src/jalview/gui/SequenceFetcher.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.7)
   3  * Copyright (C) 2011 J Procter, AM Waterhouse, J Engelhardt, LM Lui, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.gui;
  19
  20 import java.io.*;
  21 import java.util.*;
  22
  23 import java.awt.*;
  24 import java.awt.event.*;
  25
  26 import javax.swing.*;
  27
  28 import MCview.*;
  29 import jalview.datamodel.*;
  30 import jalview.datamodel.xdb.embl.*;
  31 import java.io.File;
  32 import jalview.io.*;
  33 import jalview.ws.DBRefFetcher;
  34 import jalview.ws.ebi.EBIFetchClient;
  35 import jalview.ws.seqfetcher.ASequenceFetcher;
  36 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;
  37
  38 import java.awt.Rectangle;
  39 import java.awt.BorderLayout;
  40 import java.awt.Dimension;
  41
  42 public class SequenceFetcher extends JPanel implements Runnable
  43 {
  44   // ASequenceFetcher sfetch;
  45   JInternalFrame frame;
  46
  47   IProgressIndicator guiWindow;
  48
  49   AlignFrame alignFrame;
  50
  51   StringBuffer result;
  52
  53   final String noDbSelected = "-- Select Database --";
  54
  55   Hashtable sources = new Hashtable();
  56
  57   private static jalview.ws.SequenceFetcher sfetch = null;
  58
  59   private static String dasRegistry = null;
  60
  61   private static boolean _initingFetcher = false;
  62
  63   private static Thread initingThread = null;
  64
  65   /**
  66    * Blocking method that initialises and returns the shared instance of the
  67    * SequenceFetcher client
  68    *
  69    * @param guiWindow
  70    *          - where the initialisation delay message should be shown
  71    * @return the singleton instance of the sequence fetcher client
  72    */
  73   public static jalview.ws.SequenceFetcher getSequenceFetcherSingleton(
  74           final IProgressIndicator guiWindow)
  75   {
  76     if (_initingFetcher && initingThread != null && initingThread.isAlive())
  77     {
  78       if (guiWindow != null)
  79       {
  80         guiWindow.setProgressBar(
  81                 "Waiting for Sequence Database Fetchers to initialise",
  82                 Thread.currentThread().hashCode());
  83       }
  84       // initting happening on another thread - so wait around to see if it
  85       // finishes.
  86       while (_initingFetcher && initingThread != null
  87               && initingThread.isAlive())
  88       {
  89         try
  90         {
  91           Thread.sleep(10);
  92         } catch (Exception e)
  93         {
  94         }
  95         ;
  96       }
  97       if (guiWindow != null)
  98       {
  99         guiWindow.setProgressBar(
 100                 "Waiting for Sequence Database Fetchers to initialise",
 101                 Thread.currentThread().hashCode());
 102       }
 103     }
 104     if (sfetch == null
 105             || dasRegistry != DasSourceBrowser.getDasRegistryURL())
 106     {
 107       _initingFetcher = true;
 108       initingThread = Thread.currentThread();
 109       /**
 110        * give a visual indication that sequence fetcher construction is occuring
 111        */
 112       if (guiWindow != null)
 113       {
 114         guiWindow.setProgressBar("Initialising Sequence Database Fetchers",
 115                 Thread.currentThread().hashCode());
 116       }
 117       dasRegistry = DasSourceBrowser.getDasRegistryURL();
 118       jalview.ws.SequenceFetcher sf = new jalview.ws.SequenceFetcher();
 119       if (guiWindow != null)
 120       {
 121         guiWindow.setProgressBar("Initialising Sequence Database Fetchers",
 122                 Thread.currentThread().hashCode());
 123       }
 124       sfetch = sf;
 125       _initingFetcher = false;
 126       initingThread = null;
 127     }
 128     return sfetch;
 129   }
 130
 131   public SequenceFetcher(IProgressIndicator guiIndic)
 132   {
 133     final IProgressIndicator guiWindow = guiIndic;
 134     final SequenceFetcher us = this;
 135     // launch initialiser thread
 136     Thread sf = new Thread(new Runnable()
 137     {
 138
 139       public void run()
 140       {
 141         if (getSequenceFetcherSingleton(guiWindow) != null)
 142         {
 143           us.initGui(guiWindow);
 144         }
 145         else
 146         {
 147           javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 148           {
 149             public void run()
 150             {
 151               JOptionPane
 152                       .showInternalMessageDialog(
 153                               Desktop.desktop,
 154                               "Could not create the sequence fetcher client. Check error logs for details.",
 155                               "Couldn't create SequenceFetcher",
 156                               JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
 157             }
 158           });
 159
 160           // raise warning dialog
 161         }
 162       }
 163     });
 164     sf.start();
 165   }
 166
 167   /**
 168    * called by thread spawned by constructor
 169    *
 170    * @param guiWindow
 171    */
 172   private void initGui(IProgressIndicator guiWindow)
 173   {
 174     this.guiWindow = guiWindow;
 175     if (guiWindow instanceof AlignFrame)
 176     {
 177       alignFrame = (AlignFrame) guiWindow;
 178     }
 179
 180     database.addItem(noDbSelected);
 181     /*
 182      * Dynamically generated database list will need a translation function from
 183      * internal source to externally distinct names. UNIPROT and UP_NAME are
 184      * identical DB sources, and should be collapsed.
 185      */
 186
 187     String dbs[] = sfetch.getOrderedSupportedSources();
 188     for (int i = 0; i < dbs.length; i++)
 189     {
 190       if (!sources.containsValue(dbs[i]))
 191       {
 192         String name = sfetch.getSourceProxy(dbs[i]).getDbName();
 193         // duplicate source names are thrown away, here.
 194         if (!sources.containsKey(name))
 195         {
 196           database.addItem(name);
 197         }
 198         // overwrite with latest version of the retriever for this source
 199         sources.put(name, dbs[i]);
 200       }
 201     }
 202     try
 203     {
 204       jbInit();
 205     } catch (Exception ex)
 206     {
 207       ex.printStackTrace();
 208     }
 209
 210     frame = new JInternalFrame();
 211     frame.setContentPane(this);
 212     if (new jalview.util.Platform().isAMac())
 213     {
 214       Desktop.addInternalFrame(frame, getFrameTitle(), 400, 240);
 215     }
 216     else
 217     {
 218       Desktop.addInternalFrame(frame, getFrameTitle(), 400, 180);
 219     }
 220   }
 221
 222   private String getFrameTitle()
 223   {
 224     return ((alignFrame == null) ? "New " : "Additional ")
 225             + "Sequence Fetcher";
 226   }
 227
 228   private void jbInit() throws Exception
 229   {
 230     this.setLayout(borderLayout2);
 231
 232     database.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
 233     dbeg.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.BOLD, 11));
 234     jLabel1.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.ITALIC, 11));
 235     jLabel1.setHorizontalAlignment(SwingConstants.CENTER);
 236     jLabel1.setText("Separate multiple accession ids with semi colon \";\"");
 237
 238     replacePunctuation.setHorizontalAlignment(SwingConstants.CENTER);
 239     replacePunctuation
 240             .setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.ITALIC, 11));
 241     replacePunctuation.setText("Replace commas with semi-colons");
 242     ok.setText("OK");
 243     ok.addActionListener(new ActionListener()
 244     {
 245       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 246       {
 247         ok_actionPerformed();
 248       }
 249     });
 250     clear.setText("Clear");
 251     clear.addActionListener(new ActionListener()
 252     {
 253       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 254       {
 255         clear_actionPerformed();
 256       }
 257     });
 258
 259     example.setText("Example");
 260     example.addActionListener(new ActionListener()
 261     {
 262       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 263       {
 264         example_actionPerformed();
 265       }
 266     });
 267     close.setText("Close");
 268     close.addActionListener(new ActionListener()
 269     {
 270       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 271       {
 272         close_actionPerformed(e);
 273       }
 274     });
 275     textArea.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
 276     textArea.setLineWrap(true);
 277     textArea.addKeyListener(new KeyAdapter()
 278     {
 279       public void keyPressed(KeyEvent e)
 280       {
 281         if (e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_ENTER)
 282           ok_actionPerformed();
 283       }
 284     });
 285     jPanel3.setLayout(borderLayout1);
 286     borderLayout1.setVgap(5);
 287     jPanel1.add(ok);
 288     jPanel1.add(example);
 289     jPanel1.add(clear);
 290     jPanel1.add(close);
 291     jPanel3.add(jPanel2, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 292     jPanel2.setLayout(borderLayout3);
 293
 294     database.addActionListener(new ActionListener()
 295     {
 296
 297       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 298       {
 299         DbSourceProxy db = null;
 300         try
 301         {
 302           db = sfetch.getSourceProxy((String) sources.get(database
 303                   .getSelectedItem()));
 304           String eq = db.getTestQuery();
 305           dbeg.setText("Example query: " + eq);
 306           replacePunctuation.setEnabled(!(eq != null && eq.indexOf(",") > -1));
 307         } catch (Exception ex)
 308         {
 309           dbeg.setText("");
 310           replacePunctuation.setEnabled(true);
 311         }
 312         jPanel2.repaint();
 313       }
 314     });
 315     dbeg.setText("");
 316     jPanel2.add(database, java.awt.BorderLayout.NORTH);
 317     jPanel2.add(dbeg, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 318     JPanel jPanel2a = new JPanel(new BorderLayout());
 319     jPanel2a.add(jLabel1, java.awt.BorderLayout.NORTH);
 320     jPanel2a.add(replacePunctuation, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
 321     jPanel2.add(jPanel2a, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
 322     // jPanel2.setPreferredSize(new Dimension())
 323     jPanel3.add(jScrollPane1, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 324     this.add(jPanel1, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
 325     this.add(jPanel3, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 326     this.add(jPanel2, java.awt.BorderLayout.NORTH);
 327     jScrollPane1.getViewport().add(textArea);
 328
 329   }
 330
 331   protected void example_actionPerformed()
 332   {
 333     DbSourceProxy db = null;
 334     try
 335     {
 336       db = sfetch.getSourceProxy((String) sources.get(database
 337               .getSelectedItem()));
 338       textArea.setText(db.getTestQuery());
 339     } catch (Exception ex)
 340     {
 341     }
 342     jPanel3.repaint();
 343   }
 344
 345   protected void clear_actionPerformed()
 346   {
 347     textArea.setText("");
 348     jPanel3.repaint();
 349   }
 350
 351   JLabel dbeg = new JLabel();
 352
 353   JComboBox database = new JComboBox();
 354
 355   JLabel jLabel1 = new JLabel();
 356
 357   JCheckBox replacePunctuation = new JCheckBox();
 358
 359   JButton ok = new JButton();
 360
 361   JButton clear = new JButton();
 362
 363   JButton example = new JButton();
 364
 365   JButton close = new JButton();
 366
 367   JPanel jPanel1 = new JPanel();
 368
 369   JTextArea textArea = new JTextArea();
 370
 371   JScrollPane jScrollPane1 = new JScrollPane();
 372
 373   JPanel jPanel2 = new JPanel();
 374
 375   JPanel jPanel3 = new JPanel();
 376
 377   JPanel jPanel4 = new JPanel();
 378
 379   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();
 380
 381   BorderLayout borderLayout2 = new BorderLayout();
 382
 383   BorderLayout borderLayout3 = new BorderLayout();
 384
 385   public void close_actionPerformed(ActionEvent e)
 386   {
 387     try
 388     {
 389       frame.setClosed(true);
 390     } catch (Exception ex)
 391     {
 392     }
 393   }
 394
 395   public void ok_actionPerformed()
 396   {
 397     database.setEnabled(false);
 398     textArea.setEnabled(false);
 399     ok.setEnabled(false);
 400     close.setEnabled(false);
 401
 402     Thread worker = new Thread(this);
 403     worker.start();
 404   }
 405
 406   private void resetDialog()
 407   {
 408     database.setEnabled(true);
 409     textArea.setEnabled(true);
 410     ok.setEnabled(true);
 411     close.setEnabled(true);
 412   }
 413
 414   public void run()
 415   {
 416     String error = "";
 417     if (database.getSelectedItem().equals(noDbSelected))
 418     {
 419       error += "Please select the source database\n";
 420     }
 421     // TODO: make this transformation more configurable
 422     com.stevesoft.pat.Regex empty;
 423     if (replacePunctuation.isEnabled() && replacePunctuation.isSelected())
 424     {
 425       empty = new com.stevesoft.pat.Regex(
 426       // replace commas and spaces with a semicolon
 427               "(\\s|[,; ])+", ";");
 428     }
 429     else
 430     {
 431       // just turn spaces and semicolons into single semicolons
 432       empty = new com.stevesoft.pat.Regex("(\\s|[; ])+", ";");
 433     }
 434     textArea.setText(empty.replaceAll(textArea.getText()));
 435     // see if there's anthing to search with
 436     if (!new com.stevesoft.pat.Regex("[A-Za-z0-9_.]").search(textArea
 437             .getText()))
 438     {
 439       error += "Please enter a (semi-colon separated list of) database id(s)";
 440     }
 441     if (error.length() > 0)
 442     {
 443       showErrorMessage(error);
 444       resetDialog();
 445       return;
 446     }
 447     ArrayList<String> aresultq=new ArrayList<String>();
 448     ArrayList<AlignmentI> aresult = new ArrayList<AlignmentI>();
 449     Object source = database.getSelectedItem();
 450     Enumeration en = new StringTokenizer(textArea.getText(), ";");
 451     boolean isAliSource=false;
 452     try
 453     {
 454       guiWindow.setProgressBar(
 455               "Fetching Sequences from " + database.getSelectedItem(),
 456               Thread.currentThread().hashCode());
 457       DbSourceProxy proxy = sfetch.getSourceProxy((String) sources
 458               .get(source));
 459       isAliSource = proxy.isA(DBRefSource.ALIGNMENTDB);
 460       if (proxy.getAccessionSeparator() == null)
 461       {
 462         while (en.hasMoreElements())
 463         {
 464           String item = (String) en.nextElement();
 465           try
 466           {
 467             if (aresult != null)
 468             {
 469               try
 470               {
 471                 // give the server a chance to breathe
 472                 Thread.sleep(5);
 473               } catch (Exception e)
 474               {
 475                 //
 476               }
 477
 478             }
 479
 480             AlignmentI indres = null;
 481             try
 482             {
 483               indres = proxy.getSequenceRecords(item);
 484             } catch (OutOfMemoryError oome)
 485             {
 486               new OOMWarning("fetching " + item + " from "
 487                       + database.getSelectedItem(), oome, this);
 488             }
 489             if (indres != null)
 490             {
 491               aresultq.add(item);
 492               aresult.add(indres);
 493             }
 494           } catch (Exception e)
 495           {
 496             jalview.bin.Cache.log.info("Error retrieving " + item
 497                     + " from " + source, e);
 498           }
 499         }
 500       }
 501       else
 502       {
 503         StringBuffer multiacc = new StringBuffer();
 504         while (en.hasMoreElements())
 505         {
 506           multiacc.append(en.nextElement());
 507           if (en.hasMoreElements())
 508           {
 509             multiacc.append(proxy.getAccessionSeparator());
 510           }
 511         }
 512         try
 513         {
 514           aresultq.add(multiacc.toString());
 515           aresult.add(proxy.getSequenceRecords(multiacc.toString()));
 516         } catch (OutOfMemoryError oome)
 517         {
 518           new OOMWarning("fetching " + multiacc + " from "
 519                   + database.getSelectedItem(), oome, this);
 520         }
 521
 522       }
 523
 524     } catch (Exception e)
 525     {
 526       showErrorMessage("Error retrieving " + textArea.getText() + " from "
 527               + database.getSelectedItem());
 528       // error +="Couldn't retrieve sequences from "+database.getSelectedItem();
 529       System.err.println("Retrieval failed for source ='"
 530               + database.getSelectedItem() + "' and query\n'"
 531               + textArea.getText() + "'\n");
 532       e.printStackTrace();
 533     } catch (OutOfMemoryError e)
 534     {
 535       // resets dialog box - so we don't use OOMwarning here.
 536       showErrorMessage("Out of Memory when retrieving "
 537               + textArea.getText()
 538               + " from "
 539               + database.getSelectedItem()
 540               + "\nPlease see the Jalview FAQ for instructions for increasing the memory available to Jalview.\n");
 541       e.printStackTrace();
 542     } catch (Error e)
 543     {
 544       showErrorMessage("Serious Error retrieving " + textArea.getText()
 545               + " from " + database.getSelectedItem());
 546       e.printStackTrace();
 547     }
 548     if (aresult != null && aresult.size()>0)
 549     {
 550       AlignmentI ar=null;
 551       if (isAliSource) {
 552         // new window for each result
 553         while (aresult.size()>0)
 554         {
 555           parseResult(aresult.remove(0), aresultq.remove(0)+" "+getDefaultRetrievalTitle(), null);
 556         }
 557       } else {
 558         // concatenate all results in one window
 559         while (aresult.size()>0)
 560         {
 561           if (ar==null) { ar = aresult.remove(0);}
 562           else { ar.append(aresult.remove(0)); };
 563         }
 564         parseResult(ar, null, null);
 565       }
 566     }
 567     // only remove visual delay after we finished parsing.
 568     guiWindow.setProgressBar(null, Thread.currentThread().hashCode());
 569     resetDialog();
 570   }
 571
 572   /*
 573    * result = new StringBuffer(); if
 574    * (database.getSelectedItem().equals("Uniprot")) {
 575    * getUniprotFile(textArea.getText()); } else if
 576    * (database.getSelectedItem().equals("EMBL") ||
 577    * database.getSelectedItem().equals("EMBLCDS")) { String DBRefSource =
 578    * database.getSelectedItem().equals("EMBLCDS") ?
 579    * jalview.datamodel.DBRefSource.EMBLCDS : jalview.datamodel.DBRefSource.EMBL;
 580    *
 581    * StringTokenizer st = new StringTokenizer(textArea.getText(), ";");
 582    * SequenceI[] seqs = null; while(st.hasMoreTokens()) { EBIFetchClient dbFetch
 583    * = new EBIFetchClient(); String qry =
 584    * database.getSelectedItem().toString().toLowerCase( ) + ":" +
 585    * st.nextToken(); File reply = dbFetch.fetchDataAsFile( qry, "emblxml",null);
 586    *
 587    * jalview.datamodel.xdb.embl.EmblFile efile=null; if (reply != null &&
 588    * reply.exists()) { efile =
 589    * jalview.datamodel.xdb.embl.EmblFile.getEmblFile(reply); } if (efile!=null)
 590    * { for (Iterator i=efile.getEntries().iterator(); i.hasNext(); ) { EmblEntry
 591    * entry = (EmblEntry) i.next(); SequenceI[] seqparts =
 592    * entry.getSequences(false,true, DBRefSource); if (seqparts!=null) {
 593    * SequenceI[] newseqs = null; int si=0; if (seqs==null) { newseqs = new
 594    * SequenceI[seqparts.length]; } else { newseqs = new
 595    * SequenceI[seqs.length+seqparts.length];
 596    *
 597    * for (;si<seqs.length; si++) { newseqs[si] = seqs[si]; seqs[si] = null; } }
 598    * for (int j=0;j<seqparts.length; si++, j++) { newseqs[si] =
 599    * seqparts[j].deriveSequence(); // place DBReferences on dataset and refer }
 600    * seqs=newseqs; } } } else { result.append("# no response for "+qry); } } if
 601    * (seqs!=null && seqs.length>0) { if (parseResult(new Alignment(seqs), null,
 602    * null)!=null) { result.append("# Successfully parsed the
 603    * "+database.getSelectedItem()+" Queries into an Alignment"); } } } else if
 604    * (database.getSelectedItem().equals("PDB")) { StringTokenizer qset = new
 605    * StringTokenizer(textArea.getText(), ";"); String query; SequenceI[] seqs =
 606    * null; while (qset.hasMoreTokens() && ((query = qset.nextToken())!=null)) {
 607    * SequenceI[] seqparts = getPDBFile(query.toUpperCase()); if (seqparts !=
 608    * null) { if (seqs == null) { seqs = seqparts; } else { SequenceI[] newseqs =
 609    * new SequenceI[seqs.length+seqparts.length]; int i=0; for (; i <
 610    * seqs.length; i++) { newseqs[i] = seqs[i]; seqs[i] = null; } for (int
 611    * j=0;j<seqparts.length; i++, j++) { newseqs[i] = seqparts[j]; }
 612    * seqs=newseqs; } result.append("# Success for "+query.toUpperCase()+"\n"); }
 613    * } if (seqs != null && seqs.length > 0) { if (parseResult(new
 614    * Alignment(seqs), null, null)!=null) { result.append( "# Successfully parsed
 615    * the PDB File Queries into an
 616    * Alignment"); } } } else if( database.getSelectedItem().equals("PFAM")) {
 617    * try { result.append(new FastaFile(
 618    * "http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getalignment.pl?format=fal&acc=" +
 619    * textArea.getText().toUpperCase(), "URL").print() );
 620    *
 621    * if(result.length()>0) { parseResult( result.toString(),
 622    * textArea.getText().toUpperCase() ); } } catch (java.io.IOException ex) {
 623    * result = null; } }
 624    *
 625    * if (result == null || result.length() == 0) { showErrorMessage("Error
 626    * retrieving " + textArea.getText() + " from " + database.getSelectedItem());
 627    * }
 628    *
 629    * resetDialog(); return; }
 630    *
 631    * void getUniprotFile(String id) { EBIFetchClient ebi = new EBIFetchClient();
 632    * File file = ebi.fetchDataAsFile("uniprot:" + id, "xml", null);
 633    *
 634    * DBRefFetcher dbref = new DBRefFetcher(); Vector entries =
 635    * dbref.getUniprotEntries(file);
 636    *
 637    * if (entries != null) { //First, make the new sequences Enumeration en =
 638    * entries.elements(); while (en.hasMoreElements()) { UniprotEntry entry =
 639    * (UniprotEntry) en.nextElement();
 640    *
 641    * StringBuffer name = new StringBuffer(">UniProt/Swiss-Prot"); Enumeration
 642    * en2 = entry.getAccession().elements(); while (en2.hasMoreElements()) {
 643    * name.append("|"); name.append(en2.nextElement()); } en2 =
 644    * entry.getName().elements(); while (en2.hasMoreElements()) {
 645    * name.append("|"); name.append(en2.nextElement()); }
 646    *
 647    * if (entry.getProtein() != null) { name.append(" " +
 648    * entry.getProtein().getName().elementAt(0)); }
 649    *
 650    * result.append(name + "\n" + entry.getUniprotSequence().getContent() +
 651    * "\n"); }
 652    *
 653    * //Then read in the features and apply them to the dataset Alignment al =
 654    * parseResult(result.toString(), null); for (int i = 0; i < entries.size();
 655    * i++) { UniprotEntry entry = (UniprotEntry) entries.elementAt(i);
 656    * Enumeration e = entry.getDbReference().elements(); Vector onlyPdbEntries =
 657    * new Vector(); while (e.hasMoreElements()) { PDBEntry pdb = (PDBEntry)
 658    * e.nextElement(); if (!pdb.getType().equals("PDB")) { continue; }
 659    *
 660    * onlyPdbEntries.addElement(pdb); }
 661    *
 662    * Enumeration en2 = entry.getAccession().elements(); while
 663    * (en2.hasMoreElements()) {
 664    * al.getSequenceAt(i).getDatasetSequence().addDBRef(new DBRefEntry(
 665    * DBRefSource.UNIPROT, "0", en2.nextElement().toString())); }
 666    *
 667    *
 668    *
 669    *
 670    * al.getSequenceAt(i).getDatasetSequence().setPDBId(onlyPdbEntries); if
 671    * (entry.getFeature() != null) { e = entry.getFeature().elements(); while
 672    * (e.hasMoreElements()) { SequenceFeature sf = (SequenceFeature)
 673    * e.nextElement(); sf.setFeatureGroup("Uniprot");
 674    * al.getSequenceAt(i).getDatasetSequence().addSequenceFeature( sf ); } } } }
 675    * }
 676    *
 677    * SequenceI[] getPDBFile(String id) { Vector result = new Vector(); String
 678    * chain = null; if (id.indexOf(":") > -1) { chain =
 679    * id.substring(id.indexOf(":") + 1); id = id.substring(0, id.indexOf(":")); }
 680    *
 681    * EBIFetchClient ebi = new EBIFetchClient(); String file =
 682    * ebi.fetchDataAsFile("pdb:" + id, "pdb", "raw"). getAbsolutePath(); if (file
 683    * == null) { return null; } try { PDBfile pdbfile = new PDBfile(file,
 684    * jalview.io.AppletFormatAdapter.FILE); for (int i = 0; i <
 685    * pdbfile.chains.size(); i++) { if (chain == null || ( (PDBChain)
 686    * pdbfile.chains.elementAt(i)).id. toUpperCase().equals(chain)) { PDBChain
 687    * pdbchain = (PDBChain) pdbfile.chains.elementAt(i); // Get the Chain's
 688    * Sequence - who's dataset includes any special features added from the PDB
 689    * file SequenceI sq = pdbchain.sequence; // Specially formatted name for the
 690    * PDB chain sequences retrieved from the PDB
 691    * sq.setName("PDB|"+id+"|"+sq.getName()); // Might need to add more metadata
 692    * to the PDBEntry object // like below /* PDBEntry entry = new PDBEntry(); //
 693    * Construct the PDBEntry entry.setId(id); if (entry.getProperty() == null)
 694    * entry.setProperty(new Hashtable()); entry.getProperty().put("chains",
 695    * pdbchain.id + "=" + sq.getStart() + "-" + sq.getEnd());
 696    * sq.getDatasetSequence().addPDBId(entry); // Add PDB DB Refs // We make a
 697    * DBRefEtntry because we have obtained the PDB file from a verifiable source
 698    * // JBPNote - PDB DBRefEntry should also carry the chain and mapping
 699    * information DBRefEntry dbentry = new
 700    * DBRefEntry(jalview.datamodel.DBRefSource.PDB, "0", id + pdbchain.id);
 701    * sq.addDBRef(dbentry); // and add seuqence to the retrieved set
 702    * result.addElement(sq.deriveSequence()); } }
 703    *
 704    * if (result.size() < 1) { throw new Exception("WsDBFetch for PDB id resulted
 705    * in zero result size"); } } catch (Exception ex) // Problem parsing PDB file
 706    * { jalview.bin.Cache.log.warn("Exception when retrieving " +
 707    * textArea.getText() + " from " + database.getSelectedItem(), ex); return
 708    * null; }
 709    *
 710    *
 711    * SequenceI[] results = new SequenceI[result.size()]; for (int i = 0, j =
 712    * result.size(); i < j; i++) { results[i] = (SequenceI) result.elementAt(i);
 713    * result.setElementAt(null,i); } return results; }
 714    */
 715   AlignmentI parseResult(String result, String title)
 716   {
 717     String format = new IdentifyFile().Identify(result, "Paste");
 718     Alignment sequences = null;
 719     if (FormatAdapter.isValidFormat(format))
 720     {
 721       sequences = null;
 722       try
 723       {
 724         sequences = new FormatAdapter().readFile(result.toString(),
 725                 "Paste", format);
 726       } catch (Exception ex)
 727       {
 728       }
 729
 730       if (sequences != null)
 731       {
 732         return parseResult(sequences, title, format);
 733       }
 734     }
 735     else
 736     {
 737       showErrorMessage("Error retrieving " + textArea.getText() + " from "
 738               + database.getSelectedItem());
 739     }
 740
 741     return null;
 742   }
 743
 744   /**
 745    *
 746    * @return a standard title for any results retrieved using the currently selected source and settings
 747    */
 748   public String getDefaultRetrievalTitle() {
 749     return "Retrieved from " + database.getSelectedItem();
 750   }
 751   AlignmentI parseResult(AlignmentI al, String title,
 752           String currentFileFormat)
 753   {
 754
 755     if (al != null && al.getHeight() > 0)
 756     {
 757       if (alignFrame == null)
 758       {
 759         AlignFrame af = new AlignFrame(al, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 760                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 761         if (currentFileFormat != null)
 762         {
 763           af.currentFileFormat = currentFileFormat; // WHAT IS THE DEFAULT
 764           // FORMAT FOR
 765           // NON-FormatAdapter Sourced
 766           // Alignments?
 767         }
 768
 769         if (title == null)
 770         {
 771           title = getDefaultRetrievalTitle();
 772         }
 773         SequenceFeature[] sfs = null;
 774         for (Enumeration sq = al.getSequences().elements(); sq
 775                 .hasMoreElements();)
 776         {
 777           if ((sfs = ((SequenceI) sq.nextElement()).getDatasetSequence()
 778                   .getSequenceFeatures()) != null)
 779           {
 780             if (sfs.length > 0)
 781             {
 782               af.setShowSeqFeatures(true);
 783               break;
 784             }
 785           }
 786
 787         }
 788         Desktop.addInternalFrame(af, title, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 789                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 790
 791         af.statusBar.setText("Successfully pasted alignment file");
 792
 793         try
 794         {
 795           af.setMaximum(jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_FULLSCREEN",
 796                   false));
 797         } catch (Exception ex)
 798         {
 799         }
 800       }
 801       else
 802       {
 803         for (int i = 0; i < al.getHeight(); i++)
 804         {
 805           alignFrame.viewport.alignment.addSequence(al.getSequenceAt(i)); // this
 806           // also
 807           // creates
 808           // dataset
 809           // sequence
 810           // entries
 811         }
 812         alignFrame.viewport.setEndSeq(alignFrame.viewport.alignment
 813                 .getHeight());
 814         alignFrame.viewport.alignment.getWidth();
 815         alignFrame.viewport.firePropertyChange("alignment", null,
 816                 alignFrame.viewport.getAlignment().getSequences());
 817       }
 818     }
 819     return al;
 820   }
 821
 822   void showErrorMessage(final String error)
 823   {
 824     resetDialog();
 825     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 826     {
 827       public void run()
 828       {
 829         JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop, error,
 830                 "Error Retrieving Data", JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 831       }
 832     });
 833   }
 834 }