src/jalview/gui/SeqPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewportI;
  24 import jalview.bin.Cache;
  25 import jalview.commands.EditCommand;
  26 import jalview.commands.EditCommand.Action;
  27 import jalview.commands.EditCommand.Edit;
  28 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  29 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  30 import jalview.datamodel.SearchResultMatchI;
  31 import jalview.datamodel.SearchResults;
  32 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
  33 import jalview.datamodel.Sequence;
  34 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  35 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  36 import jalview.datamodel.SequenceI;
  37 import jalview.io.SequenceAnnotationReport;
  38 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  39 import jalview.structure.SelectionListener;
  40 import jalview.structure.SelectionSource;
  41 import jalview.structure.SequenceListener;
  42 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  43 import jalview.structure.VamsasSource;
  44 import jalview.util.Comparison;
  45 import jalview.util.MappingUtils;
  46 import jalview.util.MessageManager;
  47 import jalview.util.Platform;
  48 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  49
  50 import java.awt.BorderLayout;
  51 import java.awt.Color;
  52 import java.awt.Font;
  53 import java.awt.FontMetrics;
  54 import java.awt.Point;
  55 import java.awt.event.MouseEvent;
  56 import java.awt.event.MouseListener;
  57 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  58 import java.awt.event.MouseWheelEvent;
  59 import java.awt.event.MouseWheelListener;
  60 import java.util.ArrayList;
  61 import java.util.List;
  62
  63 import javax.swing.JPanel;
  64 import javax.swing.SwingUtilities;
  65 import javax.swing.ToolTipManager;
  66
  67 /**
  68  * DOCUMENT ME!
  69  *
  70  * @author $author$
  71  * @version $Revision: 1.130 $
  72  */
  73 public class SeqPanel extends JPanel implements MouseListener,
  74         MouseMotionListener, MouseWheelListener, SequenceListener,
  75         SelectionListener
  76
  77 {
  78   /** DOCUMENT ME!! */
  79   public SeqCanvas seqCanvas;
  80
  81   /** DOCUMENT ME!! */
  82   public AlignmentPanel ap;
  83
  84   protected int lastres;
  85
  86   protected int startseq;
  87
  88   protected AlignViewport av;
  89
  90   ScrollThread scrollThread = null;
  91
  92   boolean mouseDragging = false;
  93
  94   boolean editingSeqs = false;
  95
  96   boolean groupEditing = false;
  97
  98   // ////////////////////////////////////////
  99   // ///Everything below this is for defining the boundary of the rubberband
 100   // ////////////////////////////////////////
 101   int oldSeq = -1;
 102
 103   boolean changeEndSeq = false;
 104
 105   boolean changeStartSeq = false;
 106
 107   boolean changeEndRes = false;
 108
 109   boolean changeStartRes = false;
 110
 111   SequenceGroup stretchGroup = null;
 112
 113   boolean remove = false;
 114
 115   Point lastMousePress;
 116
 117   boolean mouseWheelPressed = false;
 118
 119   StringBuffer keyboardNo1;
 120
 121   StringBuffer keyboardNo2;
 122
 123   java.net.URL linkImageURL;
 124
 125   private final SequenceAnnotationReport seqARep;
 126
 127   StringBuilder tooltipText = new StringBuilder();
 128
 129   String tmpString;
 130
 131   EditCommand editCommand;
 132
 133   StructureSelectionManager ssm;
 134
 135   SearchResultsI lastSearchResults;
 136
 137   /**
 138    * Creates a new SeqPanel object.
 139    *
 140    * @param avp
 141    *          DOCUMENT ME!
 142    * @param p
 143    *          DOCUMENT ME!
 144    */
 145   public SeqPanel(AlignViewport av, AlignmentPanel ap)
 146   {
 147     linkImageURL = getClass().getResource("/images/link.gif");
 148     seqARep = new SequenceAnnotationReport(linkImageURL.toString());
 149     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);
 150     ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);
 151     ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);
 152     this.av = av;
 153     setBackground(Color.white);
 154
 155     seqCanvas = new SeqCanvas(ap);
 156     setLayout(new BorderLayout());
 157     add(seqCanvas, BorderLayout.CENTER);
 158
 159     this.ap = ap;
 160
 161     if (!av.isDataset())
 162     {
 163       addMouseMotionListener(this);
 164       addMouseListener(this);
 165       addMouseWheelListener(this);
 166       ssm = av.getStructureSelectionManager();
 167       ssm.addStructureViewerListener(this);
 168       ssm.addSelectionListener(this);
 169     }
 170   }
 171
 172   int startWrapBlock = -1;
 173
 174   int wrappedBlock = -1;
 175
 176   /**
 177    * Returns the aligned sequence position (base 0) at the mouse position, or
 178    * the closest visible one
 179    *
 180    * @param evt
 181    * @return
 182    */
 183   int findRes(MouseEvent evt)
 184   {
 185     int res = 0;
 186     int x = evt.getX();
 187
 188     if (av.getWrapAlignment())
 189     {
 190
 191       int hgap = av.getCharHeight();
 192       if (av.getScaleAboveWrapped())
 193       {
 194         hgap += av.getCharHeight();
 195       }
 196
 197       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.getCharHeight()
 198               + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();
 199
 200       int y = evt.getY();
 201       y -= hgap;
 202       x -= seqCanvas.LABEL_WEST;
 203
 204       int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(this.getWidth());
 205       if (cwidth < 1)
 206       {
 207         return 0;
 208       }
 209
 210       wrappedBlock = y / cHeight;
 211       wrappedBlock += av.getStartRes() / cwidth;
 212
 213       res = wrappedBlock * cwidth + x / av.getCharWidth();
 214
 215     }
 216     else
 217     {
 218       if (x > seqCanvas.getX() + seqCanvas.getWidth())
 219       {
 220         // make sure we calculate relative to visible alignment, rather than
 221         // right-hand gutter
 222         x = seqCanvas.getX() + seqCanvas.getWidth();
 223       }
 224       res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();
 225       if (res > av.getEndRes())
 226       {
 227         // moused off right
 228         res = av.getEndRes();
 229       }
 230     }
 231
 232     if (av.hasHiddenColumns())
 233     {
 234       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);
 235     }
 236
 237     return res;
 238
 239   }
 240
 241   int findSeq(MouseEvent evt)
 242   {
 243     int seq = 0;
 244     int y = evt.getY();
 245
 246     if (av.getWrapAlignment())
 247     {
 248       int hgap = av.getCharHeight();
 249       if (av.getScaleAboveWrapped())
 250       {
 251         hgap += av.getCharHeight();
 252       }
 253
 254       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.getCharHeight()
 255               + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();
 256
 257       y -= hgap;
 258
 259       seq = Math.min((y % cHeight) / av.getCharHeight(), av.getAlignment()
 260               .getHeight() - 1);
 261     }
 262     else
 263     {
 264       seq = Math.min((y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq(), av
 265               .getAlignment().getHeight() - 1);
 266     }
 267
 268     return seq;
 269   }
 270
 271   /**
 272    * When all of a sequence of edits are complete, put the resulting edit list
 273    * on the history stack (undo list), and reset flags for editing in progress.
 274    */
 275   void endEditing()
 276   {
 277     try
 278     {
 279       if (editCommand != null && editCommand.getSize() > 0)
 280       {
 281         ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
 282         av.firePropertyChange("alignment", null, av.getAlignment()
 283                 .getSequences());
 284       }
 285     } finally
 286     {
 287       /*
 288        * Tidy up come what may...
 289        */
 290       startseq = -1;
 291       lastres = -1;
 292       editingSeqs = false;
 293       groupEditing = false;
 294       keyboardNo1 = null;
 295       keyboardNo2 = null;
 296       editCommand = null;
 297     }
 298   }
 299
 300   void setCursorRow()
 301   {
 302     seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo1() - 1;
 303     scrollToVisible();
 304   }
 305
 306   void setCursorColumn()
 307   {
 308     seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;
 309     scrollToVisible();
 310   }
 311
 312   void setCursorRowAndColumn()
 313   {
 314     if (keyboardNo2 == null)
 315     {
 316       keyboardNo2 = new StringBuffer();
 317     }
 318     else
 319     {
 320       seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;
 321       seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo2() - 1;
 322       scrollToVisible();
 323     }
 324   }
 325
 326   void setCursorPosition()
 327   {
 328     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);
 329
 330     seqCanvas.cursorX = sequence.findIndex(getKeyboardNo1()) - 1;
 331     scrollToVisible();
 332   }
 333
 334   void moveCursor(int dx, int dy)
 335   {
 336     seqCanvas.cursorX += dx;
 337     seqCanvas.cursorY += dy;
 338     if (av.hasHiddenColumns()
 339             && !av.getColumnSelection().isVisible(seqCanvas.cursorX))
 340     {
 341       int original = seqCanvas.cursorX - dx;
 342       int maxWidth = av.getAlignment().getWidth();
 343
 344       while (!av.getColumnSelection().isVisible(seqCanvas.cursorX)
 345               && seqCanvas.cursorX < maxWidth && seqCanvas.cursorX > 0)
 346       {
 347         seqCanvas.cursorX += dx;
 348       }
 349
 350       if (seqCanvas.cursorX >= maxWidth
 351               || !av.getColumnSelection().isVisible(seqCanvas.cursorX))
 352       {
 353         seqCanvas.cursorX = original;
 354       }
 355     }
 356
 357     scrollToVisible();
 358   }
 359
 360   void scrollToVisible()
 361   {
 362     if (seqCanvas.cursorX < 0)
 363     {
 364       seqCanvas.cursorX = 0;
 365     }
 366     else if (seqCanvas.cursorX > av.getAlignment().getWidth() - 1)
 367     {
 368       seqCanvas.cursorX = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 369     }
 370
 371     if (seqCanvas.cursorY < 0)
 372     {
 373       seqCanvas.cursorY = 0;
 374     }
 375     else if (seqCanvas.cursorY > av.getAlignment().getHeight() - 1)
 376     {
 377       seqCanvas.cursorY = av.getAlignment().getHeight() - 1;
 378     }
 379
 380     endEditing();
 381     if (av.getWrapAlignment())
 382     {
 383       ap.scrollToWrappedVisible(seqCanvas.cursorX);
 384     }
 385     else
 386     {
 387       while (seqCanvas.cursorY < av.startSeq)
 388       {
 389         ap.scrollUp(true);
 390       }
 391       while (seqCanvas.cursorY + 1 > av.endSeq)
 392       {
 393         ap.scrollUp(false);
 394       }
 395       if (!av.getWrapAlignment())
 396       {
 397         while (seqCanvas.cursorX < av.getColumnSelection()
 398                 .adjustForHiddenColumns(av.startRes))
 399         {
 400           if (!ap.scrollRight(false))
 401           {
 402             break;
 403           }
 404         }
 405         while (seqCanvas.cursorX > av.getColumnSelection()
 406                 .adjustForHiddenColumns(av.endRes))
 407         {
 408           if (!ap.scrollRight(true))
 409           {
 410             break;
 411           }
 412         }
 413       }
 414     }
 415     setStatusMessage(av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY),
 416             seqCanvas.cursorX, seqCanvas.cursorY);
 417
 418     seqCanvas.repaint();
 419   }
 420
 421   void setSelectionAreaAtCursor(boolean topLeft)
 422   {
 423     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);
 424
 425     if (av.getSelectionGroup() != null)
 426     {
 427       SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
 428       // Find the top and bottom of this group
 429       int min = av.getAlignment().getHeight(), max = 0;
 430       for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)
 431       {
 432         int index = av.getAlignment().findIndex(sg.getSequenceAt(i));
 433         if (index > max)
 434         {
 435           max = index;
 436         }
 437         if (index < min)
 438         {
 439           min = index;
 440         }
 441       }
 442
 443       max++;
 444
 445       if (topLeft)
 446       {
 447         sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 448         if (sg.getEndRes() < seqCanvas.cursorX)
 449         {
 450           sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 451         }
 452
 453         min = seqCanvas.cursorY;
 454       }
 455       else
 456       {
 457         sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 458         if (sg.getStartRes() > seqCanvas.cursorX)
 459         {
 460           sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 461         }
 462
 463         max = seqCanvas.cursorY + 1;
 464       }
 465
 466       if (min > max)
 467       {
 468         // Only the user can do this
 469         av.setSelectionGroup(null);
 470       }
 471       else
 472       {
 473         // Now add any sequences between min and max
 474         sg.getSequences(null).clear();
 475         for (int i = min; i < max; i++)
 476         {
 477           sg.addSequence(av.getAlignment().getSequenceAt(i), false);
 478         }
 479       }
 480     }
 481
 482     if (av.getSelectionGroup() == null)
 483     {
 484       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 485       sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 486       sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 487       sg.addSequence(sequence, false);
 488       av.setSelectionGroup(sg);
 489     }
 490
 491     ap.paintAlignment(false);
 492     av.sendSelection();
 493   }
 494
 495   void insertGapAtCursor(boolean group)
 496   {
 497     groupEditing = group;
 498     startseq = seqCanvas.cursorY;
 499     lastres = seqCanvas.cursorX;
 500     editSequence(true, false, seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1());
 501     endEditing();
 502   }
 503
 504   void deleteGapAtCursor(boolean group)
 505   {
 506     groupEditing = group;
 507     startseq = seqCanvas.cursorY;
 508     lastres = seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1();
 509     editSequence(false, false, seqCanvas.cursorX);
 510     endEditing();
 511   }
 512
 513   void insertNucAtCursor(boolean group, String nuc)
 514   {
 515     // TODO not called - delete?
 516     groupEditing = group;
 517     startseq = seqCanvas.cursorY;
 518     lastres = seqCanvas.cursorX;
 519     editSequence(false, true, seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1());
 520     endEditing();
 521   }
 522
 523   void numberPressed(char value)
 524   {
 525     if (keyboardNo1 == null)
 526     {
 527       keyboardNo1 = new StringBuffer();
 528     }
 529
 530     if (keyboardNo2 != null)
 531     {
 532       keyboardNo2.append(value);
 533     }
 534     else
 535     {
 536       keyboardNo1.append(value);
 537     }
 538   }
 539
 540   int getKeyboardNo1()
 541   {
 542     try
 543     {
 544       if (keyboardNo1 != null)
 545       {
 546         int value = Integer.parseInt(keyboardNo1.toString());
 547         keyboardNo1 = null;
 548         return value;
 549       }
 550     } catch (Exception x)
 551     {
 552     }
 553     keyboardNo1 = null;
 554     return 1;
 555   }
 556
 557   int getKeyboardNo2()
 558   {
 559     try
 560     {
 561       if (keyboardNo2 != null)
 562       {
 563         int value = Integer.parseInt(keyboardNo2.toString());
 564         keyboardNo2 = null;
 565         return value;
 566       }
 567     } catch (Exception x)
 568     {
 569     }
 570     keyboardNo2 = null;
 571     return 1;
 572   }
 573
 574   /**
 575    * DOCUMENT ME!
 576    *
 577    * @param evt
 578    *          DOCUMENT ME!
 579    */
 580   @Override
 581   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 582   {
 583     mouseDragging = false;
 584     mouseWheelPressed = false;
 585
 586     if (evt.isPopupTrigger()) // Windows: mouseReleased
 587     {
 588       showPopupMenu(evt);
 589       evt.consume();
 590       return;
 591     }
 592
 593     if (!editingSeqs)
 594     {
 595       doMouseReleasedDefineMode(evt);
 596       return;
 597     }
 598
 599     endEditing();
 600   }
 601
 602   /**
 603    * DOCUMENT ME!
 604    *
 605    * @param evt
 606    *          DOCUMENT ME!
 607    */
 608   @Override
 609   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 610   {
 611     lastMousePress = evt.getPoint();
 612
 613     if (SwingUtilities.isMiddleMouseButton(evt))
 614     {
 615       mouseWheelPressed = true;
 616       return;
 617     }
 618
 619     boolean isControlDown = Platform.isControlDown(evt);
 620     if (evt.isShiftDown() || isControlDown)
 621     {
 622       editingSeqs = true;
 623       if (isControlDown)
 624       {
 625         groupEditing = true;
 626       }
 627     }
 628     else
 629     {
 630       doMousePressedDefineMode(evt);
 631       return;
 632     }
 633
 634     int seq = findSeq(evt);
 635     int res = findRes(evt);
 636
 637     if (seq < 0 || res < 0)
 638     {
 639       return;
 640     }
 641
 642     if ((seq < av.getAlignment().getHeight())
 643             && (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))
 644     {
 645       startseq = seq;
 646       lastres = res;
 647     }
 648     else
 649     {
 650       startseq = -1;
 651       lastres = -1;
 652     }
 653
 654     return;
 655   }
 656
 657   String lastMessage;
 658
 659   @Override
 660   public void mouseOverSequence(SequenceI sequence, int index, int pos)
 661   {
 662     String tmp = sequence.hashCode() + " " + index + " " + pos;
 663
 664     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(tmp))
 665     {
 666       // System.err.println("mouseOver Sequence: "+tmp);
 667       ssm.mouseOverSequence(sequence, index, pos, av);
 668     }
 669     lastMessage = tmp;
 670   }
 671
 672   /**
 673    * Highlight the mapped region described by the search results object (unless
 674    * unchanged). This supports highlight of protein while mousing over linked
 675    * cDNA and vice versa. The status bar is also updated to show the location of
 676    * the start of the highlighted region.
 677    */
 678   @Override
 679   public void highlightSequence(SearchResultsI results)
 680   {
 681     if (results == null || results.equals(lastSearchResults))
 682     {
 683       return;
 684     }
 685     lastSearchResults = results;
 686
 687     if (av.isFollowHighlight())
 688     {
 689       /*
 690        * if scrollToPosition requires a scroll adjustment, this flag prevents
 691        * another scroll event being propagated back to the originator
 692        *
 693        * @see AlignmentPanel#adjustmentValueChanged
 694        */
 695       ap.setDontScrollComplement(true);
 696       if (ap.scrollToPosition(results, false))
 697       {
 698         seqCanvas.revalidate();
 699       }
 700     }
 701     setStatusMessage(results);
 702     seqCanvas.highlightSearchResults(results);
 703   }
 704
 705   @Override
 706   public VamsasSource getVamsasSource()
 707   {
 708     return this.ap == null ? null : this.ap.av;
 709   }
 710
 711   @Override
 712   public void updateColours(SequenceI seq, int index)
 713   {
 714     System.out.println("update the seqPanel colours");
 715     // repaint();
 716   }
 717
 718   /**
 719    * DOCUMENT ME!
 720    *
 721    * @param evt
 722    *          DOCUMENT ME!
 723    */
 724   @Override
 725   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 726   {
 727     if (editingSeqs)
 728     {
 729       // This is because MacOSX creates a mouseMoved
 730       // If control is down, other platforms will not.
 731       mouseDragged(evt);
 732     }
 733
 734     int res = findRes(evt);
 735     int seq = findSeq(evt);
 736     int pos;
 737     if (res < 0 || seq < 0 || seq >= av.getAlignment().getHeight())
 738     {
 739       return;
 740     }
 741
 742     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
 743
 744     if (res >= sequence.getLength())
 745     {
 746       return;
 747     }
 748
 749     pos = setStatusMessage(sequence, res, seq);
 750     if (ssm != null && pos > -1)
 751     {
 752       mouseOverSequence(sequence, res, pos);
 753     }
 754
 755     tooltipText.setLength(6); // Cuts the buffer back to <html>
 756
 757     SequenceGroup[] groups = av.getAlignment().findAllGroups(sequence);
 758     if (groups != null)
 759     {
 760       for (int g = 0; g < groups.length; g++)
 761       {
 762         if (groups[g].getStartRes() <= res && groups[g].getEndRes() >= res)
 763         {
 764           if (!groups[g].getName().startsWith("JTreeGroup")
 765                   && !groups[g].getName().startsWith("JGroup"))
 766           {
 767             tooltipText.append(groups[g].getName());
 768           }
 769
 770           if (groups[g].getDescription() != null)
 771           {
 772             tooltipText.append(": " + groups[g].getDescription());
 773           }
 774         }
 775       }
 776     }
 777
 778     // use aa to see if the mouse pointer is on a
 779     if (av.isShowSequenceFeatures())
 780     {
 781       int rpos;
 782       List<SequenceFeature> features = ap.getFeatureRenderer()
 783               .findFeaturesAtRes(sequence.getDatasetSequence(),
 784                       rpos = sequence.findPosition(res));
 785       seqARep.appendFeatures(tooltipText, rpos, features,
 786               this.ap.getSeqPanel().seqCanvas.fr.getMinMax());
 787     }
 788     if (tooltipText.length() == 6) // <html>
 789     {
 790       setToolTipText(null);
 791       lastTooltip = null;
 792     }
 793     else
 794     {
 795       if (lastTooltip == null
 796               || !lastTooltip.equals(tooltipText.toString()))
 797       {
 798         String formatedTooltipText = JvSwingUtils.wrapTooltip(true,
 799                 tooltipText.toString());
 800         // String formatedTooltipText = tooltipText.toString();
 801         setToolTipText(formatedTooltipText);
 802         lastTooltip = tooltipText.toString();
 803       }
 804
 805     }
 806
 807   }
 808
 809   private Point lastp = null;
 810
 811   /*
 812    * (non-Javadoc)
 813    *
 814    * @see javax.swing.JComponent#getToolTipLocation(java.awt.event.MouseEvent)
 815    */
 816   @Override
 817   public Point getToolTipLocation(MouseEvent event)
 818   {
 819     int x = event.getX(), w = getWidth();
 820     int wdth = (w - x < 200) ? -(w / 2) : 5; // switch sides when tooltip is too
 821     // close to edge
 822     Point p = lastp;
 823     if (!event.isShiftDown() || p == null)
 824     {
 825       p = (tooltipText != null && tooltipText.length() > 6) ? new Point(
 826               event.getX() + wdth, event.getY() - 20) : null;
 827     }
 828     /*
 829      * TODO: try to modify position region is not obcured by tooltip
 830      */
 831     return lastp = p;
 832   }
 833
 834   String lastTooltip;
 835
 836   /**
 837    * set when the current UI interaction has resulted in a change that requires
 838    * overview shading to be recalculated. this could be changed to something
 839    * more expressive that indicates what actually has changed, so selective
 840    * redraws can be applied
 841    */
 842   private boolean needOverviewUpdate = false; // TODO: refactor to avcontroller
 843
 844   /**
 845    * set if av.getSelectionGroup() refers to a group that is defined on the
 846    * alignment view, rather than a transient selection
 847    */
 848   // private boolean editingDefinedGroup = false; // TODO: refactor to
 849   // avcontroller or viewModel
 850
 851   /**
 852    * Set status message in alignment panel
 853    *
 854    * @param sequence
 855    *          aligned sequence object
 856    * @param res
 857    *          alignment column
 858    * @param seq
 859    *          index of sequence in alignment
 860    * @return position of res in sequence
 861    */
 862   int setStatusMessage(SequenceI sequence, int res, int seq)
 863   {
 864     StringBuilder text = new StringBuilder(32);
 865
 866     /*
 867      * Sequence number (if known), and sequence name.
 868      */
 869     String seqno = seq == -1 ? "" : " " + (seq + 1);
 870     text.append("Sequence").append(seqno).append(" ID: ")
 871             .append(sequence.getName());
 872
 873     String residue = null;
 874     /*
 875      * Try to translate the display character to residue name (null for gap).
 876      */
 877     final String displayChar = String.valueOf(sequence.getCharAt(res));
 878     if (av.getAlignment().isNucleotide())
 879     {
 880       residue = ResidueProperties.nucleotideName.get(displayChar);
 881       if (residue != null)
 882       {
 883         text.append(" Nucleotide: ").append(residue);
 884       }
 885     }
 886     else
 887     {
 888       residue = "X".equalsIgnoreCase(displayChar) ? "X" : ("*"
 889               .equals(displayChar) ? "STOP" : ResidueProperties.aa2Triplet
 890               .get(displayChar));
 891       if (residue != null)
 892       {
 893         text.append(" Residue: ").append(residue);
 894       }
 895     }
 896
 897     int pos = -1;
 898     if (residue != null)
 899     {
 900       pos = sequence.findPosition(res);
 901       text.append(" (").append(Integer.toString(pos)).append(")");
 902     }
 903     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());
 904     return pos;
 905   }
 906
 907   /**
 908    * Set the status bar message to highlight the first matched position in
 909    * search results.
 910    *
 911    * @param results
 912    */
 913   private void setStatusMessage(SearchResultsI results)
 914   {
 915     AlignmentI al = this.av.getAlignment();
 916     int sequenceIndex = al.findIndex(results);
 917     if (sequenceIndex == -1)
 918     {
 919       return;
 920     }
 921     SequenceI ds = al.getSequenceAt(sequenceIndex).getDatasetSequence();
 922     for (SearchResultMatchI m : results.getResults())
 923     {
 924       SequenceI seq = m.getSequence();
 925       if (seq.getDatasetSequence() != null)
 926       {
 927         seq = seq.getDatasetSequence();
 928       }
 929
 930       if (seq == ds)
 931       {
 932         /*
 933          * Convert position in sequence (base 1) to sequence character array
 934          * index (base 0)
 935          */
 936         int start = m.getStart() - m.getSequence().getStart();
 937         setStatusMessage(seq, start, sequenceIndex);
 938         return;
 939       }
 940     }
 941   }
 942
 943   /**
 944    * DOCUMENT ME!
 945    *
 946    * @param evt
 947    *          DOCUMENT ME!
 948    */
 949   @Override
 950   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 951   {
 952     if (mouseWheelPressed)
 953     {
 954       int oldWidth = av.getCharWidth();
 955
 956       // Which is bigger, left-right or up-down?
 957       if (Math.abs(evt.getY() - lastMousePress.getY()) > Math.abs(evt
 958               .getX() - lastMousePress.getX()))
 959       {
 960         int fontSize = av.font.getSize();
 961
 962         if (evt.getY() < lastMousePress.getY())
 963         {
 964           fontSize--;
 965         }
 966         else if (evt.getY() > lastMousePress.getY())
 967         {
 968           fontSize++;
 969         }
 970
 971         if (fontSize < 1)
 972         {
 973           fontSize = 1;
 974         }
 975
 976         av.setFont(
 977                 new Font(av.font.getName(), av.font.getStyle(), fontSize),
 978                 true);
 979         av.setCharWidth(oldWidth);
 980         ap.fontChanged();
 981       }
 982       else
 983       {
 984         if (evt.getX() < lastMousePress.getX() && av.getCharWidth() > 1)
 985         {
 986           av.setCharWidth(av.getCharWidth() - 1);
 987         }
 988         else if (evt.getX() > lastMousePress.getX())
 989         {
 990           av.setCharWidth(av.getCharWidth() + 1);
 991         }
 992
 993         ap.paintAlignment(false);
 994       }
 995
 996       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 997       av.validCharWidth = fm.charWidth('M') <= av.getCharWidth();
 998
 999       lastMousePress = evt.getPoint();
1000
1001       return;
1002     }
1003
1004     if (!editingSeqs)
1005     {
1006       doMouseDraggedDefineMode(evt);
1007       return;
1008     }
1009
1010     int res = findRes(evt);
1011
1012     if (res < 0)
1013     {
1014       res = 0;
1015     }
1016
1017     if ((lastres == -1) || (lastres == res))
1018     {
1019       return;
1020     }
1021
1022     if ((res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))
1023     {
1024       // dragLeft, delete gap
1025       editSequence(false, false, res);
1026     }
1027     else
1028     {
1029       editSequence(true, false, res);
1030     }
1031
1032     mouseDragging = true;
1033     if (scrollThread != null)
1034     {
1035       scrollThread.setEvent(evt);
1036     }
1037   }
1038
1039   // TODO: Make it more clever than many booleans
1040   synchronized void editSequence(boolean insertGap, boolean editSeq,
1041           int startres)
1042   {
1043     int fixedLeft = -1;
1044     int fixedRight = -1;
1045     boolean fixedColumns = false;
1046     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
1047
1048     SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(startseq);
1049
1050     // No group, but the sequence may represent a group
1051     if (!groupEditing && av.hasHiddenRows())
1052     {
1053       if (av.isHiddenRepSequence(seq))
1054       {
1055         sg = av.getRepresentedSequences(seq);
1056         groupEditing = true;
1057       }
1058     }
1059
1060     StringBuilder message = new StringBuilder(64);
1061     if (groupEditing)
1062     {
1063       message.append("Edit group:");
1064       if (editCommand == null)
1065       {
1066         editCommand = new EditCommand(
1067                 MessageManager.getString("action.edit_group"));
1068       }
1069     }
1070     else
1071     {
1072       message.append("Edit sequence: " + seq.getName());
1073       String label = seq.getName();
1074       if (label.length() > 10)
1075       {
1076         label = label.substring(0, 10);
1077       }
1078       if (editCommand == null)
1079       {
1080         editCommand = new EditCommand(MessageManager.formatMessage(
1081                 "label.edit_params", new String[] { label }));
1082       }
1083     }
1084
1085     if (insertGap)
1086     {
1087       message.append(" insert ");
1088     }
1089     else
1090     {
1091       message.append(" delete ");
1092     }
1093
1094     message.append(Math.abs(startres - lastres) + " gaps.");
1095     ap.alignFrame.statusBar.setText(message.toString());
1096
1097     // Are we editing within a selection group?
1098     if (groupEditing
1099             || (sg != null && sg.getSequences(av.getHiddenRepSequences())
1100                     .contains(seq)))
1101     {
1102       fixedColumns = true;
1103
1104       // sg might be null as the user may only see 1 sequence,
1105       // but the sequence represents a group
1106       if (sg == null)
1107       {
1108         if (!av.isHiddenRepSequence(seq))
1109         {
1110           endEditing();
1111           return;
1112         }
1113         sg = av.getRepresentedSequences(seq);
1114       }
1115
1116       fixedLeft = sg.getStartRes();
1117       fixedRight = sg.getEndRes();
1118
1119       if ((startres < fixedLeft && lastres >= fixedLeft)
1120               || (startres >= fixedLeft && lastres < fixedLeft)
1121               || (startres > fixedRight && lastres <= fixedRight)
1122               || (startres <= fixedRight && lastres > fixedRight))
1123       {
1124         endEditing();
1125         return;
1126       }
1127
1128       if (fixedLeft > startres)
1129       {
1130         fixedRight = fixedLeft - 1;
1131         fixedLeft = 0;
1132       }
1133       else if (fixedRight < startres)
1134       {
1135         fixedLeft = fixedRight;
1136         fixedRight = -1;
1137       }
1138     }
1139
1140     if (av.hasHiddenColumns())
1141     {
1142       fixedColumns = true;
1143       int y1 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryLeft(startres);
1144       int y2 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres);
1145
1146       if ((insertGap && startres > y1 && lastres < y1)
1147               || (!insertGap && startres < y2 && lastres > y2))
1148       {
1149         endEditing();
1150         return;
1151       }
1152
1153       // System.out.print(y1+" "+y2+" "+fixedLeft+" "+fixedRight+"~~");
1154       // Selection spans a hidden region
1155       if (fixedLeft < y1 && (fixedRight > y2 || fixedRight == -1))
1156       {
1157         if (startres >= y2)
1158         {
1159           fixedLeft = y2;
1160         }
1161         else
1162         {
1163           fixedRight = y2 - 1;
1164         }
1165       }
1166     }
1167
1168     if (groupEditing)
1169     {
1170       List<SequenceI> vseqs = sg.getSequences(av.getHiddenRepSequences());
1171       int g, groupSize = vseqs.size();
1172       SequenceI[] groupSeqs = new SequenceI[groupSize];
1173       for (g = 0; g < groupSeqs.length; g++)
1174       {
1175         groupSeqs[g] = vseqs.get(g);
1176       }
1177
1178       // drag to right
1179       if (insertGap)
1180       {
1181         // If the user has selected the whole sequence, and is dragging to
1182         // the right, we can still extend the alignment and selectionGroup
1183         if (sg.getStartRes() == 0 && sg.getEndRes() == fixedRight
1184                 && sg.getEndRes() == av.getAlignment().getWidth() - 1)
1185         {
1186           sg.setEndRes(av.getAlignment().getWidth() + startres - lastres);
1187           fixedRight = sg.getEndRes();
1188         }
1189
1190         // Is it valid with fixed columns??
1191         // Find the next gap before the end
1192         // of the visible region boundary
1193         boolean blank = false;
1194         for (fixedRight = fixedRight; fixedRight > lastres; fixedRight--)
1195         {
1196           blank = true;
1197
1198           for (g = 0; g < groupSize; g++)
1199           {
1200             for (int j = 0; j < startres - lastres; j++)
1201             {
1202               if (!Comparison.isGap(groupSeqs[g].getCharAt(fixedRight - j)))
1203               {
1204                 blank = false;
1205                 break;
1206               }
1207             }
1208           }
1209           if (blank)
1210           {
1211             break;
1212           }
1213         }
1214
1215         if (!blank)
1216         {
1217           if (sg.getSize() == av.getAlignment().getHeight())
1218           {
1219             if ((av.hasHiddenColumns() && startres < av
1220                     .getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres)))
1221             {
1222               endEditing();
1223               return;
1224             }
1225
1226             int alWidth = av.getAlignment().getWidth();
1227             if (av.hasHiddenRows())
1228             {
1229               int hwidth = av.getAlignment().getHiddenSequences()
1230                       .getWidth();
1231               if (hwidth > alWidth)
1232               {
1233                 alWidth = hwidth;
1234               }
1235             }
1236             // We can still insert gaps if the selectionGroup
1237             // contains all the sequences
1238             sg.setEndRes(sg.getEndRes() + startres - lastres);
1239             fixedRight = alWidth + startres - lastres;
1240           }
1241           else
1242           {
1243             endEditing();
1244             return;
1245           }
1246         }
1247       }
1248
1249       // drag to left
1250       else if (!insertGap)
1251       {
1252         // / Are we able to delete?
1253         // ie are all columns blank?
1254
1255         for (g = 0; g < groupSize; g++)
1256         {
1257           for (int j = startres; j < lastres; j++)
1258           {
1259             if (groupSeqs[g].getLength() <= j)
1260             {
1261               continue;
1262             }
1263
1264             if (!Comparison.isGap(groupSeqs[g].getCharAt(j)))
1265             {
1266               // Not a gap, block edit not valid
1267               endEditing();
1268               return;
1269             }
1270           }
1271         }
1272       }
1273
1274       if (insertGap)
1275       {
1276         // dragging to the right
1277         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1278         {
1279           for (int j = lastres; j < startres; j++)
1280           {
1281             insertChar(j, groupSeqs, fixedRight);
1282           }
1283         }
1284         else
1285         {
1286           appendEdit(Action.INSERT_GAP, groupSeqs, startres, startres
1287                   - lastres);
1288         }
1289       }
1290       else
1291       {
1292         // dragging to the left
1293         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1294         {
1295           for (int j = lastres; j > startres; j--)
1296           {
1297             deleteChar(startres, groupSeqs, fixedRight);
1298           }
1299         }
1300         else
1301         {
1302           appendEdit(Action.DELETE_GAP, groupSeqs, startres, lastres
1303                   - startres);
1304         }
1305
1306       }
1307     }
1308     else
1309     // ///Editing a single sequence///////////
1310     {
1311       if (insertGap)
1312       {
1313         // dragging to the right
1314         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1315         {
1316           for (int j = lastres; j < startres; j++)
1317           {
1318             insertChar(j, new SequenceI[] { seq }, fixedRight);
1319           }
1320         }
1321         else
1322         {
1323           appendEdit(Action.INSERT_GAP, new SequenceI[] { seq }, lastres,
1324                   startres - lastres);
1325         }
1326       }
1327       else
1328       {
1329         if (!editSeq)
1330         {
1331           // dragging to the left
1332           if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1333           {
1334             for (int j = lastres; j > startres; j--)
1335             {
1336               if (!Comparison.isGap(seq.getCharAt(startres)))
1337               {
1338                 endEditing();
1339                 break;
1340               }
1341               deleteChar(startres, new SequenceI[] { seq }, fixedRight);
1342             }
1343           }
1344           else
1345           {
1346             // could be a keyboard edit trying to delete none gaps
1347             int max = 0;
1348             for (int m = startres; m < lastres; m++)
1349             {
1350               if (!Comparison.isGap(seq.getCharAt(m)))
1351               {
1352                 break;
1353               }
1354               max++;
1355             }
1356
1357             if (max > 0)
1358             {
1359               appendEdit(Action.DELETE_GAP, new SequenceI[] { seq },
1360                       startres, max);
1361             }
1362           }
1363         }
1364         else
1365         {// insertGap==false AND editSeq==TRUE;
1366           if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1367           {
1368             for (int j = lastres; j < startres; j++)
1369             {
1370               insertChar(j, new SequenceI[] { seq }, fixedRight);
1371             }
1372           }
1373           else
1374           {
1375             appendEdit(Action.INSERT_NUC, new SequenceI[] { seq }, lastres,
1376                     startres - lastres);
1377           }
1378         }
1379       }
1380     }
1381
1382     lastres = startres;
1383     seqCanvas.repaint();
1384   }
1385
1386   void insertChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)
1387   {
1388     int blankColumn = fixedColumn;
1389     for (int s = 0; s < seq.length; s++)
1390     {
1391       // Find the next gap before the end of the visible region boundary
1392       // If lastCol > j, theres a boundary after the gap insertion
1393
1394       for (blankColumn = fixedColumn; blankColumn > j; blankColumn--)
1395       {
1396         if (Comparison.isGap(seq[s].getCharAt(blankColumn)))
1397         {
1398           // Theres a space, so break and insert the gap
1399           break;
1400         }
1401       }
1402
1403       if (blankColumn <= j)
1404       {
1405         blankColumn = fixedColumn;
1406         endEditing();
1407         return;
1408       }
1409     }
1410
1411     appendEdit(Action.DELETE_GAP, seq, blankColumn, 1);
1412
1413     appendEdit(Action.INSERT_GAP, seq, j, 1);
1414
1415   }
1416
1417   /**
1418    * Helper method to add and perform one edit action.
1419    *
1420    * @param action
1421    * @param seq
1422    * @param pos
1423    * @param count
1424    */
1425   protected void appendEdit(Action action, SequenceI[] seq, int pos,
1426           int count)
1427   {
1428
1429     final Edit edit = new EditCommand().new Edit(action, seq, pos, count,
1430             av.getAlignment().getGapCharacter());
1431
1432     editCommand.appendEdit(edit, av.getAlignment(), true, null);
1433   }
1434
1435   void deleteChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)
1436   {
1437
1438     appendEdit(Action.DELETE_GAP, seq, j, 1);
1439
1440     appendEdit(Action.INSERT_GAP, seq, fixedColumn, 1);
1441   }
1442
1443   /**
1444    * DOCUMENT ME!
1445    *
1446    * @param e
1447    *          DOCUMENT ME!
1448    */
1449   @Override
1450   public void mouseEntered(MouseEvent e)
1451   {
1452     if (oldSeq < 0)
1453     {
1454       oldSeq = 0;
1455     }
1456
1457     if (scrollThread != null)
1458     {
1459       scrollThread.running = false;
1460       scrollThread = null;
1461     }
1462   }
1463
1464   /**
1465    * DOCUMENT ME!
1466    *
1467    * @param e
1468    *          DOCUMENT ME!
1469    */
1470   @Override
1471   public void mouseExited(MouseEvent e)
1472   {
1473     if (av.getWrapAlignment())
1474     {
1475       return;
1476     }
1477
1478     if (mouseDragging)
1479     {
1480       scrollThread = new ScrollThread();
1481     }
1482   }
1483
1484   @Override
1485   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
1486   {
1487     SequenceGroup sg = null;
1488     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(findSeq(evt));
1489     if (evt.getClickCount() > 1)
1490     {
1491       sg = av.getSelectionGroup();
1492       if (sg != null && sg.getSize() == 1
1493               && sg.getEndRes() - sg.getStartRes() < 2)
1494       {
1495         av.setSelectionGroup(null);
1496       }
1497
1498       List<SequenceFeature> features = seqCanvas.getFeatureRenderer()
1499               .findFeaturesAtRes(sequence.getDatasetSequence(),
1500                       sequence.findPosition(findRes(evt)));
1501
1502       if (features != null && features.size() > 0)
1503       {
1504         SearchResultsI highlight = new SearchResults();
1505         highlight.addResult(sequence, features.get(0).getBegin(), features
1506                 .get(0).getEnd());
1507         seqCanvas.highlightSearchResults(highlight);
1508       }
1509       if (features != null && features.size() > 0)
1510       {
1511         seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(
1512                 new SequenceI[] { sequence },
1513                 features.toArray(new SequenceFeature[features.size()]),
1514                 false, ap);
1515
1516         seqCanvas.highlightSearchResults(null);
1517       }
1518     }
1519   }
1520
1521   @Override
1522   public void mouseWheelMoved(MouseWheelEvent e)
1523   {
1524     e.consume();
1525     if (e.getWheelRotation() > 0)
1526     {
1527       if (e.isShiftDown())
1528       {
1529         ap.scrollRight(true);
1530
1531       }
1532       else
1533       {
1534         ap.scrollUp(false);
1535       }
1536     }
1537     else
1538     {
1539       if (e.isShiftDown())
1540       {
1541         ap.scrollRight(false);
1542       }
1543       else
1544       {
1545         ap.scrollUp(true);
1546       }
1547     }
1548     // TODO Update tooltip for new position.
1549   }
1550
1551   /**
1552    * DOCUMENT ME!
1553    *
1554    * @param evt
1555    *          DOCUMENT ME!
1556    */
1557   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)
1558   {
1559     final int res = findRes(evt);
1560     final int seq = findSeq(evt);
1561     oldSeq = seq;
1562     needOverviewUpdate = false;
1563
1564     startWrapBlock = wrappedBlock;
1565
1566     if (av.getWrapAlignment() && seq > av.getAlignment().getHeight())
1567     {
1568       JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop, MessageManager
1569               .getString("label.cannot_edit_annotations_in_wrapped_view"),
1570               MessageManager.getString("label.wrapped_view_no_edit"),
1571               JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1572       return;
1573     }
1574
1575     if (seq < 0 || res < 0)
1576     {
1577       return;
1578     }
1579
1580     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
1581
1582     if ((sequence == null) || (res > sequence.getLength()))
1583     {
1584       return;
1585     }
1586
1587     stretchGroup = av.getSelectionGroup();
1588
1589     if (stretchGroup == null)
1590     {
1591       stretchGroup = av.getAlignment().findGroup(sequence, res);
1592       av.setSelectionGroup(stretchGroup);
1593     }
1594     if (stretchGroup == null
1595             || !stretchGroup.getSequences(null).contains(sequence)
1596             || (stretchGroup.getStartRes() > res)
1597             || (stretchGroup.getEndRes() < res))
1598     {
1599       stretchGroup = null;
1600
1601       SequenceGroup[] allGroups = av.getAlignment().findAllGroups(sequence);
1602
1603       if (allGroups != null)
1604       {
1605         for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)
1606         {
1607           if ((allGroups[i].getStartRes() <= res)
1608                   && (allGroups[i].getEndRes() >= res))
1609           {
1610             stretchGroup = allGroups[i];
1611             break;
1612           }
1613         }
1614       }
1615
1616       av.setSelectionGroup(stretchGroup);
1617     }
1618
1619     if (evt.isPopupTrigger()) // Mac: mousePressed
1620     {
1621       showPopupMenu(evt);
1622       return;
1623     }
1624
1625     /*
1626      * defer right-mouse click handling to mouseReleased on Windows
1627      * (where isPopupTrigger() will answer true)
1628      * NB isRightMouseButton is also true for Cmd-click on Mac
1629      */
1630     if (SwingUtilities.isRightMouseButton(evt) && !Platform.isAMac())
1631     {
1632       return;
1633     }
1634
1635     if (av.cursorMode)
1636     {
1637       seqCanvas.cursorX = findRes(evt);
1638       seqCanvas.cursorY = findSeq(evt);
1639       seqCanvas.repaint();
1640       return;
1641     }
1642
1643     if (stretchGroup == null)
1644     {
1645       // Only if left mouse button do we want to change group sizes
1646
1647       // define a new group here
1648       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
1649       sg.setStartRes(res);
1650       sg.setEndRes(res);
1651       sg.addSequence(sequence, false);
1652       av.setSelectionGroup(sg);
1653       stretchGroup = sg;
1654
1655       if (av.getConservationSelected())
1656       {
1657         SliderPanel.setConservationSlider(ap, av.getGlobalColourScheme(),
1658                 "Background");
1659       }
1660
1661       if (av.getAbovePIDThreshold())
1662       {
1663         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),
1664                 "Background");
1665       }
1666       if ((stretchGroup != null) && (stretchGroup.getEndRes() == res))
1667       {
1668         // Edit end res position of selected group
1669         changeEndRes = true;
1670       }
1671       else if ((stretchGroup != null)
1672               && (stretchGroup.getStartRes() == res))
1673       {
1674         // Edit end res position of selected group
1675         changeStartRes = true;
1676       }
1677       stretchGroup.getWidth();
1678     }
1679
1680     seqCanvas.repaint();
1681   }
1682
1683   /**
1684    * Build and show a pop-up menu at the right-click mouse position
1685    *
1686    * @param evt
1687    * @param res
1688    * @param sequence
1689    */
1690   void showPopupMenu(MouseEvent evt)
1691   {
1692     final int res = findRes(evt);
1693     final int seq = findSeq(evt);
1694     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
1695     List<SequenceFeature> allFeatures = ap.getFeatureRenderer()
1696             .findFeaturesAtRes(sequence.getDatasetSequence(),
1697                     sequence.findPosition(res));
1698     List<String> links = new ArrayList<String>();
1699     for (SequenceFeature sf : allFeatures)
1700     {
1701       if (sf.links != null)
1702       {
1703         for (String link : sf.links)
1704         {
1705           links.add(link);
1706         }
1707       }
1708     }
1709
1710     PopupMenu pop = new PopupMenu(ap, null, links);
1711     pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());
1712   }
1713
1714   /**
1715    * DOCUMENT ME!
1716    *
1717    * @param evt
1718    *          DOCUMENT ME!
1719    */
1720   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)
1721   {
1722     if (stretchGroup == null)
1723     {
1724       return;
1725     }
1726     // always do this - annotation has own state
1727     // but defer colourscheme update until hidden sequences are passed in
1728     boolean vischange = stretchGroup.recalcConservation(true);
1729     needOverviewUpdate |= vischange && av.isSelectionDefinedGroup();
1730     if (stretchGroup.cs != null)
1731     {
1732       stretchGroup.cs.alignmentChanged(stretchGroup,
1733               av.getHiddenRepSequences());
1734
1735       if (stretchGroup.cs.conservationApplied())
1736       {
1737         SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,
1738                 stretchGroup.getName());
1739       }
1740       if (stretchGroup.cs.getThreshold() > 0)
1741       {
1742         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,
1743                 stretchGroup.getName());
1744       }
1745     }
1746     PaintRefresher.Refresh(this, av.getSequenceSetId());
1747     ap.paintAlignment(needOverviewUpdate);
1748     needOverviewUpdate = false;
1749     changeEndRes = false;
1750     changeStartRes = false;
1751     stretchGroup = null;
1752     av.sendSelection();
1753   }
1754
1755   /**
1756    * DOCUMENT ME!
1757    *
1758    * @param evt
1759    *          DOCUMENT ME!
1760    */
1761   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)
1762   {
1763     int res = findRes(evt);
1764     int y = findSeq(evt);
1765
1766     if (wrappedBlock != startWrapBlock)
1767     {
1768       return;
1769     }
1770
1771     if (stretchGroup == null)
1772     {
1773       return;
1774     }
1775
1776     if (res >= av.getAlignment().getWidth())
1777     {
1778       res = av.getAlignment().getWidth() - 1;
1779     }
1780
1781     if (stretchGroup.getEndRes() == res)
1782     {
1783       // Edit end res position of selected group
1784       changeEndRes = true;
1785     }
1786     else if (stretchGroup.getStartRes() == res)
1787     {
1788       // Edit start res position of selected group
1789       changeStartRes = true;
1790     }
1791
1792     if (res < av.getStartRes())
1793     {
1794       res = av.getStartRes();
1795     }
1796
1797     if (changeEndRes)
1798     {
1799       if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))
1800       {
1801         stretchGroup.setEndRes(res);
1802         needOverviewUpdate |= av.isSelectionDefinedGroup();
1803       }
1804     }
1805     else if (changeStartRes)
1806     {
1807       if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))
1808       {
1809         stretchGroup.setStartRes(res);
1810         needOverviewUpdate |= av.isSelectionDefinedGroup();
1811       }
1812     }
1813
1814     int dragDirection = 0;
1815
1816     if (y > oldSeq)
1817     {
1818       dragDirection = 1;
1819     }
1820     else if (y < oldSeq)
1821     {
1822       dragDirection = -1;
1823     }
1824
1825     while ((y != oldSeq) && (oldSeq > -1)
1826             && (y < av.getAlignment().getHeight()))
1827     {
1828       // This routine ensures we don't skip any sequences, as the
1829       // selection is quite slow.
1830       Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);
1831
1832       oldSeq += dragDirection;
1833
1834       if (oldSeq < 0)
1835       {
1836         break;
1837       }
1838
1839       Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);
1840
1841       if (stretchGroup.getSequences(null).contains(nextSeq))
1842       {
1843         stretchGroup.deleteSequence(seq, false);
1844         needOverviewUpdate |= av.isSelectionDefinedGroup();
1845       }
1846       else
1847       {
1848         if (seq != null)
1849         {
1850           stretchGroup.addSequence(seq, false);
1851         }
1852
1853         stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);
1854         needOverviewUpdate |= av.isSelectionDefinedGroup();
1855       }
1856     }
1857
1858     if (oldSeq < 0)
1859     {
1860       oldSeq = -1;
1861     }
1862
1863     mouseDragging = true;
1864
1865     if (scrollThread != null)
1866     {
1867       scrollThread.setEvent(evt);
1868     }
1869
1870     seqCanvas.repaint();
1871   }
1872
1873   void scrollCanvas(MouseEvent evt)
1874   {
1875     if (evt == null)
1876     {
1877       if (scrollThread != null)
1878       {
1879         scrollThread.running = false;
1880         scrollThread = null;
1881       }
1882       mouseDragging = false;
1883     }
1884     else
1885     {
1886       if (scrollThread == null)
1887       {
1888         scrollThread = new ScrollThread();
1889       }
1890
1891       mouseDragging = true;
1892       scrollThread.setEvent(evt);
1893     }
1894
1895   }
1896
1897   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment
1898   class ScrollThread extends Thread
1899   {
1900     MouseEvent evt;
1901
1902     boolean running = false;
1903
1904     public ScrollThread()
1905     {
1906       start();
1907     }
1908
1909     public void setEvent(MouseEvent e)
1910     {
1911       evt = e;
1912     }
1913
1914     public void stopScrolling()
1915     {
1916       running = false;
1917     }
1918
1919     @Override
1920     public void run()
1921     {
1922       running = true;
1923
1924       while (running)
1925       {
1926         if (evt != null)
1927         {
1928           if (mouseDragging && (evt.getY() < 0) && (av.getStartSeq() > 0))
1929           {
1930             running = ap.scrollUp(true);
1931           }
1932
1933           if (mouseDragging && (evt.getY() >= getHeight())
1934                   && (av.getAlignment().getHeight() > av.getEndSeq()))
1935           {
1936             running = ap.scrollUp(false);
1937           }
1938
1939           if (mouseDragging && (evt.getX() < 0))
1940           {
1941             running = ap.scrollRight(false);
1942           }
1943           else if (mouseDragging && (evt.getX() >= getWidth()))
1944           {
1945             running = ap.scrollRight(true);
1946           }
1947         }
1948
1949         try
1950         {
1951           Thread.sleep(20);
1952         } catch (Exception ex)
1953         {
1954         }
1955       }
1956     }
1957   }
1958
1959   /**
1960    * modify current selection according to a received message.
1961    */
1962   @Override
1963   public void selection(SequenceGroup seqsel, ColumnSelection colsel,
1964           SelectionSource source)
1965   {
1966     // TODO: fix this hack - source of messages is align viewport, but SeqPanel
1967     // handles selection messages...
1968     // TODO: extend config options to allow user to control if selections may be
1969     // shared between viewports.
1970     boolean iSentTheSelection = (av == source || (source instanceof AlignViewport && ((AlignmentViewport) source)
1971             .getSequenceSetId().equals(av.getSequenceSetId())));
1972     if (iSentTheSelection || !av.followSelection)
1973     {
1974       return;
1975     }
1976
1977     /*
1978      * Ignore the selection if there is one of our own pending.
1979      */
1980     if (av.isSelectionGroupChanged(false) || av.isColSelChanged(false))
1981     {
1982       return;
1983     }
1984
1985     /*
1986      * Check for selection in a view of which this one is a dna/protein
1987      * complement.
1988      */
1989     if (selectionFromTranslation(seqsel, colsel, source))
1990     {
1991       return;
1992     }
1993
1994     // do we want to thread this ? (contention with seqsel and colsel locks, I
1995     // suspect)
1996     /*
1997      * only copy colsel if there is a real intersection between
1998      * sequence selection and this panel's alignment
1999      */
2000     boolean repaint = false;
2001     boolean copycolsel = false;
2002
2003     SequenceGroup sgroup = null;
2004     if (seqsel != null && seqsel.getSize() > 0)
2005     {
2006       if (av.getAlignment() == null)
2007       {
2008         Cache.log.warn("alignviewport av SeqSetId=" + av.getSequenceSetId()
2009                 + " ViewId=" + av.getViewId()
2010                 + " 's alignment is NULL! returning immediately.");
2011         return;
2012       }
2013       sgroup = seqsel.intersect(av.getAlignment(),
2014               (av.hasHiddenRows()) ? av.getHiddenRepSequences() : null);
2015       if ((sgroup != null && sgroup.getSize() > 0))
2016       {
2017         copycolsel = true;
2018       }
2019     }
2020     if (sgroup != null && sgroup.getSize() > 0)
2021     {
2022       av.setSelectionGroup(sgroup);
2023     }
2024     else
2025     {
2026       av.setSelectionGroup(null);
2027     }
2028     av.isSelectionGroupChanged(true);
2029     repaint = true;
2030
2031     if (copycolsel)
2032     {
2033       // the current selection is unset or from a previous message
2034       // so import the new colsel.
2035       if (colsel == null || colsel.isEmpty())
2036       {
2037         if (av.getColumnSelection() != null)
2038         {
2039           av.getColumnSelection().clear();
2040           repaint = true;
2041         }
2042       }
2043       else
2044       {
2045         // TODO: shift colSel according to the intersecting sequences
2046         if (av.getColumnSelection() == null)
2047         {
2048           av.setColumnSelection(new ColumnSelection(colsel));
2049         }
2050         else
2051         {
2052           av.getColumnSelection().setElementsFrom(colsel);
2053         }
2054       }
2055       av.isColSelChanged(true);
2056       repaint = true;
2057     }
2058
2059     if (copycolsel
2060             && av.hasHiddenColumns()
2061             && (av.getColumnSelection() == null || av.getColumnSelection()
2062                     .getHiddenColumns() == null))
2063     {
2064       System.err.println("Bad things");
2065     }
2066     if (repaint) // always true!
2067     {
2068       // probably finessing with multiple redraws here
2069       PaintRefresher.Refresh(this, av.getSequenceSetId());
2070       // ap.paintAlignment(false);
2071     }
2072   }
2073
2074   /**
2075    * If this panel is a cdna/protein translation view of the selection source,
2076    * tries to map the source selection to a local one, and returns true. Else
2077    * returns false.
2078    *
2079    * @param seqsel
2080    * @param colsel
2081    * @param source
2082    */
2083   protected boolean selectionFromTranslation(SequenceGroup seqsel,
2084           ColumnSelection colsel, SelectionSource source)
2085   {
2086     if (!(source instanceof AlignViewportI))
2087     {
2088       return false;
2089     }
2090     final AlignViewportI sourceAv = (AlignViewportI) source;
2091     if (sourceAv.getCodingComplement() != av
2092             && av.getCodingComplement() != sourceAv)
2093     {
2094       return false;
2095     }
2096
2097     /*
2098      * Map sequence selection
2099      */
2100     SequenceGroup sg = MappingUtils.mapSequenceGroup(seqsel, sourceAv, av);
2101     av.setSelectionGroup(sg);
2102     av.isSelectionGroupChanged(true);
2103
2104     /*
2105      * Map column selection
2106      */
2107     ColumnSelection cs = MappingUtils.mapColumnSelection(colsel, sourceAv,
2108             av);
2109     av.setColumnSelection(cs);
2110
2111     PaintRefresher.Refresh(this, av.getSequenceSetId());
2112
2113     return true;
2114   }
2115 }