src/jalview/gui/SequenceFetcher.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.FeatureSettingsModelI;
  24 import jalview.bin.Cache;
  25 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  26 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  27 import jalview.datamodel.SequenceI;
  28 import jalview.fts.core.GFTSPanel;
  29 import jalview.fts.service.pdb.PDBFTSPanel;
  30 import jalview.fts.service.uniprot.UniprotFTSPanel;
  31 import jalview.io.FileFormatI;
  32 import jalview.io.gff.SequenceOntologyI;
  33 import jalview.util.DBRefUtils;
  34 import jalview.util.MessageManager;
  35 import jalview.util.Platform;
  36 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;
  37
  38 import java.awt.BorderLayout;
  39 import java.awt.Font;
  40 import java.awt.event.ActionEvent;
  41 import java.awt.event.ActionListener;
  42 import java.awt.event.KeyAdapter;
  43 import java.awt.event.KeyEvent;
  44 import java.util.ArrayList;
  45 import java.util.Arrays;
  46 import java.util.HashSet;
  47 import java.util.Iterator;
  48 import java.util.List;
  49
  50 import javax.swing.JButton;
  51 import javax.swing.JCheckBox;
  52 import javax.swing.JComboBox;
  53 import javax.swing.JInternalFrame;
  54 import javax.swing.JLabel;
  55 import javax.swing.JPanel;
  56 import javax.swing.JScrollPane;
  57 import javax.swing.JTextArea;
  58 import javax.swing.SwingConstants;
  59
  60 /**
  61  * A panel where the use may choose a database source, and enter one or more
  62  * accessions, to retrieve entries from the database.
  63  * <p>
  64  * If the selected source is Uniprot or PDB, a free text search panel is opened
  65  * instead to perform the search and selection.
  66  */
  67 public class SequenceFetcher extends JPanel implements Runnable
  68 {
  69   private static jalview.ws.SequenceFetcher sfetch = null;
  70
  71   JLabel exampleAccession;
  72
  73   JComboBox<String> database;
  74
  75   JCheckBox replacePunctuation;
  76
  77   JButton okBtn;
  78
  79   JButton exampleBtn;
  80
  81   JButton closeBtn;
  82
  83   JButton backBtn;
  84
  85   JTextArea textArea;
  86
  87   JInternalFrame frame;
  88
  89   IProgressIndicator guiWindow;
  90
  91   AlignFrame alignFrame;
  92
  93   GFTSPanel parentSearchPanel;
  94
  95   IProgressIndicator progressIndicator;
  96
  97   volatile boolean _isConstructing = false;
  98
  99   /**
 100    * Returns the shared instance of the SequenceFetcher client
 101    *
 102    * @return
 103    */
 104   public static jalview.ws.SequenceFetcher getSequenceFetcherSingleton()
 105   {
 106     if (sfetch == null)
 107     {
 108       sfetch = new jalview.ws.SequenceFetcher();
 109     }
 110     return sfetch;
 111   }
 112
 113   /**
 114    * Constructor given a client to receive any status or progress messages
 115    * (currently either the Desktop, or an AlignFrame panel)
 116    *
 117    * @param guiIndic
 118    */
 119   public SequenceFetcher(IProgressIndicator guiIndic)
 120   {
 121     this(guiIndic, null, null);
 122   }
 123
 124   /**
 125    * Constructor with specified database and accession(s) to retrieve
 126    *
 127    * @param guiIndic
 128    * @param selectedDb
 129    * @param queryString
 130    */
 131   public SequenceFetcher(IProgressIndicator guiIndic,
 132           final String selectedDb, final String queryString)
 133   {
 134     this.progressIndicator = guiIndic;
 135     getSequenceFetcherSingleton();
 136     this.guiWindow = progressIndicator;
 137
 138     if (progressIndicator instanceof AlignFrame)
 139     {
 140       alignFrame = (AlignFrame) progressIndicator;
 141     }
 142
 143     jbInit(selectedDb);
 144     textArea.setText(queryString);
 145
 146     frame = new JInternalFrame();
 147     frame.setContentPane(this);
 148     Desktop.addInternalFrame(frame, getFrameTitle(), true, 400,
 149                 Platform.isAMacAndNotJS() ? 240 : 180);
 150   }
 151
 152   private String getFrameTitle()
 153   {
 154     return ((alignFrame == null)
 155             ? MessageManager.getString("label.new_sequence_fetcher")
 156             : MessageManager
 157                     .getString("label.additional_sequence_fetcher"));
 158   }
 159
 160   private void jbInit(String selectedDb)
 161   {
 162     this.setLayout(new BorderLayout());
 163
 164     database = new JComboBox<>();
 165     database.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
 166     database.setPrototypeDisplayValue("ENSEMBLGENOMES   ");
 167     String[] sources = new jalview.ws.SequenceFetcher().getSupportedDb();
 168     Arrays.sort(sources, String.CASE_INSENSITIVE_ORDER);
 169     database.addItem(MessageManager.getString("action.select_ddbb"));
 170     for (String source : sources)
 171     {
 172       database.addItem(source);
 173     }
 174     database.setSelectedItem(selectedDb);
 175     if (database.getSelectedIndex() == -1)
 176     {
 177       database.setSelectedIndex(0);
 178     }
 179     database.setMaximumRowCount(database.getItemCount());
 180     database.addActionListener(new ActionListener()
 181     {
 182       @Override
 183       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 184       {
 185         String currentSelection = (String) database.getSelectedItem();
 186         updateExampleQuery(currentSelection);
 187
 188         if ("pdb".equalsIgnoreCase(currentSelection))
 189         {
 190           frame.dispose();
 191           new PDBFTSPanel(SequenceFetcher.this);
 192         }
 193         else if ("uniprot".equalsIgnoreCase(currentSelection))
 194         {
 195           frame.dispose();
 196           new UniprotFTSPanel(SequenceFetcher.this);
 197         }
 198         else
 199         {
 200           otherSourceAction();
 201         }
 202       }
 203     });
 204
 205     exampleAccession = new JLabel("");
 206     exampleAccession.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 11));
 207     JLabel jLabel1 = new JLabel(MessageManager
 208             .getString("label.separate_multiple_accession_ids"));
 209     jLabel1.setFont(new Font("Verdana", Font.ITALIC, 11));
 210     jLabel1.setHorizontalAlignment(SwingConstants.LEFT);
 211
 212     replacePunctuation = new JCheckBox(
 213             MessageManager.getString("label.replace_commas_semicolons"));
 214     replacePunctuation.setHorizontalAlignment(SwingConstants.LEFT);
 215     replacePunctuation.setFont(new Font("Verdana", Font.ITALIC, 11));
 216     okBtn = new JButton(MessageManager.getString("action.ok"));
 217     okBtn.addActionListener(new ActionListener()
 218     {
 219       @Override
 220       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 221       {
 222         ok_actionPerformed();
 223       }
 224     });
 225     JButton clear = new JButton(MessageManager.getString("action.clear"));
 226     clear.addActionListener(new ActionListener()
 227     {
 228       @Override
 229       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 230       {
 231         clear_actionPerformed();
 232       }
 233     });
 234
 235     exampleBtn = new JButton(MessageManager.getString("label.example"));
 236     exampleBtn.addActionListener(new ActionListener()
 237     {
 238       @Override
 239       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 240       {
 241         example_actionPerformed();
 242       }
 243     });
 244     closeBtn = new JButton(MessageManager.getString("action.cancel"));
 245     closeBtn.addActionListener(new ActionListener()
 246     {
 247       @Override
 248       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 249       {
 250         close_actionPerformed(e);
 251       }
 252     });
 253     backBtn = new JButton(MessageManager.getString("action.back"));
 254     backBtn.addActionListener(new ActionListener()
 255     {
 256       @Override
 257       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 258       {
 259         parentSearchPanel.btn_back_ActionPerformed();
 260       }
 261     });
 262     // back not visible unless embedded
 263     backBtn.setVisible(false);
 264
 265     textArea = new JTextArea();
 266     textArea.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
 267     textArea.setLineWrap(true);
 268     textArea.addKeyListener(new KeyAdapter()
 269     {
 270       @Override
 271       public void keyPressed(KeyEvent e)
 272       {
 273         if (e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_ENTER)
 274         {
 275           ok_actionPerformed();
 276         }
 277       }
 278     });
 279
 280     JPanel actionPanel = new JPanel();
 281     actionPanel.add(backBtn);
 282     actionPanel.add(exampleBtn);
 283     actionPanel.add(clear);
 284     actionPanel.add(okBtn);
 285     actionPanel.add(closeBtn);
 286
 287     JPanel databasePanel = new JPanel();
 288     databasePanel.setLayout(new BorderLayout());
 289     databasePanel.add(database, BorderLayout.NORTH);
 290     databasePanel.add(exampleAccession, BorderLayout.CENTER);
 291     JPanel jPanel2a = new JPanel(new BorderLayout());
 292     jPanel2a.add(jLabel1, BorderLayout.NORTH);
 293     jPanel2a.add(replacePunctuation, BorderLayout.SOUTH);
 294     databasePanel.add(jPanel2a, BorderLayout.SOUTH);
 295
 296     JPanel idsPanel = new JPanel();
 297     idsPanel.setLayout(new BorderLayout(0, 5));
 298     JScrollPane jScrollPane1 = new JScrollPane();
 299     jScrollPane1.getViewport().add(textArea);
 300     idsPanel.add(jScrollPane1, BorderLayout.CENTER);
 301
 302     this.add(actionPanel, BorderLayout.SOUTH);
 303     this.add(idsPanel, BorderLayout.CENTER);
 304     this.add(databasePanel, BorderLayout.NORTH);
 305   }
 306
 307   /**
 308    * Answers a semi-colon-delimited string with the example query or queries for
 309    * the selected database
 310    *
 311    * @param db
 312    * @return
 313    */
 314   protected String getExampleQueries(String db)
 315   {
 316     StringBuilder sb = new StringBuilder();
 317     HashSet<String> hs = new HashSet<>();
 318     for (DbSourceProxy dbs : sfetch.getSourceProxy(db))
 319     {
 320       String tq = dbs.getTestQuery();
 321       if (hs.add(tq)) // not a duplicate source
 322       {
 323         if (sb.length() > 0)
 324         {
 325           sb.append(";");
 326         }
 327         sb.append(tq);
 328       }
 329     }
 330     return sb.toString();
 331   }
 332
 333   /**
 334    * Action on selecting a database other than Uniprot or PDB is to enable or
 335    * disable 'Replace commas', and await input in the query field
 336    */
 337   protected void otherSourceAction()
 338   {
 339     try
 340     {
 341       String eq = exampleAccession.getText();
 342       // TODO this should be a property of the SequenceFetcher whether commas
 343       // are allowed in the IDs...
 344
 345       boolean enablePunct = !(eq != null && eq.indexOf(",") > -1);
 346       replacePunctuation.setEnabled(enablePunct);
 347
 348     } catch (Exception ex)
 349     {
 350       exampleAccession.setText("");
 351       replacePunctuation.setEnabled(true);
 352     }
 353     repaint();
 354   }
 355
 356   /**
 357    * Sets the text of the example query to incorporate the example accession
 358    * provided by the selected database source
 359    *
 360    * @param selectedDatabase
 361    * @return
 362    */
 363   protected String updateExampleQuery(String selectedDatabase)
 364   {
 365     String eq = getExampleQueries(selectedDatabase);
 366     exampleAccession.setText(MessageManager
 367             .formatMessage("label.example_query_param", new String[]
 368             { eq }));
 369     return eq;
 370   }
 371
 372   /**
 373    * Action on clicking the 'Example' button is to write the example accession
 374    * as the query text field value
 375    */
 376   protected void example_actionPerformed()
 377   {
 378     String eq = getExampleQueries((String) database.getSelectedItem());
 379     textArea.setText(eq);
 380     repaint();
 381   }
 382
 383   /**
 384    * Clears the query input field
 385    */
 386   protected void clear_actionPerformed()
 387   {
 388     textArea.setText("");
 389     repaint();
 390   }
 391
 392   /**
 393    * Action on Close button is to close this frame, and also (if it is embedded
 394    * in a search panel) to close the search panel
 395    *
 396    * @param e
 397    */
 398   protected void close_actionPerformed(ActionEvent e)
 399   {
 400     try
 401     {
 402       frame.setClosed(true);
 403       if (parentSearchPanel != null)
 404       {
 405         parentSearchPanel.btn_cancel_ActionPerformed();
 406       }
 407     } catch (Exception ex)
 408     {
 409     }
 410   }
 411
 412   /**
 413    * Action on OK is to start the fetch for entered accession(s)
 414    */
 415   public void ok_actionPerformed()
 416   {
 417     /*
 418      * tidy inputs and check there is something to search for
 419      */
 420     String t0 = textArea.getText();
 421     String text = t0.trim();
 422     if (replacePunctuation.isEnabled() && replacePunctuation.isSelected())
 423     {
 424       text = text.replace(",", ";");
 425     }
 426     text = text.replaceAll("(\\s|[; ])+", ";");
 427     if (!t0.equals(text))
 428     {
 429           textArea.setText(text);
 430     }
 431     if (text.isEmpty())
 432     {
 433       // todo i18n
 434       showErrorMessage(
 435               "Please enter a (semi-colon separated list of) database id(s)");
 436       resetDialog();
 437       return;
 438     }
 439     exampleBtn.setEnabled(false);
 440     textArea.setEnabled(false);
 441     okBtn.setEnabled(false);
 442     closeBtn.setEnabled(false);
 443     backBtn.setEnabled(false);
 444
 445     Thread worker = new Thread(this);
 446     worker.start();
 447   }
 448
 449   private void resetDialog()
 450   {
 451     exampleBtn.setEnabled(true);
 452     textArea.setEnabled(true);
 453     okBtn.setEnabled(true);
 454     closeBtn.setEnabled(true);
 455     backBtn.setEnabled(parentSearchPanel != null);
 456   }
 457
 458   @Override
 459   public void run()
 460   {
 461     boolean addToLast = false;
 462     List<String> aresultq = new ArrayList<>();
 463     List<String> presultTitle = new ArrayList<>();
 464     List<AlignmentI> presult = new ArrayList<>();
 465     List<AlignmentI> aresult = new ArrayList<>();
 466     List<DbSourceProxy> sources = sfetch
 467             .getSourceProxy((String) database.getSelectedItem());
 468     Iterator<DbSourceProxy> proxies = sources.iterator();
 469     String[] qries = textArea.getText().trim().split(";");
 470     List<String> nextFetch = Arrays.asList(qries);
 471     Iterator<String> en = Arrays.asList(new String[0]).iterator();
 472     int nqueries = qries.length;
 473
 474     FeatureSettingsModelI preferredFeatureColours = null;
 475     while (proxies.hasNext() && (en.hasNext() || nextFetch.size() > 0))
 476     {
 477       if (!en.hasNext() && nextFetch.size() > 0)
 478       {
 479         en = nextFetch.iterator();
 480         nqueries = nextFetch.size();
 481         // save the remaining queries in the original array
 482         qries = nextFetch.toArray(new String[nqueries]);
 483         nextFetch = new ArrayList<>();
 484       }
 485
 486       DbSourceProxy proxy = proxies.next();
 487       try
 488       {
 489         // update status
 490         guiWindow.setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
 491                 "status.fetching_sequence_queries_from", new String[]
 492                 { Integer.valueOf(nqueries).toString(),
 493                     proxy.getDbName() }),
 494                 Thread.currentThread().hashCode());
 495         if (proxy.getMaximumQueryCount() == 1)
 496         {
 497           /*
 498            * proxy only handles one accession id at a time
 499            */
 500           while (en.hasNext())
 501           {
 502             String acc = en.next();
 503             if (!fetchSingleAccession(proxy, acc, aresultq, aresult))
 504             {
 505               nextFetch.add(acc);
 506             }
 507           }
 508         }
 509         else
 510         {
 511           /*
 512            * proxy can fetch multiple accessions at one time
 513            */
 514           fetchMultipleAccessions(proxy, en, aresultq, aresult, nextFetch);
 515         }
 516       } catch (Exception e)
 517       {
 518         showErrorMessage("Error retrieving " + textArea.getText() + " from "
 519                 + database.getSelectedItem());
 520         // error
 521         // +="Couldn't retrieve sequences from "+database.getSelectedItem();
 522         System.err.println("Retrieval failed for source ='"
 523                 + database.getSelectedItem() + "' and query\n'"
 524                 + textArea.getText() + "'\n");
 525         e.printStackTrace();
 526       } catch (OutOfMemoryError e)
 527       {
 528         showErrorMessage("Out of Memory when retrieving "
 529                 + textArea.getText() + " from " + database.getSelectedItem()
 530                 + "\nPlease see the Jalview FAQ for instructions for increasing the memory available to Jalview.\n");
 531         e.printStackTrace();
 532       } catch (Error e)
 533       {
 534         showErrorMessage("Serious Error retrieving " + textArea.getText()
 535                 + " from " + database.getSelectedItem());
 536         e.printStackTrace();
 537       }
 538
 539       // Stack results ready for opening in alignment windows
 540       if (aresult != null && aresult.size() > 0)
 541       {
 542         FeatureSettingsModelI proxyColourScheme = proxy
 543                 .getFeatureColourScheme();
 544         if (proxyColourScheme != null)
 545         {
 546           preferredFeatureColours = proxyColourScheme;
 547         }
 548
 549         AlignmentI ar = null;
 550         if (proxy.isAlignmentSource())
 551         {
 552           addToLast = false;
 553           // new window for each result
 554           while (aresult.size() > 0)
 555           {
 556             presult.add(aresult.remove(0));
 557             presultTitle.add(
 558                     aresultq.remove(0) + " " + getDefaultRetrievalTitle());
 559           }
 560         }
 561         else
 562         {
 563           String titl = null;
 564           if (addToLast && presult.size() > 0)
 565           {
 566             ar = presult.remove(presult.size() - 1);
 567             titl = presultTitle.remove(presultTitle.size() - 1);
 568           }
 569           // concatenate all results in one window
 570           while (aresult.size() > 0)
 571           {
 572             if (ar == null)
 573             {
 574               ar = aresult.remove(0);
 575             }
 576             else
 577             {
 578               ar.append(aresult.remove(0));
 579             }
 580           }
 581           addToLast = true;
 582           presult.add(ar);
 583           presultTitle.add(titl);
 584         }
 585       }
 586       guiWindow.setProgressBar(
 587               MessageManager.getString("status.finshed_querying"),
 588               Thread.currentThread().hashCode());
 589     }
 590     guiWindow
 591             .setProgressBar(
 592                     (presult.size() > 0)
 593                             ? MessageManager
 594                                     .getString("status.parsing_results")
 595                             : MessageManager.getString("status.processing"),
 596                     Thread.currentThread().hashCode());
 597     // process results
 598     while (presult.size() > 0)
 599     {
 600       parseResult(presult.remove(0), presultTitle.remove(0), null,
 601               preferredFeatureColours);
 602     }
 603     // only remove visual delay after we finished parsing.
 604     guiWindow.setProgressBar(null, Thread.currentThread().hashCode());
 605     if (nextFetch.size() > 0)
 606     {
 607       StringBuffer sb = new StringBuffer();
 608       sb.append("Didn't retrieve the following "
 609               + (nextFetch.size() == 1 ? "query"
 610                       : nextFetch.size() + " queries")
 611               + ": \n");
 612       int l = sb.length(), lr = 0;
 613       for (String s : nextFetch)
 614       {
 615         if (l != sb.length())
 616         {
 617           sb.append("; ");
 618         }
 619         if (lr - sb.length() > 40)
 620         {
 621           sb.append("\n");
 622         }
 623         sb.append(s);
 624       }
 625       showErrorMessage(sb.toString());
 626     }
 627     resetDialog();
 628   }
 629
 630   /**
 631    * Tries to fetch one or more accession ids from the database proxy
 632    *
 633    * @param proxy
 634    * @param accessions
 635    *          the queries to fetch
 636    * @param aresultq
 637    *          a successful queries list to add to
 638    * @param aresult
 639    *          a list of retrieved alignments to add to
 640    * @param nextFetch
 641    *          failed queries are added to this list
 642    * @throws Exception
 643    */
 644   void fetchMultipleAccessions(DbSourceProxy proxy,
 645           Iterator<String> accessions, List<String> aresultq,
 646           List<AlignmentI> aresult, List<String> nextFetch) throws Exception
 647   {
 648     StringBuilder multiacc = new StringBuilder();
 649     List<String> tosend = new ArrayList<>();
 650     while (accessions.hasNext())
 651     {
 652       String nel = accessions.next();
 653       tosend.add(nel);
 654       multiacc.append(nel);
 655       if (accessions.hasNext())
 656       {
 657         multiacc.append(proxy.getAccessionSeparator());
 658       }
 659     }
 660
 661     try
 662     {
 663       String query = multiacc.toString();
 664       AlignmentI rslt = proxy.getSequenceRecords(query);
 665       if (rslt == null || rslt.getHeight() == 0)
 666       {
 667         // no results - pass on all queries to next source
 668         nextFetch.addAll(tosend);
 669       }
 670       else
 671       {
 672         aresultq.add(query);
 673         aresult.add(rslt);
 674         if (tosend.size() > 1)
 675         {
 676           checkResultForQueries(rslt, tosend, nextFetch, proxy);
 677         }
 678       }
 679     } catch (OutOfMemoryError oome)
 680     {
 681       new OOMWarning("fetching " + multiacc + " from "
 682               + database.getSelectedItem(), oome, this);
 683     }
 684   }
 685
 686   /**
 687    * Query for a single accession id via the database proxy
 688    *
 689    * @param proxy
 690    * @param accession
 691    * @param aresultq
 692    *          a list of successful queries to add to
 693    * @param aresult
 694    *          a list of retrieved alignments to add to
 695    * @return true if the fetch was successful, else false
 696    */
 697   boolean fetchSingleAccession(DbSourceProxy proxy, String accession,
 698           List<String> aresultq, List<AlignmentI> aresult)
 699   {
 700     boolean success = false;
 701     try
 702     {
 703       if (aresult != null)
 704       {
 705         try
 706         {
 707           // give the server a chance to breathe
 708           Thread.sleep(5);
 709         } catch (Exception e)
 710         {
 711           //
 712         }
 713       }
 714
 715       AlignmentI indres = null;
 716       try
 717       {
 718         indres = proxy.getSequenceRecords(accession);
 719       } catch (OutOfMemoryError oome)
 720       {
 721         new OOMWarning(
 722                 "fetching " + accession + " from " + proxy.getDbName(),
 723                 oome, this);
 724       }
 725       if (indres != null)
 726       {
 727         aresultq.add(accession);
 728         aresult.add(indres);
 729         success = true;
 730       }
 731     } catch (Exception e)
 732     {
 733       Cache.log.info("Error retrieving " + accession + " from "
 734               + proxy.getDbName(), e);
 735     }
 736     return success;
 737   }
 738
 739   /**
 740    * Checks which of the queries were successfully retrieved by searching the
 741    * DBRefs of the retrieved sequences for a match. Any not found are added to
 742    * the 'nextFetch' list.
 743    *
 744    * @param rslt
 745    * @param queries
 746    * @param nextFetch
 747    * @param proxy
 748    */
 749   void checkResultForQueries(AlignmentI rslt, List<String> queries,
 750           List<String> nextFetch, DbSourceProxy proxy)
 751   {
 752     SequenceI[] rs = rslt.getSequencesArray();
 753
 754     for (String q : queries)
 755     {
 756         // BH 2019.01.25 dbr is never used.
 757 //      DBRefEntry dbr = new DBRefEntry();
 758 //      dbr.setSource(proxy.getDbSource());
 759 //      dbr.setVersion(null);
 760       String accId = proxy.getAccessionIdFromQuery(q);
 761 //      dbr.setAccessionId(accId);
 762       boolean rfound = false;
 763       for (int r = 0, nr = rs.length; r < nr; r++)
 764       {
 765         if (rs[r] != null)
 766         {
 767           List<DBRefEntry> found = DBRefUtils.searchRefs(rs[r].getDBRefs(),
 768                   accId);
 769           if (!found.isEmpty())
 770           {
 771             rfound = true;
 772             break;
 773           }
 774         }
 775       }
 776       if (!rfound)
 777       {
 778         nextFetch.add(q);
 779       }
 780     }
 781   }
 782
 783   /**
 784    *
 785    * @return a standard title for any results retrieved using the currently
 786    *         selected source and settings
 787    */
 788   public String getDefaultRetrievalTitle()
 789   {
 790     return "Retrieved from " + database.getSelectedItem();
 791   }
 792
 793   AlignmentI parseResult(AlignmentI al, String title,
 794           FileFormatI currentFileFormat,
 795           FeatureSettingsModelI preferredFeatureColours)
 796   {
 797
 798     if (al != null && al.getHeight() > 0)
 799     {
 800       if (title == null)
 801       {
 802         title = getDefaultRetrievalTitle();
 803       }
 804       if (alignFrame == null)
 805       {
 806         AlignFrame af = new AlignFrame(al, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 807                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 808         if (currentFileFormat != null)
 809         {
 810           af.currentFileFormat = currentFileFormat;
 811         }
 812
 813         List<SequenceI> alsqs = al.getSequences();
 814         synchronized (alsqs)
 815         {
 816           for (SequenceI sq : alsqs)
 817           {
 818             if (sq.getFeatures().hasFeatures())
 819             {
 820               af.setShowSeqFeatures(true);
 821               break;
 822             }
 823           }
 824         }
 825
 826         if (preferredFeatureColours != null)
 827         {
 828           af.getViewport().applyFeaturesStyle(preferredFeatureColours);
 829         }
 830         if (Cache.getDefault("HIDE_INTRONS", true))
 831         {
 832           af.hideFeatureColumns(SequenceOntologyI.EXON, false);
 833         }
 834         Desktop.addInternalFrame(af, title, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 835                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 836
 837         af.setStatus(MessageManager
 838                 .getString("label.successfully_pasted_alignment_file"));
 839
 840         try
 841         {
 842           af.setMaximum(Cache.getDefault("SHOW_FULLSCREEN", false));
 843         } catch (Exception ex)
 844         {
 845         }
 846       }
 847       else
 848       {
 849         alignFrame.viewport.addAlignment(al, title);
 850       }
 851     }
 852     return al;
 853   }
 854
 855   void showErrorMessage(final String error)
 856   {
 857     resetDialog();
 858     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 859     {
 860       @Override
 861       public void run()
 862       {
 863         JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop, error,
 864                 MessageManager.getString("label.error_retrieving_data"),
 865                 JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 866       }
 867     });
 868   }
 869
 870   public IProgressIndicator getProgressIndicator()
 871   {
 872     return progressIndicator;
 873   }
 874
 875   public void setProgressIndicator(IProgressIndicator progressIndicator)
 876   {
 877     this.progressIndicator = progressIndicator;
 878   }
 879
 880   /**
 881    * Hide this panel (on clicking the database button to open the database
 882    * chooser)
 883    */
 884   void hidePanel()
 885   {
 886     frame.setVisible(false);
 887   }
 888
 889   public void setQuery(String ids)
 890   {
 891     textArea.setText(ids);
 892   }
 893
 894   /**
 895    * Called to modify the search panel for embedding as an alternative tab of a
 896    * free text search panel. The database choice list is hidden (since the
 897    * choice has been made), and a Back button is made visible (which reopens the
 898    * Sequence Fetcher panel).
 899    *
 900    * @param parentPanel
 901    */
 902   public void embedIn(GFTSPanel parentPanel)
 903   {
 904     database.setVisible(false);
 905     backBtn.setVisible(true);
 906     parentSearchPanel = parentPanel;
 907   }
 908 }