src/jalview/gui/SeqCanvas.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.image.*;\r
  25 \r
  26 import javax.swing.*;\r
  27 \r
  28 \r
  29 /**\r
  30  * DOCUMENT ME!\r
  31  *\r
  32  * @author $author$\r
  33  * @version $Revision$\r
  34  */\r
  35 public class SeqCanvas extends JComponent\r
  36 {\r
  37     FeatureRenderer fr;\r
  38     SequenceRenderer sr;\r
  39     BufferedImage img;\r
  40     Graphics2D gg;\r
  41     int imgWidth;\r
  42     int imgHeight;\r
  43     AlignViewport av;\r
  44     boolean displaySearch = false;\r
  45     int[] searchResults = null;\r
  46     int chunkHeight;\r
  47     int chunkWidth;\r
  48     boolean fastPaint = false;\r
  49     int LABEL_WEST;\r
  50     int LABEL_EAST;\r
  51 \r
  52     boolean isOverview = false;\r
  53 \r
  54     /**\r
  55      * Creates a new SeqCanvas object.\r
  56      *\r
  57      * @param av DOCUMENT ME!\r
  58      */\r
  59     public SeqCanvas(AlignViewport av)\r
  60     {\r
  61         this.av = av;\r
  62         fr = new FeatureRenderer(av);\r
  63         sr = new SequenceRenderer(av);\r
  64         setLayout(new BorderLayout());\r
  65         PaintRefresher.Register(this, av.alignment);\r
  66         setBackground(Color.white);\r
  67     }\r
  68 \r
  69     /**\r
  70      * DOCUMENT ME!\r
  71      *\r
  72      * @param g DOCUMENT ME!\r
  73      * @param startx DOCUMENT ME!\r
  74      * @param endx DOCUMENT ME!\r
  75      * @param ypos DOCUMENT ME!\r
  76      */\r
  77     void drawNorthScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)\r
  78     {\r
  79         int scalestartx = startx - (startx % 10) + 10;\r
  80 \r
  81         g.setColor(Color.black);\r
  82 \r
  83         // NORTH SCALE\r
  84         for (int i = scalestartx; i < endx; i += 10)\r
  85         {\r
  86             String string = String.valueOf(i);\r
  87             g.drawString(string, (i - startx - 1) * av.charWidth,\r
  88                 ypos - (av.charHeight / 2));\r
  89 \r
  90             g.drawLine(((i - startx - 1) * av.charWidth) + (av.charWidth / 2),\r
  91                 (ypos + 2) - (av.charHeight / 2),\r
  92                 ((i - startx - 1) * av.charWidth) + (av.charWidth / 2), ypos -\r
  93                 2);\r
  94         }\r
  95     }\r
  96 \r
  97     /**\r
  98      * DOCUMENT ME!\r
  99      *\r
 100      * @param g DOCUMENT ME!\r
 101      * @param startx DOCUMENT ME!\r
 102      * @param endx DOCUMENT ME!\r
 103      * @param ypos DOCUMENT ME!\r
 104      */\r
 105     void drawWestScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)\r
 106     {\r
 107         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 108         ypos += av.charHeight;\r
 109 \r
 110         // EAST SCALE\r
 111         for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 112         {\r
 113             SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 114             int index = startx;\r
 115             int value = -1;\r
 116 \r
 117             while (index < endx)\r
 118             {\r
 119                 if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))\r
 120                 {\r
 121                     index++;\r
 122 \r
 123                     continue;\r
 124                 }\r
 125 \r
 126                 value = av.alignment.getSequenceAt(i).findPosition(index);\r
 127 \r
 128                 break;\r
 129             }\r
 130 \r
 131             if (value != -1)\r
 132             {\r
 133                 int x = LABEL_WEST - fm.stringWidth(String.valueOf(value))-av.charWidth/2;\r
 134                 g.drawString(value + "", x,\r
 135                     (ypos + (i * av.charHeight)) - (av.charHeight / 5));\r
 136             }\r
 137         }\r
 138     }\r
 139 \r
 140     /**\r
 141      * DOCUMENT ME!\r
 142      *\r
 143      * @param g DOCUMENT ME!\r
 144      * @param startx DOCUMENT ME!\r
 145      * @param endx DOCUMENT ME!\r
 146      * @param ypos DOCUMENT ME!\r
 147      */\r
 148     void drawEastScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)\r
 149     {\r
 150         ypos += av.charHeight;\r
 151 \r
 152         // EAST SCALE\r
 153         for (int i = 0; i < av.alignment.getHeight(); i++)\r
 154         {\r
 155             SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 156             int index = endx;\r
 157             int value = -1;\r
 158 \r
 159             while (index > startx)\r
 160             {\r
 161                 if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))\r
 162                 {\r
 163                     index--;\r
 164 \r
 165                     continue;\r
 166                 }\r
 167 \r
 168                 value = av.alignment.getSequenceAt(i).findPosition(index);\r
 169 \r
 170                 break;\r
 171             }\r
 172 \r
 173             if (value != -1)\r
 174             {\r
 175                 g.drawString(String.valueOf(value), av.charWidth/2,\r
 176                     (ypos + (i * av.charHeight)) - (av.charHeight / 5));\r
 177             }\r
 178         }\r
 179     }\r
 180 \r
 181     /**\r
 182      * DOCUMENT ME!\r
 183      *\r
 184      * @param horizontal DOCUMENT ME!\r
 185      * @param vertical DOCUMENT ME!\r
 186      */\r
 187     public void fastPaint(int horizontal, int vertical)\r
 188     {\r
 189         if (gg == null)\r
 190         {\r
 191             return;\r
 192         }\r
 193 \r
 194         gg.copyArea(0, 0, imgWidth, imgHeight, -horizontal * av.charWidth,\r
 195             -vertical * av.charHeight);\r
 196 \r
 197         int sr = av.startRes;\r
 198         int er = av.endRes;\r
 199         int ss = av.startSeq;\r
 200         int es = av.endSeq;\r
 201         int transX = 0;\r
 202         int transY = 0;\r
 203 \r
 204         if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left\r
 205         {\r
 206             er ++;\r
 207             transX = (er - sr - horizontal) * av.charWidth;\r
 208             sr = er - horizontal;\r
 209         }\r
 210         else if (horizontal < 0)\r
 211         {\r
 212             er = sr - horizontal-1;\r
 213         }\r
 214         else if (vertical > 0) // scroll down\r
 215         {\r
 216             ss = es - vertical;\r
 217 \r
 218             if (ss < av.startSeq)\r
 219             { // ie scrolling too fast, more than a page at a time\r
 220                 ss = av.startSeq;\r
 221             }\r
 222             else\r
 223             {\r
 224                 transY = imgHeight - (vertical * av.charHeight);\r
 225             }\r
 226         }\r
 227         else if (vertical < 0)\r
 228         {\r
 229             es = ss - vertical;\r
 230 \r
 231             if (es > av.endSeq)\r
 232             {\r
 233                 es = av.endSeq;\r
 234             }\r
 235         }\r
 236 \r
 237         gg.translate(transX, transY);\r
 238         drawPanel(gg, sr, er, ss, es, sr, ss, 0);\r
 239         gg.translate(-transX, -transY);\r
 240 \r
 241         fastPaint = true;\r
 242         repaint();\r
 243     }\r
 244 \r
 245     /**\r
 246      * Definitions of startx and endx (hopefully):\r
 247      * SMJS This is what I'm working towards!\r
 248      *   startx is the first residue (starting at 0) to display.\r
 249      *   endx   is the last residue to display (starting at 0).\r
 250      *   starty is the first sequence to display (starting at 0).\r
 251      *   endy   is the last sequence to display (starting at 0).\r
 252      * NOTE 1: The av limits are set in setFont in this class and\r
 253      * in the adjustment listener in SeqPanel when the scrollbars move.\r
 254      */\r
 255 \r
 256     // Set this to false to force a full panel paint\r
 257     public void paintComponent(Graphics g)\r
 258     {\r
 259         sr.renderGaps(av.renderGaps);\r
 260 \r
 261         if ((img != null) &&\r
 262                 (fastPaint || (getWidth() != g.getClipBounds().width) ||\r
 263                 (getHeight() != g.getClipBounds().height)))\r
 264         {\r
 265             g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 266             fastPaint = false;\r
 267 \r
 268             return;\r
 269         }\r
 270 \r
 271         // this draws the whole of the alignment\r
 272         imgWidth = getWidth();\r
 273         imgHeight = getHeight();\r
 274 \r
 275         imgWidth -= (imgWidth % av.charWidth);\r
 276         imgHeight -= (imgHeight % av.charHeight);\r
 277 \r
 278         if ((imgWidth < 1) || (imgHeight < 1))\r
 279         {\r
 280             return;\r
 281         }\r
 282 \r
 283 \r
 284         img = new BufferedImage(imgWidth, imgHeight, BufferedImage.TYPE_INT_RGB);\r
 285         gg = (Graphics2D) img.getGraphics();\r
 286         gg.setFont(av.getFont());\r
 287         gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,\r
 288           RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);\r
 289 \r
 290         gg.setColor(Color.white);\r
 291         gg.fillRect(0, 0, imgWidth, imgHeight);\r
 292 \r
 293         chunkWidth = getWrappedCanvasWidth(getWidth());\r
 294         chunkHeight = (av.getAlignment().getHeight() + 2) * av.charHeight;\r
 295 \r
 296         av.setChunkHeight(chunkHeight);\r
 297         av.setChunkWidth(chunkWidth);\r
 298 \r
 299         if (av.getWrapAlignment())\r
 300         {\r
 301             drawWrappedPanel(gg, getWidth(), getHeight(), av.startRes);\r
 302         }\r
 303         else\r
 304         {\r
 305             drawPanel(gg, av.startRes, av.endRes, av.startSeq, av.endSeq,\r
 306                 av.startRes, av.startSeq, 0);\r
 307         }\r
 308 \r
 309         g.drawImage(img, 0, 0, this);\r
 310     }\r
 311 \r
 312     /**\r
 313      * DOCUMENT ME!\r
 314      *\r
 315      * @param cwidth DOCUMENT ME!\r
 316      *\r
 317      * @return DOCUMENT ME!\r
 318      */\r
 319     public int getWrappedCanvasWidth(int cwidth)\r
 320     {\r
 321         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 322 \r
 323         LABEL_EAST = 0;\r
 324         LABEL_WEST = 0;\r
 325 \r
 326         if (av.scaleRightWrapped)\r
 327         {\r
 328             LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask()+"0");\r
 329         }\r
 330 \r
 331         if (av.scaleLeftWrapped)\r
 332         {\r
 333             LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());\r
 334         }\r
 335 \r
 336         return (cwidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / av.charWidth;\r
 337     }\r
 338 \r
 339 \r
 340     /**\r
 341      * Generates a string of zeroes.\r
 342      * @return String\r
 343      */\r
 344     String getMask()\r
 345     {\r
 346       String mask = "0";\r
 347       for (int i = av.alignment.getWidth(); i > 0; i /= 10)\r
 348       {\r
 349         mask += "0";\r
 350       }\r
 351       return mask;\r
 352     }\r
 353 \r
 354     /**\r
 355      * DOCUMENT ME!\r
 356      *\r
 357      * @param g DOCUMENT ME!\r
 358      * @param canvasWidth DOCUMENT ME!\r
 359      * @param canvasHeight DOCUMENT ME!\r
 360      * @param startRes DOCUMENT ME!\r
 361      */\r
 362     public void drawWrappedPanel(Graphics g, int canvasWidth, int canvasHeight,\r
 363         int startRes)\r
 364     {\r
 365 \r
 366         AlignmentI al = av.getAlignment();\r
 367 \r
 368         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 369 \r
 370         int LABEL_EAST = 0;\r
 371 \r
 372         if (av.scaleRightWrapped)\r
 373         {\r
 374             LABEL_EAST = fm.stringWidth(getMask()+"0");\r
 375         }\r
 376 \r
 377         int LABEL_WEST = 0;\r
 378 \r
 379         if (av.scaleLeftWrapped)\r
 380         {\r
 381             LABEL_WEST = fm.stringWidth(getMask());\r
 382         }\r
 383 \r
 384         int cWidth = (canvasWidth - LABEL_EAST - LABEL_WEST) / av.charWidth;\r
 385         int cHeight = (av.getAlignment().getHeight() + 2) * av.charHeight;\r
 386 \r
 387         av.endRes = av.startRes + cWidth;\r
 388 \r
 389         int endx = (startRes + cWidth) - 1;\r
 390         int ypos = 2 * av.charHeight;\r
 391 \r
 392         while ((ypos <= canvasHeight) && (startRes < av.alignment.getWidth()))\r
 393         {\r
 394             g.setColor(Color.black);\r
 395 \r
 396             if (av.scaleLeftWrapped)\r
 397             {\r
 398                 drawWestScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 399             }\r
 400 \r
 401             if (av.scaleRightWrapped)\r
 402             {\r
 403                 g.translate(canvasWidth - LABEL_EAST, 0);\r
 404                 drawEastScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 405                 g.translate(-(canvasWidth - LABEL_EAST), 0);\r
 406             }\r
 407 \r
 408             g.translate(LABEL_WEST, 0);\r
 409 \r
 410             if (av.scaleAboveWrapped)\r
 411             {\r
 412                 drawNorthScale(g, startRes, endx, ypos);\r
 413             }\r
 414 \r
 415             // When printing we have an extra clipped region,\r
 416             // the Printable page which we need to account for here\r
 417             Shape clip = g.getClip();\r
 418 \r
 419             if (clip == null)\r
 420             {\r
 421                 g.setClip(0, 0, cWidth * av.charWidth, canvasHeight);\r
 422             }\r
 423             else\r
 424             {\r
 425                 g.setClip(0, (int) clip.getBounds().getY(),\r
 426                     cWidth * av.charWidth, (int) clip.getBounds().getHeight());\r
 427             }\r
 428 \r
 429             if (av.vconsensus!=null && av.alignment.getWidth() >= av.vconsensus.size())\r
 430             {\r
 431               endx = av.vconsensus.size() - 2;\r
 432             }\r
 433 \r
 434 \r
 435             drawPanel(g, startRes, endx, 0, al.getHeight(), startRes, 0, ypos);\r
 436             g.setClip(clip);\r
 437             g.translate(-LABEL_WEST, 0);\r
 438 \r
 439             ypos += cHeight;\r
 440             startRes += cWidth;\r
 441             endx = (startRes + cWidth) - 1;\r
 442 \r
 443             if (endx > al.getWidth())\r
 444             {\r
 445                 endx = al.getWidth();\r
 446             }\r
 447         }\r
 448     }\r
 449 \r
 450     /**\r
 451      * DOCUMENT ME!\r
 452      *\r
 453      * @param g1 DOCUMENT ME!\r
 454      * @param x1 DOCUMENT ME!\r
 455      * @param x2 DOCUMENT ME!\r
 456      * @param y1 DOCUMENT ME!\r
 457      * @param y2 DOCUMENT ME!\r
 458      * @param startx DOCUMENT ME!\r
 459      * @param starty DOCUMENT ME!\r
 460      * @param offset DOCUMENT ME!\r
 461      */\r
 462     synchronized public void drawPanel(Graphics g1, int x1, int x2, int y1,\r
 463         int y2, int startx, int starty, int offset)\r
 464     {\r
 465         Graphics2D g = (Graphics2D) g1;\r
 466         g.setFont(av.getFont());\r
 467 \r
 468         SequenceI nextSeq;\r
 469 \r
 470         /// First draw the sequences\r
 471         /////////////////////////////\r
 472         for (int i = y1; i < y2; i++)\r
 473         {\r
 474             nextSeq = av.alignment.getSequenceAt(i);\r
 475 \r
 476             sr.drawSequence(g, nextSeq, av.alignment.findAllGroups(nextSeq),\r
 477                 x1, x2, (x1 - startx) * av.charWidth,\r
 478                 offset + ((i - starty) * av.charHeight), av.charWidth,\r
 479                 av.charHeight);\r
 480 \r
 481             if (av.showSequenceFeatures)\r
 482             {\r
 483                 fr.drawSequence(g, nextSeq,\r
 484                     av.alignment.findAllGroups(nextSeq), x1, x2,\r
 485                     (x1 - startx) * av.charWidth,\r
 486                     offset + ((i - starty) * av.charHeight), av.charWidth,\r
 487                     av.charHeight);\r
 488             }\r
 489         }\r
 490 \r
 491         //\r
 492         /////////////////////////////////////\r
 493         // Now outline any areas if necessary\r
 494         /////////////////////////////////////\r
 495         SequenceGroup group = av.getSelectionGroup();\r
 496         java.util.Vector groups = av.alignment.getGroups();\r
 497 \r
 498         int sx = -1;\r
 499         int sy = -1;\r
 500         int ex = -1;\r
 501         int groupIndex = -1;\r
 502 \r
 503         if ((group == null) && (groups.size() > 0))\r
 504         {\r
 505             group = (SequenceGroup) groups.elementAt(0);\r
 506             groupIndex = 0;\r
 507         }\r
 508 \r
 509 \r
 510         if (group != null && !isOverview)\r
 511         {\r
 512             do\r
 513             {\r
 514                 int oldY = -1;\r
 515                 int i = 0;\r
 516                 boolean inGroup = false;\r
 517                 int top = -1;\r
 518                 int bottom = -1;\r
 519 \r
 520                 for (i = y1; i < y2; i++)\r
 521                 {\r
 522                     sx = (group.getStartRes() - startx) * av.charWidth;\r
 523                     sy = offset + ((i - starty) * av.charHeight);\r
 524                     ex = (((group.getEndRes() + 1) - group.getStartRes()) * av.charWidth) -\r
 525                         1;\r
 526 \r
 527                     if(sx+ex<0 || sx>imgWidth)\r
 528                     {\r
 529                       continue;\r
 530                     }\r
 531 \r
 532                     if ( (sx <= (x2-x1)*av.charWidth) &&\r
 533                             group.sequences.contains(av.alignment.getSequenceAt(\r
 534                                     i)))\r
 535                     {\r
 536                         if ((bottom == -1) &&\r
 537                                 !group.sequences.contains(\r
 538                                     av.alignment.getSequenceAt(i + 1)))\r
 539                         {\r
 540                             bottom = sy + av.charHeight;\r
 541                         }\r
 542 \r
 543                         if (!inGroup)\r
 544                         {\r
 545                             if (((top == -1) && (i == 0)) ||\r
 546                                     !group.sequences.contains(\r
 547                                         av.alignment.getSequenceAt(i - 1)))\r
 548                             {\r
 549                                 top = sy;\r
 550                             }\r
 551 \r
 552                             oldY = sy;\r
 553                             inGroup = true;\r
 554 \r
 555                             if (group == av.getSelectionGroup())\r
 556                             {\r
 557                                 g.setStroke(new BasicStroke(1,\r
 558                                         BasicStroke.CAP_BUTT,\r
 559                                         BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f,\r
 560                                         new float[] { 5f, 3f }, 0f));\r
 561                                 g.setColor(Color.RED);\r
 562                             }\r
 563                             else\r
 564                             {\r
 565                                 g.setStroke(new BasicStroke());\r
 566                                 g.setColor(group.getOutlineColour());\r
 567                             }\r
 568                         }\r
 569                     }\r
 570                     else\r
 571                     {\r
 572                       if (inGroup)\r
 573                       {\r
 574                         if (sx >= 0 && sx < imgWidth)\r
 575                           g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);\r
 576 \r
 577                         if (sx + ex < imgWidth)\r
 578                           g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);\r
 579 \r
 580                         if (sx < 0)\r
 581                         {\r
 582                           ex += sx;\r
 583                           sx = 0;\r
 584                         }\r
 585 \r
 586                         if (sx + ex > imgWidth)\r
 587                           ex = imgWidth;\r
 588 \r
 589                         else if (sx + ex >= (x2 - x1 + 1) * av.charWidth)\r
 590                           ex = (x2 - x1 + 1) * av.charWidth;\r
 591 \r
 592                         if (top != -1)\r
 593                         {\r
 594                           g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);\r
 595                           top = -1;\r
 596                         }\r
 597 \r
 598                         if (bottom != -1)\r
 599                         {\r
 600                           g.drawLine(sx, bottom, sx + ex, bottom);\r
 601                           bottom = -1;\r
 602                         }\r
 603 \r
 604                         inGroup = false;\r
 605                         }\r
 606                     }\r
 607                 }\r
 608 \r
 609                 if (inGroup)\r
 610                 {\r
 611                   sy = offset + ( (i - starty) * av.charHeight);\r
 612                   if (sx >= 0 && sx < imgWidth)\r
 613                     g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);\r
 614 \r
 615                   if (sx + ex < imgWidth)\r
 616                     g.drawLine(sx + ex, oldY, sx + ex, sy);\r
 617 \r
 618                   if (sx < 0)\r
 619                   {\r
 620                     ex += sx;\r
 621                     sx = 0;\r
 622                   }\r
 623 \r
 624                   if (sx + ex > imgWidth)\r
 625                     ex = imgWidth;\r
 626                   else if (sx + ex >= (x2 - x1 + 1) * av.charWidth)\r
 627                     ex = (x2 - x1 + 1) * av.charWidth;\r
 628 \r
 629                   if (top != -1)\r
 630                   {\r
 631                     g.drawLine(sx, top, sx + ex, top);\r
 632                     top = -1;\r
 633                   }\r
 634 \r
 635                   if (bottom != -1)\r
 636                   {\r
 637                     g.drawLine(sx, bottom - 1, sx + ex, bottom - 1);\r
 638                     bottom = -1;\r
 639                   }\r
 640 \r
 641                     inGroup = false;\r
 642                 }\r
 643 \r
 644                 groupIndex++;\r
 645 \r
 646                 if (groupIndex >= groups.size())\r
 647                 {\r
 648                     break;\r
 649                 }\r
 650 \r
 651                 group = (SequenceGroup) groups.elementAt(groupIndex);\r
 652             }\r
 653             while (groupIndex < groups.size());\r
 654         }\r
 655 \r
 656         /// Highlight search Results once all sequences have been drawn\r
 657         //////////////////////////////////////////////////////////\r
 658         if (displaySearch)\r
 659         {\r
 660             for (int r = 0; r < searchResults.length; r += 3)\r
 661             {\r
 662                 int searchSeq = searchResults[r];\r
 663 \r
 664                 if ((searchSeq >= y1) && (searchSeq < y2))\r
 665                 {\r
 666                     SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(searchSeq);\r
 667 \r
 668                     int searchStart = seq.findIndex(searchResults[r + 1]) - 1;\r
 669                     int searchEnd = seq.findIndex(searchResults[r + 2]) - 1;\r
 670 \r
 671                     SequenceRenderer ssr = (SequenceRenderer) sr;\r
 672 \r
 673                     if (searchStart < x1)\r
 674                     {\r
 675                         searchStart = x1;\r
 676                     }\r
 677 \r
 678                     if (searchEnd > x2)\r
 679                     {\r
 680                         searchEnd = x2;\r
 681                     }\r
 682 \r
 683                     ssr.drawHighlightedText(seq, searchStart, searchEnd,\r
 684                         (searchStart - startx) * av.charWidth,\r
 685                         offset + ((searchSeq - starty) * av.charHeight),\r
 686                         av.charWidth, av.charHeight);\r
 687                 }\r
 688             }\r
 689         }\r
 690     }\r
 691 \r
 692     /**\r
 693      * DOCUMENT ME!\r
 694      *\r
 695      * @param results DOCUMENT ME!\r
 696      */\r
 697     public void highlightSearchResults(int[] results)\r
 698     {\r
 699         // results are in the order sequence, startRes, endRes\r
 700         if (results == null)\r
 701         {\r
 702             displaySearch = false;\r
 703         }\r
 704         else\r
 705         {\r
 706             displaySearch = true;\r
 707         }\r
 708 \r
 709         searchResults = results;\r
 710 \r
 711         repaint();\r
 712     }\r
 713 }\r