src/jalview/gui/SeqPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import java.util.*;\r
  22 \r
  23 import java.awt.*;\r
  24 import java.awt.event.*;\r
  25 import javax.swing.*;\r
  26 \r
  27 import jalview.analysis.*;\r
  28 import jalview.datamodel.*;\r
  29 import jalview.schemes.*;\r
  30 \r
  31 public class SeqPanel\r
  32     extends JPanel\r
  33 {\r
  34   public SeqCanvas seqCanvas;\r
  35   public AlignmentPanel ap;\r
  36   protected int lastres;\r
  37   protected int startseq;\r
  38   int startEdit = -1;\r
  39   int endEdit = -1;\r
  40   protected AlignViewport av;\r
  41 \r
  42   // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the conservation\r
  43   int seqEditOccurred = -1;\r
  44   ScrollThread scrollThread = null;\r
  45   boolean mouseDragging = false;\r
  46   boolean editingSeqs = false;\r
  47   boolean groupEditing = false;\r
  48 \r
  49   //////////////////////////////////////////\r
  50   /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
  51   //////////////////////////////////////////\r
  52   int oldSeq = -1;\r
  53   boolean changeEndSeq = false;\r
  54   boolean changeStartSeq = false;\r
  55   boolean changeEndRes = false;\r
  56   boolean changeStartRes = false;\r
  57   SequenceGroup stretchGroup = null;\r
  58   boolean remove = false;\r
  59 \r
  60   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)\r
  61   {\r
  62     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
  63     ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);\r
  64     ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);\r
  65     this.av = avp;\r
  66     setBackground(Color.white);\r
  67 \r
  68     seqCanvas = new SeqCanvas(avp);\r
  69     setLayout(new BorderLayout());\r
  70     add(seqCanvas, BorderLayout.CENTER);\r
  71 \r
  72     ap = p;\r
  73 \r
  74     addMouseMotionListener(new MouseMotionAdapter()\r
  75     {\r
  76       public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
  77       {\r
  78         if (av.getWrapAlignment())\r
  79         {\r
  80           return;\r
  81         }\r
  82 \r
  83         doMouseMoved(evt);\r
  84       }\r
  85 \r
  86       public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
  87       {\r
  88         if (av.getWrapAlignment())\r
  89         {\r
  90           return;\r
  91         }\r
  92 \r
  93         if (editingSeqs)\r
  94         {\r
  95           doMouseDragged(evt);\r
  96         }\r
  97         else\r
  98         {\r
  99           doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
 100         }\r
 101       }\r
 102     });\r
 103 \r
 104     addMouseListener(new MouseAdapter()\r
 105     {\r
 106       public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 107       {\r
 108         if (av.getWrapAlignment())\r
 109         {\r
 110           return;\r
 111         }\r
 112 \r
 113         if (editingSeqs)\r
 114         {\r
 115           doMouseReleased(evt);\r
 116         }\r
 117         else\r
 118         {\r
 119           doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
 120         }\r
 121       }\r
 122 \r
 123       public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 124       {\r
 125         if (av.getWrapAlignment())\r
 126         {\r
 127           return;\r
 128         }\r
 129 \r
 130         if (evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() ||\r
 131             evt.isControlDown())\r
 132         {\r
 133           if (evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
 134           {\r
 135             groupEditing = true;\r
 136           }\r
 137 \r
 138           editingSeqs = true;\r
 139           doMousePressed(evt);\r
 140         }\r
 141         else\r
 142         {\r
 143           doMousePressedDefineMode(evt);\r
 144         }\r
 145       }\r
 146 \r
 147       public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
 148       {\r
 149         if (av.getWrapAlignment() || editingSeqs)\r
 150         {\r
 151           return;\r
 152         }\r
 153 \r
 154         doMouseExitedDefineMode(evt);\r
 155       }\r
 156 \r
 157       public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
 158       {\r
 159         if (av.getWrapAlignment() || editingSeqs)\r
 160         {\r
 161           return;\r
 162         }\r
 163 \r
 164         doMouseEnteredDefineMode(evt);\r
 165       }\r
 166     });\r
 167   }\r
 168 \r
 169 \r
 170   public void doMouseReleased(MouseEvent evt)\r
 171   {\r
 172     if (seqEditOccurred > -1)\r
 173     {\r
 174       editOccurred(seqEditOccurred);\r
 175     }\r
 176 \r
 177     startseq = -1;\r
 178     lastres = -1;\r
 179     seqEditOccurred = -1;\r
 180     editingSeqs = false;\r
 181     groupEditing = false;\r
 182 \r
 183     ap.repaint();\r
 184   }\r
 185 \r
 186   public void doMousePressed(MouseEvent evt)\r
 187   {\r
 188     ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem("Edit Sequence",\r
 189                                                  av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 190 \r
 191     int seq;\r
 192     int res;\r
 193 \r
 194     int x = evt.getX();\r
 195     int y = evt.getY();\r
 196 \r
 197     res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 198     seq = (y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq();\r
 199 \r
 200     if ( (seq < av.getAlignment().getHeight()) &&\r
 201         (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))\r
 202     {\r
 203       startseq = seq;\r
 204       lastres = res;\r
 205     }\r
 206     else\r
 207     {\r
 208       startseq = -1;\r
 209       lastres = -1;\r
 210     }\r
 211 \r
 212     startEdit = lastres;\r
 213     endEdit = lastres;\r
 214 \r
 215     return;\r
 216   }\r
 217 \r
 218   public void doMouseMoved(MouseEvent evt)\r
 219   {\r
 220     int res = 0;\r
 221     int seq = 0;\r
 222     int x = evt.getX();\r
 223     int y = evt.getY();\r
 224 \r
 225     if (av.wrapAlignment)\r
 226     {\r
 227       y -= (2 * av.charHeight);\r
 228 \r
 229       int chunkHeight = (av.getAlignment().getHeight() + 2) * av.charHeight;\r
 230 \r
 231       res = (int) ( (y / chunkHeight) * (getWidth() / av.charWidth)) +\r
 232           (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 233 \r
 234       y %= chunkHeight;\r
 235       seq = (y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq();\r
 236     }\r
 237     else\r
 238     {\r
 239       res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 240       seq = (y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq();\r
 241     }\r
 242 \r
 243     if (seq >= av.getAlignment().getHeight())\r
 244     {\r
 245       return;\r
 246     }\r
 247 \r
 248     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 249 \r
 250     if (res > sequence.getLength())\r
 251     {\r
 252       return;\r
 253     }\r
 254 \r
 255     Object obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) +\r
 256                                                   "");\r
 257     String aa = "";\r
 258 \r
 259     if (obj != null)\r
 260     {\r
 261       aa = obj.toString();\r
 262     }\r
 263 \r
 264     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
 265                                          sequence.getName());\r
 266 \r
 267     if (aa != "")\r
 268     {\r
 269       text.append("  Residue: " + aa + " (" +\r
 270                   av.getAlignment().getSequenceAt(seq).findPosition(res) + ")");\r
 271     }\r
 272 \r
 273     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 274 \r
 275     // use aa to see if the mouse pointer is on a\r
 276     if (av.showSequenceFeatures)\r
 277     {\r
 278       Vector features = sequence.getSequenceFeatures();\r
 279       Enumeration e = features.elements();\r
 280       StringBuffer sbuffer = new StringBuffer();\r
 281 \r
 282       while (e.hasMoreElements())\r
 283       {\r
 284         SequenceFeature sf = (SequenceFeature) e.nextElement();\r
 285 \r
 286         if ( (sf.getStart() <= sequence.findPosition(res)) &&\r
 287             (sf.getEnd() >= sequence.findPosition(res)))\r
 288         {\r
 289           if (sbuffer.length() > 0)\r
 290           {\r
 291             sbuffer.append("; ");\r
 292           }\r
 293 \r
 294           sbuffer.append(sf.getType() + " " + sf.getDescription());\r
 295 \r
 296           if (sf.getStatus().length() > 0)\r
 297           {\r
 298             sbuffer.append(" (" + sf.getStatus() + ")");\r
 299           }\r
 300         }\r
 301       }\r
 302 \r
 303       this.setToolTipText(sbuffer.toString());\r
 304     }\r
 305   }\r
 306 \r
 307   public void doMouseDragged(MouseEvent evt)\r
 308   {\r
 309     // If we're dragging we're editing\r
 310     int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 311 \r
 312     if (res < 0)\r
 313     {\r
 314       res = 0;\r
 315     }\r
 316 \r
 317     if ( (lastres == -1) || (lastres == res))\r
 318     {\r
 319       return;\r
 320     }\r
 321 \r
 322     boolean dragRight = true;\r
 323 \r
 324     if ( (res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))\r
 325     {\r
 326       dragRight = false;\r
 327     }\r
 328 \r
 329     if (res != lastres)\r
 330     {\r
 331       // Group editing\r
 332       if (groupEditing)\r
 333       {\r
 334         SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 335 \r
 336         if (sg == null)\r
 337         {\r
 338           lastres = -1;\r
 339 \r
 340           return;\r
 341         }\r
 342 \r
 343         // drag to right\r
 344         if (dragRight)\r
 345         {\r
 346           sg.setEndRes(sg.getEndRes() + (res - lastres));\r
 347         }\r
 348         // drag to left\r
 349         else\r
 350         {\r
 351           /// Are we able to delete?\r
 352           // ie are all columns blank?\r
 353           boolean deleteAllowed = false;\r
 354 \r
 355           for (int s = 0; s < sg.getSize(); s++)\r
 356           {\r
 357             SequenceI seq = sg.getSequenceAt(s);\r
 358 \r
 359             for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 360             {\r
 361               if (seq.getSequence().length() <= j)\r
 362               {\r
 363                 continue;\r
 364               }\r
 365 \r
 366               if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
 367                   seq.getSequence().charAt(j)))\r
 368               {\r
 369                 // Not a gap, block edit not valid\r
 370                 res = j + 1;\r
 371                 deleteAllowed = false;\r
 372 \r
 373                 continue;\r
 374               }\r
 375 \r
 376               deleteAllowed = true;\r
 377             }\r
 378           }\r
 379 \r
 380           if (!deleteAllowed)\r
 381           {\r
 382             lastres = -1;\r
 383 \r
 384             return;\r
 385           }\r
 386 \r
 387           sg.setEndRes(sg.getEndRes() - (lastres - res));\r
 388         }\r
 389 \r
 390         for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 391         {\r
 392           SequenceI s = sg.getSequenceAt(i);\r
 393           int k = av.alignment.findIndex(s);\r
 394 \r
 395           // drag to right\r
 396           if (dragRight)\r
 397           {\r
 398             for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 399             {\r
 400               insertChar(j, k);\r
 401             }\r
 402           }\r
 403           // drag to left\r
 404           else\r
 405           {\r
 406             for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 407             {\r
 408               if (s.getLength() > j)\r
 409               {\r
 410                 deleteChar(res, k);\r
 411               }\r
 412             }\r
 413           }\r
 414         }\r
 415       }\r
 416       else /////Editing a single sequence///////////\r
 417       {\r
 418         if ( (res < av.getAlignment().getWidth()) && (res > lastres))\r
 419         {\r
 420           // dragging to the right\r
 421           for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 422           {\r
 423             insertChar(j, startseq);\r
 424           }\r
 425         }\r
 426         else if ( (res < av.getAlignment().getWidth()) &&\r
 427                  (res < lastres))\r
 428         {\r
 429           // dragging to the left\r
 430           for (int j = lastres; j > res; j--)\r
 431           {\r
 432             if (jalview.util.Comparison.isGap(\r
 433                 av.alignment.getSequenceAt(startseq)\r
 434                 .getSequence().charAt(res)))\r
 435             {\r
 436               deleteChar(res, startseq);\r
 437             }\r
 438             else\r
 439             {\r
 440               break;\r
 441             }\r
 442           }\r
 443         }\r
 444       }\r
 445     }\r
 446 \r
 447     endEdit = res;\r
 448     lastres = res;\r
 449     seqCanvas.repaint();\r
 450   }\r
 451 \r
 452   public void drawChars(int seqstart, int seqend, int start)\r
 453   {\r
 454     seqCanvas.drawPanel(seqCanvas.gg, start, av.getEndRes(), seqstart,\r
 455                         seqend, av.getStartRes(), av.getStartSeq(), 0);\r
 456     seqCanvas.repaint();\r
 457   }\r
 458 \r
 459   public void insertChar(int j, int seq)\r
 460   {\r
 461     av.alignment.getSequenceAt(seq).insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
 462     seqEditOccurred = seq;\r
 463   }\r
 464 \r
 465   public void deleteChar(int j, int seq)\r
 466   {\r
 467     av.alignment.getSequenceAt(seq).deleteCharAt(j);\r
 468     seqEditOccurred = seq;\r
 469 \r
 470     av.alignment.getWidth();\r
 471     seqCanvas.repaint();\r
 472   }\r
 473 \r
 474   void editOccurred(int i)\r
 475   {\r
 476     if (endEdit == startEdit)\r
 477     {\r
 478       ap.alignFrame.historyList.pop();\r
 479       ap.alignFrame.updateEditMenuBar();\r
 480     }\r
 481 \r
 482     av.updateConservation();\r
 483     av.updateConsensus();\r
 484 \r
 485     // Y O Y CLUSTALX\r
 486     ColourSchemeI cs = av.getGlobalColourScheme();\r
 487 \r
 488     if(av.getSelectionGroup()!=null)\r
 489       av.getSelectionGroup().recalcConservation();\r
 490 \r
 491 \r
 492     if (cs instanceof ConservationColourScheme)\r
 493     {\r
 494       ConservationColourScheme ccs = (ConservationColourScheme) cs;\r
 495       Conservation c = new Conservation("All",\r
 496                                         ResidueProperties.propHash, 3,\r
 497                                         av.alignment.getSequences(), 0,\r
 498                                         av.alignment.getWidth() - 1);\r
 499       c.calculate();\r
 500       c.verdict(false, av.ConsPercGaps);\r
 501 \r
 502       if (ccs.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
 503       {\r
 504 \r
 505         ClustalxColourScheme cxs = (ClustalxColourScheme) ccs.cs;\r
 506         cxs.resetClustalX(av.alignment.getSequences(),\r
 507                           av.alignment.getWidth());\r
 508         ccs = new ConservationColourScheme(c, cxs);\r
 509         av.setGlobalColourScheme(ccs);\r
 510       }\r
 511       else\r
 512       {\r
 513         ccs = new ConservationColourScheme(c, ccs.cs);\r
 514         av.setGlobalColourScheme(ccs);\r
 515       }\r
 516     }\r
 517 \r
 518     if (cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
 519     {\r
 520       ( (ClustalxColourScheme) cs).resetClustalX(av.alignment.getSequences(),\r
 521                                                  av.alignment.getWidth());\r
 522       av.setGlobalColourScheme(cs);\r
 523     }\r
 524   }\r
 525 \r
 526   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 527   {\r
 528     int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 529     int seq = (evt.getY() / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq();\r
 530     oldSeq = seq;\r
 531 \r
 532     SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 533 \r
 534     if ( (sequence == null) || (res > sequence.getLength()))\r
 535     {\r
 536       return;\r
 537     }\r
 538 \r
 539     stretchGroup = av.getSelectionGroup();\r
 540 \r
 541     if (stretchGroup == null)\r
 542     {\r
 543       stretchGroup = av.alignment.findGroup(sequence);\r
 544 \r
 545       if ( (stretchGroup != null) && (res > stretchGroup.getStartRes()) &&\r
 546           (res < stretchGroup.getEndRes()))\r
 547       {\r
 548         av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
 549       }\r
 550       else\r
 551       {\r
 552         stretchGroup = null;\r
 553       }\r
 554     }\r
 555     else if (!stretchGroup.sequences.contains(sequence) ||\r
 556              (stretchGroup.getStartRes() > res) ||\r
 557              (stretchGroup.getEndRes() < res))\r
 558     {\r
 559       stretchGroup = null;\r
 560 \r
 561       SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups(sequence);\r
 562 \r
 563       if (allGroups != null)\r
 564       {\r
 565         for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
 566         {\r
 567           if ( (allGroups[i].getStartRes() <= res) &&\r
 568               (allGroups[i].getEndRes() >= res))\r
 569           {\r
 570             stretchGroup = allGroups[i];\r
 571             av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
 572 \r
 573             break;\r
 574           }\r
 575         }\r
 576       }\r
 577     }\r
 578 \r
 579     if (stretchGroup == null)\r
 580     {\r
 581       // define a new group here\r
 582       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 583       sg.setStartRes(res);\r
 584       sg.setEndRes(res);\r
 585       sg.addSequence(sequence, false);\r
 586       av.setSelectionGroup(sg);\r
 587       stretchGroup = sg;\r
 588 \r
 589       if (av.getConservationSelected())\r
 590       {\r
 591         SliderPanel.setConservationSlider(ap,\r
 592                                           av.getGlobalColourScheme(),\r
 593                                           "Background");\r
 594       }\r
 595 \r
 596       if (av.getAbovePIDThreshold())\r
 597       {\r
 598         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
 599                                        "Background");\r
 600       }\r
 601     }\r
 602     else if (javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
 603     {\r
 604       jalview.gui.PopupMenu pop = new jalview.gui.PopupMenu(ap, null);\r
 605       pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 606 \r
 607       // edit the properties of existing group\r
 608     }\r
 609 \r
 610     if ( (stretchGroup != null) && (stretchGroup.getEndRes() == res))\r
 611     {\r
 612       // Edit end res position of selected group\r
 613       changeEndRes = true;\r
 614     }\r
 615     else if ( (stretchGroup != null) && (stretchGroup.getStartRes() == res))\r
 616     {\r
 617       // Edit end res position of selected group\r
 618       changeStartRes = true;\r
 619     }\r
 620 \r
 621     stretchGroup.getWidth();\r
 622 \r
 623     seqCanvas.repaint();\r
 624   }\r
 625 \r
 626   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 627   {\r
 628     if(mouseDragging)\r
 629     {\r
 630       stretchGroup.recalcConservation();\r
 631       mouseDragging = false;\r
 632     }\r
 633 \r
 634     if (stretchGroup == null)\r
 635     {\r
 636       return;\r
 637     }\r
 638 \r
 639     if (stretchGroup.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
 640     {\r
 641       ( (ClustalxColourScheme) stretchGroup.cs).resetClustalX(stretchGroup.sequences,\r
 642                                                      stretchGroup.getWidth());\r
 643     }\r
 644 \r
 645     if (stretchGroup.cs instanceof ConservationColourScheme)\r
 646     {\r
 647       ConservationColourScheme ccs = (ConservationColourScheme) stretchGroup.cs;\r
 648       stretchGroup.cs = ccs;\r
 649       SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,\r
 650                                         stretchGroup.getName());\r
 651 \r
 652     }\r
 653     else\r
 654     {\r
 655       SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,\r
 656                                      stretchGroup.getName());\r
 657     }\r
 658 \r
 659     changeEndRes = false;\r
 660     changeStartRes = false;\r
 661     stretchGroup = null;\r
 662     seqCanvas.repaint();\r
 663     ap.idPanel.repaint();\r
 664   }\r
 665 \r
 666   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 667   {\r
 668     int res = (evt.getX() / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 669     int y = (evt.getY() / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq();\r
 670 \r
 671     if (stretchGroup == null)\r
 672     {\r
 673       return;\r
 674     }\r
 675 \r
 676     if (res > av.alignment.getWidth())\r
 677     {\r
 678       res = av.alignment.getWidth() - 1;\r
 679     }\r
 680 \r
 681     if (stretchGroup.getEndRes() == res)\r
 682     {\r
 683       // Edit end res position of selected group\r
 684       changeEndRes = true;\r
 685     }\r
 686     else if (stretchGroup.getStartRes() == res)\r
 687     {\r
 688       // Edit start res position of selected group\r
 689       changeStartRes = true;\r
 690     }\r
 691 \r
 692     if (res < av.getStartRes())\r
 693     {\r
 694       res = av.getStartRes();\r
 695     }\r
 696     else if (res > av.getEndRes())\r
 697     {\r
 698       res = av.getEndRes();\r
 699     }\r
 700 \r
 701     if (changeEndRes)\r
 702     {\r
 703       if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))\r
 704       {\r
 705         stretchGroup.setEndRes(res);\r
 706       }\r
 707     }\r
 708     else if (changeStartRes)\r
 709     {\r
 710       if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))\r
 711       {\r
 712         stretchGroup.setStartRes(res);\r
 713       }\r
 714     }\r
 715 \r
 716     int dragDirection = 0;\r
 717 \r
 718     if (y > oldSeq)\r
 719     {\r
 720       dragDirection = 1;\r
 721     }\r
 722     else if (y < oldSeq)\r
 723     {\r
 724       dragDirection = -1;\r
 725     }\r
 726 \r
 727     while ( (y != oldSeq) && (oldSeq > 0) && (y < av.alignment.getHeight()))\r
 728     {\r
 729       // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
 730       // selection is quite slow.\r
 731       Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 732 \r
 733       oldSeq += dragDirection;\r
 734 \r
 735       Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 736 \r
 737       if (stretchGroup.sequences.contains(nextSeq))\r
 738       {\r
 739           stretchGroup.deleteSequence(seq, false);\r
 740       }\r
 741       else\r
 742       {\r
 743         if (seq != null)\r
 744         {\r
 745           stretchGroup.addSequence(seq, false);\r
 746         }\r
 747         stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);\r
 748       }\r
 749     }\r
 750 \r
 751     oldSeq = y;\r
 752     mouseDragging = true;\r
 753 \r
 754     if (scrollThread != null)\r
 755     {\r
 756       scrollThread.setEvent(evt);\r
 757     }\r
 758 \r
 759     seqCanvas.repaint();\r
 760   }\r
 761 \r
 762   public void doMouseEnteredDefineMode(MouseEvent e)\r
 763   {\r
 764     if (scrollThread != null)\r
 765     {\r
 766       scrollThread.running = false;\r
 767     }\r
 768   }\r
 769 \r
 770   public void doMouseExitedDefineMode(MouseEvent e)\r
 771   {\r
 772     if (av.getWrapAlignment())\r
 773     {\r
 774       return;\r
 775     }\r
 776 \r
 777     if (mouseDragging)\r
 778     {\r
 779       scrollThread = new ScrollThread();\r
 780     }\r
 781   }\r
 782 \r
 783   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
 784   class ScrollThread\r
 785       extends Thread\r
 786   {\r
 787     MouseEvent evt;\r
 788     boolean running = false;\r
 789 \r
 790     public ScrollThread()\r
 791     {\r
 792       start();\r
 793     }\r
 794 \r
 795     public void setEvent(MouseEvent e)\r
 796     {\r
 797       evt = e;\r
 798     }\r
 799 \r
 800     public void stopScrolling()\r
 801     {\r
 802       running = false;\r
 803     }\r
 804 \r
 805     public void run()\r
 806     {\r
 807       running = true;\r
 808 \r
 809       while (running)\r
 810       {\r
 811         if (evt != null)\r
 812         {\r
 813           if (mouseDragging && (evt.getY() < 0) &&\r
 814               (av.getStartSeq() > 0))\r
 815           {\r
 816             running = ap.scrollUp(true);\r
 817           }\r
 818 \r
 819           if (mouseDragging && (evt.getY() >= getHeight()) &&\r
 820               (av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq()))\r
 821           {\r
 822             running = ap.scrollUp(false);\r
 823           }\r
 824 \r
 825           if (mouseDragging && (evt.getX() < 0))\r
 826           {\r
 827             running = ap.scrollRight(true);\r
 828           }\r
 829           else if (mouseDragging && (evt.getX() >= getWidth()))\r
 830           {\r
 831             running = ap.scrollRight(false);\r
 832           }\r
 833         }\r
 834 \r
 835         try\r
 836         {\r
 837           Thread.sleep(75);\r
 838         }\r
 839         catch (Exception ex)\r
 840         {\r
 841         }\r
 842       }\r
 843     }\r
 844   }\r
 845 }\r