src/jalview/gui/SeqPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.AlignViewportI;
  24 import jalview.bin.Cache;
  25 import jalview.commands.EditCommand;
  26 import jalview.commands.EditCommand.Action;
  27 import jalview.commands.EditCommand.Edit;
  28 import jalview.datamodel.AlignmentAnnotation;
  29 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  30 import jalview.datamodel.ColumnSelection;
  31 import jalview.datamodel.HiddenColumns;
  32 import jalview.datamodel.SearchResultMatchI;
  33 import jalview.datamodel.SearchResults;
  34 import jalview.datamodel.SearchResultsI;
  35 import jalview.datamodel.Sequence;
  36 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  37 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  38 import jalview.datamodel.SequenceI;
  39 import jalview.io.SequenceAnnotationReport;
  40 import jalview.renderer.ResidueShaderI;
  41 import jalview.schemes.ResidueProperties;
  42 import jalview.structure.SelectionListener;
  43 import jalview.structure.SelectionSource;
  44 import jalview.structure.SequenceListener;
  45 import jalview.structure.StructureSelectionManager;
  46 import jalview.structure.VamsasSource;
  47 import jalview.util.Comparison;
  48 import jalview.util.MappingUtils;
  49 import jalview.util.MessageManager;
  50 import jalview.util.Platform;
  51 import jalview.viewmodel.AlignmentViewport;
  52
  53 import java.awt.BorderLayout;
  54 import java.awt.Color;
  55 import java.awt.Font;
  56 import java.awt.FontMetrics;
  57 import java.awt.Point;
  58 import java.awt.event.MouseEvent;
  59 import java.awt.event.MouseListener;
  60 import java.awt.event.MouseMotionListener;
  61 import java.awt.event.MouseWheelEvent;
  62 import java.awt.event.MouseWheelListener;
  63 import java.util.Collections;
  64 import java.util.List;
  65
  66 import javax.swing.JPanel;
  67 import javax.swing.SwingUtilities;
  68 import javax.swing.ToolTipManager;
  69
  70 /**
  71  * DOCUMENT ME!
  72  *
  73  * @author $author$
  74  * @version $Revision: 1.130 $
  75  */
  76 public class SeqPanel extends JPanel
  77         implements MouseListener, MouseMotionListener, MouseWheelListener,
  78         SequenceListener, SelectionListener
  79 {
  80   /*
  81    * a class that holds computed mouse position
  82    * - column of the alignment (0...)
  83    * - sequence offset (0...)
  84    * - annotation row offset (0...)
  85    * where annotation offset is -1 unless the alignment is shown
  86    * in wrapped mode, annotations are shown, and the mouse is
  87    * over an annnotation row
  88    */
  89   static class MousePos
  90   {
  91     /*
  92      * alignment column position of cursor (0...)
  93      */
  94     final int column;
  95
  96     /*
  97      * index in alignment of sequence under cursor,
  98      * or nearest above if cursor is not over a sequence
  99      */
 100     final int seqIndex;
 101
 102     /*
 103      * index in annotations array of annotation under the cursor
 104      * (only possible in wrapped mode with annotations shown),
 105      * or -1 if cursor is not over an annotation row
 106      */
 107     final int annotationIndex;
 108
 109     MousePos(int col, int seq, int ann)
 110     {
 111       column = col;
 112       seqIndex = seq;
 113       annotationIndex = ann;
 114     }
 115
 116     boolean isOverAnnotation()
 117     {
 118       return annotationIndex != -1;
 119     }
 120
 121     @Override
 122     public boolean equals(Object obj)
 123     {
 124       if (obj == null || !(obj instanceof MousePos))
 125       {
 126         return false;
 127       }
 128       MousePos o = (MousePos) obj;
 129       boolean b = (column == o.column && seqIndex == o.seqIndex
 130               && annotationIndex == o.annotationIndex);
 131       // System.out.println(obj + (b ? "= " : "!= ") + this);
 132       return b;
 133     }
 134
 135     /**
 136      * A simple hashCode that ensures that instances that satisfy equals() have
 137      * the same hashCode
 138      */
 139     @Override
 140     public int hashCode()
 141     {
 142       return column + seqIndex + annotationIndex;
 143     }
 144
 145     /**
 146      * toString method for debug output purposes only
 147      */
 148     @Override
 149     public String toString()
 150     {
 151       return String.format("c%d:s%d:a%d", column, seqIndex,
 152               annotationIndex);
 153     }
 154   }
 155
 156   private static final int MAX_TOOLTIP_LENGTH = 300;
 157
 158   public SeqCanvas seqCanvas;
 159
 160   public AlignmentPanel ap;
 161
 162   /*
 163    * last position for mouseMoved event
 164    */
 165   private MousePos lastMousePosition;
 166
 167   protected int lastres;
 168
 169   protected int startseq;
 170
 171   protected AlignViewport av;
 172
 173   ScrollThread scrollThread = null;
 174
 175   boolean mouseDragging = false;
 176
 177   boolean editingSeqs = false;
 178
 179   boolean groupEditing = false;
 180
 181   // ////////////////////////////////////////
 182   // ///Everything below this is for defining the boundary of the rubberband
 183   // ////////////////////////////////////////
 184   int oldSeq = -1;
 185
 186   boolean changeEndSeq = false;
 187
 188   boolean changeStartSeq = false;
 189
 190   boolean changeEndRes = false;
 191
 192   boolean changeStartRes = false;
 193
 194   SequenceGroup stretchGroup = null;
 195
 196   boolean remove = false;
 197
 198   Point lastMousePress;
 199
 200   boolean mouseWheelPressed = false;
 201
 202   StringBuffer keyboardNo1;
 203
 204   StringBuffer keyboardNo2;
 205
 206   java.net.URL linkImageURL;
 207
 208   private final SequenceAnnotationReport seqARep;
 209
 210   StringBuilder tooltipText = new StringBuilder();
 211
 212   String tmpString;
 213
 214   EditCommand editCommand;
 215
 216   StructureSelectionManager ssm;
 217
 218   SearchResultsI lastSearchResults;
 219
 220   /**
 221    * Creates a new SeqPanel object
 222    *
 223    * @param viewport
 224    * @param alignPanel
 225    */
 226   public SeqPanel(AlignViewport viewport, AlignmentPanel alignPanel)
 227   {
 228     linkImageURL = getClass().getResource("/images/link.gif");
 229     seqARep = new SequenceAnnotationReport(linkImageURL.toString());
 230     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);
 231     ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);
 232     ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);
 233     this.av = viewport;
 234     setBackground(Color.white);
 235
 236     seqCanvas = new SeqCanvas(alignPanel);
 237     setLayout(new BorderLayout());
 238     add(seqCanvas, BorderLayout.CENTER);
 239
 240     this.ap = alignPanel;
 241
 242     if (!viewport.isDataset())
 243     {
 244       addMouseMotionListener(this);
 245       addMouseListener(this);
 246       addMouseWheelListener(this);
 247       ssm = viewport.getStructureSelectionManager();
 248       ssm.addStructureViewerListener(this);
 249       ssm.addSelectionListener(this);
 250     }
 251   }
 252
 253   int startWrapBlock = -1;
 254
 255   int wrappedBlock = -1;
 256
 257   /**
 258    * Computes the column and sequence row (and possibly annotation row when in
 259    * wrapped mode) for the given mouse position
 260    *
 261    * @param evt
 262    * @return
 263    */
 264   MousePos findMousePosition(MouseEvent evt)
 265   {
 266     int col = findColumn(evt);
 267     int seqIndex = -1;
 268     int annIndex = -1;
 269     int y = evt.getY();
 270
 271     int charHeight = av.getCharHeight();
 272     int alignmentHeight = av.getAlignment().getHeight();
 273     if (av.getWrapAlignment())
 274     {
 275       seqCanvas.calculateWrappedGeometry(seqCanvas.getWidth(),
 276               seqCanvas.getHeight());
 277       // int gapHeight = charHeight;
 278       // if (av.getScaleAboveWrapped())
 279       // {
 280       // gapHeight += charHeight;
 281       // }
 282       //
 283       // final int alignmentHeightPixels = gapHeight
 284       // + alignmentHeight * charHeight;
 285       // int cHeight = alignmentHeightPixels;
 286       // if (av.isShowAnnotation())
 287       // {
 288       // cHeight += (seqCanvas.getAnnotationHeight() +
 289       // SeqCanvas.SEQS_ANNOTATION_GAP);
 290       // }
 291
 292       /*
 293        * yPos modulo repeating width height
 294        */
 295       int yOffsetPx = y % seqCanvas.wrappedRepeatHeightPx;
 296
 297       /*
 298        * height of sequences plus space / scale above,
 299        * plus gap between sequences and annotations
 300        */
 301       int alignmentHeightPixels = seqCanvas.wrappedSpaceAboveAlignment
 302               + alignmentHeight * charHeight
 303               + SeqCanvas.SEQS_ANNOTATION_GAP;
 304       if (yOffsetPx >= alignmentHeightPixels)
 305       {
 306         /*
 307          * mouse is over annotations; find annotation index, also set
 308          * last sequence above (for backwards compatible behaviour)
 309          */
 310         AlignmentAnnotation[] anns = av.getAlignment()
 311                 .getAlignmentAnnotation();
 312         int rowOffsetPx = yOffsetPx - alignmentHeightPixels;
 313         annIndex = AnnotationPanel.getRowIndex(rowOffsetPx, anns);
 314         seqIndex = alignmentHeight - 1;
 315       }
 316       else
 317       {
 318         /*
 319          * mouse is over sequence (or the space above sequences)
 320          */
 321         yOffsetPx -= seqCanvas.wrappedSpaceAboveAlignment;
 322         if (yOffsetPx >= 0)
 323         {
 324           seqIndex = Math.min(yOffsetPx / charHeight, alignmentHeight - 1);
 325         }
 326       }
 327     }
 328     else
 329     {
 330       seqIndex = Math.min((y / charHeight) + av.getRanges().getStartSeq(),
 331               alignmentHeight - 1);
 332     }
 333
 334     return new MousePos(col, seqIndex, annIndex);
 335   }
 336   /**
 337    * Returns the aligned sequence position (base 0) at the mouse position, or
 338    * the closest visible one
 339    *
 340    * @param evt
 341    * @return
 342    */
 343   int findColumn(MouseEvent evt)
 344   {
 345     int res = 0;
 346     int x = evt.getX();
 347
 348     int startRes = av.getRanges().getStartRes();
 349     if (av.getWrapAlignment())
 350     {
 351       int hgap = av.getCharHeight();
 352       if (av.getScaleAboveWrapped())
 353       {
 354         hgap += av.getCharHeight();
 355       }
 356
 357       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.getCharHeight()
 358               + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();
 359
 360       int y = evt.getY();
 361       y = Math.max(0, y - hgap);
 362       x = Math.max(0, x - seqCanvas.getLabelWidthWest());
 363
 364       int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(this.getWidth());
 365       if (cwidth < 1)
 366       {
 367         return 0;
 368       }
 369
 370       wrappedBlock = y / cHeight;
 371       wrappedBlock += startRes / cwidth;
 372       // allow for wrapped view scrolled right (possible from Overview)
 373       int startOffset = startRes % cwidth;
 374       res = wrappedBlock * cwidth + startOffset
 375               + Math.min(cwidth - 1, x / av.getCharWidth());
 376     }
 377     else
 378     {
 379       /*
 380        * make sure we calculate relative to visible alignment,
 381        * rather than right-hand gutter
 382        */
 383       x = Math.min(x, seqCanvas.getX() + seqCanvas.getWidth());
 384       res = (x / av.getCharWidth()) + startRes;
 385       res = Math.min(res, av.getRanges().getEndRes());
 386     }
 387
 388     if (av.hasHiddenColumns())
 389     {
 390       res = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 391               .visibleToAbsoluteColumn(res);
 392     }
 393
 394     return res;
 395   }
 396
 397   /**
 398    * When all of a sequence of edits are complete, put the resulting edit list
 399    * on the history stack (undo list), and reset flags for editing in progress.
 400    */
 401   void endEditing()
 402   {
 403     try
 404     {
 405       if (editCommand != null && editCommand.getSize() > 0)
 406       {
 407         ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
 408         av.firePropertyChange("alignment", null,
 409                 av.getAlignment().getSequences());
 410       }
 411     } finally
 412     {
 413       /*
 414        * Tidy up come what may...
 415        */
 416       startseq = -1;
 417       lastres = -1;
 418       editingSeqs = false;
 419       groupEditing = false;
 420       keyboardNo1 = null;
 421       keyboardNo2 = null;
 422       editCommand = null;
 423     }
 424   }
 425
 426   void setCursorRow()
 427   {
 428     seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo1() - 1;
 429     scrollToVisible(true);
 430   }
 431
 432   void setCursorColumn()
 433   {
 434     seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;
 435     scrollToVisible(true);
 436   }
 437
 438   void setCursorRowAndColumn()
 439   {
 440     if (keyboardNo2 == null)
 441     {
 442       keyboardNo2 = new StringBuffer();
 443     }
 444     else
 445     {
 446       seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;
 447       seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo2() - 1;
 448       scrollToVisible(true);
 449     }
 450   }
 451
 452   void setCursorPosition()
 453   {
 454     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);
 455
 456     seqCanvas.cursorX = sequence.findIndex(getKeyboardNo1()) - 1;
 457     scrollToVisible(true);
 458   }
 459
 460   void moveCursor(int dx, int dy)
 461   {
 462     seqCanvas.cursorX += dx;
 463     seqCanvas.cursorY += dy;
 464
 465     HiddenColumns hidden = av.getAlignment().getHiddenColumns();
 466
 467     if (av.hasHiddenColumns() && !hidden.isVisible(seqCanvas.cursorX))
 468     {
 469       int original = seqCanvas.cursorX - dx;
 470       int maxWidth = av.getAlignment().getWidth();
 471
 472       if (!hidden.isVisible(seqCanvas.cursorX))
 473       {
 474         int visx = hidden.absoluteToVisibleColumn(seqCanvas.cursorX - dx);
 475         int[] region = hidden.getRegionWithEdgeAtRes(visx);
 476
 477         if (region != null) // just in case
 478         {
 479           if (dx == 1)
 480           {
 481             // moving right
 482             seqCanvas.cursorX = region[1] + 1;
 483           }
 484           else if (dx == -1)
 485           {
 486             // moving left
 487             seqCanvas.cursorX = region[0] - 1;
 488           }
 489         }
 490         seqCanvas.cursorX = (seqCanvas.cursorX < 0) ? 0 : seqCanvas.cursorX;
 491       }
 492
 493       if (seqCanvas.cursorX >= maxWidth
 494               || !hidden.isVisible(seqCanvas.cursorX))
 495       {
 496         seqCanvas.cursorX = original;
 497       }
 498     }
 499
 500     scrollToVisible(false);
 501   }
 502
 503   /**
 504    * Scroll to make the cursor visible in the viewport.
 505    *
 506    * @param jump
 507    *          just jump to the location rather than scrolling
 508    */
 509   void scrollToVisible(boolean jump)
 510   {
 511     if (seqCanvas.cursorX < 0)
 512     {
 513       seqCanvas.cursorX = 0;
 514     }
 515     else if (seqCanvas.cursorX > av.getAlignment().getWidth() - 1)
 516     {
 517       seqCanvas.cursorX = av.getAlignment().getWidth() - 1;
 518     }
 519
 520     if (seqCanvas.cursorY < 0)
 521     {
 522       seqCanvas.cursorY = 0;
 523     }
 524     else if (seqCanvas.cursorY > av.getAlignment().getHeight() - 1)
 525     {
 526       seqCanvas.cursorY = av.getAlignment().getHeight() - 1;
 527     }
 528
 529     endEditing();
 530
 531     boolean repaintNeeded = true;
 532     if (jump)
 533     {
 534       // only need to repaint if the viewport did not move, as otherwise it will
 535       // get a repaint
 536       repaintNeeded = !av.getRanges().setViewportLocation(seqCanvas.cursorX,
 537               seqCanvas.cursorY);
 538     }
 539     else
 540     {
 541       if (av.getWrapAlignment())
 542       {
 543         // scrollToWrappedVisible expects x-value to have hidden cols subtracted
 544         int x = av.getAlignment().getHiddenColumns()
 545                 .absoluteToVisibleColumn(seqCanvas.cursorX);
 546         av.getRanges().scrollToWrappedVisible(x);
 547       }
 548       else
 549       {
 550         av.getRanges().scrollToVisible(seqCanvas.cursorX,
 551                 seqCanvas.cursorY);
 552       }
 553     }
 554
 555     if (av.getAlignment().getHiddenColumns().isVisible(seqCanvas.cursorX))
 556     {
 557       setStatusMessage(av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY),
 558             seqCanvas.cursorX, seqCanvas.cursorY);
 559     }
 560
 561     if (repaintNeeded)
 562     {
 563       seqCanvas.repaint();
 564     }
 565   }
 566
 567
 568   void setSelectionAreaAtCursor(boolean topLeft)
 569   {
 570     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);
 571
 572     if (av.getSelectionGroup() != null)
 573     {
 574       SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
 575       // Find the top and bottom of this group
 576       int min = av.getAlignment().getHeight(), max = 0;
 577       for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)
 578       {
 579         int index = av.getAlignment().findIndex(sg.getSequenceAt(i));
 580         if (index > max)
 581         {
 582           max = index;
 583         }
 584         if (index < min)
 585         {
 586           min = index;
 587         }
 588       }
 589
 590       max++;
 591
 592       if (topLeft)
 593       {
 594         sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 595         if (sg.getEndRes() < seqCanvas.cursorX)
 596         {
 597           sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 598         }
 599
 600         min = seqCanvas.cursorY;
 601       }
 602       else
 603       {
 604         sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 605         if (sg.getStartRes() > seqCanvas.cursorX)
 606         {
 607           sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 608         }
 609
 610         max = seqCanvas.cursorY + 1;
 611       }
 612
 613       if (min > max)
 614       {
 615         // Only the user can do this
 616         av.setSelectionGroup(null);
 617       }
 618       else
 619       {
 620         // Now add any sequences between min and max
 621         sg.getSequences(null).clear();
 622         for (int i = min; i < max; i++)
 623         {
 624           sg.addSequence(av.getAlignment().getSequenceAt(i), false);
 625         }
 626       }
 627     }
 628
 629     if (av.getSelectionGroup() == null)
 630     {
 631       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 632       sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 633       sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 634       sg.addSequence(sequence, false);
 635       av.setSelectionGroup(sg);
 636     }
 637
 638     ap.paintAlignment(false, false);
 639     av.sendSelection();
 640   }
 641
 642   void insertGapAtCursor(boolean group)
 643   {
 644     groupEditing = group;
 645     startseq = seqCanvas.cursorY;
 646     lastres = seqCanvas.cursorX;
 647     editSequence(true, false, seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1());
 648     endEditing();
 649   }
 650
 651   void deleteGapAtCursor(boolean group)
 652   {
 653     groupEditing = group;
 654     startseq = seqCanvas.cursorY;
 655     lastres = seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1();
 656     editSequence(false, false, seqCanvas.cursorX);
 657     endEditing();
 658   }
 659
 660   void insertNucAtCursor(boolean group, String nuc)
 661   {
 662     // TODO not called - delete?
 663     groupEditing = group;
 664     startseq = seqCanvas.cursorY;
 665     lastres = seqCanvas.cursorX;
 666     editSequence(false, true, seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1());
 667     endEditing();
 668   }
 669
 670   void numberPressed(char value)
 671   {
 672     if (keyboardNo1 == null)
 673     {
 674       keyboardNo1 = new StringBuffer();
 675     }
 676
 677     if (keyboardNo2 != null)
 678     {
 679       keyboardNo2.append(value);
 680     }
 681     else
 682     {
 683       keyboardNo1.append(value);
 684     }
 685   }
 686
 687   int getKeyboardNo1()
 688   {
 689     try
 690     {
 691       if (keyboardNo1 != null)
 692       {
 693         int value = Integer.parseInt(keyboardNo1.toString());
 694         keyboardNo1 = null;
 695         return value;
 696       }
 697     } catch (Exception x)
 698     {
 699     }
 700     keyboardNo1 = null;
 701     return 1;
 702   }
 703
 704   int getKeyboardNo2()
 705   {
 706     try
 707     {
 708       if (keyboardNo2 != null)
 709       {
 710         int value = Integer.parseInt(keyboardNo2.toString());
 711         keyboardNo2 = null;
 712         return value;
 713       }
 714     } catch (Exception x)
 715     {
 716     }
 717     keyboardNo2 = null;
 718     return 1;
 719   }
 720
 721   /**
 722    * DOCUMENT ME!
 723    *
 724    * @param evt
 725    *          DOCUMENT ME!
 726    */
 727   @Override
 728   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 729   {
 730     MousePos pos = findMousePosition(evt);
 731     if (pos.annotationIndex != -1)
 732     {
 733       // mouse is over annotation row in wrapped mode
 734       return;
 735     }
 736
 737     boolean didDrag = mouseDragging; // did we come here after a drag
 738     mouseDragging = false;
 739     mouseWheelPressed = false;
 740
 741     if (evt.isPopupTrigger()) // Windows: mouseReleased
 742     {
 743       showPopupMenu(evt, pos);
 744       evt.consume();
 745       return;
 746     }
 747
 748     if (!editingSeqs)
 749     {
 750       doMouseReleasedDefineMode(evt, didDrag);
 751       return;
 752     }
 753
 754     endEditing();
 755   }
 756
 757   /**
 758    * DOCUMENT ME!
 759    *
 760    * @param evt
 761    *          DOCUMENT ME!
 762    */
 763   @Override
 764   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 765   {
 766     lastMousePress = evt.getPoint();
 767     MousePos pos = findMousePosition(evt);
 768     if (pos.annotationIndex != -1)
 769     {
 770       // mouse is over an annotation row in wrapped mode
 771       return;
 772     }
 773
 774     if (SwingUtilities.isMiddleMouseButton(evt))
 775     {
 776       mouseWheelPressed = true;
 777       return;
 778     }
 779
 780     boolean isControlDown = Platform.isControlDown(evt);
 781     if (evt.isShiftDown() || isControlDown)
 782     {
 783       editingSeqs = true;
 784       if (isControlDown)
 785       {
 786         groupEditing = true;
 787       }
 788     }
 789     else
 790     {
 791       doMousePressedDefineMode(evt, pos);
 792       return;
 793     }
 794
 795     int seq = pos.seqIndex;
 796     int res = pos.column;
 797
 798     if (seq < 0 || res < 0)
 799     {
 800       return;
 801     }
 802
 803     if ((seq < av.getAlignment().getHeight())
 804             && (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))
 805     {
 806       startseq = seq;
 807       lastres = res;
 808     }
 809     else
 810     {
 811       startseq = -1;
 812       lastres = -1;
 813     }
 814
 815     return;
 816   }
 817
 818   String lastMessage;
 819
 820   @Override
 821   public void mouseOverSequence(SequenceI sequence, int index, int pos)
 822   {
 823     String tmp = sequence.hashCode() + " " + index + " " + pos;
 824
 825     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(tmp))
 826     {
 827       // System.err.println("mouseOver Sequence: "+tmp);
 828       ssm.mouseOverSequence(sequence, index, pos, av);
 829     }
 830     lastMessage = tmp;
 831   }
 832
 833   /**
 834    * Highlight the mapped region described by the search results object (unless
 835    * unchanged). This supports highlight of protein while mousing over linked
 836    * cDNA and vice versa. The status bar is also updated to show the location of
 837    * the start of the highlighted region.
 838    */
 839   @Override
 840   public void highlightSequence(SearchResultsI results)
 841   {
 842     if (results == null || results.equals(lastSearchResults))
 843     {
 844       return;
 845     }
 846     lastSearchResults = results;
 847
 848     boolean wasScrolled = false;
 849
 850     if (av.isFollowHighlight())
 851     {
 852       // don't allow highlight of protein/cDNA to also scroll a complementary
 853       // panel,as this sets up a feedback loop (scrolling panel 1 causes moused
 854       // over residue to change abruptly, causing highlighted residue in panel 2
 855       // to change, causing a scroll in panel 1 etc)
 856       ap.setToScrollComplementPanel(false);
 857       wasScrolled = ap.scrollToPosition(results, false);
 858       if (wasScrolled)
 859       {
 860         seqCanvas.revalidate();
 861       }
 862       ap.setToScrollComplementPanel(true);
 863     }
 864
 865     boolean noFastPaint = wasScrolled && av.getWrapAlignment();
 866     if (seqCanvas.highlightSearchResults(results, noFastPaint))
 867     {
 868       setStatusMessage(results);
 869     }
 870   }
 871
 872   @Override
 873   public VamsasSource getVamsasSource()
 874   {
 875     return this.ap == null ? null : this.ap.av;
 876   }
 877
 878   @Override
 879   public void updateColours(SequenceI seq, int index)
 880   {
 881     System.out.println("update the seqPanel colours");
 882     // repaint();
 883   }
 884
 885   /**
 886    * Action on mouse movement is to update the status bar to show the current
 887    * sequence position, and (if features are shown) to show any features at the
 888    * position in a tooltip. Does nothing if the mouse move does not change
 889    * residue position.
 890    *
 891    * @param evt
 892    */
 893   @Override
 894   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 895   {
 896     if (editingSeqs)
 897     {
 898       // This is because MacOSX creates a mouseMoved
 899       // If control is down, other platforms will not.
 900       mouseDragged(evt);
 901     }
 902
 903     final MousePos mousePos = findMousePosition(evt);
 904     if (mousePos.equals(lastMousePosition))
 905     {
 906       /*
 907        * just a pixel move without change of 'cell'
 908        */
 909       return;
 910     }
 911     lastMousePosition = mousePos;
 912
 913     if (mousePos.isOverAnnotation())
 914     {
 915       mouseMovedOverAnnotation(mousePos);
 916       return;
 917     }
 918     final int seq = mousePos.seqIndex;
 919
 920     final int column = mousePos.column;
 921     if (column < 0 || seq < 0 || seq >= av.getAlignment().getHeight())
 922     {
 923       lastMousePosition = null;
 924       setToolTipText(null);
 925       lastTooltip = null;
 926       ap.alignFrame.statusBar.setText("");
 927       return;
 928     }
 929
 930     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
 931
 932     if (column >= sequence.getLength())
 933     {
 934       return;
 935     }
 936
 937     /*
 938      * set status bar message, returning residue position in sequence
 939      */
 940     boolean isGapped = Comparison.isGap(sequence.getCharAt(column));
 941     final int pos = setStatusMessage(sequence, column, seq);
 942     if (ssm != null && !isGapped)
 943     {
 944       mouseOverSequence(sequence, column, pos);
 945     }
 946
 947     tooltipText.setLength(6); // Cuts the buffer back to <html>
 948
 949     SequenceGroup[] groups = av.getAlignment().findAllGroups(sequence);
 950     if (groups != null)
 951     {
 952       for (int g = 0; g < groups.length; g++)
 953       {
 954         if (groups[g].getStartRes() <= column
 955                 && groups[g].getEndRes() >= column)
 956         {
 957           if (!groups[g].getName().startsWith("JTreeGroup")
 958                   && !groups[g].getName().startsWith("JGroup"))
 959           {
 960             tooltipText.append(groups[g].getName());
 961           }
 962
 963           if (groups[g].getDescription() != null)
 964           {
 965             tooltipText.append(": " + groups[g].getDescription());
 966           }
 967         }
 968       }
 969     }
 970
 971     /*
 972      * add any features at the position to the tooltip; if over a gap, only
 973      * add features that straddle the gap (pos may be the residue before or
 974      * after the gap)
 975      */
 976     if (av.isShowSequenceFeatures())
 977     {
 978       List<SequenceFeature> features = ap.getFeatureRenderer()
 979               .findFeaturesAtColumn(sequence, column + 1);
 980       seqARep.appendFeatures(tooltipText, pos, features,
 981               this.ap.getSeqPanel().seqCanvas.fr);
 982     }
 983     if (tooltipText.length() == 6) // <html>
 984     {
 985       setToolTipText(null);
 986       lastTooltip = null;
 987     }
 988     else
 989     {
 990       if (tooltipText.length() > MAX_TOOLTIP_LENGTH) // constant
 991       {
 992         tooltipText.setLength(MAX_TOOLTIP_LENGTH);
 993         tooltipText.append("...");
 994       }
 995       String textString = tooltipText.toString();
 996       if (lastTooltip == null || !lastTooltip.equals(textString))
 997       {
 998         String formattedTooltipText = JvSwingUtils.wrapTooltip(true,
 999                 textString);
1000         setToolTipText(formattedTooltipText);
1001         lastTooltip = textString;
1002       }
1003     }
1004   }
1005
1006   /**
1007    * When the view is in wrapped mode, and the mouse is over an annotation row,
1008    * shows the corresponding tooltip and status message (if any)
1009    *
1010    * @param pos
1011    * @param column
1012    */
1013   protected void mouseMovedOverAnnotation(MousePos pos)
1014   {
1015     final int column = pos.column;
1016     final int rowIndex = pos.annotationIndex;
1017
1018     if (!av.getWrapAlignment() || !av.isShowAnnotation() || rowIndex < 0)
1019     {
1020       return;
1021     }
1022     AlignmentAnnotation[] anns = av.getAlignment().getAlignmentAnnotation();
1023
1024     String tooltip = AnnotationPanel.buildToolTip(anns[rowIndex], column,
1025             anns);
1026     setToolTipText(tooltip);
1027     lastTooltip = tooltip;
1028
1029     String msg = AnnotationPanel.getStatusMessage(av.getAlignment(), column,
1030             anns[rowIndex]);
1031     ap.alignFrame.statusBar.setText(msg);
1032   }
1033
1034   private Point lastp = null;
1035
1036   /*
1037    * (non-Javadoc)
1038    *
1039    * @see javax.swing.JComponent#getToolTipLocation(java.awt.event.MouseEvent)
1040    */
1041   @Override
1042   public Point getToolTipLocation(MouseEvent event)
1043   {
1044     if (tooltipText == null || tooltipText.length() <= 6)
1045     {
1046       lastp = null;
1047       return null;
1048     }
1049
1050     int x = event.getX();
1051     int w = getWidth();
1052     // switch sides when tooltip is too close to edge
1053     int wdth = (w - x < 200) ? -(w / 2) : 5;
1054     Point p = lastp;
1055     if (!event.isShiftDown() || p == null)
1056     {
1057       p = new Point(event.getX() + wdth, event.getY() - 20);
1058       lastp = p;
1059     }
1060     /*
1061      * TODO: try to set position so region is not obscured by tooltip
1062      */
1063     return p;
1064   }
1065
1066   String lastTooltip;
1067
1068   /**
1069    * set when the current UI interaction has resulted in a change that requires
1070    * shading in overviews and structures to be recalculated. this could be
1071    * changed to a something more expressive that indicates what actually has
1072    * changed, so selective redraws can be applied (ie. only structures, only
1073    * overview, etc)
1074    */
1075   private boolean updateOverviewAndStructs = false; // TODO: refactor to avcontroller
1076
1077   /**
1078    * set if av.getSelectionGroup() refers to a group that is defined on the
1079    * alignment view, rather than a transient selection
1080    */
1081   // private boolean editingDefinedGroup = false; // TODO: refactor to
1082   // avcontroller or viewModel
1083
1084   /**
1085    * Sets the status message in alignment panel, showing the sequence number
1086    * (index) and id, and residue and residue position if not at a gap, for the
1087    * given sequence and column position. Returns the residue position returned
1088    * by Sequence.findPosition. Note this may be for the nearest adjacent residue
1089    * if at a gapped position.
1090    *
1091    * @param sequence
1092    *          aligned sequence object
1093    * @param column
1094    *          alignment column
1095    * @param seqIndex
1096    *          index of sequence in alignment
1097    * @return sequence position of residue at column, or adjacent residue if at a
1098    *         gap
1099    */
1100   int setStatusMessage(SequenceI sequence, final int column, int seqIndex)
1101   {
1102     char sequenceChar = sequence.getCharAt(column);
1103     int pos = sequence.findPosition(column);
1104     setStatusMessage(sequence, seqIndex, sequenceChar, pos);
1105
1106     return pos;
1107   }
1108
1109   /**
1110    * Builds the status message for the current cursor location and writes it to
1111    * the status bar, for example
1112    *
1113    * <pre>
1114    * Sequence 3 ID: FER1_SOLLC
1115    * Sequence 5 ID: FER1_PEA Residue: THR (4)
1116    * Sequence 5 ID: FER1_PEA Residue: B (3)
1117    * Sequence 6 ID: O.niloticus.3 Nucleotide: Uracil (2)
1118    * </pre>
1119    *
1120    * @param sequence
1121    * @param seqIndex
1122    *          sequence position in the alignment (1..)
1123    * @param sequenceChar
1124    *          the character under the cursor
1125    * @param residuePos
1126    *          the sequence residue position (if not over a gap)
1127    */
1128   protected void setStatusMessage(SequenceI sequence, int seqIndex,
1129           char sequenceChar, int residuePos)
1130   {
1131     StringBuilder text = new StringBuilder(32);
1132
1133     /*
1134      * Sequence number (if known), and sequence name.
1135      */
1136     String seqno = seqIndex == -1 ? "" : " " + (seqIndex + 1);
1137     text.append("Sequence").append(seqno).append(" ID: ")
1138             .append(sequence.getName());
1139
1140     String residue = null;
1141
1142     /*
1143      * Try to translate the display character to residue name (null for gap).
1144      */
1145     boolean isGapped = Comparison.isGap(sequenceChar);
1146
1147     if (!isGapped)
1148     {
1149       boolean nucleotide = av.getAlignment().isNucleotide();
1150       String displayChar = String.valueOf(sequenceChar);
1151       if (nucleotide)
1152       {
1153         residue = ResidueProperties.nucleotideName.get(displayChar);
1154       }
1155       else
1156       {
1157         residue = "X".equalsIgnoreCase(displayChar) ? "X"
1158                 : ("*".equals(displayChar) ? "STOP"
1159                         : ResidueProperties.aa2Triplet.get(displayChar));
1160       }
1161       text.append(" ").append(nucleotide ? "Nucleotide" : "Residue")
1162               .append(": ").append(residue == null ? displayChar : residue);
1163
1164       text.append(" (").append(Integer.toString(residuePos)).append(")");
1165     }
1166     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());
1167   }
1168
1169   /**
1170    * Set the status bar message to highlight the first matched position in
1171    * search results.
1172    *
1173    * @param results
1174    */
1175   private void setStatusMessage(SearchResultsI results)
1176   {
1177     AlignmentI al = this.av.getAlignment();
1178     int sequenceIndex = al.findIndex(results);
1179     if (sequenceIndex == -1)
1180     {
1181       return;
1182     }
1183     SequenceI ds = al.getSequenceAt(sequenceIndex).getDatasetSequence();
1184     for (SearchResultMatchI m : results.getResults())
1185     {
1186       SequenceI seq = m.getSequence();
1187       if (seq.getDatasetSequence() != null)
1188       {
1189         seq = seq.getDatasetSequence();
1190       }
1191
1192       if (seq == ds)
1193       {
1194         int start = m.getStart();
1195         setStatusMessage(seq, sequenceIndex, seq.getCharAt(start - 1),
1196                 start);
1197         return;
1198       }
1199     }
1200   }
1201
1202   /**
1203    * {@inheritDoc}
1204    */
1205   @Override
1206   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
1207   {
1208     MousePos pos = findMousePosition(evt);
1209     if (pos.isOverAnnotation())
1210     {
1211       // mouse is over annotation row in wrapped mode
1212       return;
1213     }
1214
1215     if (mouseWheelPressed)
1216     {
1217       boolean inSplitFrame = ap.av.getCodingComplement() != null;
1218       boolean copyChanges = inSplitFrame && av.isProteinFontAsCdna();
1219
1220       int oldWidth = av.getCharWidth();
1221
1222       // Which is bigger, left-right or up-down?
1223       if (Math.abs(evt.getY() - lastMousePress.getY()) > Math
1224               .abs(evt.getX() - lastMousePress.getX()))
1225       {
1226         /*
1227          * on drag up or down, decrement or increment font size
1228          */
1229         int fontSize = av.font.getSize();
1230         boolean fontChanged = false;
1231
1232         if (evt.getY() < lastMousePress.getY())
1233         {
1234           fontChanged = true;
1235           fontSize--;
1236         }
1237         else if (evt.getY() > lastMousePress.getY())
1238         {
1239           fontChanged = true;
1240           fontSize++;
1241         }
1242
1243         if (fontSize < 1)
1244         {
1245           fontSize = 1;
1246         }
1247
1248         if (fontChanged)
1249         {
1250           Font newFont = new Font(av.font.getName(), av.font.getStyle(),
1251                   fontSize);
1252           av.setFont(newFont, true);
1253           av.setCharWidth(oldWidth);
1254           ap.fontChanged();
1255           if (copyChanges)
1256           {
1257             ap.av.getCodingComplement().setFont(newFont, true);
1258             SplitFrame splitFrame = (SplitFrame) ap.alignFrame
1259                     .getSplitViewContainer();
1260             splitFrame.adjustLayout();
1261             splitFrame.repaint();
1262           }
1263         }
1264       }
1265       else
1266       {
1267         /*
1268          * on drag left or right, decrement or increment character width
1269          */
1270         int newWidth = 0;
1271         if (evt.getX() < lastMousePress.getX() && av.getCharWidth() > 1)
1272         {
1273           newWidth = av.getCharWidth() - 1;
1274           av.setCharWidth(newWidth);
1275         }
1276         else if (evt.getX() > lastMousePress.getX())
1277         {
1278           newWidth = av.getCharWidth() + 1;
1279           av.setCharWidth(newWidth);
1280         }
1281         if (newWidth > 0)
1282         {
1283           ap.paintAlignment(false, false);
1284           if (copyChanges)
1285           {
1286             /*
1287              * need to ensure newWidth is set on cdna, regardless of which
1288              * panel the mouse drag happened in; protein will compute its
1289              * character width as 1:1 or 3:1
1290              */
1291             av.getCodingComplement().setCharWidth(newWidth);
1292             SplitFrame splitFrame = (SplitFrame) ap.alignFrame
1293                     .getSplitViewContainer();
1294             splitFrame.adjustLayout();
1295             splitFrame.repaint();
1296           }
1297         }
1298       }
1299
1300       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
1301       av.validCharWidth = fm.charWidth('M') <= av.getCharWidth();
1302
1303       lastMousePress = evt.getPoint();
1304
1305       return;
1306     }
1307
1308     if (!editingSeqs)
1309     {
1310       doMouseDraggedDefineMode(evt);
1311       return;
1312     }
1313
1314     int res = pos.column;
1315
1316     if (res < 0)
1317     {
1318       res = 0;
1319     }
1320
1321     if ((lastres == -1) || (lastres == res))
1322     {
1323       return;
1324     }
1325
1326     if ((res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))
1327     {
1328       // dragLeft, delete gap
1329       editSequence(false, false, res);
1330     }
1331     else
1332     {
1333       editSequence(true, false, res);
1334     }
1335
1336     mouseDragging = true;
1337     if ((scrollThread != null) && (scrollThread.isRunning()))
1338     {
1339       scrollThread.setEvent(evt);
1340     }
1341   }
1342
1343   // TODO: Make it more clever than many booleans
1344   synchronized void editSequence(boolean insertGap, boolean editSeq,
1345           int startres)
1346   {
1347     int fixedLeft = -1;
1348     int fixedRight = -1;
1349     boolean fixedColumns = false;
1350     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
1351
1352     SequenceI seq = av.getAlignment().getSequenceAt(startseq);
1353
1354     // No group, but the sequence may represent a group
1355     if (!groupEditing && av.hasHiddenRows())
1356     {
1357       if (av.isHiddenRepSequence(seq))
1358       {
1359         sg = av.getRepresentedSequences(seq);
1360         groupEditing = true;
1361       }
1362     }
1363
1364     StringBuilder message = new StringBuilder(64);
1365     if (groupEditing)
1366     {
1367       message.append("Edit group:");
1368       if (editCommand == null)
1369       {
1370         editCommand = new EditCommand(
1371                 MessageManager.getString("action.edit_group"));
1372       }
1373     }
1374     else
1375     {
1376       message.append("Edit sequence: " + seq.getName());
1377       String label = seq.getName();
1378       if (label.length() > 10)
1379       {
1380         label = label.substring(0, 10);
1381       }
1382       if (editCommand == null)
1383       {
1384         editCommand = new EditCommand(MessageManager
1385                 .formatMessage("label.edit_params", new String[]
1386                 { label }));
1387       }
1388     }
1389
1390     if (insertGap)
1391     {
1392       message.append(" insert ");
1393     }
1394     else
1395     {
1396       message.append(" delete ");
1397     }
1398
1399     message.append(Math.abs(startres - lastres) + " gaps.");
1400     ap.alignFrame.statusBar.setText(message.toString());
1401
1402     // Are we editing within a selection group?
1403     if (groupEditing || (sg != null
1404             && sg.getSequences(av.getHiddenRepSequences()).contains(seq)))
1405     {
1406       fixedColumns = true;
1407
1408       // sg might be null as the user may only see 1 sequence,
1409       // but the sequence represents a group
1410       if (sg == null)
1411       {
1412         if (!av.isHiddenRepSequence(seq))
1413         {
1414           endEditing();
1415           return;
1416         }
1417         sg = av.getRepresentedSequences(seq);
1418       }
1419
1420       fixedLeft = sg.getStartRes();
1421       fixedRight = sg.getEndRes();
1422
1423       if ((startres < fixedLeft && lastres >= fixedLeft)
1424               || (startres >= fixedLeft && lastres < fixedLeft)
1425               || (startres > fixedRight && lastres <= fixedRight)
1426               || (startres <= fixedRight && lastres > fixedRight))
1427       {
1428         endEditing();
1429         return;
1430       }
1431
1432       if (fixedLeft > startres)
1433       {
1434         fixedRight = fixedLeft - 1;
1435         fixedLeft = 0;
1436       }
1437       else if (fixedRight < startres)
1438       {
1439         fixedLeft = fixedRight;
1440         fixedRight = -1;
1441       }
1442     }
1443
1444     if (av.hasHiddenColumns())
1445     {
1446       fixedColumns = true;
1447       int y1 = av.getAlignment().getHiddenColumns()
1448               .getNextHiddenBoundary(true, startres);
1449       int y2 = av.getAlignment().getHiddenColumns()
1450               .getNextHiddenBoundary(false, startres);
1451
1452       if ((insertGap && startres > y1 && lastres < y1)
1453               || (!insertGap && startres < y2 && lastres > y2))
1454       {
1455         endEditing();
1456         return;
1457       }
1458
1459       // System.out.print(y1+" "+y2+" "+fixedLeft+" "+fixedRight+"~~");
1460       // Selection spans a hidden region
1461       if (fixedLeft < y1 && (fixedRight > y2 || fixedRight == -1))
1462       {
1463         if (startres >= y2)
1464         {
1465           fixedLeft = y2;
1466         }
1467         else
1468         {
1469           fixedRight = y2 - 1;
1470         }
1471       }
1472     }
1473
1474     if (groupEditing)
1475     {
1476       List<SequenceI> vseqs = sg.getSequences(av.getHiddenRepSequences());
1477       int g, groupSize = vseqs.size();
1478       SequenceI[] groupSeqs = new SequenceI[groupSize];
1479       for (g = 0; g < groupSeqs.length; g++)
1480       {
1481         groupSeqs[g] = vseqs.get(g);
1482       }
1483
1484       // drag to right
1485       if (insertGap)
1486       {
1487         // If the user has selected the whole sequence, and is dragging to
1488         // the right, we can still extend the alignment and selectionGroup
1489         if (sg.getStartRes() == 0 && sg.getEndRes() == fixedRight
1490                 && sg.getEndRes() == av.getAlignment().getWidth() - 1)
1491         {
1492           sg.setEndRes(av.getAlignment().getWidth() + startres - lastres);
1493           fixedRight = sg.getEndRes();
1494         }
1495
1496         // Is it valid with fixed columns??
1497         // Find the next gap before the end
1498         // of the visible region boundary
1499         boolean blank = false;
1500         for (; fixedRight > lastres; fixedRight--)
1501         {
1502           blank = true;
1503
1504           for (g = 0; g < groupSize; g++)
1505           {
1506             for (int j = 0; j < startres - lastres; j++)
1507             {
1508               if (!Comparison.isGap(groupSeqs[g].getCharAt(fixedRight - j)))
1509               {
1510                 blank = false;
1511                 break;
1512               }
1513             }
1514           }
1515           if (blank)
1516           {
1517             break;
1518           }
1519         }
1520
1521         if (!blank)
1522         {
1523           if (sg.getSize() == av.getAlignment().getHeight())
1524           {
1525             if ((av.hasHiddenColumns() && startres < av.getAlignment()
1526                     .getHiddenColumns()
1527                     .getNextHiddenBoundary(false, startres)))
1528             {
1529               endEditing();
1530               return;
1531             }
1532
1533             int alWidth = av.getAlignment().getWidth();
1534             if (av.hasHiddenRows())
1535             {
1536               int hwidth = av.getAlignment().getHiddenSequences()
1537                       .getWidth();
1538               if (hwidth > alWidth)
1539               {
1540                 alWidth = hwidth;
1541               }
1542             }
1543             // We can still insert gaps if the selectionGroup
1544             // contains all the sequences
1545             sg.setEndRes(sg.getEndRes() + startres - lastres);
1546             fixedRight = alWidth + startres - lastres;
1547           }
1548           else
1549           {
1550             endEditing();
1551             return;
1552           }
1553         }
1554       }
1555
1556       // drag to left
1557       else if (!insertGap)
1558       {
1559         // / Are we able to delete?
1560         // ie are all columns blank?
1561
1562         for (g = 0; g < groupSize; g++)
1563         {
1564           for (int j = startres; j < lastres; j++)
1565           {
1566             if (groupSeqs[g].getLength() <= j)
1567             {
1568               continue;
1569             }
1570
1571             if (!Comparison.isGap(groupSeqs[g].getCharAt(j)))
1572             {
1573               // Not a gap, block edit not valid
1574               endEditing();
1575               return;
1576             }
1577           }
1578         }
1579       }
1580
1581       if (insertGap)
1582       {
1583         // dragging to the right
1584         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1585         {
1586           for (int j = lastres; j < startres; j++)
1587           {
1588             insertChar(j, groupSeqs, fixedRight);
1589           }
1590         }
1591         else
1592         {
1593           appendEdit(Action.INSERT_GAP, groupSeqs, startres,
1594                   startres - lastres);
1595         }
1596       }
1597       else
1598       {
1599         // dragging to the left
1600         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1601         {
1602           for (int j = lastres; j > startres; j--)
1603           {
1604             deleteChar(startres, groupSeqs, fixedRight);
1605           }
1606         }
1607         else
1608         {
1609           appendEdit(Action.DELETE_GAP, groupSeqs, startres,
1610                   lastres - startres);
1611         }
1612
1613       }
1614     }
1615     else
1616     // ///Editing a single sequence///////////
1617     {
1618       if (insertGap)
1619       {
1620         // dragging to the right
1621         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1622         {
1623           for (int j = lastres; j < startres; j++)
1624           {
1625             insertChar(j, new SequenceI[] { seq }, fixedRight);
1626           }
1627         }
1628         else
1629         {
1630           appendEdit(Action.INSERT_GAP, new SequenceI[] { seq }, lastres,
1631                   startres - lastres);
1632         }
1633       }
1634       else
1635       {
1636         if (!editSeq)
1637         {
1638           // dragging to the left
1639           if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1640           {
1641             for (int j = lastres; j > startres; j--)
1642             {
1643               if (!Comparison.isGap(seq.getCharAt(startres)))
1644               {
1645                 endEditing();
1646                 break;
1647               }
1648               deleteChar(startres, new SequenceI[] { seq }, fixedRight);
1649             }
1650           }
1651           else
1652           {
1653             // could be a keyboard edit trying to delete none gaps
1654             int max = 0;
1655             for (int m = startres; m < lastres; m++)
1656             {
1657               if (!Comparison.isGap(seq.getCharAt(m)))
1658               {
1659                 break;
1660               }
1661               max++;
1662             }
1663
1664             if (max > 0)
1665             {
1666               appendEdit(Action.DELETE_GAP, new SequenceI[] { seq },
1667                       startres, max);
1668             }
1669           }
1670         }
1671         else
1672         {// insertGap==false AND editSeq==TRUE;
1673           if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1674           {
1675             for (int j = lastres; j < startres; j++)
1676             {
1677               insertChar(j, new SequenceI[] { seq }, fixedRight);
1678             }
1679           }
1680           else
1681           {
1682             appendEdit(Action.INSERT_NUC, new SequenceI[] { seq }, lastres,
1683                     startres - lastres);
1684           }
1685         }
1686       }
1687     }
1688
1689     lastres = startres;
1690     seqCanvas.repaint();
1691   }
1692
1693   void insertChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)
1694   {
1695     int blankColumn = fixedColumn;
1696     for (int s = 0; s < seq.length; s++)
1697     {
1698       // Find the next gap before the end of the visible region boundary
1699       // If lastCol > j, theres a boundary after the gap insertion
1700
1701       for (blankColumn = fixedColumn; blankColumn > j; blankColumn--)
1702       {
1703         if (Comparison.isGap(seq[s].getCharAt(blankColumn)))
1704         {
1705           // Theres a space, so break and insert the gap
1706           break;
1707         }
1708       }
1709
1710       if (blankColumn <= j)
1711       {
1712         blankColumn = fixedColumn;
1713         endEditing();
1714         return;
1715       }
1716     }
1717
1718     appendEdit(Action.DELETE_GAP, seq, blankColumn, 1);
1719
1720     appendEdit(Action.INSERT_GAP, seq, j, 1);
1721
1722   }
1723
1724   /**
1725    * Helper method to add and perform one edit action.
1726    *
1727    * @param action
1728    * @param seq
1729    * @param pos
1730    * @param count
1731    */
1732   protected void appendEdit(Action action, SequenceI[] seq, int pos,
1733           int count)
1734   {
1735
1736     final Edit edit = new EditCommand().new Edit(action, seq, pos, count,
1737             av.getAlignment().getGapCharacter());
1738
1739     editCommand.appendEdit(edit, av.getAlignment(), true, null);
1740   }
1741
1742   void deleteChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)
1743   {
1744
1745     appendEdit(Action.DELETE_GAP, seq, j, 1);
1746
1747     appendEdit(Action.INSERT_GAP, seq, fixedColumn, 1);
1748   }
1749
1750   /**
1751    * DOCUMENT ME!
1752    *
1753    * @param e
1754    *          DOCUMENT ME!
1755    */
1756   @Override
1757   public void mouseEntered(MouseEvent e)
1758   {
1759     if (oldSeq < 0)
1760     {
1761       oldSeq = 0;
1762     }
1763
1764     if ((scrollThread != null) && (scrollThread.isRunning()))
1765     {
1766       scrollThread.stopScrolling();
1767       scrollThread = null;
1768     }
1769   }
1770
1771   /**
1772    * DOCUMENT ME!
1773    *
1774    * @param e
1775    *          DOCUMENT ME!
1776    */
1777   @Override
1778   public void mouseExited(MouseEvent e)
1779   {
1780     if (av.getWrapAlignment())
1781     {
1782       return;
1783     }
1784
1785     if (mouseDragging && scrollThread == null)
1786     {
1787       scrollThread = new ScrollThread();
1788     }
1789   }
1790
1791   /**
1792    * Handler for double-click on a position with one or more sequence features.
1793    * Opens the Amend Features dialog to allow feature details to be amended, or
1794    * the feature deleted.
1795    */
1796   @Override
1797   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
1798   {
1799     SequenceGroup sg = null;
1800     MousePos pos = findMousePosition(evt);
1801     if (pos.isOverAnnotation())
1802     {
1803       // mouse is over annotation label in wrapped mode
1804       return;
1805     }
1806
1807     if (evt.getClickCount() > 1)
1808     {
1809       sg = av.getSelectionGroup();
1810       if (sg != null && sg.getSize() == 1
1811               && sg.getEndRes() - sg.getStartRes() < 2)
1812       {
1813         av.setSelectionGroup(null);
1814       }
1815
1816       int column = pos.column;
1817
1818       /*
1819        * find features at the position (if not gapped), or straddling
1820        * the position (if at a gap)
1821        */
1822       SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(pos.seqIndex);// findSeq(evt));
1823       List<SequenceFeature> features = seqCanvas.getFeatureRenderer()
1824               .findFeaturesAtColumn(sequence, column + 1);
1825
1826       if (!features.isEmpty())
1827       {
1828         /*
1829          * highlight the first feature at the position on the alignment
1830          */
1831         SearchResultsI highlight = new SearchResults();
1832         highlight.addResult(sequence, features.get(0).getBegin(), features
1833                 .get(0).getEnd());
1834         seqCanvas.highlightSearchResults(highlight, false);
1835
1836         /*
1837          * open the Amend Features dialog; clear highlighting afterwards,
1838          * whether changes were made or not
1839          */
1840         List<SequenceI> seqs = Collections.singletonList(sequence);
1841         seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(seqs, features, false,
1842                 ap);
1843         av.setSearchResults(null); // clear highlighting
1844         seqCanvas.repaint(); // draw new/amended features
1845       }
1846     }
1847   }
1848
1849   @Override
1850   public void mouseWheelMoved(MouseWheelEvent e)
1851   {
1852     e.consume();
1853     double wheelRotation = e.getPreciseWheelRotation();
1854     if (wheelRotation > 0)
1855     {
1856       if (e.isShiftDown())
1857       {
1858         av.getRanges().scrollRight(true);
1859
1860       }
1861       else
1862       {
1863         av.getRanges().scrollUp(false);
1864       }
1865     }
1866     else if (wheelRotation < 0)
1867     {
1868       if (e.isShiftDown())
1869       {
1870         av.getRanges().scrollRight(false);
1871       }
1872       else
1873       {
1874         av.getRanges().scrollUp(true);
1875       }
1876     }
1877
1878     /*
1879      * update status bar and tooltip for new position
1880      * (need to synthesize a mouse movement to refresh tooltip)
1881      */
1882     mouseMoved(e);
1883     ToolTipManager.sharedInstance().mouseMoved(e);
1884   }
1885
1886   /**
1887    * DOCUMENT ME!
1888    *
1889    * @param pos
1890    *          DOCUMENT ME!
1891    */
1892   protected void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt, MousePos pos)
1893   {
1894     if (pos.isOverAnnotation())
1895     {
1896       // JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
1897       // MessageManager.getString(
1898       // "label.cannot_edit_annotations_in_wrapped_view"),
1899       // MessageManager.getString("label.wrapped_view_no_edit"),
1900       // JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1901       return;
1902     }
1903
1904     final int res = pos.column;
1905     final int seq = pos.seqIndex;
1906     oldSeq = seq;
1907     updateOverviewAndStructs = false;
1908
1909     startWrapBlock = wrappedBlock;
1910
1911     if (seq < 0 || res < 0)
1912     {
1913       return;
1914     }
1915
1916     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
1917
1918     if ((sequence == null) || (res > sequence.getLength()))
1919     {
1920       return;
1921     }
1922
1923     stretchGroup = av.getSelectionGroup();
1924
1925     if (stretchGroup == null || !stretchGroup.contains(sequence, res))
1926     {
1927       stretchGroup = av.getAlignment().findGroup(sequence, res);
1928       if (stretchGroup != null)
1929       {
1930         // only update the current selection if the popup menu has a group to
1931         // focus on
1932         av.setSelectionGroup(stretchGroup);
1933       }
1934     }
1935
1936     if (evt.isPopupTrigger()) // Mac: mousePressed
1937     {
1938       showPopupMenu(evt, pos);
1939       return;
1940     }
1941
1942     /*
1943      * defer right-mouse click handling to mouseReleased on Windows
1944      * (where isPopupTrigger() will answer true)
1945      * NB isRightMouseButton is also true for Cmd-click on Mac
1946      */
1947     if (SwingUtilities.isRightMouseButton(evt) && !Platform.isAMac())
1948     {
1949       return;
1950     }
1951
1952     if (av.cursorMode)
1953     {
1954       seqCanvas.cursorX = res;
1955       seqCanvas.cursorY = seq;
1956       seqCanvas.repaint();
1957       return;
1958     }
1959
1960     if (stretchGroup == null)
1961     {
1962       createStretchGroup(res, sequence);
1963     }
1964
1965     if (stretchGroup != null)
1966     {
1967       stretchGroup.addPropertyChangeListener(seqCanvas);
1968     }
1969
1970     seqCanvas.repaint();
1971   }
1972
1973   private void createStretchGroup(int res, SequenceI sequence)
1974   {
1975     // Only if left mouse button do we want to change group sizes
1976     // define a new group here
1977     SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
1978     sg.setStartRes(res);
1979     sg.setEndRes(res);
1980     sg.addSequence(sequence, false);
1981     av.setSelectionGroup(sg);
1982     stretchGroup = sg;
1983
1984     if (av.getConservationSelected())
1985     {
1986       SliderPanel.setConservationSlider(ap, av.getResidueShading(),
1987               ap.getViewName());
1988     }
1989
1990     if (av.getAbovePIDThreshold())
1991     {
1992       SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getResidueShading(),
1993               ap.getViewName());
1994     }
1995     // TODO: stretchGroup will always be not null. Is this a merge error ?
1996     // or is there a threading issue here?
1997     if ((stretchGroup != null) && (stretchGroup.getEndRes() == res))
1998     {
1999       // Edit end res position of selected group
2000       changeEndRes = true;
2001     }
2002     else if ((stretchGroup != null) && (stretchGroup.getStartRes() == res))
2003     {
2004       // Edit end res position of selected group
2005       changeStartRes = true;
2006     }
2007     stretchGroup.getWidth();
2008
2009   }
2010
2011   /**
2012    * Build and show a pop-up menu at the right-click mouse position
2013    *
2014    * @param evt
2015    * @param pos
2016    */
2017   void showPopupMenu(MouseEvent evt, MousePos pos)
2018   {
2019     final int column = pos.column;
2020     final int seq = pos.seqIndex;
2021     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
2022     List<SequenceFeature> features = ap.getFeatureRenderer()
2023             .findFeaturesAtColumn(sequence, column + 1);
2024
2025     PopupMenu pop = new PopupMenu(ap, null, features);
2026     pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());
2027   }
2028
2029   /**
2030    * Update the display after mouse up on a selection or group
2031    *
2032    * @param evt
2033    *          mouse released event details
2034    * @param afterDrag
2035    *          true if this event is happening after a mouse drag (rather than a
2036    *          mouse down)
2037    */
2038   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt, boolean afterDrag)
2039   {
2040     if (stretchGroup == null)
2041     {
2042       return;
2043     }
2044
2045     stretchGroup.removePropertyChangeListener(seqCanvas);
2046
2047     // always do this - annotation has own state
2048     // but defer colourscheme update until hidden sequences are passed in
2049     boolean vischange = stretchGroup.recalcConservation(true);
2050     updateOverviewAndStructs |= vischange && av.isSelectionDefinedGroup()
2051             && afterDrag;
2052     if (stretchGroup.cs != null)
2053     {
2054       stretchGroup.cs.alignmentChanged(stretchGroup,
2055               av.getHiddenRepSequences());
2056
2057       ResidueShaderI groupColourScheme = stretchGroup
2058               .getGroupColourScheme();
2059       String name = stretchGroup.getName();
2060       if (stretchGroup.cs.conservationApplied())
2061       {
2062         SliderPanel.setConservationSlider(ap, groupColourScheme, name);
2063       }
2064       if (stretchGroup.cs.getThreshold() > 0)
2065       {
2066         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, groupColourScheme, name);
2067       }
2068     }
2069     PaintRefresher.Refresh(this, av.getSequenceSetId());
2070     // TODO: structure colours only need updating if stretchGroup used to or now
2071     // does contain sequences with structure views
2072     ap.paintAlignment(updateOverviewAndStructs, updateOverviewAndStructs);
2073     updateOverviewAndStructs = false;
2074     changeEndRes = false;
2075     changeStartRes = false;
2076     stretchGroup = null;
2077     av.sendSelection();
2078   }
2079
2080   /**
2081    * DOCUMENT ME!
2082    *
2083    * @param evt
2084    *          DOCUMENT ME!
2085    */
2086   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)
2087   {
2088     MousePos pos = findMousePosition(evt);
2089     if (pos.isOverAnnotation())
2090     {
2091       // mouse is over annotation in wrapped mode
2092       return;
2093     }
2094
2095     int res = pos.column;
2096     int y = pos.seqIndex;
2097
2098     if (wrappedBlock != startWrapBlock)
2099     {
2100       return;
2101     }
2102
2103     if (stretchGroup == null)
2104     {
2105       return;
2106     }
2107
2108     if (res >= av.getAlignment().getWidth())
2109     {
2110       res = av.getAlignment().getWidth() - 1;
2111     }
2112
2113     if (stretchGroup.getEndRes() == res)
2114     {
2115       // Edit end res position of selected group
2116       changeEndRes = true;
2117     }
2118     else if (stretchGroup.getStartRes() == res)
2119     {
2120       // Edit start res position of selected group
2121       changeStartRes = true;
2122     }
2123
2124     if (res < av.getRanges().getStartRes())
2125     {
2126       res = av.getRanges().getStartRes();
2127     }
2128
2129     if (changeEndRes)
2130     {
2131       if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))
2132       {
2133         stretchGroup.setEndRes(res);
2134         updateOverviewAndStructs |= av.isSelectionDefinedGroup();
2135       }
2136     }
2137     else if (changeStartRes)
2138     {
2139       if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))
2140       {
2141         stretchGroup.setStartRes(res);
2142         updateOverviewAndStructs |= av.isSelectionDefinedGroup();
2143       }
2144     }
2145
2146     int dragDirection = 0;
2147
2148     if (y > oldSeq)
2149     {
2150       dragDirection = 1;
2151     }
2152     else if (y < oldSeq)
2153     {
2154       dragDirection = -1;
2155     }
2156
2157     while ((y != oldSeq) && (oldSeq > -1)
2158             && (y < av.getAlignment().getHeight()))
2159     {
2160       // This routine ensures we don't skip any sequences, as the
2161       // selection is quite slow.
2162       Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);
2163
2164       oldSeq += dragDirection;
2165
2166       if (oldSeq < 0)
2167       {
2168         break;
2169       }
2170
2171       Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);
2172
2173       if (stretchGroup.getSequences(null).contains(nextSeq))
2174       {
2175         stretchGroup.deleteSequence(seq, false);
2176         updateOverviewAndStructs |= av.isSelectionDefinedGroup();
2177       }
2178       else
2179       {
2180         if (seq != null)
2181         {
2182           stretchGroup.addSequence(seq, false);
2183         }
2184
2185         stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);
2186         updateOverviewAndStructs |= av.isSelectionDefinedGroup();
2187       }
2188     }
2189
2190     if (oldSeq < 0)
2191     {
2192       oldSeq = -1;
2193     }
2194
2195     mouseDragging = true;
2196
2197     if ((scrollThread != null) && (scrollThread.isRunning()))
2198     {
2199       scrollThread.setEvent(evt);
2200     }
2201   }
2202
2203   void scrollCanvas(MouseEvent evt)
2204   {
2205     if (evt == null)
2206     {
2207       if ((scrollThread != null) && (scrollThread.isRunning()))
2208       {
2209         scrollThread.stopScrolling();
2210         scrollThread = null;
2211       }
2212       mouseDragging = false;
2213     }
2214     else
2215     {
2216       if (scrollThread == null)
2217       {
2218         scrollThread = new ScrollThread();
2219       }
2220
2221       mouseDragging = true;
2222       scrollThread.setEvent(evt);
2223     }
2224
2225   }
2226
2227   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment
2228   class ScrollThread extends Thread
2229   {
2230     MouseEvent evt;
2231
2232     private volatile boolean threadRunning = true;
2233
2234     public ScrollThread()
2235     {
2236       start();
2237     }
2238
2239     public void setEvent(MouseEvent e)
2240     {
2241       evt = e;
2242     }
2243
2244     public void stopScrolling()
2245     {
2246       threadRunning = false;
2247     }
2248
2249     public boolean isRunning()
2250     {
2251       return threadRunning;
2252     }
2253
2254     @Override
2255     public void run()
2256     {
2257       while (threadRunning)
2258       {
2259         if (evt != null)
2260         {
2261           if (mouseDragging && (evt.getY() < 0)
2262                   && (av.getRanges().getStartSeq() > 0))
2263           {
2264             av.getRanges().scrollUp(true);
2265           }
2266
2267           if (mouseDragging && (evt.getY() >= getHeight()) && (av
2268                   .getAlignment().getHeight() > av.getRanges().getEndSeq()))
2269           {
2270             av.getRanges().scrollUp(false);
2271           }
2272
2273           if (mouseDragging && (evt.getX() < 0))
2274           {
2275             av.getRanges().scrollRight(false);
2276           }
2277           else if (mouseDragging && (evt.getX() >= getWidth()))
2278           {
2279             av.getRanges().scrollRight(true);
2280           }
2281         }
2282
2283         try
2284         {
2285           Thread.sleep(20);
2286         } catch (Exception ex)
2287         {
2288         }
2289       }
2290     }
2291   }
2292
2293   /**
2294    * modify current selection according to a received message.
2295    */
2296   @Override
2297   public void selection(SequenceGroup seqsel, ColumnSelection colsel,
2298           HiddenColumns hidden, SelectionSource source)
2299   {
2300     // TODO: fix this hack - source of messages is align viewport, but SeqPanel
2301     // handles selection messages...
2302     // TODO: extend config options to allow user to control if selections may be
2303     // shared between viewports.
2304     boolean iSentTheSelection = (av == source
2305             || (source instanceof AlignViewport
2306                     && ((AlignmentViewport) source).getSequenceSetId()
2307                             .equals(av.getSequenceSetId())));
2308
2309     if (iSentTheSelection)
2310     {
2311       // respond to our own event by updating dependent dialogs
2312       if (ap.getCalculationDialog() != null)
2313       {
2314         ap.getCalculationDialog().validateCalcTypes();
2315       }
2316
2317       return;
2318     }
2319
2320     // process further ?
2321     if (!av.followSelection)
2322     {
2323       return;
2324     }
2325
2326     /*
2327      * Ignore the selection if there is one of our own pending.
2328      */
2329     if (av.isSelectionGroupChanged(false) || av.isColSelChanged(false))
2330     {
2331       return;
2332     }
2333
2334     /*
2335      * Check for selection in a view of which this one is a dna/protein
2336      * complement.
2337      */
2338     if (selectionFromTranslation(seqsel, colsel, hidden, source))
2339     {
2340       return;
2341     }
2342
2343     // do we want to thread this ? (contention with seqsel and colsel locks, I
2344     // suspect)
2345     /*
2346      * only copy colsel if there is a real intersection between
2347      * sequence selection and this panel's alignment
2348      */
2349     boolean repaint = false;
2350     boolean copycolsel = false;
2351
2352     SequenceGroup sgroup = null;
2353     if (seqsel != null && seqsel.getSize() > 0)
2354     {
2355       if (av.getAlignment() == null)
2356       {
2357         Cache.log.warn("alignviewport av SeqSetId=" + av.getSequenceSetId()
2358                 + " ViewId=" + av.getViewId()
2359                 + " 's alignment is NULL! returning immediately.");
2360         return;
2361       }
2362       sgroup = seqsel.intersect(av.getAlignment(),
2363               (av.hasHiddenRows()) ? av.getHiddenRepSequences() : null);
2364       if ((sgroup != null && sgroup.getSize() > 0))
2365       {
2366         copycolsel = true;
2367       }
2368     }
2369     if (sgroup != null && sgroup.getSize() > 0)
2370     {
2371       av.setSelectionGroup(sgroup);
2372     }
2373     else
2374     {
2375       av.setSelectionGroup(null);
2376     }
2377     av.isSelectionGroupChanged(true);
2378     repaint = true;
2379
2380     if (copycolsel)
2381     {
2382       // the current selection is unset or from a previous message
2383       // so import the new colsel.
2384       if (colsel == null || colsel.isEmpty())
2385       {
2386         if (av.getColumnSelection() != null)
2387         {
2388           av.getColumnSelection().clear();
2389           repaint = true;
2390         }
2391       }
2392       else
2393       {
2394         // TODO: shift colSel according to the intersecting sequences
2395         if (av.getColumnSelection() == null)
2396         {
2397           av.setColumnSelection(new ColumnSelection(colsel));
2398         }
2399         else
2400         {
2401           av.getColumnSelection().setElementsFrom(colsel,
2402                   av.getAlignment().getHiddenColumns());
2403         }
2404       }
2405       av.isColSelChanged(true);
2406       repaint = true;
2407     }
2408
2409     if (copycolsel && av.hasHiddenColumns()
2410             && (av.getAlignment().getHiddenColumns() == null))
2411     {
2412       System.err.println("Bad things");
2413     }
2414     if (repaint) // always true!
2415     {
2416       // probably finessing with multiple redraws here
2417       PaintRefresher.Refresh(this, av.getSequenceSetId());
2418       // ap.paintAlignment(false);
2419     }
2420
2421     // lastly, update dependent dialogs
2422     if (ap.getCalculationDialog() != null)
2423     {
2424       ap.getCalculationDialog().validateCalcTypes();
2425     }
2426
2427   }
2428
2429   /**
2430    * If this panel is a cdna/protein translation view of the selection source,
2431    * tries to map the source selection to a local one, and returns true. Else
2432    * returns false.
2433    *
2434    * @param seqsel
2435    * @param colsel
2436    * @param source
2437    */
2438   protected boolean selectionFromTranslation(SequenceGroup seqsel,
2439           ColumnSelection colsel, HiddenColumns hidden,
2440           SelectionSource source)
2441   {
2442     if (!(source instanceof AlignViewportI))
2443     {
2444       return false;
2445     }
2446     final AlignViewportI sourceAv = (AlignViewportI) source;
2447     if (sourceAv.getCodingComplement() != av
2448             && av.getCodingComplement() != sourceAv)
2449     {
2450       return false;
2451     }
2452
2453     /*
2454      * Map sequence selection
2455      */
2456     SequenceGroup sg = MappingUtils.mapSequenceGroup(seqsel, sourceAv, av);
2457     av.setSelectionGroup(sg);
2458     av.isSelectionGroupChanged(true);
2459
2460     /*
2461      * Map column selection
2462      */
2463     // ColumnSelection cs = MappingUtils.mapColumnSelection(colsel, sourceAv,
2464     // av);
2465     ColumnSelection cs = new ColumnSelection();
2466     HiddenColumns hs = new HiddenColumns();
2467     MappingUtils.mapColumnSelection(colsel, hidden, sourceAv, av, cs, hs);
2468     av.setColumnSelection(cs);
2469     av.getAlignment().setHiddenColumns(hs);
2470
2471     // lastly, update any dependent dialogs
2472     if (ap.getCalculationDialog() != null)
2473     {
2474       ap.getCalculationDialog().validateCalcTypes();
2475     }
2476
2477     PaintRefresher.Refresh(this, av.getSequenceSetId());
2478
2479     return true;
2480   }
2481
2482   /**
2483    *
2484    * @return null or last search results handled by this panel
2485    */
2486   public SearchResultsI getLastSearchResults()
2487   {
2488     return lastSearchResults;
2489   }
2490 }