src/jalview/gui/SeqPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.schemes.*;\r
  24 \r
  25 import java.awt.*;\r
  26 import java.awt.event.*;\r
  27 \r
  28 import javax.swing.*;\r
  29 \r
  30 \r
  31 /**\r
  32  * DOCUMENT ME!\r
  33  *\r
  34  * @author $author$\r
  35  * @version $Revision$\r
  36  */\r
  37 public class SeqPanel extends JPanel implements MouseListener,\r
  38     MouseMotionListener, MouseWheelListener\r
  39 \r
  40 {\r
  41     /** DOCUMENT ME!! */\r
  42     public SeqCanvas seqCanvas;\r
  43 \r
  44     /** DOCUMENT ME!! */\r
  45     public AlignmentPanel ap;\r
  46     protected int lastres;\r
  47     protected int startseq;\r
  48     int startEdit = -1;\r
  49     int endEdit = -1;\r
  50     protected AlignViewport av;\r
  51 \r
  52     // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the conservation\r
  53     boolean seqEditOccurred = false;\r
  54     ScrollThread scrollThread = null;\r
  55     boolean mouseDragging = false;\r
  56     boolean editingSeqs = false;\r
  57     boolean groupEditing = false;\r
  58 \r
  59     //////////////////////////////////////////\r
  60     /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
  61     //////////////////////////////////////////\r
  62     int oldSeq = -1;\r
  63     boolean changeEndSeq = false;\r
  64     boolean changeStartSeq = false;\r
  65     boolean changeEndRes = false;\r
  66     boolean changeStartRes = false;\r
  67     SequenceGroup stretchGroup = null;\r
  68     boolean remove = false;\r
  69 \r
  70     boolean mouseWheelPressed = false;\r
  71 \r
  72     /**\r
  73      * Creates a new SeqPanel object.\r
  74      *\r
  75      * @param avp DOCUMENT ME!\r
  76      * @param p DOCUMENT ME!\r
  77      */\r
  78     public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)\r
  79     {\r
  80         ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
  81         ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);\r
  82         ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);\r
  83         this.av = avp;\r
  84         setBackground(Color.white);\r
  85 \r
  86         seqCanvas = new SeqCanvas(avp);\r
  87         setLayout(new BorderLayout());\r
  88         add(seqCanvas, BorderLayout.CENTER);\r
  89 \r
  90         ap = p;\r
  91 \r
  92         if(!av.isDataset())\r
  93         {\r
  94           addMouseMotionListener(this);\r
  95           addMouseListener(this);\r
  96           addMouseWheelListener(this);\r
  97         }\r
  98     }\r
  99 \r
 100     int startWrapBlock=-1;\r
 101     int wrappedBlock=-1;\r
 102     int findRes(MouseEvent evt)\r
 103    {\r
 104      int res = 0;\r
 105      int x = evt.getX();\r
 106 \r
 107     if (av.wrapAlignment)\r
 108     {\r
 109 \r
 110       int hgap = av.charHeight;\r
 111       if (av.scaleAboveWrapped)\r
 112         hgap += av.charHeight;\r
 113 \r
 114       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 115           + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 116 \r
 117         int y = evt.getY();\r
 118         y -= hgap;\r
 119         x -= seqCanvas.LABEL_WEST;\r
 120 \r
 121 \r
 122         int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(this.getWidth());\r
 123 \r
 124         wrappedBlock = y / cHeight;\r
 125         wrappedBlock += av.getStartRes() / cwidth;\r
 126 \r
 127         res = wrappedBlock * cwidth + x / av.getCharWidth();\r
 128 \r
 129     }\r
 130     else\r
 131     {\r
 132         res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 133     }\r
 134 \r
 135     if(av.hasHiddenColumns)\r
 136           res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 137 \r
 138     return res;\r
 139 \r
 140    }\r
 141 \r
 142    int findSeq(MouseEvent evt)\r
 143    {\r
 144 \r
 145      int seq = 0;\r
 146      int y = evt.getY();\r
 147 \r
 148      if (av.wrapAlignment)\r
 149      {\r
 150        int hgap = av.charHeight;\r
 151        if (av.scaleAboveWrapped)\r
 152          hgap += av.charHeight;\r
 153 \r
 154        int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 155            + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 156 \r
 157          y -= hgap;\r
 158 \r
 159        seq = ( (y % cHeight) / av.getCharHeight());\r
 160      }\r
 161      else\r
 162      {\r
 163        seq = (y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq();\r
 164      }\r
 165 \r
 166      return seq;\r
 167    }\r
 168 \r
 169    void endEditing()\r
 170    {\r
 171      startseq = -1;\r
 172      lastres = -1;\r
 173      seqEditOccurred = false;\r
 174      editingSeqs = false;\r
 175      groupEditing = false;\r
 176     }\r
 177 \r
 178     /**\r
 179      * DOCUMENT ME!\r
 180      *\r
 181      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 182      */\r
 183     public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 184     {\r
 185       mouseDragging = false;\r
 186 \r
 187       if (!editingSeqs)\r
 188       {\r
 189          doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
 190          return;\r
 191       }\r
 192 \r
 193         if (seqEditOccurred)\r
 194         {\r
 195             editOccurred();\r
 196         }\r
 197 \r
 198         endEditing();\r
 199         ap.repaint();\r
 200     }\r
 201 \r
 202 \r
 203 \r
 204     /**\r
 205      * DOCUMENT ME!\r
 206      *\r
 207      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 208      */\r
 209     public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 210     {\r
 211       if (javax.swing.SwingUtilities.isMiddleMouseButton(evt))\r
 212       {\r
 213         mouseWheelPressed = true;\r
 214         return;\r
 215       }\r
 216 \r
 217       if (evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() ||\r
 218           evt.isControlDown())\r
 219       {\r
 220         if (evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
 221         {\r
 222           groupEditing = true;\r
 223         }\r
 224         editingSeqs = true;\r
 225       }\r
 226       else\r
 227       {\r
 228         doMousePressedDefineMode(evt);\r
 229         return;\r
 230       }\r
 231 \r
 232 \r
 233       ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem("Edit Sequence",\r
 234                                                    av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 235 \r
 236       int seq = findSeq(evt);\r
 237       int res = findRes(evt);\r
 238 \r
 239       if(seq<0 || res<0)\r
 240         return;\r
 241 \r
 242         if ((seq < av.getAlignment().getHeight()) &&\r
 243                 (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))\r
 244         {\r
 245             startseq = seq;\r
 246             lastres = res;\r
 247         }\r
 248         else\r
 249         {\r
 250             startseq = -1;\r
 251             lastres = -1;\r
 252         }\r
 253 \r
 254         startEdit = lastres;\r
 255         endEdit = lastres;\r
 256 \r
 257         return;\r
 258     }\r
 259 \r
 260     /**\r
 261      * DOCUMENT ME!\r
 262      *\r
 263      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 264      */\r
 265     public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 266     {\r
 267       if (editingSeqs)\r
 268       {\r
 269        // This is because MacOSX creates a mouseMoved\r
 270        // If control is down, other platforms will not.\r
 271        mouseDragged(evt);\r
 272       }\r
 273 \r
 274       int res = findRes(evt);\r
 275       int seq = findSeq(evt);\r
 276 \r
 277       if(res<0 || seq<0 || seq >= av.getAlignment().getHeight())\r
 278             return;\r
 279 \r
 280       SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 281 \r
 282       if (res > sequence.getLength())\r
 283       {\r
 284         return;\r
 285       }\r
 286 \r
 287       if(seqCanvas.pdbCanvas!=null && sequence==seqCanvas.pdbCanvas.sequence)\r
 288       {\r
 289         seqCanvas.pdbCanvas.highlightRes(sequence.findPosition(res));\r
 290       }\r
 291 \r
 292 \r
 293         StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
 294                 sequence.getName());\r
 295 \r
 296         Object obj = null;\r
 297         if (av.alignment.isNucleotide())\r
 298         {\r
 299           obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res) +\r
 300               "");\r
 301           if(obj!=null)\r
 302             text.append(" Nucleotide: ");\r
 303         }\r
 304         else\r
 305         {\r
 306           obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");\r
 307           if(obj!=null)\r
 308             text.append("  Residue: ");\r
 309         }\r
 310 \r
 311         if (obj != null)\r
 312         {\r
 313 \r
 314           if (obj != "")\r
 315           {\r
 316             text.append( obj + " (" +\r
 317                         av.getAlignment().getSequenceAt(seq).findPosition(res) + ")");\r
 318           }\r
 319         }\r
 320 \r
 321         ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 322 \r
 323         // use aa to see if the mouse pointer is on a\r
 324         if (av.showSequenceFeatures)\r
 325         {\r
 326             SequenceFeature [] features = sequence.getDatasetSequence().getSequenceFeatures();\r
 327             if(features!=null)\r
 328             {\r
 329               StringBuffer sbuffer = new StringBuffer("<html>");\r
 330 \r
 331               for (int i = 0; i < features.length; i++)\r
 332               {\r
 333 \r
 334                 if ( (features[i].getBegin() <= sequence.findPosition(res)) &&\r
 335                     (features[i].getEnd() >= sequence.findPosition(res)))\r
 336                 {\r
 337                   if(!av.featuresDisplayed.containsKey(features[i].getType()))\r
 338                   continue;\r
 339 \r
 340 \r
 341                   if (features[i].getType().equals("disulfide bond"))\r
 342                   {\r
 343                     if (features[i].getBegin() == sequence.findPosition(res)\r
 344                         || features[i].getEnd() == sequence.findPosition(res))\r
 345                     {\r
 346                       if (sbuffer.length() > 6)\r
 347                         sbuffer.append("<br>");\r
 348                       sbuffer.append("disulfide bond " + features[i].getBegin() + ":" +\r
 349                                      features[i].getEnd());\r
 350                     }\r
 351                   }\r
 352                   else\r
 353                   {\r
 354                     if (sbuffer.length() > 6)\r
 355                       sbuffer.append("<br>");\r
 356                     if(features[i].featureGroup!=null)\r
 357                       sbuffer.append(features[i].featureGroup+";");\r
 358 \r
 359                     sbuffer.append(features[i].getType());\r
 360 \r
 361                     if (features[i].getDescription() != null\r
 362                         && !features[i].description.equals(features[i].getType()))\r
 363                       sbuffer.append("; " + features[i].getDescription());\r
 364 \r
 365                     if (features[i].getStatus() != null && features[i].getStatus().length()>0)\r
 366                     {\r
 367                       sbuffer.append("; (" + features[i].getStatus() + ")");\r
 368                     }\r
 369                   }\r
 370                 }\r
 371 \r
 372               }\r
 373 \r
 374               sbuffer.append("</html>");\r
 375               if(sbuffer.length()==13) // <html></html>\r
 376                 setToolTipText("");\r
 377               else\r
 378                setToolTipText(sbuffer.toString());\r
 379             }\r
 380             else\r
 381               setToolTipText("");\r
 382         }\r
 383     }\r
 384 \r
 385     /**\r
 386      * DOCUMENT ME!\r
 387      *\r
 388      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 389      */\r
 390     public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 391     {\r
 392       if (!editingSeqs)\r
 393       {\r
 394         doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
 395         return;\r
 396       }\r
 397 \r
 398         int res = findRes(evt);\r
 399 \r
 400         if (res < 0)\r
 401         {\r
 402             res = 0;\r
 403         }\r
 404 \r
 405         if ((lastres == -1) || (lastres == res))\r
 406         {\r
 407             return;\r
 408         }\r
 409 \r
 410         boolean dragRight = true;\r
 411 \r
 412         if ((res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))\r
 413         {\r
 414             dragRight = false;\r
 415         }\r
 416         else if(av.hasHiddenColumns)\r
 417         {\r
 418           //Stop editing if the user has dragged beyond hiddenBoundary\r
 419           int lastCol = av.getColumnSelection().getHiddenRegionBoundary(lastres);\r
 420           if( lastCol < res)\r
 421           {\r
 422             if(lastres!=lastCol)\r
 423             {\r
 424               endEditing();\r
 425               return;\r
 426             }\r
 427           }\r
 428         }\r
 429 \r
 430         if(!groupEditing && av.hasHiddenRows)\r
 431         {\r
 432           if(av.alignment.getSequenceAt(startseq).getHiddenSequences()!=null)\r
 433           {\r
 434             groupEditing = true;\r
 435           }\r
 436         }\r
 437 \r
 438 \r
 439         if (res != lastres)\r
 440         {\r
 441             SequenceI seq;\r
 442             // Group editing\r
 443             if (groupEditing)\r
 444             {\r
 445                 SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 446 \r
 447                 if (av.hasHiddenRows)\r
 448                 {\r
 449                   //sg might be null as the user may only see 1 sequence\r
 450                   if(sg==null)\r
 451                   {\r
 452                     sg = new SequenceGroup();\r
 453                     sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(startseq), false);\r
 454                   }\r
 455 \r
 456                   SequenceGroup tmp = new SequenceGroup();\r
 457 \r
 458                   //Do any of the sequences have hidden associates?\r
 459                   for (int s = 0; s < sg.getSize(); s++)\r
 460                   {\r
 461                     seq = sg.getSequenceAt(s);\r
 462                     tmp.addSequence(seq, false);\r
 463                     if (seq.getHiddenSequences()!=null)\r
 464                     {\r
 465                       for(int h=0; h<seq.getHiddenSequences().getSize(); h++)\r
 466                         tmp.addSequence(seq.getHiddenSequences().getSequenceAt(h),\r
 467                                         false);\r
 468                     }\r
 469                   }\r
 470 \r
 471                   sg = tmp;\r
 472                 }\r
 473 \r
 474 \r
 475                 if (sg == null)\r
 476                 {\r
 477                     endEditing();\r
 478                     return;\r
 479                 }\r
 480 \r
 481                 int blankColumn = -1;\r
 482 \r
 483                 // drag to right\r
 484                 if (dragRight)\r
 485                 {\r
 486 \r
 487                   // Is it valid??\r
 488                   // Find the next gap before the end\r
 489                   // of the visible region boundary\r
 490                   if (av.hasHiddenColumns)\r
 491                   {\r
 492                     if(res-lastres > 1)\r
 493                     {\r
 494                       res = lastres+1;\r
 495                     }\r
 496 \r
 497 \r
 498                     int lastCol = av.getColumnSelection().\r
 499                           getHiddenRegionBoundary(res);\r
 500 \r
 501                     if(lastCol!=res)\r
 502                     {\r
 503                       for (blankColumn = lastCol;\r
 504                            blankColumn > lastres;\r
 505                            blankColumn--)\r
 506                       {\r
 507                         boolean blank = true;\r
 508                         for (int s = 0; s < sg.getSize(); s++)\r
 509                         {\r
 510                           seq = sg.getSequenceAt(s);\r
 511 \r
 512                           if (seq.getSequence().length() <= blankColumn)\r
 513                           {\r
 514                             continue;\r
 515                           }\r
 516 \r
 517                           if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
 518                               seq.getSequence().charAt(blankColumn)))\r
 519                           {\r
 520                             blank = false;\r
 521                             continue;\r
 522                           }\r
 523                         }\r
 524                         if (blank)\r
 525                           break;\r
 526                       }\r
 527 \r
 528 \r
 529                       if (blankColumn <= lastres)\r
 530                       {\r
 531                         endEditing();\r
 532                         return;\r
 533                       }\r
 534                     }\r
 535                     else\r
 536                       blankColumn = -1;\r
 537 \r
 538                   }\r
 539 \r
 540                   sg.setEndRes(sg.getEndRes() + (res - lastres));\r
 541                 }\r
 542 \r
 543                 // drag to left\r
 544                 else\r
 545                 {\r
 546                     /// Are we able to delete?\r
 547                     // ie are all columns blank?\r
 548 \r
 549                     for (int s = 0; s < sg.getSize(); s++)\r
 550                     {\r
 551                         seq = sg.getSequenceAt(s);\r
 552 \r
 553                         for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 554                         {\r
 555                             if (seq.getSequence().length() <= j)\r
 556                             {\r
 557                                 continue;\r
 558                             }\r
 559 \r
 560                             if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
 561                                         seq.getSequence().charAt(j)))\r
 562                             {\r
 563                                 // Not a gap, block edit not valid\r
 564                                 endEditing();\r
 565                                 return;\r
 566                             }\r
 567                         }\r
 568                     }\r
 569 \r
 570                     if(res<sg.getStartRes())\r
 571                     {\r
 572                       sg.setStartRes(sg.getStartRes() - 1);\r
 573                     }\r
 574                     sg.setEndRes(sg.getEndRes() - (lastres - res));\r
 575                 }\r
 576 \r
 577                 for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 578                 {\r
 579                     seq = sg.getSequenceAt(i);\r
 580 \r
 581                     // drag to right\r
 582                     if (dragRight)\r
 583                     {\r
 584                         for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 585                         {\r
 586                             insertChar(j, seq, blankColumn);\r
 587                         }\r
 588                     }\r
 589 \r
 590                     // drag to left\r
 591                     else\r
 592                     {\r
 593                         for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 594                         {\r
 595                             if (seq.getLength()-1 > res)\r
 596                             {\r
 597                                 deleteChar(res, seq);\r
 598                             }\r
 599                         }\r
 600                     }\r
 601                 }\r
 602             }\r
 603             else /////Editing a single sequence///////////\r
 604             {\r
 605                 seq = av.alignment.getSequenceAt(startseq);\r
 606                 if ((res < av.getAlignment().getWidth()) && (res > lastres))\r
 607                 {\r
 608                     // dragging to the right\r
 609                     for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 610                     {\r
 611                         insertChar(j, seq, j);\r
 612                     }\r
 613                 }\r
 614                 else if ((res < av.getAlignment().getWidth()) &&\r
 615                         (res < lastres))\r
 616                 {\r
 617                     // dragging to the left\r
 618                     for (int j = lastres; j > res; j--)\r
 619                     {\r
 620                         if (jalview.util.Comparison.isGap(\r
 621                                     av.alignment.getSequenceAt(startseq)\r
 622                                                     .getSequence().charAt(res)))\r
 623                         {\r
 624                             deleteChar(res, seq);\r
 625                         }\r
 626                         else\r
 627                         {\r
 628                             break;\r
 629                         }\r
 630                     }\r
 631                 }\r
 632             }\r
 633         }\r
 634 \r
 635         mouseDragging = true;\r
 636         if(scrollThread!=null)\r
 637           scrollThread.setEvent(evt);\r
 638 \r
 639         endEdit = res;\r
 640         lastres = res;\r
 641         seqCanvas.repaint();\r
 642     }\r
 643 \r
 644     /**\r
 645      * DOCUMENT ME!\r
 646      *\r
 647      * @param e DOCUMENT ME!\r
 648      */\r
 649     public void mouseEntered(MouseEvent e)\r
 650     {\r
 651         if(oldSeq < 0)\r
 652           oldSeq = 0;\r
 653 \r
 654         if (scrollThread != null)\r
 655         {\r
 656             scrollThread.running = false;\r
 657             scrollThread = null;\r
 658         }\r
 659     }\r
 660 \r
 661     /**\r
 662      * DOCUMENT ME!\r
 663      *\r
 664      * @param e DOCUMENT ME!\r
 665      */\r
 666     public void mouseExited(MouseEvent e)\r
 667     {\r
 668         if (av.getWrapAlignment())\r
 669         {\r
 670             return;\r
 671         }\r
 672 \r
 673         if (mouseDragging)\r
 674         {\r
 675             scrollThread = new ScrollThread();\r
 676         }\r
 677     }\r
 678 \r
 679     public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
 680     {}\r
 681 \r
 682     public void mouseWheelMoved(MouseWheelEvent e)\r
 683     {\r
 684       if (mouseWheelPressed)\r
 685       {\r
 686         Font font = av.getFont();\r
 687         int fontSize = font.getSize();\r
 688         if (e.getWheelRotation() > 0 && fontSize < 51)\r
 689           fontSize++;\r
 690         else if (fontSize > 1)\r
 691           fontSize--;\r
 692 \r
 693         av.setFont(new Font(font.getName(), font.getStyle(), fontSize));\r
 694         ap.fontChanged();\r
 695       }\r
 696       else\r
 697       {\r
 698         if (e.getWheelRotation() > 0)\r
 699           ap.scrollUp(false);\r
 700         else\r
 701           ap.scrollUp(true);\r
 702       }\r
 703 \r
 704     }\r
 705 \r
 706 \r
 707     /**\r
 708      * DOCUMENT ME!\r
 709      *\r
 710      * @param j DOCUMENT ME!\r
 711      * @param seq DOCUMENT ME!\r
 712      */\r
 713     void insertChar(int j, SequenceI seq, int blankColumn)\r
 714     {\r
 715         if(av.hasHiddenColumns)\r
 716         {\r
 717           //Find the next gap before the end of the visible region boundary\r
 718           int lastCol = av.getColumnSelection().getHiddenRegionBoundary(j);\r
 719           if(lastCol != j)\r
 720           {\r
 721             if (!groupEditing || lastCol <= j)\r
 722             {\r
 723               blankColumn = lastCol;\r
 724               //If lastCol > j, theres a boundary after the gap insertion\r
 725               if (lastCol > j)\r
 726               {\r
 727                 for (blankColumn = lastCol; blankColumn > j; blankColumn--)\r
 728                 {\r
 729                   if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(blankColumn)))\r
 730                   {\r
 731                     //Theres a space, so break and insert the gap\r
 732                     break;\r
 733                   }\r
 734                 }\r
 735 \r
 736                 if (blankColumn <= j)\r
 737                 {\r
 738                   endEditing();\r
 739                   return;\r
 740                 }\r
 741               }\r
 742 \r
 743             }\r
 744 \r
 745             // Editing with hidden regions only!!\r
 746             seq.deleteCharAt(blankColumn);\r
 747           }\r
 748       }\r
 749 \r
 750         seq.insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
 751         seqEditOccurred = true;\r
 752     }\r
 753 \r
 754     /**\r
 755      * DOCUMENT ME!\r
 756      *\r
 757      * @param j DOCUMENT ME!\r
 758      * @param seq DOCUMENT ME!\r
 759      */\r
 760     public void deleteChar(int j, SequenceI seq)\r
 761     {\r
 762       if (av.hasHiddenColumns)\r
 763       {\r
 764         //Find the next gap before the end of the visible region boundary\r
 765         int lastCol = av.getColumnSelection().getHiddenRegionBoundary(j);\r
 766 \r
 767         //If lastCol > j, theres a boundary after the gap insertion\r
 768         if (lastCol > j)\r
 769         {\r
 770           seq.insertCharAt(lastCol, av.getGapCharacter());\r
 771         }\r
 772       }\r
 773 \r
 774         seq.deleteCharAt(j);\r
 775         seqEditOccurred = true;\r
 776 \r
 777         seqCanvas.repaint();\r
 778     }\r
 779 \r
 780     /**\r
 781      * DOCUMENT ME!\r
 782      *\r
 783      * @param i DOCUMENT ME!\r
 784      */\r
 785     void editOccurred()\r
 786     {\r
 787       if (endEdit == startEdit)\r
 788       {\r
 789         ap.alignFrame.historyList.pop();\r
 790         ap.alignFrame.updateEditMenuBar();\r
 791       }\r
 792 \r
 793       av.firePropertyChange("alignment", null,av.getAlignment().getSequences());\r
 794 \r
 795     }\r
 796 \r
 797     /**\r
 798      * DOCUMENT ME!\r
 799      *\r
 800      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 801      */\r
 802     public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 803     {\r
 804       int res = findRes(evt);\r
 805       int seq = findSeq(evt);\r
 806       oldSeq = seq;\r
 807 \r
 808       startWrapBlock=wrappedBlock;\r
 809 \r
 810       if(av.wrapAlignment && seq>av.alignment.getHeight())\r
 811       {\r
 812           JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
 813               "Cannot edit annotations in wrapped view.",\r
 814               "Wrapped view - no edit",\r
 815               JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
 816         return;\r
 817       }\r
 818 \r
 819       if(seq<0 || res<0)\r
 820             return;\r
 821 \r
 822 \r
 823         SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 824 \r
 825         if ((sequence == null) || (res > sequence.getLength()))\r
 826         {\r
 827             return;\r
 828         }\r
 829 \r
 830         stretchGroup = av.getSelectionGroup();\r
 831 \r
 832         if (stretchGroup == null)\r
 833         {\r
 834             stretchGroup = av.alignment.findGroup(sequence);\r
 835 \r
 836             if ((stretchGroup != null) && (res > stretchGroup.getStartRes()) &&\r
 837                     (res < stretchGroup.getEndRes()))\r
 838             {\r
 839                 av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
 840             }\r
 841             else\r
 842             {\r
 843                 stretchGroup = null;\r
 844             }\r
 845         }\r
 846         else if (!stretchGroup.sequences.contains(sequence) ||\r
 847                 (stretchGroup.getStartRes() > res) ||\r
 848                 (stretchGroup.getEndRes() < res))\r
 849         {\r
 850             stretchGroup = null;\r
 851 \r
 852             SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups(sequence);\r
 853 \r
 854             if (allGroups != null)\r
 855             {\r
 856                 for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
 857                 {\r
 858                     if ((allGroups[i].getStartRes() <= res) &&\r
 859                             (allGroups[i].getEndRes() >= res))\r
 860                     {\r
 861                         stretchGroup = allGroups[i];\r
 862                         av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
 863 \r
 864                         break;\r
 865                     }\r
 866                 }\r
 867             }\r
 868         }\r
 869 \r
 870         if (stretchGroup == null)\r
 871         {\r
 872             // define a new group here\r
 873             SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 874             sg.setStartRes(res);\r
 875             sg.setEndRes(res);\r
 876             sg.addSequence(sequence, false);\r
 877             av.setSelectionGroup(sg);\r
 878             stretchGroup = sg;\r
 879 \r
 880             if (av.getConservationSelected())\r
 881             {\r
 882                 SliderPanel.setConservationSlider(ap,\r
 883                     av.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
 884             }\r
 885 \r
 886             if (av.getAbovePIDThreshold())\r
 887             {\r
 888                 SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
 889                     "Background");\r
 890             }\r
 891         }\r
 892         else if (javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
 893         {\r
 894             jalview.gui.PopupMenu pop = new jalview.gui.PopupMenu(ap, null);\r
 895             pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 896 \r
 897             // edit the properties of existing group\r
 898         }\r
 899 \r
 900         if ((stretchGroup != null) && (stretchGroup.getEndRes() == res))\r
 901         {\r
 902             // Edit end res position of selected group\r
 903             changeEndRes = true;\r
 904         }\r
 905         else if ((stretchGroup != null) && (stretchGroup.getStartRes() == res))\r
 906         {\r
 907             // Edit end res position of selected group\r
 908             changeStartRes = true;\r
 909         }\r
 910 \r
 911         stretchGroup.getWidth();\r
 912 \r
 913         seqCanvas.repaint();\r
 914     }\r
 915 \r
 916     /**\r
 917      * DOCUMENT ME!\r
 918      *\r
 919      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 920      */\r
 921     public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 922     {\r
 923         if (stretchGroup == null)\r
 924         {\r
 925             return;\r
 926         }\r
 927 \r
 928 \r
 929         if(stretchGroup.cs!=null)\r
 930         {\r
 931           if (stretchGroup.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
 932           {\r
 933             ( (ClustalxColourScheme) stretchGroup.cs).resetClustalX(stretchGroup.\r
 934                 sequences,\r
 935                 stretchGroup.getWidth());\r
 936           }\r
 937 \r
 938           if (stretchGroup.cs.conservationApplied())\r
 939           {\r
 940             SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,\r
 941                                               stretchGroup.getName());\r
 942             stretchGroup.recalcConservation();\r
 943           }\r
 944           else\r
 945           {\r
 946             SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,\r
 947                                            stretchGroup.getName());\r
 948           }\r
 949         }\r
 950         changeEndRes = false;\r
 951         changeStartRes = false;\r
 952         stretchGroup = null;\r
 953         PaintRefresher.Refresh(av.alignment);\r
 954     }\r
 955 \r
 956     /**\r
 957      * DOCUMENT ME!\r
 958      *\r
 959      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 960      */\r
 961     public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 962     {\r
 963       int res = findRes(evt);\r
 964       int y = findSeq(evt);\r
 965 \r
 966       if(wrappedBlock!=startWrapBlock)\r
 967         return;\r
 968 \r
 969        if (stretchGroup == null)\r
 970        {\r
 971             return;\r
 972        }\r
 973 \r
 974 \r
 975         if(y > av.alignment.getHeight())\r
 976         {\r
 977           y = av.alignment.getHeight() -1;\r
 978         }\r
 979 \r
 980         if (stretchGroup.getEndRes() == res)\r
 981         {\r
 982             // Edit end res position of selected group\r
 983             changeEndRes = true;\r
 984         }\r
 985         else if (stretchGroup.getStartRes() == res)\r
 986         {\r
 987             // Edit start res position of selected group\r
 988             changeStartRes = true;\r
 989         }\r
 990 \r
 991         if (res < av.getStartRes())\r
 992         {\r
 993             res = av.getStartRes();\r
 994         }\r
 995 \r
 996         if (changeEndRes)\r
 997         {\r
 998             if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))\r
 999             {\r
1000                 stretchGroup.setEndRes(res);\r
1001             }\r
1002         }\r
1003         else if (changeStartRes)\r
1004         {\r
1005             if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))\r
1006             {\r
1007                 stretchGroup.setStartRes(res);\r
1008             }\r
1009         }\r
1010 \r
1011         int dragDirection = 0;\r
1012 \r
1013         if (y > oldSeq)\r
1014         {\r
1015             dragDirection = 1;\r
1016         }\r
1017         else if (y < oldSeq)\r
1018         {\r
1019             dragDirection = -1;\r
1020         }\r
1021 \r
1022 \r
1023         while ((y != oldSeq) && (oldSeq > -1) && (y < av.alignment.getHeight()))\r
1024         {\r
1025             // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
1026             // selection is quite slow.\r
1027             Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1028 \r
1029             oldSeq += dragDirection;\r
1030 \r
1031             if(oldSeq<0)\r
1032               break;\r
1033 \r
1034             Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1035 \r
1036             if (stretchGroup.sequences.contains(nextSeq))\r
1037             {\r
1038                 stretchGroup.deleteSequence(seq, false);\r
1039             }\r
1040             else\r
1041             {\r
1042                 if (seq != null)\r
1043                 {\r
1044                     stretchGroup.addSequence(seq, false);\r
1045                 }\r
1046 \r
1047                 stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);\r
1048             }\r
1049         }\r
1050 \r
1051         if(oldSeq < 0)\r
1052           oldSeq = -1;\r
1053 \r
1054         mouseDragging = true;\r
1055 \r
1056         if (scrollThread != null)\r
1057         {\r
1058             scrollThread.setEvent(evt);\r
1059         }\r
1060 \r
1061         seqCanvas.repaint();\r
1062     }\r
1063 \r
1064 \r
1065 \r
1066     // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
1067     class ScrollThread extends Thread\r
1068     {\r
1069         MouseEvent evt;\r
1070         boolean running = false;\r
1071 \r
1072         public ScrollThread()\r
1073         {\r
1074             start();\r
1075         }\r
1076 \r
1077         public void setEvent(MouseEvent e)\r
1078         {\r
1079             evt = e;\r
1080         }\r
1081 \r
1082         public void stopScrolling()\r
1083         {\r
1084             running = false;\r
1085         }\r
1086 \r
1087         public void run()\r
1088         {\r
1089             running = true;\r
1090 \r
1091             while (running)\r
1092             {\r
1093                 if (evt != null)\r
1094                 {\r
1095                     if (mouseDragging && (evt.getY() < 0) &&\r
1096                             (av.getStartSeq() > 0))\r
1097                     {\r
1098                         running = ap.scrollUp(true);\r
1099                     }\r
1100 \r
1101                     if (mouseDragging && (evt.getY() >= getHeight()) &&\r
1102                             (av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq()))\r
1103                     {\r
1104                         running = ap.scrollUp(false);\r
1105                     }\r
1106 \r
1107                     if (mouseDragging && (evt.getX() < 0))\r
1108                     {\r
1109                         running = ap.scrollRight(true);\r
1110                     }\r
1111                     else if (mouseDragging && (evt.getX() >= getWidth()))\r
1112                     {\r
1113                         running = ap.scrollRight(false);\r
1114                     }\r
1115                 }\r
1116 \r
1117                 try\r
1118                 {\r
1119                     Thread.sleep(20);\r
1120                 }\r
1121                 catch (Exception ex)\r
1122                 {\r
1123                 }\r
1124             }\r
1125         }\r
1126     }\r
1127 }\r