src/jalview/gui/SequenceFetcher.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.api.FeatureSettingsModelI;
  24 import jalview.bin.Cache;
  25 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  26 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  27 import jalview.datamodel.SequenceFeature;
  28 import jalview.datamodel.SequenceI;
  29 import jalview.fts.service.pdb.PDBFTSPanel;
  30 import jalview.fts.service.uniprot.UniprotFTSPanel;
  31 import jalview.io.gff.SequenceOntologyI;
  32 import jalview.util.DBRefUtils;
  33 import jalview.util.MessageManager;
  34 import jalview.util.Platform;
  35 import jalview.ws.dbsources.das.api.DasSourceRegistryI;
  36 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;
  37
  38 import java.awt.BorderLayout;
  39 import java.awt.Font;
  40 import java.awt.event.ActionEvent;
  41 import java.awt.event.ActionListener;
  42 import java.awt.event.KeyAdapter;
  43 import java.awt.event.KeyEvent;
  44 import java.util.ArrayList;
  45 import java.util.Arrays;
  46 import java.util.Collections;
  47 import java.util.Iterator;
  48 import java.util.List;
  49
  50 import javax.swing.JButton;
  51 import javax.swing.JCheckBox;
  52 import javax.swing.JInternalFrame;
  53 import javax.swing.JLabel;
  54 import javax.swing.JOptionPane;
  55 import javax.swing.JPanel;
  56 import javax.swing.JScrollPane;
  57 import javax.swing.JTextArea;
  58 import javax.swing.SwingConstants;
  59 import javax.swing.tree.DefaultMutableTreeNode;
  60
  61 public class SequenceFetcher extends JPanel implements Runnable
  62 {
  63   JLabel dbeg = new JLabel();
  64
  65   JDatabaseTree database;
  66
  67   JButton databaseButt;
  68
  69   JLabel jLabel1 = new JLabel();
  70
  71   JCheckBox replacePunctuation = new JCheckBox();
  72
  73   JButton ok = new JButton();
  74
  75   JButton clear = new JButton();
  76
  77   JButton example = new JButton();
  78
  79   JButton close = new JButton();
  80
  81   JPanel jPanel1 = new JPanel();
  82
  83   JTextArea textArea = new JTextArea();
  84
  85   JScrollPane jScrollPane1 = new JScrollPane();
  86
  87   JPanel jPanel2 = new JPanel();
  88
  89   JPanel jPanel3 = new JPanel();
  90
  91   JPanel jPanel4 = new JPanel();
  92
  93   BorderLayout borderLayout1 = new BorderLayout();
  94
  95   BorderLayout borderLayout2 = new BorderLayout();
  96
  97   BorderLayout borderLayout3 = new BorderLayout();
  98
  99   JInternalFrame frame;
 100
 101   IProgressIndicator guiWindow;
 102
 103   AlignFrame alignFrame;
 104
 105   StringBuffer result;
 106
 107   final String noDbSelected = "-- Select Database --";
 108
 109   private static jalview.ws.SequenceFetcher sfetch = null;
 110
 111   private static long lastDasSourceRegistry = -3;
 112
 113   private static DasSourceRegistryI dasRegistry = null;
 114
 115   private static boolean _initingFetcher = false;
 116
 117   private static Thread initingThread = null;
 118
 119   public JTextArea getTextArea()
 120   {
 121     return textArea;
 122   }
 123
 124   /**
 125    * Blocking method that initialises and returns the shared instance of the
 126    * SequenceFetcher client
 127    *
 128    * @param guiWindow
 129    *          - where the initialisation delay message should be shown
 130    * @return the singleton instance of the sequence fetcher client
 131    */
 132   public static jalview.ws.SequenceFetcher getSequenceFetcherSingleton(
 133           final IProgressIndicator guiWindow)
 134   {
 135     if (_initingFetcher && initingThread != null && initingThread.isAlive())
 136     {
 137       if (guiWindow != null)
 138       {
 139         guiWindow
 140                 .setProgressBar(
 141                         MessageManager
 142                                 .getString("status.waiting_sequence_database_fetchers_init"),
 143                         Thread.currentThread().hashCode());
 144       }
 145       // initting happening on another thread - so wait around to see if it
 146       // finishes.
 147       while (_initingFetcher && initingThread != null
 148               && initingThread.isAlive())
 149       {
 150         try
 151         {
 152           Thread.sleep(10);
 153         } catch (Exception e)
 154         {
 155         }
 156         ;
 157       }
 158       if (guiWindow != null)
 159       {
 160         guiWindow
 161                 .setProgressBar(
 162                         MessageManager
 163                                 .getString("status.waiting_sequence_database_fetchers_init"),
 164                         Thread.currentThread().hashCode());
 165       }
 166     }
 167     if (sfetch == null
 168             || dasRegistry != Cache.getDasSourceRegistry()
 169             || lastDasSourceRegistry != (Cache.getDasSourceRegistry()
 170                     .getDasRegistryURL() + Cache.getDasSourceRegistry()
 171                     .getLocalSourceString()).hashCode())
 172     {
 173       _initingFetcher = true;
 174       initingThread = Thread.currentThread();
 175       /**
 176        * give a visual indication that sequence fetcher construction is occuring
 177        */
 178       if (guiWindow != null)
 179       {
 180         guiWindow.setProgressBar(MessageManager
 181                 .getString("status.init_sequence_database_fetchers"),
 182                 Thread.currentThread().hashCode());
 183       }
 184       dasRegistry = Cache.getDasSourceRegistry();
 185       dasRegistry.refreshSources();
 186
 187       jalview.ws.SequenceFetcher sf = new jalview.ws.SequenceFetcher();
 188       if (guiWindow != null)
 189       {
 190         guiWindow.setProgressBar(null, Thread.currentThread().hashCode());
 191       }
 192       lastDasSourceRegistry = (dasRegistry.getDasRegistryURL() + dasRegistry
 193               .getLocalSourceString()).hashCode();
 194       sfetch = sf;
 195       _initingFetcher = false;
 196       initingThread = null;
 197     }
 198     return sfetch;
 199   }
 200
 201   private IProgressIndicator progressIndicator;
 202
 203   private volatile boolean _isConstructing = false;
 204
 205   private List<AlignFrame> newAlframes = null;
 206
 207   public SequenceFetcher(IProgressIndicator guiIndic)
 208   {
 209     this(guiIndic, null, null);
 210   }
 211
 212   public SequenceFetcher(IProgressIndicator guiIndic,
 213           final String selectedDb, final String queryString)
 214   {
 215     this._isConstructing = true;
 216     this.progressIndicator = guiIndic;
 217     final SequenceFetcher us = this;
 218     // launch initialiser thread
 219     Thread sf = new Thread(new Runnable()
 220     {
 221
 222       @Override
 223       public void run()
 224       {
 225         if (getSequenceFetcherSingleton(progressIndicator) != null)
 226         {
 227           us.initGui(progressIndicator, selectedDb, queryString);
 228           us._isConstructing = false;
 229         }
 230         else
 231         {
 232           javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 233           {
 234             @Override
 235             public void run()
 236             {
 237               JOptionPane
 238                       .showInternalMessageDialog(
 239                               Desktop.desktop,
 240                               MessageManager
 241                                       .getString("warn.couldnt_create_sequence_fetcher_client"),
 242                               MessageManager
 243                                       .getString("label.couldnt_create_sequence_fetcher"),
 244                               JOptionPane.ERROR_MESSAGE);
 245             }
 246           });
 247
 248           // raise warning dialog
 249         }
 250       }
 251     });
 252     sf.start();
 253   }
 254
 255   /**
 256    * blocking call which creates a new sequence fetcher panel, configures it and
 257    * presses the OK button with the given database and query.
 258    *
 259    * @param database
 260    * @param query
 261    */
 262   public static List<AlignFrame> fetchAndShow(String database, String query)
 263   {
 264     final SequenceFetcher sf = new SequenceFetcher(Desktop.instance,
 265             database, query);
 266     while (sf._isConstructing)
 267     {
 268       try
 269       {
 270         Thread.sleep(50);
 271       } catch (Exception q)
 272       {
 273         return Collections.emptyList();
 274       }
 275     }
 276     sf.newAlframes = new ArrayList<AlignFrame>();
 277     sf.run();
 278     return sf.newAlframes;
 279   }
 280
 281   private class DatabaseAuthority extends DefaultMutableTreeNode
 282   {
 283
 284   };
 285
 286   private class DatabaseSource extends DefaultMutableTreeNode
 287   {
 288
 289   };
 290
 291   /**
 292    * initialise the database and query for this fetcher panel
 293    *
 294    * @param selectedDb
 295    *          - string that should correspond to a sequence fetcher
 296    * @param queryString
 297    *          - string that will be entered in the query dialog
 298    * @return true if UI was configured with valid database and query string
 299    */
 300   protected boolean setInitialQuery(String selectedDb, String queryString)
 301   {
 302     if (selectedDb == null || selectedDb.trim().length() == 0)
 303     {
 304       return false;
 305     }
 306     try
 307     {
 308       List<DbSourceProxy> sp = sfetch.getSourceProxy(selectedDb);
 309       for (DbSourceProxy sourcep : sp)
 310       {
 311         if (sourcep.getTier() == 0)
 312         {
 313           database.selection = Arrays
 314                   .asList(new DbSourceProxy[] { sourcep });
 315           break;
 316         }
 317       }
 318       if (database.selection == null || database.selection.size() == 0)
 319       {
 320         System.err.println("Ignoring fetch parameter db='" + selectedDb
 321                 + "'");
 322         return false;
 323       }
 324       textArea.setText(queryString);
 325     } catch (Exception q)
 326     {
 327       System.err.println("Ignoring fetch parameter db='" + selectedDb
 328               + "' and query='" + queryString + "'");
 329       return false;
 330     }
 331     return true;
 332   }
 333
 334   /**
 335    * called by thread spawned by constructor
 336    *
 337    * @param guiWindow
 338    * @param queryString
 339    * @param selectedDb
 340    */
 341   private void initGui(IProgressIndicator guiWindow, String selectedDb,
 342           String queryString)
 343   {
 344     this.guiWindow = guiWindow;
 345     if (guiWindow instanceof AlignFrame)
 346     {
 347       alignFrame = (AlignFrame) guiWindow;
 348     }
 349     database = new JDatabaseTree(sfetch);
 350     try
 351     {
 352       jbInit();
 353       /*
 354        * configure the UI with any query parameters we were called with
 355        */
 356       if (!setInitialQuery(selectedDb, queryString))
 357       {
 358         /*
 359          * none provided, so show the database chooser
 360          */
 361         database.waitForInput();
 362       }
 363     } catch (Exception ex)
 364     {
 365       ex.printStackTrace();
 366     }
 367
 368     frame = new JInternalFrame();
 369     frame.setContentPane(this);
 370     if (Platform.isAMac())
 371     {
 372       Desktop.addInternalFrame(frame, getFrameTitle(), false, 400, 240);
 373     }
 374     else
 375     {
 376       Desktop.addInternalFrame(frame, getFrameTitle(), false, 400, 180);
 377     }
 378   }
 379
 380   private String getFrameTitle()
 381   {
 382     return ((alignFrame == null) ? MessageManager
 383             .getString("label.new_sequence_fetcher") : MessageManager
 384             .getString("label.additional_sequence_fetcher"));
 385   }
 386
 387   private void jbInit() throws Exception
 388   {
 389     this.setLayout(borderLayout2);
 390
 391     database.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
 392     dbeg.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.BOLD, 11));
 393     jLabel1.setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.ITALIC, 11));
 394     jLabel1.setHorizontalAlignment(SwingConstants.CENTER);
 395     jLabel1.setText(MessageManager
 396             .getString("label.separate_multiple_accession_ids"));
 397
 398     replacePunctuation.setHorizontalAlignment(SwingConstants.CENTER);
 399     replacePunctuation
 400             .setFont(new java.awt.Font("Verdana", Font.ITALIC, 11));
 401     replacePunctuation.setText(MessageManager
 402             .getString("label.replace_commas_semicolons"));
 403     ok.setText(MessageManager.getString("action.ok"));
 404     ok.addActionListener(new ActionListener()
 405     {
 406       @Override
 407       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 408       {
 409         ok_actionPerformed();
 410       }
 411     });
 412     clear.setText(MessageManager.getString("action.clear"));
 413     clear.addActionListener(new ActionListener()
 414     {
 415       @Override
 416       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 417       {
 418         clear_actionPerformed();
 419       }
 420     });
 421
 422     example.setText(MessageManager.getString("label.example"));
 423     example.addActionListener(new ActionListener()
 424     {
 425       @Override
 426       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 427       {
 428         example_actionPerformed();
 429       }
 430     });
 431     close.setText(MessageManager.getString("action.close"));
 432     close.addActionListener(new ActionListener()
 433     {
 434       @Override
 435       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 436       {
 437         close_actionPerformed(e);
 438       }
 439     });
 440     textArea.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
 441     textArea.setLineWrap(true);
 442     textArea.addKeyListener(new KeyAdapter()
 443     {
 444       @Override
 445       public void keyPressed(KeyEvent e)
 446       {
 447         if (e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_ENTER)
 448         {
 449           ok_actionPerformed();
 450         }
 451       }
 452     });
 453     jPanel3.setLayout(borderLayout1);
 454     borderLayout1.setVgap(5);
 455     jPanel1.add(ok);
 456     jPanel1.add(example);
 457     jPanel1.add(clear);
 458     jPanel1.add(close);
 459     jPanel2.setLayout(borderLayout3);
 460     databaseButt = /*database.getDatabaseSelectorButton();
 461                    final JButton viewdbs =*/new JButton(
 462             MessageManager.getString("action.select_ddbb"));
 463     databaseButt.addActionListener(new ActionListener()
 464     {
 465
 466       @Override
 467       public void actionPerformed(ActionEvent arg0)
 468       {
 469         hidePanel();
 470         database.showDialog();
 471       }
 472     });
 473     databaseButt.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
 474     database.addActionListener(new ActionListener()
 475     {
 476       @Override
 477       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 478       {
 479         String currentSelection = database.getSelectedItem();
 480         if (currentSelection == null)
 481         {
 482           close_actionPerformed(null);
 483         }
 484
 485         showPanel();
 486
 487         if ("pdb".equalsIgnoreCase(currentSelection))
 488         {
 489           pdbSourceAction();
 490         }
 491         else if ("uniprot".equalsIgnoreCase(currentSelection))
 492         {
 493           uniprotSourceAction();
 494         }
 495         else
 496         {
 497           otherSourceAction();
 498         }
 499         database.action = -1;
 500       }
 501     });
 502
 503     dbeg.setText("");
 504     jPanel2.add(databaseButt, java.awt.BorderLayout.NORTH);
 505     jPanel2.add(dbeg, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 506     JPanel jPanel2a = new JPanel(new BorderLayout());
 507     jPanel2a.add(jLabel1, java.awt.BorderLayout.NORTH);
 508     jPanel2a.add(replacePunctuation, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
 509     jPanel2.add(jPanel2a, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
 510     // jPanel2.setPreferredSize(new Dimension())
 511     jPanel3.add(jScrollPane1, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 512     this.add(jPanel1, java.awt.BorderLayout.SOUTH);
 513     this.add(jPanel3, java.awt.BorderLayout.CENTER);
 514     this.add(jPanel2, java.awt.BorderLayout.NORTH);
 515     jScrollPane1.getViewport().add(textArea);
 516   }
 517
 518   private void pdbSourceAction()
 519   {
 520     databaseButt.setText(database.getSelectedItem());
 521     new PDBFTSPanel(this);
 522     frame.dispose();
 523   }
 524
 525   private void uniprotSourceAction()
 526   {
 527     databaseButt.setText(database.getSelectedItem());
 528     new UniprotFTSPanel(this);
 529     frame.dispose();
 530   }
 531
 532   private void otherSourceAction()
 533   {
 534     try
 535     {
 536       databaseButt.setText(database.getSelectedItem()
 537               + (database.getSelectedSources().size() > 1 ? " (and "
 538                       + database.getSelectedSources().size() + " others)"
 539                       : ""));
 540       String eq = database.getExampleQueries();
 541       dbeg.setText(MessageManager.formatMessage(
 542               "label.example_query_param", new String[] { eq }));
 543       boolean enablePunct = !(eq != null && eq.indexOf(",") > -1);
 544       for (DbSourceProxy dbs : database.getSelectedSources())
 545       {
 546         if (dbs instanceof jalview.ws.dbsources.das.datamodel.DasSequenceSource)
 547         {
 548           enablePunct = false;
 549           break;
 550         }
 551       }
 552       replacePunctuation.setEnabled(enablePunct);
 553
 554     } catch (Exception ex)
 555     {
 556       dbeg.setText("");
 557       replacePunctuation.setEnabled(true);
 558     }
 559     jPanel2.repaint();
 560   }
 561
 562   protected void example_actionPerformed()
 563   {
 564     DbSourceProxy db = null;
 565     try
 566     {
 567       textArea.setText(database.getExampleQueries());
 568     } catch (Exception ex)
 569     {
 570     }
 571     jPanel3.repaint();
 572   }
 573
 574   protected void clear_actionPerformed()
 575   {
 576     textArea.setText("");
 577     jPanel3.repaint();
 578   }
 579
 580   public void close_actionPerformed(ActionEvent e)
 581   {
 582     try
 583     {
 584       frame.setClosed(true);
 585     } catch (Exception ex)
 586     {
 587     }
 588   }
 589
 590   public void ok_actionPerformed()
 591   {
 592     databaseButt.setEnabled(false);
 593     example.setEnabled(false);
 594     textArea.setEnabled(false);
 595     ok.setEnabled(false);
 596     close.setEnabled(false);
 597
 598     Thread worker = new Thread(this);
 599     worker.start();
 600   }
 601
 602   private void resetDialog()
 603   {
 604     databaseButt.setEnabled(true);
 605     example.setEnabled(true);
 606     textArea.setEnabled(true);
 607     ok.setEnabled(true);
 608     close.setEnabled(true);
 609   }
 610
 611   @Override
 612   public void run()
 613   {
 614     String error = "";
 615     if (!database.hasSelection())
 616     {
 617       error += "Please select the source database\n";
 618     }
 619     // TODO: make this transformation more configurable
 620     com.stevesoft.pat.Regex empty;
 621     if (replacePunctuation.isEnabled() && replacePunctuation.isSelected())
 622     {
 623       empty = new com.stevesoft.pat.Regex(
 624       // replace commas and spaces with a semicolon
 625               "(\\s|[,; ])+", ";");
 626     }
 627     else
 628     {
 629       // just turn spaces and semicolons into single semicolons
 630       empty = new com.stevesoft.pat.Regex("(\\s|[; ])+", ";");
 631     }
 632     textArea.setText(empty.replaceAll(textArea.getText()));
 633     // see if there's anthing to search with
 634     if (!new com.stevesoft.pat.Regex("[A-Za-z0-9_.]").search(textArea
 635             .getText()))
 636     {
 637       error += "Please enter a (semi-colon separated list of) database id(s)";
 638     }
 639     if (error.length() > 0)
 640     {
 641       showErrorMessage(error);
 642       resetDialog();
 643       return;
 644     }
 645     // TODO: Refactor to GUI independent code and write tests.
 646     // indicate if successive sources should be merged into one alignment.
 647     boolean addToLast = false;
 648     List<String> aresultq = new ArrayList<String>();
 649     List<String> presultTitle = new ArrayList<String>();
 650     List<AlignmentI> presult = new ArrayList<AlignmentI>();
 651     List<AlignmentI> aresult = new ArrayList<AlignmentI>();
 652     Iterator<DbSourceProxy> proxies = database.getSelectedSources()
 653             .iterator();
 654     String[] qries;
 655     List<String> nextFetch = Arrays.asList(qries = textArea.getText()
 656             .split(";"));
 657     Iterator<String> en = Arrays.asList(new String[0]).iterator();
 658     int nqueries = qries.length;
 659
 660     FeatureSettingsModelI preferredFeatureColours = null;
 661     while (proxies.hasNext() && (en.hasNext() || nextFetch.size() > 0))
 662     {
 663       if (!en.hasNext() && nextFetch.size() > 0)
 664       {
 665         en = nextFetch.iterator();
 666         nqueries = nextFetch.size();
 667         // save the remaining queries in the original array
 668         qries = nextFetch.toArray(new String[nqueries]);
 669         nextFetch = new ArrayList<String>();
 670       }
 671
 672       DbSourceProxy proxy = proxies.next();
 673       try
 674       {
 675         // update status
 676         guiWindow
 677                 .setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
 678                         "status.fetching_sequence_queries_from",
 679                         new String[] {
 680                             Integer.valueOf(nqueries).toString(),
 681                             proxy.getDbName() }), Thread.currentThread()
 682                         .hashCode());
 683         if (proxy.getMaximumQueryCount() == 1)
 684         {
 685           /*
 686            * proxy only handles one accession id at a time
 687            */
 688           while (en.hasNext())
 689           {
 690             String acc = en.next();
 691             if (!fetchSingleAccession(proxy, acc, aresultq, aresult))
 692             {
 693               nextFetch.add(acc);
 694             }
 695           }
 696         }
 697         else
 698         {
 699           /*
 700            * proxy can fetch multiple accessions at one time
 701            */
 702           fetchMultipleAccessions(proxy, en, aresultq, aresult, nextFetch);
 703         }
 704       } catch (Exception e)
 705       {
 706         showErrorMessage("Error retrieving " + textArea.getText()
 707                 + " from " + database.getSelectedItem());
 708         // error
 709         // +="Couldn't retrieve sequences from "+database.getSelectedItem();
 710         System.err.println("Retrieval failed for source ='"
 711                 + database.getSelectedItem() + "' and query\n'"
 712                 + textArea.getText() + "'\n");
 713         e.printStackTrace();
 714       } catch (OutOfMemoryError e)
 715       {
 716         showErrorMessage("Out of Memory when retrieving "
 717                 + textArea.getText()
 718                 + " from "
 719                 + database.getSelectedItem()
 720                 + "\nPlease see the Jalview FAQ for instructions for increasing the memory available to Jalview.\n");
 721         e.printStackTrace();
 722       } catch (Error e)
 723       {
 724         showErrorMessage("Serious Error retrieving " + textArea.getText()
 725                 + " from " + database.getSelectedItem());
 726         e.printStackTrace();
 727       }
 728
 729       // Stack results ready for opening in alignment windows
 730       if (aresult != null && aresult.size() > 0)
 731       {
 732         FeatureSettingsModelI proxyColourScheme = proxy
 733                 .getFeatureColourScheme();
 734         if (proxyColourScheme != null)
 735         {
 736           preferredFeatureColours = proxyColourScheme;
 737         }
 738
 739         AlignmentI ar = null;
 740         if (proxy.isAlignmentSource())
 741         {
 742           addToLast = false;
 743           // new window for each result
 744           while (aresult.size() > 0)
 745           {
 746             presult.add(aresult.remove(0));
 747             presultTitle.add(aresultq.remove(0) + " "
 748                     + getDefaultRetrievalTitle());
 749           }
 750         }
 751         else
 752         {
 753           String titl = null;
 754           if (addToLast && presult.size() > 0)
 755           {
 756             ar = presult.remove(presult.size() - 1);
 757             titl = presultTitle.remove(presultTitle.size() - 1);
 758           }
 759           // concatenate all results in one window
 760           while (aresult.size() > 0)
 761           {
 762             if (ar == null)
 763             {
 764               ar = aresult.remove(0);
 765             }
 766             else
 767             {
 768               ar.append(aresult.remove(0));
 769             }
 770           }
 771           addToLast = true;
 772           presult.add(ar);
 773           presultTitle.add(titl);
 774         }
 775       }
 776       guiWindow.setProgressBar(MessageManager
 777               .getString("status.finshed_querying"), Thread.currentThread()
 778               .hashCode());
 779     }
 780     guiWindow.setProgressBar(
 781             (presult.size() > 0) ? MessageManager
 782                     .getString("status.parsing_results") : MessageManager
 783                     .getString("status.processing"), Thread.currentThread()
 784                     .hashCode());
 785     // process results
 786     while (presult.size() > 0)
 787     {
 788       parseResult(presult.remove(0), presultTitle.remove(0), null,
 789               preferredFeatureColours);
 790     }
 791     // only remove visual delay after we finished parsing.
 792     guiWindow.setProgressBar(null, Thread.currentThread().hashCode());
 793     if (nextFetch.size() > 0)
 794     {
 795       StringBuffer sb = new StringBuffer();
 796       sb.append("Didn't retrieve the following "
 797               + (nextFetch.size() == 1 ? "query" : nextFetch.size()
 798                       + " queries") + ": \n");
 799       int l = sb.length(), lr = 0;
 800       for (String s : nextFetch)
 801       {
 802         if (l != sb.length())
 803         {
 804           sb.append("; ");
 805         }
 806         if (lr - sb.length() > 40)
 807         {
 808           sb.append("\n");
 809         }
 810         sb.append(s);
 811       }
 812       showErrorMessage(sb.toString());
 813     }
 814     resetDialog();
 815   }
 816
 817   /**
 818    * Tries to fetch one or more accession ids from the database proxy
 819    *
 820    * @param proxy
 821    * @param accessions
 822    *          the queries to fetch
 823    * @param aresultq
 824    *          a successful queries list to add to
 825    * @param aresult
 826    *          a list of retrieved alignments to add to
 827    * @param nextFetch
 828    *          failed queries are added to this list
 829    * @throws Exception
 830    */
 831   void fetchMultipleAccessions(DbSourceProxy proxy,
 832           Iterator<String> accessions, List<String> aresultq,
 833           List<AlignmentI> aresult, List<String> nextFetch)
 834           throws Exception
 835   {
 836     StringBuilder multiacc = new StringBuilder();
 837     List<String> tosend = new ArrayList<String>();
 838     while (accessions.hasNext())
 839     {
 840       String nel = accessions.next();
 841       tosend.add(nel);
 842       multiacc.append(nel);
 843       if (accessions.hasNext())
 844       {
 845         multiacc.append(proxy.getAccessionSeparator());
 846       }
 847     }
 848
 849     try
 850     {
 851       String query = multiacc.toString();
 852       AlignmentI rslt = proxy.getSequenceRecords(query);
 853       if (rslt == null || rslt.getHeight() == 0)
 854       {
 855         // no results - pass on all queries to next source
 856         nextFetch.addAll(tosend);
 857       }
 858       else
 859       {
 860         aresultq.add(query);
 861         aresult.add(rslt);
 862         if (tosend.size() > 1)
 863         {
 864           checkResultForQueries(rslt, tosend, nextFetch, proxy);
 865         }
 866       }
 867     } catch (OutOfMemoryError oome)
 868     {
 869       new OOMWarning("fetching " + multiacc + " from "
 870               + database.getSelectedItem(), oome, this);
 871     }
 872   }
 873
 874   /**
 875    * Query for a single accession id via the database proxy
 876    *
 877    * @param proxy
 878    * @param accession
 879    * @param aresultq
 880    *          a list of successful queries to add to
 881    * @param aresult
 882    *          a list of retrieved alignments to add to
 883    * @return true if the fetch was successful, else false
 884    */
 885   boolean fetchSingleAccession(DbSourceProxy proxy, String accession,
 886           List<String> aresultq, List<AlignmentI> aresult)
 887   {
 888     boolean success = false;
 889     try
 890     {
 891       if (aresult != null)
 892       {
 893         try
 894         {
 895           // give the server a chance to breathe
 896           Thread.sleep(5);
 897         } catch (Exception e)
 898         {
 899           //
 900         }
 901       }
 902
 903       AlignmentI indres = null;
 904       try
 905       {
 906         indres = proxy.getSequenceRecords(accession);
 907       } catch (OutOfMemoryError oome)
 908       {
 909         new OOMWarning("fetching " + accession + " from "
 910                 + proxy.getDbName(), oome, this);
 911       }
 912       if (indres != null)
 913       {
 914         aresultq.add(accession);
 915         aresult.add(indres);
 916         success = true;
 917       }
 918     } catch (Exception e)
 919     {
 920       Cache.log.info(
 921               "Error retrieving " + accession + " from "
 922                       + proxy.getDbName(), e);
 923     }
 924     return success;
 925   }
 926
 927   /**
 928    * Checks which of the queries were successfully retrieved by searching the
 929    * DBRefs of the retrieved sequences for a match. Any not found are added to
 930    * the 'nextFetch' list.
 931    *
 932    * @param rslt
 933    * @param queries
 934    * @param nextFetch
 935    * @param proxy
 936    */
 937   void checkResultForQueries(AlignmentI rslt, List<String> queries,
 938           List<String> nextFetch, DbSourceProxy proxy)
 939   {
 940     SequenceI[] rs = rslt.getSequencesArray();
 941
 942     for (String q : queries)
 943     {
 944       DBRefEntry dbr = new DBRefEntry();
 945       dbr.setSource(proxy.getDbSource());
 946       dbr.setVersion(null);
 947       String accId = proxy.getAccessionIdFromQuery(q);
 948       dbr.setAccessionId(accId);
 949       boolean rfound = false;
 950       for (int r = 0; r < rs.length; r++)
 951       {
 952         if (rs[r] != null)
 953         {
 954           List<DBRefEntry> found = DBRefUtils.searchRefs(rs[r].getDBRefs(),
 955                   accId);
 956           if (!found.isEmpty())
 957           {
 958             rfound = true;
 959             break;
 960           }
 961         }
 962       }
 963       if (!rfound)
 964       {
 965         nextFetch.add(q);
 966       }
 967     }
 968   }
 969
 970   /**
 971    *
 972    * @return a standard title for any results retrieved using the currently
 973    *         selected source and settings
 974    */
 975   public String getDefaultRetrievalTitle()
 976   {
 977     return "Retrieved from " + database.getSelectedItem();
 978   }
 979
 980   AlignmentI parseResult(AlignmentI al, String title,
 981           String currentFileFormat,
 982           FeatureSettingsModelI preferredFeatureColours)
 983   {
 984
 985     if (al != null && al.getHeight() > 0)
 986     {
 987       if (title == null)
 988       {
 989         title = getDefaultRetrievalTitle();
 990       }
 991       if (alignFrame == null)
 992       {
 993         AlignFrame af = new AlignFrame(al, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 994                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 995         if (currentFileFormat != null)
 996         {
 997           af.currentFileFormat = currentFileFormat; // WHAT IS THE DEFAULT
 998           // FORMAT FOR
 999           // NON-FormatAdapter Sourced
1000           // Alignments?
1001         }
1002
1003         SequenceFeature[] sfs = null;
1004         List<SequenceI> alsqs;
1005         synchronized (alsqs = al.getSequences())
1006         {
1007           for (SequenceI sq : alsqs)
1008           {
1009             if ((sfs = sq.getSequenceFeatures()) != null)
1010             {
1011               if (sfs.length > 0)
1012               {
1013                 af.setShowSeqFeatures(true);
1014                 break;
1015               }
1016             }
1017
1018           }
1019         }
1020
1021         if (preferredFeatureColours != null)
1022         {
1023           af.getViewport().applyFeaturesStyle(preferredFeatureColours);
1024         }
1025         if (Cache.getDefault("HIDE_INTRONS", true))
1026         {
1027           af.hideFeatureColumns(SequenceOntologyI.EXON, false);
1028         }
1029         if (newAlframes != null)
1030         {
1031           newAlframes.add(af);
1032         }
1033         Desktop.addInternalFrame(af, title, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
1034                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
1035
1036         af.statusBar.setText(MessageManager
1037                 .getString("label.successfully_pasted_alignment_file"));
1038
1039         try
1040         {
1041           af.setMaximum(Cache.getDefault("SHOW_FULLSCREEN", false));
1042         } catch (Exception ex)
1043         {
1044         }
1045       }
1046       else
1047       {
1048         alignFrame.viewport.addAlignment(al, title);
1049       }
1050     }
1051     return al;
1052   }
1053
1054   void showErrorMessage(final String error)
1055   {
1056     resetDialog();
1057     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
1058     {
1059       @Override
1060       public void run()
1061       {
1062         JOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop, error,
1063                 MessageManager.getString("label.error_retrieving_data"),
1064                 JOptionPane.WARNING_MESSAGE);
1065       }
1066     });
1067   }
1068
1069   public IProgressIndicator getProgressIndicator()
1070   {
1071     return progressIndicator;
1072   }
1073
1074   public void setProgressIndicator(IProgressIndicator progressIndicator)
1075   {
1076     this.progressIndicator = progressIndicator;
1077   }
1078
1079   /**
1080    * Make this panel visible (after a selection has been made in the database
1081    * chooser)
1082    */
1083   void showPanel()
1084   {
1085     frame.setVisible(true);
1086   }
1087
1088   /**
1089    * Hide this panel (on clicking the database button to open the database
1090    * chooser)
1091    */
1092   void hidePanel()
1093   {
1094     frame.setVisible(false);
1095   }
1096 }