src/jalview/gui/SeqPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewportI;
  24 import jalview.bin.Cache;
  25 import jalview.commands.EditCommand;
  26 import jalview.commands.EditCommand.Action;
  27 import jalview.commands.EditCommand.Edit;
  28 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  29 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  30 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  31 import jalview.datamodel.SearchResultMatchI;
  32 import jalview.datamodel.SearchResults;
  33 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
  34 import jalview.datamodel.Sequence;
  35 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  36 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  37 import jalview.datamodel.SequenceI;
  38 import jalview.io.SequenceAnnotationReport;
  39 import jalview.renderer.ResidueShaderI;
  40 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  41 import jalview.structure.SelectionListener;
  42 import jalview.structure.SelectionSource;
  43 import jalview.structure.SequenceListener;
  44 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  45 import jalview.structure.VamsasSource;
  46 import jalview.util.Comparison;
  47 import jalview.util.MappingUtils;
  48 import jalview.util.MessageManager;
  49 import jalview.util.Platform;
  50 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  51
  52 import java.awt.BorderLayout;
  53 import java.awt.Color;
  54 import java.awt.Font;
  55 import java.awt.FontMetrics;
  56 import java.awt.Point;
  57 import java.awt.event.MouseEvent;
  58 import java.awt.event.MouseListener;
  59 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  60 import java.awt.event.MouseWheelEvent;
  61 import java.awt.event.MouseWheelListener;
  62 import java.util.ArrayList;
  63 import java.util.Collections;
  64 import java.util.List;
  65 import java.util.ListIterator;
  66
  67 import javax.swing.JPanel;
  68 import javax.swing.SwingUtilities;
  69 import javax.swing.ToolTipManager;
  70
  71 /**
  72  * DOCUMENT ME!
  73  *
  74  * @author $author$
  75  * @version $Revision: 1.130 $
  76  */
  77 public class SeqPanel extends JPanel implements MouseListener,
  78         MouseMotionListener, MouseWheelListener, SequenceListener,
  79         SelectionListener
  80
  81 {
  82   /** DOCUMENT ME!! */
  83   public SeqCanvas seqCanvas;
  84
  85   /** DOCUMENT ME!! */
  86   public AlignmentPanel ap;
  87
  88   protected int lastres;
  89
  90   protected int startseq;
  91
  92   protected AlignViewport av;
  93
  94   ScrollThread scrollThread = null;
  95
  96   boolean mouseDragging = false;
  97
  98   boolean editingSeqs = false;
  99
 100   boolean groupEditing = false;
 101
 102   // ////////////////////////////////////////
 103   // ///Everything below this is for defining the boundary of the rubberband
 104   // ////////////////////////////////////////
 105   int oldSeq = -1;
 106
 107   boolean changeEndSeq = false;
 108
 109   boolean changeStartSeq = false;
 110
 111   boolean changeEndRes = false;
 112
 113   boolean changeStartRes = false;
 114
 115   SequenceGroup stretchGroup = null;
 116
 117   boolean remove = false;
 118
 119   Point lastMousePress;
 120
 121   boolean mouseWheelPressed = false;
 122
 123   StringBuffer keyboardNo1;
 124
 125   StringBuffer keyboardNo2;
 126
 127   java.net.URL linkImageURL;
 128
 129   private final SequenceAnnotationReport seqARep;
 130
 131   StringBuilder tooltipText = new StringBuilder();
 132
 133   String tmpString;
 134
 135   EditCommand editCommand;
 136
 137   StructureSelectionManager ssm;
 138
 139   SearchResultsI lastSearchResults;
 140
 141   /**
 142    * Creates a new SeqPanel object.
 143    *
 144    * @param avp
 145    *          DOCUMENT ME!
 146    * @param p
 147    *          DOCUMENT ME!
 148    */
 149   public SeqPanel(AlignViewport av, AlignmentPanel ap)
 150   {
 151     linkImageURL = getClass().getResource("/images/link.gif");
 152     seqARep = new SequenceAnnotationReport(linkImageURL.toString());
 153     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);
 154     ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);
 155     ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);
 156     this.av = av;
 157     setBackground(Color.white);
 158
 159     seqCanvas = new SeqCanvas(ap);
 160     setLayout(new BorderLayout());
 161     add(seqCanvas, BorderLayout.CENTER);
 162
 163     this.ap = ap;
 164
 165     if (!av.isDataset())
 166     {
 167       addMouseMotionListener(this);
 168       addMouseListener(this);
 169       addMouseWheelListener(this);
 170       ssm = av.getStructureSelectionManager();
 171       ssm.addStructureViewerListener(this);
 172       ssm.addSelectionListener(this);
 173     }
 174   }
 175
 176   int startWrapBlock = -1;
 177
 178   int wrappedBlock = -1;
 179
 180   /**
 181    * Returns the aligned sequence position (base 0) at the mouse position, or
 182    * the closest visible one
 183    *
 184    * @param evt
 185    * @return
 186    */
 187   int findColumn(MouseEvent evt)
 188   {
 189     int res = 0;
 190     int x = evt.getX();
 191
 192     int startRes = av.getRanges().getStartRes();
 193     if (av.getWrapAlignment())
 194     {
 195
 196       int hgap = av.getCharHeight();
 197       if (av.getScaleAboveWrapped())
 198       {
 199         hgap += av.getCharHeight();
 200       }
 201
 202       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.getCharHeight()
 203               + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();
 204
 205       int y = evt.getY();
 206       y -= hgap;
 207       x = Math.max(0, x - seqCanvas.LABEL_WEST);
 208
 209       int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(this.getWidth());
 210       if (cwidth < 1)
 211       {
 212         return 0;
 213       }
 214
 215       wrappedBlock = y / cHeight;
 216       wrappedBlock += startRes / cwidth;
 217       // allow for wrapped view scrolled right (possible from Overview)
 218       int startOffset = startRes % cwidth;
 219       res = wrappedBlock * cwidth + startOffset
 220               + +Math.min(cwidth - 1, x / av.getCharWidth());
 221     }
 222     else
 223     {
 224       if (x > seqCanvas.getX() + seqCanvas.getWidth())
 225       {
 226         // make sure we calculate relative to visible alignment, rather than
 227         // right-hand gutter
 228         x = seqCanvas.getX() + seqCanvas.getWidth();
 229       }
 230       res = (x / av.getCharWidth()) + startRes;
 231       if (res > av.getRanges().getEndRes())
 232       {
 233         // moused off right
 234         res = av.getRanges().getEndRes();
 235       }
 236     }
 237
 238     if (av.hasHiddenColumns())
 239     {
 240       res = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 241               .adjustForHiddenColumns(res);
 242     }
 243
 244     return res;
 245
 246   }
 247
 248   int findSeq(MouseEvent evt)
 249   {
 250     int seq = 0;
 251     int y = evt.getY();
 252
 253     if (av.getWrapAlignment())
 254     {
 255       int hgap = av.getCharHeight();
 256       if (av.getScaleAboveWrapped())
 257       {
 258         hgap += av.getCharHeight();
 259       }
 260
 261       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.getCharHeight()
 262               + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();
 263
 264       y -= hgap;
 265
 266       seq = Math.min((y % cHeight) / av.getCharHeight(), av.getAlignment()
 267               .getHeight() - 1);
 268     }
 269     else
 270     {
 271       seq = Math.min((y / av.getCharHeight())
 272               + av.getRanges().getStartSeq(),
 273               av
 274               .getAlignment().getHeight() - 1);
 275     }
 276
 277     return seq;
 278   }
 279
 280   /**
 281    * When all of a sequence of edits are complete, put the resulting edit list
 282    * on the history stack (undo list), and reset flags for editing in progress.
 283    */
 284   void endEditing()
 285   {
 286     try
 287     {
 288       if (editCommand != null && editCommand.getSize() > 0)
 289       {
 290         ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
 291         av.firePropertyChange("alignment", null, av.getAlignment()
 292                 .getSequences());
 293       }
 294     } finally
 295     {
 296       /*
 297        * Tidy up come what may...
 298        */
 299       startseq = -1;
 300       lastres = -1;
 301       editingSeqs = false;
 302       groupEditing = false;
 303       keyboardNo1 = null;
 304       keyboardNo2 = null;
 305       editCommand = null;
 306     }
 307   }
 308
 309   void setCursorRow()
 310   {
 311     seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo1() - 1;
 312     scrollToVisible();
 313   }
 314
 315   void setCursorColumn()
 316   {
 317     seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;
 318     scrollToVisible();
 319   }
 320
 321   void setCursorRowAndColumn()
 322   {
 323     if (keyboardNo2 == null)
 324     {
 325       keyboardNo2 = new StringBuffer();
 326     }
 327     else
 328     {
 329       seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;
 330       seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo2() - 1;
 331       scrollToVisible();
 332     }
 333   }
 334
 335   void setCursorPosition()
 336   {
 337     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);
 338
 339     seqCanvas.cursorX = sequence.findIndex(getKeyboardNo1()) - 1;
 340     scrollToVisible();
 341   }
 342
 343   void moveCursor(int dx, int dy)
 344   {
 345     seqCanvas.cursorX += dx;
 346     seqCanvas.cursorY += dy;
 347
 348     HiddenColumns hidden = av.getAlignment().getHiddenColumns();
 349
 350     if (av.hasHiddenColumns()
 351  && !hidden.isVisible(seqCanvas.cursorX))
 352     {
 353       int original = seqCanvas.cursorX - dx;
 354       int maxWidth = av.getAlignment().getWidth();
 355
 356       while (!hidden.isVisible(seqCanvas.cursorX)
 357               && seqCanvas.cursorX < maxWidth && seqCanvas.cursorX > 0)
 358       {
 359         seqCanvas.cursorX += dx;
 360       }
 361
 362       if (seqCanvas.cursorX >= maxWidth
 363               || !hidden.isVisible(seqCanvas.cursorX))
 364       {
 365         seqCanvas.cursorX = original;
 366       }
 367     }
 368
 369     scrollToVisible();
 370   }
 371
 372   void scrollToVisible()
 373   {
 374     if (seqCanvas.cursorX < 0)
 375     {
 376       seqCanvas.cursorX = 0;
 377     }
 378     else if (seqCanvas.cursorX > av.getAlignment().getWidth() - 1)
 379     {
 380       seqCanvas.cursorX = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 381     }
 382
 383     if (seqCanvas.cursorY < 0)
 384     {
 385       seqCanvas.cursorY = 0;
 386     }
 387     else if (seqCanvas.cursorY > av.getAlignment().getHeight() - 1)
 388     {
 389       seqCanvas.cursorY = av.getAlignment().getHeight() - 1;
 390     }
 391
 392     endEditing();
 393     if (av.getWrapAlignment())
 394     {
 395       av.getRanges().scrollToWrappedVisible(seqCanvas.cursorX);
 396     }
 397     else
 398     {
 399       av.getRanges().scrollToVisible(seqCanvas.cursorX, seqCanvas.cursorY);
 400     }
 401     setStatusMessage(av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY),
 402             seqCanvas.cursorX, seqCanvas.cursorY);
 403
 404     seqCanvas.repaint();
 405   }
 406
 407   void setSelectionAreaAtCursor(boolean topLeft)
 408   {
 409     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);
 410
 411     if (av.getSelectionGroup() != null)
 412     {
 413       SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
 414       // Find the top and bottom of this group
 415       int min = av.getAlignment().getHeight(), max = 0;
 416       for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)
 417       {
 418         int index = av.getAlignment().findIndex(sg.getSequenceAt(i));
 419         if (index > max)
 420         {
 421           max = index;
 422         }
 423         if (index < min)
 424         {
 425           min = index;
 426         }
 427       }
 428
 429       max++;
 430
 431       if (topLeft)
 432       {
 433         sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 434         if (sg.getEndRes() < seqCanvas.cursorX)
 435         {
 436           sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 437         }
 438
 439         min = seqCanvas.cursorY;
 440       }
 441       else
 442       {
 443         sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 444         if (sg.getStartRes() > seqCanvas.cursorX)
 445         {
 446           sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 447         }
 448
 449         max = seqCanvas.cursorY + 1;
 450       }
 451
 452       if (min > max)
 453       {
 454         // Only the user can do this
 455         av.setSelectionGroup(null);
 456       }
 457       else
 458       {
 459         // Now add any sequences between min and max
 460         sg.getSequences(null).clear();
 461         for (int i = min; i < max; i++)
 462         {
 463           sg.addSequence(av.getAlignment().getSequenceAt(i), false);
 464         }
 465       }
 466     }
 467
 468     if (av.getSelectionGroup() == null)
 469     {
 470       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 471       sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 472       sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 473       sg.addSequence(sequence, false);
 474       av.setSelectionGroup(sg);
 475     }
 476
 477     ap.paintAlignment(false);
 478     av.sendSelection();
 479   }
 480
 481   void insertGapAtCursor(boolean group)
 482   {
 483     groupEditing = group;
 484     startseq = seqCanvas.cursorY;
 485     lastres = seqCanvas.cursorX;
 486     editSequence(true, false, seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1());
 487     endEditing();
 488   }
 489
 490   void deleteGapAtCursor(boolean group)
 491   {
 492     groupEditing = group;
 493     startseq = seqCanvas.cursorY;
 494     lastres = seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1();
 495     editSequence(false, false, seqCanvas.cursorX);
 496     endEditing();
 497   }
 498
 499   void insertNucAtCursor(boolean group, String nuc)
 500   {
 501     // TODO not called - delete?
 502     groupEditing = group;
 503     startseq = seqCanvas.cursorY;
 504     lastres = seqCanvas.cursorX;
 505     editSequence(false, true, seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1());
 506     endEditing();
 507   }
 508
 509   void numberPressed(char value)
 510   {
 511     if (keyboardNo1 == null)
 512     {
 513       keyboardNo1 = new StringBuffer();
 514     }
 515
 516     if (keyboardNo2 != null)
 517     {
 518       keyboardNo2.append(value);
 519     }
 520     else
 521     {
 522       keyboardNo1.append(value);
 523     }
 524   }
 525
 526   int getKeyboardNo1()
 527   {
 528     try
 529     {
 530       if (keyboardNo1 != null)
 531       {
 532         int value = Integer.parseInt(keyboardNo1.toString());
 533         keyboardNo1 = null;
 534         return value;
 535       }
 536     } catch (Exception x)
 537     {
 538     }
 539     keyboardNo1 = null;
 540     return 1;
 541   }
 542
 543   int getKeyboardNo2()
 544   {
 545     try
 546     {
 547       if (keyboardNo2 != null)
 548       {
 549         int value = Integer.parseInt(keyboardNo2.toString());
 550         keyboardNo2 = null;
 551         return value;
 552       }
 553     } catch (Exception x)
 554     {
 555     }
 556     keyboardNo2 = null;
 557     return 1;
 558   }
 559
 560   /**
 561    * DOCUMENT ME!
 562    *
 563    * @param evt
 564    *          DOCUMENT ME!
 565    */
 566   @Override
 567   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 568   {
 569     boolean didDrag = mouseDragging; // did we come here after a drag
 570     mouseDragging = false;
 571     mouseWheelPressed = false;
 572
 573     if (evt.isPopupTrigger()) // Windows: mouseReleased
 574     {
 575       showPopupMenu(evt);
 576       evt.consume();
 577       return;
 578     }
 579
 580     if (!editingSeqs)
 581     {
 582       doMouseReleasedDefineMode(evt, didDrag);
 583       return;
 584     }
 585
 586     endEditing();
 587   }
 588
 589   /**
 590    * DOCUMENT ME!
 591    *
 592    * @param evt
 593    *          DOCUMENT ME!
 594    */
 595   @Override
 596   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 597   {
 598     lastMousePress = evt.getPoint();
 599
 600     if (SwingUtilities.isMiddleMouseButton(evt))
 601     {
 602       mouseWheelPressed = true;
 603       return;
 604     }
 605
 606     boolean isControlDown = Platform.isControlDown(evt);
 607     if (evt.isShiftDown() || isControlDown)
 608     {
 609       editingSeqs = true;
 610       if (isControlDown)
 611       {
 612         groupEditing = true;
 613       }
 614     }
 615     else
 616     {
 617       doMousePressedDefineMode(evt);
 618       return;
 619     }
 620
 621     int seq = findSeq(evt);
 622     int res = findColumn(evt);
 623
 624     if (seq < 0 || res < 0)
 625     {
 626       return;
 627     }
 628
 629     if ((seq < av.getAlignment().getHeight())
 630             && (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))
 631     {
 632       startseq = seq;
 633       lastres = res;
 634     }
 635     else
 636     {
 637       startseq = -1;
 638       lastres = -1;
 639     }
 640
 641     return;
 642   }
 643
 644   String lastMessage;
 645
 646   @Override
 647   public void mouseOverSequence(SequenceI sequence, int index, int pos)
 648   {
 649     String tmp = sequence.hashCode() + " " + index + " " + pos;
 650
 651     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(tmp))
 652     {
 653       // System.err.println("mouseOver Sequence: "+tmp);
 654       ssm.mouseOverSequence(sequence, index, pos, av);
 655     }
 656     lastMessage = tmp;
 657   }
 658
 659   /**
 660    * Highlight the mapped region described by the search results object (unless
 661    * unchanged). This supports highlight of protein while mousing over linked
 662    * cDNA and vice versa. The status bar is also updated to show the location of
 663    * the start of the highlighted region.
 664    */
 665   @Override
 666   public void highlightSequence(SearchResultsI results)
 667   {
 668     if (results == null || results.equals(lastSearchResults))
 669     {
 670       return;
 671     }
 672     lastSearchResults = results;
 673
 674     if (av.isFollowHighlight())
 675     {
 676       // don't allow highlight of protein/cDNA to also scroll a complementary
 677       // panel,as this sets up a feedback loop (scrolling panel 1 causes moused
 678       // over residue to change abruptly, causing highlighted residue in panel 2
 679       // to change, causing a scroll in panel 1 etc)
 680       ap.setToScrollComplementPanel(false);
 681       if (ap.scrollToPosition(results, false))
 682       {
 683         seqCanvas.revalidate();
 684       }
 685       ap.setToScrollComplementPanel(true);
 686     }
 687     setStatusMessage(results);
 688     seqCanvas.highlightSearchResults(results);
 689   }
 690
 691   @Override
 692   public VamsasSource getVamsasSource()
 693   {
 694     return this.ap == null ? null : this.ap.av;
 695   }
 696
 697   @Override
 698   public void updateColours(SequenceI seq, int index)
 699   {
 700     System.out.println("update the seqPanel colours");
 701     // repaint();
 702   }
 703
 704   /**
 705    * DOCUMENT ME!
 706    *
 707    * @param evt
 708    *          DOCUMENT ME!
 709    */
 710   @Override
 711   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 712   {
 713     if (editingSeqs)
 714     {
 715       // This is because MacOSX creates a mouseMoved
 716       // If control is down, other platforms will not.
 717       mouseDragged(evt);
 718     }
 719
 720     final int column = findColumn(evt);
 721     int seq = findSeq(evt);
 722     if (column < 0 || seq < 0 || seq >= av.getAlignment().getHeight())
 723     {
 724       return;
 725     }
 726
 727     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
 728
 729     if (column >= sequence.getLength())
 730     {
 731       return;
 732     }
 733
 734     /*
 735      * set status bar message, returning residue position in sequence
 736      */
 737     boolean isGapped = Comparison.isGap(sequence.getCharAt(column));
 738     final int pos = setStatusMessage(sequence, column, seq);
 739     if (ssm != null && !isGapped)
 740     {
 741       mouseOverSequence(sequence, column, pos);
 742     }
 743
 744     tooltipText.setLength(6); // Cuts the buffer back to <html>
 745
 746     SequenceGroup[] groups = av.getAlignment().findAllGroups(sequence);
 747     if (groups != null)
 748     {
 749       for (int g = 0; g < groups.length; g++)
 750       {
 751         if (groups[g].getStartRes() <= column
 752                 && groups[g].getEndRes() >= column)
 753         {
 754           if (!groups[g].getName().startsWith("JTreeGroup")
 755                   && !groups[g].getName().startsWith("JGroup"))
 756           {
 757             tooltipText.append(groups[g].getName());
 758           }
 759
 760           if (groups[g].getDescription() != null)
 761           {
 762             tooltipText.append(": " + groups[g].getDescription());
 763           }
 764         }
 765       }
 766     }
 767
 768     /*
 769      * add any features at the position to the tooltip; if over a gap, only
 770      * add features that straddle the gap (pos may be the residue before or
 771      * after the gap)
 772      */
 773     if (av.isShowSequenceFeatures())
 774     {
 775       List<SequenceFeature> features = ap.getFeatureRenderer()
 776               .findFeaturesAtRes(sequence.getDatasetSequence(), pos);
 777       if (isGapped)
 778       {
 779         removeAdjacentFeatures(features, column + 1, sequence);
 780       }
 781       seqARep.appendFeatures(tooltipText, pos, features,
 782               this.ap.getSeqPanel().seqCanvas.fr.getMinMax());
 783     }
 784     if (tooltipText.length() == 6) // <html>
 785     {
 786       setToolTipText(null);
 787       lastTooltip = null;
 788     }
 789     else
 790     {
 791       if (lastTooltip == null
 792               || !lastTooltip.equals(tooltipText.toString()))
 793       {
 794         String formatedTooltipText = JvSwingUtils.wrapTooltip(true,
 795                 tooltipText.toString());
 796         // String formatedTooltipText = tooltipText.toString();
 797         setToolTipText(formatedTooltipText);
 798         lastTooltip = tooltipText.toString();
 799       }
 800
 801     }
 802
 803   }
 804
 805   /**
 806    * Removes from the list of features any that start after, or end before, the
 807    * given column position. This allows us to retain only those features
 808    * adjacent to a gapped position that straddle the position. Contact features
 809    * that 'straddle' the position are also removed, since they are not 'at' the
 810    * position.
 811    *
 812    * @param features
 813    * @param column
 814    *          alignment column (1..)
 815    * @param sequence
 816    */
 817   protected void removeAdjacentFeatures(List<SequenceFeature> features,
 818           final int column, SequenceI sequence)
 819   {
 820     // TODO should this be an AlignViewController method (and reused by applet)?
 821     ListIterator<SequenceFeature> it = features.listIterator();
 822     while (it.hasNext())
 823     {
 824       SequenceFeature sf = it.next();
 825       if (sf.isContactFeature()
 826               || sequence.findIndex(sf.getBegin()) > column
 827               || sequence.findIndex(sf.getEnd()) < column)
 828       {
 829         it.remove();
 830       }
 831     }
 832   }
 833
 834   private Point lastp = null;
 835
 836   /*
 837    * (non-Javadoc)
 838    *
 839    * @see javax.swing.JComponent#getToolTipLocation(java.awt.event.MouseEvent)
 840    */
 841   @Override
 842   public Point getToolTipLocation(MouseEvent event)
 843   {
 844     int x = event.getX(), w = getWidth();
 845     int wdth = (w - x < 200) ? -(w / 2) : 5; // switch sides when tooltip is too
 846     // close to edge
 847     Point p = lastp;
 848     if (!event.isShiftDown() || p == null)
 849     {
 850       p = (tooltipText != null && tooltipText.length() > 6) ? new Point(
 851               event.getX() + wdth, event.getY() - 20) : null;
 852     }
 853     /*
 854      * TODO: try to modify position region is not obcured by tooltip
 855      */
 856     return lastp = p;
 857   }
 858
 859   String lastTooltip;
 860
 861   /**
 862    * set when the current UI interaction has resulted in a change that requires
 863    * overview shading to be recalculated. this could be changed to something
 864    * more expressive that indicates what actually has changed, so selective
 865    * redraws can be applied
 866    */
 867   private boolean needOverviewUpdate = false; // TODO: refactor to avcontroller
 868
 869   /**
 870    * set if av.getSelectionGroup() refers to a group that is defined on the
 871    * alignment view, rather than a transient selection
 872    */
 873   // private boolean editingDefinedGroup = false; // TODO: refactor to
 874   // avcontroller or viewModel
 875
 876   /**
 877    * Sets the status message in alignment panel, showing the sequence number
 878    * (index) and id, and residue and residue position if not at a gap, for the
 879    * given sequence and column position. Returns the residue position returned
 880    * by Sequence.findPosition. Note this may be for the nearest adjacent residue
 881    * if at a gapped position.
 882    *
 883    * @param sequence
 884    *          aligned sequence object
 885    * @param column
 886    *          alignment column
 887    * @param seq
 888    *          index of sequence in alignment
 889    * @return sequence position of residue at column, or adjacent residue if at a
 890    *         gap
 891    */
 892   int setStatusMessage(SequenceI sequence, final int column, int seq)
 893   {
 894     StringBuilder text = new StringBuilder(32);
 895
 896     /*
 897      * Sequence number (if known), and sequence name.
 898      */
 899     String seqno = seq == -1 ? "" : " " + (seq + 1);
 900     text.append("Sequence").append(seqno).append(" ID: ")
 901             .append(sequence.getName());
 902
 903     String residue = null;
 904
 905     /*
 906      * Try to translate the display character to residue name (null for gap).
 907      */
 908     final String displayChar = String.valueOf(sequence.getCharAt(column));
 909     boolean isGapped = Comparison.isGap(sequence.getCharAt(column));
 910     int pos = sequence.findPosition(column);
 911
 912     if (!isGapped)
 913     {
 914       boolean nucleotide = av.getAlignment().isNucleotide();
 915       if (nucleotide)
 916       {
 917         residue = ResidueProperties.nucleotideName.get(displayChar);
 918       }
 919       else
 920       {
 921         residue = "X".equalsIgnoreCase(displayChar) ? "X" : ("*"
 922                 .equals(displayChar) ? "STOP"
 923                 : ResidueProperties.aa2Triplet.get(displayChar));
 924       }
 925       text.append(" ").append(nucleotide ? "Nucleotide" : "Residue")
 926               .append(": ").append(residue == null ? displayChar : residue);
 927
 928       text.append(" (").append(Integer.toString(pos)).append(")");
 929     }
 930     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());
 931
 932     return pos;
 933   }
 934
 935   /**
 936    * Set the status bar message to highlight the first matched position in
 937    * search results.
 938    *
 939    * @param results
 940    */
 941   private void setStatusMessage(SearchResultsI results)
 942   {
 943     AlignmentI al = this.av.getAlignment();
 944     int sequenceIndex = al.findIndex(results);
 945     if (sequenceIndex == -1)
 946     {
 947       return;
 948     }
 949     SequenceI ds = al.getSequenceAt(sequenceIndex).getDatasetSequence();
 950     for (SearchResultMatchI m : results.getResults())
 951     {
 952       SequenceI seq = m.getSequence();
 953       if (seq.getDatasetSequence() != null)
 954       {
 955         seq = seq.getDatasetSequence();
 956       }
 957
 958       if (seq == ds)
 959       {
 960         /*
 961          * Convert position in sequence (base 1) to sequence character array
 962          * index (base 0)
 963          */
 964         int start = m.getStart() - m.getSequence().getStart();
 965         setStatusMessage(seq, start, sequenceIndex);
 966         return;
 967       }
 968     }
 969   }
 970
 971   /**
 972    * {@inheritDoc}
 973    */
 974   @Override
 975   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 976   {
 977     if (mouseWheelPressed)
 978     {
 979       boolean inSplitFrame = ap.av.getCodingComplement() != null;
 980       boolean copyChanges = inSplitFrame && av.isProteinFontAsCdna();
 981
 982       int oldWidth = av.getCharWidth();
 983
 984       // Which is bigger, left-right or up-down?
 985       if (Math.abs(evt.getY() - lastMousePress.getY()) > Math.abs(evt
 986               .getX() - lastMousePress.getX()))
 987       {
 988         /*
 989          * on drag up or down, decrement or increment font size
 990          */
 991         int fontSize = av.font.getSize();
 992         boolean fontChanged = false;
 993
 994         if (evt.getY() < lastMousePress.getY())
 995         {
 996           fontChanged = true;
 997           fontSize--;
 998         }
 999         else if (evt.getY() > lastMousePress.getY())
1000         {
1001           fontChanged = true;
1002           fontSize++;
1003         }
1004
1005         if (fontSize < 1)
1006         {
1007           fontSize = 1;
1008         }
1009
1010         if (fontChanged)
1011         {
1012           Font newFont = new Font(av.font.getName(), av.font.getStyle(),
1013                   fontSize);
1014           av.setFont(newFont, true);
1015           av.setCharWidth(oldWidth);
1016           ap.fontChanged();
1017           if (copyChanges)
1018           {
1019             ap.av.getCodingComplement().setFont(newFont, true);
1020             SplitFrame splitFrame = (SplitFrame) ap.alignFrame
1021                     .getSplitViewContainer();
1022             splitFrame.adjustLayout();
1023             splitFrame.repaint();
1024           }
1025         }
1026       }
1027       else
1028       {
1029         /*
1030          * on drag left or right, decrement or increment character width
1031          */
1032         int newWidth = 0;
1033         if (evt.getX() < lastMousePress.getX() && av.getCharWidth() > 1)
1034         {
1035           newWidth = av.getCharWidth() - 1;
1036           av.setCharWidth(newWidth);
1037         }
1038         else if (evt.getX() > lastMousePress.getX())
1039         {
1040           newWidth = av.getCharWidth() + 1;
1041           av.setCharWidth(newWidth);
1042         }
1043         if (newWidth > 0)
1044         {
1045           ap.paintAlignment(false);
1046           if (copyChanges)
1047           {
1048             /*
1049              * need to ensure newWidth is set on cdna, regardless of which
1050              * panel the mouse drag happened in; protein will compute its
1051              * character width as 1:1 or 3:1
1052              */
1053             av.getCodingComplement().setCharWidth(newWidth);
1054             SplitFrame splitFrame = (SplitFrame) ap.alignFrame
1055                     .getSplitViewContainer();
1056             splitFrame.adjustLayout();
1057             splitFrame.repaint();
1058           }
1059         }
1060       }
1061
1062       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
1063       av.validCharWidth = fm.charWidth('M') <= av.getCharWidth();
1064
1065       lastMousePress = evt.getPoint();
1066
1067       return;
1068     }
1069
1070     if (!editingSeqs)
1071     {
1072       doMouseDraggedDefineMode(evt);
1073       return;
1074     }
1075
1076     int res = findColumn(evt);
1077
1078     if (res < 0)
1079     {
1080       res = 0;
1081     }
1082
1083     if ((lastres == -1) || (lastres == res))
1084     {
1085       return;
1086     }
1087
1088     if ((res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))
1089     {
1090       // dragLeft, delete gap
1091       editSequence(false, false, res);
1092     }
1093     else
1094     {
1095       editSequence(true, false, res);
1096     }
1097
1098     mouseDragging = true;
1099     if (scrollThread != null)
1100     {
1101       scrollThread.setEvent(evt);
1102     }
1103   }
1104
1105   // TODO: Make it more clever than many booleans
1106   synchronized void editSequence(boolean insertGap, boolean editSeq,
1107           int startres)
1108   {
1109     int fixedLeft = -1;
1110     int fixedRight = -1;
1111     boolean fixedColumns = false;
1112     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
1113
1114     SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(startseq);
1115
1116     // No group, but the sequence may represent a group
1117     if (!groupEditing && av.hasHiddenRows())
1118     {
1119       if (av.isHiddenRepSequence(seq))
1120       {
1121         sg = av.getRepresentedSequences(seq);
1122         groupEditing = true;
1123       }
1124     }
1125
1126     StringBuilder message = new StringBuilder(64);
1127     if (groupEditing)
1128     {
1129       message.append("Edit group:");
1130       if (editCommand == null)
1131       {
1132         editCommand = new EditCommand(
1133                 MessageManager.getString("action.edit_group"));
1134       }
1135     }
1136     else
1137     {
1138       message.append("Edit sequence: " + seq.getName());
1139       String label = seq.getName();
1140       if (label.length() > 10)
1141       {
1142         label = label.substring(0, 10);
1143       }
1144       if (editCommand == null)
1145       {
1146         editCommand = new EditCommand(MessageManager.formatMessage(
1147                 "label.edit_params", new String[] { label }));
1148       }
1149     }
1150
1151     if (insertGap)
1152     {
1153       message.append(" insert ");
1154     }
1155     else
1156     {
1157       message.append(" delete ");
1158     }
1159
1160     message.append(Math.abs(startres - lastres) + " gaps.");
1161     ap.alignFrame.statusBar.setText(message.toString());
1162
1163     // Are we editing within a selection group?
1164     if (groupEditing
1165             || (sg != null && sg.getSequences(av.getHiddenRepSequences())
1166                     .contains(seq)))
1167     {
1168       fixedColumns = true;
1169
1170       // sg might be null as the user may only see 1 sequence,
1171       // but the sequence represents a group
1172       if (sg == null)
1173       {
1174         if (!av.isHiddenRepSequence(seq))
1175         {
1176           endEditing();
1177           return;
1178         }
1179         sg = av.getRepresentedSequences(seq);
1180       }
1181
1182       fixedLeft = sg.getStartRes();
1183       fixedRight = sg.getEndRes();
1184
1185       if ((startres < fixedLeft && lastres >= fixedLeft)
1186               || (startres >= fixedLeft && lastres < fixedLeft)
1187               || (startres > fixedRight && lastres <= fixedRight)
1188               || (startres <= fixedRight && lastres > fixedRight))
1189       {
1190         endEditing();
1191         return;
1192       }
1193
1194       if (fixedLeft > startres)
1195       {
1196         fixedRight = fixedLeft - 1;
1197         fixedLeft = 0;
1198       }
1199       else if (fixedRight < startres)
1200       {
1201         fixedLeft = fixedRight;
1202         fixedRight = -1;
1203       }
1204     }
1205
1206     if (av.hasHiddenColumns())
1207     {
1208       fixedColumns = true;
1209       int y1 = av.getAlignment().getHiddenColumns()
1210               .getHiddenBoundaryLeft(startres);
1211       int y2 = av.getAlignment().getHiddenColumns()
1212               .getHiddenBoundaryRight(startres);
1213
1214       if ((insertGap && startres > y1 && lastres < y1)
1215               || (!insertGap && startres < y2 && lastres > y2))
1216       {
1217         endEditing();
1218         return;
1219       }
1220
1221       // System.out.print(y1+" "+y2+" "+fixedLeft+" "+fixedRight+"~~");
1222       // Selection spans a hidden region
1223       if (fixedLeft < y1 && (fixedRight > y2 || fixedRight == -1))
1224       {
1225         if (startres >= y2)
1226         {
1227           fixedLeft = y2;
1228         }
1229         else
1230         {
1231           fixedRight = y2 - 1;
1232         }
1233       }
1234     }
1235
1236     if (groupEditing)
1237     {
1238       List<SequenceI> vseqs = sg.getSequences(av.getHiddenRepSequences());
1239       int g, groupSize = vseqs.size();
1240       SequenceI[] groupSeqs = new SequenceI[groupSize];
1241       for (g = 0; g < groupSeqs.length; g++)
1242       {
1243         groupSeqs[g] = vseqs.get(g);
1244       }
1245
1246       // drag to right
1247       if (insertGap)
1248       {
1249         // If the user has selected the whole sequence, and is dragging to
1250         // the right, we can still extend the alignment and selectionGroup
1251         if (sg.getStartRes() == 0 && sg.getEndRes() == fixedRight
1252                 && sg.getEndRes() == av.getAlignment().getWidth() - 1)
1253         {
1254           sg.setEndRes(av.getAlignment().getWidth() + startres - lastres);
1255           fixedRight = sg.getEndRes();
1256         }
1257
1258         // Is it valid with fixed columns??
1259         // Find the next gap before the end
1260         // of the visible region boundary
1261         boolean blank = false;
1262         for (fixedRight = fixedRight; fixedRight > lastres; fixedRight--)
1263         {
1264           blank = true;
1265
1266           for (g = 0; g < groupSize; g++)
1267           {
1268             for (int j = 0; j < startres - lastres; j++)
1269             {
1270               if (!Comparison.isGap(groupSeqs[g].getCharAt(fixedRight - j)))
1271               {
1272                 blank = false;
1273                 break;
1274               }
1275             }
1276           }
1277           if (blank)
1278           {
1279             break;
1280           }
1281         }
1282
1283         if (!blank)
1284         {
1285           if (sg.getSize() == av.getAlignment().getHeight())
1286           {
1287             if ((av.hasHiddenColumns() && startres < av.getAlignment()
1288                     .getHiddenColumns().getHiddenBoundaryRight(startres)))
1289             {
1290               endEditing();
1291               return;
1292             }
1293
1294             int alWidth = av.getAlignment().getWidth();
1295             if (av.hasHiddenRows())
1296             {
1297               int hwidth = av.getAlignment().getHiddenSequences()
1298                       .getWidth();
1299               if (hwidth > alWidth)
1300               {
1301                 alWidth = hwidth;
1302               }
1303             }
1304             // We can still insert gaps if the selectionGroup
1305             // contains all the sequences
1306             sg.setEndRes(sg.getEndRes() + startres - lastres);
1307             fixedRight = alWidth + startres - lastres;
1308           }
1309           else
1310           {
1311             endEditing();
1312             return;
1313           }
1314         }
1315       }
1316
1317       // drag to left
1318       else if (!insertGap)
1319       {
1320         // / Are we able to delete?
1321         // ie are all columns blank?
1322
1323         for (g = 0; g < groupSize; g++)
1324         {
1325           for (int j = startres; j < lastres; j++)
1326           {
1327             if (groupSeqs[g].getLength() <= j)
1328             {
1329               continue;
1330             }
1331
1332             if (!Comparison.isGap(groupSeqs[g].getCharAt(j)))
1333             {
1334               // Not a gap, block edit not valid
1335               endEditing();
1336               return;
1337             }
1338           }
1339         }
1340       }
1341
1342       if (insertGap)
1343       {
1344         // dragging to the right
1345         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1346         {
1347           for (int j = lastres; j < startres; j++)
1348           {
1349             insertChar(j, groupSeqs, fixedRight);
1350           }
1351         }
1352         else
1353         {
1354           appendEdit(Action.INSERT_GAP, groupSeqs, startres, startres
1355                   - lastres);
1356         }
1357       }
1358       else
1359       {
1360         // dragging to the left
1361         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1362         {
1363           for (int j = lastres; j > startres; j--)
1364           {
1365             deleteChar(startres, groupSeqs, fixedRight);
1366           }
1367         }
1368         else
1369         {
1370           appendEdit(Action.DELETE_GAP, groupSeqs, startres, lastres
1371                   - startres);
1372         }
1373
1374       }
1375     }
1376     else
1377     // ///Editing a single sequence///////////
1378     {
1379       if (insertGap)
1380       {
1381         // dragging to the right
1382         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1383         {
1384           for (int j = lastres; j < startres; j++)
1385           {
1386             insertChar(j, new SequenceI[] { seq }, fixedRight);
1387           }
1388         }
1389         else
1390         {
1391           appendEdit(Action.INSERT_GAP, new SequenceI[] { seq }, lastres,
1392                   startres - lastres);
1393         }
1394       }
1395       else
1396       {
1397         if (!editSeq)
1398         {
1399           // dragging to the left
1400           if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1401           {
1402             for (int j = lastres; j > startres; j--)
1403             {
1404               if (!Comparison.isGap(seq.getCharAt(startres)))
1405               {
1406                 endEditing();
1407                 break;
1408               }
1409               deleteChar(startres, new SequenceI[] { seq }, fixedRight);
1410             }
1411           }
1412           else
1413           {
1414             // could be a keyboard edit trying to delete none gaps
1415             int max = 0;
1416             for (int m = startres; m < lastres; m++)
1417             {
1418               if (!Comparison.isGap(seq.getCharAt(m)))
1419               {
1420                 break;
1421               }
1422               max++;
1423             }
1424
1425             if (max > 0)
1426             {
1427               appendEdit(Action.DELETE_GAP, new SequenceI[] { seq },
1428                       startres, max);
1429             }
1430           }
1431         }
1432         else
1433         {// insertGap==false AND editSeq==TRUE;
1434           if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1435           {
1436             for (int j = lastres; j < startres; j++)
1437             {
1438               insertChar(j, new SequenceI[] { seq }, fixedRight);
1439             }
1440           }
1441           else
1442           {
1443             appendEdit(Action.INSERT_NUC, new SequenceI[] { seq }, lastres,
1444                     startres - lastres);
1445           }
1446         }
1447       }
1448     }
1449
1450     lastres = startres;
1451     seqCanvas.repaint();
1452   }
1453
1454   void insertChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)
1455   {
1456     int blankColumn = fixedColumn;
1457     for (int s = 0; s < seq.length; s++)
1458     {
1459       // Find the next gap before the end of the visible region boundary
1460       // If lastCol > j, theres a boundary after the gap insertion
1461
1462       for (blankColumn = fixedColumn; blankColumn > j; blankColumn--)
1463       {
1464         if (Comparison.isGap(seq[s].getCharAt(blankColumn)))
1465         {
1466           // Theres a space, so break and insert the gap
1467           break;
1468         }
1469       }
1470
1471       if (blankColumn <= j)
1472       {
1473         blankColumn = fixedColumn;
1474         endEditing();
1475         return;
1476       }
1477     }
1478
1479     appendEdit(Action.DELETE_GAP, seq, blankColumn, 1);
1480
1481     appendEdit(Action.INSERT_GAP, seq, j, 1);
1482
1483   }
1484
1485   /**
1486    * Helper method to add and perform one edit action.
1487    *
1488    * @param action
1489    * @param seq
1490    * @param pos
1491    * @param count
1492    */
1493   protected void appendEdit(Action action, SequenceI[] seq, int pos,
1494           int count)
1495   {
1496
1497     final Edit edit = new EditCommand().new Edit(action, seq, pos, count,
1498             av.getAlignment().getGapCharacter());
1499
1500     editCommand.appendEdit(edit, av.getAlignment(), true, null);
1501   }
1502
1503   void deleteChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)
1504   {
1505
1506     appendEdit(Action.DELETE_GAP, seq, j, 1);
1507
1508     appendEdit(Action.INSERT_GAP, seq, fixedColumn, 1);
1509   }
1510
1511   /**
1512    * DOCUMENT ME!
1513    *
1514    * @param e
1515    *          DOCUMENT ME!
1516    */
1517   @Override
1518   public void mouseEntered(MouseEvent e)
1519   {
1520     if (oldSeq < 0)
1521     {
1522       oldSeq = 0;
1523     }
1524
1525     if (scrollThread != null)
1526     {
1527       scrollThread.running = false;
1528       scrollThread = null;
1529     }
1530   }
1531
1532   /**
1533    * DOCUMENT ME!
1534    *
1535    * @param e
1536    *          DOCUMENT ME!
1537    */
1538   @Override
1539   public void mouseExited(MouseEvent e)
1540   {
1541     if (av.getWrapAlignment())
1542     {
1543       return;
1544     }
1545
1546     if (mouseDragging)
1547     {
1548       scrollThread = new ScrollThread();
1549     }
1550   }
1551
1552   /**
1553    * Handler for double-click on a position with one or more sequence features.
1554    * Opens the Amend Features dialog to allow feature details to be amended, or
1555    * the feature deleted.
1556    */
1557   @Override
1558   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
1559   {
1560     SequenceGroup sg = null;
1561     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(findSeq(evt));
1562     if (evt.getClickCount() > 1)
1563     {
1564       sg = av.getSelectionGroup();
1565       if (sg != null && sg.getSize() == 1
1566               && sg.getEndRes() - sg.getStartRes() < 2)
1567       {
1568         av.setSelectionGroup(null);
1569       }
1570
1571       int column = findColumn(evt);
1572       boolean isGapped = Comparison.isGap(sequence.getCharAt(column));
1573
1574       /*
1575        * find features at the position (if not gapped), or straddling
1576        * the position (if at a gap)
1577        */
1578       List<SequenceFeature> features = seqCanvas.getFeatureRenderer()
1579               .findFeaturesAtRes(sequence.getDatasetSequence(),
1580                       sequence.findPosition(column));
1581       if (isGapped)
1582       {
1583         removeAdjacentFeatures(features, column, sequence);
1584       }
1585
1586       if (!features.isEmpty())
1587       {
1588         /*
1589          * highlight the first feature at the position on the alignment
1590          */
1591         SearchResultsI highlight = new SearchResults();
1592         highlight.addResult(sequence, features.get(0).getBegin(), features
1593                 .get(0).getEnd());
1594         seqCanvas.highlightSearchResults(highlight);
1595
1596         /*
1597          * open the Amend Features dialog; clear highlighting afterwards,
1598          * whether changes were made or not
1599          */
1600         List<SequenceI> seqs = Collections.singletonList(sequence);
1601         seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(seqs, features, false,
1602                 ap);
1603         seqCanvas.highlightSearchResults(null);
1604       }
1605     }
1606   }
1607
1608   @Override
1609   public void mouseWheelMoved(MouseWheelEvent e)
1610   {
1611     e.consume();
1612     if (e.getWheelRotation() > 0)
1613     {
1614       if (e.isShiftDown())
1615       {
1616         av.getRanges().scrollRight(true);
1617
1618       }
1619       else if (!av.getWrapAlignment())
1620       {
1621         av.getRanges().scrollUp(false);
1622       }
1623     }
1624     else
1625     {
1626       if (e.isShiftDown())
1627       {
1628         av.getRanges().scrollRight(false);
1629       }
1630       else if (!av.getWrapAlignment())
1631       {
1632         av.getRanges().scrollUp(true);
1633       }
1634     }
1635     // TODO Update tooltip for new position.
1636   }
1637
1638   /**
1639    * DOCUMENT ME!
1640    *
1641    * @param evt
1642    *          DOCUMENT ME!
1643    */
1644   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)
1645   {
1646     final int res = findColumn(evt);
1647     final int seq = findSeq(evt);
1648     oldSeq = seq;
1649     needOverviewUpdate = false;
1650
1651     startWrapBlock = wrappedBlock;
1652
1653     if (av.getWrapAlignment() && seq > av.getAlignment().getHeight())
1654     {
1655       JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop, MessageManager
1656               .getString("label.cannot_edit_annotations_in_wrapped_view"),
1657               MessageManager.getString("label.wrapped_view_no_edit"),
1658               JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1659       return;
1660     }
1661
1662     if (seq < 0 || res < 0)
1663     {
1664       return;
1665     }
1666
1667     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
1668
1669     if ((sequence == null) || (res > sequence.getLength()))
1670     {
1671       return;
1672     }
1673
1674     stretchGroup = av.getSelectionGroup();
1675
1676     if (stretchGroup == null || !stretchGroup.contains(sequence, res))
1677     {
1678       stretchGroup = av.getAlignment().findGroup(sequence, res);
1679       if (stretchGroup != null)
1680       {
1681         // only update the current selection if the popup menu has a group to
1682         // focus on
1683         av.setSelectionGroup(stretchGroup);
1684       }
1685     }
1686
1687     if (evt.isPopupTrigger()) // Mac: mousePressed
1688     {
1689       showPopupMenu(evt);
1690       return;
1691     }
1692
1693     /*
1694      * defer right-mouse click handling to mouseReleased on Windows
1695      * (where isPopupTrigger() will answer true)
1696      * NB isRightMouseButton is also true for Cmd-click on Mac
1697      */
1698     if (SwingUtilities.isRightMouseButton(evt) && !Platform.isAMac())
1699     {
1700       return;
1701     }
1702
1703     if (av.cursorMode)
1704     {
1705       seqCanvas.cursorX = findColumn(evt);
1706       seqCanvas.cursorY = findSeq(evt);
1707       seqCanvas.repaint();
1708       return;
1709     }
1710
1711     if (stretchGroup == null)
1712     {
1713       // Only if left mouse button do we want to change group sizes
1714
1715       // define a new group here
1716       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
1717       sg.setStartRes(res);
1718       sg.setEndRes(res);
1719       sg.addSequence(sequence, false);
1720       av.setSelectionGroup(sg);
1721       stretchGroup = sg;
1722
1723       if (av.getConservationSelected())
1724       {
1725         SliderPanel.setConservationSlider(ap, av.getResidueShading(),
1726                 ap.getViewName());
1727       }
1728
1729       if (av.getAbovePIDThreshold())
1730       {
1731         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getResidueShading(),
1732                 ap.getViewName());
1733       }
1734       // TODO: stretchGroup will always be not null. Is this a merge error ?
1735       if ((stretchGroup != null) && (stretchGroup.getEndRes() == res))
1736       {
1737         // Edit end res position of selected group
1738         changeEndRes = true;
1739       }
1740       else if ((stretchGroup != null)
1741               && (stretchGroup.getStartRes() == res))
1742       {
1743         // Edit end res position of selected group
1744         changeStartRes = true;
1745       }
1746       stretchGroup.getWidth();
1747     }
1748
1749     if (stretchGroup != null)
1750     {
1751       stretchGroup.addPropertyChangeListener(seqCanvas);
1752     }
1753
1754     seqCanvas.repaint();
1755   }
1756
1757   /**
1758    * Build and show a pop-up menu at the right-click mouse position
1759    *
1760    * @param evt
1761    * @param res
1762    * @param sequences
1763    */
1764   void showPopupMenu(MouseEvent evt)
1765   {
1766     final int res = findColumn(evt);
1767     final int seq = findSeq(evt);
1768     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
1769     List<SequenceFeature> allFeatures = ap.getFeatureRenderer()
1770             .findFeaturesAtRes(sequence.getDatasetSequence(),
1771                     sequence.findPosition(res));
1772     List<String> links = new ArrayList<>();
1773     for (SequenceFeature sf : allFeatures)
1774     {
1775       if (sf.links != null)
1776       {
1777         for (String link : sf.links)
1778         {
1779           links.add(link);
1780         }
1781       }
1782     }
1783
1784     PopupMenu pop = new PopupMenu(ap, null, links);
1785     pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());
1786   }
1787
1788   /**
1789    * Update the display after mouse up on a selection or group
1790    *
1791    * @param evt
1792    *          mouse released event details
1793    * @param afterDrag
1794    *          true if this event is happening after a mouse drag (rather than a
1795    *          mouse down)
1796    */
1797   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt, boolean afterDrag)
1798   {
1799     if (stretchGroup == null)
1800     {
1801       return;
1802     }
1803
1804     stretchGroup.removePropertyChangeListener(seqCanvas);
1805
1806     // always do this - annotation has own state
1807     // but defer colourscheme update until hidden sequences are passed in
1808     boolean vischange = stretchGroup.recalcConservation(true);
1809     needOverviewUpdate |= vischange && av.isSelectionDefinedGroup()
1810             && afterDrag;
1811     if (stretchGroup.cs != null)
1812     {
1813       stretchGroup.cs.alignmentChanged(stretchGroup,
1814               av.getHiddenRepSequences());
1815
1816       ResidueShaderI groupColourScheme = stretchGroup.getGroupColourScheme();
1817       String name = stretchGroup.getName();
1818       if (stretchGroup.cs.conservationApplied())
1819       {
1820         SliderPanel.setConservationSlider(ap, groupColourScheme, name);
1821       }
1822       if (stretchGroup.cs.getThreshold() > 0)
1823       {
1824         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, groupColourScheme, name);
1825       }
1826     }
1827     PaintRefresher.Refresh(this, av.getSequenceSetId());
1828     ap.paintAlignment(needOverviewUpdate);
1829     needOverviewUpdate = false;
1830     changeEndRes = false;
1831     changeStartRes = false;
1832     stretchGroup = null;
1833     av.sendSelection();
1834   }
1835
1836   /**
1837    * DOCUMENT ME!
1838    *
1839    * @param evt
1840    *          DOCUMENT ME!
1841    */
1842   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)
1843   {
1844     int res = findColumn(evt);
1845     int y = findSeq(evt);
1846
1847     if (wrappedBlock != startWrapBlock)
1848     {
1849       return;
1850     }
1851
1852     if (stretchGroup == null)
1853     {
1854       return;
1855     }
1856
1857     if (res >= av.getAlignment().getWidth())
1858     {
1859       res = av.getAlignment().getWidth() - 1;
1860     }
1861
1862     if (stretchGroup.getEndRes() == res)
1863     {
1864       // Edit end res position of selected group
1865       changeEndRes = true;
1866     }
1867     else if (stretchGroup.getStartRes() == res)
1868     {
1869       // Edit start res position of selected group
1870       changeStartRes = true;
1871     }
1872
1873     if (res < av.getRanges().getStartRes())
1874     {
1875       res = av.getRanges().getStartRes();
1876     }
1877
1878     if (changeEndRes)
1879     {
1880       if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))
1881       {
1882         stretchGroup.setEndRes(res);
1883         needOverviewUpdate |= av.isSelectionDefinedGroup();
1884       }
1885     }
1886     else if (changeStartRes)
1887     {
1888       if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))
1889       {
1890         stretchGroup.setStartRes(res);
1891         needOverviewUpdate |= av.isSelectionDefinedGroup();
1892       }
1893     }
1894
1895     int dragDirection = 0;
1896
1897     if (y > oldSeq)
1898     {
1899       dragDirection = 1;
1900     }
1901     else if (y < oldSeq)
1902     {
1903       dragDirection = -1;
1904     }
1905
1906     while ((y != oldSeq) && (oldSeq > -1)
1907             && (y < av.getAlignment().getHeight()))
1908     {
1909       // This routine ensures we don't skip any sequences, as the
1910       // selection is quite slow.
1911       Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);
1912
1913       oldSeq += dragDirection;
1914
1915       if (oldSeq < 0)
1916       {
1917         break;
1918       }
1919
1920       Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);
1921
1922       if (stretchGroup.getSequences(null).contains(nextSeq))
1923       {
1924         stretchGroup.deleteSequence(seq, false);
1925         needOverviewUpdate |= av.isSelectionDefinedGroup();
1926       }
1927       else
1928       {
1929         if (seq != null)
1930         {
1931           stretchGroup.addSequence(seq, false);
1932         }
1933
1934         stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);
1935         needOverviewUpdate |= av.isSelectionDefinedGroup();
1936       }
1937     }
1938
1939     if (oldSeq < 0)
1940     {
1941       oldSeq = -1;
1942     }
1943
1944     mouseDragging = true;
1945
1946     if (scrollThread != null)
1947     {
1948       scrollThread.setEvent(evt);
1949     }
1950
1951     // seqCanvas.repaint();
1952   }
1953
1954   void scrollCanvas(MouseEvent evt)
1955   {
1956     if (evt == null)
1957     {
1958       if (scrollThread != null)
1959       {
1960         scrollThread.running = false;
1961         scrollThread = null;
1962       }
1963       mouseDragging = false;
1964     }
1965     else
1966     {
1967       if (scrollThread == null)
1968       {
1969         scrollThread = new ScrollThread();
1970       }
1971
1972       mouseDragging = true;
1973       scrollThread.setEvent(evt);
1974     }
1975
1976   }
1977
1978   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment
1979   class ScrollThread extends Thread
1980   {
1981     MouseEvent evt;
1982
1983     boolean running = false;
1984
1985     public ScrollThread()
1986     {
1987       start();
1988     }
1989
1990     public void setEvent(MouseEvent e)
1991     {
1992       evt = e;
1993     }
1994
1995     public void stopScrolling()
1996     {
1997       running = false;
1998     }
1999
2000     @Override
2001     public void run()
2002     {
2003       running = true;
2004
2005       while (running)
2006       {
2007         if (evt != null)
2008         {
2009           if (mouseDragging && (evt.getY() < 0)
2010                   && (av.getRanges().getStartSeq() > 0))
2011           {
2012             running = av.getRanges().scrollUp(true);
2013           }
2014
2015           if (mouseDragging && (evt.getY() >= getHeight())
2016                   && (av.getAlignment().getHeight() > av.getRanges()
2017                           .getEndSeq()))
2018           {
2019             running = av.getRanges().scrollUp(false);
2020           }
2021
2022           if (mouseDragging && (evt.getX() < 0))
2023           {
2024             running = av.getRanges().scrollRight(false);
2025           }
2026           else if (mouseDragging && (evt.getX() >= getWidth()))
2027           {
2028             running = av.getRanges().scrollRight(true);
2029           }
2030         }
2031
2032         try
2033         {
2034           Thread.sleep(20);
2035         } catch (Exception ex)
2036         {
2037         }
2038       }
2039     }
2040   }
2041
2042   /**
2043    * modify current selection according to a received message.
2044    */
2045   @Override
2046   public void selection(SequenceGroup seqsel, ColumnSelection colsel,
2047           HiddenColumns hidden, SelectionSource source)
2048   {
2049     // TODO: fix this hack - source of messages is align viewport, but SeqPanel
2050     // handles selection messages...
2051     // TODO: extend config options to allow user to control if selections may be
2052     // shared between viewports.
2053     boolean iSentTheSelection = (av == source || (source instanceof AlignViewport && ((AlignmentViewport) source)
2054             .getSequenceSetId().equals(av.getSequenceSetId())));
2055
2056     if (iSentTheSelection)
2057     {
2058       // respond to our own event by updating dependent dialogs
2059       if (ap.getCalculationDialog() != null)
2060       {
2061         ap.getCalculationDialog().validateCalcTypes();
2062       }
2063
2064       return;
2065     }
2066
2067     // process further ?
2068     if (!av.followSelection)
2069     {
2070       return;
2071     }
2072
2073     /*
2074      * Ignore the selection if there is one of our own pending.
2075      */
2076     if (av.isSelectionGroupChanged(false) || av.isColSelChanged(false))
2077     {
2078       return;
2079     }
2080
2081     /*
2082      * Check for selection in a view of which this one is a dna/protein
2083      * complement.
2084      */
2085     if (selectionFromTranslation(seqsel, colsel, hidden, source))
2086     {
2087       return;
2088     }
2089
2090     // do we want to thread this ? (contention with seqsel and colsel locks, I
2091     // suspect)
2092     /*
2093      * only copy colsel if there is a real intersection between
2094      * sequence selection and this panel's alignment
2095      */
2096     boolean repaint = false;
2097     boolean copycolsel = false;
2098
2099     SequenceGroup sgroup = null;
2100     if (seqsel != null && seqsel.getSize() > 0)
2101     {
2102       if (av.getAlignment() == null)
2103       {
2104         Cache.log.warn("alignviewport av SeqSetId=" + av.getSequenceSetId()
2105                 + " ViewId=" + av.getViewId()
2106                 + " 's alignment is NULL! returning immediately.");
2107         return;
2108       }
2109       sgroup = seqsel.intersect(av.getAlignment(),
2110               (av.hasHiddenRows()) ? av.getHiddenRepSequences() : null);
2111       if ((sgroup != null && sgroup.getSize() > 0))
2112       {
2113         copycolsel = true;
2114       }
2115     }
2116     if (sgroup != null && sgroup.getSize() > 0)
2117     {
2118       av.setSelectionGroup(sgroup);
2119     }
2120     else
2121     {
2122       av.setSelectionGroup(null);
2123     }
2124     av.isSelectionGroupChanged(true);
2125     repaint = true;
2126
2127     if (copycolsel)
2128     {
2129       // the current selection is unset or from a previous message
2130       // so import the new colsel.
2131       if (colsel == null || colsel.isEmpty())
2132       {
2133         if (av.getColumnSelection() != null)
2134         {
2135           av.getColumnSelection().clear();
2136           repaint = true;
2137         }
2138       }
2139       else
2140       {
2141         // TODO: shift colSel according to the intersecting sequences
2142         if (av.getColumnSelection() == null)
2143         {
2144           av.setColumnSelection(new ColumnSelection(colsel));
2145         }
2146         else
2147         {
2148           av.getColumnSelection().setElementsFrom(colsel,
2149                   av.getAlignment().getHiddenColumns());
2150         }
2151       }
2152       av.isColSelChanged(true);
2153       repaint = true;
2154     }
2155
2156     if (copycolsel
2157             && av.hasHiddenColumns()
2158             && (av.getAlignment().getHiddenColumns() == null))
2159     {
2160       System.err.println("Bad things");
2161     }
2162     if (repaint) // always true!
2163     {
2164       // probably finessing with multiple redraws here
2165       PaintRefresher.Refresh(this, av.getSequenceSetId());
2166       // ap.paintAlignment(false);
2167     }
2168
2169     // lastly, update dependent dialogs
2170     if (ap.getCalculationDialog() != null)
2171     {
2172       ap.getCalculationDialog().validateCalcTypes();
2173     }
2174
2175   }
2176
2177   /**
2178    * If this panel is a cdna/protein translation view of the selection source,
2179    * tries to map the source selection to a local one, and returns true. Else
2180    * returns false.
2181    *
2182    * @param seqsel
2183    * @param colsel
2184    * @param source
2185    */
2186   protected boolean selectionFromTranslation(SequenceGroup seqsel,
2187           ColumnSelection colsel, HiddenColumns hidden,
2188           SelectionSource source)
2189   {
2190     if (!(source instanceof AlignViewportI))
2191     {
2192       return false;
2193     }
2194     final AlignViewportI sourceAv = (AlignViewportI) source;
2195     if (sourceAv.getCodingComplement() != av
2196             && av.getCodingComplement() != sourceAv)
2197     {
2198       return false;
2199     }
2200
2201     /*
2202      * Map sequence selection
2203      */
2204     SequenceGroup sg = MappingUtils.mapSequenceGroup(seqsel, sourceAv, av);
2205     av.setSelectionGroup(sg);
2206     av.isSelectionGroupChanged(true);
2207
2208     /*
2209      * Map column selection
2210      */
2211     // ColumnSelection cs = MappingUtils.mapColumnSelection(colsel, sourceAv,
2212     // av);
2213     ColumnSelection cs = new ColumnSelection();
2214     HiddenColumns hs = new HiddenColumns();
2215     MappingUtils.mapColumnSelection(colsel, hidden, sourceAv, av, cs, hs);
2216     av.setColumnSelection(cs);
2217     av.getAlignment().setHiddenColumns(hs);
2218
2219     // lastly, update any dependent dialogs
2220     if (ap.getCalculationDialog() != null)
2221     {
2222       ap.getCalculationDialog().validateCalcTypes();
2223     }
2224
2225     PaintRefresher.Refresh(this, av.getSequenceSetId());
2226
2227     return true;
2228   }
2229 }