src/jalview/gui/SeqPanel.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import java.awt.*;\r
   4 import java.awt.event.*;\r
   5 import jalview.datamodel.*;\r
   6 import javax.swing.*;\r
   7 import java.util.*;\r
   8 import jalview.schemes.*;\r
   9 import jalview.analysis.*;\r
  10 \r
  11 \r
  12 public class SeqPanel extends JPanel\r
  13 {\r
  14 \r
  15   public    SeqCanvas         seqCanvas;\r
  16   public    AlignmentPanel    ap;\r
  17 \r
  18   protected int startres;\r
  19   protected int lastres;\r
  20   protected int endres;\r
  21 \r
  22   protected int startseq;\r
  23   protected int padseq;\r
  24 \r
  25   protected AlignViewport av;\r
  26 \r
  27   // if character is inserted or deleted, we will need to recalculate the conservation\r
  28   int seqEditOccurred = -1;\r
  29 \r
  30   ScrollThread scrollThread = null;\r
  31   boolean mouseDragging = false;\r
  32 \r
  33 \r
  34   public SeqPanel(AlignViewport avp, AlignmentPanel p) {\r
  35     this.av         = avp;\r
  36 \r
  37     seqCanvas  = new SeqCanvas(avp);\r
  38     setLayout(new BorderLayout());\r
  39     add(seqCanvas, BorderLayout.CENTER);\r
  40 \r
  41     ap = p;\r
  42 \r
  43     addMouseMotionListener( new MouseMotionAdapter()\r
  44     {\r
  45       public void mouseMoved(MouseEvent evt)\r
  46       {\r
  47        if(av.getWrapAlignment())\r
  48          return;\r
  49         doMouseMoved(evt);    }\r
  50 \r
  51       public void mouseDragged(MouseEvent evt)\r
  52       {\r
  53         if(av.getWrapAlignment())\r
  54          return;\r
  55         if(evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
  56           doMouseDragged(evt);\r
  57         else\r
  58           doMouseDraggedDefineMode(evt);\r
  59       }\r
  60     });\r
  61 \r
  62     addMouseListener( new MouseAdapter()\r
  63     {\r
  64       public void mouseReleased(MouseEvent evt)\r
  65       {\r
  66         if(av.getWrapAlignment())\r
  67          return;\r
  68         if(evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
  69           doMouseReleased(evt);\r
  70         else\r
  71           doMouseReleasedDefineMode(evt);\r
  72       }\r
  73       public void mousePressed(MouseEvent evt)\r
  74       {\r
  75         if(av.getWrapAlignment())\r
  76          return;\r
  77         if(evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
  78           doMousePressed(evt);\r
  79         else\r
  80           doMousePressedDefineMode(evt);\r
  81       }\r
  82       public void mouseExited(MouseEvent evt)\r
  83       {\r
  84         if (av.getWrapAlignment() || evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() ||\r
  85                   evt.isControlDown())\r
  86                 return;\r
  87               doMouseExitedDefineMode(evt);\r
  88 \r
  89       }\r
  90       public void mouseEntered(MouseEvent evt)\r
  91       {\r
  92         if (av.getWrapAlignment() || evt.isShiftDown() || evt.isAltDown() ||\r
  93             evt.isControlDown())\r
  94           return;\r
  95         doMouseEnteredDefineMode(evt);\r
  96       }\r
  97 \r
  98     });\r
  99     repaint();\r
 100   }\r
 101 \r
 102 \r
 103   public void doMouseReleased(MouseEvent evt) {\r
 104 \r
 105     int x = evt.getX();\r
 106     int res = x/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 107 \r
 108     endres = res;\r
 109 \r
 110     startseq = -1;\r
 111     startres = -1;\r
 112     lastres  = -1;\r
 113     if(seqEditOccurred>-1)\r
 114       updateConservation(seqEditOccurred);\r
 115 \r
 116     seqEditOccurred = -1;\r
 117 \r
 118     ap.repaint();\r
 119 \r
 120   }\r
 121 \r
 122   public void doMousePressed(MouseEvent evt) {\r
 123     ap.alignFrame.addHistoryItem("sequence edit");\r
 124     int seq;\r
 125     int res;\r
 126 \r
 127     int x = evt.getX();\r
 128     int y = evt.getY();\r
 129 \r
 130     res = x/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 131     seq = y/av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 132 \r
 133     if (seq < av.getAlignment().getHeight() &&\r
 134         res < av.getAlignment().getSequenceAt(seq).getLength())\r
 135     {\r
 136       //char resstr = align.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(res);\r
 137       // Find the residue's position in the sequence (res is the position\r
 138       // in the alignment\r
 139 \r
 140       startseq = seq;\r
 141 \r
 142       if (startseq == (av.getAlignment().getHeight() - 1))\r
 143         padseq = 1;\r
 144       else\r
 145         padseq = 1;\r
 146 \r
 147       startres = res;\r
 148       lastres = res;\r
 149 \r
 150     }\r
 151     else\r
 152     {\r
 153       startseq = -1;\r
 154       startres = -1;\r
 155       lastres = -1;\r
 156     }\r
 157 \r
 158     return;\r
 159   }\r
 160 \r
 161   public void doMouseMoved(MouseEvent evt)\r
 162   {\r
 163     int res=0, seq=0;\r
 164     int x = evt.getX();\r
 165     int y = evt.getY();\r
 166     if(av.wrapAlignment)\r
 167     {\r
 168       y -= 2*av.charHeight;\r
 169       int chunkHeight = (av.getAlignment().getHeight()+2)*av.charHeight;\r
 170 \r
 171 \r
 172       res =   (int)((y/chunkHeight)*(getWidth()/av.charWidth)) +  x/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 173 \r
 174       y %= chunkHeight;\r
 175       seq =     y / av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 176 \r
 177     }\r
 178     else\r
 179     {\r
 180       res = x / av.getCharWidth()  + av.getStartRes();\r
 181       seq = y / av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 182     }\r
 183 \r
 184 \r
 185     if(seq>=av.getAlignment().getHeight())\r
 186       return;\r
 187 \r
 188     SequenceI sequence = av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 189     if(res>sequence.getLength())\r
 190       return;\r
 191 \r
 192     Object obj = ResidueProperties.aa2Triplet.get( sequence.getCharAt(res)+"" ) ;\r
 193     String aa = "";\r
 194     if(obj!=null)\r
 195          aa = obj.toString();\r
 196 \r
 197     StringBuffer text = new StringBuffer("Sequence " +(seq+1)+" ID: "+sequence.getName());\r
 198     if(aa!="")\r
 199       text.append("  Residue: "+aa+" ("+  av.getAlignment().getSequenceAt(seq).findPosition(res)+")");\r
 200 \r
 201     ap.alignFrame.statusBar.setText(text.toString());\r
 202 \r
 203     // use aa to see if the mouse pointer is on a\r
 204     if(  av.showSequenceFeatures)\r
 205     {\r
 206       Vector features = sequence.getSequenceFeatures();\r
 207       Enumeration e = features.elements();\r
 208       StringBuffer sbuffer = new StringBuffer();\r
 209 \r
 210 \r
 211       while (e.hasMoreElements())\r
 212       {\r
 213         SequenceFeature sf = (SequenceFeature) e.nextElement();\r
 214         if (sf.getStart() <= sequence.findPosition(res) &&\r
 215             sf.getEnd() >= sequence.findPosition(res))\r
 216         {\r
 217           if(sbuffer.length()>0)\r
 218             sbuffer.append("; ");\r
 219           sbuffer.append(sf.getType() + " " + sf.getDescription());\r
 220           if(sf.getStatus().length()>0)\r
 221             sbuffer.append(" ("+sf.getStatus()+")");\r
 222         }\r
 223 \r
 224       }\r
 225 \r
 226       ToolTipManager.sharedInstance().registerComponent(this);\r
 227       this.setToolTipText(sbuffer.toString());\r
 228     }\r
 229 \r
 230 \r
 231   }\r
 232 \r
 233   public void doMouseDragged(MouseEvent evt) {\r
 234     // If we're dragging we're editing\r
 235 \r
 236     if(lastres==-1)\r
 237       return;\r
 238 \r
 239     int x = evt.getX();\r
 240 \r
 241     int res = x/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 242     if (res < 0)\r
 243       res = 0;\r
 244 \r
 245     if (res != lastres)\r
 246     {\r
 247         // Group editing\r
 248         if (evt.isAltDown() || evt.isControlDown())\r
 249         {\r
 250           SequenceGroup sg = av.getSelectionGroup();\r
 251           if(sg==null)\r
 252             av.getAlignment().findGroup(startseq);\r
 253           if (sg != null)\r
 254           {\r
 255             boolean deleteAllowed = false;\r
 256             if (res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 257             {\r
 258               /// Are we able to delete?\r
 259               boolean allGaps = true;\r
 260               for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 261               {\r
 262                 SequenceI s = sg.getSequenceAt(i);\r
 263                 for (int j = lastres-1; j >= res && allGaps; j--)\r
 264                 {\r
 265                     if (!jalview.util.Comparison.isGap(s.getSequence().charAt(j)))\r
 266                     {\r
 267                       res = j + 1;\r
 268                       allGaps = false;\r
 269                     }\r
 270                 }\r
 271 \r
 272                 if(!deleteAllowed && allGaps)\r
 273                   deleteAllowed = true;\r
 274               }\r
 275             }\r
 276 \r
 277             // drag to right\r
 278             if (res < av.getAlignment().getWidth() && res > lastres)\r
 279                 sg.setEndRes(sg.getEndRes() + 1);\r
 280 \r
 281             // drag to left\r
 282             else if (deleteAllowed && res < av.getAlignment().getWidth() &&\r
 283                      res < lastres)\r
 284                 sg.setEndRes(sg.getEndRes() - 1);\r
 285 \r
 286 \r
 287 \r
 288 \r
 289             for (int i = 0; i < sg.getSize(); i++)\r
 290             {\r
 291               SequenceI s = sg.getSequenceAt(i);\r
 292               int k = av.alignment.findIndex(s);\r
 293 \r
 294               // drag to right\r
 295               if (res < av.getAlignment().getWidth() && res > lastres)\r
 296                 for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 297                   insertChar(j, k);\r
 298 \r
 299               // drag to left\r
 300               else if (deleteAllowed && res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 301               {\r
 302                 for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 303                 {\r
 304                   deleteChar(j, k);\r
 305                   startres = res;\r
 306                 }\r
 307               }\r
 308             }\r
 309           }\r
 310         }\r
 311         else /////Editing a single sequence///////////\r
 312         {\r
 313           if (res < av.getAlignment().getWidth() && res > lastres)\r
 314           {\r
 315             // dragging to the right\r
 316             for (int j = lastres; j < res; j++)\r
 317               insertChar(j, startseq);\r
 318           }\r
 319           else if (res < av.getAlignment().getWidth() && res < lastres)\r
 320           {\r
 321             // dragging to the left\r
 322             for (int j = res; j < lastres; j++)\r
 323             {\r
 324               deleteChar(j, startseq);\r
 325               startres = res;\r
 326             }\r
 327           }\r
 328 \r
 329         }\r
 330 \r
 331     }\r
 332 \r
 333     lastres = res;\r
 334     repaint();\r
 335   }\r
 336 \r
 337   public void drawChars(int seqstart, int seqend, int start) {\r
 338     seqCanvas.drawPanel(seqCanvas.gg, start,av.getEndRes(),seqstart,seqend,av.getStartRes(),av.getStartSeq(),0);\r
 339     repaint();\r
 340   }\r
 341 \r
 342   public void insertChar(int j, int seq)\r
 343   {\r
 344     av.alignment.getSequenceAt(seq).insertCharAt(j, av.getGapCharacter());\r
 345     seqEditOccurred=seq;\r
 346   }\r
 347 \r
 348   public void deleteChar(int j, int seq)\r
 349   {\r
 350 \r
 351     if ( jalview.util.Comparison.isGap( av.alignment.getSequenceAt(seq).getSequence().charAt(j)))\r
 352         av.alignment.getSequenceAt(seq).deleteCharAt(j);\r
 353 \r
 354     av.alignment.getWidth();\r
 355     repaint();\r
 356     seqEditOccurred=seq;\r
 357   }\r
 358 \r
 359 \r
 360   void updateConservation(int i)\r
 361   {\r
 362     av.updateConservation();\r
 363     av.updateConsensus();\r
 364   }\r
 365 \r
 366 //////////////////////////////////////////\r
 367 /////Everything below this is for defining the boundary of the rubberband\r
 368 //////////////////////////////////////////\r
 369   int oldSeq = -1;\r
 370   public void doMousePressedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 371   {\r
 372     int res = evt.getX()/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 373     int seq = evt.getY()/av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 374     oldSeq = seq;\r
 375 \r
 376     SequenceI sequence = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(seq);\r
 377 \r
 378     if(sequence==null || res>sequence.getLength())\r
 379       return;\r
 380 \r
 381     stretchGroup = av.getSelectionGroup();\r
 382 \r
 383     if(stretchGroup == null)\r
 384      {\r
 385        stretchGroup = av.alignment.findGroup( sequence );\r
 386        if(stretchGroup!=null && res>stretchGroup.getStartRes() && res<stretchGroup.getEndRes())\r
 387          av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
 388        else\r
 389          stretchGroup = null;\r
 390      }\r
 391 \r
 392     else if(!stretchGroup.sequences.contains(sequence)\r
 393             || stretchGroup.getStartRes()>res\r
 394             || stretchGroup.getEndRes()<res)\r
 395      {\r
 396        stretchGroup = null;\r
 397 \r
 398        SequenceGroup[] allGroups = av.alignment.findAllGroups( sequence );\r
 399 \r
 400        if (allGroups != null)\r
 401          for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)\r
 402            if (allGroups[i].getStartRes() <= res &&\r
 403                allGroups[i].getEndRes() >= res)\r
 404            {\r
 405              stretchGroup = allGroups[i];\r
 406              av.setSelectionGroup(stretchGroup);\r
 407              break;\r
 408            }\r
 409      }\r
 410 \r
 411     if(stretchGroup==null)\r
 412     {\r
 413       // define a new group here\r
 414       SequenceGroup sg = new SequenceGroup();\r
 415       sg.setStartRes(res);\r
 416       sg.setEndRes(res);\r
 417       sg.addSequence( sequence );\r
 418       av.setSelectionGroup( sg );\r
 419       stretchGroup = sg;\r
 420 \r
 421       if(av.getConservationSelected())\r
 422         SliderPanel.setConservationSlider(ap, av.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
 423       if(av.getAbovePIDThreshold())\r
 424         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, av.getGlobalColourScheme(), "Background");\r
 425 \r
 426     }\r
 427     else if( javax.swing.SwingUtilities.isRightMouseButton(evt))\r
 428     {\r
 429         jalview.gui.PopupMenu pop = new jalview.gui.PopupMenu( ap , null);\r
 430         pop.show(this, evt.getX(), evt.getY());\r
 431 \r
 432     // edit the properties of existing group\r
 433     }\r
 434 \r
 435     if(stretchGroup!=null && stretchGroup.getEndRes()==res)\r
 436       // Edit end res position of selected group\r
 437       changeEndRes = true;\r
 438 \r
 439    else if(stretchGroup!=null && stretchGroup.getStartRes()==res)\r
 440       // Edit end res position of selected group\r
 441       changeStartRes = true;\r
 442 \r
 443 \r
 444     repaint();\r
 445 \r
 446   }\r
 447 \r
 448   boolean changeEndSeq = false;\r
 449   boolean changeStartSeq = false;\r
 450   boolean changeEndRes = false;\r
 451   boolean changeStartRes = false;\r
 452   SequenceGroup stretchGroup = null;\r
 453 \r
 454   public void doMouseReleasedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 455   {\r
 456     mouseDragging = false;\r
 457 \r
 458     if(stretchGroup==null)\r
 459       return;\r
 460 \r
 461     if(stretchGroup.cs instanceof ClustalxColourScheme)\r
 462     {\r
 463       stretchGroup.cs = new ClustalxColourScheme(stretchGroup.sequences, av.alignment.getWidth());\r
 464       repaint();\r
 465     }\r
 466 \r
 467     else if(stretchGroup.cs instanceof ConservationColourScheme)\r
 468     {\r
 469        ConservationColourScheme ccs = (ConservationColourScheme)stretchGroup.cs;\r
 470        stretchGroup.cs = ccs;\r
 471        SliderPanel.setConservationSlider(ap, stretchGroup.cs, stretchGroup.getName()) ;\r
 472 \r
 473        repaint();\r
 474     }\r
 475     else\r
 476     {\r
 477       if(stretchGroup.cs !=null && stretchGroup.cs.canThreshold())\r
 478       {\r
 479         ResidueColourScheme rcs =  (ResidueColourScheme) stretchGroup.cs;\r
 480         SliderPanel.setPIDSliderSource(ap, stretchGroup.cs, stretchGroup.getName());\r
 481       }\r
 482 \r
 483     }\r
 484 \r
 485 \r
 486     changeEndRes = false;\r
 487     changeStartRes = false;\r
 488     stretchGroup = null;\r
 489     ap.idPanel.repaint();\r
 490   }\r
 491 \r
 492 \r
 493   boolean remove = false;\r
 494   public void doMouseDraggedDefineMode(MouseEvent evt)\r
 495   {\r
 496     int res = evt.getX()/av.getCharWidth() + av.getStartRes();\r
 497     int y = evt.getY()/av.getCharHeight() + av.getStartSeq();\r
 498 \r
 499     if(stretchGroup==null)\r
 500       return;\r
 501 \r
 502     if(res>av.alignment.getWidth())\r
 503       res = av.alignment.getWidth()-1;\r
 504 \r
 505 \r
 506     if(stretchGroup.getEndRes()==res)\r
 507       // Edit end res position of selected group\r
 508       changeEndRes = true;\r
 509 \r
 510     else if(stretchGroup.getStartRes()==res)\r
 511       // Edit start res position of selected group\r
 512       changeStartRes = true;\r
 513 \r
 514 \r
 515     if(res<av.getStartRes())\r
 516       res = av.getStartRes();\r
 517     else if(res>av.getEndRes())\r
 518       res = av.getEndRes();\r
 519 \r
 520     if(changeEndRes)\r
 521     {\r
 522       if(res>stretchGroup.getStartRes()-1)\r
 523         stretchGroup.setEndRes( res );\r
 524     }\r
 525     else if(changeStartRes)\r
 526     {\r
 527       if(res<stretchGroup.getEndRes()+1)\r
 528         stretchGroup.setStartRes( res );\r
 529     }\r
 530 \r
 531     int dragDirection = 0;\r
 532     if (y > oldSeq)\r
 533       dragDirection = 1;\r
 534     else if (y < oldSeq)\r
 535       dragDirection = -1;\r
 536 \r
 537     while (y != oldSeq && oldSeq>0 && y<av.alignment.getHeight())\r
 538     {\r
 539       // This routine ensures we don't skip any sequences, as the\r
 540       // selection is quite slow.\r
 541       Sequence seq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 542 \r
 543       oldSeq += dragDirection;\r
 544       Sequence nextSeq = (Sequence) av.getAlignment().getSequenceAt(oldSeq);\r
 545 \r
 546       if (stretchGroup.sequences.contains(nextSeq))\r
 547       {\r
 548         stretchGroup.deleteSequence(seq);\r
 549         stretchGroup.deleteSequence(nextSeq);\r
 550       }\r
 551       else\r
 552       {\r
 553        if(seq!=null)\r
 554         stretchGroup.addSequence(seq);\r
 555         stretchGroup.addSequence(nextSeq);\r
 556       }\r
 557     }\r
 558     oldSeq = y;\r
 559     mouseDragging = true;\r
 560     if(scrollThread!=null)\r
 561       scrollThread.setEvent(evt);\r
 562 \r
 563     repaint();\r
 564   }\r
 565 \r
 566   public void doMouseEnteredDefineMode(MouseEvent e)\r
 567   {\r
 568     if (scrollThread != null)\r
 569       scrollThread.running = false;\r
 570   }\r
 571 \r
 572   public void doMouseExitedDefineMode(MouseEvent e)\r
 573   {\r
 574     if (av.getWrapAlignment())\r
 575       return;\r
 576 \r
 577     if(mouseDragging)\r
 578       scrollThread = new ScrollThread();\r
 579 \r
 580   }\r
 581   // this class allows scrolling off the bottom of the visible alignment\r
 582   class ScrollThread extends Thread\r
 583   {\r
 584     MouseEvent evt;\r
 585     boolean running = false;\r
 586     public ScrollThread()\r
 587     {\r
 588       start();\r
 589     }\r
 590 \r
 591     public void setEvent(MouseEvent e)\r
 592     {\r
 593       evt = e;\r
 594     }\r
 595 \r
 596     public void stopScrolling()\r
 597     {\r
 598       running = false;\r
 599     }\r
 600 \r
 601     public void run()\r
 602     {\r
 603       running = true;\r
 604       while (running)\r
 605       {\r
 606         if(evt!=null)\r
 607         {\r
 608 \r
 609           if (mouseDragging && evt.getY() < 0 && av.getStartSeq() > 0)\r
 610             running = ap.scrollUp(true);\r
 611 \r
 612           if (mouseDragging && evt.getY() >= getHeight() &&\r
 613               av.alignment.getHeight() > av.getEndSeq())\r
 614             running = ap.scrollUp(false);\r
 615 \r
 616           if (mouseDragging && evt.getX() < 0)\r
 617             running = ap.scrollRight(true);\r
 618 \r
 619           else if (mouseDragging && evt.getX() >= getWidth())\r
 620             running = ap.scrollRight(false);\r
 621         }\r
 622 \r
 623         try\r
 624         {\r
 625           Thread.sleep(75);\r
 626         }\r
 627         catch (Exception ex)\r
 628         {}\r
 629       }\r
 630     }\r
 631 }\r
 632 \r
 633 \r
 634 \r
 635 }\r
 636 \r
 637 \r
 638 \r
 639 \r