src/jalview/gui/SequenceFetcher.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.4)
   3  * Copyright (C) 2008 AM Waterhouse, J Procter, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This program is free software; you can redistribute it and/or
   6  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   7  * as published by the Free Software Foundation; either version 2
   8  * of the License, or (at your option) any later version.
   9  *
  10  * This program is distributed in the hope that it will be useful,
  11  * but WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty of
  12  * MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.  See the
  13  * GNU General Public License for more details.
  14  *
  15  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  16  * along with this program; if not, write to the Free Software
  17  * Foundation, Inc., 51 Franklin Street, Fifth Floor, Boston, MA  02110-1301, USA
  18  */
  19 package jalview.gui;
  20
  21 import java.io.*;
  22 import java.util.*;
  23
  24 import java.awt.*;
  25 import java.awt.event.*;
  26
  27 import javax.swing.*;
  28
  29 import MCview.*;
  30 import jalview.datamodel.*;
  31 import jalview.datamodel.xdb.embl.*;
  32 import java.io.File;
  33 import jalview.io.*;
  34 import jalview.ws.DBRefFetcher;
  35 import jalview.ws.ebi.EBIFetchClient;
  36 import jalview.ws.seqfetcher.ASequenceFetcher;
  37 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;
  38
  39 import java.awt.Rectangle;
  40 import java.awt.BorderLayout;
  41 import java.awt.Dimension;
  42
  43 public class SequenceFetcher extends JPanel implements Runnable
  44 {
  45   // ASequenceFetcher sfetch;
  46   JInternalFrame frame;
  47
  48   IProgressIndicator guiWindow;
  49
  50   AlignFrame alignFrame;
  51
  52   StringBuffer result;
  53
  54   final String noDbSelected = "-- Select Database --";
  55
  56   Hashtable sources = new Hashtable();
  57
  58   private static jalview.ws.SequenceFetcher sfetch = null;
  59
  60   private static String dasRegistry = null;
  61   /**
  62    * Blocking method that initialises and returns the shared instance of the SequenceFetcher client
  63    * @param guiWindow - where the initialisation delay message should be shown
  64    * @return the singleton instance of the sequence fetcher client
  65    */
  66   public static jalview.ws.SequenceFetcher getSequenceFetcherSingleton(final IProgressIndicator guiWindow) {
  67     if (sfetch == null
  68             || dasRegistry != DasSourceBrowser.getDasRegistryURL())
  69     {
  70       /**
  71        * give a visual indication that sequence fetcher construction is
  72        * occuring
  73        */
  74       if (guiWindow != null)
  75       {
  76         guiWindow.setProgressBar(
  77                 "Initialising Sequence Database Fetchers", Thread.currentThread()
  78                         .hashCode());
  79       }
  80       dasRegistry = DasSourceBrowser.getDasRegistryURL();
  81       jalview.ws.SequenceFetcher sf = new jalview.ws.SequenceFetcher();
  82       if (guiWindow != null)
  83       {
  84         guiWindow.setProgressBar(
  85                 "Initialising Sequence Database Fetchers", Thread.currentThread().hashCode());
  86       }
  87       sfetch = sf;
  88
  89     }
  90     return sfetch;
  91   }
  92   public SequenceFetcher(IProgressIndicator guiIndic)
  93   {
  94     final IProgressIndicator guiWindow = guiIndic;
  95     final SequenceFetcher us = this;
  96     // launch initialiser thread
  97     Thread sf = new Thread(new Runnable()
  98     {
  99
 100       public void run()
 101       {
 102         if (getSequenceFetcherSingleton(guiWindow)!=null)
 103         {
 104           us.initGui(guiWindow);
 105         } else {
 106           javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 107           {
 108             public void run()
 109             {
 110               JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop,
 111                       "Could not create the sequence fetcher client. Check error logs for details.",
 112                       "Couldn't create SequenceFetcher", JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
 113             }
 114           });
 115
 116           // raise warning dialog
 117         }
 118       }
 119     });
 120     sf.start();
 121   }
 122
 123   /**
 124    * called by thread spawned by constructor
 125    *
 126    * @param guiWindow
 127    */
 128   private void initGui(IProgressIndicator guiWindow)
 129   {
 130     this.guiWindow = guiWindow;
 131     if (guiWindow instanceof AlignFrame)
 132     {
 133       alignFrame = (AlignFrame) guiWindow;
 134     }
 135
 136     database.addItem(noDbSelected);
 137     /*
 138      * Dynamically generated database list will need a translation function from
 139      * internal source to externally distinct names. UNIPROT and UP_NAME are
 140      * identical DB sources, and should be collapsed.
 141      */
 142
 143     String dbs[] = sfetch.getOrderedSupportedSources();
 144     for (int i = 0; i < dbs.length; i++)
 145     {
 146       if (!sources.containsValue(dbs[i]))
 147       {
 148         String name = sfetch.getSourceProxy(dbs[i]).getDbName();
 149         // duplicate source names are thrown away, here.
 150         if (!sources.containsKey(name))
 151         {
 152           database.addItem(name);
 153         }
 154         // overwrite with latest version of the retriever for this source
 155         sources.put(name, dbs[i]);
 156       }
 157     }
 158     try
 159     {
 160       jbInit();
 161     } catch (Exception ex)
 162     {
 163       ex.printStackTrace();
 164     }
 165
 166     frame = new JInternalFrame();
 167     frame.setContentPane(this);
 168     if (new jalview.util.Platform().isAMac())
 169     {
 170       Desktop.addInternalFrame(frame, getFrameTitle(), 400, 180);
 171     }
 172     else
 173     {
 174       Desktop.addInternalFrame(frame, getFrameTitle(), 400, 140);
 175     }
 176   }
 177
 178   private String getFrameTitle()
 179   {
 180     return ((alignFrame == null) ? "New " : "Additional ")
 181             + "Sequence Fetcher";
 182   }
 183
 184   private void jbInit() throws Exception
 185   {
 186     this.setLayout(borderLayout2);
 187
 188     database.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 189     dbeg.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.BOLD, 11));
 190     jLabel1.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.ITALIC, 11));
 191     jLabel1.setHorizontalAlignment(SwingConstants.CENTER);
 192     jLabel1
 193             .setText("Separate multiple accession ids with semi colon \";\"");
 194     ok.setText("OK");
 195     ok.addActionListener(new ActionListener()
 196     {
 197       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 198       {
 199         ok_actionPerformed();
 200       }
 201     });
 202     clear.setText("Clear");
 203     clear.addActionListener(new ActionListener()
 204     {
 205       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 206       {
 207         clear_actionPerformed();
 208       }
 209     });
 210
 211     example.setText("Example");
 212     example.addActionListener(new ActionListener()
 213     {
 214       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 215       {
 216         example_actionPerformed();
 217       }
 218     });
 219     close.setText("Close");
 220     close.addActionListener(new ActionListener()
 221     {
 222       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 223       {
 224         close_actionPerformed(e);
 225       }
 226     });
 227     textArea.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 228     textArea.setLineWrap(true);
 229     textArea.addKeyListener(new KeyAdapter()
 230     {
 231       public void keyPressed(KeyEvent e)
 232       {
 233         if (e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_ENTER)
 234           ok_actionPerformed();
 235       }
 236     });
 237     jPanel3.setLayout(borderLayout1);
 238     borderLayout1.setVgap(5);
 239     jPanel1.add(ok);
 240     jPanel1.add(example);
 241     jPanel1.add(clear);
 242     jPanel1.add(close);
 243     jPanel3.add(jPanel2, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 244     jPanel2.setLayout(borderLayout3);
 245
 246     database.addActionListener(new ActionListener()
 247     {
 248
 249       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 250       {
 251         DbSourceProxy db = null;
 252         try
 253         {
 254           db = sfetch.getSourceProxy((String) sources.get(database
 255                   .getSelectedItem()));
 256           dbeg.setText("Example query: " + db.getTestQuery());
 257         } catch (Exception ex)
 258         {
 259           dbeg.setText("");
 260         }
 261         jPanel2.repaint();
 262       }
 263     });
 264     dbeg.setText("");
 265     jPanel2.add(database, java.awt.BorderLayout.NORTH);
 266     jPanel2.add(dbeg, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 267     jPanel2.add(jLabel1, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
 268     // jPanel2.setPreferredSize(new Dimension())
 269     jPanel3.add(jScrollPane1, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 270     this.add(jPanel1, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
 271     this.add(jPanel3, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 272     this.add(jPanel2, java.awt.BorderLayout.NORTH);
 273     jScrollPane1.getViewport().add(textArea);
 274
 275   }
 276
 277   protected void example_actionPerformed()
 278   {
 279     DbSourceProxy db = null;
 280     try
 281     {
 282       db = sfetch.getSourceProxy((String) sources.get(database
 283               .getSelectedItem()));
 284       textArea.setText(db.getTestQuery());
 285     } catch (Exception ex)
 286     {
 287     }
 288     jPanel3.repaint();
 289   }
 290
 291   protected void clear_actionPerformed()
 292   {
 293     textArea.setText("");
 294     jPanel3.repaint();
 295   }
 296
 297   JLabel dbeg = new JLabel();
 298
 299   JComboBox database = new JComboBox();
 300
 301   JLabel jLabel1 = new JLabel();
 302
 303   JButton ok = new JButton();
 304
 305   JButton clear = new JButton();
 306
 307   JButton example = new JButton();
 308
 309   JButton close = new JButton();
 310
 311   JPanel jPanel1 = new JPanel();
 312
 313   JTextArea textArea = new JTextArea();
 314
 315   JScrollPane jScrollPane1 = new JScrollPane();
 316
 317   JPanel jPanel2 = new JPanel();
 318
 319   JPanel jPanel3 = new JPanel();
 320
 321   JPanel jPanel4 = new JPanel();
 322
 323   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();
 324
 325   BorderLayout borderLayout2 = new BorderLayout();
 326
 327   BorderLayout borderLayout3 = new BorderLayout();
 328
 329   public void close_actionPerformed(ActionEvent e)
 330   {
 331     try
 332     {
 333       frame.setClosed(true);
 334     } catch (Exception ex)
 335     {
 336     }
 337   }
 338
 339   public void ok_actionPerformed()
 340   {
 341     database.setEnabled(false);
 342     textArea.setEnabled(false);
 343     ok.setEnabled(false);
 344     close.setEnabled(false);
 345
 346     Thread worker = new Thread(this);
 347     worker.start();
 348   }
 349
 350   private void resetDialog()
 351   {
 352     database.setEnabled(true);
 353     textArea.setEnabled(true);
 354     ok.setEnabled(true);
 355     close.setEnabled(true);
 356   }
 357
 358   public void run()
 359   {
 360     String error = "";
 361     if (database.getSelectedItem().equals(noDbSelected))
 362     {
 363       error += "Please select the source database\n";
 364     }
 365     com.stevesoft.pat.Regex empty = new com.stevesoft.pat.Regex("\\s+", "");
 366     textArea.setText(empty.replaceAll(textArea.getText()));
 367     if (textArea.getText().length() == 0)
 368     {
 369       error += "Please enter a (semi-colon separated list of) database id(s)";
 370     }
 371     if (error.length() > 0)
 372     {
 373       showErrorMessage(error);
 374       resetDialog();
 375       return;
 376     }
 377     AlignmentI aresult = null;
 378     try
 379     {
 380       guiWindow.setProgressBar("Fetching Sequences from "
 381               + database.getSelectedItem(), Thread.currentThread()
 382               .hashCode());
 383       aresult = sfetch.getSourceProxy(
 384               (String) sources.get(database.getSelectedItem()))
 385               .getSequenceRecords(textArea.getText());
 386
 387     } catch (Exception e)
 388     {
 389       showErrorMessage("Error retrieving " + textArea.getText() + " from "
 390               + database.getSelectedItem());
 391       // error +="Couldn't retrieve sequences from "+database.getSelectedItem();
 392       System.err.println("Retrieval failed for source ='"
 393               + database.getSelectedItem() + "' and query\n'"
 394               + textArea.getText() + "'\n");
 395       e.printStackTrace();
 396     } catch (OutOfMemoryError e)
 397     {
 398       // resets dialog box - so we don't use OOMwarning here.
 399       showErrorMessage("Out of Memory when retrieving "
 400               + textArea.getText()
 401               + " from "
 402               + database.getSelectedItem()
 403               + "\nPlease see the Jalview FAQ for instructions for increasing the memory available to Jalview.\n");
 404       e.printStackTrace();
 405     } catch (Error e)
 406     {
 407       showErrorMessage("Serious Error retrieving " + textArea.getText()
 408               + " from " + database.getSelectedItem());
 409       e.printStackTrace();
 410     }
 411     if (aresult != null)
 412     {
 413       parseResult(aresult, null, null);
 414     }
 415     // only remove visual delay after we finished parsing.
 416     guiWindow.setProgressBar(null, Thread.currentThread().hashCode());
 417     resetDialog();
 418   }
 419
 420   /*
 421    * result = new StringBuffer(); if
 422    * (database.getSelectedItem().equals("Uniprot")) {
 423    * getUniprotFile(textArea.getText()); } else if
 424    * (database.getSelectedItem().equals("EMBL") ||
 425    * database.getSelectedItem().equals("EMBLCDS")) { String DBRefSource =
 426    * database.getSelectedItem().equals("EMBLCDS") ?
 427    * jalview.datamodel.DBRefSource.EMBLCDS : jalview.datamodel.DBRefSource.EMBL;
 428    *
 429    * StringTokenizer st = new StringTokenizer(textArea.getText(), ";");
 430    * SequenceI[] seqs = null; while(st.hasMoreTokens()) { EBIFetchClient dbFetch =
 431    * new EBIFetchClient(); String qry =
 432    * database.getSelectedItem().toString().toLowerCase( ) + ":" +
 433    * st.nextToken(); File reply = dbFetch.fetchDataAsFile( qry, "emblxml",null);
 434    *
 435    * jalview.datamodel.xdb.embl.EmblFile efile=null; if (reply != null &&
 436    * reply.exists()) { efile =
 437    * jalview.datamodel.xdb.embl.EmblFile.getEmblFile(reply); } if (efile!=null) {
 438    * for (Iterator i=efile.getEntries().iterator(); i.hasNext(); ) { EmblEntry
 439    * entry = (EmblEntry) i.next(); SequenceI[] seqparts =
 440    * entry.getSequences(false,true, DBRefSource); if (seqparts!=null) {
 441    * SequenceI[] newseqs = null; int si=0; if (seqs==null) { newseqs = new
 442    * SequenceI[seqparts.length]; } else { newseqs = new
 443    * SequenceI[seqs.length+seqparts.length];
 444    *
 445    * for (;si<seqs.length; si++) { newseqs[si] = seqs[si]; seqs[si] = null; } }
 446    * for (int j=0;j<seqparts.length; si++, j++) { newseqs[si] =
 447    * seqparts[j].deriveSequence(); // place DBReferences on dataset and refer }
 448    * seqs=newseqs;
 449    *  } } } else { result.append("# no response for "+qry); } } if (seqs!=null &&
 450    * seqs.length>0) { if (parseResult(new Alignment(seqs), null, null)!=null) {
 451    * result.append("# Successfully parsed the "+database.getSelectedItem()+"
 452    * Queries into an Alignment"); } } } else if
 453    * (database.getSelectedItem().equals("PDB")) { StringTokenizer qset = new
 454    * StringTokenizer(textArea.getText(), ";"); String query; SequenceI[] seqs =
 455    * null; while (qset.hasMoreTokens() && ((query = qset.nextToken())!=null)) {
 456    * SequenceI[] seqparts = getPDBFile(query.toUpperCase()); if (seqparts !=
 457    * null) { if (seqs == null) { seqs = seqparts; } else { SequenceI[] newseqs =
 458    * new SequenceI[seqs.length+seqparts.length]; int i=0; for (; i <
 459    * seqs.length; i++) { newseqs[i] = seqs[i]; seqs[i] = null; } for (int j=0;j<seqparts.length;
 460    * i++, j++) { newseqs[i] = seqparts[j]; } seqs=newseqs; } result.append("#
 461    * Success for "+query.toUpperCase()+"\n"); } } if (seqs != null &&
 462    * seqs.length > 0) { if (parseResult(new Alignment(seqs), null, null)!=null) {
 463    * result.append( "# Successfully parsed the PDB File Queries into an
 464    * Alignment"); } } } else if( database.getSelectedItem().equals("PFAM")) {
 465    * try { result.append(new FastaFile(
 466    * "http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getalignment.pl?format=fal&acc=" +
 467    * textArea.getText().toUpperCase(), "URL").print() );
 468    *
 469    * if(result.length()>0) { parseResult( result.toString(),
 470    * textArea.getText().toUpperCase() ); }
 471    *  } catch (java.io.IOException ex) { result = null; } }
 472    *
 473    * if (result == null || result.length() == 0) { showErrorMessage("Error
 474    * retrieving " + textArea.getText() + " from " + database.getSelectedItem()); }
 475    *
 476    * resetDialog(); return; }
 477    *
 478    * void getUniprotFile(String id) { EBIFetchClient ebi = new EBIFetchClient();
 479    * File file = ebi.fetchDataAsFile("uniprot:" + id, "xml", null);
 480    *
 481    * DBRefFetcher dbref = new DBRefFetcher(); Vector entries =
 482    * dbref.getUniprotEntries(file);
 483    *
 484    * if (entries != null) { //First, make the new sequences Enumeration en =
 485    * entries.elements(); while (en.hasMoreElements()) { UniprotEntry entry =
 486    * (UniprotEntry) en.nextElement();
 487    *
 488    * StringBuffer name = new StringBuffer(">UniProt/Swiss-Prot"); Enumeration
 489    * en2 = entry.getAccession().elements(); while (en2.hasMoreElements()) {
 490    * name.append("|"); name.append(en2.nextElement()); } en2 =
 491    * entry.getName().elements(); while (en2.hasMoreElements()) {
 492    * name.append("|"); name.append(en2.nextElement()); }
 493    *
 494    * if (entry.getProtein() != null) { name.append(" " +
 495    * entry.getProtein().getName().elementAt(0)); }
 496    *
 497    * result.append(name + "\n" + entry.getUniprotSequence().getContent() +
 498    * "\n");
 499    *  }
 500    *
 501    * //Then read in the features and apply them to the dataset Alignment al =
 502    * parseResult(result.toString(), null); for (int i = 0; i < entries.size();
 503    * i++) { UniprotEntry entry = (UniprotEntry) entries.elementAt(i);
 504    * Enumeration e = entry.getDbReference().elements(); Vector onlyPdbEntries =
 505    * new Vector(); while (e.hasMoreElements()) { PDBEntry pdb = (PDBEntry)
 506    * e.nextElement(); if (!pdb.getType().equals("PDB")) { continue; }
 507    *
 508    * onlyPdbEntries.addElement(pdb); }
 509    *
 510    * Enumeration en2 = entry.getAccession().elements(); while
 511    * (en2.hasMoreElements()) {
 512    * al.getSequenceAt(i).getDatasetSequence().addDBRef(new DBRefEntry(
 513    * DBRefSource.UNIPROT, "0", en2.nextElement().toString())); }
 514    *
 515    *
 516    *
 517    *
 518    * al.getSequenceAt(i).getDatasetSequence().setPDBId(onlyPdbEntries); if
 519    * (entry.getFeature() != null) { e = entry.getFeature().elements(); while
 520    * (e.hasMoreElements()) { SequenceFeature sf = (SequenceFeature)
 521    * e.nextElement(); sf.setFeatureGroup("Uniprot");
 522    * al.getSequenceAt(i).getDatasetSequence().addSequenceFeature( sf ); } } } } }
 523    *
 524    * SequenceI[] getPDBFile(String id) { Vector result = new Vector(); String
 525    * chain = null; if (id.indexOf(":") > -1) { chain =
 526    * id.substring(id.indexOf(":") + 1); id = id.substring(0, id.indexOf(":")); }
 527    *
 528    * EBIFetchClient ebi = new EBIFetchClient(); String file =
 529    * ebi.fetchDataAsFile("pdb:" + id, "pdb", "raw"). getAbsolutePath(); if (file ==
 530    * null) { return null; } try { PDBfile pdbfile = new PDBfile(file,
 531    * jalview.io.AppletFormatAdapter.FILE); for (int i = 0; i <
 532    * pdbfile.chains.size(); i++) { if (chain == null || ( (PDBChain)
 533    * pdbfile.chains.elementAt(i)).id. toUpperCase().equals(chain)) { PDBChain
 534    * pdbchain = (PDBChain) pdbfile.chains.elementAt(i); // Get the Chain's
 535    * Sequence - who's dataset includes any special features added from the PDB
 536    * file SequenceI sq = pdbchain.sequence; // Specially formatted name for the
 537    * PDB chain sequences retrieved from the PDB
 538    * sq.setName("PDB|"+id+"|"+sq.getName()); // Might need to add more metadata
 539    * to the PDBEntry object // like below /* PDBEntry entry = new PDBEntry(); //
 540    * Construct the PDBEntry entry.setId(id); if (entry.getProperty() == null)
 541    * entry.setProperty(new Hashtable()); entry.getProperty().put("chains",
 542    * pdbchain.id + "=" + sq.getStart() + "-" + sq.getEnd());
 543    * sq.getDatasetSequence().addPDBId(entry);
 544    *  // Add PDB DB Refs // We make a DBRefEtntry because we have obtained the
 545    * PDB file from a verifiable source // JBPNote - PDB DBRefEntry should also
 546    * carry the chain and mapping information DBRefEntry dbentry = new
 547    * DBRefEntry(jalview.datamodel.DBRefSource.PDB, "0", id + pdbchain.id);
 548    * sq.addDBRef(dbentry); // and add seuqence to the retrieved set
 549    * result.addElement(sq.deriveSequence()); } }
 550    *
 551    * if (result.size() < 1) { throw new Exception("WsDBFetch for PDB id resulted
 552    * in zero result size"); } } catch (Exception ex) // Problem parsing PDB file {
 553    * jalview.bin.Cache.log.warn("Exception when retrieving " +
 554    * textArea.getText() + " from " + database.getSelectedItem(), ex); return
 555    * null; }
 556    *
 557    *
 558    * SequenceI[] results = new SequenceI[result.size()]; for (int i = 0, j =
 559    * result.size(); i < j; i++) { results[i] = (SequenceI) result.elementAt(i);
 560    * result.setElementAt(null,i); } return results; }
 561    */
 562   AlignmentI parseResult(String result, String title)
 563   {
 564     String format = new IdentifyFile().Identify(result, "Paste");
 565     Alignment sequences = null;
 566     if (FormatAdapter.isValidFormat(format))
 567     {
 568       sequences = null;
 569       try
 570       {
 571         sequences = new FormatAdapter().readFile(result.toString(),
 572                 "Paste", format);
 573       } catch (Exception ex)
 574       {
 575       }
 576
 577       if (sequences != null)
 578       {
 579         return parseResult(sequences, title, format);
 580       }
 581     }
 582     else
 583     {
 584       showErrorMessage("Error retrieving " + textArea.getText() + " from "
 585               + database.getSelectedItem());
 586     }
 587
 588     return null;
 589   }
 590
 591   AlignmentI parseResult(AlignmentI al, String title,
 592           String currentFileFormat)
 593   {
 594
 595     if (al != null && al.getHeight() > 0)
 596     {
 597       if (alignFrame == null)
 598       {
 599         AlignFrame af = new AlignFrame(al, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 600                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 601         if (currentFileFormat != null)
 602         {
 603           af.currentFileFormat = currentFileFormat; // WHAT IS THE DEFAULT
 604                                                     // FORMAT FOR
 605                                                     // NON-FormatAdapter Sourced
 606                                                     // Alignments?
 607         }
 608
 609         if (title == null)
 610         {
 611           title = "Retrieved from " + database.getSelectedItem();
 612         }
 613
 614         Desktop.addInternalFrame(af, title, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 615                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 616
 617         af.statusBar.setText("Successfully pasted alignment file");
 618
 619         try
 620         {
 621           af.setMaximum(jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_FULLSCREEN",
 622                   false));
 623         } catch (Exception ex)
 624         {
 625         }
 626       }
 627       else
 628       {
 629         for (int i = 0; i < al.getHeight(); i++)
 630         {
 631           alignFrame.viewport.alignment.addSequence(al.getSequenceAt(i)); // this
 632                                                                           // also
 633                                                                           // creates
 634                                                                           // dataset
 635                                                                           // sequence
 636                                                                           // entries
 637         }
 638         alignFrame.viewport.setEndSeq(alignFrame.viewport.alignment
 639                 .getHeight());
 640         alignFrame.viewport.alignment.getWidth();
 641         alignFrame.viewport.firePropertyChange("alignment", null,
 642                 alignFrame.viewport.getAlignment().getSequences());
 643       }
 644     }
 645     return al;
 646   }
 647
 648   void showErrorMessage(final String error)
 649   {
 650     resetDialog();
 651     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 652     {
 653       public void run()
 654       {
 655         JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop, error,
 656                 "Error Retrieving Data", JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 657       }
 658     });
 659   }
 660 }