src/jalview/gui/SeqPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewportI;
  24 import jalview.bin.Cache;
  25 import jalview.commands.EditCommand;
  26 import jalview.commands.EditCommand.Action;
  27 import jalview.commands.EditCommand.Edit;
  28 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  29 import jalview.datamodel.SearchResults;
  30 import jalview.datamodel.SearchResults.Match;
  31 import jalview.datamodel.Sequence;
  32 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  33 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  34 import jalview.datamodel.SequenceI;
  35 import jalview.io.SequenceAnnotationReport;
  36 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  37 import jalview.structure.SelectionListener;
  38 import jalview.structure.SelectionSource;
  39 import jalview.structure.SequenceListener;
  40 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  41 import jalview.structure.VamsasSource;
  42 import jalview.util.Comparison;
  43 import jalview.util.MappingUtils;
  44 import jalview.util.MessageManager;
  45 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  46
  47 import java.awt.BorderLayout;
  48 import java.awt.Color;
  49 import java.awt.Font;
  50 import java.awt.FontMetrics;
  51 import java.awt.Point;
  52 import java.awt.event.MouseEvent;
  53 import java.awt.event.MouseListener;
  54 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  55 import java.awt.event.MouseWheelEvent;
  56 import java.awt.event.MouseWheelListener;
  57 import java.util.List;
  58 import java.util.Vector;
  59
  60 import javax.swing.JOptionPane;
  61 import javax.swing.JPanel;
  62 import javax.swing.ToolTipManager;
  63
  64 /**
  65  * DOCUMENT ME!
  66  *
  67  * @author $author$
  68  * @version $Revision: 1.130 $
  69  */
  70 public class SeqPanel extends JPanel implements MouseListener,
  71         MouseMotionListener, MouseWheelListener, SequenceListener,
  72         SelectionListener
  73
  74 {
  75   /** DOCUMENT ME!! */
  76   public SeqCanvas seqCanvas;
  77
  78   /** DOCUMENT ME!! */
  79   public AlignmentPanel ap;
  80
  81   protected int lastres;
  82
  83   protected int startseq;
  84
  85   protected AlignViewport av;
  86
  87   ScrollThread scrollThread = null;
  88
  89   boolean mouseDragging = false;
  90
  91   boolean editingSeqs = false;
  92
  93   boolean groupEditing = false;
  94
  95   // ////////////////////////////////////////
  96   // ///Everything below this is for defining the boundary of the rubberband
  97   // ////////////////////////////////////////
  98   int oldSeq = -1;
  99
 100   boolean changeEndSeq = false;
 101
 102   boolean changeStartSeq = false;
 103
 104   boolean changeEndRes = false;
 105
 106   boolean changeStartRes = false;
 107
 108   SequenceGroup stretchGroup = null;
 109
 110   boolean remove = false;
 111
 112   Point lastMousePress;
 113
 114   boolean mouseWheelPressed = false;
 115
 116   StringBuffer keyboardNo1;
 117
 118   StringBuffer keyboardNo2;
 119
 120   java.net.URL linkImageURL;
 121
 122   private final SequenceAnnotationReport seqARep;
 123
 124   StringBuffer tooltipText = new StringBuffer();
 125
 126   String tmpString;
 127
 128   EditCommand editCommand;
 129
 130   StructureSelectionManager ssm;
 131
 132   /**
 133    * Creates a new SeqPanel object.
 134    *
 135    * @param avp
 136    *          DOCUMENT ME!
 137    * @param p
 138    *          DOCUMENT ME!
 139    */
 140   public SeqPanel(AlignViewport av, AlignmentPanel ap)
 141   {
 142     linkImageURL = getClass().getResource("/images/link.gif");
 143     seqARep = new SequenceAnnotationReport(linkImageURL.toString());
 144     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);
 145     ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);
 146     ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);
 147     this.av = av;
 148     setBackground(Color.white);
 149
 150     seqCanvas = new SeqCanvas(ap);
 151     setLayout(new BorderLayout());
 152     add(seqCanvas, BorderLayout.CENTER);
 153
 154     this.ap = ap;
 155
 156     if (!av.isDataset())
 157     {
 158       addMouseMotionListener(this);
 159       addMouseListener(this);
 160       addMouseWheelListener(this);
 161       ssm = av.getStructureSelectionManager();
 162       ssm.addStructureViewerListener(this);
 163       ssm.addSelectionListener(this);
 164     }
 165   }
 166
 167   int startWrapBlock = -1;
 168
 169   int wrappedBlock = -1;
 170
 171   /**
 172    * Returns the aligned sequence position (base 0) at the mouse position, or
 173    * the closest visible one
 174    *
 175    * @param evt
 176    * @return
 177    */
 178   int findRes(MouseEvent evt)
 179   {
 180     int res = 0;
 181     int x = evt.getX();
 182
 183     if (av.getWrapAlignment())
 184     {
 185
 186       int hgap = av.getCharHeight();
 187       if (av.getScaleAboveWrapped())
 188       {
 189         hgap += av.getCharHeight();
 190       }
 191
 192       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.getCharHeight()
 193               + hgap
 194               + seqCanvas.getAnnotationHeight();
 195
 196       int y = evt.getY();
 197       y -= hgap;
 198       x -= seqCanvas.LABEL_WEST;
 199
 200       int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(this.getWidth());
 201       if (cwidth < 1)
 202       {
 203         return 0;
 204       }
 205
 206       wrappedBlock = y / cHeight;
 207       wrappedBlock += av.getStartRes() / cwidth;
 208
 209       res = wrappedBlock * cwidth + x / av.getCharWidth();
 210
 211     }
 212     else
 213     {
 214       if (x > seqCanvas.getX() + seqCanvas.getWidth())
 215       {
 216         // make sure we calculate relative to visible alignment, rather than
 217         // right-hand gutter
 218         x = seqCanvas.getX() + seqCanvas.getWidth();
 219       }
 220       res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();
 221       if (res > av.getEndRes())
 222       {
 223         // moused off right
 224         res = av.getEndRes();
 225       }
 226     }
 227
 228     if (av.hasHiddenColumns())
 229     {
 230       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);
 231     }
 232
 233     return res;
 234
 235   }
 236
 237   int findSeq(MouseEvent evt)
 238   {
 239     int seq = 0;
 240     int y = evt.getY();
 241
 242     if (av.getWrapAlignment())
 243     {
 244       int hgap = av.getCharHeight();
 245       if (av.getScaleAboveWrapped())
 246       {
 247         hgap += av.getCharHeight();
 248       }
 249
 250       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.getCharHeight()
 251               + hgap
 252               + seqCanvas.getAnnotationHeight();
 253
 254       y -= hgap;
 255
 256       seq = Math.min((y % cHeight) / av.getCharHeight(), av.getAlignment()
 257               .getHeight() - 1);
 258     }
 259     else
 260     {
 261       seq = Math.min((y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq(), av
 262               .getAlignment().getHeight() - 1);
 263     }
 264
 265     return seq;
 266   }
 267
 268   /**
 269    * When all of a sequence of edits are complete, put the resulting edit list
 270    * on the history stack (undo list), and reset flags for editing in progress.
 271    */
 272   void endEditing()
 273   {
 274     try
 275     {
 276       if (editCommand != null && editCommand.getSize() > 0)
 277       {
 278         ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
 279         av.firePropertyChange("alignment", null, av.getAlignment()
 280                 .getSequences());
 281       }
 282     } finally
 283     {
 284       /*
 285        * Tidy up come what may...
 286        */
 287       startseq = -1;
 288       lastres = -1;
 289       editingSeqs = false;
 290       groupEditing = false;
 291       keyboardNo1 = null;
 292       keyboardNo2 = null;
 293       editCommand = null;
 294     }
 295   }
 296
 297   void setCursorRow()
 298   {
 299     seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo1() - 1;
 300     scrollToVisible();
 301   }
 302
 303   void setCursorColumn()
 304   {
 305     seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;
 306     scrollToVisible();
 307   }
 308
 309   void setCursorRowAndColumn()
 310   {
 311     if (keyboardNo2 == null)
 312     {
 313       keyboardNo2 = new StringBuffer();
 314     }
 315     else
 316     {
 317       seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;
 318       seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo2() - 1;
 319       scrollToVisible();
 320     }
 321   }
 322
 323   void setCursorPosition()
 324   {
 325     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);
 326
 327     seqCanvas.cursorX = sequence.findIndex(getKeyboardNo1()) - 1;
 328     scrollToVisible();
 329   }
 330
 331   void moveCursor(int dx, int dy)
 332   {
 333     seqCanvas.cursorX += dx;
 334     seqCanvas.cursorY += dy;
 335     if (av.hasHiddenColumns()
 336             && !av.getColumnSelection().isVisible(seqCanvas.cursorX))
 337     {
 338       int original = seqCanvas.cursorX - dx;
 339       int maxWidth = av.getAlignment().getWidth();
 340
 341       while (!av.getColumnSelection().isVisible(seqCanvas.cursorX)
 342               && seqCanvas.cursorX < maxWidth && seqCanvas.cursorX > 0)
 343       {
 344         seqCanvas.cursorX += dx;
 345       }
 346
 347       if (seqCanvas.cursorX >= maxWidth
 348               || !av.getColumnSelection().isVisible(seqCanvas.cursorX))
 349       {
 350         seqCanvas.cursorX = original;
 351       }
 352     }
 353
 354     scrollToVisible();
 355   }
 356
 357   void scrollToVisible()
 358   {
 359     if (seqCanvas.cursorX < 0)
 360     {
 361       seqCanvas.cursorX = 0;
 362     }
 363     else if (seqCanvas.cursorX > av.getAlignment().getWidth() - 1)
 364     {
 365       seqCanvas.cursorX = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 366     }
 367
 368     if (seqCanvas.cursorY < 0)
 369     {
 370       seqCanvas.cursorY = 0;
 371     }
 372     else if (seqCanvas.cursorY > av.getAlignment().getHeight() - 1)
 373     {
 374       seqCanvas.cursorY = av.getAlignment().getHeight() - 1;
 375     }
 376
 377     endEditing();
 378     if (av.getWrapAlignment())
 379     {
 380       ap.scrollToWrappedVisible(seqCanvas.cursorX);
 381     }
 382     else
 383     {
 384       while (seqCanvas.cursorY < av.startSeq)
 385       {
 386         ap.scrollUp(true);
 387       }
 388       while (seqCanvas.cursorY + 1 > av.endSeq)
 389       {
 390         ap.scrollUp(false);
 391       }
 392       if (!av.getWrapAlignment())
 393       {
 394         while (seqCanvas.cursorX < av.getColumnSelection()
 395                 .adjustForHiddenColumns(av.startRes))
 396         {
 397           if (!ap.scrollRight(false))
 398           {
 399             break;
 400           }
 401         }
 402         while (seqCanvas.cursorX > av.getColumnSelection()
 403                 .adjustForHiddenColumns(av.endRes))
 404         {
 405           if (!ap.scrollRight(true))
 406           {
 407             break;
 408           }
 409         }
 410       }
 411     }
 412     setStatusMessage(av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY),
 413             seqCanvas.cursorX, seqCanvas.cursorY);
 414
 415     seqCanvas.repaint();
 416   }
 417
 418   void setSelectionAreaAtCursor(boolean topLeft)
 419   {
 420     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);
 421
 422     if (av.getSelectionGroup() != null)
 423     {
 424       SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
 425       // Find the top and bottom of this group
 426       int min = av.getAlignment().getHeight(), max = 0;
 427       for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)
 428       {
 429         int index = av.getAlignment().findIndex(sg.getSequenceAt(i));
 430         if (index > max)
 431         {
 432           max = index;
 433         }
 434         if (index < min)
 435         {
 436           min = index;
 437         }
 438       }
 439
 440       max++;
 441
 442       if (topLeft)
 443       {
 444         sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 445         if (sg.getEndRes() < seqCanvas.cursorX)
 446         {
 447           sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 448         }
 449
 450         min = seqCanvas.cursorY;
 451       }
 452       else
 453       {
 454         sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 455         if (sg.getStartRes() > seqCanvas.cursorX)
 456         {
 457           sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 458         }
 459
 460         max = seqCanvas.cursorY + 1;
 461       }
 462
 463       if (min > max)
 464       {
 465         // Only the user can do this
 466         av.setSelectionGroup(null);
 467       }
 468       else
 469       {
 470         // Now add any sequences between min and max
 471         sg.getSequences(null).clear();
 472         for (int i = min; i < max; i++)
 473         {
 474           sg.addSequence(av.getAlignment().getSequenceAt(i), false);
 475         }
 476       }
 477     }
 478
 479     if (av.getSelectionGroup() == null)
 480     {
 481       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 482       sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 483       sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 484       sg.addSequence(sequence, false);
 485       av.setSelectionGroup(sg);
 486     }
 487
 488     ap.paintAlignment(false);
 489     av.sendSelection();
 490   }
 491
 492   void insertGapAtCursor(boolean group)
 493   {
 494     groupEditing = group;
 495     startseq = seqCanvas.cursorY;
 496     lastres = seqCanvas.cursorX;
 497     editSequence(true, false, seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1());
 498     endEditing();
 499   }
 500
 501   void deleteGapAtCursor(boolean group)
 502   {
 503     groupEditing = group;
 504     startseq = seqCanvas.cursorY;
 505     lastres = seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1();
 506     editSequence(false, false, seqCanvas.cursorX);
 507     endEditing();
 508   }
 509
 510   void insertNucAtCursor(boolean group, String nuc)
 511   {
 512     groupEditing = group;
 513     startseq = seqCanvas.cursorY;
 514     lastres = seqCanvas.cursorX;
 515     editSequence(false, true, seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1());
 516     endEditing();
 517   }
 518
 519   void numberPressed(char value)
 520   {
 521     if (keyboardNo1 == null)
 522     {
 523       keyboardNo1 = new StringBuffer();
 524     }
 525
 526     if (keyboardNo2 != null)
 527     {
 528       keyboardNo2.append(value);
 529     }
 530     else
 531     {
 532       keyboardNo1.append(value);
 533     }
 534   }
 535
 536   int getKeyboardNo1()
 537   {
 538     try
 539     {
 540       if (keyboardNo1 != null)
 541       {
 542         int value = Integer.parseInt(keyboardNo1.toString());
 543         keyboardNo1 = null;
 544         return value;
 545       }
 546     } catch (Exception x)
 547     {
 548     }
 549     keyboardNo1 = null;
 550     return 1;
 551   }
 552
 553   int getKeyboardNo2()
 554   {
 555     try
 556     {
 557       if (keyboardNo2 != null)
 558       {
 559         int value = Integer.parseInt(keyboardNo2.toString());
 560         keyboardNo2 = null;
 561         return value;
 562       }
 563     } catch (Exception x)
 564     {
 565     }
 566     keyboardNo2 = null;
 567     return 1;
 568   }
 569
 570   /**
 571    * DOCUMENT ME!
 572    *
 573    * @param evt
 574    *          DOCUMENT ME!
 575    */
 576   @Override
 577   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 578   {
 579     mouseDragging = false;
 580     mouseWheelPressed = false;
 581
 582     if (!editingSeqs)
 583     {
 584       doMouseReleasedDefineMode(evt);
 585       return;
 586     }
 587
 588     endEditing();
 589   }
 590
 591   /**
 592    * DOCUMENT ME!
 593    *
 594    * @param evt
 595    *          DOCUMENT ME!
 596    */
 597   @Override
 598   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 599   {
 600     lastMousePress = evt.getPoint();
 601
 602     if (javax.swing.SwingUtilities.isMiddleMouseButton(evt))
 603     {
 604       mouseWheelPressed = true;
 605       return;
 606     }
 607
 608     if (evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() || evt.isControlDown())
 609     {
 610       if (evt.isAltDown() || evt.isControlDown())
 611       {
 612         groupEditing = true;
 613       }
 614       editingSeqs = true;
 615     }
 616     else
 617     {
 618       doMousePressedDefineMode(evt);
 619       return;
 620     }
 621
 622     int seq = findSeq(evt);
 623     int res = findRes(evt);
 624
 625     if (seq < 0 || res < 0)
 626     {
 627       return;
 628     }
 629
 630     if ((seq < av.getAlignment().getHeight())
 631             && (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))
 632     {
 633       startseq = seq;
 634       lastres = res;
 635     }
 636     else
 637     {
 638       startseq = -1;
 639       lastres = -1;
 640     }
 641
 642     return;
 643   }
 644
 645   String lastMessage;
 646
 647   @Override
 648   public void mouseOverSequence(SequenceI sequence, int index, int pos)
 649   {
 650     String tmp = sequence.hashCode() + " " + index + " " + pos;
 651
 652     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(tmp))
 653     {
 654       // System.err.println("mouseOver Sequence: "+tmp);
 655       ssm.mouseOverSequence(sequence, index, pos, av);
 656     }
 657     lastMessage = tmp;
 658   }
 659
 660   @Override
 661   public void highlightSequence(SearchResults results)
 662   {
 663     if (av.isFollowHighlight())
 664     {
 665       /*
 666        * if scrollToPosition requires a scroll adjustment, this flag prevents
 667        * another scroll event being propagated back to the originator
 668        *
 669        * @see AlignmentPanel#adjustmentValueChanged
 670        */
 671       ap.setFollowingComplementScroll(true);
 672       if (ap.scrollToPosition(results, false))
 673       {
 674         seqCanvas.revalidate();
 675       }
 676     }
 677     setStatusMessage(results);
 678     seqCanvas.highlightSearchResults(results);
 679   }
 680
 681   @Override
 682   public VamsasSource getVamsasSource()
 683   {
 684     return this.ap == null ? null : this.ap.av;
 685   }
 686   @Override
 687   public void updateColours(SequenceI seq, int index)
 688   {
 689     System.out.println("update the seqPanel colours");
 690     // repaint();
 691   }
 692
 693   /**
 694    * DOCUMENT ME!
 695    *
 696    * @param evt
 697    *          DOCUMENT ME!
 698    */
 699   @Override
 700   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 701   {
 702     if (editingSeqs)
 703     {
 704       // This is because MacOSX creates a mouseMoved
 705       // If control is down, other platforms will not.
 706       mouseDragged(evt);
 707     }
 708
 709     int res = findRes(evt);
 710     int seq = findSeq(evt);
 711     int pos;
 712     if (res < 0 || seq < 0 || seq >= av.getAlignment().getHeight())
 713     {
 714       return;
 715     }
 716
 717     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
 718
 719     if (res >= sequence.getLength())
 720     {
 721       return;
 722     }
 723
 724     pos = setStatusMessage(sequence, res, seq);
 725     if (ssm != null && pos > -1)
 726     {
 727       mouseOverSequence(sequence, res, pos);
 728     }
 729
 730     tooltipText.setLength(6); // Cuts the buffer back to <html>
 731
 732     SequenceGroup[] groups = av.getAlignment().findAllGroups(sequence);
 733     if (groups != null)
 734     {
 735       for (int g = 0; g < groups.length; g++)
 736       {
 737         if (groups[g].getStartRes() <= res && groups[g].getEndRes() >= res)
 738         {
 739           if (!groups[g].getName().startsWith("JTreeGroup")
 740                   && !groups[g].getName().startsWith("JGroup"))
 741           {
 742             tooltipText.append(groups[g].getName());
 743           }
 744
 745           if (groups[g].getDescription() != null)
 746           {
 747             tooltipText.append(": " + groups[g].getDescription());
 748           }
 749         }
 750       }
 751     }
 752
 753     // use aa to see if the mouse pointer is on a
 754     if (av.isShowSequenceFeatures())
 755     {
 756       int rpos;
 757       List<SequenceFeature> features = ap.getFeatureRenderer().findFeaturesAtRes(
 758               sequence.getDatasetSequence(),
 759               rpos = sequence.findPosition(res));
 760       seqARep.appendFeatures(tooltipText, rpos, features,
 761               this.ap.getSeqPanel().seqCanvas.fr.getMinMax());
 762     }
 763     if (tooltipText.length() == 6) // <html></html>
 764     {
 765       setToolTipText(null);
 766       lastTooltip = null;
 767     }
 768     else
 769     {
 770       if (lastTooltip == null
 771               || !lastTooltip.equals(tooltipText.toString()))
 772       {
 773         String formatedTooltipText = JvSwingUtils.wrapTooltip(true,
 774                 tooltipText.toString());
 775         // String formatedTooltipText = tooltipText.toString();
 776         setToolTipText(formatedTooltipText);
 777         lastTooltip = tooltipText.toString();
 778       }
 779
 780     }
 781
 782   }
 783
 784   private Point lastp = null;
 785
 786   /*
 787    * (non-Javadoc)
 788    *
 789    * @see javax.swing.JComponent#getToolTipLocation(java.awt.event.MouseEvent)
 790    */
 791   public Point getToolTipLocation(MouseEvent event)
 792   {
 793     int x = event.getX(), w = getWidth();
 794     int wdth = (w - x < 200) ? -(w / 2) : 5; // switch sides when tooltip is too
 795     // close to edge
 796     Point p = lastp;
 797     if (!event.isShiftDown() || p == null)
 798     {
 799       p = (tooltipText != null && tooltipText.length() > 6) ? new Point(
 800               event.getX() + wdth, event.getY() - 20) : null;
 801     }
 802     /*
 803      * TODO: try to modify position region is not obcured by tooltip
 804      */
 805     return lastp = p;
 806   }
 807
 808   String lastTooltip;
 809
 810   /**
 811    * Set status message in alignment panel
 812    *
 813    * @param sequence
 814    *          aligned sequence object
 815    * @param res
 816    *          alignment column
 817    * @param seq
 818    *          index of sequence in alignment
 819    * @return position of res in sequence
 820    */
 821   int setStatusMessage(SequenceI sequence, int res, int seq)
 822   {
 823     StringBuilder text = new StringBuilder(32);
 824
 825     /*
 826      * Sequence number (if known), and sequence name.
 827      */
 828     String seqno = seq == -1 ? "" : " " + (seq + 1);
 829     text.append("Sequence" + seqno + " ID: " + sequence.getName());
 830
 831     String residue = null;
 832     /*
 833      * Try to translate the display character to residue name (null for gap).
 834      */
 835     final String displayChar = String.valueOf(sequence.getCharAt(res));
 836     if (av.getAlignment().isNucleotide())
 837     {
 838       residue = ResidueProperties.nucleotideName.get(displayChar);
 839       if (residue != null)
 840       {
 841         text.append(" Nucleotide: ").append(residue);
 842       }
 843     }
 844     else
 845     {
 846       residue = "X".equalsIgnoreCase(displayChar) ? "X"
 847               : ResidueProperties.aa2Triplet.get(displayChar);
 848       if (residue != null)
 849       {
 850         text.append(" Residue: ").append(residue);
 851       }
 852     }
 853
 854     int pos = -1;
 855     if (residue != null)
 856     {
 857       pos = sequence.findPosition(res);
 858       text.append(" (").append(Integer.toString(pos)).append(")");
 859     }
 860     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());
 861     return pos;
 862   }
 863
 864   /**
 865    * Set the status bar message to highlight the first matched position in
 866    * search results.
 867    *
 868    * @param results
 869    */
 870   private void setStatusMessage(SearchResults results)
 871   {
 872     List<Match> matches = results.getResults();
 873     if (!matches.isEmpty())
 874     {
 875       Match m = matches.get(0);
 876       SequenceI seq = m.getSequence();
 877       int sequenceIndex = this.av.getAlignment().findIndex(seq);
 878
 879       /*
 880        * Convert position in sequence (base 1) to sequence character array index
 881        * (base 0)
 882        */
 883       int start = m.getStart() - 1;
 884       setStatusMessage(seq, start, sequenceIndex);
 885     }
 886   }
 887
 888   /**
 889    * DOCUMENT ME!
 890    *
 891    * @param evt
 892    *          DOCUMENT ME!
 893    */
 894   @Override
 895   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 896   {
 897     if (mouseWheelPressed)
 898     {
 899       int oldWidth = av.getCharWidth();
 900
 901       // Which is bigger, left-right or up-down?
 902       if (Math.abs(evt.getY() - lastMousePress.getY()) > Math.abs(evt
 903               .getX() - lastMousePress.getX()))
 904       {
 905         int fontSize = av.font.getSize();
 906
 907         if (evt.getY() < lastMousePress.getY())
 908         {
 909           fontSize--;
 910         }
 911         else if (evt.getY() > lastMousePress.getY())
 912         {
 913           fontSize++;
 914         }
 915
 916         if (fontSize < 1)
 917         {
 918           fontSize = 1;
 919         }
 920
 921         av.setFont(
 922                 new Font(av.font.getName(), av.font.getStyle(), fontSize),
 923                 true);
 924         av.setCharWidth(oldWidth);
 925         ap.fontChanged();
 926       }
 927       else
 928       {
 929         if (evt.getX() < lastMousePress.getX() && av.getCharWidth() > 1)
 930         {
 931           av.setCharWidth(av.getCharWidth() - 1);
 932         }
 933         else if (evt.getX() > lastMousePress.getX())
 934         {
 935           av.setCharWidth(av.getCharWidth() + 1);
 936         }
 937
 938         ap.paintAlignment(false);
 939       }
 940
 941       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 942       av.validCharWidth = fm.charWidth('M') <= av.getCharWidth();
 943
 944       lastMousePress = evt.getPoint();
 945
 946       return;
 947     }
 948
 949     if (!editingSeqs)
 950     {
 951       doMouseDraggedDefineMode(evt);
 952       return;
 953     }
 954
 955     int res = findRes(evt);
 956
 957     if (res < 0)
 958     {
 959       res = 0;
 960     }
 961
 962     if ((lastres == -1) || (lastres == res))
 963     {
 964       return;
 965     }
 966
 967     if ((res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))
 968     {
 969       // dragLeft, delete gap
 970       editSequence(false, false, res);
 971     }
 972     else
 973     {
 974       editSequence(true, false, res);
 975     }
 976
 977     mouseDragging = true;
 978     if (scrollThread != null)
 979     {
 980       scrollThread.setEvent(evt);
 981     }
 982   }
 983
 984   // TODO: Make it more clever than many booleans
 985   synchronized void editSequence(boolean insertGap, boolean editSeq,
 986           int startres)
 987   {
 988     int fixedLeft = -1;
 989     int fixedRight = -1;
 990     boolean fixedColumns = false;
 991     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
 992
 993     SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(startseq);
 994
 995     // No group, but the sequence may represent a group
 996     if (!groupEditing && av.hasHiddenRows())
 997     {
 998       if (av.isHiddenRepSequence(seq))
 999       {
1000         sg = av.getRepresentedSequences(seq);
1001         groupEditing = true;
1002       }
1003     }
1004
1005     StringBuilder message = new StringBuilder(64);
1006     if (groupEditing)
1007     {
1008       message.append("Edit group:");
1009       if (editCommand == null)
1010       {
1011         editCommand = new EditCommand(MessageManager.getString("action.edit_group"));
1012       }
1013     }
1014     else
1015     {
1016       message.append("Edit sequence: " + seq.getName());
1017       String label = seq.getName();
1018       if (label.length() > 10)
1019       {
1020         label = label.substring(0, 10);
1021       }
1022       if (editCommand == null)
1023       {
1024         editCommand = new EditCommand(MessageManager.formatMessage("label.edit_params", new String[]{label}));
1025       }
1026     }
1027
1028     if (insertGap)
1029     {
1030       message.append(" insert ");
1031     }
1032     else
1033     {
1034       message.append(" delete ");
1035     }
1036
1037     message.append(Math.abs(startres - lastres) + " gaps.");
1038     ap.alignFrame.statusBar.setText(message.toString());
1039
1040     // Are we editing within a selection group?
1041     if (groupEditing
1042             || (sg != null && sg.getSequences(av.getHiddenRepSequences())
1043                     .contains(seq)))
1044     {
1045       fixedColumns = true;
1046
1047       // sg might be null as the user may only see 1 sequence,
1048       // but the sequence represents a group
1049       if (sg == null)
1050       {
1051         if (!av.isHiddenRepSequence(seq))
1052         {
1053           endEditing();
1054           return;
1055         }
1056         sg = av.getRepresentedSequences(seq);
1057       }
1058
1059       fixedLeft = sg.getStartRes();
1060       fixedRight = sg.getEndRes();
1061
1062       if ((startres < fixedLeft && lastres >= fixedLeft)
1063               || (startres >= fixedLeft && lastres < fixedLeft)
1064               || (startres > fixedRight && lastres <= fixedRight)
1065               || (startres <= fixedRight && lastres > fixedRight))
1066       {
1067         endEditing();
1068         return;
1069       }
1070
1071       if (fixedLeft > startres)
1072       {
1073         fixedRight = fixedLeft - 1;
1074         fixedLeft = 0;
1075       }
1076       else if (fixedRight < startres)
1077       {
1078         fixedLeft = fixedRight;
1079         fixedRight = -1;
1080       }
1081     }
1082
1083     if (av.hasHiddenColumns())
1084     {
1085       fixedColumns = true;
1086       int y1 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryLeft(startres);
1087       int y2 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres);
1088
1089       if ((insertGap && startres > y1 && lastres < y1)
1090               || (!insertGap && startres < y2 && lastres > y2))
1091       {
1092         endEditing();
1093         return;
1094       }
1095
1096       // System.out.print(y1+" "+y2+" "+fixedLeft+" "+fixedRight+"~~");
1097       // Selection spans a hidden region
1098       if (fixedLeft < y1 && (fixedRight > y2 || fixedRight == -1))
1099       {
1100         if (startres >= y2)
1101         {
1102           fixedLeft = y2;
1103         }
1104         else
1105         {
1106           fixedRight = y2 - 1;
1107         }
1108       }
1109     }
1110
1111     if (groupEditing)
1112     {
1113       List<SequenceI> vseqs = sg.getSequences(av.getHiddenRepSequences());
1114       int g, groupSize = vseqs.size();
1115       SequenceI[] groupSeqs = new SequenceI[groupSize];
1116       for (g = 0; g < groupSeqs.length; g++)
1117       {
1118         groupSeqs[g] = vseqs.get(g);
1119       }
1120
1121       // drag to right
1122       if (insertGap)
1123       {
1124         // If the user has selected the whole sequence, and is dragging to
1125         // the right, we can still extend the alignment and selectionGroup
1126         if (sg.getStartRes() == 0 && sg.getEndRes() == fixedRight
1127                 && sg.getEndRes() == av.getAlignment().getWidth() - 1)
1128         {
1129           sg.setEndRes(av.getAlignment().getWidth() + startres - lastres);
1130           fixedRight = sg.getEndRes();
1131         }
1132
1133         // Is it valid with fixed columns??
1134         // Find the next gap before the end
1135         // of the visible region boundary
1136         boolean blank = false;
1137         for (fixedRight = fixedRight; fixedRight > lastres; fixedRight--)
1138         {
1139           blank = true;
1140
1141           for (g = 0; g < groupSize; g++)
1142           {
1143             for (int j = 0; j < startres - lastres; j++)
1144             {
1145               if (!Comparison.isGap(groupSeqs[g]
1146                       .getCharAt(fixedRight - j)))
1147               {
1148                 blank = false;
1149                 break;
1150               }
1151             }
1152           }
1153           if (blank)
1154           {
1155             break;
1156           }
1157         }
1158
1159         if (!blank)
1160         {
1161           if (sg.getSize() == av.getAlignment().getHeight())
1162           {
1163             if ((av.hasHiddenColumns() && startres < av
1164                     .getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres)))
1165             {
1166               endEditing();
1167               return;
1168             }
1169
1170             int alWidth = av.getAlignment().getWidth();
1171             if (av.hasHiddenRows())
1172             {
1173               int hwidth = av.getAlignment().getHiddenSequences()
1174                       .getWidth();
1175               if (hwidth > alWidth)
1176               {
1177                 alWidth = hwidth;
1178               }
1179             }
1180             // We can still insert gaps if the selectionGroup
1181             // contains all the sequences
1182             sg.setEndRes(sg.getEndRes() + startres - lastres);
1183             fixedRight = alWidth + startres - lastres;
1184           }
1185           else
1186           {
1187             endEditing();
1188             return;
1189           }
1190         }
1191       }
1192
1193       // drag to left
1194       else if (!insertGap)
1195       {
1196         // / Are we able to delete?
1197         // ie are all columns blank?
1198
1199         for (g = 0; g < groupSize; g++)
1200         {
1201           for (int j = startres; j < lastres; j++)
1202           {
1203             if (groupSeqs[g].getLength() <= j)
1204             {
1205               continue;
1206             }
1207
1208             if (!Comparison.isGap(groupSeqs[g].getCharAt(j)))
1209             {
1210               // Not a gap, block edit not valid
1211               endEditing();
1212               return;
1213             }
1214           }
1215         }
1216       }
1217
1218       if (insertGap)
1219       {
1220         // dragging to the right
1221         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1222         {
1223           for (int j = lastres; j < startres; j++)
1224           {
1225             insertChar(j, groupSeqs, fixedRight);
1226           }
1227         }
1228         else
1229         {
1230           appendEdit(Action.INSERT_GAP, groupSeqs, startres, startres
1231                   - lastres);
1232         }
1233       }
1234       else
1235       {
1236         // dragging to the left
1237         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1238         {
1239           for (int j = lastres; j > startres; j--)
1240           {
1241             deleteChar(startres, groupSeqs, fixedRight);
1242           }
1243         }
1244         else
1245         {
1246           appendEdit(Action.DELETE_GAP, groupSeqs, startres, lastres
1247                   - startres);
1248         }
1249
1250       }
1251     }
1252     else
1253     // ///Editing a single sequence///////////
1254     {
1255       if (insertGap)
1256       {
1257         // dragging to the right
1258         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1259         {
1260           for (int j = lastres; j < startres; j++)
1261           {
1262             insertChar(j, new SequenceI[]
1263             { seq }, fixedRight);
1264           }
1265         }
1266         else
1267         {
1268           appendEdit(Action.INSERT_GAP, new SequenceI[]
1269           { seq }, lastres, startres - lastres);
1270         }
1271       }
1272       else
1273       {
1274         if (!editSeq)
1275         {
1276           // dragging to the left
1277           if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1278           {
1279             for (int j = lastres; j > startres; j--)
1280             {
1281               if (!Comparison.isGap(seq.getCharAt(startres)))
1282               {
1283                 endEditing();
1284                 break;
1285               }
1286               deleteChar(startres, new SequenceI[]
1287               { seq }, fixedRight);
1288             }
1289           }
1290           else
1291           {
1292             // could be a keyboard edit trying to delete none gaps
1293             int max = 0;
1294             for (int m = startres; m < lastres; m++)
1295             {
1296               if (!Comparison.isGap(seq.getCharAt(m)))
1297               {
1298                 break;
1299               }
1300               max++;
1301             }
1302
1303             if (max > 0)
1304             {
1305               appendEdit(Action.DELETE_GAP, new SequenceI[]
1306               { seq }, startres, max);
1307             }
1308           }
1309         }
1310         else
1311         {// insertGap==false AND editSeq==TRUE;
1312           if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1313           {
1314             for (int j = lastres; j < startres; j++)
1315             {
1316               insertChar(j, new SequenceI[]
1317               { seq }, fixedRight);
1318             }
1319           }
1320           else
1321           {
1322             appendEdit(Action.INSERT_NUC, new SequenceI[]
1323             { seq }, lastres, startres - lastres);
1324           }
1325         }
1326       }
1327     }
1328
1329     lastres = startres;
1330     seqCanvas.repaint();
1331   }
1332
1333   void insertChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)
1334   {
1335     int blankColumn = fixedColumn;
1336     for (int s = 0; s < seq.length; s++)
1337     {
1338       // Find the next gap before the end of the visible region boundary
1339       // If lastCol > j, theres a boundary after the gap insertion
1340
1341       for (blankColumn = fixedColumn; blankColumn > j; blankColumn--)
1342       {
1343         if (Comparison.isGap(seq[s].getCharAt(blankColumn)))
1344         {
1345           // Theres a space, so break and insert the gap
1346           break;
1347         }
1348       }
1349
1350       if (blankColumn <= j)
1351       {
1352         blankColumn = fixedColumn;
1353         endEditing();
1354         return;
1355       }
1356     }
1357
1358     appendEdit(Action.DELETE_GAP, seq, blankColumn, 1);
1359
1360     appendEdit(Action.INSERT_GAP, seq, j, 1);
1361
1362   }
1363
1364   /**
1365    * Helper method to add and perform one edit action.
1366    *
1367    * @param action
1368    * @param seq
1369    * @param pos
1370    * @param count
1371    */
1372   protected void appendEdit(Action action, SequenceI[] seq, int pos,
1373           int count)
1374   {
1375
1376     final Edit edit = new EditCommand().new Edit(action, seq, pos, count,
1377             av.getAlignment().getGapCharacter());
1378
1379     editCommand.appendEdit(edit, av.getAlignment(),
1380             true, null);
1381   }
1382
1383   void deleteChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)
1384   {
1385
1386     appendEdit(Action.DELETE_GAP, seq, j, 1);
1387
1388     appendEdit(Action.INSERT_GAP, seq, fixedColumn, 1);
1389   }
1390
1391   /**
1392    * DOCUMENT ME!
1393    *
1394    * @param e
1395    *          DOCUMENT ME!
1396    */
1397   @Override
1398   public void mouseEntered(MouseEvent e)
1399   {
1400     if (oldSeq < 0)
1401     {
1402       oldSeq = 0;
1403     }
1404
1405     if (scrollThread != null)
1406     {
1407       scrollThread.running = false;
1408       scrollThread = null;
1409     }
1410   }
1411
1412   /**
1413    * DOCUMENT ME!
1414    *
1415    * @param e
1416    *          DOCUMENT ME!
1417    */
1418   @Override
1419   public void mouseExited(MouseEvent e)
1420   {
1421     if (av.getWrapAlignment())
1422     {
1423       return;
1424     }
1425
1426     if (mouseDragging)
1427     {
1428       scrollThread = new ScrollThread();
1429     }
1430   }
1431
1432   @Override
1433   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
1434   {
1435     SequenceGroup sg = null;
1436     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(findSeq(evt));
1437     if (evt.getClickCount() > 1)
1438     {
1439       sg = av.getSelectionGroup();
1440       if (sg != null && sg.getSize() == 1
1441               && sg.getEndRes() - sg.getStartRes() < 2)
1442       {
1443         av.setSelectionGroup(null);
1444       }
1445
1446       List<SequenceFeature> features = seqCanvas.getFeatureRenderer().findFeaturesAtRes(
1447               sequence.getDatasetSequence(),
1448               sequence.findPosition(findRes(evt)));
1449
1450       if (features != null && features.size()> 0)
1451       {
1452         SearchResults highlight = new SearchResults();
1453         highlight.addResult(sequence, features.get(0).getBegin(),
1454                 features.get(0).getEnd());
1455         seqCanvas.highlightSearchResults(highlight);
1456       }
1457       if (features != null && features.size()> 0)
1458       {
1459         seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(new SequenceI[]
1460         { sequence }, features.toArray(new SequenceFeature[features.size()]), false, ap);
1461
1462         seqCanvas.highlightSearchResults(null);
1463       }
1464     }
1465   }
1466
1467   @Override
1468   public void mouseWheelMoved(MouseWheelEvent e)
1469   {
1470     e.consume();
1471     if (e.getWheelRotation() > 0)
1472     {
1473       if (e.isShiftDown())
1474       {
1475         ap.scrollRight(true);
1476
1477       }
1478       else
1479       {
1480         ap.scrollUp(false);
1481       }
1482     }
1483     else
1484     {
1485       if (e.isShiftDown())
1486       {
1487         ap.scrollRight(false);
1488       }
1489       else
1490       {
1491         ap.scrollUp(true);
1492       }
1493     }
1494     // TODO Update tooltip for new position.
1495   }
1496
1497   /**
1498    * DOCUMENT ME!
1499    *
1500    * @param evt
1501    *          DOCUMENT ME!
1502    */
1503   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)
1504   {
1505     int res = findRes(evt);
1506     int seq = findSeq(evt);
1507     oldSeq = seq;
1508
1509     startWrapBlock = wrappedBlock;
1510
1511     if (av.getWrapAlignment() && seq > av.getAlignment().getHeight())
1512     {
1513       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop, MessageManager
1514               .getString("label.cannot_edit_annotations_in_wrapped_view"),
1515               MessageManager.getString("label.wrapped_view_no_edit"),
1516               JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1517       return;
1518     }
1519
1520     if (seq < 0 || res < 0)
1521     {
1522       return;
1523     }
1524
1525     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
1526
1527     if ((sequence == null) || (res > sequence.getLength()))
1528     {
1529       return;
1530     }
1531
1532     stretchGroup = av.getSelectionGroup();
1533
1534     if (stretchGroup == null)
1535     {
1536       stretchGroup = av.getAlignment().findGroup(sequence);
1537
1538       if ((stretchGroup != null) && (res > stretchGroup.getStartRes())
1539               && (res < stretchGroup.getEndRes()))
1540       {
1541         av.setSelectionGroup(stretchGroup);
1542       }
1543       else
1544       {
1545         stretchGroup = null;
1546       }
1547     }
1548     else if (!stretchGroup.getSequences(null).contains(sequence)
1549             || (stretchGroup.getStartRes() > res)
1550             || (stretchGroup.getEndRes() < res))
1551     {
1552       stretchGroup = null;
1553
1554       SequenceGroup[] allGroups = av.getAlignment().findAllGroups(sequence);
1555
1556       if (allGroups != null)
1557       {
1558         for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)
1559         {
1560           if ((allGroups[i].getStartRes() <= res)
1561                   && (allGroups[i].getEndRes() >= res))
1562           {
1563             stretchGroup = allGroups[i];
1564             break;
1565           }
1566         }
1567       }
1568
1569       av.setSelectionGroup(stretchGroup);
1570
1571     }
1572
1573     if (javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))
1574     {
1575       List<SequenceFeature> allFeatures = ap.getFeatureRenderer().findFeaturesAtRes(
1576               sequence.getDatasetSequence(), sequence.findPosition(res));
1577       Vector links = new Vector();
1578       for (SequenceFeature sf:allFeatures)
1579       {
1580         if (sf.links != null)
1581         {
1582           for (int j = 0; j < sf.links.size(); j++)
1583           {
1584             links.addElement(sf.links.elementAt(j));
1585           }
1586         }
1587       }
1588
1589       PopupMenu pop = new PopupMenu(ap, null, links);
1590       pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());
1591       return;
1592     }
1593
1594     if (av.cursorMode)
1595     {
1596       seqCanvas.cursorX = findRes(evt);
1597       seqCanvas.cursorY = findSeq(evt);
1598       seqCanvas.repaint();
1599       return;
1600     }
1601
1602     if (stretchGroup == null)
1603     {
1604       // Only if left mouse button do we want to change group sizes
1605
1606       // define a new group here
1607       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
1608       sg.setStartRes(res);
1609       sg.setEndRes(res);
1610       sg.addSequence(sequence, false);
1611       av.setSelectionGroup(sg);
1612
1613       stretchGroup = sg;
1614
1615       if (av.getConservationSelected())
1616       {
1617         SliderPanel.setConservationSlider(ap, av.getGlobalColourScheme(),
1618                 "Background");
1619       }
1620
1621       if (av.getAbovePIDThreshold())
1622       {
1623         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),
1624                 "Background");
1625       }
1626       if ((stretchGroup != null) && (stretchGroup.getEndRes() == res))
1627       {
1628         // Edit end res position of selected group
1629         changeEndRes = true;
1630       }
1631       else if ((stretchGroup != null)
1632               && (stretchGroup.getStartRes() == res))
1633       {
1634         // Edit end res position of selected group
1635         changeStartRes = true;
1636       }
1637       stretchGroup.getWidth();
1638     }
1639
1640     seqCanvas.repaint();
1641   }
1642
1643   /**
1644    * DOCUMENT ME!
1645    *
1646    * @param evt
1647    *          DOCUMENT ME!
1648    */
1649   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)
1650   {
1651     if (stretchGroup == null)
1652     {
1653       return;
1654     }
1655
1656     stretchGroup.recalcConservation(); // always do this - annotation has own
1657                                        // state
1658     if (stretchGroup.cs != null)
1659     {
1660       stretchGroup.cs.alignmentChanged(stretchGroup,
1661               av.getHiddenRepSequences());
1662
1663       if (stretchGroup.cs.conservationApplied())
1664       {
1665         SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,
1666                 stretchGroup.getName());
1667       }
1668       else
1669       {
1670         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,
1671                 stretchGroup.getName());
1672       }
1673     }
1674     PaintRefresher.Refresh(this, av.getSequenceSetId());
1675     ap.paintAlignment(true);
1676
1677     changeEndRes = false;
1678     changeStartRes = false;
1679     stretchGroup = null;
1680     av.sendSelection();
1681   }
1682
1683   /**
1684    * DOCUMENT ME!
1685    *
1686    * @param evt
1687    *          DOCUMENT ME!
1688    */
1689   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)
1690   {
1691     int res = findRes(evt);
1692     int y = findSeq(evt);
1693
1694     if (wrappedBlock != startWrapBlock)
1695     {
1696       return;
1697     }
1698
1699     if (stretchGroup == null)
1700     {
1701       return;
1702     }
1703
1704     if (res >= av.getAlignment().getWidth())
1705     {
1706       res = av.getAlignment().getWidth() - 1;
1707     }
1708
1709     if (stretchGroup.getEndRes() == res)
1710     {
1711       // Edit end res position of selected group
1712       changeEndRes = true;
1713     }
1714     else if (stretchGroup.getStartRes() == res)
1715     {
1716       // Edit start res position of selected group
1717       changeStartRes = true;
1718     }
1719
1720     if (res < av.getStartRes())
1721     {
1722       res = av.getStartRes();
1723     }
1724
1725     if (changeEndRes)
1726     {
1727       if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))
1728       {
1729         stretchGroup.setEndRes(res);
1730       }
1731     }
1732     else if (changeStartRes)
1733     {
1734       if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))
1735       {
1736         stretchGroup.setStartRes(res);
1737       }
1738     }
1739
1740     int dragDirection = 0;
1741
1742     if (y > oldSeq)
1743     {
1744       dragDirection = 1;
1745     }
1746     else if (y < oldSeq)
1747     {
1748       dragDirection = -1;
1749     }
1750
1751     while ((y != oldSeq) && (oldSeq > -1)
1752             && (y < av.getAlignment().getHeight()))
1753     {
1754       // This routine ensures we don't skip any sequences, as the
1755       // selection is quite slow.
1756       Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);
1757
1758       oldSeq += dragDirection;
1759
1760       if (oldSeq < 0)
1761       {
1762         break;
1763       }
1764
1765       Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);
1766
1767       if (stretchGroup.getSequences(null).contains(nextSeq))
1768       {
1769         stretchGroup.deleteSequence(seq, false);
1770       }
1771       else
1772       {
1773         if (seq != null)
1774         {
1775           stretchGroup.addSequence(seq, false);
1776         }
1777
1778         stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);
1779       }
1780     }
1781
1782     if (oldSeq < 0)
1783     {
1784       oldSeq = -1;
1785     }
1786
1787     mouseDragging = true;
1788
1789     if (scrollThread != null)
1790     {
1791       scrollThread.setEvent(evt);
1792     }
1793
1794     seqCanvas.repaint();
1795   }
1796
1797   void scrollCanvas(MouseEvent evt)
1798   {
1799     if (evt == null)
1800     {
1801       if (scrollThread != null)
1802       {
1803         scrollThread.running = false;
1804         scrollThread = null;
1805       }
1806       mouseDragging = false;
1807     }
1808     else
1809     {
1810       if (scrollThread == null)
1811       {
1812         scrollThread = new ScrollThread();
1813       }
1814
1815       mouseDragging = true;
1816       scrollThread.setEvent(evt);
1817     }
1818
1819   }
1820
1821   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment
1822   class ScrollThread extends Thread
1823   {
1824     MouseEvent evt;
1825
1826     boolean running = false;
1827
1828     public ScrollThread()
1829     {
1830       start();
1831     }
1832
1833     public void setEvent(MouseEvent e)
1834     {
1835       evt = e;
1836     }
1837
1838     public void stopScrolling()
1839     {
1840       running = false;
1841     }
1842
1843     @Override
1844     public void run()
1845     {
1846       running = true;
1847
1848       while (running)
1849       {
1850         if (evt != null)
1851         {
1852           if (mouseDragging && (evt.getY() < 0) && (av.getStartSeq() > 0))
1853           {
1854             running = ap.scrollUp(true);
1855           }
1856
1857           if (mouseDragging && (evt.getY() >= getHeight())
1858                   && (av.getAlignment().getHeight() > av.getEndSeq()))
1859           {
1860             running = ap.scrollUp(false);
1861           }
1862
1863           if (mouseDragging && (evt.getX() < 0))
1864           {
1865             running = ap.scrollRight(false);
1866           }
1867           else if (mouseDragging && (evt.getX() >= getWidth()))
1868           {
1869             running = ap.scrollRight(true);
1870           }
1871         }
1872
1873         try
1874         {
1875           Thread.sleep(20);
1876         } catch (Exception ex)
1877         {
1878         }
1879       }
1880     }
1881   }
1882
1883   /**
1884    * modify current selection according to a received message.
1885    */
1886   @Override
1887   public void selection(SequenceGroup seqsel, ColumnSelection colsel,
1888           SelectionSource source)
1889   {
1890     // TODO: fix this hack - source of messages is align viewport, but SeqPanel
1891     // handles selection messages...
1892     // TODO: extend config options to allow user to control if selections may be
1893     // shared between viewports.
1894     boolean iSentTheSelection = (av == source
1895             || (source instanceof AlignViewport && ((AlignmentViewport) source)
1896             .getSequenceSetId().equals(av.getSequenceSetId())));
1897     if (iSentTheSelection || !av.followSelection)
1898     {
1899       return;
1900     }
1901
1902     /*
1903      * Ignore the selection if there is one of our own pending.
1904      */
1905     if (av.isSelectionGroupChanged(false) || av.isColSelChanged(false))
1906     {
1907       return;
1908     }
1909
1910     /*
1911      * Check for selection in a view of which this one is a dna/protein
1912      * complement.
1913      */
1914     if (selectionFromTranslation(seqsel, colsel, source))
1915     {
1916       return;
1917     }
1918
1919     // do we want to thread this ? (contention with seqsel and colsel locks, I
1920     // suspect)
1921     // rules are: colsel is copied if there is a real intersection between
1922     // sequence selection
1923     boolean repaint = false;
1924     boolean copycolsel = true;
1925
1926     SequenceGroup sgroup = null;
1927     if (seqsel != null && seqsel.getSize() > 0)
1928     {
1929       if (av.getAlignment() == null)
1930       {
1931         Cache.log.warn("alignviewport av SeqSetId="
1932                 + av.getSequenceSetId() + " ViewId=" + av.getViewId()
1933                 + " 's alignment is NULL! returning immediately.");
1934         return;
1935       }
1936       sgroup = seqsel.intersect(av.getAlignment(),
1937               (av.hasHiddenRows()) ? av.getHiddenRepSequences() : null);
1938       if ((sgroup == null || sgroup.getSize() == 0)
1939               || (colsel == null || colsel.size() == 0))
1940       {
1941         // don't copy columns if the region didn't intersect.
1942         copycolsel = false;
1943       }
1944     }
1945     if (sgroup != null && sgroup.getSize() > 0)
1946     {
1947       av.setSelectionGroup(sgroup);
1948     }
1949     else
1950     {
1951       av.setSelectionGroup(null);
1952     }
1953     av.isSelectionGroupChanged(true);
1954     repaint = true;
1955
1956     if (copycolsel)
1957     {
1958       // the current selection is unset or from a previous message
1959       // so import the new colsel.
1960       if (colsel == null || colsel.size() == 0)
1961       {
1962         if (av.getColumnSelection() != null)
1963         {
1964           av.getColumnSelection().clear();
1965           repaint = true;
1966         }
1967       }
1968       else
1969       {
1970         // TODO: shift colSel according to the intersecting sequences
1971         if (av.getColumnSelection() == null)
1972         {
1973           av.setColumnSelection(new ColumnSelection(colsel));
1974         }
1975         else
1976         {
1977           av.getColumnSelection().setElementsFrom(colsel);
1978         }
1979       }
1980       av.isColSelChanged(true);
1981       repaint = true;
1982     }
1983
1984     if (copycolsel
1985             && av.hasHiddenColumns()
1986             && (av.getColumnSelection() == null || av.getColumnSelection()
1987                     .getHiddenColumns() == null))
1988     {
1989       System.err.println("Bad things");
1990     }
1991     if (repaint) // always true!
1992     {
1993       // probably finessing with multiple redraws here
1994       PaintRefresher.Refresh(this, av.getSequenceSetId());
1995       // ap.paintAlignment(false);
1996     }
1997   }
1998
1999   /**
2000    * If this panel is a cdna/protein translation view of the selection source,
2001    * tries to map the source selection to a local one, and returns true. Else
2002    * returns false.
2003    *
2004    * @param seqsel
2005    * @param colsel
2006    * @param source
2007    */
2008   protected boolean selectionFromTranslation(SequenceGroup seqsel,
2009           ColumnSelection colsel, SelectionSource source)
2010   {
2011     if (!(source instanceof AlignViewportI)) {
2012       return false;
2013     }
2014     final AlignViewportI sourceAv = (AlignViewportI) source;
2015     if (sourceAv.getCodingComplement() != av && av.getCodingComplement() != sourceAv)
2016     {
2017       return false;
2018     }
2019
2020     /*
2021      * Map sequence selection
2022      */
2023     SequenceGroup sg = MappingUtils.mapSequenceGroup(seqsel, sourceAv, av);
2024     av.setSelectionGroup(sg);
2025     av.isSelectionGroupChanged(true);
2026
2027     /*
2028      * Map column selection
2029      */
2030     ColumnSelection cs = MappingUtils.mapColumnSelection(colsel, sourceAv,
2031             av);
2032     av.setColumnSelection(cs);
2033     av.isColSelChanged(true);
2034
2035     PaintRefresher.Refresh(this, av.getSequenceSetId());
2036
2037     return true;
2038   }
2039 }