src/jalview/gui/SeqPanel.java

   1 /*\r
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer\r
   3  * Copyright (C) 2005 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle\r
   4  *\r
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or\r
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License\r
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2\r
   8  * of the License, or (at your option) any later version.\r
   9  *\r
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,\r
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of\r
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the\r
  13  * GNU General Public License for more details.\r
  14  *\r
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License\r
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software\r
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA\r
  18  */\r
  19 package jalview.gui;\r
  20 \r
  21 import jalview.datamodel.*;\r
  22 \r
  23 import jalview.schemes.*;\r
  24 \r
  25 import java.awt.*;\r
  26 import java.awt.event.*;\r
  27 \r
  28 import javax.swing.*;\r
  29 \r
  30 import java.util.Vector;\r
  31 \r
  32 \r
  33 /**\r
  34  * DOCUMENT ME!\r
  35  *\r
  36  * @author $author$\r
  37  * @version $Revision$\r
  38  */\r
  39 public class SeqPanel extends JPanel implements MouseListener,\r
  40     MouseMotionListener, MouseWheelListener\r
  41 \r
  42 {\r
  43     /** DOCUMENT ME!! */\r
  44     public SeqCanvas seqCanvas;\r
  45 \r
  46     /** DOCUMENT ME!! */\r
  47     public AlignmentPanel ap;\r
  48     protected int lastres;\r
  49     protected int startseq;\r
  50     protected AlignViewport av;\r
  51 \r
  52     // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the conservation\r
  53     boolean seqEditOccurred = false;\r
  54     ScrollThread scrollThread = null;\r
  55     boolean mouseDragging = false;\r
  56     boolean editingSeqs = false;\r
  57     boolean groupEditing = false;\r
  58 \r
  59     //////////////////////////////////////////\r
  60     /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
  61     //////////////////////////////////////////\r
  62     int oldSeq = -1;\r
  63     boolean changeEndSeq = false;\r
  64     boolean changeStartSeq = false;\r
  65     boolean changeEndRes = false;\r
  66     boolean changeStartRes = false;\r
  67     SequenceGroup stretchGroup = null;\r
  68     boolean remove = false;\r
  69 \r
  70     Point lastMousePress;\r
  71     boolean mouseWheelPressed = false;\r
  72     StringBuffer keyboardNo1;\r
  73     StringBuffer keyboardNo2;\r
  74 \r
  75     java.net.URL linkImageURL;\r
  76 \r
  77     /**\r
  78      * Creates a new SeqPanel object.\r
  79      *\r
  80      * @param avp DOCUMENT ME!\r
  81      * @param p DOCUMENT ME!\r
  82      */\r
  83     public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p)\r
  84     {\r
  85         linkImageURL = getClass().getResource("/images/link.gif");\r
  86         ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
  87         ToolTipManager.sharedInstance().setInitialDelay(0);\r
  88         ToolTipManager.sharedInstance().setDismissDelay(10000);\r
  89         this.av = avp;\r
  90         setBackground(Color.white);\r
  91 \r
  92         seqCanvas = new SeqCanvas(avp);\r
  93         setLayout(new BorderLayout());\r
  94         add(seqCanvas, BorderLayout.CENTER);\r
  95 \r
  96         ap = p;\r
  97 \r
  98         if(!av.isDataset())\r
  99         {\r
 100           addMouseMotionListener(this);\r
 101           addMouseListener(this);\r
 102           addMouseWheelListener(this);\r
 103         }\r
 104     }\r
 105 \r
 106     int startWrapBlock=-1;\r
 107     int wrappedBlock=-1;\r
 108     int findRes(MouseEvent evt)\r
 109    {\r
 110      int res = 0;\r
 111      int x = evt.getX();\r
 112 \r
 113     if (av.wrapAlignment)\r
 114     {\r
 115 \r
 116       int hgap = av.charHeight;\r
 117       if (av.scaleAboveWrapped)\r
 118         hgap += av.charHeight;\r
 119 \r
 120       int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 121           + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 122 \r
 123         int y = evt.getY();\r
 124         y -= hgap;\r
 125         x -= seqCanvas.LABEL_WEST;\r
 126 \r
 127 \r
 128         int cwidth = seqCanvas.getWrappedCanvasWidth(this.getWidth());\r
 129 \r
 130         wrappedBlock = y / cHeight;\r
 131         wrappedBlock += av.getStartRes() / cwidth;\r
 132 \r
 133         res = wrappedBlock * cwidth + x / av.getCharWidth();\r
 134 \r
 135     }\r
 136     else\r
 137     {\r
 138         res = (x / av.getCharWidth()) + av.getStartRes();\r
 139     }\r
 140 \r
 141     if(av.hasHiddenColumns)\r
 142           res = av.getColumnSelection().adjustForHiddenColumns(res);\r
 143 \r
 144     return res;\r
 145 \r
 146    }\r
 147 \r
 148    int findSeq(MouseEvent evt)\r
 149    {\r
 150      int seq = 0;\r
 151      int y = evt.getY();\r
 152 \r
 153      if (av.wrapAlignment)\r
 154      {\r
 155        int hgap = av.charHeight;\r
 156        if (av.scaleAboveWrapped)\r
 157          hgap += av.charHeight;\r
 158 \r
 159        int cHeight = av.getAlignment().getHeight() * av.charHeight\r
 160            + hgap + seqCanvas.getAnnotationHeight();\r
 161 \r
 162          y -= hgap;\r
 163 \r
 164        seq = Math.min( (y % cHeight) / av.getCharHeight(),\r
 165                        av.alignment.getHeight() -1);\r
 166      }\r
 167      else\r
 168      {\r
 169        seq = Math.min( (y / av.getCharHeight()) + av.getStartSeq(),\r
 170                        av.alignment.getHeight() -1);\r
 171      }\r
 172 \r
 173      return seq;\r
 174    }\r
 175 \r
 176    Vector getAllFeaturesAtRes(SequenceI seq, int res)\r
 177    {\r
 178      Vector allFeatures = new Vector();\r
 179      int index = 0;\r
 180      if(seq.getSequenceFeatures()!=null && av.featuresDisplayed!=null)\r
 181      {\r
 182        while (index < seq.getSequenceFeatures().length)\r
 183        {\r
 184          SequenceFeature sf = seq.getSequenceFeatures()[index];\r
 185          if (sf.getBegin() <= res &&\r
 186              sf.getEnd() >= res)\r
 187          {\r
 188            if (av.featuresDisplayed.containsKey(sf.getType()))\r
 189            {\r
 190              allFeatures.addElement(sf);\r
 191            }\r
 192          }\r
 193          index++;\r
 194        }\r
 195      }\r
 196      return allFeatures;\r
 197   }\r
 198 \r
 199    void endEditing()\r
 200    {\r
 201      startseq = -1;\r
 202      lastres = -1;\r
 203      seqEditOccurred = false;\r
 204      editingSeqs = false;\r
 205      groupEditing = false;\r
 206      keyboardNo1 = null;\r
 207      keyboardNo2 = null;\r
 208     }\r
 209 \r
 210     void setCursorRow()\r
 211     {\r
 212       seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo(keyboardNo1)-1;\r
 213       scrollToVisible();\r
 214     }\r
 215 \r
 216     void setCursorColumn()\r
 217     {\r
 218       seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo(keyboardNo1)-1;\r
 219       scrollToVisible();\r
 220     }\r
 221 \r
 222     void setCursorRowAndColumn()\r
 223     {\r
 224       if(keyboardNo2==null)\r
 225       {\r
 226         keyboardNo2 = new StringBuffer();\r
 227       }\r
 228       else\r
 229       {\r
 230         seqCanvas.cursorX = getKeyboardNo(keyboardNo1) - 1;\r
 231         seqCanvas.cursorY = getKeyboardNo(keyboardNo2) - 1;\r
 232         scrollToVisible();\r
 233       }\r
 234     }\r
 235 \r
 236     void setCursorPosition()\r
 237     {\r
 238       SequenceI sequence =\r
 239           (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);\r
 240 \r
 241       seqCanvas.cursorX = sequence.findIndex(\r
 242           getKeyboardNo(keyboardNo1)-1\r
 243           );\r
 244       scrollToVisible();\r
 245     }\r
 246 \r
 247     void moveCursor(int dx, int dy)\r
 248     {\r
 249       seqCanvas.cursorX += dx;\r
 250       seqCanvas.cursorY += dy;\r
 251       scrollToVisible();\r
 252     }\r
 253 \r
 254     void scrollToVisible()\r
 255     {\r
 256       if (seqCanvas.cursorX < 0)\r
 257         seqCanvas.cursorX = 0;\r
 258       else if (seqCanvas.cursorX > av.alignment.getWidth() - 1)\r
 259         seqCanvas.cursorX = av.alignment.getWidth() - 1;\r
 260 \r
 261       if (seqCanvas.cursorY < 0)\r
 262         seqCanvas.cursorY = 0;\r
 263       else if (seqCanvas.cursorY > av.alignment.getHeight() - 1)\r
 264         seqCanvas.cursorY = av.alignment.getHeight() - 1;\r
 265 \r
 266 \r
 267       endEditing();\r
 268       if(av.wrapAlignment)\r
 269       {\r
 270         ap.scrollToWrappedVisible(seqCanvas.cursorX);\r
 271       }\r
 272       else\r
 273       {\r
 274         while (seqCanvas.cursorY < av.startSeq)\r
 275         {\r
 276           ap.scrollUp(true);\r
 277         }\r
 278         while (seqCanvas.cursorY + 1 > av.endSeq)\r
 279         {\r
 280           ap.scrollUp(false);\r
 281         }\r
 282         if (!av.wrapAlignment)\r
 283         {\r
 284           while (seqCanvas.cursorX < av.startRes)\r
 285           {\r
 286             if (!ap.scrollRight(false))\r
 287               break;\r
 288           }\r
 289           while (seqCanvas.cursorX > av.endRes)\r
 290           {\r
 291             if (!ap.scrollRight(true))\r
 292               break;\r
 293           }\r
 294         }\r
 295       }\r
 296       setStatusMessage(av.alignment.getSequenceAt(seqCanvas.cursorY),\r
 297                        seqCanvas.cursorX, seqCanvas.cursorY);\r
 298 \r
 299       seqCanvas.repaint();\r
 300     }\r
 301 \r
 302     void setSelectionAreaAtCursor(boolean topLeft)\r
 303     {\r
 304       SequenceI sequence =\r
 305           (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seqCanvas.cursorY);\r
 306 \r
 307       if(av.getSelectionGroup()!=null)\r
 308       {\r
 309         SequenceGroup sg = av.selectionGroup;\r
 310         //Find the top and bottom of this group\r
 311         int min = av.alignment.getHeight(), max = 0;\r
 312         for(int i=0; i<sg.getSize(false); i++)\r
 313         {\r
 314           int index = av.alignment.findIndex( sg.getSequenceAt(i) );\r
 315           if(index > max)\r
 316             max = index;\r
 317           if(index < min)\r
 318             min = index;\r
 319         }\r
 320 \r
 321         max ++;\r
 322 \r
 323         if(topLeft)\r
 324         {\r
 325           sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 326           if(sg.getEndRes()<seqCanvas.cursorX)\r
 327             sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 328 \r
 329           min = seqCanvas.cursorY;\r
 330         }\r
 331         else\r
 332         {\r
 333           sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 334           if(sg.getStartRes()>seqCanvas.cursorX)\r
 335             sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 336 \r
 337           max = seqCanvas.cursorY+1;\r
 338         }\r
 339 \r
 340         if(min>max)\r
 341         {\r
 342           // Only the user can do this\r
 343           av.setSelectionGroup(null);\r
 344         }\r
 345         else\r
 346         {\r
 347           // Now add any sequences between min and max\r
 348           sg.getSequences(false).clear();\r
 349           for (int i = min; i < max; i++)\r
 350           {\r
 351             sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(i), false);\r
 352           }\r
 353         }\r
 354       }\r
 355 \r
 356       if (av.getSelectionGroup() == null)\r
 357       {\r
 358         SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 359         sg.setStartRes(seqCanvas.cursorX);\r
 360         sg.setEndRes(seqCanvas.cursorX);\r
 361         sg.addSequence(sequence, false);\r
 362         av.setSelectionGroup(sg);\r
 363       }\r
 364 \r
 365 \r
 366       ap.repaint();\r
 367     }\r
 368 \r
 369     void insertGapAtCursor(boolean group)\r
 370     {\r
 371       ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem("Edit Sequence",\r
 372                                                    av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 373       groupEditing = group;\r
 374       startseq = seqCanvas.cursorY;\r
 375       lastres = seqCanvas.cursorX;\r
 376       editSequence(true, seqCanvas.cursorX+getKeyboardNo(keyboardNo1));\r
 377       editOccurred();\r
 378     }\r
 379 \r
 380     void deleteGapAtCursor(boolean group)\r
 381     {\r
 382       ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem("Edit Sequence",\r
 383                                                    av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 384       groupEditing = group;\r
 385       startseq = seqCanvas.cursorY;\r
 386       lastres = seqCanvas.cursorX+getKeyboardNo(keyboardNo1);\r
 387       editSequence(false, seqCanvas.cursorX);\r
 388       editOccurred();\r
 389     }\r
 390 \r
 391     void numberPressed(char value)\r
 392     {\r
 393       if(keyboardNo1==null)\r
 394         keyboardNo1 = new StringBuffer();\r
 395 \r
 396       if(keyboardNo2!=null)\r
 397         keyboardNo2.append(value);\r
 398       else\r
 399         keyboardNo1.append(value);\r
 400     }\r
 401 \r
 402     int getKeyboardNo(StringBuffer kb)\r
 403     {\r
 404       if(kb==null)\r
 405         return 1;\r
 406       else\r
 407         return Integer.parseInt(kb.toString());\r
 408     }\r
 409 \r
 410 \r
 411     /**\r
 412      * DOCUMENT ME!\r
 413      *\r
 414      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 415      */\r
 416     public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
 417     {\r
 418       mouseDragging = false;\r
 419       mouseWheelPressed = false;\r
 420 \r
 421       if (!editingSeqs)\r
 422       {\r
 423          doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
 424          return;\r
 425       }\r
 426 \r
 427        editOccurred();\r
 428 \r
 429        ap.repaint();\r
 430     }\r
 431 \r
 432 \r
 433 \r
 434     /**\r
 435      * DOCUMENT ME!\r
 436      *\r
 437      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 438      */\r
 439     public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
 440     {\r
 441       lastMousePress = evt.getPoint();\r
 442 \r
 443       if (javax.swing.SwingUtilities.isMiddleMouseButton(evt))\r
 444       {\r
 445         mouseWheelPressed = true;\r
 446         return;\r
 447       }\r
 448 \r
 449       if (evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() ||\r
 450           evt.isControlDown())\r
 451       {\r
 452         if (evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
 453         {\r
 454           groupEditing = true;\r
 455         }\r
 456         editingSeqs = true;\r
 457       }\r
 458       else\r
 459       {\r
 460         doMousePressedDefineMode(evt);\r
 461         return;\r
 462       }\r
 463 \r
 464 \r
 465 \r
 466       int seq = findSeq(evt);\r
 467       int res = findRes(evt);\r
 468 \r
 469       if(seq<0 || res<0)\r
 470         return;\r
 471 \r
 472       ap.alignFrame.addHistoryItem(new HistoryItem("Edit Sequence",\r
 473                                                          av.alignment, HistoryItem.EDIT));\r
 474 \r
 475         if ((seq < av.getAlignment().getHeight()) &&\r
 476                 (res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength()))\r
 477         {\r
 478             startseq = seq;\r
 479             lastres = res;\r
 480         }\r
 481         else\r
 482         {\r
 483             startseq = -1;\r
 484             lastres = -1;\r
 485         }\r
 486 \r
 487         return;\r
 488     }\r
 489 \r
 490     /**\r
 491      * DOCUMENT ME!\r
 492      *\r
 493      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 494      */\r
 495     public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
 496     {\r
 497       if (editingSeqs)\r
 498       {\r
 499        // This is because MacOSX creates a mouseMoved\r
 500        // If control is down, other platforms will not.\r
 501        mouseDragged(evt);\r
 502       }\r
 503 \r
 504       int res = findRes(evt);\r
 505       int seq = findSeq(evt);\r
 506 \r
 507 \r
 508       if(res<0 || seq<0 || seq >= av.getAlignment().getHeight())\r
 509             return;\r
 510 \r
 511       SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 512 \r
 513       if (res > sequence.getLength())\r
 514       {\r
 515         return;\r
 516       }\r
 517 \r
 518       if(seqCanvas.pdbCanvas!=null && sequence==seqCanvas.pdbCanvas.sequence)\r
 519       {\r
 520         seqCanvas.pdbCanvas.highlightRes(sequence.findPosition(res));\r
 521       }\r
 522 \r
 523       setStatusMessage(sequence, res, seq);\r
 524 \r
 525         // use aa to see if the mouse pointer is on a\r
 526         if (av.showSequenceFeatures)\r
 527         {\r
 528             SequenceFeature [] features = sequence.getDatasetSequence().getSequenceFeatures();\r
 529             if(features!=null)\r
 530             {\r
 531               StringBuffer sbuffer = new StringBuffer("<html>");\r
 532               StringBuffer seqSpecific =  new StringBuffer();\r
 533 \r
 534               for (int i = 0; i < features.length; i++)\r
 535               {\r
 536 \r
 537                 if ( (features[i].getBegin() <= sequence.findPosition(res)) &&\r
 538                     (features[i].getEnd() >= sequence.findPosition(res)))\r
 539                 {\r
 540                   if(av.featuresDisplayed==null\r
 541                     || !av.featuresDisplayed.containsKey(features[i].getType()))\r
 542                   continue;\r
 543 \r
 544 \r
 545                   if (features[i].getType().equals("disulfide bond"))\r
 546                   {\r
 547                     if (features[i].getBegin() == sequence.findPosition(res)\r
 548                         || features[i].getEnd() == sequence.findPosition(res))\r
 549                     {\r
 550                       if (sbuffer.length() > 6)\r
 551                         sbuffer.append("<br>");\r
 552                       sbuffer.append("disulfide bond " + features[i].getBegin() + ":" +\r
 553                                      features[i].getEnd());\r
 554                       if (features[i].links != null)\r
 555                       sbuffer.append(" <img src=\"" + linkImageURL + "\">");\r
 556                     }\r
 557                   }\r
 558                   else\r
 559                   {\r
 560                     if (sbuffer.length() > 6)\r
 561                       sbuffer.append("<br>");\r
 562 \r
 563                     sbuffer.append(features[i].getType() + " " +\r
 564                                    features[i].begin);\r
 565                     if (features[i].begin != features[i].end)\r
 566                       sbuffer.append(" " + features[i].end);\r
 567 \r
 568                     if (features[i].getDescription() != null\r
 569                         && !features[i].description.equals(features[i].getType()))\r
 570                       sbuffer.append("; " + features[i].getDescription());\r
 571 \r
 572                     if (features[i].getValue("status") != null)\r
 573                     {\r
 574                       sbuffer.append("; (" + features[i].getValue("status") + ")");\r
 575                     }\r
 576                     if (features[i].links != null)\r
 577                       sbuffer.append(" <img src=\"" + linkImageURL + "\">");\r
 578 \r
 579                   }\r
 580                 }\r
 581                 else if(features[i].begin==0 && features[i].end==0)\r
 582                 {\r
 583                   // seqSpecific.append(features[i].featureGroup+": "\r
 584                   //                   + features[i].getType()+" "\r
 585                    //                   +features[i].getDescription()+"<br>");\r
 586 \r
 587                 }\r
 588               }\r
 589 \r
 590               if(seqSpecific.length()>0)\r
 591                 seqSpecific.setLength(seqSpecific.length()-4);\r
 592 \r
 593               sbuffer.append(seqSpecific);\r
 594               sbuffer.append("</html>");\r
 595               if(sbuffer.length()==13) // <html></html>\r
 596                 setToolTipText("");\r
 597               else\r
 598                setToolTipText(sbuffer.toString());\r
 599             }\r
 600             else\r
 601               setToolTipText("");\r
 602         }\r
 603     }\r
 604 \r
 605     void setStatusMessage(SequenceI sequence, int res, int seq)\r
 606     {\r
 607       StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " + (seq + 1) + " ID: " +\r
 608                                            sequence.getName());\r
 609 \r
 610       Object obj = null;\r
 611       if (av.alignment.isNucleotide())\r
 612       {\r
 613         obj = ResidueProperties.nucleotideName.get(sequence.getCharAt(res) +\r
 614                                                    "");\r
 615         if (obj != null)\r
 616           text.append(" Nucleotide: ");\r
 617       }\r
 618       else\r
 619       {\r
 620         obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get(sequence.getCharAt(res) + "");\r
 621         if (obj != null)\r
 622           text.append("  Residue: ");\r
 623       }\r
 624 \r
 625       if (obj != null)\r
 626       {\r
 627 \r
 628         if (obj != "")\r
 629         {\r
 630           text.append(obj + " (" + sequence.findPosition(res) +\r
 631                       ")");\r
 632         }\r
 633       }\r
 634       ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 635 \r
 636     }\r
 637 \r
 638     /**\r
 639      * DOCUMENT ME!\r
 640      *\r
 641      * @param evt DOCUMENT ME!\r
 642      */\r
 643     public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
 644     {\r
 645       if (mouseWheelPressed)\r
 646       {\r
 647         int oldWidth = av.charWidth;\r
 648 \r
 649         //Which is bigger, left-right or up-down?\r
 650         if (Math.abs(evt.getY() - lastMousePress.getY())\r
 651             > Math.abs(evt.getX() - lastMousePress.getX()))\r
 652         {\r
 653           int fontSize = av.font.getSize();\r
 654 \r
 655           if (evt.getY() < lastMousePress.getY())\r
 656           {\r
 657             fontSize--;\r
 658           }\r
 659           else if (evt.getY() > lastMousePress.getY())\r
 660           {\r
 661             fontSize++;\r
 662           }\r
 663 \r
 664           if(fontSize<1)\r
 665             fontSize = 1;\r
 666 \r
 667           av.setFont(new Font(av.font.getName(), av.font.getStyle(), fontSize));\r
 668           av.charWidth = oldWidth;\r
 669           ap.fontChanged();\r
 670         }\r
 671         else\r
 672         {\r
 673           if (evt.getX() < lastMousePress.getX() && av.charWidth > 1)\r
 674           {\r
 675             av.charWidth--;\r
 676           }\r
 677           else if (evt.getX() > lastMousePress.getX())\r
 678           {\r
 679             av.charWidth++;\r
 680           }\r
 681 \r
 682           ap.repaint();\r
 683         }\r
 684 \r
 685         FontMetrics fm = getFontMetrics(av.getFont());\r
 686         av.validCharWidth = fm.charWidth('M') <= av.charWidth;\r
 687 \r
 688         lastMousePress = evt.getPoint();\r
 689 \r
 690         return;\r
 691       }\r
 692 \r
 693       if (!editingSeqs)\r
 694       {\r
 695         doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
 696         return;\r
 697       }\r
 698 \r
 699         int res = findRes(evt);\r
 700 \r
 701         if (res < 0)\r
 702         {\r
 703             res = 0;\r
 704         }\r
 705 \r
 706         if ((lastres == -1) || (lastres == res))\r
 707         {\r
 708             return;\r
 709         }\r
 710 \r
 711         if ( (res < av.getAlignment().getWidth()) && (res < lastres))\r
 712         {\r
 713           // dragLeft, delete gap\r
 714           editSequence(false, res);\r
 715         }\r
 716         else\r
 717           editSequence(true, res);\r
 718 \r
 719         mouseDragging = true;\r
 720         if(scrollThread!=null)\r
 721           scrollThread.setEvent(evt);\r
 722 \r
 723     }\r
 724 \r
 725     synchronized void editSequence(boolean insertGap, int startres)\r
 726     {\r
 727       int fixedLeft = -1;\r
 728       int fixedRight = -1;\r
 729       boolean fixedColumns = false;\r
 730       SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 731 \r
 732 \r
 733         if (!groupEditing && av.hasHiddenRows)\r
 734         {\r
 735           if (av.alignment.getSequenceAt(startseq).getHiddenSequences() != null)\r
 736           {\r
 737             groupEditing = true;\r
 738           }\r
 739         }\r
 740 \r
 741         //No group, but the sequence may represent a group\r
 742         if (groupEditing\r
 743             && sg == null\r
 744             && av.alignment.getSequenceAt(startseq).getHiddenSequences() == null)\r
 745         {\r
 746           groupEditing = false;\r
 747         }\r
 748 \r
 749         SequenceI seq = av.alignment.getSequenceAt(startseq);\r
 750         StringBuffer message = new StringBuffer();\r
 751         if (groupEditing)\r
 752            message.append("Edit group:");\r
 753         else\r
 754            message.append("Edit sequence: "+seq.getName());\r
 755 \r
 756        if(insertGap)\r
 757          message.append(" insert ");\r
 758        else\r
 759          message.append(" delete ");\r
 760 \r
 761        message.append(Math.abs(startres-lastres)+" gaps.");\r
 762        ap.alignFrame.statusBar.setText(message.toString());\r
 763 \r
 764 \r
 765         //Are we editing within a selection group?\r
 766         if (groupEditing\r
 767             || (sg != null && sg.getSequences(true).contains(seq)))\r
 768         {\r
 769           fixedColumns = true;\r
 770 \r
 771           //sg might be null as the user may only see 1 sequence,\r
 772           //but the sequence represents a group\r
 773           if (sg == null)\r
 774           {\r
 775             sg = new SequenceGroup(null, null, false, false, false, 0,\r
 776                                    av.alignment.getWidth()-1);\r
 777             sg.addSequence(av.alignment.getSequenceAt(startseq), false);\r
 778           }\r
 779 \r
 780           fixedLeft = sg.getStartRes();\r
 781           fixedRight = sg.getEndRes();\r
 782 \r
 783           if (   (startres < fixedLeft && lastres >= fixedLeft)\r
 784               || (startres >= fixedLeft && lastres < fixedLeft)\r
 785               || (startres > fixedRight && lastres <=fixedRight)\r
 786               || (startres <= fixedRight && lastres > fixedRight))\r
 787           {\r
 788             endEditing();\r
 789             return;\r
 790           }\r
 791 \r
 792           if (fixedLeft > startres)\r
 793           {\r
 794             fixedRight = fixedLeft - 1;\r
 795             fixedLeft = 0;\r
 796           }\r
 797           else if (fixedRight < startres)\r
 798           {\r
 799             fixedLeft = fixedRight;\r
 800             fixedRight = -1;\r
 801           }\r
 802         }\r
 803 \r
 804 \r
 805         if(av.hasHiddenColumns )\r
 806         {\r
 807             fixedColumns = true;\r
 808             int y1 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryLeft(startres);\r
 809             int y2 = av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres);\r
 810 \r
 811             if ( (insertGap && startres > y1 && lastres < y1)\r
 812                 || (!insertGap && startres < y2 && lastres > y2))\r
 813             {\r
 814               endEditing();\r
 815               return;\r
 816             }\r
 817 \r
 818             //System.out.print(y1+" "+y2+" "+fixedLeft+" "+fixedRight+"~~");\r
 819             //Selection spans a hidden region\r
 820             if(fixedLeft<y1 && (fixedRight>y2 || fixedRight==-1))\r
 821             {\r
 822               if(startres>=y2)\r
 823               {\r
 824                 fixedLeft = y2;\r
 825               }\r
 826               else\r
 827               {\r
 828                fixedRight = y2 - 1;\r
 829              }\r
 830             }\r
 831         }\r
 832 \r
 833 \r
 834         if (groupEditing)\r
 835         {\r
 836           // drag to right\r
 837           if (insertGap)\r
 838           {\r
 839               //If the user has selected the whole sequence, and is dragging to\r
 840               // the right, we can still extend the alignment and selectionGroup\r
 841               if(   sg.getStartRes() == 0\r
 842                     && sg.getEndRes() == fixedRight\r
 843                     && sg.getEndRes() == av.alignment.getWidth()-1\r
 844                  )\r
 845               {\r
 846                 sg.setEndRes(av.alignment.getWidth() + startres - lastres);\r
 847                 fixedRight = sg.getEndRes();\r
 848               }\r
 849 \r
 850             // Is it valid with fixed columns??\r
 851             // Find the next gap before the end\r
 852             // of the visible region boundary\r
 853             boolean blank = false;\r
 854             for (fixedRight = fixedRight;\r
 855                  fixedRight > lastres;\r
 856                  fixedRight--)\r
 857             {\r
 858               blank = true;\r
 859               for (int s = 0; s < sg.getSize(true); s++)\r
 860               {\r
 861                 seq = (SequenceI)sg.getSequences(true).elementAt(s);\r
 862                 for (int j = 0; j < startres - lastres; j++)\r
 863                 {\r
 864                   if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
 865                       seq.getCharAt(fixedRight - j)))\r
 866                   {\r
 867                     blank = false;\r
 868                     break;\r
 869                   }\r
 870                 }\r
 871               }\r
 872               if (blank)\r
 873                 break;\r
 874             }\r
 875 \r
 876             if (!blank)\r
 877             {\r
 878               if(sg.getSize(false) == av.alignment.getHeight()  )\r
 879               {\r
 880                 if((av.hasHiddenColumns\r
 881                     && startres<av.getColumnSelection().getHiddenBoundaryRight(startres)))\r
 882                 {\r
 883                   endEditing();\r
 884                   return;\r
 885                 }\r
 886 \r
 887                 int alWidth = av.alignment.getWidth();\r
 888                 if(av.hasHiddenRows)\r
 889                 {\r
 890                   int hwidth = av.alignment.getHiddenSequences().getWidth();\r
 891                   if(hwidth>alWidth)\r
 892                     alWidth = hwidth;\r
 893                 }\r
 894                 //We can still insert gaps if the selectionGroup\r
 895                 //contains all the sequences\r
 896                 sg.setEndRes(sg.getEndRes()+startres-lastres);\r
 897                 fixedRight = alWidth+startres-lastres;\r
 898               }\r
 899               else\r
 900               {\r
 901                 endEditing();\r
 902                 return;\r
 903               }\r
 904             }\r
 905           }\r
 906 \r
 907 \r
 908           // drag to left\r
 909           else if(!insertGap)\r
 910           {\r
 911             /// Are we able to delete?\r
 912             // ie are all columns blank?\r
 913 \r
 914             for (int s = 0; s < sg.getSize(true); s++)\r
 915             {\r
 916               seq = (SequenceI)sg.getSequences(true).elementAt(s);\r
 917 \r
 918               for (int j = startres; j < lastres; j++)\r
 919               {\r
 920                 if (seq.getSequence().length() <= j)\r
 921                 {\r
 922                   continue;\r
 923                 }\r
 924 \r
 925                 if (!jalview.util.Comparison.isGap(\r
 926                     seq.getSequence().charAt(j)))\r
 927                 {\r
 928                   // Not a gap, block edit not valid\r
 929                   endEditing();\r
 930                   return;\r
 931                 }\r
 932               }\r
 933             }\r
 934           }\r
 935 \r
 936 \r
 937           for (int i = 0; i < sg.getSize(true); i++)\r
 938           {\r
 939             seq = (SequenceI) sg.getSequences(true).elementAt(i);\r
 940 \r
 941             if (insertGap)\r
 942             {\r
 943               // dragging to the right\r
 944               for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
 945               {\r
 946                 if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 947                 {\r
 948                   insertChar(j, seq, fixedRight);\r
 949                 }\r
 950                 else\r
 951                   insertChar(j, seq);\r
 952               }\r
 953             }\r
 954             else\r
 955             {\r
 956               // dragging to the left\r
 957               for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
 958               {\r
 959                 if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 960                 {\r
 961                   deleteChar(startres, seq, fixedRight);\r
 962                 }\r
 963                 else\r
 964                 {\r
 965                   deleteChar(startres, seq);\r
 966                 }\r
 967               }\r
 968             }\r
 969           }\r
 970         }\r
 971         else /////Editing a single sequence///////////\r
 972         {\r
 973           if (insertGap)\r
 974           {\r
 975             // dragging to the right\r
 976             for (int j = lastres; j < startres; j++)\r
 977             {\r
 978               if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 979               {\r
 980                   insertChar(j, seq, fixedRight);\r
 981               }\r
 982               else\r
 983                 insertChar(j, seq);\r
 984             }\r
 985           }\r
 986           else\r
 987           {\r
 988             // dragging to the left\r
 989             for (int j = lastres; j > startres; j--)\r
 990             {\r
 991               if (fixedColumns && fixedRight != -1)\r
 992               {\r
 993                 deleteChar(startres, seq, fixedRight);\r
 994               }\r
 995               else\r
 996               {\r
 997                 deleteChar(startres, seq);\r
 998               }\r
 999             }\r
1000           }\r
1001         }\r
1002 \r
1003         lastres = startres;\r
1004         seqCanvas.repaint();\r
1005     }\r
1006 \r
1007 \r
1008     /**\r
1009      * DOCUMENT ME!\r
1010      *\r
1011      * @param j DOCUMENT ME!\r
1012      * @param seq DOCUMENT ME!\r
1013      */\r
1014     void insertChar(int j, SequenceI seq)\r
1015     {\r
1016         seq.insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
1017         seqEditOccurred = true;\r
1018     }\r
1019 \r
1020     void insertChar(int j, SequenceI seq, int fixedColumn)\r
1021     {\r
1022       //Find the next gap before the end of the visible region boundary\r
1023       //If lastCol > j, theres a boundary after the gap insertion\r
1024       int blankColumn = fixedColumn;\r
1025       for (blankColumn = fixedColumn; blankColumn > j; blankColumn--)\r
1026       {\r
1027         if (jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(blankColumn)))\r
1028         {\r
1029           //Theres a space, so break and insert the gap\r
1030           break;\r
1031         }\r
1032       }\r
1033 \r
1034       if (blankColumn <= j)\r
1035       {\r
1036         blankColumn = fixedColumn;\r
1037         endEditing();\r
1038         return;\r
1039       }\r
1040 \r
1041       if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(blankColumn)))\r
1042       {\r
1043         //Just Checking\r
1044         System.out.println("Tried removing residue (INSERT)"+seq.getCharAt(fixedColumn));\r
1045         return;\r
1046       }\r
1047 \r
1048       seq.deleteCharAt(blankColumn);\r
1049       seq.insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
1050       seqEditOccurred = true;\r
1051     }\r
1052 \r
1053     void deleteChar(int j, SequenceI seq, int fixedColumn)\r
1054     {\r
1055       if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(j)))\r
1056       {\r
1057         ap.alignFrame.statusBar.setText(\r
1058             "End editing: Tried removing residue " + seq.getCharAt(j));\r
1059         return;\r
1060       }\r
1061 \r
1062       seq.deleteCharAt(j);\r
1063       seq.insertCharAt(fixedColumn, av.getGapCharacter());\r
1064       seqEditOccurred = true;\r
1065     }\r
1066 \r
1067     /**\r
1068      * DOCUMENT ME!\r
1069      *\r
1070      * @param j DOCUMENT ME!\r
1071      * @param seq DOCUMENT ME!\r
1072      */\r
1073     void deleteChar(int j, SequenceI seq)\r
1074     {\r
1075       if (!jalview.util.Comparison.isGap(seq.getCharAt(j)))\r
1076       {\r
1077         ap.alignFrame.statusBar.setText(\r
1078             "End editing: Tried removing residue " + seq.getCharAt(j));\r
1079         return;\r
1080       }\r
1081 \r
1082         seq.deleteCharAt(j);\r
1083         seqEditOccurred = true;\r
1084         seqCanvas.repaint();\r
1085     }\r
1086     /**\r
1087      * DOCUMENT ME!\r
1088      *\r
1089      * @param e DOCUMENT ME!\r
1090      */\r
1091     public void mouseEntered(MouseEvent e)\r
1092     {\r
1093         if(oldSeq < 0)\r
1094           oldSeq = 0;\r
1095 \r
1096         if (scrollThread != null)\r
1097         {\r
1098             scrollThread.running = false;\r
1099             scrollThread = null;\r
1100         }\r
1101     }\r
1102 \r
1103     /**\r
1104      * DOCUMENT ME!\r
1105      *\r
1106      * @param e DOCUMENT ME!\r
1107      */\r
1108     public void mouseExited(MouseEvent e)\r
1109     {\r
1110         if (av.getWrapAlignment())\r
1111         {\r
1112             return;\r
1113         }\r
1114 \r
1115         if (mouseDragging)\r
1116         {\r
1117             scrollThread = new ScrollThread();\r
1118         }\r
1119     }\r
1120 \r
1121     public void mouseClicked(MouseEvent evt)\r
1122     {}\r
1123 \r
1124     public void mouseWheelMoved(MouseWheelEvent e)\r
1125     {\r
1126       e.consume();\r
1127      /* if (mouseWheelPressed)\r
1128       {\r
1129         Font font = av.getFont();\r
1130         int fontSize = font.getSize();\r
1131         if (e.getWheelRotation() > 0 && fontSize < 51)\r
1132           fontSize++;\r
1133         else if (fontSize > 1)\r
1134           fontSize--;\r
1135 \r
1136 \r
1137 \r
1138         av.setFont(new Font(font.getName(), font.getStyle(), fontSize));\r
1139 \r
1140         ap.fontChanged();\r
1141       }\r
1142       else*/\r
1143       {\r
1144         if (e.getWheelRotation() > 0)\r
1145           ap.scrollUp(false);\r
1146         else\r
1147           ap.scrollUp(true);\r
1148       }\r
1149 \r
1150     }\r
1151 \r
1152 \r
1153 \r
1154     /**\r
1155      * DOCUMENT ME!\r
1156      *\r
1157      * @param i DOCUMENT ME!\r
1158      */\r
1159     void editOccurred()\r
1160     {\r
1161       if (!seqEditOccurred)\r
1162       {\r
1163         ap.alignFrame.historyList.pop();\r
1164         ap.alignFrame.updateEditMenuBar();\r
1165       }\r
1166 \r
1167       endEditing();\r
1168 \r
1169       av.firePropertyChange("alignment", null,av.getAlignment().getSequences());\r
1170 \r
1171     }\r
1172 \r
1173     /**\r
1174      * DOCUMENT ME!\r
1175      *\r
1176      * @param evt DOCUMENT ME!\r
1177      */\r
1178     public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1179     {\r
1180       int res = findRes(evt);\r
1181       int seq = findSeq(evt);\r
1182       oldSeq = seq;\r
1183 \r
1184       startWrapBlock=wrappedBlock;\r
1185 \r
1186       if(av.wrapAlignment && seq>av.alignment.getHeight())\r
1187       {\r
1188           JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,\r
1189               "Cannot edit annotations in wrapped view.",\r
1190               "Wrapped view - no edit",\r
1191               JOptionPane.WARNING_MESSAGE);\r
1192           return;\r
1193       }\r
1194 \r
1195       if(seq<0 || res<0)\r
1196             return;\r
1197 \r
1198         SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
1199 \r
1200         if ((sequence == null) || (res > sequence.getLength()))\r
1201         {\r
1202             return;\r
1203         }\r
1204 \r
1205         stretchGroup = av.getSelectionGroup();\r
1206 \r
1207         if (stretchGroup == null)\r
1208         {\r
1209             stretchGroup = av.alignment.findGroup(sequence);\r
1210 \r
1211             if ((stretchGroup != null) && (res > stretchGroup.getStartRes()) &&\r
1212                     (res < stretchGroup.getEndRes()))\r
1213             {\r
1214                 av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
1215             }\r
1216             else\r
1217             {\r
1218                 stretchGroup = null;\r
1219             }\r
1220         }\r
1221         else if (!stretchGroup.getSequences(false).contains(sequence) ||\r
1222                 (stretchGroup.getStartRes() > res) ||\r
1223                 (stretchGroup.getEndRes() < res))\r
1224         {\r
1225             stretchGroup = null;\r
1226 \r
1227             SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups(sequence);\r
1228 \r
1229             if (allGroups != null)\r
1230             {\r
1231                 for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
1232                 {\r
1233                     if ((allGroups[i].getStartRes() <= res) &&\r
1234                             (allGroups[i].getEndRes() >= res))\r
1235                     {\r
1236                         stretchGroup = allGroups[i];\r
1237                         break;\r
1238                     }\r
1239                 }\r
1240             }\r
1241 \r
1242             av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
1243 \r
1244         }\r
1245 \r
1246         if (av.cursorMode)\r
1247         {\r
1248           seqCanvas.cursorX = findRes(evt);\r
1249           seqCanvas.cursorY = findSeq(evt);\r
1250           seqCanvas.repaint();\r
1251           return;\r
1252         }\r
1253 \r
1254 \r
1255         if (javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
1256         {\r
1257           Vector allFeatures = getAllFeaturesAtRes(sequence.getDatasetSequence(),\r
1258                                                   sequence.findPosition(res));\r
1259           Vector links = new Vector();\r
1260             for (int i = 0; i < allFeatures.size(); i++)\r
1261             {\r
1262               SequenceFeature sf = (SequenceFeature) allFeatures.elementAt(i);\r
1263               if (sf.links != null)\r
1264               {\r
1265                 for (int j = 0; j < sf.links.size(); j++)\r
1266                 {\r
1267                   links.addElement(sf.links.elementAt(j));\r
1268                 }\r
1269               }\r
1270             }\r
1271 \r
1272             jalview.gui.PopupMenu pop = new jalview.gui.PopupMenu(ap, null, links);\r
1273             pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
1274 \r
1275         }\r
1276         else if (stretchGroup == null)\r
1277         {\r
1278           //Only if left mouse button do we want to change group sizes\r
1279 \r
1280           // define a new group here\r
1281           SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
1282           sg.setStartRes(res);\r
1283           sg.setEndRes(res);\r
1284           sg.addSequence(sequence, false);\r
1285           av.setSelectionGroup(sg);\r
1286           stretchGroup = sg;\r
1287 \r
1288           if (av.getConservationSelected())\r
1289           {\r
1290             SliderPanel.setConservationSlider(ap,\r
1291                                               av.getGlobalColourScheme(),\r
1292                                               "Background");\r
1293           }\r
1294 \r
1295           if (av.getAbovePIDThreshold())\r
1296           {\r
1297             SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(),\r
1298                                            "Background");\r
1299           }\r
1300           if ( (stretchGroup != null) && (stretchGroup.getEndRes() == res))\r
1301           {\r
1302             // Edit end res position of selected group\r
1303             changeEndRes = true;\r
1304           }\r
1305           else if ( (stretchGroup != null) &&\r
1306                    (stretchGroup.getStartRes() == res))\r
1307           {\r
1308             // Edit end res position of selected group\r
1309             changeStartRes = true;\r
1310           }\r
1311           stretchGroup.getWidth();\r
1312         }\r
1313 \r
1314         seqCanvas.repaint();\r
1315     }\r
1316 \r
1317     /**\r
1318      * DOCUMENT ME!\r
1319      *\r
1320      * @param evt DOCUMENT ME!\r
1321      */\r
1322     public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1323     {\r
1324         if (stretchGroup == null)\r
1325         {\r
1326             return;\r
1327         }\r
1328 \r
1329 \r
1330         if(stretchGroup.cs!=null)\r
1331         {\r
1332           if (stretchGroup.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
1333           {\r
1334             ( (ClustalxColourScheme) stretchGroup.cs).resetClustalX(\r
1335                 stretchGroup.getSequences(true),\r
1336                 stretchGroup.getWidth());\r
1337           }\r
1338 \r
1339           if (stretchGroup.cs.conservationApplied())\r
1340           {\r
1341             SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs,\r
1342                                               stretchGroup.getName());\r
1343             stretchGroup.recalcConservation();\r
1344           }\r
1345           else\r
1346           {\r
1347             SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs,\r
1348                                            stretchGroup.getName());\r
1349           }\r
1350         }\r
1351         changeEndRes = false;\r
1352         changeStartRes = false;\r
1353         stretchGroup = null;\r
1354         PaintRefresher.Refresh(av.alignment);\r
1355     }\r
1356 \r
1357     /**\r
1358      * DOCUMENT ME!\r
1359      *\r
1360      * @param evt DOCUMENT ME!\r
1361      */\r
1362     public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
1363     {\r
1364       int res = findRes(evt);\r
1365       int y = findSeq(evt);\r
1366 \r
1367       if(wrappedBlock!=startWrapBlock)\r
1368         return;\r
1369 \r
1370        if (stretchGroup == null)\r
1371        {\r
1372             return;\r
1373        }\r
1374 \r
1375         if(res> av.alignment.getWidth())\r
1376         {\r
1377           res = av.alignment.getWidth()-1;\r
1378         }\r
1379 \r
1380         if (stretchGroup.getEndRes() == res)\r
1381         {\r
1382             // Edit end res position of selected group\r
1383             changeEndRes = true;\r
1384         }\r
1385         else if (stretchGroup.getStartRes() == res)\r
1386         {\r
1387             // Edit start res position of selected group\r
1388             changeStartRes = true;\r
1389         }\r
1390 \r
1391         if (res < av.getStartRes())\r
1392         {\r
1393             res = av.getStartRes();\r
1394         }\r
1395 \r
1396         if (changeEndRes)\r
1397         {\r
1398             if (res > (stretchGroup.getStartRes() - 1))\r
1399             {\r
1400                 stretchGroup.setEndRes(res);\r
1401             }\r
1402         }\r
1403         else if (changeStartRes)\r
1404         {\r
1405             if (res < (stretchGroup.getEndRes() + 1))\r
1406             {\r
1407                 stretchGroup.setStartRes(res);\r
1408             }\r
1409         }\r
1410 \r
1411         int dragDirection = 0;\r
1412 \r
1413         if (y > oldSeq)\r
1414         {\r
1415             dragDirection = 1;\r
1416         }\r
1417         else if (y < oldSeq)\r
1418         {\r
1419             dragDirection = -1;\r
1420         }\r
1421 \r
1422 \r
1423         while ((y != oldSeq) && (oldSeq > -1) && (y < av.alignment.getHeight()))\r
1424         {\r
1425             // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
1426             // selection is quite slow.\r
1427             Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1428 \r
1429             oldSeq += dragDirection;\r
1430 \r
1431             if(oldSeq<0)\r
1432               break;\r
1433 \r
1434             Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
1435 \r
1436             if (stretchGroup.getSequences(false).contains(nextSeq))\r
1437             {\r
1438                 stretchGroup.deleteSequence(seq, false);\r
1439             }\r
1440             else\r
1441             {\r
1442                 if (seq != null)\r
1443                 {\r
1444                     stretchGroup.addSequence(seq, false);\r
1445                 }\r
1446 \r
1447                 stretchGroup.addSequence(nextSeq, false);\r
1448             }\r
1449         }\r
1450 \r
1451         if(oldSeq < 0)\r
1452           oldSeq = -1;\r
1453 \r
1454         mouseDragging = true;\r
1455 \r
1456         if (scrollThread != null)\r
1457         {\r
1458             scrollThread.setEvent(evt);\r
1459         }\r
1460 \r
1461         seqCanvas.repaint();\r
1462     }\r
1463 \r
1464     void scrollCanvas(MouseEvent evt)\r
1465     {\r
1466       if(evt==null)\r
1467       {\r
1468         if(scrollThread!=null)\r
1469         {\r
1470           scrollThread.running = false;\r
1471           scrollThread = null;\r
1472         }\r
1473         mouseDragging = false;\r
1474       }\r
1475       else\r
1476       {\r
1477         if (scrollThread == null)\r
1478           scrollThread = new ScrollThread();\r
1479 \r
1480         mouseDragging = true;\r
1481         scrollThread.setEvent(evt);\r
1482       }\r
1483 \r
1484     }\r
1485 \r
1486 \r
1487     // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
1488     class ScrollThread extends Thread\r
1489     {\r
1490         MouseEvent evt;\r
1491         boolean running = false;\r
1492 \r
1493         public ScrollThread()\r
1494         {\r
1495             start();\r
1496         }\r
1497 \r
1498         public void setEvent(MouseEvent e)\r
1499         {\r
1500             evt = e;\r
1501         }\r
1502 \r
1503         public void stopScrolling()\r
1504         {\r
1505             running = false;\r
1506         }\r
1507 \r
1508         public void run()\r
1509         {\r
1510             running = true;\r
1511 \r
1512             while (running)\r
1513             {\r
1514                 if (evt != null)\r
1515                 {\r
1516                     if (mouseDragging && (evt.getY() < 0) &&\r
1517                             (av.getStartSeq() > 0))\r
1518                     {\r
1519                         running = ap.scrollUp(true);\r
1520                     }\r
1521 \r
1522                     if (mouseDragging && (evt.getY() >= getHeight()) &&\r
1523                             (av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq()))\r
1524                     {\r
1525                         running = ap.scrollUp(false);\r
1526                     }\r
1527 \r
1528                     if (mouseDragging && (evt.getX() < 0))\r
1529                     {\r
1530                         running = ap.scrollRight(false);\r
1531                     }\r
1532                     else if (mouseDragging && (evt.getX() >= getWidth()))\r
1533                     {\r
1534                         running = ap.scrollRight(true);\r
1535                     }\r
1536                 }\r
1537 \r
1538                 try\r
1539                 {\r
1540                     Thread.sleep(20);\r
1541                 }\r
1542                 catch (Exception ex)\r
1543                 {\r
1544                 }\r
1545             }\r
1546         }\r
1547     }\r
1548 }\r