202       }
1203
1204       if ((sx <= (endRes - startRes) * charWidth)
1205               && group.getSequences(null)
1206                       .contains(av.getAlignment().getSequenceAt(i)))
1207       {
1208         if ((bottom == -1) && !group.getSequences(null)
1209                 .contains(av.getAlignment().getSequenceAt(i + 1)))
1210         {
1211           bottom = sy + charHeight;
1212         }
1213
1214         if (!inGroup)
1215         {
1216           if (((top == -1) && (i == 0)) || !group.getSequences(null)
1217                   .contains(av.getAlignment().getSequenceAt(i - 1)))
1218           {
1219             top = sy;
1220           }
1221
1222           oldY = sy;
1223           inGroup = true;
1224         }
1225       }
1226       else
1227       {
1228         if (inGroup)
1229         {
1230           // if start position is visible, draw vertical line to left of
1231           // group
1232           if (sx >= 0 && sx < visWidth)
1233           {
1234             g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);
1235           }
1236
1237           // if end position is visible, draw vertical line to right of
1238           // group
1239           if (sx + xwidth < visWidth)
1240           {
1241             g.drawLine(sx + xwidth, oldY, sx + xwidth, sy);
1242           }
1243
1244           if (sx < 0)
1245           {
1246             xwidth += sx;
1247             sx = 0;
1248           }
1249
1250           // don't let width extend beyond current block, or group extent
1251           // fixes JAL-2672
1252           if (sx + xwidth >= (endRes - startRes + 1) * charWidth)
1253           {
1254             xwidth = (endRes - startRes + 1) * charWidth - sx;
1255           }
1256
1257           // draw horizontal line at top of group
1258           if (top != -1)
1259           {
1260             g.drawLine(sx, top, sx + xwidth, top);
1261             top = -1;
1262           }
1263
1264           // draw horizontal line at bottom of group
1265           if (bottom != -1)
1266           {
1267             g.drawLine(sx, bottom, sx + xwidth, bottom);
1268             bottom = -1;
1269           }
1270
1271           inGroup = false;
1272         }
1273       }
1274     }
1275
1276     if (inGroup)
1277     {
1278       sy = verticalOffset + ((i - startSeq) * charHeight);
1279       if (sx >= 0 && sx < visWidth)
1280       {
1281         g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);
1282       }
1283
1284       if (sx + xwidth < visWidth)
1285       {
1286         g.drawLine(sx + xwidth, oldY, sx + xwidth, sy);
1287       }
1288
1289       if (sx < 0)
1290       {
1291         xwidth += sx;
1292         sx = 0;
1293       }
1294
1295       if (sx + xwidth > visWidth)
1296       {
1297         xwidth = visWidth;
1298       }
1299       else if (sx + xwidth >= (endRes - startRes + 1) * charWidth)
1300       {
1301         xwidth = (endRes - startRes + 1) * charWidth;
1302       }
1303
1304       if (top != -1)
1305       {
1306         g.drawLine(sx, top, sx + xwidth, top);
1307         top = -1;
1308       }
1309
1310       if (bottom != -1)
1311       {
1312         g.drawLine(sx, bottom - 1, sx + xwidth, bottom - 1);
1313         bottom = -1;
1314       }
1315
1316       inGroup = false;
1317     }
1318   }
1319
1320   /**
1321    * Highlights search results in the visible region by rendering as white text
1322    * on a black background. Any previous highlighting is removed. Answers true
1323    * if any highlight was left on the visible alignment (so status bar should be
1324    * set to match), else false.
1325    * <p>
1326    * Currently fastPaint is not implemented for wrapped alignments. If a wrapped
1327    * alignment had to be scrolled to show the highlighted region, then it should
1328    * be fully redrawn, otherwise a fast paint can be performed. This argument
1329    * could be removed if fast paint of scrolled wrapped alignment is coded in
1330    * future (JAL-2609).
1331    *
1332    * @param results
1333    * @param noFastPaint
1334    * @return
1335    */
1336   public boolean highlightSearchResults(SearchResultsI results,
1337           boolean noFastPaint)
1338   {
1339     if (fastpainting)
1340     {
1341       return false;
1342     }
1343     boolean wrapped = av.getWrapAlignment();
1344
1345     try
1346     {
1347       fastPaint = !noFastPaint;
1348       fastpainting = fastPaint;
1349
1350       updateViewport();
1351
1352       /*
1353        * to avoid redrawing the whole visible region, we instead
1354        * redraw just the minimal regions to remove previous highlights
1355        * and add new ones
1356        */
1357       SearchResultsI previous = av.getSearchResults();
1358       av.setSearchResults(results);
1359       boolean redrawn = false;
1360       boolean drawn = false;
1361       if (wrapped)
1362       {
1363         redrawn = drawMappedPositionsWrapped(previous);
1364         drawn = drawMappedPositionsWrapped(results);
1365         redrawn |= drawn;
1366       }
1367       else
1368       {
1369         redrawn = drawMappedPositions(previous);
1370         drawn = drawMappedPositions(results);
1371         redrawn |= drawn;
1372       }
1373
1374       /*
1375        * if highlights were either removed or added, repaint
1376        */
1377       if (redrawn)
1378       {
1379         repaint();
1380       }
1381
1382       /*
1383        * return true only if highlights were added
1384        */
1385       return drawn;
1386
1387     } finally
1388     {
1389       fastpainting = false;
1390     }
1391   }
1392
1393   /**
1394    * Redraws the minimal rectangle in the visible region (if any) that includes
1395    * mapped positions of the given search results. Whether or not positions are
1396    * highlighted depends on the SearchResults set on the Viewport. This allows
1397    * this method to be called to either clear or set highlighting. Answers true
1398    * if any positions were drawn (in which case a repaint is still required),
1399    * else false.
1400    *
1401    * @param results
1402    * @return
1403    */
1404   protected boolean drawMappedPositions(SearchResultsI results)
1405   {
1406     if (results == null)
1407     {
1408       return false;
1409     }
1410
1411     /*
1412      * calculate the minimal rectangle to redraw that
1413      * includes both new and existing search results
1414      */
1415     int firstSeq = Integer.MAX_VALUE;
1416     int lastSeq = -1;
1417     int firstCol = Integer.MAX_VALUE;
1418     int lastCol = -1;
1419     boolean matchFound = false;
1420
1421     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
1422     int firstVisibleColumn = ranges.getStartRes();
1423     int lastVisibleColumn = ranges.getEndRes();
1424     AlignmentI alignment = av.getAlignment();
1425     if (av.hasHiddenColumns())
1426     {
1427       firstVisibleColumn = alignment.getHiddenColumns()
1428               .adjustForHiddenColumns(firstVisibleColumn);
1429       lastVisibleColumn = alignment.getHiddenColumns()
1430               .adjustForHiddenColumns(lastVisibleColumn);
1431     }
1432
1433     for (int seqNo = ranges.getStartSeq(); seqNo <= ranges
1434             .getEndSeq(); seqNo++)
1435     {
1436       SequenceI seq = alignment.getSequenceAt(seqNo);
1437
1438       int[] visibleResults = results.getResults(seq, firstVisibleColumn,
1439               lastVisibleColumn);
1440       if (visibleResults != null)
1441       {
1442         for (int i = 0; i < visibleResults.length - 1; i += 2)
1443         {
1444           int firstMatchedColumn = visibleResults[i];
1445           int lastMatchedColumn = visibleResults[i + 1];
1446           if (firstMatchedColumn <= lastVisibleColumn
1447                   && lastMatchedColumn >= firstVisibleColumn)
1448           {
1449             /*
1450              * found a search results match in the visible region -
1451              * remember the first and last sequence matched, and the first
1452              * and last visible columns in the matched positions
1453              */
1454             matchFound = true;
1455             firstSeq = Math.min(firstSeq, seqNo);
1456             lastSeq = Math.max(lastSeq, seqNo);
1457             firstMatchedColumn = Math.max(firstMatchedColumn,
1458                     firstVisibleColumn);
1459             lastMatchedColumn = Math.min(lastMatchedColumn,
1460                     lastVisibleColumn);
1461             firstCol = Math.min(firstCol, firstMatchedColumn);
1462             lastCol = Math.max(lastCol, lastMatchedColumn);
1463           }
1464         }
1465       }
1466     }
1467
1468     if (matchFound)
1469     {
1470       if (av.hasHiddenColumns())
1471       {
1472         firstCol = alignment.getHiddenColumns()
1473                 .findColumnPosition(firstCol);
1474         lastCol = alignment.getHiddenColumns().findColumnPosition(lastCol);
1475       }
1476       int transX = (firstCol - ranges.getStartRes()) * av.getCharWidth();
1477       int transY = (firstSeq - ranges.getStartSeq()) * av.getCharHeight();
1478       gg.translate(transX, transY);
1479       drawPanel(gg, firstCol, lastCol, firstSeq, lastSeq, 0);
1480       gg.translate(-transX, -transY);
1481     }
1482
1483     return matchFound;
1484   }
1485
1486   @Override
1487   public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
1488   {
1489     String eventName = evt.getPropertyName();
1490
1491     if (eventName.equals(SequenceGroup.SEQ_GROUP_CHANGED))
1492     {
1493       fastPaint = true;
1494       repaint();
1495     }
1496     else if (av.getWrapAlignment())
1497     {
1498       if (eventName.equals(ViewportRanges.STARTRES))
1499       {
1500         repaint();
1501       }
1502     }
1503     else
1504     {
1505       int scrollX = 0;
1506       if (eventName.equals(ViewportRanges.STARTRES))
1507       {
1508         // Make sure we're not trying to draw a panel
1509         // larger than the visible window
1510         ViewportRanges vpRanges = av.getRanges();
1511         scrollX = (int) evt.getNewValue() - (int) evt.getOldValue();
1512         int range = vpRanges.getEndRes() - vpRanges.getStartRes();
1513         if (scrollX > range)
1514         {
1515           scrollX = range;
1516         }
1517         else if (scrollX < -range)
1518         {
1519           scrollX = -range;
1520         }
1521       }
1522
1523       // Both scrolling and resizing change viewport ranges: scrolling changes
1524       // both start and end points, but resize only changes end values.
1525       // Here we only want to fastpaint on a scroll, with resize using a normal
1526       // paint, so scroll events are identified as changes to the horizontal or
1527       // vertical start value.
1528       if (eventName.equals(ViewportRanges.STARTRES))
1529       {
1530         // scroll - startres and endres both change
1531         fastPaint(scrollX, 0);
1532       }
1533       else if (eventName.equals(ViewportRanges.STARTSEQ))
1534       {
1535         // scroll
1536         fastPaint(0, (int) evt.getNewValue() - (int) evt.getOldValue());
1537       }
1538     }
1539   }
1540
1541   /**
1542    * Redraws any positions in the search results in the visible region of a
1543    * wrapped alignment. Any highlights are drawn depending on the search results
1544    * set on the Viewport, not the <code>results</code> argument. This allows
1545    * this method to be called either to clear highlights (passing the previous
1546    * search results), or to draw new highlights.
1547    *
1548    * @param results
1549    * @return
1550    */
1551   protected boolean drawMappedPositionsWrapped(SearchResultsI results)
1552   {
1553     if (results == null)
1554     {
1555       return false;
1556     }
1557
1558     boolean matchFound = false;
1559
1560     int wrappedWidth = av.getWrappedWidth();
1561     int wrappedHeight = getRepeatHeightWrapped();
1562
1563     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
1564     int canvasHeight = getHeight();
1565     int repeats = canvasHeight / wrappedHeight;
1566     if (canvasHeight / wrappedHeight > 0)
1567     {
1568       repeats++;
1569     }
1570
1571     int firstVisibleColumn = ranges.getStartRes();
1572     int lastVisibleColumn = ranges.getStartRes() + repeats
1573             * ranges.getViewportWidth() - 1;
1574
1575     AlignmentI alignment = av.getAlignment();
1576     if (av.hasHiddenColumns())
1577     {
1578       firstVisibleColumn = alignment.getHiddenColumns()
1579               .adjustForHiddenColumns(firstVisibleColumn);
1580       lastVisibleColumn = alignment.getHiddenColumns()
1581               .adjustForHiddenColumns(lastVisibleColumn);
1582     }
1583
1584     int gapHeight = charHeight * (av.getScaleAboveWrapped() ? 2 : 1);
1585
1586     for (int seqNo = ranges.getStartSeq(); seqNo <= ranges
1587             .getEndSeq(); seqNo++)
1588     {
1589       SequenceI seq = alignment.getSequenceAt(seqNo);
1590
1591       int[] visibleResults = results.getResults(seq, firstVisibleColumn,
1592               lastVisibleColumn);
1593       if (visibleResults != null)
1594       {
1595         for (int i = 0; i < visibleResults.length - 1; i += 2)
1596         {
1597           int firstMatchedColumn = visibleResults[i];
1598           int lastMatchedColumn = visibleResults[i + 1];
1599           if (firstMatchedColumn <= lastVisibleColumn
1600                   && lastMatchedColumn >= firstVisibleColumn)
1601           {
1602             /*
1603              * found a search results match in the visible region
1604              */
1605             firstMatchedColumn = Math.max(firstMatchedColumn,
1606                     firstVisibleColumn);
1607             lastMatchedColumn = Math.min(lastMatchedColumn,
1608                     lastVisibleColumn);
1609
1610             /*
1611              * draw each mapped position separately (as contiguous positions may
1612              * wrap across lines)
1613              */
1614             for (int mappedPos = firstMatchedColumn; mappedPos <= lastMatchedColumn; mappedPos++)
1615             {
1616               int displayColumn = mappedPos;
1617               if (av.hasHiddenColumns())
1618               {
1619                 displayColumn = alignment.getHiddenColumns()
1620                         .findColumnPosition(displayColumn);
1621               }
1622
1623               /*
1624                * transX: offset from left edge of canvas to residue position
1625                */
1626               int transX = labelWidthWest
1627                       + ((displayColumn - ranges.getStartRes()) % wrappedWidth)
1628                       * av.getCharWidth();
1629
1630               /*
1631                * transY: offset from top edge of canvas to residue position
1632                */
1633               int transY = gapHeight;
1634               transY += (displayColumn - ranges.getStartRes())
1635                       / wrappedWidth * wrappedHeight;
1636               transY += (seqNo - ranges.getStartSeq()) * av.getCharHeight();
1637
1638               /*
1639                * yOffset is from graphics origin to start of visible region
1640                */
1641               int yOffset = 0;// (displayColumn / wrappedWidth) * wrappedHeight;
1642               if (transY < getHeight())
1643               {
1644                 matchFound = true;
1645                 gg.translate(transX, transY);
1646                 drawPanel(gg, displayColumn, displayColumn, seqNo, seqNo,
1647                         yOffset);
1648                 gg.translate(-transX, -transY);
1649               }
1650             }
1651           }
1652         }
1653       }
1654     }
1655
1656     return matchFound;
1657   }
1658
1659   /**
1660    * Answers the height in pixels of a repeating section of the wrapped
1661    * alignment, including space above, scale above if shown, sequences, and
1662    * annotation panel if shown
1663    *
1664    * @return
1665    */
1666   protected int getRepeatHeightWrapped()
1667   {
1668     // gap (and maybe scale) above
1669     int repeatHeight = charHeight * (av.getScaleAboveWrapped() ? 2 : 1);
1670
1671     // add sequences
1672     repeatHeight += av.getRanges().getViewportHeight() * charHeight;
1673
1674     // add annotations panel height if shown
1675     repeatHeight += getAnnotationHeight();
1676
1677     return repeatHeight;
1678   }
1679 }