src/jalview/gui/SequenceFetcher.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.FeatureSettingsModelI;
  24 import jalview.bin.Cache;
  25 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  26 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  27 import jalview.datamodel.SequenceI;
  28 import jalview.fts.core.GFTSPanel;
  29 import jalview.fts.service.pdb.PDBFTSPanel;
  30 import jalview.fts.service.uniprot.UniprotFTSPanel;
  31 import jalview.io.FileFormatI;
  32 import jalview.io.gff.SequenceOntologyI;
  33 import jalview.util.DBRefUtils;
  34 import jalview.util.MessageManager;
  35 import jalview.util.Platform;
  36 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;
  37
  38 import java.awt.BorderLayout;
  39 import java.awt.Font;
  40 import java.awt.event.ActionEvent;
  41 import java.awt.event.ActionListener;
  42 import java.awt.event.KeyAdapter;
  43 import java.awt.event.KeyEvent;
  44 import java.util.ArrayList;
  45 import java.util.Arrays;
  46 import java.util.HashSet;
  47 import java.util.Iterator;
  48 import java.util.List;
  49
  50 import javax.swing.JButton;
  51 import javax.swing.JCheckBox;
  52 import javax.swing.JComboBox;
  53 import javax.swing.JInternalFrame;
  54 import javax.swing.JLabel;
  55 import javax.swing.JPanel;
  56 import javax.swing.JScrollPane;
  57 import javax.swing.JTextArea;
  58 import javax.swing.SwingConstants;
  59
  60 /**
  61  * A panel where the use may choose a database source, and enter one or more
  62  * accessions, to retrieve entries from the database.
  63  * <p>
  64  * If the selected source is Uniprot or PDB, a free text search panel is opened
  65  * instead to perform the search and selection.
  66  */
  67 public class SequenceFetcher extends JPanel implements Runnable
  68 {
  69   private static jalview.ws.SequenceFetcher sfetch = null;
  70
  71   JLabel exampleAccession;
  72
  73   JComboBox<String> database;
  74
  75   JCheckBox replacePunctuation;
  76
  77   JButton okBtn;
  78
  79   JButton exampleBtn;
  80
  81   JButton closeBtn;
  82
  83   JButton backBtn;
  84
  85   JTextArea textArea;
  86
  87   JInternalFrame frame;
  88
  89   IProgressIndicator guiWindow;
  90
  91   AlignFrame alignFrame;
  92
  93   GFTSPanel parentSearchPanel;
  94
  95   IProgressIndicator progressIndicator;
  96
  97   volatile boolean _isConstructing = false;
  98
  99   /**
 100    * Returns the shared instance of the SequenceFetcher client
 101    *
 102    * @return
 103    */
 104   public static jalview.ws.SequenceFetcher getSequenceFetcherSingleton()
 105   {
 106     if (sfetch == null)
 107     {
 108       sfetch = new jalview.ws.SequenceFetcher();
 109     }
 110     return sfetch;
 111   }
 112
 113   /**
 114    * Constructor given a client to receive any status or progress messages
 115    * (currently either the Desktop, or an AlignFrame panel)
 116    *
 117    * @param guiIndic
 118    */
 119   public SequenceFetcher(IProgressIndicator guiIndic)
 120   {
 121     this(guiIndic, null, null);
 122   }
 123
 124   /**
 125    * Constructor with specified database and accession(s) to retrieve
 126    *
 127    * @param guiIndic
 128    * @param selectedDb
 129    * @param queryString
 130    */
 131   public SequenceFetcher(IProgressIndicator guiIndic,
 132           final String selectedDb, final String queryString)
 133   {
 134     this.progressIndicator = guiIndic;
 135     getSequenceFetcherSingleton();
 136     this.guiWindow = progressIndicator;
 137
 138     if (progressIndicator instanceof AlignFrame)
 139     {
 140       alignFrame = (AlignFrame) progressIndicator;
 141     }
 142
 143     jbInit(selectedDb);
 144     textArea.setText(queryString);
 145
 146     frame = new JInternalFrame();
 147     frame.setContentPane(this);
 148     int height = Platform.isAMacAndNotJS() ? 240 : 180;
 149     Desktop.addInternalFrame(frame, getFrameTitle(), true, 400, height);
 150   }
 151
 152   private String getFrameTitle()
 153   {
 154     return ((alignFrame == null)
 155             ? MessageManager.getString("label.new_sequence_fetcher")
 156             : MessageManager
 157                     .getString("label.additional_sequence_fetcher"));
 158   }
 159
 160   private void jbInit(String selectedDb)
 161   {
 162     this.setLayout(new BorderLayout());
 163
 164     database = new JComboBox<>();
 165     database.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
 166     database.setPrototypeDisplayValue("ENSEMBLGENOMES   ");
 167     String[] sources = new jalview.ws.SequenceFetcher().getSupportedDb();
 168     Arrays.sort(sources, String.CASE_INSENSITIVE_ORDER);
 169     database.addItem(MessageManager.getString("action.select_ddbb"));
 170     for (String source : sources)
 171     {
 172       database.addItem(source);
 173     }
 174     database.setSelectedItem(selectedDb);
 175     if (database.getSelectedIndex() == -1)
 176     {
 177       database.setSelectedIndex(0);
 178     }
 179     database.setMaximumRowCount(database.getItemCount());
 180     database.addActionListener(new ActionListener()
 181     {
 182       @Override
 183       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 184       {
 185         String currentSelection = (String) database.getSelectedItem();
 186         updateExampleQuery(currentSelection);
 187
 188         if ("pdb".equalsIgnoreCase(currentSelection))
 189         {
 190           frame.dispose();
 191           new PDBFTSPanel(SequenceFetcher.this);
 192         }
 193         else if ("uniprot".equalsIgnoreCase(currentSelection))
 194         {
 195           frame.dispose();
 196           new UniprotFTSPanel(SequenceFetcher.this);
 197         }
 198         else
 199         {
 200           otherSourceAction();
 201         }
 202       }
 203     });
 204
 205     exampleAccession = new JLabel("");
 206     exampleAccession.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 11));
 207     JLabel jLabel1 = new JLabel(MessageManager
 208             .getString("label.separate_multiple_accession_ids"));
 209     jLabel1.setFont(new Font("Verdana", Font.ITALIC, 11));
 210     jLabel1.setHorizontalAlignment(SwingConstants.LEFT);
 211
 212     replacePunctuation = new JCheckBox(
 213             MessageManager.getString("label.replace_commas_semicolons"));
 214     replacePunctuation.setHorizontalAlignment(SwingConstants.LEFT);
 215     replacePunctuation.setFont(new Font("Verdana", Font.ITALIC, 11));
 216     okBtn = new JButton(MessageManager.getString("action.ok"));
 217     okBtn.addActionListener(new ActionListener()
 218     {
 219       @Override
 220       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 221       {
 222         ok_actionPerformed();
 223       }
 224     });
 225     JButton clear = new JButton(MessageManager.getString("action.clear"));
 226     clear.addActionListener(new ActionListener()
 227     {
 228       @Override
 229       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 230       {
 231         clear_actionPerformed();
 232       }
 233     });
 234
 235     exampleBtn = new JButton(MessageManager.getString("label.example"));
 236     exampleBtn.addActionListener(new ActionListener()
 237     {
 238       @Override
 239       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 240       {
 241         example_actionPerformed();
 242       }
 243     });
 244     closeBtn = new JButton(MessageManager.getString("action.cancel"));
 245     closeBtn.addActionListener(new ActionListener()
 246     {
 247       @Override
 248       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 249       {
 250         close_actionPerformed(e);
 251       }
 252     });
 253     backBtn = new JButton(MessageManager.getString("action.back"));
 254     backBtn.addActionListener(new ActionListener()
 255     {
 256       @Override
 257       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 258       {
 259         parentSearchPanel.btn_back_ActionPerformed();
 260       }
 261     });
 262     // back not visible unless embedded
 263     backBtn.setVisible(false);
 264
 265     textArea = new JTextArea();
 266     textArea.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
 267     textArea.setLineWrap(true);
 268     textArea.addKeyListener(new KeyAdapter()
 269     {
 270       @Override
 271       public void keyPressed(KeyEvent e)
 272       {
 273         if (e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_ENTER)
 274         {
 275           ok_actionPerformed();
 276         }
 277       }
 278     });
 279
 280     JPanel actionPanel = new JPanel();
 281     actionPanel.add(backBtn);
 282     actionPanel.add(exampleBtn);
 283     actionPanel.add(clear);
 284     actionPanel.add(okBtn);
 285     actionPanel.add(closeBtn);
 286
 287     JPanel databasePanel = new JPanel();
 288     databasePanel.setLayout(new BorderLayout());
 289     databasePanel.add(database, BorderLayout.NORTH);
 290     databasePanel.add(exampleAccession, BorderLayout.CENTER);
 291     JPanel jPanel2a = new JPanel(new BorderLayout());
 292     jPanel2a.add(jLabel1, BorderLayout.NORTH);
 293     jPanel2a.add(replacePunctuation, BorderLayout.SOUTH);
 294     databasePanel.add(jPanel2a, BorderLayout.SOUTH);
 295
 296     JPanel idsPanel = new JPanel();
 297     idsPanel.setLayout(new BorderLayout(0, 5));
 298     JScrollPane jScrollPane1 = new JScrollPane();
 299     jScrollPane1.getViewport().add(textArea);
 300     idsPanel.add(jScrollPane1, BorderLayout.CENTER);
 301
 302     this.add(actionPanel, BorderLayout.SOUTH);
 303     this.add(idsPanel, BorderLayout.CENTER);
 304     this.add(databasePanel, BorderLayout.NORTH);
 305   }
 306
 307   /**
 308    * Answers a semi-colon-delimited string with the example query or queries for
 309    * the selected database
 310    *
 311    * @param db
 312    * @return
 313    */
 314   protected String getExampleQueries(String db)
 315   {
 316     StringBuilder sb = new StringBuilder();
 317     HashSet<String> hs = new HashSet<>();
 318     for (DbSourceProxy dbs : sfetch.getSourceProxy(db))
 319     {
 320       String tq = dbs.getTestQuery();
 321       if (hs.add(tq)) // not a duplicate source
 322       {
 323         if (sb.length() > 0)
 324         {
 325           sb.append(";");
 326         }
 327         sb.append(tq);
 328       }
 329     }
 330     return sb.toString();
 331   }
 332
 333   /**
 334    * Action on selecting a database other than Uniprot or PDB is to enable or
 335    * disable 'Replace commas', and await input in the query field
 336    */
 337   protected void otherSourceAction()
 338   {
 339     try
 340     {
 341       String eq = exampleAccession.getText();
 342       // TODO this should be a property of the SequenceFetcher whether commas
 343       // are allowed in the IDs...
 344
 345       boolean enablePunct = !(eq != null && eq.indexOf(",") > -1);
 346       replacePunctuation.setEnabled(enablePunct);
 347
 348     } catch (Exception ex)
 349     {
 350       exampleAccession.setText("");
 351       replacePunctuation.setEnabled(true);
 352     }
 353     repaint();
 354   }
 355
 356   /**
 357    * Sets the text of the example query to incorporate the example accession
 358    * provided by the selected database source
 359    *
 360    * @param selectedDatabase
 361    * @return
 362    */
 363   protected String updateExampleQuery(String selectedDatabase)
 364   {
 365     String eq = getExampleQueries(selectedDatabase);
 366     exampleAccession.setText(MessageManager
 367             .formatMessage("label.example_query_param", new String[]
 368             { eq }));
 369     return eq;
 370   }
 371
 372   /**
 373    * Action on clicking the 'Example' button is to write the example accession
 374    * as the query text field value
 375    */
 376   protected void example_actionPerformed()
 377   {
 378     String eq = getExampleQueries((String) database.getSelectedItem());
 379     textArea.setText(eq);
 380     repaint();
 381   }
 382
 383   /**
 384    * Clears the query input field
 385    */
 386   protected void clear_actionPerformed()
 387   {
 388     textArea.setText("");
 389     repaint();
 390   }
 391
 392   /**
 393    * Action on Close button is to close this frame, and also (if it is embedded
 394    * in a search panel) to close the search panel
 395    *
 396    * @param e
 397    */
 398   protected void close_actionPerformed(ActionEvent e)
 399   {
 400     try
 401     {
 402       frame.setClosed(true);
 403       if (parentSearchPanel != null)
 404       {
 405         parentSearchPanel.btn_cancel_ActionPerformed();
 406       }
 407     } catch (Exception ex)
 408     {
 409     }
 410   }
 411
 412   /**
 413    * Action on OK is to start the fetch for entered accession(s)
 414    */
 415   public void ok_actionPerformed()
 416   {
 417     /*
 418      * tidy inputs and check there is something to search for
 419      */
 420     String text = textArea.getText();
 421     if (replacePunctuation.isEnabled() && replacePunctuation.isSelected())
 422     {
 423       text = text.replace(",", ";");
 424     }
 425     text = text.replaceAll("(\\s|[,; ])+", ";");
 426     textArea.setText(text);
 427     if (text.isEmpty())
 428     {
 429       // todo i18n
 430       showErrorMessage(
 431               "Please enter a (semi-colon separated list of) database id(s)");
 432       resetDialog();
 433       return;
 434     }
 435     exampleBtn.setEnabled(false);
 436     textArea.setEnabled(false);
 437     okBtn.setEnabled(false);
 438     closeBtn.setEnabled(false);
 439     backBtn.setEnabled(false);
 440
 441     Thread worker = new Thread(this);
 442     worker.start();
 443   }
 444
 445   private void resetDialog()
 446   {
 447     exampleBtn.setEnabled(true);
 448     textArea.setEnabled(true);
 449     okBtn.setEnabled(true);
 450     closeBtn.setEnabled(true);
 451     backBtn.setEnabled(parentSearchPanel != null);
 452   }
 453
 454   @Override
 455   public void run()
 456   {
 457     boolean addToLast = false;
 458     List<String> aresultq = new ArrayList<>();
 459     List<String> presultTitle = new ArrayList<>();
 460     List<AlignmentI> presult = new ArrayList<>();
 461     List<AlignmentI> aresult = new ArrayList<>();
 462     List<DbSourceProxy> sources = sfetch
 463             .getSourceProxy((String) database.getSelectedItem());
 464     Iterator<DbSourceProxy> proxies = sources.iterator();
 465     String[] qries;
 466     List<String> nextFetch = Arrays
 467             .asList(qries = textArea.getText().split(";"));
 468     Iterator<String> en = Arrays.asList(new String[0]).iterator();
 469     int nqueries = qries.length;
 470
 471     FeatureSettingsModelI preferredFeatureColours = null;
 472     while (proxies.hasNext() && (en.hasNext() || nextFetch.size() > 0))
 473     {
 474       if (!en.hasNext() && nextFetch.size() > 0)
 475       {
 476         en = nextFetch.iterator();
 477         nqueries = nextFetch.size();
 478         // save the remaining queries in the original array
 479         qries = nextFetch.toArray(new String[nqueries]);
 480         nextFetch = new ArrayList<>();
 481       }
 482
 483       DbSourceProxy proxy = proxies.next();
 484       try
 485       {
 486         // update status
 487         guiWindow.setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
 488                 "status.fetching_sequence_queries_from", new String[]
 489                 { Integer.valueOf(nqueries).toString(),
 490                     proxy.getDbName() }),
 491                 Thread.currentThread().hashCode());
 492         if (proxy.getMaximumQueryCount() == 1)
 493         {
 494           /*
 495            * proxy only handles one accession id at a time
 496            */
 497           while (en.hasNext())
 498           {
 499             String acc = en.next();
 500             if (!fetchSingleAccession(proxy, acc, aresultq, aresult))
 501             {
 502               nextFetch.add(acc);
 503             }
 504           }
 505         }
 506         else
 507         {
 508           /*
 509            * proxy can fetch multiple accessions at one time
 510            */
 511           fetchMultipleAccessions(proxy, en, aresultq, aresult, nextFetch);
 512         }
 513       } catch (Exception e)
 514       {
 515         showErrorMessage("Error retrieving " + textArea.getText() + " from "
 516                 + database.getSelectedItem());
 517         // error
 518         // +="Couldn't retrieve sequences from "+database.getSelectedItem();
 519         System.err.println("Retrieval failed for source ='"
 520                 + database.getSelectedItem() + "' and query\n'"
 521                 + textArea.getText() + "'\n");
 522         e.printStackTrace();
 523       } catch (OutOfMemoryError e)
 524       {
 525         showErrorMessage("Out of Memory when retrieving "
 526                 + textArea.getText() + " from " + database.getSelectedItem()
 527                 + "\nPlease see the Jalview FAQ for instructions for increasing the memory available to Jalview.\n");
 528         e.printStackTrace();
 529       } catch (Error e)
 530       {
 531         showErrorMessage("Serious Error retrieving " + textArea.getText()
 532                 + " from " + database.getSelectedItem());
 533         e.printStackTrace();
 534       }
 535
 536       // Stack results ready for opening in alignment windows
 537       if (aresult != null && aresult.size() > 0)
 538       {
 539         FeatureSettingsModelI proxyColourScheme = proxy
 540                 .getFeatureColourScheme();
 541         if (proxyColourScheme != null)
 542         {
 543           preferredFeatureColours = proxyColourScheme;
 544         }
 545
 546         AlignmentI ar = null;
 547         if (proxy.isAlignmentSource())
 548         {
 549           addToLast = false;
 550           // new window for each result
 551           while (aresult.size() > 0)
 552           {
 553             presult.add(aresult.remove(0));
 554             presultTitle.add(
 555                     aresultq.remove(0) + " " + getDefaultRetrievalTitle());
 556           }
 557         }
 558         else
 559         {
 560           String titl = null;
 561           if (addToLast && presult.size() > 0)
 562           {
 563             ar = presult.remove(presult.size() - 1);
 564             titl = presultTitle.remove(presultTitle.size() - 1);
 565           }
 566           // concatenate all results in one window
 567           while (aresult.size() > 0)
 568           {
 569             if (ar == null)
 570             {
 571               ar = aresult.remove(0);
 572             }
 573             else
 574             {
 575               ar.append(aresult.remove(0));
 576             }
 577           }
 578           addToLast = true;
 579           presult.add(ar);
 580           presultTitle.add(titl);
 581         }
 582       }
 583       guiWindow.setProgressBar(
 584               MessageManager.getString("status.finshed_querying"),
 585               Thread.currentThread().hashCode());
 586     }
 587     guiWindow
 588             .setProgressBar(
 589                     (presult.size() > 0)
 590                             ? MessageManager
 591                                     .getString("status.parsing_results")
 592                             : MessageManager.getString("status.processing"),
 593                     Thread.currentThread().hashCode());
 594     // process results
 595     while (presult.size() > 0)
 596     {
 597       parseResult(presult.remove(0), presultTitle.remove(0), null,
 598               preferredFeatureColours);
 599     }
 600     // only remove visual delay after we finished parsing.
 601     guiWindow.setProgressBar(null, Thread.currentThread().hashCode());
 602     if (nextFetch.size() > 0)
 603     {
 604       StringBuffer sb = new StringBuffer();
 605       sb.append("Didn't retrieve the following "
 606               + (nextFetch.size() == 1 ? "query"
 607                       : nextFetch.size() + " queries")
 608               + ": \n");
 609       int l = sb.length(), lr = 0;
 610       for (String s : nextFetch)
 611       {
 612         if (l != sb.length())
 613         {
 614           sb.append("; ");
 615         }
 616         if (lr - sb.length() > 40)
 617         {
 618           sb.append("\n");
 619         }
 620         sb.append(s);
 621       }
 622       showErrorMessage(sb.toString());
 623     }
 624     resetDialog();
 625   }
 626
 627   /**
 628    * Tries to fetch one or more accession ids from the database proxy
 629    *
 630    * @param proxy
 631    * @param accessions
 632    *          the queries to fetch
 633    * @param aresultq
 634    *          a successful queries list to add to
 635    * @param aresult
 636    *          a list of retrieved alignments to add to
 637    * @param nextFetch
 638    *          failed queries are added to this list
 639    * @throws Exception
 640    */
 641   void fetchMultipleAccessions(DbSourceProxy proxy,
 642           Iterator<String> accessions, List<String> aresultq,
 643           List<AlignmentI> aresult, List<String> nextFetch) throws Exception
 644   {
 645     StringBuilder multiacc = new StringBuilder();
 646     List<String> tosend = new ArrayList<>();
 647     while (accessions.hasNext())
 648     {
 649       String nel = accessions.next();
 650       tosend.add(nel);
 651       multiacc.append(nel);
 652       if (accessions.hasNext())
 653       {
 654         multiacc.append(proxy.getAccessionSeparator());
 655       }
 656     }
 657
 658     try
 659     {
 660       String query = multiacc.toString();
 661       AlignmentI rslt = proxy.getSequenceRecords(query);
 662       if (rslt == null || rslt.getHeight() == 0)
 663       {
 664         // no results - pass on all queries to next source
 665         nextFetch.addAll(tosend);
 666       }
 667       else
 668       {
 669         aresultq.add(query);
 670         aresult.add(rslt);
 671         if (tosend.size() > 1)
 672         {
 673           checkResultForQueries(rslt, tosend, nextFetch, proxy);
 674         }
 675       }
 676     } catch (OutOfMemoryError oome)
 677     {
 678       new OOMWarning("fetching " + multiacc + " from "
 679               + database.getSelectedItem(), oome, this);
 680     }
 681   }
 682
 683   /**
 684    * Query for a single accession id via the database proxy
 685    *
 686    * @param proxy
 687    * @param accession
 688    * @param aresultq
 689    *          a list of successful queries to add to
 690    * @param aresult
 691    *          a list of retrieved alignments to add to
 692    * @return true if the fetch was successful, else false
 693    */
 694   boolean fetchSingleAccession(DbSourceProxy proxy, String accession,
 695           List<String> aresultq, List<AlignmentI> aresult)
 696   {
 697     boolean success = false;
 698     try
 699     {
 700       if (aresult != null)
 701       {
 702         try
 703         {
 704           // give the server a chance to breathe
 705           Thread.sleep(5);
 706         } catch (Exception e)
 707         {
 708           //
 709         }
 710       }
 711
 712       AlignmentI indres = null;
 713       try
 714       {
 715         indres = proxy.getSequenceRecords(accession);
 716       } catch (OutOfMemoryError oome)
 717       {
 718         new OOMWarning(
 719                 "fetching " + accession + " from " + proxy.getDbName(),
 720                 oome, this);
 721       }
 722       if (indres != null)
 723       {
 724         aresultq.add(accession);
 725         aresult.add(indres);
 726         success = true;
 727       }
 728     } catch (Exception e)
 729     {
 730       Cache.log.info("Error retrieving " + accession + " from "
 731               + proxy.getDbName(), e);
 732     }
 733     return success;
 734   }
 735
 736   /**
 737    * Checks which of the queries were successfully retrieved by searching the
 738    * DBRefs of the retrieved sequences for a match. Any not found are added to
 739    * the 'nextFetch' list.
 740    *
 741    * @param rslt
 742    * @param queries
 743    * @param nextFetch
 744    * @param proxy
 745    */
 746   void checkResultForQueries(AlignmentI rslt, List<String> queries,
 747           List<String> nextFetch, DbSourceProxy proxy)
 748   {
 749     SequenceI[] rs = rslt.getSequencesArray();
 750
 751     for (String q : queries)
 752     {
 753       DBRefEntry dbr = new DBRefEntry();
 754       dbr.setSource(proxy.getDbSource());
 755       dbr.setVersion(null);
 756       String accId = proxy.getAccessionIdFromQuery(q);
 757       dbr.setAccessionId(accId);
 758       boolean rfound = false;
 759       for (int r = 0; r < rs.length; r++)
 760       {
 761         if (rs[r] != null)
 762         {
 763           List<DBRefEntry> found = DBRefUtils.searchRefs(rs[r].getDBRefs(),
 764                   accId);
 765           if (!found.isEmpty())
 766           {
 767             rfound = true;
 768             break;
 769           }
 770         }
 771       }
 772       if (!rfound)
 773       {
 774         nextFetch.add(q);
 775       }
 776     }
 777   }
 778
 779   /**
 780    *
 781    * @return a standard title for any results retrieved using the currently
 782    *         selected source and settings
 783    */
 784   public String getDefaultRetrievalTitle()
 785   {
 786     return "Retrieved from " + database.getSelectedItem();
 787   }
 788
 789   AlignmentI parseResult(AlignmentI al, String title,
 790           FileFormatI currentFileFormat,
 791           FeatureSettingsModelI preferredFeatureColours)
 792   {
 793
 794     if (al != null && al.getHeight() > 0)
 795     {
 796       if (title == null)
 797       {
 798         title = getDefaultRetrievalTitle();
 799       }
 800       if (alignFrame == null)
 801       {
 802         AlignFrame af = new AlignFrame(al, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 803                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 804         if (currentFileFormat != null)
 805         {
 806           af.currentFileFormat = currentFileFormat;
 807         }
 808
 809         List<SequenceI> alsqs = al.getSequences();
 810         synchronized (alsqs)
 811         {
 812           for (SequenceI sq : alsqs)
 813           {
 814             if (sq.getFeatures().hasFeatures())
 815             {
 816               af.setShowSeqFeatures(true);
 817               break;
 818             }
 819           }
 820         }
 821
 822         if (preferredFeatureColours != null)
 823         {
 824           af.getViewport().applyFeaturesStyle(preferredFeatureColours);
 825         }
 826         if (Cache.getDefault("HIDE_INTRONS", true))
 827         {
 828           af.hideFeatureColumns(SequenceOntologyI.EXON, false);
 829         }
 830         Desktop.addInternalFrame(af, title, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 831                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 832
 833         af.setStatus(MessageManager
 834                 .getString("label.successfully_pasted_alignment_file"));
 835
 836         try
 837         {
 838           af.setMaximum(Cache.getDefault("SHOW_FULLSCREEN", false));
 839         } catch (Exception ex)
 840         {
 841         }
 842       }
 843       else
 844       {
 845         alignFrame.viewport.addAlignment(al, title);
 846       }
 847     }
 848     return al;
 849   }
 850
 851   void showErrorMessage(final String error)
 852   {
 853     resetDialog();
 854     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 855     {
 856       @Override
 857       public void run()
 858       {
 859         JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop, error,
 860                 MessageManager.getString("label.error_retrieving_data"),
 861                 JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 862       }
 863     });
 864   }
 865
 866   public IProgressIndicator getProgressIndicator()
 867   {
 868     return progressIndicator;
 869   }
 870
 871   public void setProgressIndicator(IProgressIndicator progressIndicator)
 872   {
 873     this.progressIndicator = progressIndicator;
 874   }
 875
 876   /**
 877    * Hide this panel (on clicking the database button to open the database
 878    * chooser)
 879    */
 880   void hidePanel()
 881   {
 882     frame.setVisible(false);
 883   }
 884
 885   public void setQuery(String ids)
 886   {
 887     textArea.setText(ids);
 888   }
 889
 890   /**
 891    * Called to modify the search panel for embedding as an alternative tab of a
 892    * free text search panel. The database choice list is hidden (since the
 893    * choice has been made), and a Back button is made visible (which reopens the
 894    * Sequence Fetcher panel).
 895    *
 896    * @param parentPanel
 897    */
 898   public void embedIn(GFTSPanel parentPanel)
 899   {
 900     database.setVisible(false);
 901     backBtn.setVisible(true);
 902     parentSearchPanel = parentPanel;
 903   }
 904 }