src/jalview/gui/SequenceFetcher.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer (Version 2.6)
   3  * Copyright (C) 2010 J Procter, AM Waterhouse, G Barton, M Clamp, S Searle
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3 of the License, or (at your option) any later version.
  10  *
  11  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  12  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  13  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  14  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  15  *
  16  * You should have received a copy of the GNU General Public License along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  17  */
  18 package jalview.gui;
  19
  20 import java.io.*;
  21 import java.util.*;
  22
  23 import java.awt.*;
  24 import java.awt.event.*;
  25
  26 import javax.swing.*;
  27
  28 import MCview.*;
  29 import jalview.datamodel.*;
  30 import jalview.datamodel.xdb.embl.*;
  31 import java.io.File;
  32 import jalview.io.*;
  33 import jalview.ws.DBRefFetcher;
  34 import jalview.ws.ebi.EBIFetchClient;
  35 import jalview.ws.seqfetcher.ASequenceFetcher;
  36 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;
  37
  38 import java.awt.Rectangle;
  39 import java.awt.BorderLayout;
  40 import java.awt.Dimension;
  41
  42 public class SequenceFetcher extends JPanel implements Runnable
  43 {
  44   // ASequenceFetcher sfetch;
  45   JInternalFrame frame;
  46
  47   IProgressIndicator guiWindow;
  48
  49   AlignFrame alignFrame;
  50
  51   StringBuffer result;
  52
  53   final String noDbSelected = "-- Select Database --";
  54
  55   Hashtable sources = new Hashtable();
  56
  57   private static jalview.ws.SequenceFetcher sfetch = null;
  58
  59   private static String dasRegistry = null;
  60
  61   private static boolean _initingFetcher = false;
  62
  63   private static Thread initingThread = null;
  64
  65   /**
  66    * Blocking method that initialises and returns the shared instance of the
  67    * SequenceFetcher client
  68    *
  69    * @param guiWindow
  70    *          - where the initialisation delay message should be shown
  71    * @return the singleton instance of the sequence fetcher client
  72    */
  73   public static jalview.ws.SequenceFetcher getSequenceFetcherSingleton(
  74           final IProgressIndicator guiWindow)
  75   {
  76     if (_initingFetcher && initingThread != null && initingThread.isAlive())
  77     {
  78       if (guiWindow != null)
  79       {
  80         guiWindow.setProgressBar(
  81                 "Waiting for Sequence Database Fetchers to initialise",
  82                 Thread.currentThread().hashCode());
  83       }
  84       // initting happening on another thread - so wait around to see if it
  85       // finishes.
  86       while (_initingFetcher && initingThread != null
  87               && initingThread.isAlive())
  88       {
  89         try
  90         {
  91           Thread.sleep(10);
  92         } catch (Exception e)
  93         {
  94         }
  95         ;
  96       }
  97       if (guiWindow != null)
  98       {
  99         guiWindow.setProgressBar(
 100                 "Waiting for Sequence Database Fetchers to initialise",
 101                 Thread.currentThread().hashCode());
 102       }
 103     }
 104     if (sfetch == null
 105             || dasRegistry != DasSourceBrowser.getDasRegistryURL())
 106     {
 107       _initingFetcher = true;
 108       initingThread = Thread.currentThread();
 109       /**
 110        * give a visual indication that sequence fetcher construction is occuring
 111        */
 112       if (guiWindow != null)
 113       {
 114         guiWindow.setProgressBar("Initialising Sequence Database Fetchers",
 115                 Thread.currentThread().hashCode());
 116       }
 117       dasRegistry = DasSourceBrowser.getDasRegistryURL();
 118       jalview.ws.SequenceFetcher sf = new jalview.ws.SequenceFetcher();
 119       if (guiWindow != null)
 120       {
 121         guiWindow.setProgressBar("Initialising Sequence Database Fetchers",
 122                 initingThread.hashCode());
 123       }
 124       sfetch = sf;
 125       _initingFetcher = false;
 126       initingThread = null;
 127     }
 128     return sfetch;
 129   }
 130
 131   public SequenceFetcher(IProgressIndicator guiIndic)
 132   {
 133     final IProgressIndicator guiWindow = guiIndic;
 134     final SequenceFetcher us = this;
 135     // launch initialiser thread
 136     Thread sf = new Thread(new Runnable()
 137     {
 138
 139       public void run()
 140       {
 141         if (getSequenceFetcherSingleton(guiWindow) != null)
 142         {
 143           us.initGui(guiWindow);
 144         }
 145         else
 146         {
 147           javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 148           {
 149             public void run()
 150             {
 151               JOptionPane
 152                       .showInternalMessageDialog(
 153                               Desktop.desktop,
 154                               "Could not create the sequence fetcher client. Check error logs for details.",
 155                               "Couldn't create SequenceFetcher",
 156                               JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
 157             }
 158           });
 159
 160           // raise warning dialog
 161         }
 162       }
 163     });
 164     sf.start();
 165   }
 166
 167   /**
 168    * called by thread spawned by constructor
 169    *
 170    * @param guiWindow
 171    */
 172   private void initGui(IProgressIndicator guiWindow)
 173   {
 174     this.guiWindow = guiWindow;
 175     if (guiWindow instanceof AlignFrame)
 176     {
 177       alignFrame = (AlignFrame) guiWindow;
 178     }
 179
 180     database.addItem(noDbSelected);
 181     /*
 182      * Dynamically generated database list will need a translation function from
 183      * internal source to externally distinct names. UNIPROT and UP_NAME are
 184      * identical DB sources, and should be collapsed.
 185      */
 186
 187     String dbs[] = sfetch.getOrderedSupportedSources();
 188     for (int i = 0; i < dbs.length; i++)
 189     {
 190       if (!sources.containsValue(dbs[i]))
 191       {
 192         String name = sfetch.getSourceProxy(dbs[i]).getDbName();
 193         // duplicate source names are thrown away, here.
 194         if (!sources.containsKey(name))
 195         {
 196           database.addItem(name);
 197         }
 198         // overwrite with latest version of the retriever for this source
 199         sources.put(name, dbs[i]);
 200       }
 201     }
 202     try
 203     {
 204       jbInit();
 205     } catch (Exception ex)
 206     {
 207       ex.printStackTrace();
 208     }
 209
 210     frame = new JInternalFrame();
 211     frame.setContentPane(this);
 212     if (new jalview.util.Platform().isAMac())
 213     {
 214       Desktop.addInternalFrame(frame, getFrameTitle(), 400, 240);
 215     }
 216     else
 217     {
 218       Desktop.addInternalFrame(frame, getFrameTitle(), 400, 180);
 219     }
 220   }
 221
 222   private String getFrameTitle()
 223   {
 224     return ((alignFrame == null) ? "New " : "Additional ")
 225             + "Sequence Fetcher";
 226   }
 227
 228   private void jbInit() throws Exception
 229   {
 230     this.setLayout(borderLayout2);
 231
 232     database.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 233     dbeg.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.BOLD, 11));
 234     jLabel1.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.ITALIC, 11));
 235     jLabel1.setHorizontalAlignment(SwingConstants.CENTER);
 236     jLabel1.setText("Separate multiple accession ids with semi colon \";\"");
 237
 238     replacePunctuation.setHorizontalAlignment(SwingConstants.CENTER);
 239     replacePunctuation
 240             .setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.ITALIC, 11));
 241     replacePunctuation.setText("Replace commas with semi-colons");
 242     ok.setText("OK");
 243     ok.addActionListener(new ActionListener()
 244     {
 245       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 246       {
 247         ok_actionPerformed();
 248       }
 249     });
 250     clear.setText("Clear");
 251     clear.addActionListener(new ActionListener()
 252     {
 253       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 254       {
 255         clear_actionPerformed();
 256       }
 257     });
 258
 259     example.setText("Example");
 260     example.addActionListener(new ActionListener()
 261     {
 262       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 263       {
 264         example_actionPerformed();
 265       }
 266     });
 267     close.setText("Close");
 268     close.addActionListener(new ActionListener()
 269     {
 270       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 271       {
 272         close_actionPerformed(e);
 273       }
 274     });
 275     textArea.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.PLAIN, 11));
 276     textArea.setLineWrap(true);
 277     textArea.addKeyListener(new KeyAdapter()
 278     {
 279       public void keyPressed(KeyEvent e)
 280       {
 281         if (e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_ENTER)
 282           ok_actionPerformed();
 283       }
 284     });
 285     jPanel3.setLayout(borderLayout1);
 286     borderLayout1.setVgap(5);
 287     jPanel1.add(ok);
 288     jPanel1.add(example);
 289     jPanel1.add(clear);
 290     jPanel1.add(close);
 291     jPanel3.add(jPanel2, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 292     jPanel2.setLayout(borderLayout3);
 293
 294     database.addActionListener(new ActionListener()
 295     {
 296
 297       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 298       {
 299         DbSourceProxy db = null;
 300         try
 301         {
 302           db = sfetch.getSourceProxy((String) sources.get(database
 303                   .getSelectedItem()));
 304           String eq = db.getTestQuery();
 305           dbeg.setText("Example query: " + eq);
 306           replacePunctuation.setEnabled(!(eq != null && eq.indexOf(",") > -1));
 307         } catch (Exception ex)
 308         {
 309           dbeg.setText("");
 310           replacePunctuation.setEnabled(true);
 311         }
 312         jPanel2.repaint();
 313       }
 314     });
 315     dbeg.setText("");
 316     jPanel2.add(database, java.awt.BorderLayout.NORTH);
 317     jPanel2.add(dbeg, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 318     JPanel jPanel2a = new JPanel(new BorderLayout());
 319     jPanel2a.add(jLabel1, java.awt.BorderLayout.NORTH);
 320     jPanel2a.add(replacePunctuation, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
 321     jPanel2.add(jPanel2a, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
 322     // jPanel2.setPreferredSize(new Dimension())
 323     jPanel3.add(jScrollPane1, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 324     this.add(jPanel1, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
 325     this.add(jPanel3, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 326     this.add(jPanel2, java.awt.BorderLayout.NORTH);
 327     jScrollPane1.getViewport().add(textArea);
 328
 329   }
 330
 331   protected void example_actionPerformed()
 332   {
 333     DbSourceProxy db = null;
 334     try
 335     {
 336       db = sfetch.getSourceProxy((String) sources.get(database
 337               .getSelectedItem()));
 338       textArea.setText(db.getTestQuery());
 339     } catch (Exception ex)
 340     {
 341     }
 342     jPanel3.repaint();
 343   }
 344
 345   protected void clear_actionPerformed()
 346   {
 347     textArea.setText("");
 348     jPanel3.repaint();
 349   }
 350
 351   JLabel dbeg = new JLabel();
 352
 353   JComboBox database = new JComboBox();
 354
 355   JLabel jLabel1 = new JLabel();
 356
 357   JCheckBox replacePunctuation = new JCheckBox();
 358
 359   JButton ok = new JButton();
 360
 361   JButton clear = new JButton();
 362
 363   JButton example = new JButton();
 364
 365   JButton close = new JButton();
 366
 367   JPanel jPanel1 = new JPanel();
 368
 369   JTextArea textArea = new JTextArea();
 370
 371   JScrollPane jScrollPane1 = new JScrollPane();
 372
 373   JPanel jPanel2 = new JPanel();
 374
 375   JPanel jPanel3 = new JPanel();
 376
 377   JPanel jPanel4 = new JPanel();
 378
 379   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();
 380
 381   BorderLayout borderLayout2 = new BorderLayout();
 382
 383   BorderLayout borderLayout3 = new BorderLayout();
 384
 385   public void close_actionPerformed(ActionEvent e)
 386   {
 387     try
 388     {
 389       frame.setClosed(true);
 390     } catch (Exception ex)
 391     {
 392     }
 393   }
 394
 395   public void ok_actionPerformed()
 396   {
 397     database.setEnabled(false);
 398     textArea.setEnabled(false);
 399     ok.setEnabled(false);
 400     close.setEnabled(false);
 401
 402     Thread worker = new Thread(this);
 403     worker.start();
 404   }
 405
 406   private void resetDialog()
 407   {
 408     database.setEnabled(true);
 409     textArea.setEnabled(true);
 410     ok.setEnabled(true);
 411     close.setEnabled(true);
 412   }
 413
 414   public void run()
 415   {
 416     String error = "";
 417     if (database.getSelectedItem().equals(noDbSelected))
 418     {
 419       error += "Please select the source database\n";
 420     }
 421     // TODO: make this transformation more configurable
 422     com.stevesoft.pat.Regex empty;
 423     if (replacePunctuation.isEnabled() && replacePunctuation.isSelected())
 424     {
 425       empty = new com.stevesoft.pat.Regex(
 426       // replace commas and spaces with a semicolon
 427               "(\\s|[,; ])+", ";");
 428     }
 429     else
 430     {
 431       // just turn spaces and semicolons into single semicolons
 432       empty = new com.stevesoft.pat.Regex("(\\s|[; ])+", ";");
 433     }
 434     textArea.setText(empty.replaceAll(textArea.getText()));
 435     // see if there's anthing to search with
 436     if (!new com.stevesoft.pat.Regex("[A-Za-z0-9_.]").search(textArea
 437             .getText()))
 438     {
 439       error += "Please enter a (semi-colon separated list of) database id(s)";
 440     }
 441     if (error.length() > 0)
 442     {
 443       showErrorMessage(error);
 444       resetDialog();
 445       return;
 446     }
 447     AlignmentI aresult = null;
 448     Object source = database.getSelectedItem();
 449     Enumeration en = new StringTokenizer(textArea.getText(), ";");
 450     try
 451     {
 452       guiWindow.setProgressBar(
 453               "Fetching Sequences from " + database.getSelectedItem(),
 454               Thread.currentThread().hashCode());
 455       DbSourceProxy proxy = sfetch.getSourceProxy((String) sources
 456               .get(source));
 457       if (proxy.getAccessionSeparator() == null)
 458       {
 459         while (en.hasMoreElements())
 460         {
 461           String item = (String) en.nextElement();
 462           try
 463           {
 464             if (aresult != null)
 465             {
 466               try
 467               {
 468                 // give the server a chance to breathe
 469                 Thread.sleep(5);
 470               } catch (Exception e)
 471               {
 472                 //
 473               }
 474
 475             }
 476
 477             AlignmentI indres = null;
 478             try
 479             {
 480               indres = proxy.getSequenceRecords(item);
 481             } catch (OutOfMemoryError oome)
 482             {
 483               new OOMWarning("fetching " + item + " from "
 484                       + database.getSelectedItem(), oome, this);
 485             }
 486             if (indres != null)
 487             {
 488               if (aresult == null)
 489               {
 490                 aresult = indres;
 491               }
 492               else
 493               {
 494                 aresult.append(indres);
 495               }
 496             }
 497           } catch (Exception e)
 498           {
 499             jalview.bin.Cache.log.info("Error retrieving " + item
 500                     + " from " + source, e);
 501           }
 502         }
 503       }
 504       else
 505       {
 506         StringBuffer multiacc = new StringBuffer();
 507         while (en.hasMoreElements())
 508         {
 509           multiacc.append(en.nextElement());
 510           if (en.hasMoreElements())
 511           {
 512             multiacc.append(proxy.getAccessionSeparator());
 513           }
 514         }
 515         try
 516         {
 517           aresult = proxy.getSequenceRecords(multiacc.toString());
 518         } catch (OutOfMemoryError oome)
 519         {
 520           new OOMWarning("fetching " + multiacc + " from "
 521                   + database.getSelectedItem(), oome, this);
 522         }
 523
 524       }
 525
 526     } catch (Exception e)
 527     {
 528       showErrorMessage("Error retrieving " + textArea.getText() + " from "
 529               + database.getSelectedItem());
 530       // error +="Couldn't retrieve sequences from "+database.getSelectedItem();
 531       System.err.println("Retrieval failed for source ='"
 532               + database.getSelectedItem() + "' and query\n'"
 533               + textArea.getText() + "'\n");
 534       e.printStackTrace();
 535     } catch (OutOfMemoryError e)
 536     {
 537       // resets dialog box - so we don't use OOMwarning here.
 538       showErrorMessage("Out of Memory when retrieving "
 539               + textArea.getText()
 540               + " from "
 541               + database.getSelectedItem()
 542               + "\nPlease see the Jalview FAQ for instructions for increasing the memory available to Jalview.\n");
 543       e.printStackTrace();
 544     } catch (Error e)
 545     {
 546       showErrorMessage("Serious Error retrieving " + textArea.getText()
 547               + " from " + database.getSelectedItem());
 548       e.printStackTrace();
 549     }
 550     if (aresult != null)
 551     {
 552       parseResult(aresult, null, null);
 553     }
 554     // only remove visual delay after we finished parsing.
 555     guiWindow.setProgressBar(null, Thread.currentThread().hashCode());
 556     resetDialog();
 557   }
 558
 559   /*
 560    * result = new StringBuffer(); if
 561    * (database.getSelectedItem().equals("Uniprot")) {
 562    * getUniprotFile(textArea.getText()); } else if
 563    * (database.getSelectedItem().equals("EMBL") ||
 564    * database.getSelectedItem().equals("EMBLCDS")) { String DBRefSource =
 565    * database.getSelectedItem().equals("EMBLCDS") ?
 566    * jalview.datamodel.DBRefSource.EMBLCDS : jalview.datamodel.DBRefSource.EMBL;
 567    *
 568    * StringTokenizer st = new StringTokenizer(textArea.getText(), ";");
 569    * SequenceI[] seqs = null; while(st.hasMoreTokens()) { EBIFetchClient dbFetch
 570    * = new EBIFetchClient(); String qry =
 571    * database.getSelectedItem().toString().toLowerCase( ) + ":" +
 572    * st.nextToken(); File reply = dbFetch.fetchDataAsFile( qry, "emblxml",null);
 573    *
 574    * jalview.datamodel.xdb.embl.EmblFile efile=null; if (reply != null &&
 575    * reply.exists()) { efile =
 576    * jalview.datamodel.xdb.embl.EmblFile.getEmblFile(reply); } if (efile!=null)
 577    * { for (Iterator i=efile.getEntries().iterator(); i.hasNext(); ) { EmblEntry
 578    * entry = (EmblEntry) i.next(); SequenceI[] seqparts =
 579    * entry.getSequences(false,true, DBRefSource); if (seqparts!=null) {
 580    * SequenceI[] newseqs = null; int si=0; if (seqs==null) { newseqs = new
 581    * SequenceI[seqparts.length]; } else { newseqs = new
 582    * SequenceI[seqs.length+seqparts.length];
 583    *
 584    * for (;si<seqs.length; si++) { newseqs[si] = seqs[si]; seqs[si] = null; } }
 585    * for (int j=0;j<seqparts.length; si++, j++) { newseqs[si] =
 586    * seqparts[j].deriveSequence(); // place DBReferences on dataset and refer }
 587    * seqs=newseqs; } } } else { result.append("# no response for "+qry); } } if
 588    * (seqs!=null && seqs.length>0) { if (parseResult(new Alignment(seqs), null,
 589    * null)!=null) { result.append("# Successfully parsed the
 590    * "+database.getSelectedItem()+" Queries into an Alignment"); } } } else if
 591    * (database.getSelectedItem().equals("PDB")) { StringTokenizer qset = new
 592    * StringTokenizer(textArea.getText(), ";"); String query; SequenceI[] seqs =
 593    * null; while (qset.hasMoreTokens() && ((query = qset.nextToken())!=null)) {
 594    * SequenceI[] seqparts = getPDBFile(query.toUpperCase()); if (seqparts !=
 595    * null) { if (seqs == null) { seqs = seqparts; } else { SequenceI[] newseqs =
 596    * new SequenceI[seqs.length+seqparts.length]; int i=0; for (; i <
 597    * seqs.length; i++) { newseqs[i] = seqs[i]; seqs[i] = null; } for (int
 598    * j=0;j<seqparts.length; i++, j++) { newseqs[i] = seqparts[j]; }
 599    * seqs=newseqs; } result.append("# Success for "+query.toUpperCase()+"\n"); }
 600    * } if (seqs != null && seqs.length > 0) { if (parseResult(new
 601    * Alignment(seqs), null, null)!=null) { result.append( "# Successfully parsed
 602    * the PDB File Queries into an
 603    * Alignment"); } } } else if( database.getSelectedItem().equals("PFAM")) {
 604    * try { result.append(new FastaFile(
 605    * "http://www.sanger.ac.uk/cgi-bin/Pfam/getalignment.pl?format=fal&acc=" +
 606    * textArea.getText().toUpperCase(), "URL").print() );
 607    *
 608    * if(result.length()>0) { parseResult( result.toString(),
 609    * textArea.getText().toUpperCase() ); } } catch (java.io.IOException ex) {
 610    * result = null; } }
 611    *
 612    * if (result == null || result.length() == 0) { showErrorMessage("Error
 613    * retrieving " + textArea.getText() + " from " + database.getSelectedItem());
 614    * }
 615    *
 616    * resetDialog(); return; }
 617    *
 618    * void getUniprotFile(String id) { EBIFetchClient ebi = new EBIFetchClient();
 619    * File file = ebi.fetchDataAsFile("uniprot:" + id, "xml", null);
 620    *
 621    * DBRefFetcher dbref = new DBRefFetcher(); Vector entries =
 622    * dbref.getUniprotEntries(file);
 623    *
 624    * if (entries != null) { //First, make the new sequences Enumeration en =
 625    * entries.elements(); while (en.hasMoreElements()) { UniprotEntry entry =
 626    * (UniprotEntry) en.nextElement();
 627    *
 628    * StringBuffer name = new StringBuffer(">UniProt/Swiss-Prot"); Enumeration
 629    * en2 = entry.getAccession().elements(); while (en2.hasMoreElements()) {
 630    * name.append("|"); name.append(en2.nextElement()); } en2 =
 631    * entry.getName().elements(); while (en2.hasMoreElements()) {
 632    * name.append("|"); name.append(en2.nextElement()); }
 633    *
 634    * if (entry.getProtein() != null) { name.append(" " +
 635    * entry.getProtein().getName().elementAt(0)); }
 636    *
 637    * result.append(name + "\n" + entry.getUniprotSequence().getContent() +
 638    * "\n"); }
 639    *
 640    * //Then read in the features and apply them to the dataset Alignment al =
 641    * parseResult(result.toString(), null); for (int i = 0; i < entries.size();
 642    * i++) { UniprotEntry entry = (UniprotEntry) entries.elementAt(i);
 643    * Enumeration e = entry.getDbReference().elements(); Vector onlyPdbEntries =
 644    * new Vector(); while (e.hasMoreElements()) { PDBEntry pdb = (PDBEntry)
 645    * e.nextElement(); if (!pdb.getType().equals("PDB")) { continue; }
 646    *
 647    * onlyPdbEntries.addElement(pdb); }
 648    *
 649    * Enumeration en2 = entry.getAccession().elements(); while
 650    * (en2.hasMoreElements()) {
 651    * al.getSequenceAt(i).getDatasetSequence().addDBRef(new DBRefEntry(
 652    * DBRefSource.UNIPROT, "0", en2.nextElement().toString())); }
 653    *
 654    *
 655    *
 656    *
 657    * al.getSequenceAt(i).getDatasetSequence().setPDBId(onlyPdbEntries); if
 658    * (entry.getFeature() != null) { e = entry.getFeature().elements(); while
 659    * (e.hasMoreElements()) { SequenceFeature sf = (SequenceFeature)
 660    * e.nextElement(); sf.setFeatureGroup("Uniprot");
 661    * al.getSequenceAt(i).getDatasetSequence().addSequenceFeature( sf ); } } } }
 662    * }
 663    *
 664    * SequenceI[] getPDBFile(String id) { Vector result = new Vector(); String
 665    * chain = null; if (id.indexOf(":") > -1) { chain =
 666    * id.substring(id.indexOf(":") + 1); id = id.substring(0, id.indexOf(":")); }
 667    *
 668    * EBIFetchClient ebi = new EBIFetchClient(); String file =
 669    * ebi.fetchDataAsFile("pdb:" + id, "pdb", "raw"). getAbsolutePath(); if (file
 670    * == null) { return null; } try { PDBfile pdbfile = new PDBfile(file,
 671    * jalview.io.AppletFormatAdapter.FILE); for (int i = 0; i <
 672    * pdbfile.chains.size(); i++) { if (chain == null || ( (PDBChain)
 673    * pdbfile.chains.elementAt(i)).id. toUpperCase().equals(chain)) { PDBChain
 674    * pdbchain = (PDBChain) pdbfile.chains.elementAt(i); // Get the Chain's
 675    * Sequence - who's dataset includes any special features added from the PDB
 676    * file SequenceI sq = pdbchain.sequence; // Specially formatted name for the
 677    * PDB chain sequences retrieved from the PDB
 678    * sq.setName("PDB|"+id+"|"+sq.getName()); // Might need to add more metadata
 679    * to the PDBEntry object // like below /* PDBEntry entry = new PDBEntry(); //
 680    * Construct the PDBEntry entry.setId(id); if (entry.getProperty() == null)
 681    * entry.setProperty(new Hashtable()); entry.getProperty().put("chains",
 682    * pdbchain.id + "=" + sq.getStart() + "-" + sq.getEnd());
 683    * sq.getDatasetSequence().addPDBId(entry); // Add PDB DB Refs // We make a
 684    * DBRefEtntry because we have obtained the PDB file from a verifiable source
 685    * // JBPNote - PDB DBRefEntry should also carry the chain and mapping
 686    * information DBRefEntry dbentry = new
 687    * DBRefEntry(jalview.datamodel.DBRefSource.PDB, "0", id + pdbchain.id);
 688    * sq.addDBRef(dbentry); // and add seuqence to the retrieved set
 689    * result.addElement(sq.deriveSequence()); } }
 690    *
 691    * if (result.size() < 1) { throw new Exception("WsDBFetch for PDB id resulted
 692    * in zero result size"); } } catch (Exception ex) // Problem parsing PDB file
 693    * { jalview.bin.Cache.log.warn("Exception when retrieving " +
 694    * textArea.getText() + " from " + database.getSelectedItem(), ex); return
 695    * null; }
 696    *
 697    *
 698    * SequenceI[] results = new SequenceI[result.size()]; for (int i = 0, j =
 699    * result.size(); i < j; i++) { results[i] = (SequenceI) result.elementAt(i);
 700    * result.setElementAt(null,i); } return results; }
 701    */
 702   AlignmentI parseResult(String result, String title)
 703   {
 704     String format = new IdentifyFile().Identify(result, "Paste");
 705     Alignment sequences = null;
 706     if (FormatAdapter.isValidFormat(format))
 707     {
 708       sequences = null;
 709       try
 710       {
 711         sequences = new FormatAdapter().readFile(result.toString(),
 712                 "Paste", format);
 713       } catch (Exception ex)
 714       {
 715       }
 716
 717       if (sequences != null)
 718       {
 719         return parseResult(sequences, title, format);
 720       }
 721     }
 722     else
 723     {
 724       showErrorMessage("Error retrieving " + textArea.getText() + " from "
 725               + database.getSelectedItem());
 726     }
 727
 728     return null;
 729   }
 730
 731   AlignmentI parseResult(AlignmentI al, String title,
 732           String currentFileFormat)
 733   {
 734
 735     if (al != null && al.getHeight() > 0)
 736     {
 737       if (alignFrame == null)
 738       {
 739         AlignFrame af = new AlignFrame(al, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 740                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 741         if (currentFileFormat != null)
 742         {
 743           af.currentFileFormat = currentFileFormat; // WHAT IS THE DEFAULT
 744           // FORMAT FOR
 745           // NON-FormatAdapter Sourced
 746           // Alignments?
 747         }
 748
 749         if (title == null)
 750         {
 751           title = "Retrieved from " + database.getSelectedItem();
 752         }
 753         SequenceFeature[] sfs = null;
 754         for (Enumeration sq = al.getSequences().elements(); sq
 755                 .hasMoreElements();)
 756         {
 757           if ((sfs = ((SequenceI) sq.nextElement()).getDatasetSequence()
 758                   .getSequenceFeatures()) != null)
 759           {
 760             if (sfs.length > 0)
 761             {
 762               af.setShowSeqFeatures(true);
 763               break;
 764             }
 765           }
 766
 767         }
 768         Desktop.addInternalFrame(af, title, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 769                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 770
 771         af.statusBar.setText("Successfully pasted alignment file");
 772
 773         try
 774         {
 775           af.setMaximum(jalview.bin.Cache.getDefault("SHOW_FULLSCREEN",
 776                   false));
 777         } catch (Exception ex)
 778         {
 779         }
 780       }
 781       else
 782       {
 783         for (int i = 0; i < al.getHeight(); i++)
 784         {
 785           alignFrame.viewport.alignment.addSequence(al.getSequenceAt(i)); // this
 786           // also
 787           // creates
 788           // dataset
 789           // sequence
 790           // entries
 791         }
 792         alignFrame.viewport.setEndSeq(alignFrame.viewport.alignment
 793                 .getHeight());
 794         alignFrame.viewport.alignment.getWidth();
 795         alignFrame.viewport.firePropertyChange("alignment", null,
 796                 alignFrame.viewport.getAlignment().getSequences());
 797       }
 798     }
 799     return al;
 800   }
 801
 802   void showErrorMessage(final String error)
 803   {
 804     resetDialog();
 805     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 806     {
 807       public void run()
 808       {
 809         JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop, error,
 810                 "Error Retrieving Data", JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 811       }
 812     });
 813   }
 814 }