src/jalview/gui/SeqPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewportI;
  24 import jalview.bin.Cache;
  25 import jalview.commands.EditCommand;
  26 import jalview.commands.EditCommand.Action;
  27 import jalview.commands.EditCommand.Edit;
  28 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  29 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  30 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  31 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  32 import jalview.datamodel.SearchResultMatchI;
  33 import jalview.datamodel.SearchResults;
  34 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
  35 import jalview.datamodel.Sequence;
  36 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  37 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  38 import jalview.datamodel.SequenceI;
  39 import jalview.io.SequenceAnnotationReport;
  40 import jalview.renderer.ResidueShaderI;
  41 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  42 import jalview.structure.SelectionListener;
  43 import jalview.structure.SelectionSource;
  44 import jalview.structure.SequenceListener;
  45 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  46 import jalview.structure.VamsasSource;
  47 import jalview.util.Comparison;
  48 import jalview.util.MappingUtils;
  49 import jalview.util.MessageManager;
  50 import jalview.util.Platform;
  51 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  52
  53 import java.awt.BorderLayout;
  54 import java.awt.Color;
  55 import java.awt.Font;
  56 import java.awt.FontMetrics;
  57 import java.awt.Point;
  58 import java.awt.event.MouseEvent;
  59 import java.awt.event.MouseListener;
  60 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  61 import java.awt.event.MouseWheelEvent;
  62 import java.awt.event.MouseWheelListener;
  63 import java.util.Collections;
  64 import java.util.List;
  65
  66 import javax.swing.JPanel;
  67 import javax.swing.SwingUtilities;
  68 import javax.swing.ToolTipManager;
  69
  70 /**
  71  * DOCUMENT ME!
  72  *
  73  * @author $author$
  74  * @version $Revision: 1.130 $
  75  */
  76 public class SeqPanel extends JPanel
  77         implements MouseListener, MouseMotionListener, MouseWheelListener,
  78         SequenceListener, SelectionListener
  79 {
  80   /*
  81    * a class that holds computed mouse position
  82    * - column of the alignment (0...)
  83    * - sequence offset (0...)
  84    * - annotation row offset (0...)
  85    * where annotation offset is -1 unless the alignment is shown
  86    * in wrapped mode, annotations are shown, and the mouse is
  87    * over an annnotation row
  88    */
  89   static class MousePos
  90   {
  91     /*
  92      * alignment column position of cursor (0...)
  93      */
  94     final int column;
  95
  96     /*
  97      * index in alignment of sequence under cursor,
  98      * or nearest above if cursor is not over a sequence
  99      */
 100     final int seqIndex;
 101
 102     /*
 103      * index in annotations array of annotation under the cursor
 104      * (only possible in wrapped mode with annotations shown),
 105      * or -1 if cursor is not over an annotation row
 106      */
 107     final int annotationIndex;
 108
 109     MousePos(int col, int seq, int ann)
 110     {
 111       column = col;
 112       seqIndex = seq;
 113       annotationIndex = ann;
 114     }
 115
 116     boolean isOverAnnotation()
 117     {
 118       return annotationIndex != -1;
 119     }
 120
 121     @Override
 122     public boolean equals(Object obj)
 123     {
 124       if (obj == null || !(obj instanceof MousePos))
 125       {
 126         return false;
 127       }
 128       MousePos o = (MousePos) obj;
 129       boolean b = (column == o.column && seqIndex == o.seqIndex
 130               && annotationIndex == o.annotationIndex);
 131       // System.out.println(obj + (b ? "= " : "!= ") + this);
 132       return b;
 133     }
 134
 135     /**
 136      * A simple hashCode that ensures that instances that satisfy equals() have
 137      * the same hashCode
 138      */
 139     @Override
 140     public int hashCode()
 141     {
 142       return column + seqIndex + annotationIndex;
 143     }
 144
 145     /**
 146      * toString method for debug output purposes only
 147      */
 148     @Override
 149     public String toString()
 150     {
 151       return String.format("c%d:s%d:a%d", column, seqIndex,
 152               annotationIndex);
 153     }
 154   }
 155
 156   private static final int MAX_TOOLTIP_LENGTH = 300;
 157
 158   public SeqCanvas seqCanvas;
 159
 160   public AlignmentPanel ap;
 161
 162   /*
 163    * last position for mouseMoved event
 164    */
 165   private MousePos lastMousePosition;
 166
 167   protected int lastres;
 168
 169   protected int startseq;
 170
 171   protected AlignViewport av;
 172
 173   ScrollThread scrollThread = null;
 174
 175   boolean mouseDragging = false;
 176
 177   boolean editingSeqs = false;
 178
 179   boolean groupEditing = false;
 180
 181   // ////////////////////////////////////////
 182   // ///Everything below this is for defining the boundary of the rubberband
 183   // ////////////////////////////////////////
 184   int oldSeq = -1;
 185
 186   boolean changeEndSeq = false;
 187
 188   boolean changeStartSeq = false;
 189
 190   boolean changeEndRes = false;
 191
 192   boolean changeStartRes = false;
 193
 194   SequenceGroup stretchGroup = null;
 195
 196   boolean remove = false;
 197
 198   Point lastMousePress;
 199
 200   boolean mouseWheelPressed = false;
 201
 202   StringBuffer keyboardNo1;
 203
 204   StringBuffer keyboardNo2;
 205
 206   java.net.URL linkImageURL;
 207
 208   private final SequenceAnnotationReport seqARep;
 209
 210   StringBuilder tooltipText = new StringBuilder();
 211
 212   String tmpString;
 213
 214   EditCommand editCommand;
 215
 216   StructureSelectionManager ssm;
 217
 218   SearchResultsI lastSearchResults;
 219
 220   /**
 221    * Creates a new SeqPanel object
 222    *
 223    * @param viewport
 224    * @param alignPanel
 225    */
 226   public SeqPanel(AlignViewport viewport, AlignmentPanel alignPanel)
 227   {
 228     linkImageURL = getClass().getResource("/images/link.gif");
 229     seqARep = new SequenceAnnotationReport(linkImageURL.toString());
 230     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);
 231     ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);
 232     ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);
 233     this.av = viewport;
 234     setBackground(Color.white);
 235
 236     seqCanvas = new SeqCanvas(alignPanel);
 237     setLayout(new BorderLayout());
 238     add(seqCanvas, BorderLayout.CENTER);
 239
 240     this.ap = alignPanel;
 241
 242     if (!viewport.isDataset())
 243     {
 244       addMouseMotionListener(this);
 245       addMouseListener(this);
 246       addMouseWheelListener(this);
 247       ssm = viewport.getStructureSelectionManager();
 248       ssm.addStructureViewerListener(this);
 249       ssm.addSelectionListener(this);
 250     }
 251   }
 252
 253   int startWrapBlock = -1;
 254
 255   int wrappedBlock = -1;
 256
 257   /**
 258    * Computes the column and sequence row (and possibly annotation row when in
 259    * wrapped mode) for the given mouse position
 260    *
 261    * @param evt
 262    * @return
 263    */
 264   MousePos findMousePosition(MouseEvent evt)
 265   {
 266     int col = findColumn(evt);
 267     int seqIndex = -1;
 268     int annIndex = -1;
 269     int y = evt.getY();
 270
 271     int charHeight = av.getCharHeight();
 272     int alignmentHeight = av.getAlignment().getHeight();
 273     if (av.getWrapAlignment())
 274     {
 275       seqCanvas.calculateWrappedGeometry(seqCanvas.getWidth(),
 276               seqCanvas.getHeight());
 277
 278       /*
 279        * yPos modulo height of repeating width
 280        */
 281       int yOffsetPx = y % seqCanvas.wrappedRepeatHeightPx;
 282
 283       /*
 284        * height of sequences plus space / scale above,
 285        * plus gap between sequences and annotations
 286        */
 287       int alignmentHeightPixels = seqCanvas.wrappedSpaceAboveAlignment
 288               + alignmentHeight * charHeight
 289               + SeqCanvas.SEQS_ANNOTATION_GAP;
 290       if (yOffsetPx >= alignmentHeightPixels)
 291       {
 292         /*
 293          * mouse is over annotations; find annotation index, also set
 294          * last sequence above (for backwards compatible behaviour)
 295          */
 296         AlignmentAnnotation[] anns = av.getAlignment()
 297                 .getAlignmentAnnotation();
 298         int rowOffsetPx = yOffsetPx - alignmentHeightPixels;
 299         annIndex = AnnotationPanel.getRowIndex(rowOffsetPx, anns);
 300         seqIndex = alignmentHeight - 1;
 301       }
 302       else
 303       {
 304         /*
 305          * mouse is over sequence (or the space above sequences)
 306          */
 307         yOffsetPx -= seqCanvas.wrappedSpaceAboveAlignment;
 308         if (yOffsetPx >= 0)
 309         {
 310           seqIndex = Math.min(yOffsetPx / charHeight, alignmentHeight - 1);
 311         }
 312       }
 313     }
 314     else
 315     {
 316       seqIndex = Math.min((y / charHeight) + av.getRanges().getStartSeq(),
 317               alignmentHeight - 1);
 318     }
 319
 320     return new MousePos(col, seqIndex, annIndex);
 321   }
 322   /**
 323    * Returns the aligned sequence position (base 0) at the mouse position, or
 324    * the closest visible one
 325    *
 326    * @param evt
 327    * @return
 328    */
 329   int findColumn(MouseEvent evt)
 330   {
 331     int res = 0;
 332     int x = evt.getX();
 333
 334     final int startRes = av.getRanges().getStartRes();
 335     final int charWidth = av.getCharWidth();
 336
 337     if (av.getWrapAlignment())
 338     {
 339       int hgap = av.getCharHeight();
 340       if (av.getScaleAboveWrapped())
 341       {
 342         hgap += av.getCharHeight();
 343       }
 344
 345       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.getCharHeight()
 346               + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();
 347
 348       int y = evt.getY();
 349       y = Math.max(0, y - hgap);
 350       x -= seqCanvas.getLabelWidthWest();
 351       if (x < 0)
 352       {
 353         // mouse is over left scale
 354         return -1;
 355       }
 356
 357       int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(this.getWidth());
 358       if (cwidth < 1)
 359       {
 360         return 0;
 361       }
 362       if (x >= cwidth * charWidth)
 363       {
 364         // mouse is over right scale
 365         return -1;
 366       }
 367
 368       wrappedBlock = y / cHeight;
 369       wrappedBlock += startRes / cwidth;
 370       // allow for wrapped view scrolled right (possible from Overview)
 371       int startOffset = startRes % cwidth;
 372       res = wrappedBlock * cwidth + startOffset
 373               + Math.min(cwidth - 1, x / charWidth);
 374     }
 375     else
 376     {
 377       /*
 378        * make sure we calculate relative to visible alignment,
 379        * rather than right-hand gutter
 380        */
 381       x = Math.min(x, seqCanvas.getX() + seqCanvas.getWidth());
 382       res = (x / charWidth) + startRes;
 383       res = Math.min(res, av.getRanges().getEndRes());
 384     }
 385
 386     if (av.hasHiddenColumns())
 387     {
 388       res = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 389               .visibleToAbsoluteColumn(res);
 390     }
 391
 392     return res;
 393   }
 394
 395   /**
 396    * When all of a sequence of edits are complete, put the resulting edit list
 397    * on the history stack (undo list), and reset flags for editing in progress.
 398    */
 399   void endEditing()
 400   {
 401     try
 402     {
 403       if (editCommand != null && editCommand.getSize() > 0)
 404       {
 405         ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
 406         av.firePropertyChange("alignment", null,
 407                 av.getAlignment().getSequences());
 408       }
 409     } finally
 410     {
 411       /*
 412        * Tidy up come what may...
 413        */
 414       startseq = -1;
 415       lastres = -1;
 416       editingSeqs = false;
 417       groupEditing = false;
 418       keyboardNo1 = null;
 419       keyboardNo2 = null;
 420       editCommand = null;
 421     }
 422   }
 423
 424   void setCursorRow()
 425   {
 426     seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo1() - 1;
 427     scrollToVisible(true);
 428   }
 429
 430   void setCursorColumn()
 431   {
 432     seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;
 433     scrollToVisible(true);
 434   }
 435
 436   void setCursorRowAndColumn()
 437   {
 438     if (keyboardNo2 == null)
 439     {
 440       keyboardNo2 = new StringBuffer();
 441     }
 442     else
 443     {
 444       seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;
 445       seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo2() - 1;
 446       scrollToVisible(true);
 447     }
 448   }
 449
 450   void setCursorPosition()
 451   {
 452     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);
 453
 454     seqCanvas.cursorX = sequence.findIndex(getKeyboardNo1()) - 1;
 455     scrollToVisible(true);
 456   }
 457
 458   void moveCursor(int dx, int dy)
 459   {
 460     seqCanvas.cursorX += dx;
 461     seqCanvas.cursorY += dy;
 462
 463     HiddenColumns hidden = av.getAlignment().getHiddenColumns();
 464
 465     if (av.hasHiddenColumns() && !hidden.isVisible(seqCanvas.cursorX))
 466     {
 467       int original = seqCanvas.cursorX - dx;
 468       int maxWidth = av.getAlignment().getWidth();
 469
 470       if (!hidden.isVisible(seqCanvas.cursorX))
 471       {
 472         int visx = hidden.absoluteToVisibleColumn(seqCanvas.cursorX - dx);
 473         int[] region = hidden.getRegionWithEdgeAtRes(visx);
 474
 475         if (region != null) // just in case
 476         {
 477           if (dx == 1)
 478           {
 479             // moving right
 480             seqCanvas.cursorX = region[1] + 1;
 481           }
 482           else if (dx == -1)
 483           {
 484             // moving left
 485             seqCanvas.cursorX = region[0] - 1;
 486           }
 487         }
 488         seqCanvas.cursorX = (seqCanvas.cursorX < 0) ? 0 : seqCanvas.cursorX;
 489       }
 490
 491       if (seqCanvas.cursorX >= maxWidth
 492               || !hidden.isVisible(seqCanvas.cursorX))
 493       {
 494         seqCanvas.cursorX = original;
 495       }
 496     }
 497
 498     scrollToVisible(false);
 499   }
 500
 501   /**
 502    * Scroll to make the cursor visible in the viewport.
 503    *
 504    * @param jump
 505    *          just jump to the location rather than scrolling
 506    */
 507   void scrollToVisible(boolean jump)
 508   {
 509     if (seqCanvas.cursorX < 0)
 510     {
 511       seqCanvas.cursorX = 0;
 512     }
 513     else if (seqCanvas.cursorX > av.getAlignment().getWidth() - 1)
 514     {
 515       seqCanvas.cursorX = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 516     }
 517
 518     if (seqCanvas.cursorY < 0)
 519     {
 520       seqCanvas.cursorY = 0;
 521     }
 522     else if (seqCanvas.cursorY > av.getAlignment().getHeight() - 1)
 523     {
 524       seqCanvas.cursorY = av.getAlignment().getHeight() - 1;
 525     }
 526
 527     endEditing();
 528
 529     boolean repaintNeeded = true;
 530     if (jump)
 531     {
 532       // only need to repaint if the viewport did not move, as otherwise it will
 533       // get a repaint
 534       repaintNeeded = !av.getRanges().setViewportLocation(seqCanvas.cursorX,
 535               seqCanvas.cursorY);
 536     }
 537     else
 538     {
 539       if (av.getWrapAlignment())
 540       {
 541         // scrollToWrappedVisible expects x-value to have hidden cols subtracted
 542         int x = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 543                 .absoluteToVisibleColumn(seqCanvas.cursorX);
 544         av.getRanges().scrollToWrappedVisible(x);
 545       }
 546       else
 547       {
 548         av.getRanges().scrollToVisible(seqCanvas.cursorX,
 549                 seqCanvas.cursorY);
 550       }
 551     }
 552
 553     if (av.getAlignment().getHiddenColumns().isVisible(seqCanvas.cursorX))
 554     {
 555       setStatusMessage(av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY),
 556             seqCanvas.cursorX, seqCanvas.cursorY);
 557     }
 558
 559     if (repaintNeeded)
 560     {
 561       seqCanvas.repaint();
 562     }
 563   }
 564
 565
 566   void setSelectionAreaAtCursor(boolean topLeft)
 567   {
 568     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);
 569
 570     if (av.getSelectionGroup() != null)
 571     {
 572       SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
 573       // Find the top and bottom of this group
 574       int min = av.getAlignment().getHeight(), max = 0;
 575       for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)
 576       {
 577         int index = av.getAlignment().findIndex(sg.getSequenceAt(i));
 578         if (index > max)
 579         {
 580           max = index;
 581         }
 582         if (index < min)
 583         {
 584           min = index;
 585         }
 586       }
 587
 588       max++;
 589
 590       if (topLeft)
 591       {
 592         sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 593         if (sg.getEndRes() < seqCanvas.cursorX)
 594         {
 595           sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 596         }
 597
 598         min = seqCanvas.cursorY;
 599       }
 600       else
 601       {
 602         sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 603         if (sg.getStartRes() > seqCanvas.cursorX)
 604         {
 605           sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 606         }
 607
 608         max = seqCanvas.cursorY + 1;
 609       }
 610
 611       if (min > max)
 612       {
 613         // Only the user can do this
 614         av.setSelectionGroup(null);
 615       }
 616       else
 617       {
 618         // Now add any sequences between min and max
 619         sg.getSequences(null).clear();
 620         for (int i = min; i < max; i++)
 621         {
 622           sg.addSequence(av.getAlignment().getSequenceAt(i), false);
 623         }
 624       }
 625     }
 626
 627     if (av.getSelectionGroup() == null)
 628     {
 629       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 630       sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 631       sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 632       sg.addSequence(sequence, false);
 633       av.setSelectionGroup(sg);
 634     }
 635
 636     ap.paintAlignment(false, false);
 637     av.sendSelection();
 638   }
 639
 640   void insertGapAtCursor(boolean group)
 641   {
 642     groupEditing = group;
 643     startseq = seqCanvas.cursorY;
 644     lastres = seqCanvas.cursorX;
 645     editSequence(true, false, seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1());
 646     endEditing();
 647   }
 648
 649   void deleteGapAtCursor(boolean group)
 650   {
 651     groupEditing = group;
 652     startseq = seqCanvas.cursorY;
 653     lastres = seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1();
 654     editSequence(false, false, seqCanvas.cursorX);
 655     endEditing();
 656   }
 657
 658   void insertNucAtCursor(boolean group, String nuc)
 659   {
 660     // TODO not called - delete?
 661     groupEditing = group;
 662     startseq = seqCanvas.cursorY;
 663     lastres = seqCanvas.cursorX;
 664     editSequence(false, true, seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1());
 665     endEditing();
 666   }
 667
 668   void numberPressed(char value)
 669   {
 670     if (keyboardNo1 == null)
 671     {
 672       keyboardNo1 = new StringBuffer();
 673     }
 674
 675     if (keyboardNo2 != null)
 676     {
 677       keyboardNo2.append(value);
 678     }
 679     else
 680     {
 681       keyboardNo1.append(value);
 682     }
 683   }
 684
 685   int getKeyboardNo1()
 686   {
 687     try
 688     {
 689       if (keyboardNo1 != null)
 690       {
 691         int value = Integer.parseInt(keyboardNo1.toString());
 692         keyboardNo1 = null;
 693         return value;
 694       }
 695     } catch (Exception x)
 696     {
 697     }
 698     keyboardNo1 = null;
 699     return 1;
 700   }
 701
 702   int getKeyboardNo2()
 703   {
 704     try
 705     {
 706       if (keyboardNo2 != null)
 707       {
 708         int value = Integer.parseInt(keyboardNo2.toString());
 709         keyboardNo2 = null;
 710         return value;
 711       }
 712     } catch (Exception x)
 713     {
 714     }
 715     keyboardNo2 = null;
 716     return 1;
 717   }
 718
 719   /**
 720    * DOCUMENT ME!
 721    *
 722    * @param evt
 723    *          DOCUMENT ME!
 724    */
 725   @Override
 726   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 727   {
 728     MousePos pos = findMousePosition(evt);
 729     if (pos.isOverAnnotation() || pos.seqIndex == -1 || pos.column == -1)
 730     {
 731       return;
 732     }
 733
 734     boolean didDrag = mouseDragging; // did we come here after a drag
 735     mouseDragging = false;
 736     mouseWheelPressed = false;
 737
 738     if (evt.isPopupTrigger()) // Windows: mouseReleased
 739     {
 740       showPopupMenu(evt, pos);
 741       evt.consume();
 742       return;
 743     }
 744
 745     if (!editingSeqs)
 746     {
 747       doMouseReleasedDefineMode(evt, didDrag);
 748       return;
 749     }
 750
 751     endEditing();
 752   }
 753
 754   /**
 755    * DOCUMENT ME!
 756    *
 757    * @param evt
 758    *          DOCUMENT ME!
 759    */
 760   @Override
 761   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 762   {
 763     lastMousePress = evt.getPoint();
 764     MousePos pos = findMousePosition(evt);
 765     if (pos.isOverAnnotation() || pos.seqIndex == -1 || pos.column == -1)
 766     {
 767       return;
 768     }
 769
 770     if (SwingUtilities.isMiddleMouseButton(evt))
 771     {
 772       mouseWheelPressed = true;
 773       return;
 774     }
 775
 776     boolean isControlDown = Platform.isControlDown(evt);
 777     if (evt.isShiftDown() || isControlDown)
 778     {
 779       editingSeqs = true;
 780       if (isControlDown)
 781       {
 782         groupEditing = true;
 783       }
 784     }
 785     else
 786     {
 787       doMousePressedDefineMode(evt, pos);
 788       return;
 789     }
 790
 791     int seq = pos.seqIndex;
 792     int res = pos.column;
 793
 794     if ((seq < av.getAlignment().getHeight())
 795             && (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))
 796     {
 797       startseq = seq;
 798       lastres = res;
 799     }
 800     else
 801     {
 802       startseq = -1;
 803       lastres = -1;
 804     }
 805
 806     return;
 807   }
 808
 809   String lastMessage;
 810
 811   @Override
 812   public void mouseOverSequence(SequenceI sequence, int index, int pos)
 813   {
 814     String tmp = sequence.hashCode() + " " + index + " " + pos;
 815
 816     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(tmp))
 817     {
 818       // System.err.println("mouseOver Sequence: "+tmp);
 819       ssm.mouseOverSequence(sequence, index, pos, av);
 820     }
 821     lastMessage = tmp;
 822   }
 823
 824   /**
 825    * Highlight the mapped region described by the search results object (unless
 826    * unchanged). This supports highlight of protein while mousing over linked
 827    * cDNA and vice versa. The status bar is also updated to show the location of
 828    * the start of the highlighted region.
 829    */
 830   @Override
 831   public void highlightSequence(SearchResultsI results)
 832   {
 833     if (results == null || results.equals(lastSearchResults))
 834     {
 835       return;
 836     }
 837     lastSearchResults = results;
 838
 839     boolean wasScrolled = false;
 840
 841     if (av.isFollowHighlight())
 842     {
 843       // don't allow highlight of protein/cDNA to also scroll a complementary
 844       // panel,as this sets up a feedback loop (scrolling panel 1 causes moused
 845       // over residue to change abruptly, causing highlighted residue in panel 2
 846       // to change, causing a scroll in panel 1 etc)
 847       ap.setToScrollComplementPanel(false);
 848       wasScrolled = ap.scrollToPosition(results, false);
 849       if (wasScrolled)
 850       {
 851         seqCanvas.revalidate();
 852       }
 853       ap.setToScrollComplementPanel(true);
 854     }
 855
 856     boolean noFastPaint = wasScrolled && av.getWrapAlignment();
 857     if (seqCanvas.highlightSearchResults(results, noFastPaint))
 858     {
 859       setStatusMessage(results);
 860     }
 861   }
 862
 863   @Override
 864   public VamsasSource getVamsasSource()
 865   {
 866     return this.ap == null ? null : this.ap.av;
 867   }
 868
 869   @Override
 870   public void updateColours(SequenceI seq, int index)
 871   {
 872     System.out.println("update the seqPanel colours");
 873     // repaint();
 874   }
 875
 876   /**
 877    * Action on mouse movement is to update the status bar to show the current
 878    * sequence position, and (if features are shown) to show any features at the
 879    * position in a tooltip. Does nothing if the mouse move does not change
 880    * residue position.
 881    *
 882    * @param evt
 883    */
 884   @Override
 885   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 886   {
 887     if (editingSeqs)
 888     {
 889       // This is because MacOSX creates a mouseMoved
 890       // If control is down, other platforms will not.
 891       mouseDragged(evt);
 892     }
 893
 894     final MousePos mousePos = findMousePosition(evt);
 895     if (mousePos.equals(lastMousePosition))
 896     {
 897       /*
 898        * just a pixel move without change of 'cell'
 899        */
 900       return;
 901     }
 902     lastMousePosition = mousePos;
 903
 904     if (mousePos.isOverAnnotation())
 905     {
 906       mouseMovedOverAnnotation(mousePos);
 907       return;
 908     }
 909     final int seq = mousePos.seqIndex;
 910
 911     final int column = mousePos.column;
 912     if (column < 0 || seq < 0 || seq >= av.getAlignment().getHeight())
 913     {
 914       lastMousePosition = null;
 915       setToolTipText(null);
 916       lastTooltip = null;
 917       ap.alignFrame.setStatus("");
 918       return;
 919     }
 920
 921     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
 922
 923     if (column >= sequence.getLength())
 924     {
 925       return;
 926     }
 927
 928     /*
 929      * set status bar message, returning residue position in sequence
 930      */
 931     boolean isGapped = Comparison.isGap(sequence.getCharAt(column));
 932     final int pos = setStatusMessage(sequence, column, seq);
 933     if (ssm != null && !isGapped)
 934     {
 935       mouseOverSequence(sequence, column, pos);
 936     }
 937
 938     tooltipText.setLength(6); // Cuts the buffer back to <html>
 939
 940     SequenceGroup[] groups = av.getAlignment().findAllGroups(sequence);
 941     if (groups != null)
 942     {
 943       for (int g = 0; g < groups.length; g++)
 944       {
 945         if (groups[g].getStartRes() <= column
 946                 && groups[g].getEndRes() >= column)
 947         {
 948           if (!groups[g].getName().startsWith("JTreeGroup")
 949                   && !groups[g].getName().startsWith("JGroup"))
 950           {
 951             tooltipText.append(groups[g].getName());
 952           }
 953
 954           if (groups[g].getDescription() != null)
 955           {
 956             tooltipText.append(": " + groups[g].getDescription());
 957           }
 958         }
 959       }
 960     }
 961
 962     /*
 963      * add any features at the position to the tooltip; if over a gap, only
 964      * add features that straddle the gap (pos may be the residue before or
 965      * after the gap)
 966      */
 967     if (av.isShowSequenceFeatures())
 968     {
 969       List<SequenceFeature> features = ap.getFeatureRenderer()
 970               .findFeaturesAtColumn(sequence, column + 1);
 971       seqARep.appendFeatures(tooltipText, pos, features,
 972               this.ap.getSeqPanel().seqCanvas.fr);
 973     }
 974     if (tooltipText.length() == 6) // <html>
 975     {
 976       setToolTipText(null);
 977       lastTooltip = null;
 978     }
 979     else
 980     {
 981       if (tooltipText.length() > MAX_TOOLTIP_LENGTH) // constant
 982       {
 983         tooltipText.setLength(MAX_TOOLTIP_LENGTH);
 984         tooltipText.append("...");
 985       }
 986       String textString = tooltipText.toString();
 987       if (lastTooltip == null || !lastTooltip.equals(textString))
 988       {
 989         String formattedTooltipText = JvSwingUtils.wrapTooltip(true,
 990                 textString);
 991         setToolTipText(formattedTooltipText);
 992         lastTooltip = textString;
 993       }
 994     }
 995   }
 996
 997   /**
 998    * When the view is in wrapped mode, and the mouse is over an annotation row,
 999    * shows the corresponding tooltip and status message (if any)
1000    *
1001    * @param pos
1002    * @param column
1003    */
1004   protected void mouseMovedOverAnnotation(MousePos pos)
1005   {
1006     final int column = pos.column;
1007     final int rowIndex = pos.annotationIndex;
1008
1009     if (column < 0 || !av.getWrapAlignment() || !av.isShowAnnotation()
1010             || rowIndex < 0)
1011     {
1012       return;
1013     }
1014     AlignmentAnnotation[] anns = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
1015
1016     String tooltip = AnnotationPanel.buildToolTip(anns[rowIndex], column,
1017             anns);
1018     setToolTipText(tooltip);
1019     lastTooltip = tooltip;
1020
1021     String msg = AnnotationPanel.getStatusMessage(av.getAlignment(), column,
1022             anns[rowIndex]);
1023     ap.alignFrame.setStatus(msg);
1024   }
1025
1026   private Point lastp = null;
1027
1028   /*
1029    * (non-Javadoc)
1030    *
1031    * @see javax.swing.JComponent#getToolTipLocation(java.awt.event.MouseEvent)
1032    */
1033   @Override
1034   public Point getToolTipLocation(MouseEvent event)
1035   {
1036     if (tooltipText == null || tooltipText.length() <= 6)
1037     {
1038       lastp = null;
1039       return null;
1040     }
1041
1042     int x = event.getX();
1043     int w = getWidth();
1044     // switch sides when tooltip is too close to edge
1045     int wdth = (w - x < 200) ? -(w / 2) : 5;
1046     Point p = lastp;
1047     if (!event.isShiftDown() || p == null)
1048     {
1049       p = new Point(event.getX() + wdth, event.getY() - 20);
1050       lastp = p;
1051     }
1052     /*
1053      * TODO: try to set position so region is not obscured by tooltip
1054      */
1055     return p;
1056   }
1057
1058   String lastTooltip;
1059
1060   /**
1061    * set when the current UI interaction has resulted in a change that requires
1062    * shading in overviews and structures to be recalculated. this could be
1063    * changed to a something more expressive that indicates what actually has
1064    * changed, so selective redraws can be applied (ie. only structures, only
1065    * overview, etc)
1066    */
1067   private boolean updateOverviewAndStructs = false; // TODO: refactor to avcontroller
1068
1069   /**
1070    * set if av.getSelectionGroup() refers to a group that is defined on the
1071    * alignment view, rather than a transient selection
1072    */
1073   // private boolean editingDefinedGroup = false; // TODO: refactor to
1074   // avcontroller or viewModel
1075
1076   /**
1077    * Sets the status message in alignment panel, showing the sequence number
1078    * (index) and id, and residue and residue position if not at a gap, for the
1079    * given sequence and column position. Returns the residue position returned
1080    * by Sequence.findPosition. Note this may be for the nearest adjacent residue
1081    * if at a gapped position.
1082    *
1083    * @param sequence
1084    *          aligned sequence object
1085    * @param column
1086    *          alignment column
1087    * @param seqIndex
1088    *          index of sequence in alignment
1089    * @return sequence position of residue at column, or adjacent residue if at a
1090    *         gap
1091    */
1092   int setStatusMessage(SequenceI sequence, final int column, int seqIndex)
1093   {
1094     char sequenceChar = sequence.getCharAt(column);
1095     int pos = sequence.findPosition(column);
1096     setStatusMessage(sequence, seqIndex, sequenceChar, pos);
1097
1098     return pos;
1099   }
1100
1101   /**
1102    * Builds the status message for the current cursor location and writes it to
1103    * the status bar, for example
1104    *
1105    * <pre>
1106    * Sequence 3 ID: FER1_SOLLC
1107    * Sequence 5 ID: FER1_PEA Residue: THR (4)
1108    * Sequence 5 ID: FER1_PEA Residue: B (3)
1109    * Sequence 6 ID: O.niloticus.3 Nucleotide: Uracil (2)
1110    * </pre>
1111    *
1112    * @param sequence
1113    * @param seqIndex
1114    *          sequence position in the alignment (1..)
1115    * @param sequenceChar
1116    *          the character under the cursor
1117    * @param residuePos
1118    *          the sequence residue position (if not over a gap)
1119    */
1120   protected void setStatusMessage(SequenceI sequence, int seqIndex,
1121           char sequenceChar, int residuePos)
1122   {
1123     StringBuilder text = new StringBuilder(32);
1124
1125     /*
1126      * Sequence number (if known), and sequence name.
1127      */
1128     String seqno = seqIndex == -1 ? "" : " " + (seqIndex + 1);
1129     text.append("Sequence").append(seqno).append(" ID: ")
1130             .append(sequence.getName());
1131
1132     String residue = null;
1133
1134     /*
1135      * Try to translate the display character to residue name (null for gap).
1136      */
1137     boolean isGapped = Comparison.isGap(sequenceChar);
1138
1139     if (!isGapped)
1140     {
1141       boolean nucleotide = av.getAlignment().isNucleotide();
1142       String displayChar = String.valueOf(sequenceChar);
1143       if (nucleotide)
1144       {
1145         residue = ResidueProperties.nucleotideName.get(displayChar);
1146       }
1147       else
1148       {
1149         residue = "X".equalsIgnoreCase(displayChar) ? "X"
1150                 : ("*".equals(displayChar) ? "STOP"
1151                         : ResidueProperties.aa2Triplet.get(displayChar));
1152       }
1153       text.append(" ").append(nucleotide ? "Nucleotide" : "Residue")
1154               .append(": ").append(residue == null ? displayChar : residue);
1155
1156       text.append(" (").append(Integer.toString(residuePos)).append(")");
1157     }
1158     ap.alignFrame.setStatus(text.toString());
1159   }
1160
1161   /**
1162    * Set the status bar message to highlight the first matched position in
1163    * search results.
1164    *
1165    * @param results
1166    */
1167   private void setStatusMessage(SearchResultsI results)
1168   {
1169     AlignmentI al = this.av.getAlignment();
1170     int sequenceIndex = al.findIndex(results);
1171     if (sequenceIndex == -1)
1172     {
1173       return;
1174     }
1175     SequenceI ds = al.getSequenceAt(sequenceIndex).getDatasetSequence();
1176     for (SearchResultMatchI m : results.getResults())
1177     {
1178       SequenceI seq = m.getSequence();
1179       if (seq.getDatasetSequence() != null)
1180       {
1181         seq = seq.getDatasetSequence();
1182       }
1183
1184       if (seq == ds)
1185       {
1186         int start = m.getStart();
1187         setStatusMessage(seq, sequenceIndex, seq.getCharAt(start - 1),
1188                 start);
1189         return;
1190       }
1191     }
1192   }
1193
1194   /**
1195    * {@inheritDoc}
1196    */
1197   @Override
1198   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
1199   {
1200     MousePos pos = findMousePosition(evt);
1201     if (pos.isOverAnnotation() || pos.column == -1)
1202     {
1203       return;
1204     }
1205
1206     if (mouseWheelPressed)
1207     {
1208       boolean inSplitFrame = ap.av.getCodingComplement() != null;
1209       boolean copyChanges = inSplitFrame && av.isProteinFontAsCdna();
1210
1211       int oldWidth = av.getCharWidth();
1212
1213       // Which is bigger, left-right or up-down?
1214       if (Math.abs(evt.getY() - lastMousePress.getY()) > Math
1215               .abs(evt.getX() - lastMousePress.getX()))
1216       {
1217         /*
1218          * on drag up or down, decrement or increment font size
1219          */
1220         int fontSize = av.font.getSize();
1221         boolean fontChanged = false;
1222
1223         if (evt.getY() < lastMousePress.getY())
1224         {
1225           fontChanged = true;
1226           fontSize--;
1227         }
1228         else if (evt.getY() > lastMousePress.getY())
1229         {
1230           fontChanged = true;
1231           fontSize++;
1232         }
1233
1234         if (fontSize < 1)
1235         {
1236           fontSize = 1;
1237         }
1238
1239         if (fontChanged)
1240         {
1241           Font newFont = new Font(av.font.getName(), av.font.getStyle(),
1242                   fontSize);
1243           av.setFont(newFont, true);
1244           av.setCharWidth(oldWidth);
1245           ap.fontChanged();
1246           if (copyChanges)
1247           {
1248             ap.av.getCodingComplement().setFont(newFont, true);
1249             SplitFrame splitFrame = (SplitFrame) ap.alignFrame
1250                     .getSplitViewContainer();
1251             splitFrame.adjustLayout();
1252             splitFrame.repaint();
1253           }
1254         }
1255       }
1256       else
1257       {
1258         /*
1259          * on drag left or right, decrement or increment character width
1260          */
1261         int newWidth = 0;
1262         if (evt.getX() < lastMousePress.getX() && av.getCharWidth() > 1)
1263         {
1264           newWidth = av.getCharWidth() - 1;
1265           av.setCharWidth(newWidth);
1266         }
1267         else if (evt.getX() > lastMousePress.getX())
1268         {
1269           newWidth = av.getCharWidth() + 1;
1270           av.setCharWidth(newWidth);
1271         }
1272         if (newWidth > 0)
1273         {
1274           ap.paintAlignment(false, false);
1275           if (copyChanges)
1276           {
1277             /*
1278              * need to ensure newWidth is set on cdna, regardless of which
1279              * panel the mouse drag happened in; protein will compute its
1280              * character width as 1:1 or 3:1
1281              */
1282             av.getCodingComplement().setCharWidth(newWidth);
1283             SplitFrame splitFrame = (SplitFrame) ap.alignFrame
1284                     .getSplitViewContainer();
1285             splitFrame.adjustLayout();
1286             splitFrame.repaint();
1287           }
1288         }
1289       }
1290
1291       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
1292       av.validCharWidth = fm.charWidth('M') <= av.getCharWidth();
1293
1294       lastMousePress = evt.getPoint();
1295
1296       return;
1297     }
1298
1299     if (!editingSeqs)
1300     {
1301       dragStretchGroup(evt);
1302       return;
1303     }
1304
1305     int res = pos.column;
1306
1307     if (res < 0)
1308     {
1309       res = 0;
1310     }
1311
1312     if ((lastres == -1) || (lastres == res))
1313     {
1314       return;
1315     }
1316
1317     if ((res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))
1318     {
1319       // dragLeft, delete gap
1320       editSequence(false, false, res);
1321     }
1322     else
1323     {
1324       editSequence(true, false, res);
1325     }
1326
1327     mouseDragging = true;
1328     if ((scrollThread != null) && (scrollThread.isRunning()))
1329     {
1330       scrollThread.setEvent(evt);
1331     }
1332   }
1333
1334   // TODO: Make it more clever than many booleans
1335   synchronized void editSequence(boolean insertGap, boolean editSeq,
1336           int startres)
1337   {
1338     int fixedLeft = -1;
1339     int fixedRight = -1;
1340     boolean fixedColumns = false;
1341     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
1342
1343     SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(startseq);
1344
1345     // No group, but the sequence may represent a group
1346     if (!groupEditing && av.hasHiddenRows())
1347     {
1348       if (av.isHiddenRepSequence(seq))
1349       {
1350         sg = av.getRepresentedSequences(seq);
1351         groupEditing = true;
1352       }
1353     }
1354
1355     StringBuilder message = new StringBuilder(64);
1356     if (groupEditing)
1357     {
1358       message.append("Edit group:");
1359       if (editCommand == null)
1360       {
1361         editCommand = new EditCommand(
1362                 MessageManager.getString("action.edit_group"));
1363       }
1364     }
1365     else
1366     {
1367       message.append("Edit sequence: " + seq.getName());
1368       String label = seq.getName();
1369       if (label.length() > 10)
1370       {
1371         label = label.substring(0, 10);
1372       }
1373       if (editCommand == null)
1374       {
1375         editCommand = new EditCommand(MessageManager
1376                 .formatMessage("label.edit_params", new String[]
1377                 { label }));
1378       }
1379     }
1380
1381     if (insertGap)
1382     {
1383       message.append(" insert ");
1384     }
1385     else
1386     {
1387       message.append(" delete ");
1388     }
1389
1390     message.append(Math.abs(startres - lastres) + " gaps.");
1391     ap.alignFrame.setStatus(message.toString());
1392
1393     // Are we editing within a selection group?
1394     if (groupEditing || (sg != null
1395             && sg.getSequences(av.getHiddenRepSequences()).contains(seq)))
1396     {
1397       fixedColumns = true;
1398
1399       // sg might be null as the user may only see 1 sequence,
1400       // but the sequence represents a group
1401       if (sg == null)
1402       {
1403         if (!av.isHiddenRepSequence(seq))
1404         {
1405           endEditing();
1406           return;
1407         }
1408         sg = av.getRepresentedSequences(seq);
1409       }
1410
1411       fixedLeft = sg.getStartRes();
1412       fixedRight = sg.getEndRes();
1413
1414       if ((startres < fixedLeft && lastres >= fixedLeft)
1415               || (startres >= fixedLeft && lastres < fixedLeft)
1416               || (startres > fixedRight && lastres <= fixedRight)
1417               || (startres <= fixedRight && lastres > fixedRight))
1418       {
1419         endEditing();
1420         return;
1421       }
1422
1423       if (fixedLeft > startres)
1424       {
1425         fixedRight = fixedLeft - 1;
1426         fixedLeft = 0;
1427       }
1428       else if (fixedRight < startres)
1429       {
1430         fixedLeft = fixedRight;
1431         fixedRight = -1;
1432       }
1433     }
1434
1435     if (av.hasHiddenColumns())
1436     {
1437       fixedColumns = true;
1438       int y1 = av.getAlignment().getHiddenColumns()
1439               .getNextHiddenBoundary(true, startres);
1440       int y2 = av.getAlignment().getHiddenColumns()
1441               .getNextHiddenBoundary(false, startres);
1442
1443       if ((insertGap && startres > y1 && lastres < y1)
1444               || (!insertGap && startres < y2 && lastres > y2))
1445       {
1446         endEditing();
1447         return;
1448       }
1449
1450       // System.out.print(y1+" "+y2+" "+fixedLeft+" "+fixedRight+"~~");
1451       // Selection spans a hidden region
1452       if (fixedLeft < y1 && (fixedRight > y2 || fixedRight == -1))
1453       {
1454         if (startres >= y2)
1455         {
1456           fixedLeft = y2;
1457         }
1458         else
1459         {
1460           fixedRight = y2 - 1;
1461         }
1462       }
1463     }
1464
1465     if (groupEditing)
1466     {
1467       List<SequenceI> vseqs = sg.getSequences(av.getHiddenRepSequences());
1468       int g, groupSize = vseqs.size();
1469       SequenceI[] groupSeqs = new SequenceI[groupSize];
1470       for (g = 0; g < groupSeqs.length; g++)
1471       {
1472         groupSeqs[g] = vseqs.get(g);
1473       }
1474
1475       // drag to right
1476       if (insertGap)
1477       {
1478         // If the user has selected the whole sequence, and is dragging to
1479         // the right, we can still extend the alignment and selectionGroup
1480         if (sg.getStartRes() == 0 && sg.getEndRes() == fixedRight
1481                 && sg.getEndRes() == av.getAlignment().getWidth() - 1)
1482         {
1483           sg.setEndRes(av.getAlignment().getWidth() + startres - lastres);
1484           fixedRight = sg.getEndRes();
1485         }
1486
1487         // Is it valid with fixed columns??
1488         // Find the next gap before the end
1489         // of the visible region boundary
1490         boolean blank = false;
1491         for (; fixedRight > lastres; fixedRight--)
1492         {
1493           blank = true;
1494
1495           for (g = 0; g < groupSize; g++)
1496           {
1497             for (int j = 0; j < startres - lastres; j++)
1498             {
1499               if (!Comparison.isGap(groupSeqs[g].getCharAt(fixedRight - j)))
1500               {
1501                 blank = false;
1502                 break;
1503               }
1504             }
1505           }
1506           if (blank)
1507           {
1508             break;
1509           }
1510         }
1511
1512         if (!blank)
1513         {
1514           if (sg.getSize() == av.getAlignment().getHeight())
1515           {
1516             if ((av.hasHiddenColumns() && startres < av.getAlignment()
1517                     .getHiddenColumns()
1518                     .getNextHiddenBoundary(false, startres)))
1519             {
1520               endEditing();
1521               return;
1522             }
1523
1524             int alWidth = av.getAlignment().getWidth();
1525             if (av.hasHiddenRows())
1526             {
1527               int hwidth = av.getAlignment().getHiddenSequences()
1528                       .getWidth();
1529               if (hwidth > alWidth)
1530               {
1531                 alWidth = hwidth;
1532               }
1533             }
1534             // We can still insert gaps if the selectionGroup
1535             // contains all the sequences
1536             sg.setEndRes(sg.getEndRes() + startres - lastres);
1537             fixedRight = alWidth + startres - lastres;
1538           }
1539           else
1540           {
1541             endEditing();
1542             return;
1543           }
1544         }
1545       }
1546
1547       // drag to left
1548       else if (!insertGap)
1549       {
1550         // / Are we able to delete?
1551         // ie are all columns blank?
1552
1553         for (g = 0; g < groupSize; g++)
1554         {
1555           for (int j = startres; j < lastres; j++)
1556           {
1557             if (groupSeqs[g].getLength() <= j)
1558             {
1559               continue;
1560             }
1561
1562             if (!Comparison.isGap(groupSeqs[g].getCharAt(j)))
1563             {
1564               // Not a gap, block edit not valid
1565               endEditing();
1566               return;
1567             }
1568           }
1569         }
1570       }
1571
1572       if (insertGap)
1573       {
1574         // dragging to the right
1575         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1576         {
1577           for (int j = lastres; j < startres; j++)
1578           {
1579             insertChar(j, groupSeqs, fixedRight);
1580           }
1581         }
1582         else
1583         {
1584           appendEdit(Action.INSERT_GAP, groupSeqs, startres,
1585                   startres - lastres);
1586         }
1587       }
1588       else
1589       {
1590         // dragging to the left
1591         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1592         {
1593           for (int j = lastres; j > startres; j--)
1594           {
1595             deleteChar(startres, groupSeqs, fixedRight);
1596           }
1597         }
1598         else
1599         {
1600           appendEdit(Action.DELETE_GAP, groupSeqs, startres,
1601                   lastres - startres);
1602         }
1603
1604       }
1605     }
1606     else
1607     // ///Editing a single sequence///////////
1608     {
1609       if (insertGap)
1610       {
1611         // dragging to the right
1612         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1613         {
1614           for (int j = lastres; j < startres; j++)
1615           {
1616             insertChar(j, new SequenceI[] { seq }, fixedRight);
1617           }
1618         }
1619         else
1620         {
1621           appendEdit(Action.INSERT_GAP, new SequenceI[] { seq }, lastres,
1622                   startres - lastres);
1623         }
1624       }
1625       else
1626       {
1627         if (!editSeq)
1628         {
1629           // dragging to the left
1630           if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1631           {
1632             for (int j = lastres; j > startres; j--)
1633             {
1634               if (!Comparison.isGap(seq.getCharAt(startres)))
1635               {
1636                 endEditing();
1637                 break;
1638               }
1639               deleteChar(startres, new SequenceI[] { seq }, fixedRight);
1640             }
1641           }
1642           else
1643           {
1644             // could be a keyboard edit trying to delete none gaps
1645             int max = 0;
1646             for (int m = startres; m < lastres; m++)
1647             {
1648               if (!Comparison.isGap(seq.getCharAt(m)))
1649               {
1650                 break;
1651               }
1652               max++;
1653             }
1654
1655             if (max > 0)
1656             {
1657               appendEdit(Action.DELETE_GAP, new SequenceI[] { seq },
1658                       startres, max);
1659             }
1660           }
1661         }
1662         else
1663         {// insertGap==false AND editSeq==TRUE;
1664           if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1665           {
1666             for (int j = lastres; j < startres; j++)
1667             {
1668               insertChar(j, new SequenceI[] { seq }, fixedRight);
1669             }
1670           }
1671           else
1672           {
1673             appendEdit(Action.INSERT_NUC, new SequenceI[] { seq }, lastres,
1674                     startres - lastres);
1675           }
1676         }
1677       }
1678     }
1679
1680     lastres = startres;
1681     seqCanvas.repaint();
1682   }
1683
1684   void insertChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)
1685   {
1686     int blankColumn = fixedColumn;
1687     for (int s = 0; s < seq.length; s++)
1688     {
1689       // Find the next gap before the end of the visible region boundary
1690       // If lastCol > j, theres a boundary after the gap insertion
1691
1692       for (blankColumn = fixedColumn; blankColumn > j; blankColumn--)
1693       {
1694         if (Comparison.isGap(seq[s].getCharAt(blankColumn)))
1695         {
1696           // Theres a space, so break and insert the gap
1697           break;
1698         }
1699       }
1700
1701       if (blankColumn <= j)
1702       {
1703         blankColumn = fixedColumn;
1704         endEditing();
1705         return;
1706       }
1707     }
1708
1709     appendEdit(Action.DELETE_GAP, seq, blankColumn, 1);
1710
1711     appendEdit(Action.INSERT_GAP, seq, j, 1);
1712
1713   }
1714
1715   /**
1716    * Helper method to add and perform one edit action.
1717    *
1718    * @param action
1719    * @param seq
1720    * @param pos
1721    * @param count
1722    */
1723   protected void appendEdit(Action action, SequenceI[] seq, int pos,
1724           int count)
1725   {
1726
1727     final Edit edit = new EditCommand().new Edit(action, seq, pos, count,
1728             av.getAlignment().getGapCharacter());
1729
1730     editCommand.appendEdit(edit, av.getAlignment(), true, null);
1731   }
1732
1733   void deleteChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)
1734   {
1735
1736     appendEdit(Action.DELETE_GAP, seq, j, 1);
1737
1738     appendEdit(Action.INSERT_GAP, seq, fixedColumn, 1);
1739   }
1740
1741   /**
1742    * DOCUMENT ME!
1743    *
1744    * @param e
1745    *          DOCUMENT ME!
1746    */
1747   @Override
1748   public void mouseEntered(MouseEvent e)
1749   {
1750     if (oldSeq < 0)
1751     {
1752       oldSeq = 0;
1753     }
1754
1755     if ((scrollThread != null) && (scrollThread.isRunning()))
1756     {
1757       scrollThread.stopScrolling();
1758       scrollThread = null;
1759     }
1760   }
1761
1762   /**
1763    * DOCUMENT ME!
1764    *
1765    * @param e
1766    *          DOCUMENT ME!
1767    */
1768   @Override
1769   public void mouseExited(MouseEvent e)
1770   {
1771     ap.alignFrame.setStatus(" ");
1772     if (av.getWrapAlignment())
1773     {
1774       return;
1775     }
1776
1777     if (mouseDragging && scrollThread == null)
1778     {
1779       scrollThread = new ScrollThread();
1780     }
1781   }
1782
1783   /**
1784    * Handler for double-click on a position with one or more sequence features.
1785    * Opens the Amend Features dialog to allow feature details to be amended, or
1786    * the feature deleted.
1787    */
1788   @Override
1789   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
1790   {
1791     SequenceGroup sg = null;
1792     MousePos pos = findMousePosition(evt);
1793     if (pos.isOverAnnotation() || pos.seqIndex == -1 || pos.column == -1)
1794     {
1795       return;
1796     }
1797
1798     if (evt.getClickCount() > 1)
1799     {
1800       sg = av.getSelectionGroup();
1801       if (sg != null && sg.getSize() == 1
1802               && sg.getEndRes() - sg.getStartRes() < 2)
1803       {
1804         av.setSelectionGroup(null);
1805       }
1806
1807       int column = pos.column;
1808
1809       /*
1810        * find features at the position (if not gapped), or straddling
1811        * the position (if at a gap)
1812        */
1813       SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(pos.seqIndex);
1814       List<SequenceFeature> features = seqCanvas.getFeatureRenderer()
1815               .findFeaturesAtColumn(sequence, column + 1);
1816
1817       if (!features.isEmpty())
1818       {
1819         /*
1820          * highlight the first feature at the position on the alignment
1821          */
1822         SearchResultsI highlight = new SearchResults();
1823         highlight.addResult(sequence, features.get(0).getBegin(), features
1824                 .get(0).getEnd());
1825         seqCanvas.highlightSearchResults(highlight, false);
1826
1827         /*
1828          * open the Amend Features dialog; clear highlighting afterwards,
1829          * whether changes were made or not
1830          */
1831         List<SequenceI> seqs = Collections.singletonList(sequence);
1832         seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(seqs, features, false,
1833                 ap);
1834         av.setSearchResults(null); // clear highlighting
1835         seqCanvas.repaint(); // draw new/amended features
1836       }
1837     }
1838   }
1839
1840   @Override
1841   public void mouseWheelMoved(MouseWheelEvent e)
1842   {
1843     e.consume();
1844     double wheelRotation = e.getPreciseWheelRotation();
1845     if (wheelRotation > 0)
1846     {
1847       if (e.isShiftDown())
1848       {
1849         av.getRanges().scrollRight(true);
1850
1851       }
1852       else
1853       {
1854         av.getRanges().scrollUp(false);
1855       }
1856     }
1857     else if (wheelRotation < 0)
1858     {
1859       if (e.isShiftDown())
1860       {
1861         av.getRanges().scrollRight(false);
1862       }
1863       else
1864       {
1865         av.getRanges().scrollUp(true);
1866       }
1867     }
1868
1869     /*
1870      * update status bar and tooltip for new position
1871      * (need to synthesize a mouse movement to refresh tooltip)
1872      */
1873     mouseMoved(e);
1874     ToolTipManager.sharedInstance().mouseMoved(e);
1875   }
1876
1877   /**
1878    * DOCUMENT ME!
1879    *
1880    * @param pos
1881    *          DOCUMENT ME!
1882    */
1883   protected void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt, MousePos pos)
1884   {
1885     if (pos.isOverAnnotation() || pos.seqIndex == -1 || pos.column == -1)
1886     {
1887       return;
1888     }
1889
1890     final int res = pos.column;
1891     final int seq = pos.seqIndex;
1892     oldSeq = seq;
1893     updateOverviewAndStructs = false;
1894
1895     startWrapBlock = wrappedBlock;
1896
1897     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
1898
1899     if ((sequence == null) || (res > sequence.getLength()))
1900     {
1901       return;
1902     }
1903
1904     stretchGroup = av.getSelectionGroup();
1905
1906     if (stretchGroup == null || !stretchGroup.contains(sequence, res))
1907     {
1908       stretchGroup = av.getAlignment().findGroup(sequence, res);
1909       if (stretchGroup != null)
1910       {
1911         // only update the current selection if the popup menu has a group to
1912         // focus on
1913         av.setSelectionGroup(stretchGroup);
1914       }
1915     }
1916
1917     if (evt.isPopupTrigger()) // Mac: mousePressed
1918     {
1919       showPopupMenu(evt, pos);
1920       return;
1921     }
1922
1923     /*
1924      * defer right-mouse click handling to mouseReleased on Windows
1925      * (where isPopupTrigger() will answer true)
1926      * NB isRightMouseButton is also true for Cmd-click on Mac
1927      */
1928     if (SwingUtilities.isRightMouseButton(evt) && !Platform.isAMac())
1929     {
1930       return;
1931     }
1932
1933     if (av.cursorMode)
1934     {
1935       seqCanvas.cursorX = res;
1936       seqCanvas.cursorY = seq;
1937       seqCanvas.repaint();
1938       return;
1939     }
1940
1941     if (stretchGroup == null)
1942     {
1943       createStretchGroup(res, sequence);
1944     }
1945
1946     if (stretchGroup != null)
1947     {
1948       stretchGroup.addPropertyChangeListener(seqCanvas);
1949     }
1950
1951     seqCanvas.repaint();
1952   }
1953
1954   private void createStretchGroup(int res, SequenceI sequence)
1955   {
1956     // Only if left mouse button do we want to change group sizes
1957     // define a new group here
1958     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
1959     sg.setStartRes(res);
1960     sg.setEndRes(res);
1961     sg.addSequence(sequence, false);
1962     av.setSelectionGroup(sg);
1963     stretchGroup = sg;
1964
1965     if (av.getConservationSelected())
1966     {
1967       SliderPanel.setConservationSlider(ap, av.getResidueShading(),
1968               ap.getViewName());
1969     }
1970
1971     if (av.getAbovePIDThreshold())
1972     {
1973       SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getResidueShading(),
1974               ap.getViewName());
1975     }
1976     // TODO: stretchGroup will always be not null. Is this a merge error ?
1977     // or is there a threading issue here?
1978     if ((stretchGroup != null) && (stretchGroup.getEndRes() == res))
1979     {
1980       // Edit end res position of selected group
1981       changeEndRes = true;
1982     }
1983     else if ((stretchGroup != null) && (stretchGroup.getStartRes() == res))
1984     {
1985       // Edit end res position of selected group
1986       changeStartRes = true;
1987     }
1988     stretchGroup.getWidth();
1989
1990   }
1991
1992   /**
1993    * Build and show a pop-up menu at the right-click mouse position
1994    *
1995    * @param evt
1996    * @param pos
1997    */
1998   void showPopupMenu(MouseEvent evt, MousePos pos)
1999   {
2000     final int column = pos.column;
2001     final int seq = pos.seqIndex;
2002     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
2003     List<SequenceFeature> features = ap.getFeatureRenderer()
2004             .findFeaturesAtColumn(sequence, column + 1);
2005
2006     PopupMenu pop = new PopupMenu(ap, null, features);
2007     pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());
2008   }
2009
2010   /**
2011    * Update the display after mouse up on a selection or group
2012    *
2013    * @param evt
2014    *          mouse released event details
2015    * @param afterDrag
2016    *          true if this event is happening after a mouse drag (rather than a
2017    *          mouse down)
2018    */
2019   protected void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt,
2020           boolean afterDrag)
2021   {
2022     if (stretchGroup == null)
2023     {
2024       return;
2025     }
2026
2027     stretchGroup.removePropertyChangeListener(seqCanvas);
2028
2029     // always do this - annotation has own state
2030     // but defer colourscheme update until hidden sequences are passed in
2031     boolean vischange = stretchGroup.recalcConservation(true);
2032     updateOverviewAndStructs |= vischange && av.isSelectionDefinedGroup()
2033             && afterDrag;
2034     if (stretchGroup.cs != null)
2035     {
2036       stretchGroup.cs.alignmentChanged(stretchGroup,
2037               av.getHiddenRepSequences());
2038
2039       ResidueShaderI groupColourScheme = stretchGroup
2040               .getGroupColourScheme();
2041       String name = stretchGroup.getName();
2042       if (stretchGroup.cs.conservationApplied())
2043       {
2044         SliderPanel.setConservationSlider(ap, groupColourScheme, name);
2045       }
2046       if (stretchGroup.cs.getThreshold() > 0)
2047       {
2048         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, groupColourScheme, name);
2049       }
2050     }
2051     PaintRefresher.Refresh(this, av.getSequenceSetId());
2052     // TODO: structure colours only need updating if stretchGroup used to or now
2053     // does contain sequences with structure views
2054     ap.paintAlignment(updateOverviewAndStructs, updateOverviewAndStructs);
2055     updateOverviewAndStructs = false;
2056     changeEndRes = false;
2057     changeStartRes = false;
2058     stretchGroup = null;
2059     av.sendSelection();
2060   }
2061
2062   /**
2063    * Resizes the borders of a selection group depending on the direction of
2064    * mouse drag
2065    *
2066    * @param evt
2067    */
2068   protected void dragStretchGroup(MouseEvent evt)
2069   {
2070     if (stretchGroup == null)
2071     {
2072       return;
2073     }
2074
2075     MousePos pos = findMousePosition(evt);
2076     if (pos.isOverAnnotation() || pos.column == -1 || pos.seqIndex == -1)
2077     {
2078       return;
2079     }
2080
2081     int res = pos.column;
2082     int y = pos.seqIndex;
2083
2084     if (wrappedBlock != startWrapBlock)
2085     {
2086       return;
2087     }
2088
2089     if (res >= av.getAlignment().getWidth())
2090     {
2091       res = av.getAlignment().getWidth() - 1;
2092     }
2093
2094     if (stretchGroup.getEndRes() == res)
2095     {
2096       // Edit end res position of selected group
2097       changeEndRes = true;
2098     }
2099     else if (stretchGroup.getStartRes() == res)
2100     {
2101       // Edit start res position of selected group
2102       changeStartRes = true;
2103     }
2104
2105     if (res < av.getRanges().getStartRes())
2106     {
2107       res = av.getRanges().getStartRes();
2108     }
2109
2110     if (changeEndRes)
2111     {
2112       if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))
2113       {
2114         stretchGroup.setEndRes(res);
2115         updateOverviewAndStructs |= av.isSelectionDefinedGroup();
2116       }
2117     }
2118     else if (changeStartRes)
2119     {
2120       if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))
2121       {
2122         stretchGroup.setStartRes(res);
2123         updateOverviewAndStructs |= av.isSelectionDefinedGroup();
2124       }
2125     }
2126
2127     int dragDirection = 0;
2128
2129     if (y > oldSeq)
2130     {
2131       dragDirection = 1;
2132     }
2133     else if (y < oldSeq)
2134     {
2135       dragDirection = -1;
2136     }
2137
2138     while ((y != oldSeq) && (oldSeq > -1)
2139             && (y < av.getAlignment().getHeight()))
2140     {
2141       // This routine ensures we don't skip any sequences, as the
2142       // selection is quite slow.
2143       Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);
2144
2145       oldSeq += dragDirection;
2146
2147       if (oldSeq < 0)
2148       {
2149         break;
2150       }
2151
2152       Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);
2153
2154       if (stretchGroup.getSequences(null).contains(nextSeq))
2155       {
2156         stretchGroup.deleteSequence(seq, false);
2157         updateOverviewAndStructs |= av.isSelectionDefinedGroup();
2158       }
2159       else
2160       {
2161         if (seq != null)
2162         {
2163           stretchGroup.addSequence(seq, false);
2164         }
2165
2166         stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);
2167         updateOverviewAndStructs |= av.isSelectionDefinedGroup();
2168       }
2169     }
2170
2171     if (oldSeq < 0)
2172     {
2173       oldSeq = -1;
2174     }
2175
2176     mouseDragging = true;
2177
2178     if ((scrollThread != null) && (scrollThread.isRunning()))
2179     {
2180       scrollThread.setEvent(evt);
2181     }
2182   }
2183
2184   void scrollCanvas(MouseEvent evt)
2185   {
2186     if (evt == null)
2187     {
2188       if ((scrollThread != null) && (scrollThread.isRunning()))
2189       {
2190         scrollThread.stopScrolling();
2191         scrollThread = null;
2192       }
2193       mouseDragging = false;
2194     }
2195     else
2196     {
2197       if (scrollThread == null)
2198       {
2199         scrollThread = new ScrollThread();
2200       }
2201
2202       mouseDragging = true;
2203       scrollThread.setEvent(evt);
2204     }
2205
2206   }
2207
2208   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment
2209   class ScrollThread extends Thread
2210   {
2211     MouseEvent evt;
2212
2213     private volatile boolean threadRunning = true;
2214
2215     public ScrollThread()
2216     {
2217       start();
2218     }
2219
2220     public void setEvent(MouseEvent e)
2221     {
2222       evt = e;
2223     }
2224
2225     public void stopScrolling()
2226     {
2227       threadRunning = false;
2228     }
2229
2230     public boolean isRunning()
2231     {
2232       return threadRunning;
2233     }
2234
2235     @Override
2236     public void run()
2237     {
2238       while (threadRunning)
2239       {
2240         if (evt != null)
2241         {
2242           if (mouseDragging && (evt.getY() < 0)
2243                   && (av.getRanges().getStartSeq() > 0))
2244           {
2245             av.getRanges().scrollUp(true);
2246           }
2247
2248           if (mouseDragging && (evt.getY() >= getHeight()) && (av
2249                   .getAlignment().getHeight() > av.getRanges().getEndSeq()))
2250           {
2251             av.getRanges().scrollUp(false);
2252           }
2253
2254           if (mouseDragging && (evt.getX() < 0))
2255           {
2256             av.getRanges().scrollRight(false);
2257           }
2258           else if (mouseDragging && (evt.getX() >= getWidth()))
2259           {
2260             av.getRanges().scrollRight(true);
2261           }
2262         }
2263
2264         try
2265         {
2266           Thread.sleep(20);
2267         } catch (Exception ex)
2268         {
2269         }
2270       }
2271     }
2272   }
2273
2274   /**
2275    * modify current selection according to a received message.
2276    */
2277   @Override
2278   public void selection(SequenceGroup seqsel, ColumnSelection colsel,
2279           HiddenColumns hidden, SelectionSource source)
2280   {
2281     // TODO: fix this hack - source of messages is align viewport, but SeqPanel
2282     // handles selection messages...
2283     // TODO: extend config options to allow user to control if selections may be
2284     // shared between viewports.
2285     boolean iSentTheSelection = (av == source
2286             || (source instanceof AlignViewport
2287                     && ((AlignmentViewport) source).getSequenceSetId()
2288                             .equals(av.getSequenceSetId())));
2289
2290     if (iSentTheSelection)
2291     {
2292       // respond to our own event by updating dependent dialogs
2293       if (ap.getCalculationDialog() != null)
2294       {
2295         ap.getCalculationDialog().validateCalcTypes();
2296       }
2297
2298       return;
2299     }
2300
2301     // process further ?
2302     if (!av.followSelection)
2303     {
2304       return;
2305     }
2306
2307     /*
2308      * Ignore the selection if there is one of our own pending.
2309      */
2310     if (av.isSelectionGroupChanged(false) || av.isColSelChanged(false))
2311     {
2312       return;
2313     }
2314
2315     /*
2316      * Check for selection in a view of which this one is a dna/protein
2317      * complement.
2318      */
2319     if (selectionFromTranslation(seqsel, colsel, hidden, source))
2320     {
2321       return;
2322     }
2323
2324     // do we want to thread this ? (contention with seqsel and colsel locks, I
2325     // suspect)
2326     /*
2327      * only copy colsel if there is a real intersection between
2328      * sequence selection and this panel's alignment
2329      */
2330     boolean repaint = false;
2331     boolean copycolsel = false;
2332
2333     SequenceGroup sgroup = null;
2334     if (seqsel != null && seqsel.getSize() > 0)
2335     {
2336       if (av.getAlignment() == null)
2337       {
2338         Cache.log.warn("alignviewport av SeqSetId=" + av.getSequenceSetId()
2339                 + " ViewId=" + av.getViewId()
2340                 + " 's alignment is NULL! returning immediately.");
2341         return;
2342       }
2343       sgroup = seqsel.intersect(av.getAlignment(),
2344               (av.hasHiddenRows()) ? av.getHiddenRepSequences() : null);
2345       if ((sgroup != null && sgroup.getSize() > 0))
2346       {
2347         copycolsel = true;
2348       }
2349     }
2350     if (sgroup != null && sgroup.getSize() > 0)
2351     {
2352       av.setSelectionGroup(sgroup);
2353     }
2354     else
2355     {
2356       av.setSelectionGroup(null);
2357     }
2358     av.isSelectionGroupChanged(true);
2359     repaint = true;
2360
2361     if (copycolsel)
2362     {
2363       // the current selection is unset or from a previous message
2364       // so import the new colsel.
2365       if (colsel == null || colsel.isEmpty())
2366       {
2367         if (av.getColumnSelection() != null)
2368         {
2369           av.getColumnSelection().clear();
2370           repaint = true;
2371         }
2372       }
2373       else
2374       {
2375         // TODO: shift colSel according to the intersecting sequences
2376         if (av.getColumnSelection() == null)
2377         {
2378           av.setColumnSelection(new ColumnSelection(colsel));
2379         }
2380         else
2381         {
2382           av.getColumnSelection().setElementsFrom(colsel,
2383                   av.getAlignment().getHiddenColumns());
2384         }
2385       }
2386       av.isColSelChanged(true);
2387       repaint = true;
2388     }
2389
2390     if (copycolsel && av.hasHiddenColumns()
2391             && (av.getAlignment().getHiddenColumns() == null))
2392     {
2393       System.err.println("Bad things");
2394     }
2395     if (repaint) // always true!
2396     {
2397       // probably finessing with multiple redraws here
2398       PaintRefresher.Refresh(this, av.getSequenceSetId());
2399       // ap.paintAlignment(false);
2400     }
2401
2402     // lastly, update dependent dialogs
2403     if (ap.getCalculationDialog() != null)
2404     {
2405       ap.getCalculationDialog().validateCalcTypes();
2406     }
2407
2408   }
2409
2410   /**
2411    * If this panel is a cdna/protein translation view of the selection source,
2412    * tries to map the source selection to a local one, and returns true. Else
2413    * returns false.
2414    *
2415    * @param seqsel
2416    * @param colsel
2417    * @param source
2418    */
2419   protected boolean selectionFromTranslation(SequenceGroup seqsel,
2420           ColumnSelection colsel, HiddenColumns hidden,
2421           SelectionSource source)
2422   {
2423     if (!(source instanceof AlignViewportI))
2424     {
2425       return false;
2426     }
2427     final AlignViewportI sourceAv = (AlignViewportI) source;
2428     if (sourceAv.getCodingComplement() != av
2429             && av.getCodingComplement() != sourceAv)
2430     {
2431       return false;
2432     }
2433
2434     /*
2435      * Map sequence selection
2436      */
2437     SequenceGroup sg = MappingUtils.mapSequenceGroup(seqsel, sourceAv, av);
2438     av.setSelectionGroup(sg);
2439     av.isSelectionGroupChanged(true);
2440
2441     /*
2442      * Map column selection
2443      */
2444     // ColumnSelection cs = MappingUtils.mapColumnSelection(colsel, sourceAv,
2445     // av);
2446     ColumnSelection cs = new ColumnSelection();
2447     HiddenColumns hs = new HiddenColumns();
2448     MappingUtils.mapColumnSelection(colsel, hidden, sourceAv, av, cs, hs);
2449     av.setColumnSelection(cs);
2450     av.getAlignment().setHiddenColumns(hs);
2451
2452     // lastly, update any dependent dialogs
2453     if (ap.getCalculationDialog() != null)
2454     {
2455       ap.getCalculationDialog().validateCalcTypes();
2456     }
2457
2458     PaintRefresher.Refresh(this, av.getSequenceSetId());
2459
2460     return true;
2461   }
2462
2463   /**
2464    *
2465    * @return null or last search results handled by this panel
2466    */
2467   public SearchResultsI getLastSearchResults()
2468   {
2469     return lastSearchResults;
2470   }
2471 }