src/jalview/gui/SeqPanel.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
   3  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.gui;
  19
  20 import java.util.*;
  21
  22 import java.awt.*;
  23 import java.awt.event.*;
  24
  25 import javax.swing.*;
  26
  27 import jalview.commands.*;
  28 import jalview.datamodel.*;
  29 import jalview.schemes.*;
  30 import jalview.structure.*;
  31
  32 /**
  33  * DOCUMENT ME!
  34  *
  35  * @author $author$
  36  * @version $Revision$
  37  */
  38 public class SeqPanel extends JPanel implements MouseListener,
  39         MouseMotionListener, MouseWheelListener, SequenceListener,
  40         SelectionListener
  41
  42 {
  43   /** DOCUMENT ME!! */
  44   public SeqCanvas seqCanvas;
  45
  46   /** DOCUMENT ME!! */
  47   public AlignmentPanel ap;
  48
  49   protected int lastres;
  50
  51   protected int startseq;
  52
  53   protected AlignViewport av;
  54
  55   ScrollThread scrollThread = null;
  56
  57   boolean mouseDragging = false;
  58
  59   boolean editingSeqs = false;
  60
  61   boolean groupEditing = false;
  62
  63   // ////////////////////////////////////////
  64   // ///Everything below this is for defining the boundary of the rubberband
  65   // ////////////////////////////////////////
  66   int oldSeq = -1;
  67
  68   boolean changeEndSeq = false;
  69
  70   boolean changeStartSeq = false;
  71
  72   boolean changeEndRes = false;
  73
  74   boolean changeStartRes = false;
  75
  76   SequenceGroup stretchGroup = null;
  77
  78   boolean remove = false;
  79
  80   Point lastMousePress;
  81
  82   boolean mouseWheelPressed = false;
  83
  84   StringBuffer keyboardNo1;
  85
  86   StringBuffer keyboardNo2;
  87
  88   java.net.URL linkImageURL;
  89
  90   StringBuffer tooltipText = new StringBuffer("<html>");
  91
  92   String tmpString;
  93
  94   EditCommand editCommand;
  95
  96   StructureSelectionManager ssm;
  97
  98   /**
  99    * Creates a new SeqPanel object.
 100    *
 101    * @param avp
 102    *          DOCUMENT ME!
 103    * @param p
 104    *          DOCUMENT ME!
 105    */
 106   public SeqPanel(AlignViewport av, AlignmentPanel ap)
 107   {
 108     linkImageURL = getClass().getResource("/images/link.gif");
 109     ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);
 110     ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);
 111     ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);
 112     this.av = av;
 113     setBackground(Color.white);
 114
 115     seqCanvas = new SeqCanvas(ap);
 116     setLayout(new BorderLayout());
 117     add(seqCanvas, BorderLayout.CENTER);
 118
 119     this.ap = ap;
 120
 121     if (!av.isDataset())
 122     {
 123       addMouseMotionListener(this);
 124       addMouseListener(this);
 125       addMouseWheelListener(this);
 126       ssm = StructureSelectionManager.getStructureSelectionManager();
 127       ssm.addStructureViewerListener(this);
 128       ssm.addSelectionListener(this);
 129     }
 130   }
 131
 132   int startWrapBlock = -1;
 133
 134   int wrappedBlock = -1;
 135
 136   int findRes(MouseEvent evt)
 137   {
 138     int res = 0;
 139     int x = evt.getX();
 140
 141     if (av.wrapAlignment)
 142     {
 143
 144       int hgap = av.charHeight;
 145       if (av.scaleAboveWrapped)
 146       {
 147         hgap += av.charHeight;
 148       }
 149
 150       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight + hgap
 151               + seqCanvas.getAnnotationHeight();
 152
 153       int y = evt.getY();
 154       y -= hgap;
 155       x -= seqCanvas.LABEL_WEST;
 156
 157       int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(this.getWidth());
 158       if (cwidth < 1)
 159       {
 160         return 0;
 161       }
 162
 163       wrappedBlock = y / cHeight;
 164       wrappedBlock += av.getStartRes() / cwidth;
 165
 166       res = wrappedBlock * cwidth + x / av.getCharWidth();
 167
 168     }
 169     else
 170     {
 171       if (x>seqCanvas.getWidth()+seqCanvas.getWidth())
 172       {
 173         // make sure we calculate relative to visible alignment, rather than right-hand gutter
 174         x = seqCanvas.getX()+seqCanvas.getWidth();
 175       }
 176       res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();
 177     }
 178
 179     if (av.hasHiddenColumns)
 180     {
 181       res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);
 182     }
 183
 184     return res;
 185
 186   }
 187
 188   int findSeq(MouseEvent evt)
 189   {
 190     int seq = 0;
 191     int y = evt.getY();
 192
 193     if (av.wrapAlignment)
 194     {
 195       int hgap = av.charHeight;
 196       if (av.scaleAboveWrapped)
 197       {
 198         hgap += av.charHeight;
 199       }
 200
 201       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight + hgap
 202               + seqCanvas.getAnnotationHeight();
 203
 204       y -= hgap;
 205
 206       seq = Math.min((y % cHeight) / av.getCharHeight(),
 207               av.alignment.getHeight() - 1);
 208     }
 209     else
 210     {
 211       seq = Math.min((y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq(),
 212               av.alignment.getHeight() - 1);
 213     }
 214
 215     return seq;
 216   }
 217
 218   SequenceFeature[] findFeaturesAtRes(SequenceI sequence, int res)
 219   {
 220     Vector tmp = new Vector();
 221     SequenceFeature[] features = sequence.getSequenceFeatures();
 222     if (features != null)
 223     {
 224       for (int i = 0; i < features.length; i++)
 225       {
 226         if (av.featuresDisplayed == null
 227                 || !av.featuresDisplayed.containsKey(features[i].getType()))
 228         {
 229           continue;
 230         }
 231
 232         if (features[i].featureGroup != null
 233                 && seqCanvas.fr.featureGroups != null
 234                 && seqCanvas.fr.featureGroups
 235                         .containsKey(features[i].featureGroup)
 236                 && !((Boolean) seqCanvas.fr.featureGroups
 237                         .get(features[i].featureGroup)).booleanValue())
 238           continue;
 239
 240         if ((features[i].getBegin() <= res)
 241                 && (features[i].getEnd() >= res))
 242         {
 243           tmp.addElement(features[i]);
 244         }
 245       }
 246     }
 247
 248     features = new SequenceFeature[tmp.size()];
 249     tmp.copyInto(features);
 250
 251     return features;
 252   }
 253
 254   void endEditing()
 255   {
 256     if (editCommand != null && editCommand.getSize() > 0)
 257     {
 258       ap.alignFrame.addHistoryItem(editCommand);
 259       av.firePropertyChange("alignment", null, av.getAlignment()
 260               .getSequences());
 261     }
 262
 263     startseq = -1;
 264     lastres = -1;
 265     editingSeqs = false;
 266     groupEditing = false;
 267     keyboardNo1 = null;
 268     keyboardNo2 = null;
 269     editCommand = null;
 270   }
 271
 272   void setCursorRow()
 273   {
 274     seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo1() - 1;
 275     scrollToVisible();
 276   }
 277
 278   void setCursorColumn()
 279   {
 280     seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;
 281     scrollToVisible();
 282   }
 283
 284   void setCursorRowAndColumn()
 285   {
 286     if (keyboardNo2 == null)
 287     {
 288       keyboardNo2 = new StringBuffer();
 289     }
 290     else
 291     {
 292       seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo1() - 1;
 293       seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo2() - 1;
 294       scrollToVisible();
 295     }
 296   }
 297
 298   void setCursorPosition()
 299   {
 300     SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(
 301             seqCanvas.cursorY);
 302
 303     seqCanvas.cursorX = sequence.findIndex(getKeyboardNo1() - 1);
 304     scrollToVisible();
 305   }
 306
 307   void moveCursor(int dx, int dy)
 308   {
 309     seqCanvas.cursorX += dx;
 310     seqCanvas.cursorY += dy;
 311     if (av.hasHiddenColumns && !av.colSel.isVisible(seqCanvas.cursorX))
 312     {
 313       int original = seqCanvas.cursorX - dx;
 314       int maxWidth = av.alignment.getWidth();
 315
 316       while (!av.colSel.isVisible(seqCanvas.cursorX)
 317               && seqCanvas.cursorX < maxWidth && seqCanvas.cursorX > 0)
 318       {
 319         seqCanvas.cursorX += dx;
 320       }
 321
 322       if (seqCanvas.cursorX >= maxWidth
 323               || !av.colSel.isVisible(seqCanvas.cursorX))
 324       {
 325         seqCanvas.cursorX = original;
 326       }
 327     }
 328
 329     scrollToVisible();
 330   }
 331
 332   void scrollToVisible()
 333   {
 334     if (seqCanvas.cursorX < 0)
 335     {
 336       seqCanvas.cursorX = 0;
 337     }
 338     else if (seqCanvas.cursorX > av.alignment.getWidth() - 1)
 339     {
 340       seqCanvas.cursorX = av.alignment.getWidth() - 1;
 341     }
 342
 343     if (seqCanvas.cursorY < 0)
 344     {
 345       seqCanvas.cursorY = 0;
 346     }
 347     else if (seqCanvas.cursorY > av.alignment.getHeight() - 1)
 348     {
 349       seqCanvas.cursorY = av.alignment.getHeight() - 1;
 350     }
 351
 352     endEditing();
 353     if (av.wrapAlignment)
 354     {
 355       ap.scrollToWrappedVisible(seqCanvas.cursorX);
 356     }
 357     else
 358     {
 359       while (seqCanvas.cursorY < av.startSeq)
 360       {
 361         ap.scrollUp(true);
 362       }
 363       while (seqCanvas.cursorY + 1 > av.endSeq)
 364       {
 365         ap.scrollUp(false);
 366       }
 367       if (!av.wrapAlignment)
 368       {
 369         while (seqCanvas.cursorX < av.colSel
 370                 .adjustForHiddenColumns(av.startRes))
 371         {
 372           if (!ap.scrollRight(false))
 373           {
 374             break;
 375           }
 376         }
 377         while (seqCanvas.cursorX > av.colSel
 378                 .adjustForHiddenColumns(av.endRes))
 379         {
 380           if (!ap.scrollRight(true))
 381           {
 382             break;
 383           }
 384         }
 385       }
 386     }
 387     setStatusMessage(av.alignment.getSequenceAt(seqCanvas.cursorY),
 388             seqCanvas.cursorX, seqCanvas.cursorY);
 389
 390     seqCanvas.repaint();
 391   }
 392
 393   void setSelectionAreaAtCursor(boolean topLeft)
 394   {
 395     SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(
 396             seqCanvas.cursorY);
 397
 398     if (av.getSelectionGroup() != null)
 399     {
 400       SequenceGroup sg = av.selectionGroup;
 401       // Find the top and bottom of this group
 402       int min = av.alignment.getHeight(), max = 0;
 403       for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)
 404       {
 405         int index = av.alignment.findIndex(sg.getSequenceAt(i));
 406         if (index > max)
 407         {
 408           max = index;
 409         }
 410         if (index < min)
 411         {
 412           min = index;
 413         }
 414       }
 415
 416       max++;
 417
 418       if (topLeft)
 419       {
 420         sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 421         if (sg.getEndRes() < seqCanvas.cursorX)
 422         {
 423           sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 424         }
 425
 426         min = seqCanvas.cursorY;
 427       }
 428       else
 429       {
 430         sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 431         if (sg.getStartRes() > seqCanvas.cursorX)
 432         {
 433           sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 434         }
 435
 436         max = seqCanvas.cursorY + 1;
 437       }
 438
 439       if (min > max)
 440       {
 441         // Only the user can do this
 442         av.setSelectionGroup(null);
 443       }
 444       else
 445       {
 446         // Now add any sequences between min and max
 447         sg.getSequences(null).clear();
 448         for (int i = min; i < max; i++)
 449         {
 450           sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(i), false);
 451         }
 452       }
 453     }
 454
 455     if (av.getSelectionGroup() == null)
 456     {
 457       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
 458       sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);
 459       sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);
 460       sg.addSequence(sequence, false);
 461       av.setSelectionGroup(sg);
 462     }
 463
 464     ap.paintAlignment(false);
 465     av.sendSelection();
 466   }
 467
 468   void insertGapAtCursor(boolean group)
 469   {
 470     groupEditing = group;
 471     startseq = seqCanvas.cursorY;
 472     lastres = seqCanvas.cursorX;
 473     editSequence(true, seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1());
 474     endEditing();
 475   }
 476
 477   void deleteGapAtCursor(boolean group)
 478   {
 479     groupEditing = group;
 480     startseq = seqCanvas.cursorY;
 481     lastres = seqCanvas.cursorX + getKeyboardNo1();
 482     editSequence(false, seqCanvas.cursorX);
 483     endEditing();
 484   }
 485
 486   void numberPressed(char value)
 487   {
 488     if (keyboardNo1 == null)
 489     {
 490       keyboardNo1 = new StringBuffer();
 491     }
 492
 493     if (keyboardNo2 != null)
 494     {
 495       keyboardNo2.append(value);
 496     }
 497     else
 498     {
 499       keyboardNo1.append(value);
 500     }
 501   }
 502
 503   int getKeyboardNo1()
 504   {
 505     if (keyboardNo1 == null)
 506       return 1;
 507     else
 508     {
 509       int value = Integer.parseInt(keyboardNo1.toString());
 510       keyboardNo1 = null;
 511       return value;
 512     }
 513   }
 514
 515   int getKeyboardNo2()
 516   {
 517     if (keyboardNo2 == null)
 518       return 1;
 519     else
 520     {
 521       int value = Integer.parseInt(keyboardNo2.toString());
 522       keyboardNo2 = null;
 523       return value;
 524     }
 525   }
 526
 527   /**
 528    * DOCUMENT ME!
 529    *
 530    * @param evt
 531    *          DOCUMENT ME!
 532    */
 533   public void mouseReleased(MouseEvent evt)
 534   {
 535     mouseDragging = false;
 536     mouseWheelPressed = false;
 537
 538     if (!editingSeqs)
 539     {
 540       doMouseReleasedDefineMode(evt);
 541       return;
 542     }
 543
 544     endEditing();
 545   }
 546
 547   /**
 548    * DOCUMENT ME!
 549    *
 550    * @param evt
 551    *          DOCUMENT ME!
 552    */
 553   public void mousePressed(MouseEvent evt)
 554   {
 555     lastMousePress = evt.getPoint();
 556
 557     if (javax.swing.SwingUtilities.isMiddleMouseButton(evt))
 558     {
 559       mouseWheelPressed = true;
 560       return;
 561     }
 562
 563     if (evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() || evt.isControlDown())
 564     {
 565       if (evt.isAltDown() || evt.isControlDown())
 566       {
 567         groupEditing = true;
 568       }
 569       editingSeqs = true;
 570     }
 571     else
 572     {
 573       doMousePressedDefineMode(evt);
 574       return;
 575     }
 576
 577     int seq = findSeq(evt);
 578     int res = findRes(evt);
 579
 580     if (seq < 0 || res < 0)
 581     {
 582       return;
 583     }
 584
 585     if ((seq < av.getAlignment().getHeight())
 586             && (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))
 587     {
 588       startseq = seq;
 589       lastres = res;
 590     }
 591     else
 592     {
 593       startseq = -1;
 594       lastres = -1;
 595     }
 596
 597     return;
 598   }
 599
 600   String lastMessage;
 601
 602   public void mouseOverSequence(SequenceI sequence, int index, int pos)
 603   {
 604     String tmp = sequence.hashCode() + " " + index + " " + pos;
 605
 606     if (lastMessage == null || !lastMessage.equals(tmp))
 607     {
 608       // System.err.println("mouseOver Sequence: "+tmp);
 609       ssm.mouseOverSequence(sequence, index, pos, av);
 610     }
 611     lastMessage = tmp;
 612   }
 613
 614   public void highlightSequence(SearchResults results)
 615   {
 616     if (av.followHighlight)
 617     {
 618       if (ap.scrollToPosition(results, false))
 619       {
 620       seqCanvas.revalidate();
 621       }
 622     }
 623     seqCanvas.highlightSearchResults(results);
 624   }
 625
 626   public void updateColours(SequenceI seq, int index)
 627   {
 628     System.out.println("update the seqPanel colours");
 629     // repaint();
 630   }
 631
 632   /**
 633    * DOCUMENT ME!
 634    *
 635    * @param evt
 636    *          DOCUMENT ME!
 637    */
 638   public void mouseMoved(MouseEvent evt)
 639   {
 640     if (editingSeqs)
 641     {
 642       // This is because MacOSX creates a mouseMoved
 643       // If control is down, other platforms will not.
 644       mouseDragged(evt);
 645     }
 646
 647     int res = findRes(evt);
 648     int seq = findSeq(evt);
 649     int pos;
 650     if (res < 0 || seq < 0 || seq >= av.getAlignment().getHeight())
 651     {
 652       return;
 653     }
 654
 655     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
 656
 657     if (res >= sequence.getLength())
 658     {
 659       return;
 660     }
 661
 662     pos = setStatusMessage(sequence, res, seq);
 663     if (ssm != null && pos > -1)
 664       mouseOverSequence(sequence, res, pos);
 665
 666     tooltipText.setLength(6); // Cuts the buffer back to <html>
 667
 668     SequenceGroup[] groups = av.alignment.findAllGroups(sequence);
 669     if (groups != null)
 670     {
 671       for (int g = 0; g < groups.length; g++)
 672       {
 673         if (groups[g].getStartRes() <= res && groups[g].getEndRes() >= res)
 674         {
 675           if (tooltipText.length() > 6)
 676           {
 677             tooltipText.append("<br>");
 678           }
 679
 680           if (!groups[g].getName().startsWith("JTreeGroup")
 681                   && !groups[g].getName().startsWith("JGroup"))
 682           {
 683             tooltipText.append(groups[g].getName());
 684           }
 685
 686           if (groups[g].getDescription() != null)
 687           {
 688             tooltipText.append(": " + groups[g].getDescription());
 689           }
 690         }
 691       }
 692     }
 693
 694     // use aa to see if the mouse pointer is on a
 695     if (av.showSequenceFeatures)
 696     {
 697       int rpos;
 698       SequenceFeature[] features = findFeaturesAtRes(
 699               sequence.getDatasetSequence(),
 700               rpos = sequence.findPosition(res));
 701       appendFeatures(tooltipText, linkImageURL.toString(), rpos, features,
 702               this.ap.seqPanel.seqCanvas.fr.minmax);
 703     }
 704     if (tooltipText.length() == 6) // <html></html>
 705     {
 706       setToolTipText(null);
 707       lastTooltip = null;
 708     }
 709     else
 710     {
 711       tooltipText.append("</html>");
 712       if (lastTooltip == null
 713               || !lastTooltip.equals(tooltipText.toString()))
 714       {
 715         setToolTipText(tooltipText.toString());
 716         lastTooltip = tooltipText.toString();
 717       }
 718
 719     }
 720
 721   }
 722
 723   private Point lastp = null;
 724
 725   /*
 726    * (non-Javadoc)
 727    *
 728    * @see javax.swing.JComponent#getToolTipLocation(java.awt.event.MouseEvent)
 729    */
 730   public Point getToolTipLocation(MouseEvent event)
 731   {
 732     int x = event.getX(), w = getWidth();
 733     int wdth = (w - x < 200) ? -(w / 2) : 5; // switch sides when tooltip is too
 734     // close to edge
 735     Point p = lastp;
 736     if (!event.isShiftDown() || p == null)
 737     {
 738       p = (tooltipText != null && tooltipText.length() > 6) ? new Point(
 739               event.getX() + wdth, event.getY() - 20) : null;
 740     }
 741     /*
 742      * TODO: try to modify position region is not obcured by tooltip
 743      */
 744     return lastp = p;
 745   }
 746
 747   /**
 748    * appends the features at rpos to the given stringbuffer ready for display in
 749    * a tooltip
 750    *
 751    * @param tooltipText2
 752    * @param linkImageURL
 753    * @param rpos
 754    * @param features
 755    *          TODO refactor to Jalview 'utilities' somehow.
 756    */
 757   public void appendFeatures(StringBuffer tooltipText2,
 758           String linkImageURL, int rpos, SequenceFeature[] features)
 759   {
 760     appendFeatures(tooltipText2, linkImageURL, rpos, features, null);
 761   }
 762
 763   public void appendFeatures(StringBuffer tooltipText2, String string,
 764           int rpos, SequenceFeature[] features, Hashtable minmax)
 765   {
 766     String tmpString;
 767     if (features != null)
 768     {
 769       for (int i = 0; i < features.length; i++)
 770       {
 771         if (features[i].getType().equals("disulfide bond"))
 772         {
 773           if (features[i].getBegin() == rpos
 774                   || features[i].getEnd() == rpos)
 775           {
 776             if (tooltipText2.length() > 6)
 777             {
 778               tooltipText2.append("<br>");
 779             }
 780             tooltipText2.append("disulfide bond " + features[i].getBegin()
 781                     + ":" + features[i].getEnd());
 782             if (features[i].links != null)
 783             {
 784               tooltipText2.append(" <img src=\"" + linkImageURL + "\">");
 785             }
 786           }
 787         }
 788         else
 789         {
 790           if (tooltipText2.length() > 6)
 791           {
 792             tooltipText2.append("<br>");
 793           }
 794           // TODO: remove this hack to display link only features
 795           boolean linkOnly = features[i].getValue("linkonly") != null;
 796           if (!linkOnly)
 797           {
 798             tooltipText2.append(features[i].getType() + " ");
 799             if (rpos != 0)
 800             {
 801               // we are marking a positional feature
 802               tooltipText2.append(features[i].begin);
 803             }
 804             if (features[i].begin != features[i].end)
 805             {
 806               tooltipText2.append(" " + features[i].end);
 807             }
 808
 809             if (features[i].getDescription() != null
 810                     && !features[i].description.equals(features[i]
 811                             .getType()))
 812             {
 813               tmpString = features[i].getDescription();
 814               int startTag = tmpString.toUpperCase().indexOf("<HTML>");
 815               if (startTag > -1)
 816               {
 817                 tmpString = tmpString.substring(startTag + 6);
 818               }
 819               int endTag = tmpString.toUpperCase().indexOf("</BODY>");
 820               if (endTag > -1)
 821               {
 822                 tmpString = tmpString.substring(0, endTag);
 823               }
 824               endTag = tmpString.toUpperCase().indexOf("</HTML>");
 825               if (endTag > -1)
 826               {
 827                 tmpString = tmpString.substring(0, endTag);
 828               }
 829
 830               if (startTag > -1)
 831               {
 832                 tooltipText2.append("; " + tmpString);
 833               }
 834               else
 835               {
 836                 if (tmpString.indexOf("<") > -1
 837                         || tmpString.indexOf(">") > -1)
 838                 {
 839                   // The description does not specify html is to
 840                   // be used, so we must remove < > symbols
 841                   tmpString = tmpString.replaceAll("<", "&lt;");
 842                   tmpString = tmpString.replaceAll(">", "&gt;");
 843
 844                   tooltipText2.append("; ");
 845                   tooltipText2.append(tmpString);
 846
 847                 }
 848                 else
 849                 {
 850                   tooltipText2.append("; " + tmpString);
 851                 }
 852               }
 853             }
 854             // check score should be shown
 855             if (features[i].getScore() != Float.NaN)
 856             {
 857               float[][] rng = (minmax == null) ? null : ((float[][]) minmax
 858                       .get(features[i].getType()));
 859               if (rng != null && rng[0] != null && rng[0][0] != rng[0][1])
 860               {
 861                 tooltipText2.append(" Score=" + features[i].getScore());
 862               }
 863             }
 864             if (features[i].getValue("status") != null)
 865             {
 866               String status = features[i].getValue("status").toString();
 867               if (status.length() > 0)
 868               {
 869                 tooltipText2.append("; (" + features[i].getValue("status")
 870                         + ")");
 871               }
 872             }
 873           }
 874           if (features[i].links != null)
 875           {
 876             tooltipText2.append(" <img src=\"" + linkImageURL + "\">");
 877           }
 878
 879         }
 880       }
 881     }
 882   }
 883
 884   String lastTooltip;
 885
 886   /**
 887    * Set status message in alignment panel
 888    *
 889    * @param sequence
 890    *          aligned sequence object
 891    * @param res
 892    *          alignment column
 893    * @param seq
 894    *          index of sequence in alignment
 895    * @return position of res in sequence
 896    */
 897   int setStatusMessage(SequenceI sequence, int res, int seq)
 898   {
 899     int pos = -1;
 900     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: "
 901             + sequence.getName());
 902
 903     Object obj = null;
 904     if (av.alignment.isNucleotide())
 905     {
 906       obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res)
 907               + "");
 908       if (obj != null)
 909       {
 910         text.append(" Nucleotide: ");
 911       }
 912     }
 913     else
 914     {
 915       obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");
 916       if (obj != null)
 917       {
 918         text.append("  Residue: ");
 919       }
 920     }
 921
 922     if (obj != null)
 923     {
 924       pos = sequence.findPosition(res);
 925       if (obj != "")
 926       {
 927         text.append(obj + " (" + pos + ")");
 928       }
 929     }
 930     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());
 931     return pos;
 932   }
 933
 934   /**
 935    * DOCUMENT ME!
 936    *
 937    * @param evt
 938    *          DOCUMENT ME!
 939    */
 940   public void mouseDragged(MouseEvent evt)
 941   {
 942     if (mouseWheelPressed)
 943     {
 944       int oldWidth = av.charWidth;
 945
 946       // Which is bigger, left-right or up-down?
 947       if (Math.abs(evt.getY() - lastMousePress.getY()) > Math.abs(evt
 948               .getX() - lastMousePress.getX()))
 949       {
 950         int fontSize = av.font.getSize();
 951
 952         if (evt.getY() < lastMousePress.getY())
 953         {
 954           fontSize--;
 955         }
 956         else if (evt.getY() > lastMousePress.getY())
 957         {
 958           fontSize++;
 959         }
 960
 961         if (fontSize < 1)
 962         {
 963           fontSize = 1;
 964         }
 965
 966         av.setFont(new Font(av.font.getName(), av.font.getStyle(), fontSize));
 967         av.charWidth = oldWidth;
 968         ap.fontChanged();
 969       }
 970       else
 971       {
 972         if (evt.getX() < lastMousePress.getX() && av.charWidth > 1)
 973         {
 974           av.charWidth--;
 975         }
 976         else if (evt.getX() > lastMousePress.getX())
 977         {
 978           av.charWidth++;
 979         }
 980
 981         ap.paintAlignment(false);
 982       }
 983
 984       FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());
 985       av.validCharWidth = fm.charWidth('M') <= av.charWidth;
 986
 987       lastMousePress = evt.getPoint();
 988
 989       return;
 990     }
 991
 992     if (!editingSeqs)
 993     {
 994       doMouseDraggedDefineMode(evt);
 995       return;
 996     }
 997
 998     int res = findRes(evt);
 999
1000     if (res < 0)
1001     {
1002       res = 0;
1003     }
1004
1005     if ((lastres == -1) || (lastres == res))
1006     {
1007       return;
1008     }
1009
1010     if ((res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))
1011     {
1012       // dragLeft, delete gap
1013       editSequence(false, res);
1014     }
1015     else
1016     {
1017       editSequence(true, res);
1018     }
1019
1020     mouseDragging = true;
1021     if (scrollThread != null)
1022     {
1023       scrollThread.setEvent(evt);
1024     }
1025   }
1026
1027   synchronized void editSequence(boolean insertGap, int startres)
1028   {
1029     int fixedLeft = -1;
1030     int fixedRight = -1;
1031     boolean fixedColumns = false;
1032     SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();
1033
1034     SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(startseq);
1035
1036     // No group, but the sequence may represent a group
1037     if (!groupEditing && av.hasHiddenRows)
1038     {
1039       if (av.hiddenRepSequences != null
1040               && av.hiddenRepSequences.containsKey(seq))
1041       {
1042         sg = (SequenceGroup) av.hiddenRepSequences.get(seq);
1043         groupEditing = true;
1044       }
1045     }
1046
1047     StringBuffer message = new StringBuffer();
1048     if (groupEditing)
1049     {
1050       message.append("Edit group:");
1051       if (editCommand == null)
1052       {
1053         editCommand = new EditCommand("Edit Group");
1054       }
1055     }
1056     else
1057     {
1058       message.append("Edit sequence: " + seq.getName());
1059       String label = seq.getName();
1060       if (label.length() > 10)
1061       {
1062         label = label.substring(0, 10);
1063       }
1064       if (editCommand == null)
1065       {
1066         editCommand = new EditCommand("Edit " + label);
1067       }
1068     }
1069
1070     if (insertGap)
1071     {
1072       message.append(" insert ");
1073     }
1074     else
1075     {
1076       message.append(" delete ");
1077     }
1078
1079     message.append(Math.abs(startres - lastres) + " gaps.");
1080     ap.alignFrame.statusBar.setText(message.toString());
1081
1082     // Are we editing within a selection group?
1083     if (groupEditing
1084             || (sg != null && sg.getSequences(av.hiddenRepSequences)
1085                     .contains(seq)))
1086     {
1087       fixedColumns = true;
1088
1089       // sg might be null as the user may only see 1 sequence,
1090       // but the sequence represents a group
1091       if (sg == null)
1092       {
1093         if (av.hiddenRepSequences == null
1094                 || !av.hiddenRepSequences.containsKey(seq))
1095         {
1096           endEditing();
1097           return;
1098         }
1099         sg = (SequenceGroup) av.hiddenRepSequences.get(seq);
1100       }
1101
1102       fixedLeft = sg.getStartRes();
1103       fixedRight = sg.getEndRes();
1104
1105       if ((startres < fixedLeft && lastres >= fixedLeft)
1106               || (startres >= fixedLeft && lastres < fixedLeft)
1107               || (startres > fixedRight && lastres <= fixedRight)
1108               || (startres <= fixedRight && lastres > fixedRight))
1109       {
1110         endEditing();
1111         return;
1112       }
1113
1114       if (fixedLeft > startres)
1115       {
1116         fixedRight = fixedLeft - 1;
1117         fixedLeft = 0;
1118       }
1119       else if (fixedRight < startres)
1120       {
1121         fixedLeft = fixedRight;
1122         fixedRight = -1;
1123       }
1124     }
1125
1126     if (av.hasHiddenColumns)
1127     {
1128       fixedColumns = true;
1129       int y1 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryLeft(startres);
1130       int y2 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres);
1131
1132       if ((insertGap && startres > y1 && lastres < y1)
1133               || (!insertGap && startres < y2 && lastres > y2))
1134       {
1135         endEditing();
1136         return;
1137       }
1138
1139       // System.out.print(y1+" "+y2+" "+fixedLeft+" "+fixedRight+"~~");
1140       // Selection spans a hidden region
1141       if (fixedLeft < y1 && (fixedRight > y2 || fixedRight == -1))
1142       {
1143         if (startres >= y2)
1144         {
1145           fixedLeft = y2;
1146         }
1147         else
1148         {
1149           fixedRight = y2 - 1;
1150         }
1151       }
1152     }
1153
1154     if (groupEditing)
1155     {
1156       Vector vseqs = sg.getSequences(av.hiddenRepSequences);
1157       int g, groupSize = vseqs.size();
1158       SequenceI[] groupSeqs = new SequenceI[groupSize];
1159       for (g = 0; g < groupSeqs.length; g++)
1160       {
1161         groupSeqs[g] = (SequenceI) vseqs.elementAt(g);
1162       }
1163
1164       // drag to right
1165       if (insertGap)
1166       {
1167         // If the user has selected the whole sequence, and is dragging to
1168         // the right, we can still extend the alignment and selectionGroup
1169         if (sg.getStartRes() == 0 && sg.getEndRes() == fixedRight
1170                 && sg.getEndRes() == av.alignment.getWidth() - 1)
1171         {
1172           sg.setEndRes(av.alignment.getWidth() + startres - lastres);
1173           fixedRight = sg.getEndRes();
1174         }
1175
1176         // Is it valid with fixed columns??
1177         // Find the next gap before the end
1178         // of the visible region boundary
1179         boolean blank = false;
1180         for (fixedRight = fixedRight; fixedRight > lastres; fixedRight--)
1181         {
1182           blank = true;
1183
1184           for (g = 0; g < groupSize; g++)
1185           {
1186             for (int j = 0; j < startres - lastres; j++)
1187             {
1188               if (!jalview.util.Comparison.isGap(groupSeqs[g]
1189                       .getCharAt(fixedRight - j)))
1190               {
1191                 blank = false;
1192                 break;
1193               }
1194             }
1195           }
1196           if (blank)
1197           {
1198             break;
1199           }
1200         }
1201
1202         if (!blank)
1203         {
1204           if (sg.getSize() == av.alignment.getHeight())
1205           {
1206             if ((av.hasHiddenColumns && startres < av.getColumnSelection()
1207                     .getHiddenBoundaryRight(startres)))
1208             {
1209               endEditing();
1210               return;
1211             }
1212
1213             int alWidth = av.alignment.getWidth();
1214             if (av.hasHiddenRows)
1215             {
1216               int hwidth = av.alignment.getHiddenSequences().getWidth();
1217               if (hwidth > alWidth)
1218               {
1219                 alWidth = hwidth;
1220               }
1221             }
1222             // We can still insert gaps if the selectionGroup
1223             // contains all the sequences
1224             sg.setEndRes(sg.getEndRes() + startres - lastres);
1225             fixedRight = alWidth + startres - lastres;
1226           }
1227           else
1228           {
1229             endEditing();
1230             return;
1231           }
1232         }
1233       }
1234
1235       // drag to left
1236       else if (!insertGap)
1237       {
1238         // / Are we able to delete?
1239         // ie are all columns blank?
1240
1241         for (g = 0; g < groupSize; g++)
1242         {
1243           for (int j = startres; j < lastres; j++)
1244           {
1245             if (groupSeqs[g].getLength() <= j)
1246             {
1247               continue;
1248             }
1249
1250             if (!jalview.util.Comparison.isGap(groupSeqs[g].getCharAt(j)))
1251             {
1252               // Not a gap, block edit not valid
1253               endEditing();
1254               return;
1255             }
1256           }
1257         }
1258       }
1259
1260       if (insertGap)
1261       {
1262         // dragging to the right
1263         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1264         {
1265           for (int j = lastres; j < startres; j++)
1266           {
1267             insertChar(j, groupSeqs, fixedRight);
1268           }
1269         }
1270         else
1271         {
1272           editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP, groupSeqs,
1273                   startres, startres - lastres, av.alignment, true);
1274         }
1275       }
1276       else
1277       {
1278         // dragging to the left
1279         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1280         {
1281           for (int j = lastres; j > startres; j--)
1282           {
1283             deleteChar(startres, groupSeqs, fixedRight);
1284           }
1285         }
1286         else
1287         {
1288           editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP, groupSeqs,
1289                   startres, lastres - startres, av.alignment, true);
1290         }
1291
1292       }
1293     }
1294     else
1295     // ///Editing a single sequence///////////
1296     {
1297       if (insertGap)
1298       {
1299         // dragging to the right
1300         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1301         {
1302           for (int j = lastres; j < startres; j++)
1303           {
1304             insertChar(j, new SequenceI[]
1305             { seq }, fixedRight);
1306           }
1307         }
1308         else
1309         {
1310           editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP, new SequenceI[]
1311           { seq }, lastres, startres - lastres, av.alignment, true);
1312         }
1313       }
1314       else
1315       {
1316         // dragging to the left
1317         if (fixedColumns && fixedRight != -1)
1318         {
1319           for (int j = lastres; j > startres; j--)
1320           {
1321             if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(startres)))
1322             {
1323               endEditing();
1324               break;
1325             }
1326             deleteChar(startres, new SequenceI[]
1327             { seq }, fixedRight);
1328           }
1329         }
1330         else
1331         {
1332           // could be a keyboard edit trying to delete none gaps
1333           int max = 0;
1334           for (int m = startres; m < lastres; m++)
1335           {
1336             if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(m)))
1337             {
1338               break;
1339             }
1340             max++;
1341           }
1342
1343           if (max > 0)
1344           {
1345             editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP, new SequenceI[]
1346             { seq }, startres, max, av.alignment, true);
1347           }
1348         }
1349       }
1350     }
1351
1352     lastres = startres;
1353     seqCanvas.repaint();
1354   }
1355
1356   void insertChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)
1357   {
1358     int blankColumn = fixedColumn;
1359     for (int s = 0; s < seq.length; s++)
1360     {
1361       // Find the next gap before the end of the visible region boundary
1362       // If lastCol > j, theres a boundary after the gap insertion
1363
1364       for (blankColumn = fixedColumn; blankColumn > j; blankColumn--)
1365       {
1366         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq[s].getCharAt(blankColumn)))
1367         {
1368           // Theres a space, so break and insert the gap
1369           break;
1370         }
1371       }
1372
1373       if (blankColumn <= j)
1374       {
1375         blankColumn = fixedColumn;
1376         endEditing();
1377         return;
1378       }
1379     }
1380
1381     editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP, seq, blankColumn, 1,
1382             av.alignment, true);
1383
1384     editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP, seq, j, 1, av.alignment,
1385             true);
1386
1387   }
1388
1389   void deleteChar(int j, SequenceI[] seq, int fixedColumn)
1390   {
1391
1392     editCommand.appendEdit(EditCommand.DELETE_GAP, seq, j, 1, av.alignment,
1393             true);
1394
1395     editCommand.appendEdit(EditCommand.INSERT_GAP, seq, fixedColumn, 1,
1396             av.alignment, true);
1397   }
1398
1399   /**
1400    * DOCUMENT ME!
1401    *
1402    * @param e
1403    *          DOCUMENT ME!
1404    */
1405   public void mouseEntered(MouseEvent e)
1406   {
1407     if (oldSeq < 0)
1408     {
1409       oldSeq = 0;
1410     }
1411
1412     if (scrollThread != null)
1413     {
1414       scrollThread.running = false;
1415       scrollThread = null;
1416     }
1417   }
1418
1419   /**
1420    * DOCUMENT ME!
1421    *
1422    * @param e
1423    *          DOCUMENT ME!
1424    */
1425   public void mouseExited(MouseEvent e)
1426   {
1427     if (av.getWrapAlignment())
1428     {
1429       return;
1430     }
1431
1432     if (mouseDragging)
1433     {
1434       scrollThread = new ScrollThread();
1435     }
1436   }
1437
1438   public void mouseClicked(MouseEvent evt)
1439   {
1440     SequenceGroup sg = null;
1441     SequenceI sequence = av.alignment.getSequenceAt(findSeq(evt));
1442     if (evt.getClickCount() > 1)
1443     {
1444       sg = av.getSelectionGroup();
1445       if (sg != null && sg.getSize() == 1
1446               && sg.getEndRes() - sg.getStartRes() < 2)
1447       {
1448         av.setSelectionGroup(null);
1449       }
1450
1451       SequenceFeature[] features = findFeaturesAtRes(
1452               sequence.getDatasetSequence(),
1453               sequence.findPosition(findRes(evt)));
1454
1455       if (features != null && features.length > 0)
1456       {
1457         SearchResults highlight = new SearchResults();
1458         highlight.addResult(sequence, features[0].getBegin(),
1459                 features[0].getEnd());
1460         seqCanvas.highlightSearchResults(highlight);
1461       }
1462       if (features != null && features.length > 0)
1463       {
1464         seqCanvas.getFeatureRenderer().amendFeatures(new SequenceI[]
1465         { sequence }, features, false, ap);
1466
1467         seqCanvas.highlightSearchResults(null);
1468       }
1469     }
1470   }
1471
1472   public void mouseWheelMoved(MouseWheelEvent e)
1473   {
1474     e.consume();
1475     if (e.getWheelRotation() > 0)
1476     {
1477       ap.scrollUp(false);
1478     }
1479     else
1480     {
1481       ap.scrollUp(true);
1482     }
1483     // TODO Update tooltip for new position.
1484   }
1485
1486   /**
1487    * DOCUMENT ME!
1488    *
1489    * @param evt
1490    *          DOCUMENT ME!
1491    */
1492   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)
1493   {
1494     int res = findRes(evt);
1495     int seq = findSeq(evt);
1496     oldSeq = seq;
1497
1498     startWrapBlock = wrappedBlock;
1499
1500     if (av.wrapAlignment && seq > av.alignment.getHeight())
1501     {
1502       JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
1503               "Cannot edit annotations in wrapped view.",
1504               "Wrapped view - no edit", JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1505       return;
1506     }
1507
1508     if (seq < 0 || res < 0)
1509     {
1510       return;
1511     }
1512
1513     SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);
1514
1515     if ((sequence == null) || (res > sequence.getLength()))
1516     {
1517       return;
1518     }
1519
1520     stretchGroup = av.getSelectionGroup();
1521
1522     if (stretchGroup == null)
1523     {
1524       stretchGroup = av.alignment.findGroup(sequence);
1525
1526       if ((stretchGroup != null) && (res > stretchGroup.getStartRes())
1527               && (res < stretchGroup.getEndRes()))
1528       {
1529         av.setSelectionGroup(stretchGroup);
1530       }
1531       else
1532       {
1533         stretchGroup = null;
1534       }
1535     }
1536     else if (!stretchGroup.getSequences(null).contains(sequence)
1537             || (stretchGroup.getStartRes() > res)
1538             || (stretchGroup.getEndRes() < res))
1539     {
1540       stretchGroup = null;
1541
1542       SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups(sequence);
1543
1544       if (allGroups != null)
1545       {
1546         for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)
1547         {
1548           if ((allGroups[i].getStartRes() <= res)
1549                   && (allGroups[i].getEndRes() >= res))
1550           {
1551             stretchGroup = allGroups[i];
1552             break;
1553           }
1554         }
1555       }
1556
1557       av.setSelectionGroup(stretchGroup);
1558
1559     }
1560
1561     if (javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))
1562     {
1563       SequenceFeature[] allFeatures = findFeaturesAtRes(
1564               sequence.getDatasetSequence(), sequence.findPosition(res));
1565       Vector links = new Vector();
1566       for (int i = 0; i < allFeatures.length; i++)
1567       {
1568         if (allFeatures[i].links != null)
1569         {
1570           for (int j = 0; j < allFeatures[i].links.size(); j++)
1571           {
1572             links.addElement(allFeatures[i].links.elementAt(j));
1573           }
1574         }
1575       }
1576
1577       jalview.gui.PopupMenu pop = new jalview.gui.PopupMenu(ap, null, links);
1578       pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());
1579       return;
1580     }
1581
1582     if (av.cursorMode)
1583     {
1584       seqCanvas.cursorX = findRes(evt);
1585       seqCanvas.cursorY = findSeq(evt);
1586       seqCanvas.repaint();
1587       return;
1588     }
1589
1590     if (stretchGroup == null)
1591     {
1592       // Only if left mouse button do we want to change group sizes
1593
1594       // define a new group here
1595       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();
1596       sg.setStartRes(res);
1597       sg.setEndRes(res);
1598       sg.addSequence(sequence, false);
1599       av.setSelectionGroup(sg);
1600
1601       stretchGroup = sg;
1602
1603       if (av.getConservationSelected())
1604       {
1605         SliderPanel.setConservationSlider(ap, av.getGlobalColourScheme(),
1606                 "Background");
1607       }
1608
1609       if (av.getAbovePIDThreshold())
1610       {
1611         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),
1612                 "Background");
1613       }
1614       if ((stretchGroup != null) && (stretchGroup.getEndRes() == res))
1615       {
1616         // Edit end res position of selected group
1617         changeEndRes = true;
1618       }
1619       else if ((stretchGroup != null)
1620               && (stretchGroup.getStartRes() == res))
1621       {
1622         // Edit end res position of selected group
1623         changeStartRes = true;
1624       }
1625       stretchGroup.getWidth();
1626     }
1627
1628     seqCanvas.repaint();
1629   }
1630
1631   /**
1632    * DOCUMENT ME!
1633    *
1634    * @param evt
1635    *          DOCUMENT ME!
1636    */
1637   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)
1638   {
1639     if (stretchGroup == null)
1640     {
1641       return;
1642     }
1643
1644     stretchGroup.recalcConservation(); // always do this - annotation has own
1645                                        // state
1646     if (stretchGroup.cs != null)
1647     {
1648       if (stretchGroup.cs instanceof ClustalxColourScheme)
1649       {
1650         ((ClustalxColourScheme) stretchGroup.cs).resetClustalX(
1651                 stretchGroup.getSequences(av.hiddenRepSequences),
1652                 stretchGroup.getWidth());
1653       }
1654
1655       if (stretchGroup.cs.conservationApplied())
1656       {
1657         SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,
1658                 stretchGroup.getName());
1659       }
1660       else
1661       {
1662         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,
1663                 stretchGroup.getName());
1664       }
1665     }
1666     PaintRefresher.Refresh(this, av.getSequenceSetId());
1667     ap.paintAlignment(true);
1668
1669     changeEndRes = false;
1670     changeStartRes = false;
1671     stretchGroup = null;
1672     av.sendSelection();
1673   }
1674
1675   /**
1676    * DOCUMENT ME!
1677    *
1678    * @param evt
1679    *          DOCUMENT ME!
1680    */
1681   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)
1682   {
1683     int res = findRes(evt);
1684     int y = findSeq(evt);
1685
1686     if (wrappedBlock != startWrapBlock)
1687     {
1688       return;
1689     }
1690
1691     if (stretchGroup == null)
1692     {
1693       return;
1694     }
1695
1696     if (res >= av.alignment.getWidth())
1697     {
1698       res = av.alignment.getWidth() - 1;
1699     }
1700
1701     if (stretchGroup.getEndRes() == res)
1702     {
1703       // Edit end res position of selected group
1704       changeEndRes = true;
1705     }
1706     else if (stretchGroup.getStartRes() == res)
1707     {
1708       // Edit start res position of selected group
1709       changeStartRes = true;
1710     }
1711
1712     if (res < av.getStartRes())
1713     {
1714       res = av.getStartRes();
1715     }
1716
1717     if (changeEndRes)
1718     {
1719       if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))
1720       {
1721         stretchGroup.setEndRes(res);
1722       }
1723     }
1724     else if (changeStartRes)
1725     {
1726       if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))
1727       {
1728         stretchGroup.setStartRes(res);
1729       }
1730     }
1731
1732     int dragDirection = 0;
1733
1734     if (y > oldSeq)
1735     {
1736       dragDirection = 1;
1737     }
1738     else if (y < oldSeq)
1739     {
1740       dragDirection = -1;
1741     }
1742
1743     while ((y != oldSeq) && (oldSeq > -1) && (y < av.alignment.getHeight()))
1744     {
1745       // This routine ensures we don't skip any sequences, as the
1746       // selection is quite slow.
1747       Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);
1748
1749       oldSeq += dragDirection;
1750
1751       if (oldSeq < 0)
1752       {
1753         break;
1754       }
1755
1756       Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);
1757
1758       if (stretchGroup.getSequences(null).contains(nextSeq))
1759       {
1760         stretchGroup.deleteSequence(seq, false);
1761       }
1762       else
1763       {
1764         if (seq != null)
1765         {
1766           stretchGroup.addSequence(seq, false);
1767         }
1768
1769         stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);
1770       }
1771     }
1772
1773     if (oldSeq < 0)
1774     {
1775       oldSeq = -1;
1776     }
1777
1778     mouseDragging = true;
1779
1780     if (scrollThread != null)
1781     {
1782       scrollThread.setEvent(evt);
1783     }
1784
1785     seqCanvas.repaint();
1786   }
1787
1788   void scrollCanvas(MouseEvent evt)
1789   {
1790     if (evt == null)
1791     {
1792       if (scrollThread != null)
1793       {
1794         scrollThread.running = false;
1795         scrollThread = null;
1796       }
1797       mouseDragging = false;
1798     }
1799     else
1800     {
1801       if (scrollThread == null)
1802       {
1803         scrollThread = new ScrollThread();
1804       }
1805
1806       mouseDragging = true;
1807       scrollThread.setEvent(evt);
1808     }
1809
1810   }
1811
1812   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment
1813   class ScrollThread extends Thread
1814   {
1815     MouseEvent evt;
1816
1817     boolean running = false;
1818
1819     public ScrollThread()
1820     {
1821       start();
1822     }
1823
1824     public void setEvent(MouseEvent e)
1825     {
1826       evt = e;
1827     }
1828
1829     public void stopScrolling()
1830     {
1831       running = false;
1832     }
1833
1834     public void run()
1835     {
1836       running = true;
1837
1838       while (running)
1839       {
1840         if (evt != null)
1841         {
1842           if (mouseDragging && (evt.getY() < 0) && (av.getStartSeq() > 0))
1843           {
1844             running = ap.scrollUp(true);
1845           }
1846
1847           if (mouseDragging && (evt.getY() >= getHeight())
1848                   && (av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq()))
1849           {
1850             running = ap.scrollUp(false);
1851           }
1852
1853           if (mouseDragging && (evt.getX() < 0))
1854           {
1855             running = ap.scrollRight(false);
1856           }
1857           else if (mouseDragging && (evt.getX() >= getWidth()))
1858           {
1859             running = ap.scrollRight(true);
1860           }
1861         }
1862
1863         try
1864         {
1865           Thread.sleep(20);
1866         } catch (Exception ex)
1867         {
1868         }
1869       }
1870     }
1871   }
1872
1873   /**
1874    * modify current selection according to a received message.
1875    */
1876   public void selection(SequenceGroup seqsel, ColumnSelection colsel,
1877           SelectionSource source)
1878   {
1879     // TODO: fix this hack - source of messages is align viewport, but SeqPanel
1880     // handles selection messages...
1881     // TODO: extend config options to allow user to control if selections may be
1882     // shared between viewports.
1883     if (av == source
1884             || !av.followSelection
1885             || (source instanceof AlignViewport && ((AlignViewport) source)
1886                     .getSequenceSetId().equals(av.getSequenceSetId())))
1887     {
1888       return;
1889     }
1890     // do we want to thread this ? (contention with seqsel and colsel locks, I
1891     // suspect)
1892     // rules are: colsel is copied if there is a real intersection between
1893     // sequence selection
1894     boolean repaint = false, copycolsel = true;
1895     if (av.selectionGroup == null || !av.isSelectionGroupChanged())
1896     {
1897       SequenceGroup sgroup = null;
1898       if (seqsel != null && seqsel.getSize()>0)
1899       {
1900         if (av.alignment == null)
1901         {
1902           jalview.bin.Cache.log.warn("alignviewport av SeqSetId="
1903                   + av.getSequenceSetId() + " ViewId=" + av.getViewId()
1904                   + " 's alignment is NULL! returning immediatly.");
1905           return;
1906         }
1907         sgroup = seqsel.intersect(av.alignment,
1908                 (av.hasHiddenRows) ? av.hiddenRepSequences : null);
1909         if ((sgroup == null || sgroup.getSize() == 0)
1910                 && (colsel == null || colsel.size() == 0))
1911         {
1912           // don't copy columns if the region didn't intersect.
1913           copycolsel = false;
1914         }
1915       }
1916       if (sgroup != null && sgroup.getSize() > 0)
1917       {
1918         av.setSelectionGroup(sgroup);
1919       }
1920       else
1921       {
1922         av.setSelectionGroup(null);
1923       }
1924       repaint = av.isSelectionGroupChanged();
1925     }
1926     if (copycolsel && (av.colSel == null || !av.isColSelChanged()))
1927     {
1928       // the current selection is unset or from a previous message
1929       // so import the new colsel.
1930       if (colsel == null || colsel.size() == 0)
1931       {
1932         if (av.colSel != null)
1933         {
1934           av.colSel.clear();
1935         }
1936       }
1937       else
1938       {
1939         // TODO: shift colSel according to the intersecting sequences
1940         if (av.colSel == null)
1941         {
1942           av.colSel = new ColumnSelection(colsel);
1943         }
1944         else
1945         {
1946           av.colSel.setElementsFrom(colsel);
1947         }
1948       }
1949       repaint |= av.isColSelChanged();
1950     }
1951     if (copycolsel && av.hasHiddenColumns
1952             && (av.colSel == null || av.colSel.getHiddenColumns() == null))
1953     {
1954       System.err.println("Bad things");
1955     }
1956     if (repaint)
1957     {
1958       // probably finessing with multiple redraws here
1959       PaintRefresher.Refresh(this, av.getSequenceSetId());
1960       // ap.paintAlignment(false);
1961     }
1962   }
1963 }