src/jalview/gui/SeqCanvas.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  24 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  25 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
  26 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  27 import jalview.datamodel.SequenceI;
  28 import jalview.renderer.ScaleRenderer;
  29 import jalview.renderer.ScaleRenderer.ScaleMark;
  30 import jalview.util.Comparison;
  31 import jalview.viewmodel.ViewportListenerI;
  32 import jalview.viewmodel.ViewportRanges;
  33
  34 import java.awt.AlphaComposite;
  35 import java.awt.BasicStroke;
  36 import java.awt.BorderLayout;
  37 import java.awt.Color;
  38 import java.awt.FontMetrics;
  39 import java.awt.Graphics;
  40 import java.awt.Graphics2D;
  41 import java.awt.RenderingHints;
  42 import java.awt.Shape;
  43 import java.awt.image.BufferedImage;
  44 import java.beans.PropertyChangeEvent;
  45 import java.util.List;
  46
  47 import javax.swing.JComponent;
  48
  49 /**
  50  * The Swing component on which the alignment sequences, and annotations (if
  51  * shown), are drawn. This includes scales above, left and right (if shown) in
  52  * Wrapped mode, but not the scale above in Unwrapped mode.
  53  *
  54  */
  55 public class SeqCanvas extends JComponent implements ViewportListenerI
  56 {
  57   private static final String ZEROS = "0000000000";
  58
  59   final FeatureRenderer fr;
  60
  61   BufferedImage img;
  62
  63   AlignViewport av;
  64
  65   int cursorX = 0;
  66
  67   int cursorY = 0;
  68
  69   private final SequenceRenderer seqRdr;
  70
  71   private boolean fastPaint = false;
  72
  73   private boolean fastpainting = false;
  74
  75   private AnnotationPanel annotations;
  76
  77   /*
  78    * measurements for drawing a wrapped alignment
  79    */
  80   private int labelWidthEast; // label right width in pixels if shown
  81
  82   private int labelWidthWest; // label left width in pixels if shown
  83
  84   private int wrappedSpaceAboveAlignment; // gap between widths
  85
  86   private int wrappedRepeatHeightPx; // height in pixels of wrapped width
  87
  88   private int wrappedVisibleWidths; // number of wrapped widths displayed
  89
  90   private Graphics2D gg;
  91
  92   /**
  93    * Creates a new SeqCanvas object.
  94    *
  95    * @param ap
  96    */
  97   public SeqCanvas(AlignmentPanel ap)
  98   {
  99     this.av = ap.av;
 100     fr = new FeatureRenderer(ap);
 101     seqRdr = new SequenceRenderer(av);
 102     setLayout(new BorderLayout());
 103     PaintRefresher.Register(this, av.getSequenceSetId());
 104     setBackground(Color.white);
 105
 106     av.getRanges().addPropertyChangeListener(this);
 107   }
 108
 109   public SequenceRenderer getSequenceRenderer()
 110   {
 111     return seqRdr;
 112   }
 113
 114   public FeatureRenderer getFeatureRenderer()
 115   {
 116     return fr;
 117   }
 118
 119   /**
 120    * Draws the scale above a region of a wrapped alignment, consisting of a
 121    * column number every major interval (10 columns).
 122    *
 123    * @param g
 124    *          the graphics context to draw on, positioned at the start (bottom
 125    *          left) of the line on which to draw any scale marks
 126    * @param startx
 127    *          start alignment column (0..)
 128    * @param endx
 129    *          end alignment column (0..)
 130    * @param ypos
 131    *          y offset to draw at
 132    */
 133   private void drawNorthScale(Graphics g, int startx, int endx, int ypos)
 134   {
 135     int charHeight = av.getCharHeight();
 136     int charWidth = av.getCharWidth();
 137
 138     /*
 139      * white fill the scale space (for the fastPaint case)
 140      */
 141     g.setColor(Color.white);
 142     g.fillRect(0, ypos - charHeight - charHeight / 2, getWidth(),
 143             charHeight * 3 / 2 + 2);
 144     g.setColor(Color.black);
 145
 146     List<ScaleMark> marks = new ScaleRenderer().calculateMarks(av, startx,
 147             endx);
 148     for (ScaleMark mark : marks)
 149     {
 150       int mpos = mark.column; // (i - startx - 1)
 151       if (mpos < 0)
 152       {
 153         continue;
 154       }
 155       String mstring = mark.text;
 156
 157       if (mark.major)
 158       {
 159         if (mstring != null)
 160         {
 161           g.drawString(mstring, mpos * charWidth, ypos - (charHeight / 2));
 162         }
 163
 164         /*
 165          * draw a tick mark below the column number, centred on the column;
 166          * height of tick mark is 4 pixels less than half a character
 167          */
 168         int xpos = (mpos * charWidth) + (charWidth / 2);
 169         g.drawLine(xpos, (ypos + 2) - (charHeight / 2), xpos, ypos - 2);
 170       }
 171     }
 172   }
 173
 174   /**
 175    * Draw the scale to the left or right of a wrapped alignment
 176    *
 177    * @param g
 178    *          graphics context, positioned at the start of the scale to be drawn
 179    * @param startx
 180    *          first column of wrapped width (0.. excluding any hidden columns)
 181    * @param endx
 182    *          last column of wrapped width (0.. excluding any hidden columns)
 183    * @param ypos
 184    *          vertical offset at which to begin the scale
 185    * @param left
 186    *          if true, scale is left of residues, if false, scale is right
 187    */
 188   void drawVerticalScale(Graphics g, final int startx, final int endx,
 189           final int ypos, final boolean left)
 190   {
 191     int charHeight = av.getCharHeight();
 192     int charWidth = av.getCharWidth();
 193
 194     int yPos = ypos + charHeight;
 195     int startX = startx;
 196     int endX = endx;
 197
 198     if (av.hasHiddenColumns())
 199     {
 200       HiddenColumns hiddenColumns = av.getAlignment().getHiddenColumns();
 201       startX = hiddenColumns.adjustForHiddenColumns(startx);
 202       endX = hiddenColumns.adjustForHiddenColumns(endx);
 203     }
 204     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 205
 206     for (int i = 0; i < av.getAlignment().getHeight(); i++)
 207     {
 208       SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
 209
 210       /*
 211        * find sequence position of first non-gapped position -
 212        * to the right if scale left, to the left if scale right
 213        */
 214       int index = left ? startX : endX;
 215       int value = -1;
 216       while (index >= startX && index <= endX)
 217       {
 218         if (!Comparison.isGap(seq.getCharAt(index)))
 219         {
 220           value = seq.findPosition(index);
 221           break;
 222         }
 223         if (left)
 224         {
 225           index++;
 226         }
 227         else
 228         {
 229           index--;
 230         }
 231       }
 232
 233       /*
 234        * white fill the space for the scale
 235        */
 236       g.setColor(Color.white);
 237       int y = (yPos + (i * charHeight)) - (charHeight / 5);
 238       // fillRect origin is top left of rectangle
 239       g.fillRect(0, y - charHeight, left ? labelWidthWest : labelWidthEast,
 240               charHeight + 1);
 241
 242       if (value != -1)
 243       {
 244         /*
 245          * draw scale value, right justified within its width less half a
 246          * character width padding on the right
 247          */
 248         int labelSpace = left ? labelWidthWest : labelWidthEast;
 249         labelSpace -= charWidth / 2; // leave space to the right
 250         String valueAsString = String.valueOf(value);
 251         int labelLength = fm.stringWidth(valueAsString);
 252         int xOffset = labelSpace - labelLength;
 253         g.setColor(Color.black);
 254         g.drawString(valueAsString, xOffset, y);
 255       }
 256     }
 257   }
 258
 259   /**
 260    * Does a fast paint of an alignment in response to a scroll. Most of the
 261    * visible region is simply copied and shifted, and then any newly visible
 262    * columns or rows are drawn. The scroll may be horizontal or vertical, but
 263    * not both at once. Scrolling may be the result of
 264    * <ul>
 265    * <li>dragging a scroll bar</li>
 266    * <li>clicking in the scroll bar</li>
 267    * <li>scrolling by trackpad, middle mouse button, or other device</li>
 268    * <li>by moving the box in the Overview window</li>
 269    * <li>programmatically to make a highlighted position visible</li>
 270    * </ul>
 271    *
 272    * @param horizontal
 273    *          columns to shift right (positive) or left (negative)
 274    * @param vertical
 275    *          rows to shift down (positive) or up (negative)
 276    */
 277   public void fastPaint(int horizontal, int vertical)
 278   {
 279     if (fastpainting || gg == null || img == null)
 280     {
 281       return;
 282     }
 283     fastpainting = true;
 284     fastPaint = true;
 285
 286     try
 287     {
 288       int charHeight = av.getCharHeight();
 289       int charWidth = av.getCharWidth();
 290
 291       ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 292       int startRes = ranges.getStartRes();
 293       int endRes = ranges.getEndRes();
 294       int startSeq = ranges.getStartSeq();
 295       int endSeq = ranges.getEndSeq();
 296       int transX = 0;
 297       int transY = 0;
 298
 299       gg.copyArea(horizontal * charWidth, vertical * charHeight,
 300               img.getWidth(), img.getHeight(), -horizontal * charWidth,
 301               -vertical * charHeight);
 302
 303       if (horizontal > 0) // scrollbar pulled right, image to the left
 304       {
 305         transX = (endRes - startRes - horizontal) * charWidth;
 306         startRes = endRes - horizontal;
 307       }
 308       else if (horizontal < 0)
 309       {
 310         endRes = startRes - horizontal;
 311       }
 312
 313       if (vertical > 0) // scroll down
 314       {
 315         startSeq = endSeq - vertical;
 316
 317         if (startSeq < ranges.getStartSeq())
 318         { // ie scrolling too fast, more than a page at a time
 319           startSeq = ranges.getStartSeq();
 320         }
 321         else
 322         {
 323           transY = img.getHeight() - ((vertical + 1) * charHeight);
 324         }
 325       }
 326       else if (vertical < 0)
 327       {
 328         endSeq = startSeq - vertical;
 329
 330         if (endSeq > ranges.getEndSeq())
 331         {
 332           endSeq = ranges.getEndSeq();
 333         }
 334       }
 335
 336       gg.translate(transX, transY);
 337       drawPanel(gg, startRes, endRes, startSeq, endSeq, 0);
 338       gg.translate(-transX, -transY);
 339
 340       repaint();
 341     } finally
 342     {
 343       fastpainting = false;
 344     }
 345   }
 346
 347   @Override
 348   public void paintComponent(Graphics g)
 349   {
 350     super.paintComponent(g);
 351
 352     int charHeight = av.getCharHeight();
 353     int charWidth = av.getCharWidth();
 354
 355     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 356
 357     int width = getWidth();
 358     int height = getHeight();
 359
 360     width -= (width % charWidth);
 361     height -= (height % charHeight);
 362
 363     // selectImage is the selection group outline image
 364     BufferedImage selectImage = drawSelectionGroup(
 365             ranges.getStartRes(), ranges.getEndRes(),
 366             ranges.getStartSeq(), ranges.getEndSeq());
 367
 368     BufferedImage cursorImage = drawCursor(ranges.getStartRes(),
 369             ranges.getEndRes(), ranges.getStartSeq(), ranges.getEndSeq());
 370
 371     if ((img != null) && (fastPaint
 372             || (getVisibleRect().width != g.getClipBounds().width)
 373             || (getVisibleRect().height != g.getClipBounds().height)))
 374     {
 375       BufferedImage lcimg = buildLocalImage(selectImage, cursorImage);
 376       g.drawImage(lcimg, 0, 0, this);
 377       fastPaint = false;
 378     }
 379     else if ((width > 0) && (height > 0))
 380     {
 381       // img is a cached version of the last view we drew, if any
 382       // if we have no img or the size has changed, make a new one
 383       if (img == null || width != img.getWidth()
 384               || height != img.getHeight())
 385       {
 386         img = setupImage();
 387         if (img == null)
 388         {
 389           return;
 390         }
 391         gg = (Graphics2D) img.getGraphics();
 392         gg.setFont(av.getFont());
 393       }
 394
 395       if (av.antiAlias)
 396       {
 397         gg.setRenderingHint(RenderingHints.KEY_ANTIALIASING,
 398                 RenderingHints.VALUE_ANTIALIAS_ON);
 399       }
 400
 401       gg.setColor(Color.white);
 402       gg.fillRect(0, 0, img.getWidth(), img.getHeight());
 403
 404       if (av.getWrapAlignment())
 405       {
 406         drawWrappedPanel(gg, getWidth(), getHeight(), ranges.getStartRes());
 407       }
 408       else
 409       {
 410         drawPanel(gg, ranges.getStartRes(), ranges.getEndRes(),
 411                 ranges.getStartSeq(), ranges.getEndSeq(), 0);
 412       }
 413
 414       // lcimg is a local *copy* of img which we'll draw selectImage on top of
 415       BufferedImage lcimg = buildLocalImage(selectImage, cursorImage);
 416       g.drawImage(lcimg, 0, 0, this);
 417     }
 418   }
 419
 420   /**
 421    * Draw an alignment panel for printing
 422    *
 423    * @param g1
 424    *          Graphics object to draw with
 425    * @param startRes
 426    *          start residue of print area
 427    * @param endRes
 428    *          end residue of print area
 429    * @param startSeq
 430    *          start sequence of print area
 431    * @param endSeq
 432    *          end sequence of print area
 433    */
 434   public void drawPanelForPrinting(Graphics g1, int startRes, int endRes,
 435           int startSeq, int endSeq)
 436   {
 437     drawPanel(g1, startRes, endRes, startSeq, endSeq, 0);
 438
 439     BufferedImage selectImage = drawSelectionGroup(startRes, endRes,
 440             startSeq, endSeq);
 441     if (selectImage != null)
 442     {
 443       ((Graphics2D) g1).setComposite(AlphaComposite
 444               .getInstance(AlphaComposite.SRC_OVER));
 445       g1.drawImage(selectImage, 0, 0, this);
 446     }
 447   }
 448
 449   /**
 450    * Draw a wrapped alignment panel for printing
 451    *
 452    * @param g
 453    *          Graphics object to draw with
 454    * @param canvasWidth
 455    *          width of drawing area
 456    * @param canvasHeight
 457    *          height of drawing area
 458    * @param startRes
 459    *          start residue of print area
 460    */
 461   public void drawWrappedPanelForPrinting(Graphics g, int canvasWidth,
 462           int canvasHeight, int startRes)
 463   {
 464     SequenceGroup group = av.getSelectionGroup();
 465
 466     drawWrappedPanel(g, canvasWidth, canvasHeight, startRes);
 467
 468     if (group != null)
 469     {
 470       BufferedImage selectImage = null;
 471       try
 472       {
 473         selectImage = new BufferedImage(canvasWidth, canvasHeight,
 474                 BufferedImage.TYPE_INT_ARGB); // ARGB so alpha compositing works
 475       } catch (OutOfMemoryError er)
 476       {
 477         System.gc();
 478         System.err.println("Print image OutOfMemory Error.\n" + er);
 479         new OOMWarning("Creating wrapped alignment image for printing", er);
 480       }
 481       if (selectImage != null)
 482       {
 483         Graphics2D g2 = selectImage.createGraphics();
 484         setupSelectionGroup(g2, selectImage);
 485         drawWrappedSelection(g2, group, canvasWidth, canvasHeight,
 486                 startRes);
 487
 488         g2.setComposite(
 489                 AlphaComposite.getInstance(AlphaComposite.SRC_OVER));
 490         g.drawImage(selectImage, 0, 0, this);
 491         g2.dispose();
 492       }
 493     }
 494   }
 495
 496   /*
 497    * Make a local image by combining the cached image img
 498    * with any selection
 499    */
 500   private BufferedImage buildLocalImage(BufferedImage selectImage,
 501           BufferedImage cursorImage)
 502   {
 503     // clone the cached image
 504     BufferedImage lcimg = new BufferedImage(img.getWidth(), img.getHeight(),
 505             img.getType());
 506     Graphics2D g2d = lcimg.createGraphics();
 507     g2d.drawImage(img, 0, 0, null);
 508
 509     // overlay selection group on lcimg
 510     if (selectImage != null)
 511     {
 512       g2d.setComposite(
 513               AlphaComposite.getInstance(AlphaComposite.SRC_OVER));
 514       g2d.drawImage(selectImage, 0, 0, this);
 515     }
 516     // overlay cursor on lcimg
 517     if (cursorImage != null)
 518     {
 519       g2d.setComposite(AlphaComposite.getInstance(AlphaComposite.SRC_OVER));
 520       g2d.drawImage(cursorImage, 0, 0, this);
 521     }
 522     g2d.dispose();
 523
 524     return lcimg;
 525   }
 526
 527   /*
 528    * Set up a buffered image of the correct height and size for the sequence canvas
 529    */
 530   private BufferedImage setupImage()
 531   {
 532     BufferedImage lcimg = null;
 533
 534     int charWidth = av.getCharWidth();
 535     int charHeight = av.getCharHeight();
 536
 537     int width = getWidth();
 538     int height = getHeight();
 539
 540     width -= (width % charWidth);
 541     height -= (height % charHeight);
 542
 543     if ((width < 1) || (height < 1))
 544     {
 545       return null;
 546     }
 547
 548     try
 549     {
 550       lcimg = new BufferedImage(width, height,
 551               BufferedImage.TYPE_INT_ARGB); // ARGB so alpha compositing works
 552     } catch (OutOfMemoryError er)
 553     {
 554       System.gc();
 555       System.err.println(
 556               "Group image OutOfMemory Redraw Error.\n" + er);
 557       new OOMWarning("Creating alignment image for display", er);
 558
 559       return null;
 560     }
 561
 562     return lcimg;
 563   }
 564
 565   /**
 566    * Returns the visible width of the canvas in residues, after allowing for
 567    * East or West scales (if shown)
 568    *
 569    * @param canvasWidth
 570    *          the width in pixels (possibly including scales)
 571    *
 572    * @return
 573    */
 574   public int getWrappedCanvasWidth(int canvasWidth)
 575   {
 576     int charWidth = av.getCharWidth();
 577
 578     FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 579
 580     int labelWidth = 0;
 581
 582     if (av.getScaleRightWrapped() || av.getScaleLeftWrapped())
 583     {
 584       labelWidth = getLabelWidth(fm);
 585     }
 586
 587     labelWidthEast = av.getScaleRightWrapped() ? labelWidth : 0;
 588
 589     labelWidthWest = av.getScaleLeftWrapped() ? labelWidth : 0;
 590
 591     return (canvasWidth - labelWidthEast - labelWidthWest) / charWidth;
 592   }
 593
 594   /**
 595    * Returns a pixel width sufficient to show the largest sequence coordinate
 596    * (end position) in the alignment, calculated as the FontMetrics width of
 597    * zeroes "0000000" limited to the number of decimal digits to be shown (3 for
 598    * 1-10, 4 for 11-99 etc). One character width is added to this, to allow for
 599    * half a character width space on either side.
 600    *
 601    * @param fm
 602    * @return
 603    */
 604   protected int getLabelWidth(FontMetrics fm)
 605   {
 606     /*
 607      * find the biggest sequence end position we need to show
 608      * (note this is not necessarily the sequence length)
 609      */
 610     int maxWidth = 0;
 611     AlignmentI alignment = av.getAlignment();
 612     for (int i = 0; i < alignment.getHeight(); i++)
 613     {
 614       maxWidth = Math.max(maxWidth, alignment.getSequenceAt(i).getEnd());
 615     }
 616
 617     int length = 0;
 618     for (int i = maxWidth; i > 0; i /= 10)
 619     {
 620       length++;
 621     }
 622
 623     return fm.stringWidth(ZEROS.substring(0, length)) + av.getCharWidth();
 624   }
 625
 626   /**
 627    * Draws as many widths of a wrapped alignment as can fit in the visible
 628    * window
 629    *
 630    * @param g
 631    * @param canvasWidth
 632    *          available width in pixels
 633    * @param canvasHeight
 634    *          available height in pixels
 635    * @param startColumn
 636    *          the first column (0...) of the alignment to draw
 637    */
 638   public void drawWrappedPanel(Graphics g, int canvasWidth,
 639           int canvasHeight, final int startColumn)
 640   {
 641     int wrappedWidthInResidues = calculateWrappedGeometry(canvasWidth,
 642             canvasHeight);
 643
 644     av.setWrappedWidth(wrappedWidthInResidues);
 645
 646     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 647     ranges.setViewportStartAndWidth(startColumn, wrappedWidthInResidues);
 648
 649     /*
 650      * draw one width at a time (including any scales or annotation shown),
 651      * until we have run out of either alignment or vertical space available
 652      */
 653     int ypos = wrappedSpaceAboveAlignment;
 654     int maxWidth = ranges.getVisibleAlignmentWidth();
 655
 656     int start = startColumn;
 657     int currentWidth = 0;
 658     while ((currentWidth < wrappedVisibleWidths) && (start < maxWidth))
 659     {
 660       int endColumn = Math
 661               .min(maxWidth, start + wrappedWidthInResidues - 1);
 662       drawWrappedWidth(g, ypos, start, endColumn, canvasHeight);
 663       ypos += wrappedRepeatHeightPx;
 664       start += wrappedWidthInResidues;
 665       currentWidth++;
 666     }
 667
 668     drawWrappedDecorators(g, startColumn);
 669   }
 670
 671   /**
 672    * Calculates and saves values needed when rendering a wrapped alignment.
 673    * These depend on many factors, including
 674    * <ul>
 675    * <li>canvas width and height</li>
 676    * <li>number of visible sequences, and height of annotations if shown</li>
 677    * <li>font and character width</li>
 678    * <li>whether scales are shown left, right or above the alignment</li>
 679    * </ul>
 680    *
 681    * @param canvasWidth
 682    * @param canvasHeight
 683    * @return the number of residue columns in each width
 684    */
 685   protected int calculateWrappedGeometry(int canvasWidth, int canvasHeight)
 686   {
 687     int charHeight = av.getCharHeight();
 688
 689     /*
 690      * vertical space in pixels between wrapped widths of alignment
 691      * - one character height, or two if scale above is drawn
 692      */
 693     wrappedSpaceAboveAlignment = charHeight
 694             * (av.getScaleAboveWrapped() ? 2 : 1);
 695
 696     /*
 697      * height in pixels of the wrapped widths
 698      */
 699     wrappedRepeatHeightPx = wrappedSpaceAboveAlignment;
 700     // add sequences
 701     wrappedRepeatHeightPx += av.getRanges().getViewportHeight()
 702             * charHeight;
 703     // add annotations panel height if shown
 704     wrappedRepeatHeightPx += getAnnotationHeight();
 705
 706     /*
 707      * number of visible widths (the last one may be part height),
 708      * ensuring a part height includes at least one sequence
 709      */
 710     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 711     wrappedVisibleWidths = canvasHeight / wrappedRepeatHeightPx;
 712     int remainder = canvasHeight % wrappedRepeatHeightPx;
 713     if (remainder >= (wrappedSpaceAboveAlignment + charHeight))
 714     {
 715       wrappedVisibleWidths++;
 716     }
 717
 718     /*
 719      * compute width in residues; this also sets East and West label widths
 720      */
 721     int wrappedWidthInResidues = getWrappedCanvasWidth(canvasWidth);
 722
 723     /*
 724      *  limit visibleWidths to not exceed width of alignment
 725      */
 726     int xMax = ranges.getVisibleAlignmentWidth();
 727     int startToEnd = xMax - ranges.getStartRes();
 728     int maxWidths = startToEnd / wrappedWidthInResidues;
 729     if (startToEnd % wrappedWidthInResidues > 0)
 730     {
 731       maxWidths++;
 732     }
 733     wrappedVisibleWidths = Math.min(wrappedVisibleWidths, maxWidths);
 734
 735     return wrappedWidthInResidues;
 736   }
 737
 738   /**
 739    * Draws one width of a wrapped alignment, including sequences and
 740    * annnotations, if shown, but not scales or hidden column markers
 741    *
 742    * @param g
 743    * @param ypos
 744    * @param startColumn
 745    * @param endColumn
 746    * @param canvasHeight
 747    */
 748   protected void drawWrappedWidth(Graphics g, int ypos, int startColumn,
 749           int endColumn, int canvasHeight)
 750   {
 751     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 752     int viewportWidth = ranges.getViewportWidth();
 753
 754     int endx = Math.min(startColumn + viewportWidth - 1, endColumn);
 755
 756     /*
 757      * move right before drawing by the width of the scale left (if any)
 758      * plus column offset from left margin (usually zero, but may be non-zero
 759      * when fast painting is drawing just a few columns)
 760      */
 761     int charWidth = av.getCharWidth();
 762     int xOffset = labelWidthWest
 763             + ((startColumn - ranges.getStartRes()) % viewportWidth)
 764             * charWidth;
 765     g.translate(xOffset, 0);
 766
 767     // When printing we have an extra clipped region,
 768     // the Printable page which we need to account for here
 769     Shape clip = g.getClip();
 770
 771     if (clip == null)
 772     {
 773       g.setClip(0, 0, viewportWidth * charWidth, canvasHeight);
 774     }
 775     else
 776     {
 777       g.setClip(0, (int) clip.getBounds().getY(),
 778               viewportWidth * charWidth, (int) clip.getBounds().getHeight());
 779     }
 780
 781     /*
 782      * white fill the region to be drawn (so incremental fast paint doesn't
 783      * scribble over an existing image)
 784      */
 785     gg.setColor(Color.white);
 786     gg.fillRect(0, ypos, (endx - startColumn + 1) * charWidth,
 787             wrappedRepeatHeightPx);
 788
 789     drawPanel(g, startColumn, endx, 0, av.getAlignment().getHeight() - 1,
 790             ypos);
 791
 792     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.getCharHeight();
 793
 794     if (av.isShowAnnotation())
 795     {
 796       g.translate(0, cHeight + ypos + 3);
 797       if (annotations == null)
 798       {
 799         annotations = new AnnotationPanel(av);
 800       }
 801
 802       annotations.renderer.drawComponent(annotations, av, g, -1,
 803               startColumn, endx + 1);
 804       g.translate(0, -cHeight - ypos - 3);
 805     }
 806     g.setClip(clip);
 807     g.translate(-xOffset, 0);
 808   }
 809
 810   /**
 811    * Draws scales left, right and above (if shown), and any hidden column
 812    * markers, on all widths of the wrapped alignment
 813    *
 814    * @param g
 815    * @param startColumn
 816    */
 817   protected void drawWrappedDecorators(Graphics g, final int startColumn)
 818   {
 819     int charWidth = av.getCharWidth();
 820
 821     g.setFont(av.getFont());
 822     g.setColor(Color.black);
 823
 824     int ypos = wrappedSpaceAboveAlignment;
 825     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
 826     int viewportWidth = ranges.getViewportWidth();
 827     int maxWidth = ranges.getVisibleAlignmentWidth();
 828     int widthsDrawn = 0;
 829     int startCol = startColumn;
 830
 831     while (widthsDrawn < wrappedVisibleWidths)
 832     {
 833       int endColumn = Math.min(maxWidth, startCol + viewportWidth - 1);
 834
 835       if (av.getScaleLeftWrapped())
 836       {
 837         drawVerticalScale(g, startCol, endColumn - 1, ypos, true);
 838       }
 839
 840       if (av.getScaleRightWrapped())
 841       {
 842         int x = labelWidthWest + viewportWidth * charWidth;
 843         g.translate(x, 0);
 844         drawVerticalScale(g, startCol, endColumn, ypos, false);
 845         g.translate(-x, 0);
 846       }
 847
 848       /*
 849        * white fill region of scale above and hidden column markers
 850        * (to support incremental fast paint of image)
 851        */
 852       g.translate(labelWidthWest, 0);
 853       g.setColor(Color.white);
 854       g.fillRect(0, ypos - wrappedSpaceAboveAlignment, viewportWidth
 855               * charWidth + labelWidthWest, wrappedSpaceAboveAlignment);
 856       g.setColor(Color.black);
 857       g.translate(-labelWidthWest, 0);
 858
 859       g.translate(labelWidthWest, 0);
 860
 861       if (av.getScaleAboveWrapped())
 862       {
 863         drawNorthScale(g, startCol, endColumn, ypos);
 864       }
 865
 866       if (av.hasHiddenColumns() && av.getShowHiddenMarkers())
 867       {
 868         drawHiddenColumnMarkers(g, ypos, startCol, endColumn);
 869       }
 870
 871       g.translate(-labelWidthWest, 0);
 872
 873       ypos += wrappedRepeatHeightPx;
 874       startCol += viewportWidth;
 875       widthsDrawn++;
 876     }
 877   }
 878
 879   /**
 880    * Draws markers (triangles) above hidden column positions between startColumn
 881    * and endColumn.
 882    *
 883    * @param g
 884    * @param ypos
 885    * @param startColumn
 886    * @param endColumn
 887    */
 888   protected void drawHiddenColumnMarkers(Graphics g, int ypos,
 889           int startColumn, int endColumn)
 890   {
 891     int charHeight = av.getCharHeight();
 892     int charWidth = av.getCharWidth();
 893
 894     g.setColor(Color.blue);
 895     HiddenColumns hidden = av.getAlignment().getHiddenColumns();
 896     List<Integer> positions = hidden.findHiddenRegionPositions();
 897     for (int pos : positions)
 898     {
 899       int res = pos - startColumn;
 900
 901       if (res < 0 || res > endColumn - startColumn + 1)
 902       {
 903         continue;
 904       }
 905
 906       /*
 907        * draw a downward-pointing triangle at the hidden columns location
 908        * (before the following visible column)
 909        */
 910       int xMiddle = res * charWidth;
 911       int[] xPoints = new int[] { xMiddle - charHeight / 4,
 912           xMiddle + charHeight / 4, xMiddle };
 913       int yTop = ypos - (charHeight / 2);
 914       int[] yPoints = new int[] { yTop, yTop, yTop + 8 };
 915       g.fillPolygon(xPoints, yPoints, 3);
 916     }
 917   }
 918
 919   /*
 920    * Draw a selection group over a wrapped alignment
 921    */
 922   private void drawWrappedSelection(Graphics2D g, SequenceGroup group,
 923           int canvasWidth,
 924           int canvasHeight, int startRes)
 925   {
 926     int charHeight = av.getCharHeight();
 927     int charWidth = av.getCharWidth();
 928
 929     // height gap above each panel
 930     int hgap = charHeight;
 931     if (av.getScaleAboveWrapped())
 932     {
 933       hgap += charHeight;
 934     }
 935
 936     int cWidth = (canvasWidth - labelWidthEast - labelWidthWest)
 937             / charWidth;
 938     int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * charHeight;
 939
 940     int startx = startRes;
 941     int endx;
 942     int ypos = hgap; // vertical offset
 943     int maxwidth = av.getAlignment().getWidth();
 944
 945     if (av.hasHiddenColumns())
 946     {
 947       maxwidth = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 948               .findColumnPosition(maxwidth);
 949     }
 950
 951     // chop the wrapped alignment extent up into panel-sized blocks and treat
 952     // each block as if it were a block from an unwrapped alignment
 953     while ((ypos <= canvasHeight) && (startx < maxwidth))
 954     {
 955       // set end value to be start + width, or maxwidth, whichever is smaller
 956       endx = startx + cWidth - 1;
 957
 958       if (endx > maxwidth)
 959       {
 960         endx = maxwidth;
 961       }
 962
 963       g.translate(labelWidthWest, 0);
 964
 965       drawUnwrappedSelection(g, group, startx, endx, 0,
 966               av.getAlignment().getHeight() - 1,
 967               ypos);
 968
 969       g.translate(-labelWidthWest, 0);
 970
 971       // update vertical offset
 972       ypos += cHeight + getAnnotationHeight() + hgap;
 973
 974       // update horizontal offset
 975       startx += cWidth;
 976     }
 977   }
 978
 979   int getAnnotationHeight()
 980   {
 981     if (!av.isShowAnnotation())
 982     {
 983       return 0;
 984     }
 985
 986     if (annotations == null)
 987     {
 988       annotations = new AnnotationPanel(av);
 989     }
 990
 991     return annotations.adjustPanelHeight();
 992   }
 993
 994   /**
 995    * Draws the visible region of the alignment on the graphics context. If there
 996    * are hidden column markers in the visible region, then each sub-region
 997    * between the markers is drawn separately, followed by the hidden column
 998    * marker.
 999    *
1000    * @param g1
1001    *          the graphics context, positioned at the first residue to be drawn
1002    * @param startRes
1003    *          offset of the first column to draw (0..)
1004    * @param endRes
1005    *          offset of the last column to draw (0..)
1006    * @param startSeq
1007    *          offset of the first sequence to draw (0..)
1008    * @param endSeq
1009    *          offset of the last sequence to draw (0..)
1010    * @param yOffset
1011    *          vertical offset at which to draw (for wrapped alignments)
1012    */
1013   public void drawPanel(Graphics g1, final int startRes, final int endRes,
1014           final int startSeq, final int endSeq, final int yOffset)
1015   {
1016     int charHeight = av.getCharHeight();
1017     int charWidth = av.getCharWidth();
1018
1019     if (!av.hasHiddenColumns())
1020     {
1021       draw(g1, startRes, endRes, startSeq, endSeq, yOffset);
1022     }
1023     else
1024     {
1025       int screenY = 0;
1026       final int screenYMax = endRes - startRes;
1027       int blockStart = startRes;
1028       int blockEnd = endRes;
1029
1030       for (int[] region : av.getAlignment().getHiddenColumns()
1031               .getHiddenColumnsCopy())
1032       {
1033         int hideStart = region[0];
1034         int hideEnd = region[1];
1035
1036         if (hideStart <= blockStart)
1037         {
1038           blockStart += (hideEnd - hideStart) + 1;
1039           continue;
1040         }
1041
1042         /*
1043          * draw up to just before the next hidden region, or the end of
1044          * the visible region, whichever comes first
1045          */
1046         blockEnd = Math.min(hideStart - 1, blockStart + screenYMax
1047                 - screenY);
1048
1049         g1.translate(screenY * charWidth, 0);
1050
1051         draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, yOffset);
1052
1053         /*
1054          * draw the downline of the hidden column marker (ScalePanel draws the
1055          * triangle on top) if we reached it
1056          */
1057         if (av.getShowHiddenMarkers() && blockEnd == hideStart - 1)
1058         {
1059           g1.setColor(Color.blue);
1060
1061           g1.drawLine((blockEnd - blockStart + 1) * charWidth - 1,
1062                   0 + yOffset, (blockEnd - blockStart + 1) * charWidth - 1,
1063                   (endSeq - startSeq + 1) * charHeight + yOffset);
1064         }
1065
1066         g1.translate(-screenY * charWidth, 0);
1067         screenY += blockEnd - blockStart + 1;
1068         blockStart = hideEnd + 1;
1069
1070         if (screenY > screenYMax)
1071         {
1072           // already rendered last block
1073           return;
1074         }
1075       }
1076
1077       if (screenY <= screenYMax)
1078       {
1079         // remaining visible region to render
1080         blockEnd = blockStart + screenYMax - screenY;
1081         g1.translate(screenY * charWidth, 0);
1082         draw(g1, blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, yOffset);
1083
1084         g1.translate(-screenY * charWidth, 0);
1085       }
1086     }
1087
1088   }
1089
1090   /**
1091    * Draws a region of the visible alignment
1092    *
1093    * @param g1
1094    * @param startRes
1095    *          offset of the first column in the visible region (0..)
1096    * @param endRes
1097    *          offset of the last column in the visible region (0..)
1098    * @param startSeq
1099    *          offset of the first sequence in the visible region (0..)
1100    * @param endSeq
1101    *          offset of the last sequence in the visible region (0..)
1102    * @param yOffset
1103    *          vertical offset at which to draw (for wrapped alignments)
1104    */
1105   private void draw(Graphics g, int startRes, int endRes, int startSeq,
1106           int endSeq, int offset)
1107   {
1108     int charHeight = av.getCharHeight();
1109     int charWidth = av.getCharWidth();
1110
1111     g.setFont(av.getFont());
1112     seqRdr.prepare(g, av.isRenderGaps());
1113
1114     SequenceI nextSeq;
1115
1116     // / First draw the sequences
1117     // ///////////////////////////
1118     for (int i = startSeq; i <= endSeq; i++)
1119     {
1120       nextSeq = av.getAlignment().getSequenceAt(i);
1121       if (nextSeq == null)
1122       {
1123         // occasionally, a race condition occurs such that the alignment row is
1124         // empty
1125         continue;
1126       }
1127       seqRdr.drawSequence(nextSeq, av.getAlignment().findAllGroups(nextSeq),
1128               startRes, endRes, offset + ((i - startSeq) * charHeight));
1129
1130       if (av.isShowSequenceFeatures())
1131       {
1132         fr.drawSequence(g, nextSeq, startRes, endRes,
1133                 offset + ((i - startSeq) * charHeight), false);
1134       }
1135
1136       /*
1137        * highlight search Results once sequence has been drawn
1138        */
1139       if (av.hasSearchResults())
1140       {
1141         SearchResultsI searchResults = av.getSearchResults();
1142         int[] visibleResults = searchResults.getResults(nextSeq,
1143                 startRes, endRes);
1144         if (visibleResults != null)
1145         {
1146           for (int r = 0; r < visibleResults.length; r += 2)
1147           {
1148             seqRdr.drawHighlightedText(nextSeq, visibleResults[r],
1149                     visibleResults[r + 1], (visibleResults[r] - startRes)
1150                             * charWidth, offset
1151                             + ((i - startSeq) * charHeight));
1152           }
1153         }
1154       }
1155
1156       /*      if (av.cursorMode && cursorY == i && cursorX >= startRes
1157               && cursorX <= endRes)
1158       {
1159         seqRdr.drawCursor(nextSeq, cursorX, (cursorX - startRes) * charWidth,
1160                 offset + ((i - startSeq) * charHeight));
1161       }*/
1162     }
1163
1164     if (av.getSelectionGroup() != null
1165             || av.getAlignment().getGroups().size() > 0)
1166     {
1167       drawGroupsBoundaries(g, startRes, endRes, startSeq, endSeq, offset);
1168     }
1169
1170   }
1171
1172   void drawGroupsBoundaries(Graphics g1, int startRes, int endRes,
1173           int startSeq, int endSeq, int offset)
1174   {
1175     Graphics2D g = (Graphics2D) g1;
1176     //
1177     // ///////////////////////////////////
1178     // Now outline any areas if necessary
1179     // ///////////////////////////////////
1180
1181     SequenceGroup group = null;
1182     int groupIndex = -1;
1183
1184     if (av.getAlignment().getGroups().size() > 0)
1185     {
1186       group = av.getAlignment().getGroups().get(0);
1187       groupIndex = 0;
1188     }
1189
1190     if (group != null)
1191     {
1192       g.setStroke(new BasicStroke());
1193       g.setColor(group.getOutlineColour());
1194
1195       do
1196       {
1197         drawPartialGroupOutline(g, group, startRes, endRes, startSeq,
1198                 endSeq, offset);
1199
1200         groupIndex++;
1201
1202         g.setStroke(new BasicStroke());
1203
1204         if (groupIndex >= av.getAlignment().getGroups().size())
1205         {
1206           break;
1207         }
1208
1209         group = av.getAlignment().getGroups().get(groupIndex);
1210
1211       } while (groupIndex < av.getAlignment().getGroups().size());
1212
1213     }
1214
1215   }
1216
1217
1218   /*
1219    * Draw the selection group as a separate image and overlay
1220    */
1221   private BufferedImage drawSelectionGroup(int startRes, int endRes,
1222           int startSeq, int endSeq)
1223   {
1224     // get a new image of the correct size
1225     BufferedImage selectionImage = setupImage();
1226
1227     if (selectionImage == null)
1228     {
1229       return null;
1230     }
1231
1232     SequenceGroup group = av.getSelectionGroup();
1233     if (group == null)
1234     {
1235       // nothing to draw
1236       return null;
1237     }
1238
1239     // set up drawing colour
1240     Graphics2D g = (Graphics2D) selectionImage.getGraphics();
1241
1242     setupSelectionGroup(g, selectionImage);
1243
1244     if (!av.getWrapAlignment())
1245     {
1246       drawUnwrappedSelection(g, group, startRes, endRes, startSeq, endSeq,
1247               0);
1248     }
1249     else
1250     {
1251       drawWrappedSelection(g, group, getWidth(), getHeight(),
1252               av.getRanges().getStartRes());
1253     }
1254
1255     g.dispose();
1256     return selectionImage;
1257   }
1258
1259   /**
1260    * Draw the cursor as a separate image and overlay
1261    *
1262    * @param startRes
1263    *          start residue of area to draw cursor in
1264    * @param endRes
1265    *          end residue of area to draw cursor in
1266    * @param startSeq
1267    *          start sequence of area to draw cursor in
1268    * @param endSeq
1269    *          end sequence of are to draw cursor in
1270    * @return a transparent image of the same size as the sequence canvas, with
1271    *         the cursor drawn on it, if any
1272    */
1273   private BufferedImage drawCursor(int startRes, int endRes, int startSeq,
1274           int endSeq)
1275   {
1276     // define our cursor image
1277     BufferedImage cursorImage = null;
1278
1279     // don't do work unless we have to
1280     if (av.cursorMode && cursorY >= startSeq && cursorY <= endSeq)
1281     {
1282       int yoffset = 0;
1283       int xoffset = 0;
1284       int startx = startRes;
1285       int endx = endRes;
1286       if (av.getWrapAlignment())
1287       {
1288         // work out the correct offsets for the cursor
1289         int charHeight = av.getCharHeight();
1290         int charWidth = av.getCharWidth();
1291         int canvasWidth = getWidth();
1292         int canvasHeight = getHeight();
1293
1294         // height gap above each panel
1295         int hgap = charHeight;
1296         if (av.getScaleAboveWrapped())
1297         {
1298           hgap += charHeight;
1299         }
1300
1301         int cWidth = (canvasWidth - labelWidthEast - labelWidthWest)
1302                 / charWidth;
1303         int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * charHeight;
1304
1305         endx = startx + cWidth - 1;
1306         int ypos = hgap; // vertical offset
1307
1308         // iterate down the wrapped panels
1309         while ((ypos <= canvasHeight) && (endx < cursorX))
1310         {
1311           // update vertical offset
1312           ypos += cHeight + getAnnotationHeight() + hgap;
1313
1314           // update horizontal offset
1315           startx += cWidth;
1316           endx = startx + cWidth - 1;
1317         }
1318         yoffset = ypos;
1319         xoffset = labelWidthWest;
1320       }
1321
1322       // now check if cursor is within range for x values
1323       if (cursorX >= startx && cursorX <= endx)
1324       {
1325         // get a new image of the correct size
1326         cursorImage = setupImage();
1327         Graphics2D g = (Graphics2D) cursorImage.getGraphics();
1328
1329         // get the character the cursor is drawn at
1330         SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(cursorY);
1331         char s = seq.getCharAt(cursorX);
1332
1333         seqRdr.drawCursor(g, s,
1334                 xoffset + (cursorX - startx) * av.getCharWidth(),
1335                 yoffset + (cursorY - startSeq) * av.getCharHeight());
1336         g.dispose();
1337       }
1338     }
1339
1340     return cursorImage;
1341   }
1342
1343
1344   /*
1345    * Set up graphics for selection group
1346    */
1347   private void setupSelectionGroup(Graphics2D g,
1348           BufferedImage selectionImage)
1349   {
1350     // set background to transparent
1351     g.setComposite(AlphaComposite.getInstance(AlphaComposite.CLEAR, 0.0f));
1352     g.fillRect(0, 0, selectionImage.getWidth(), selectionImage.getHeight());
1353
1354     // set up foreground to draw red dashed line
1355     g.setComposite(AlphaComposite.Src);
1356     g.setStroke(new BasicStroke(1, BasicStroke.CAP_BUTT,
1357             BasicStroke.JOIN_ROUND, 3f, new float[]
1358     { 5f, 3f }, 0f));
1359     g.setColor(Color.RED);
1360   }
1361
1362   /*
1363    * Draw a selection group over an unwrapped alignment
1364    * @param g graphics object to draw with
1365    * @param group selection group
1366    * @param startRes start residue of area to draw
1367    * @param endRes end residue of area to draw
1368    * @param startSeq start sequence of area to draw
1369    * @param endSeq end sequence of area to draw
1370    * @param offset vertical offset (used when called from wrapped alignment code)
1371    */
1372   private void drawUnwrappedSelection(Graphics2D g, SequenceGroup group,
1373           int startRes, int endRes, int startSeq, int endSeq, int offset)
1374   {
1375     int charWidth = av.getCharWidth();
1376
1377     if (!av.hasHiddenColumns())
1378     {
1379       drawPartialGroupOutline(g, group, startRes, endRes, startSeq, endSeq,
1380               offset);
1381     }
1382     else
1383     {
1384       // package into blocks of visible columns
1385       int screenY = 0;
1386       int blockStart = startRes;
1387       int blockEnd = endRes;
1388
1389       for (int[] region : av.getAlignment().getHiddenColumns()
1390               .getHiddenColumnsCopy())
1391       {
1392         int hideStart = region[0];
1393         int hideEnd = region[1];
1394
1395         if (hideStart <= blockStart)
1396         {
1397           blockStart += (hideEnd - hideStart) + 1;
1398           continue;
1399         }
1400
1401         blockEnd = hideStart - 1;
1402
1403         g.translate(screenY * charWidth, 0);
1404         drawPartialGroupOutline(g, group,
1405                 blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);
1406
1407         g.translate(-screenY * charWidth, 0);
1408         screenY += blockEnd - blockStart + 1;
1409         blockStart = hideEnd + 1;
1410
1411         if (screenY > (endRes - startRes))
1412         {
1413           // already rendered last block
1414           break;
1415         }
1416       }
1417
1418       if (screenY <= (endRes - startRes))
1419       {
1420         // remaining visible region to render
1421         blockEnd = blockStart + (endRes - startRes) - screenY;
1422         g.translate(screenY * charWidth, 0);
1423         drawPartialGroupOutline(g, group,
1424                 blockStart, blockEnd, startSeq, endSeq, offset);
1425
1426         g.translate(-screenY * charWidth, 0);
1427       }
1428     }
1429   }
1430
1431   /*
1432    * Draw the selection group as a separate image and overlay
1433    */
1434   private void drawPartialGroupOutline(Graphics2D g, SequenceGroup group,
1435           int startRes, int endRes, int startSeq, int endSeq,
1436           int verticalOffset)
1437   {
1438         int charHeight = av.getCharHeight();
1439         int charWidth = av.getCharWidth();
1440
1441     int visWidth = (endRes - startRes + 1) * charWidth;
1442
1443     int oldY = -1;
1444     int i = 0;
1445     boolean inGroup = false;
1446     int top = -1;
1447     int bottom = -1;
1448
1449     int sx = -1;
1450     int sy = -1;
1451     int xwidth = -1;
1452
1453     for (i = startSeq; i <= endSeq; i++)
1454     {
1455       // position of start residue of group relative to startRes, in pixels
1456       sx = (group.getStartRes() - startRes) * charWidth;
1457
1458       // width of group in pixels
1459       xwidth = (((group.getEndRes() + 1) - group.getStartRes()) * charWidth)
1460               - 1;
1461
1462       sy = verticalOffset + (i - startSeq) * charHeight;
1463
1464       if (sx + xwidth < 0 || sx > visWidth)
1465       {
1466         continue;
1467       }
1468
1469       if ((sx <= (endRes - startRes) * charWidth)
1470               && group.getSequences(null)
1471                       .contains(av.getAlignment().getSequenceAt(i)))
1472       {
1473         if ((bottom == -1) && !group.getSequences(null)
1474                 .contains(av.getAlignment().getSequenceAt(i + 1)))
1475         {
1476           bottom = sy + charHeight;
1477         }
1478
1479         if (!inGroup)
1480         {
1481           if (((top == -1) && (i == 0)) || !group.getSequences(null)
1482                   .contains(av.getAlignment().getSequenceAt(i - 1)))
1483           {
1484             top = sy;
1485           }
1486
1487           oldY = sy;
1488           inGroup = true;
1489         }
1490       }
1491       else
1492       {
1493         if (inGroup)
1494         {
1495           // if start position is visible, draw vertical line to left of
1496           // group
1497           if (sx >= 0 && sx < visWidth)
1498           {
1499             g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);
1500           }
1501
1502           // if end position is visible, draw vertical line to right of
1503           // group
1504           if (sx + xwidth < visWidth)
1505           {
1506             g.drawLine(sx + xwidth, oldY, sx + xwidth, sy);
1507           }
1508
1509           if (sx < 0)
1510           {
1511             xwidth += sx;
1512             sx = 0;
1513           }
1514
1515           // don't let width extend beyond current block, or group extent
1516           // fixes JAL-2672
1517           if (sx + xwidth >= (endRes - startRes + 1) * charWidth)
1518           {
1519             xwidth = (endRes - startRes + 1) * charWidth - sx;
1520           }
1521
1522           // draw horizontal line at top of group
1523           if (top != -1)
1524           {
1525             g.drawLine(sx, top, sx + xwidth, top);
1526             top = -1;
1527           }
1528
1529           // draw horizontal line at bottom of group
1530           if (bottom != -1)
1531           {
1532             g.drawLine(sx, bottom, sx + xwidth, bottom);
1533             bottom = -1;
1534           }
1535
1536           inGroup = false;
1537         }
1538       }
1539     }
1540
1541     if (inGroup)
1542     {
1543       sy = verticalOffset + ((i - startSeq) * charHeight);
1544       if (sx >= 0 && sx < visWidth)
1545       {
1546         g.drawLine(sx, oldY, sx, sy);
1547       }
1548
1549       if (sx + xwidth < visWidth)
1550       {
1551         g.drawLine(sx + xwidth, oldY, sx + xwidth, sy);
1552       }
1553
1554       if (sx < 0)
1555       {
1556         xwidth += sx;
1557         sx = 0;
1558       }
1559
1560       if (sx + xwidth > visWidth)
1561       {
1562         xwidth = visWidth;
1563       }
1564       else if (sx + xwidth >= (endRes - startRes + 1) * charWidth)
1565       {
1566         xwidth = (endRes - startRes + 1) * charWidth;
1567       }
1568
1569       if (top != -1)
1570       {
1571         g.drawLine(sx, top, sx + xwidth, top);
1572         top = -1;
1573       }
1574
1575       if (bottom != -1)
1576       {
1577         g.drawLine(sx, bottom - 1, sx + xwidth, bottom - 1);
1578         bottom = -1;
1579       }
1580
1581       inGroup = false;
1582     }
1583   }
1584
1585   /**
1586    * Highlights search results in the visible region by rendering as white text
1587    * on a black background. Any previous highlighting is removed. Answers true
1588    * if any highlight was left on the visible alignment (so status bar should be
1589    * set to match), else false.
1590    * <p>
1591    * Currently fastPaint is not implemented for wrapped alignments. If a wrapped
1592    * alignment had to be scrolled to show the highlighted region, then it should
1593    * be fully redrawn, otherwise a fast paint can be performed. This argument
1594    * could be removed if fast paint of scrolled wrapped alignment is coded in
1595    * future (JAL-2609).
1596    *
1597    * @param results
1598    * @param noFastPaint
1599    * @return
1600    */
1601   public boolean highlightSearchResults(SearchResultsI results,
1602           boolean noFastPaint)
1603   {
1604     if (fastpainting)
1605     {
1606       return false;
1607     }
1608     boolean wrapped = av.getWrapAlignment();
1609     try
1610     {
1611       fastPaint = !noFastPaint;
1612       fastpainting = fastPaint;
1613
1614       /*
1615        * to avoid redrawing the whole visible region, we instead
1616        * redraw just the minimal regions to remove previous highlights
1617        * and add new ones
1618        */
1619       SearchResultsI previous = av.getSearchResults();
1620       av.setSearchResults(results);
1621       boolean redrawn = false;
1622       boolean drawn = false;
1623       if (wrapped)
1624       {
1625         redrawn = drawMappedPositionsWrapped(previous);
1626         drawn = drawMappedPositionsWrapped(results);
1627         redrawn |= drawn;
1628       }
1629       else
1630       {
1631         redrawn = drawMappedPositions(previous);
1632         drawn = drawMappedPositions(results);
1633         redrawn |= drawn;
1634       }
1635
1636       /*
1637        * if highlights were either removed or added, repaint
1638        */
1639       if (redrawn)
1640       {
1641         repaint();
1642       }
1643
1644       /*
1645        * return true only if highlights were added
1646        */
1647       return drawn;
1648
1649     } finally
1650     {
1651       fastpainting = false;
1652     }
1653   }
1654
1655   /**
1656    * Redraws the minimal rectangle in the visible region (if any) that includes
1657    * mapped positions of the given search results. Whether or not positions are
1658    * highlighted depends on the SearchResults set on the Viewport. This allows
1659    * this method to be called to either clear or set highlighting. Answers true
1660    * if any positions were drawn (in which case a repaint is still required),
1661    * else false.
1662    *
1663    * @param results
1664    * @return
1665    */
1666   protected boolean drawMappedPositions(SearchResultsI results)
1667   {
1668     if (results == null)
1669     {
1670       return false;
1671     }
1672
1673     /*
1674      * calculate the minimal rectangle to redraw that
1675      * includes both new and existing search results
1676      */
1677     int firstSeq = Integer.MAX_VALUE;
1678     int lastSeq = -1;
1679     int firstCol = Integer.MAX_VALUE;
1680     int lastCol = -1;
1681     boolean matchFound = false;
1682
1683     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
1684     int firstVisibleColumn = ranges.getStartRes();
1685     int lastVisibleColumn = ranges.getEndRes();
1686     AlignmentI alignment = av.getAlignment();
1687     if (av.hasHiddenColumns())
1688     {
1689       firstVisibleColumn = alignment.getHiddenColumns()
1690               .adjustForHiddenColumns(firstVisibleColumn);
1691       lastVisibleColumn = alignment.getHiddenColumns()
1692               .adjustForHiddenColumns(lastVisibleColumn);
1693     }
1694
1695     for (int seqNo = ranges.getStartSeq(); seqNo <= ranges
1696             .getEndSeq(); seqNo++)
1697     {
1698       SequenceI seq = alignment.getSequenceAt(seqNo);
1699
1700       int[] visibleResults = results.getResults(seq, firstVisibleColumn,
1701               lastVisibleColumn);
1702       if (visibleResults != null)
1703       {
1704         for (int i = 0; i < visibleResults.length - 1; i += 2)
1705         {
1706           int firstMatchedColumn = visibleResults[i];
1707           int lastMatchedColumn = visibleResults[i + 1];
1708           if (firstMatchedColumn <= lastVisibleColumn
1709                   && lastMatchedColumn >= firstVisibleColumn)
1710           {
1711             /*
1712              * found a search results match in the visible region -
1713              * remember the first and last sequence matched, and the first
1714              * and last visible columns in the matched positions
1715              */
1716             matchFound = true;
1717             firstSeq = Math.min(firstSeq, seqNo);
1718             lastSeq = Math.max(lastSeq, seqNo);
1719             firstMatchedColumn = Math.max(firstMatchedColumn,
1720                     firstVisibleColumn);
1721             lastMatchedColumn = Math.min(lastMatchedColumn,
1722                     lastVisibleColumn);
1723             firstCol = Math.min(firstCol, firstMatchedColumn);
1724             lastCol = Math.max(lastCol, lastMatchedColumn);
1725           }
1726         }
1727       }
1728     }
1729
1730     if (matchFound)
1731     {
1732       if (av.hasHiddenColumns())
1733       {
1734         firstCol = alignment.getHiddenColumns()
1735                 .findColumnPosition(firstCol);
1736         lastCol = alignment.getHiddenColumns().findColumnPosition(lastCol);
1737       }
1738       int transX = (firstCol - ranges.getStartRes()) * av.getCharWidth();
1739       int transY = (firstSeq - ranges.getStartSeq()) * av.getCharHeight();
1740       gg.translate(transX, transY);
1741       drawPanel(gg, firstCol, lastCol, firstSeq, lastSeq, 0);
1742       gg.translate(-transX, -transY);
1743     }
1744
1745     return matchFound;
1746   }
1747
1748   @Override
1749   public void propertyChange(PropertyChangeEvent evt)
1750   {
1751     String eventName = evt.getPropertyName();
1752
1753     if (eventName.equals(SequenceGroup.SEQ_GROUP_CHANGED))
1754     {
1755       fastPaint = true;
1756       repaint();
1757       return;
1758     }
1759     else if (eventName.equals(ViewportRanges.MOVE_VIEWPORT))
1760     {
1761       fastPaint = false;
1762       repaint();
1763       return;
1764     }
1765
1766     int scrollX = 0;
1767     if (eventName.equals(ViewportRanges.STARTRES)
1768             || eventName.equals(ViewportRanges.STARTRESANDSEQ))
1769     {
1770       // Make sure we're not trying to draw a panel
1771       // larger than the visible window
1772       if (eventName.equals(ViewportRanges.STARTRES))
1773       {
1774         scrollX = (int) evt.getNewValue() - (int) evt.getOldValue();
1775       }
1776       else
1777       {
1778         scrollX = ((int[]) evt.getNewValue())[0]
1779                 - ((int[]) evt.getOldValue())[0];
1780       }
1781       ViewportRanges vpRanges = av.getRanges();
1782
1783       int range = vpRanges.getEndRes() - vpRanges.getStartRes();
1784       if (scrollX > range)
1785       {
1786         scrollX = range;
1787       }
1788       else if (scrollX < -range)
1789       {
1790         scrollX = -range;
1791       }
1792
1793       // Both scrolling and resizing change viewport ranges: scrolling changes
1794       // both start and end points, but resize only changes end values.
1795       // Here we only want to fastpaint on a scroll, with resize using a normal
1796       // paint, so scroll events are identified as changes to the horizontal or
1797       // vertical start value.
1798       if (eventName.equals(ViewportRanges.STARTRES))
1799       {
1800           if (av.getWrapAlignment())
1801           {
1802             fastPaintWrapped(scrollX);
1803           }
1804           else
1805           {
1806             fastPaint(scrollX, 0);
1807           }
1808       }
1809       else if (eventName.equals(ViewportRanges.STARTSEQ))
1810       {
1811         // scroll
1812         fastPaint(0, (int) evt.getNewValue() - (int) evt.getOldValue());
1813       }
1814       else if (eventName.equals(ViewportRanges.STARTRESANDSEQ))
1815       {
1816         if (av.getWrapAlignment())
1817         {
1818           fastPaintWrapped(scrollX);
1819         }
1820         else
1821         {
1822           fastPaint(scrollX, 0);
1823         }
1824         // bizarrely, we only need to scroll on the x value here as fastpaint
1825         // copies the full height of the image anyway. Passing in the y value
1826         // causes nasty repaint artefacts, which only disappear on a full
1827         // repaint.
1828       }
1829     }
1830   }
1831
1832   /**
1833    * Does a minimal update of the image for a scroll movement. This method
1834    * handles scroll movements of up to one width of the wrapped alignment (one
1835    * click in the vertical scrollbar). Larger movements (for example after a
1836    * scroll to highlight a mapped position) trigger a full redraw instead.
1837    *
1838    * @param scrollX
1839    *          number of positions scrolled (right if positive, left if negative)
1840    */
1841   protected void fastPaintWrapped(int scrollX)
1842   {
1843     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
1844
1845     if (Math.abs(scrollX) > ranges.getViewportWidth())
1846     {
1847       /*
1848        * shift of more than one view width is
1849        * overcomplicated to handle in this method
1850        */
1851       fastPaint = false;
1852       repaint();
1853       return;
1854     }
1855
1856     if (fastpainting || gg == null)
1857     {
1858       return;
1859     }
1860
1861     fastPaint = true;
1862     fastpainting = true;
1863
1864     try
1865     {
1866       calculateWrappedGeometry(getWidth(), getHeight());
1867
1868       /*
1869        * relocate the regions of the alignment that are still visible
1870        */
1871       shiftWrappedAlignment(-scrollX);
1872
1873       /*
1874        * add new columns (sequence, annotation)
1875        * - at top left if scrollX < 0
1876        * - at right of last two widths if scrollX > 0
1877        */
1878       if (scrollX < 0)
1879       {
1880         int startRes = ranges.getStartRes();
1881         drawWrappedWidth(gg, wrappedSpaceAboveAlignment, startRes, startRes
1882                 - scrollX - 1, getHeight());
1883       }
1884       else
1885       {
1886         fastPaintWrappedAddRight(scrollX);
1887       }
1888
1889       /*
1890        * draw all scales (if  shown) and hidden column markers
1891        */
1892       drawWrappedDecorators(gg, ranges.getStartRes());
1893
1894       repaint();
1895     } finally
1896     {
1897       fastpainting = false;
1898     }
1899   }
1900
1901   /**
1902    * Draws the specified number of columns at the 'end' (bottom right) of a
1903    * wrapped alignment view, including sequences and annotations if shown, but
1904    * not scales. Also draws the same number of columns at the right hand end of
1905    * the second last width shown, if the last width is not full height (so
1906    * cannot simply be copied from the graphics image).
1907    *
1908    * @param columns
1909    */
1910   protected void fastPaintWrappedAddRight(int columns)
1911   {
1912     if (columns == 0)
1913     {
1914       return;
1915     }
1916
1917     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
1918     int viewportWidth = ranges.getViewportWidth();
1919     int charWidth = av.getCharWidth();
1920
1921     /**
1922      * draw full height alignment in the second last row, last columns, if the
1923      * last row was not full height
1924      */
1925     int visibleWidths = wrappedVisibleWidths;
1926     int canvasHeight = getHeight();
1927     boolean lastWidthPartHeight = (wrappedVisibleWidths * wrappedRepeatHeightPx) > canvasHeight;
1928
1929     if (lastWidthPartHeight)
1930     {
1931       int widthsAbove = Math.max(0, visibleWidths - 2);
1932       int ypos = wrappedRepeatHeightPx * widthsAbove
1933               + wrappedSpaceAboveAlignment;
1934       int endRes = ranges.getEndRes();
1935       endRes += widthsAbove * viewportWidth;
1936       int startRes = endRes - columns;
1937       int xOffset = ((startRes - ranges.getStartRes()) % viewportWidth)
1938               * charWidth;
1939
1940       /*
1941        * white fill first to erase annotations
1942        */
1943       gg.translate(xOffset, 0);
1944       gg.setColor(Color.white);
1945       gg.fillRect(labelWidthWest, ypos,
1946               (endRes - startRes + 1) * charWidth, wrappedRepeatHeightPx);
1947       gg.translate(-xOffset, 0);
1948
1949       drawWrappedWidth(gg, ypos, startRes, endRes, canvasHeight);
1950     }
1951
1952     /*
1953      * draw newly visible columns in last wrapped width (none if we
1954      * have reached the end of the alignment)
1955      * y-offset for drawing last width is height of widths above,
1956      * plus one gap row
1957      */
1958     int widthsAbove = visibleWidths - 1;
1959     int ypos = wrappedRepeatHeightPx * widthsAbove
1960             + wrappedSpaceAboveAlignment;
1961     int endRes = ranges.getEndRes();
1962     endRes += widthsAbove * viewportWidth;
1963     int startRes = endRes - columns + 1;
1964
1965     /*
1966      * white fill first to erase annotations
1967      */
1968     int xOffset = ((startRes - ranges.getStartRes()) % viewportWidth)
1969             * charWidth;
1970     gg.translate(xOffset, 0);
1971     gg.setColor(Color.white);
1972     int width = viewportWidth * charWidth - xOffset;
1973     gg.fillRect(labelWidthWest, ypos, width, wrappedRepeatHeightPx);
1974     gg.translate(-xOffset, 0);
1975
1976     gg.setFont(av.getFont());
1977     gg.setColor(Color.black);
1978
1979     if (startRes < ranges.getVisibleAlignmentWidth())
1980     {
1981       drawWrappedWidth(gg, ypos, startRes, endRes, canvasHeight);
1982     }
1983
1984     /*
1985      * and finally, white fill any space below the visible alignment
1986      */
1987     int heightBelow = canvasHeight - visibleWidths * wrappedRepeatHeightPx;
1988     if (heightBelow > 0)
1989     {
1990       gg.setColor(Color.white);
1991       gg.fillRect(0, canvasHeight - heightBelow, getWidth(), heightBelow);
1992     }
1993   }
1994
1995   /**
1996    * Shifts the visible alignment by the specified number of columns - left if
1997    * negative, right if positive. Copies and moves sequences and annotations (if
1998    * shown). Scales, hidden column markers and any newly visible columns must be
1999    * drawn separately.
2000    *
2001    * @param positions
2002    */
2003   protected void shiftWrappedAlignment(int positions)
2004   {
2005     if (positions == 0)
2006     {
2007       return;
2008     }
2009     int charWidth = av.getCharWidth();
2010
2011     int canvasHeight = getHeight();
2012     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
2013     int viewportWidth = ranges.getViewportWidth();
2014     int widthToCopy = (ranges.getViewportWidth() - Math.abs(positions))
2015             * charWidth;
2016     int heightToCopy = wrappedRepeatHeightPx - wrappedSpaceAboveAlignment;
2017     int xMax = ranges.getVisibleAlignmentWidth();
2018
2019     if (positions > 0)
2020     {
2021       /*
2022        * shift right (after scroll left)
2023        * for each wrapped width (starting with the last), copy (width-positions)
2024        * columns from the left margin to the right margin, and copy positions
2025        * columns from the right margin of the row above (if any) to the
2026        * left margin of the current row
2027        */
2028
2029       /*
2030        * get y-offset of last wrapped width, first row of sequences
2031        */
2032       int y = canvasHeight / wrappedRepeatHeightPx * wrappedRepeatHeightPx;
2033       y += wrappedSpaceAboveAlignment;
2034       int copyFromLeftStart = labelWidthWest;
2035       int copyFromRightStart = copyFromLeftStart + widthToCopy;
2036
2037       while (y >= 0)
2038       {
2039         gg.copyArea(copyFromLeftStart, y, widthToCopy, heightToCopy,
2040                 positions * charWidth, 0);
2041         if (y > 0)
2042         {
2043           gg.copyArea(copyFromRightStart, y - wrappedRepeatHeightPx,
2044                   positions * charWidth, heightToCopy, -widthToCopy,
2045                   wrappedRepeatHeightPx);
2046         }
2047
2048         y -= wrappedRepeatHeightPx;
2049       }
2050     }
2051     else
2052     {
2053       /*
2054        * shift left (after scroll right)
2055        * for each wrapped width (starting with the first), copy (width-positions)
2056        * columns from the right margin to the left margin, and copy positions
2057        * columns from the left margin of the row below (if any) to the
2058        * right margin of the current row
2059        */
2060       int xpos = av.getRanges().getStartRes();
2061       int y = wrappedSpaceAboveAlignment;
2062       int copyFromRightStart = labelWidthWest - positions * charWidth;
2063
2064       while (y < canvasHeight)
2065       {
2066         gg.copyArea(copyFromRightStart, y, widthToCopy, heightToCopy,
2067                 positions * charWidth, 0);
2068         if (y + wrappedRepeatHeightPx < canvasHeight - wrappedRepeatHeightPx
2069                 && (xpos + viewportWidth <= xMax))
2070         {
2071           gg.copyArea(labelWidthWest, y + wrappedRepeatHeightPx, -positions
2072                   * charWidth, heightToCopy, widthToCopy,
2073                   -wrappedRepeatHeightPx);
2074         }
2075
2076         y += wrappedRepeatHeightPx;
2077         xpos += viewportWidth;
2078       }
2079     }
2080   }
2081
2082
2083   /**
2084    * Redraws any positions in the search results in the visible region of a
2085    * wrapped alignment. Any highlights are drawn depending on the search results
2086    * set on the Viewport, not the <code>results</code> argument. This allows
2087    * this method to be called either to clear highlights (passing the previous
2088    * search results), or to draw new highlights.
2089    *
2090    * @param results
2091    * @return
2092    */
2093   protected boolean drawMappedPositionsWrapped(SearchResultsI results)
2094   {
2095     if (results == null)
2096     {
2097       return false;
2098     }
2099     int charHeight = av.getCharHeight();
2100
2101     boolean matchFound = false;
2102
2103     calculateWrappedGeometry(getWidth(), getHeight());
2104     int wrappedWidth = av.getWrappedWidth();
2105     int wrappedHeight = wrappedRepeatHeightPx;
2106
2107     ViewportRanges ranges = av.getRanges();
2108     int canvasHeight = getHeight();
2109     int repeats = canvasHeight / wrappedHeight;
2110     if (canvasHeight / wrappedHeight > 0)
2111     {
2112       repeats++;
2113     }
2114
2115     int firstVisibleColumn = ranges.getStartRes();
2116     int lastVisibleColumn = ranges.getStartRes() + repeats
2117             * ranges.getViewportWidth() - 1;
2118
2119     AlignmentI alignment = av.getAlignment();
2120     if (av.hasHiddenColumns())
2121     {
2122       firstVisibleColumn = alignment.getHiddenColumns()
2123               .adjustForHiddenColumns(firstVisibleColumn);
2124       lastVisibleColumn = alignment.getHiddenColumns()
2125               .adjustForHiddenColumns(lastVisibleColumn);
2126     }
2127
2128     int gapHeight = charHeight * (av.getScaleAboveWrapped() ? 2 : 1);
2129
2130     for (int seqNo = ranges.getStartSeq(); seqNo <= ranges
2131             .getEndSeq(); seqNo++)
2132     {
2133       SequenceI seq = alignment.getSequenceAt(seqNo);
2134
2135       int[] visibleResults = results.getResults(seq, firstVisibleColumn,
2136               lastVisibleColumn);
2137       if (visibleResults != null)
2138       {
2139         for (int i = 0; i < visibleResults.length - 1; i += 2)
2140         {
2141           int firstMatchedColumn = visibleResults[i];
2142           int lastMatchedColumn = visibleResults[i + 1];
2143           if (firstMatchedColumn <= lastVisibleColumn
2144                   && lastMatchedColumn >= firstVisibleColumn)
2145           {
2146             /*
2147              * found a search results match in the visible region
2148              */
2149             firstMatchedColumn = Math.max(firstMatchedColumn,
2150                     firstVisibleColumn);
2151             lastMatchedColumn = Math.min(lastMatchedColumn,
2152                     lastVisibleColumn);
2153
2154             /*
2155              * draw each mapped position separately (as contiguous positions may
2156              * wrap across lines)
2157              */
2158             for (int mappedPos = firstMatchedColumn; mappedPos <= lastMatchedColumn; mappedPos++)
2159             {
2160               int displayColumn = mappedPos;
2161               if (av.hasHiddenColumns())
2162               {
2163                 displayColumn = alignment.getHiddenColumns()
2164                         .findColumnPosition(displayColumn);
2165               }
2166
2167               /*
2168                * transX: offset from left edge of canvas to residue position
2169                */
2170               int transX = labelWidthWest
2171                       + ((displayColumn - ranges.getStartRes()) % wrappedWidth)
2172                       * av.getCharWidth();
2173
2174               /*
2175                * transY: offset from top edge of canvas to residue position
2176                */
2177               int transY = gapHeight;
2178               transY += (displayColumn - ranges.getStartRes())
2179                       / wrappedWidth * wrappedHeight;
2180               transY += (seqNo - ranges.getStartSeq()) * av.getCharHeight();
2181
2182               /*
2183                * yOffset is from graphics origin to start of visible region
2184                */
2185               int yOffset = 0;// (displayColumn / wrappedWidth) * wrappedHeight;
2186               if (transY < getHeight())
2187               {
2188                 matchFound = true;
2189                 gg.translate(transX, transY);
2190                 drawPanel(gg, displayColumn, displayColumn, seqNo, seqNo,
2191                         yOffset);
2192                 gg.translate(-transX, -transY);
2193               }
2194             }
2195           }
2196         }
2197       }
2198     }
2199
2200     return matchFound;
2201   }
2202
2203   /**
2204    * Answers the width in pixels of the left scale labels (0 if not shown)
2205    *
2206    * @return
2207    */
2208   int getLabelWidthWest()
2209   {
2210     return labelWidthWest;
2211   }
2212 }