src/jalview/gui/SeqPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import java.util.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 import javax.swing.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.analysis.*;\r
  28 import jalview.datamodel.*;\r
  29 import jalview.schemes.*;\r
  30 \r
  31 public class SeqPanel\r
  32     extends JPanel\r
  33 {\r
  34   public SeqCanvas seqCanvas;\r
  35   public AlignmentPanel ap;\r
  36   protected int lastres;\r
  37   protected int startseq;\r
  38   int startEdit = -1;\r
  39   int endEdit = -1;\r
  40   protected AlignViewport av;\r
  41 \r
  42   // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the conservation\r
  43   int seqEditOccurred = -1;\r
  44   ScrollThread scrollThread = null;\r
  45   boolean mouseDragging = false;\r
  46   boolean editingSeqs = false;\r
  47   boolean groupEditing = false;\r
  48 \r
  49   //////////////////////////////////////////\r
  50   /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
  51   //////////////////////////////////////////\r
  52   int oldSeq = -1;\r
  53   boolean changeEndSeq = false;\r
  54   boolean changeStartSeq = false;\r
  55   boolean changeEndRes = false;\r
  56   boolean changeStartRes = false;\r
  57   SequenceGroup stretchGroup = null;\r
  58   boolean remove = false;\r
  59 \r
  60   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)\r
  61   {\r
  62     this.av = avp;\r
  63     setBackground(Color.white);\r
  64 \r
  65     seqCanvas = new SeqCanvas(avp);\r
  66     setLayout(new BorderLayout());\r
  67     add(seqCanvas, BorderLayout.CENTER);\r
  68 \r
  69     ap = p;\r
  70 \r
  71     addMouseMotionListener(new MouseMotionAdapter()\r
  72     {\r
  73       public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
  74       {\r
  75         if (av.getWrapAlignment())\r
  76         {\r
  77           return;\r
  78         }\r
  79 \r
  80         doMouseMoved(evt);\r
  81       }\r
  82 \r
  83       public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
  84       {\r
  85         if (av.getWrapAlignment())\r
  86         {\r
  87           return;\r
  88         }\r
  89 \r
  90         if (editingSeqs)\r
  91         {\r
  92           doMouseDragged(evt);\r
  93         }\r
  94         else\r
  95         {\r
  96           doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
  97         }\r
  98       }\r
  99     });\r
 100 \r
 101     addMouseListener(new MouseAdapter()\r
 102     {\r
 103       public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 104       {\r
 105         if (av.getWrapAlignment())\r
 106         {\r
 107           return;\r
 108         }\r
 109 \r
 110         if (editingSeqs)\r
 111         {\r
 112           doMouseReleased(evt);\r
 113         }\r
 114         else\r
 115         {\r
 116           doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
 117         }\r
 118       }\r
 119 \r
 120       public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 121       {\r
 122         if (av.getWrapAlignment())\r
 123         {\r
 124           return;\r
 125         }\r
 126 \r
 127         if (evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() ||\r
 128             evt.isControlDown())\r
 129         {\r
 130           if (evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
 131           {\r
 132             groupEditing = true;\r
 133           }\r
 134 \r
 135           editingSeqs = true;\r
 136           doMousePressed(evt);\r
 137         }\r
 138         else\r
 139         {\r
 140           doMousePressedDefineMode(evt);\r
 141         }\r
 142       }\r
 143 \r
 144       public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
 145       {\r
 146         if (av.getWrapAlignment() || editingSeqs)\r
 147         {\r
 148           return;\r
 149         }\r
 150 \r
 151         doMouseExitedDefineMode(evt);\r
 152       }\r
 153 \r
 154       public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
 155       {\r
 156         if (av.getWrapAlignment() || editingSeqs)\r
 157         {\r
 158           return;\r
 159         }\r
 160 \r
 161         doMouseEnteredDefineMode(evt);\r
 162       }\r
 163     });\r
 164   }\r
 165 \r
 166 \r
 167   public void doMouseReleased(MouseEvent evt)\r
 168   {\r
 169     if (seqEditOccurred > -1)\r
 170     {\r
 171       editOccurred(seqEditOccurred);\r
 172     }\r
 173 \r
 174     startseq = -1;\r
 175     lastres = -1;\r
 176     seqEditOccurred = -1;\r
 177     editingSeqs = false;\r
 178     groupEditing = false;\r
 179 \r
 180     seqCanvas.repaint();\r
 181   }\r
 182 \r
 183   public void doMousePressed(MouseEvent evt)\r
 184   {\r
 185     ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem("Edit Sequence",\r
 186                                                  av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 187 \r
 188     int seq;\r
 189     int res;\r
 190 \r
 191     int x = evt.getX();\r
 192     int y = evt.getY();\r
 193 \r
 194     res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 195     seq = (y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq();\r
 196 \r
 197     if ( (seq < av.getAlignment().getHeight()) &&\r
 198         (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))\r
 199     {\r
 200       startseq = seq;\r
 201       lastres = res;\r
 202     }\r
 203     else\r
 204     {\r
 205       startseq = -1;\r
 206       lastres = -1;\r
 207     }\r
 208 \r
 209     startEdit = lastres;\r
 210     endEdit = lastres;\r
 211 \r
 212     return;\r
 213   }\r
 214 \r
 215   public void doMouseMoved(MouseEvent evt)\r
 216   {\r
 217     int res = 0;\r
 218     int seq = 0;\r
 219     int x = evt.getX();\r
 220     int y = evt.getY();\r
 221 \r
 222     if (av.wrapAlignment)\r
 223     {\r
 224       y -= (2 * av.charHeight);\r
 225 \r
 226       int chunkHeight = (av.getAlignment().getHeight() + 2) * av.charHeight;\r
 227 \r
 228       res = (int) ( (y / chunkHeight) * (getWidth() / av.charWidth)) +\r
 229           (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 230 \r
 231       y %= chunkHeight;\r
 232       seq = (y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq();\r
 233     }\r
 234     else\r
 235     {\r
 236       res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 237       seq = (y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq();\r
 238     }\r
 239 \r
 240     if (seq >= av.getAlignment().getHeight())\r
 241     {\r
 242       return;\r
 243     }\r
 244 \r
 245     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 246 \r
 247     if (res > sequence.getLength())\r
 248     {\r
 249       return;\r
 250     }\r
 251 \r
 252     Object obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) +\r
 253                                                   "");\r
 254     String aa = "";\r
 255 \r
 256     if (obj != null)\r
 257     {\r
 258       aa = obj.toString();\r
 259     }\r
 260 \r
 261     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
 262                                          sequence.getName());\r
 263 \r
 264     if (aa != "")\r
 265     {\r
 266       text.append("  Residue: " + aa + " (" +\r
 267                   av.getAlignment().getSequenceAt(seq).findPosition(res) + ")");\r
 268     }\r
 269 \r
 270     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 271 \r
 272     // use aa to see if the mouse pointer is on a\r
 273     if (av.showSequenceFeatures)\r
 274     {\r
 275       Vector features = sequence.getSequenceFeatures();\r
 276       Enumeration e = features.elements();\r
 277       StringBuffer sbuffer = new StringBuffer();\r
 278 \r
 279       while (e.hasMoreElements())\r
 280       {\r
 281         SequenceFeature sf = (SequenceFeature) e.nextElement();\r
 282 \r
 283         if ( (sf.getStart() <= sequence.findPosition(res)) &&\r
 284             (sf.getEnd() >= sequence.findPosition(res)))\r
 285         {\r
 286           if (sbuffer.length() > 0)\r
 287           {\r
 288             sbuffer.append("; ");\r
 289           }\r
 290 \r
 291           sbuffer.append(sf.getType() + " " + sf.getDescription());\r
 292 \r
 293           if (sf.getStatus().length() > 0)\r
 294           {\r
 295             sbuffer.append(" (" + sf.getStatus() + ")");\r
 296           }\r
 297         }\r
 298       }\r
 299 \r
 300       ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
 301       this.setToolTipText(sbuffer.toString());\r
 302     }\r
 303   }\r
 304 \r
 305   public void doMouseDragged(MouseEvent evt)\r
 306   {\r
 307     // If we're dragging we're editing\r
 308     int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 309 \r
 310     if (res < 0)\r
 311     {\r
 312       res = 0;\r
 313     }\r
 314 \r
 315     if ( (lastres == -1) || (lastres == res))\r
 316     {\r
 317       return;\r
 318     }\r
 319 \r
 320     boolean dragRight = true;\r
 321 \r
 322     if ( (res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))\r
 323     {\r
 324       dragRight = false;\r
 325     }\r
 326 \r
 327     if (res != lastres)\r
 328     {\r
 329       // Group editing\r
 330       if (groupEditing)\r
 331       {\r
 332         SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 333 \r
 334         if (sg == null)\r
 335         {\r
 336           lastres = -1;\r
 337 \r
 338           return;\r
 339         }\r
 340 \r
 341         // drag to right\r
 342         if (dragRight)\r
 343         {\r
 344           sg.setEndRes(sg.getEndRes() + (res - lastres));\r
 345         }\r
 346         // drag to left\r
 347         else\r
 348         {\r
 349           /// Are we able to delete?\r
 350           // ie are all columns blank?\r
 351           boolean deleteAllowed = false;\r
 352 \r
 353           for (int s = 0; s < sg.getSize(); s++)\r
 354           {\r
 355             SequenceI seq = sg.getSequenceAt(s);\r
 356 \r
 357             for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 358             {\r
 359               if (seq.getSequence().length() <= j)\r
 360               {\r
 361                 continue;\r
 362               }\r
 363 \r
 364               if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
 365                   seq.getSequence().charAt(j)))\r
 366               {\r
 367                 // Not a gap, block edit not valid\r
 368                 res = j + 1;\r
 369                 deleteAllowed = false;\r
 370 \r
 371                 continue;\r
 372               }\r
 373 \r
 374               deleteAllowed = true;\r
 375             }\r
 376           }\r
 377 \r
 378           if (!deleteAllowed)\r
 379           {\r
 380             lastres = -1;\r
 381 \r
 382             return;\r
 383           }\r
 384 \r
 385           sg.setEndRes(sg.getEndRes() - (lastres - res));\r
 386         }\r
 387 \r
 388         for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 389         {\r
 390           SequenceI s = sg.getSequenceAt(i);\r
 391           int k = av.alignment.findIndex(s);\r
 392 \r
 393           // drag to right\r
 394           if (dragRight)\r
 395           {\r
 396             for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 397             {\r
 398               insertChar(j, k);\r
 399             }\r
 400           }\r
 401           // drag to left\r
 402           else\r
 403           {\r
 404             for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 405             {\r
 406               if (s.getLength() > j)\r
 407               {\r
 408                 deleteChar(res, k);\r
 409               }\r
 410             }\r
 411           }\r
 412         }\r
 413       }\r
 414       else /////Editing a single sequence///////////\r
 415       {\r
 416         if ( (res < av.getAlignment().getWidth()) && (res > lastres))\r
 417         {\r
 418           // dragging to the right\r
 419           for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 420           {\r
 421             insertChar(j, startseq);\r
 422           }\r
 423         }\r
 424         else if ( (res < av.getAlignment().getWidth()) &&\r
 425                  (res < lastres))\r
 426         {\r
 427           // dragging to the left\r
 428           for (int j = lastres; j > res; j--)\r
 429           {\r
 430             if (jalview.util.Comparison.isGap(\r
 431                 av.alignment.getSequenceAt(startseq)\r
 432                 .getSequence().charAt(res)))\r
 433             {\r
 434               deleteChar(res, startseq);\r
 435             }\r
 436             else\r
 437             {\r
 438               break;\r
 439             }\r
 440           }\r
 441         }\r
 442       }\r
 443     }\r
 444 \r
 445     endEdit = res;\r
 446     lastres = res;\r
 447     seqCanvas.repaint();\r
 448   }\r
 449 \r
 450   public void drawChars(int seqstart, int seqend, int start)\r
 451   {\r
 452     seqCanvas.drawPanel(seqCanvas.gg, start, av.getEndRes(), seqstart,\r
 453                         seqend, av.getStartRes(), av.getStartSeq(), 0);\r
 454     seqCanvas.repaint();\r
 455   }\r
 456 \r
 457   public void insertChar(int j, int seq)\r
 458   {\r
 459     av.alignment.getSequenceAt(seq).insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
 460     seqEditOccurred = seq;\r
 461   }\r
 462 \r
 463   public void deleteChar(int j, int seq)\r
 464   {\r
 465     av.alignment.getSequenceAt(seq).deleteCharAt(j);\r
 466     seqEditOccurred = seq;\r
 467 \r
 468     av.alignment.getWidth();\r
 469     seqCanvas.repaint();\r
 470   }\r
 471 \r
 472   void editOccurred(int i)\r
 473   {\r
 474     if (endEdit == startEdit)\r
 475     {\r
 476       ap.alignFrame.historyList.pop();\r
 477       ap.alignFrame.updateEditMenuBar();\r
 478     }\r
 479 \r
 480     av.updateConservation();\r
 481     av.updateConsensus();\r
 482 \r
 483     // Y O Y CLUSTALX\r
 484     ColourSchemeI cs = av.getGlobalColourScheme();\r
 485 \r
 486     if (cs instanceof ConservationColourScheme)\r
 487     {\r
 488       ConservationColourScheme ccs = (ConservationColourScheme) cs;\r
 489 \r
 490       if (ccs.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
 491       {\r
 492         Conservation c = new Conservation("All",\r
 493                                           ResidueProperties.propHash, 3,\r
 494                                           av.alignment.getSequences(), 0,\r
 495                                           av.alignment.getWidth() - 1);\r
 496         c.calculate();\r
 497         c.verdict(false, av.ConsPercGaps);\r
 498 \r
 499         ClustalxColourScheme cxs = (ClustalxColourScheme) ccs.cs;\r
 500         cxs.resetClustalX(av.alignment.getSequences(),\r
 501                           av.alignment.getWidth());\r
 502         ccs = new ConservationColourScheme(c, cxs);\r
 503         av.setGlobalColourScheme(ccs);\r
 504       }\r
 505     }\r
 506 \r
 507     if (cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
 508     {\r
 509       ( (ClustalxColourScheme) cs).resetClustalX(av.alignment.getSequences(),\r
 510                                                  av.alignment.getWidth());\r
 511       av.setGlobalColourScheme(cs);\r
 512     }\r
 513   }\r
 514 \r
 515   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 516   {\r
 517     int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 518     int seq = (evt.getY() / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq();\r
 519     oldSeq = seq;\r
 520 \r
 521     SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 522 \r
 523     if ( (sequence == null) || (res > sequence.getLength()))\r
 524     {\r
 525       return;\r
 526     }\r
 527 \r
 528     stretchGroup = av.getSelectionGroup();\r
 529 \r
 530     if (stretchGroup == null)\r
 531     {\r
 532       stretchGroup = av.alignment.findGroup(sequence);\r
 533 \r
 534       if ( (stretchGroup != null) && (res > stretchGroup.getStartRes()) &&\r
 535           (res < stretchGroup.getEndRes()))\r
 536       {\r
 537         av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
 538       }\r
 539       else\r
 540       {\r
 541         stretchGroup = null;\r
 542       }\r
 543     }\r
 544     else if (!stretchGroup.sequences.contains(sequence) ||\r
 545              (stretchGroup.getStartRes() > res) ||\r
 546              (stretchGroup.getEndRes() < res))\r
 547     {\r
 548       stretchGroup = null;\r
 549 \r
 550       SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups(sequence);\r
 551 \r
 552       if (allGroups != null)\r
 553       {\r
 554         for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
 555         {\r
 556           if ( (allGroups[i].getStartRes() <= res) &&\r
 557               (allGroups[i].getEndRes() >= res))\r
 558           {\r
 559             stretchGroup = allGroups[i];\r
 560             av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
 561 \r
 562             break;\r
 563           }\r
 564         }\r
 565       }\r
 566     }\r
 567 \r
 568     if (stretchGroup == null)\r
 569     {\r
 570       // define a new group here\r
 571       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 572       sg.setStartRes(res);\r
 573       sg.setEndRes(res);\r
 574       sg.addSequence(sequence, false);\r
 575       av.setSelectionGroup(sg);\r
 576       stretchGroup = sg;\r
 577 \r
 578       if (av.getConservationSelected())\r
 579       {\r
 580         SliderPanel.setConservationSlider(ap,\r
 581                                           av.getGlobalColourScheme(),\r
 582                                           "Background");\r
 583       }\r
 584 \r
 585       if (av.getAbovePIDThreshold())\r
 586       {\r
 587         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
 588                                        "Background");\r
 589       }\r
 590     }\r
 591     else if (javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
 592     {\r
 593       jalview.gui.PopupMenu pop = new jalview.gui.PopupMenu(ap, null);\r
 594       pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 595 \r
 596       // edit the properties of existing group\r
 597     }\r
 598 \r
 599     if ( (stretchGroup != null) && (stretchGroup.getEndRes() == res))\r
 600     {\r
 601       // Edit end res position of selected group\r
 602       changeEndRes = true;\r
 603     }\r
 604     else if ( (stretchGroup != null) && (stretchGroup.getStartRes() == res))\r
 605     {\r
 606       // Edit end res position of selected group\r
 607       changeStartRes = true;\r
 608     }\r
 609 \r
 610     stretchGroup.getWidth();\r
 611 \r
 612     seqCanvas.repaint();\r
 613   }\r
 614 \r
 615   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 616   {\r
 617     if(mouseDragging)\r
 618     {\r
 619       stretchGroup.recalcConservation();\r
 620       mouseDragging = false;\r
 621     }\r
 622 \r
 623     if (stretchGroup == null)\r
 624     {\r
 625       return;\r
 626     }\r
 627 \r
 628     if (stretchGroup.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
 629     {\r
 630       ( (ClustalxColourScheme) stretchGroup.cs).resetClustalX(stretchGroup.sequences,\r
 631                                                      stretchGroup.getWidth());\r
 632     }\r
 633     else if (stretchGroup.cs instanceof ConservationColourScheme)\r
 634     {\r
 635       ConservationColourScheme ccs = (ConservationColourScheme) stretchGroup.cs;\r
 636       stretchGroup.cs = ccs;\r
 637       SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,\r
 638                                         stretchGroup.getName());\r
 639 \r
 640     }\r
 641     else\r
 642     {\r
 643       SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,\r
 644                                      stretchGroup.getName());\r
 645     }\r
 646 \r
 647     changeEndRes = false;\r
 648     changeStartRes = false;\r
 649     stretchGroup = null;\r
 650     seqCanvas.repaint();\r
 651     ap.idPanel.repaint();\r
 652   }\r
 653 \r
 654   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 655   {\r
 656     int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 657     int y = (evt.getY() / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq();\r
 658 \r
 659     if (stretchGroup == null)\r
 660     {\r
 661       return;\r
 662     }\r
 663 \r
 664     if (res > av.alignment.getWidth())\r
 665     {\r
 666       res = av.alignment.getWidth() - 1;\r
 667     }\r
 668 \r
 669     if (stretchGroup.getEndRes() == res)\r
 670     {\r
 671       // Edit end res position of selected group\r
 672       changeEndRes = true;\r
 673     }\r
 674     else if (stretchGroup.getStartRes() == res)\r
 675     {\r
 676       // Edit start res position of selected group\r
 677       changeStartRes = true;\r
 678     }\r
 679 \r
 680     if (res < av.getStartRes())\r
 681     {\r
 682       res = av.getStartRes();\r
 683     }\r
 684     else if (res > av.getEndRes())\r
 685     {\r
 686       res = av.getEndRes();\r
 687     }\r
 688 \r
 689     if (changeEndRes)\r
 690     {\r
 691       if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))\r
 692       {\r
 693         stretchGroup.setEndRes(res);\r
 694       }\r
 695     }\r
 696     else if (changeStartRes)\r
 697     {\r
 698       if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))\r
 699       {\r
 700         stretchGroup.setStartRes(res);\r
 701       }\r
 702     }\r
 703 \r
 704     int dragDirection = 0;\r
 705 \r
 706     if (y > oldSeq)\r
 707     {\r
 708       dragDirection = 1;\r
 709     }\r
 710     else if (y < oldSeq)\r
 711     {\r
 712       dragDirection = -1;\r
 713     }\r
 714 \r
 715     while ( (y != oldSeq) && (oldSeq > 0) && (y < av.alignment.getHeight()))\r
 716     {\r
 717       // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
 718       // selection is quite slow.\r
 719       Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 720 \r
 721       oldSeq += dragDirection;\r
 722 \r
 723       Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 724 \r
 725       if (stretchGroup.sequences.contains(nextSeq))\r
 726       {\r
 727         stretchGroup.deleteSequence(seq, false);\r
 728         stretchGroup.deleteSequence(nextSeq, false);\r
 729       }\r
 730       else\r
 731       {\r
 732         if (seq != null)\r
 733         {\r
 734           stretchGroup.addSequence(seq, false);\r
 735         }\r
 736 \r
 737         stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);\r
 738       }\r
 739     }\r
 740 \r
 741     oldSeq = y;\r
 742     mouseDragging = true;\r
 743 \r
 744     if (scrollThread != null)\r
 745     {\r
 746       scrollThread.setEvent(evt);\r
 747     }\r
 748 \r
 749     seqCanvas.repaint();\r
 750   }\r
 751 \r
 752   public void doMouseEnteredDefineMode(MouseEvent e)\r
 753   {\r
 754     if (scrollThread != null)\r
 755     {\r
 756       scrollThread.running = false;\r
 757     }\r
 758   }\r
 759 \r
 760   public void doMouseExitedDefineMode(MouseEvent e)\r
 761   {\r
 762     if (av.getWrapAlignment())\r
 763     {\r
 764       return;\r
 765     }\r
 766 \r
 767     if (mouseDragging)\r
 768     {\r
 769       scrollThread = new ScrollThread();\r
 770     }\r
 771   }\r
 772 \r
 773   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
 774   class ScrollThread\r
 775       extends Thread\r
 776   {\r
 777     MouseEvent evt;\r
 778     boolean running = false;\r
 779 \r
 780     public ScrollThread()\r
 781     {\r
 782       start();\r
 783     }\r
 784 \r
 785     public void setEvent(MouseEvent e)\r
 786     {\r
 787       evt = e;\r
 788     }\r
 789 \r
 790     public void stopScrolling()\r
 791     {\r
 792       running = false;\r
 793     }\r
 794 \r
 795     public void run()\r
 796     {\r
 797       running = true;\r
 798 \r
 799       while (running)\r
 800       {\r
 801         if (evt != null)\r
 802         {\r
 803           if (mouseDragging && (evt.getY() < 0) &&\r
 804               (av.getStartSeq() > 0))\r
 805           {\r
 806             running = ap.scrollUp(true);\r
 807           }\r
 808 \r
 809           if (mouseDragging && (evt.getY() >= getHeight()) &&\r
 810               (av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq()))\r
 811           {\r
 812             running = ap.scrollUp(false);\r
 813           }\r
 814 \r
 815           if (mouseDragging && (evt.getX() < 0))\r
 816           {\r
 817             running = ap.scrollRight(true);\r
 818           }\r
 819           else if (mouseDragging && (evt.getX() >= getWidth()))\r
 820           {\r
 821             running = ap.scrollRight(false);\r
 822           }\r
 823         }\r
 824 \r
 825         try\r
 826         {\r
 827           Thread.sleep(75);\r
 828         }\r
 829         catch (Exception ex)\r
 830         {\r
 831         }\r
 832       }\r
 833     }\r
 834   }\r
 835 }\r