src/jalview/gui/SequenceFetcher.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import java.awt.BorderLayout;
  24 import java.awt.Font;
  25 import java.awt.event.ActionEvent;
  26 import java.awt.event.ActionListener;
  27 import java.awt.event.KeyAdapter;
  28 import java.awt.event.KeyEvent;
  29 import java.util.ArrayList;
  30 import java.util.Arrays;
  31 import java.util.HashSet;
  32 import java.util.Iterator;
  33 import java.util.List;
  34
  35 import javax.swing.JButton;
  36 import javax.swing.JCheckBox;
  37 import javax.swing.JComboBox;
  38 import javax.swing.JInternalFrame;
  39 import javax.swing.JLabel;
  40 import javax.swing.JPanel;
  41 import javax.swing.JScrollPane;
  42 import javax.swing.JTextArea;
  43 import javax.swing.SwingConstants;
  44
  45 import jalview.api.FeatureSettingsModelI;
  46 import jalview.bin.Cache;
  47 import jalview.bin.Console;
  48 import jalview.datamodel.AlignmentI;
  49 import jalview.datamodel.DBRefEntry;
  50 import jalview.datamodel.SequenceI;
  51 import jalview.fts.core.GFTSPanel;
  52 import jalview.fts.service.pdb.PDBFTSPanel;
  53 import jalview.fts.service.threedbeacons.TDBeaconsFTSPanel;
  54 import jalview.fts.service.uniprot.UniprotFTSPanel;
  55 import jalview.io.FileFormatI;
  56 import jalview.io.gff.SequenceOntologyI;
  57 import jalview.util.DBRefUtils;
  58 import jalview.util.MessageManager;
  59 import jalview.util.Platform;
  60 import jalview.ws.seqfetcher.DbSourceProxy;
  61
  62 /**
  63  * A panel where the use may choose a database source, and enter one or more
  64  * accessions, to retrieve entries from the database.
  65  * <p>
  66  * If the selected source is Uniprot or PDB, a free text search panel is opened
  67  * instead to perform the search and selection.
  68  */
  69 public class SequenceFetcher extends JPanel implements Runnable
  70 {
  71   private class StringPair
  72   {
  73     private String key;
  74
  75     private String display;
  76
  77     public StringPair(String s1, String s2)
  78     {
  79       key = s1;
  80       display = s2;
  81     }
  82
  83     public StringPair(String s)
  84     {
  85       this(s, s);
  86     }
  87
  88     public String getKey()
  89     {
  90       return key;
  91     }
  92
  93     public String getDisplay()
  94     {
  95       return display;
  96     }
  97
  98     @Override
  99     public String toString()
 100     {
 101       return display;
 102     }
 103
 104     public boolean equals(StringPair other)
 105     {
 106       return other.key == this.key;
 107     }
 108   }
 109
 110   private static jalview.ws.SequenceFetcher sfetch = null;
 111
 112   JLabel exampleAccession;
 113
 114   JComboBox<StringPair> database;
 115
 116   JCheckBox replacePunctuation;
 117
 118   JButton okBtn;
 119
 120   JButton exampleBtn;
 121
 122   JButton closeBtn;
 123
 124   JButton backBtn;
 125
 126   JTextArea textArea;
 127
 128   JInternalFrame frame;
 129
 130   IProgressIndicator guiWindow;
 131
 132   AlignFrame alignFrame;
 133
 134   GFTSPanel parentSearchPanel;
 135
 136   IProgressIndicator progressIndicator;
 137
 138   volatile boolean _isConstructing = false;
 139
 140   /**
 141    * Returns the shared instance of the SequenceFetcher client
 142    *
 143    * @return
 144    */
 145   public static jalview.ws.SequenceFetcher getSequenceFetcherSingleton()
 146   {
 147     if (sfetch == null)
 148     {
 149       sfetch = new jalview.ws.SequenceFetcher();
 150     }
 151     return sfetch;
 152   }
 153
 154   /**
 155    * Constructor given a client to receive any status or progress messages
 156    * (currently either the Desktop, or an AlignFrame panel)
 157    *
 158    * @param guiIndic
 159    */
 160   public SequenceFetcher(IProgressIndicator guiIndic)
 161   {
 162     this(guiIndic, null, null);
 163   }
 164
 165   /**
 166    * Constructor with specified database and accession(s) to retrieve
 167    *
 168    * @param guiIndic
 169    * @param selectedDb
 170    * @param queryString
 171    */
 172   public SequenceFetcher(IProgressIndicator guiIndic,
 173           final String selectedDb, final String queryString)
 174   {
 175     this.progressIndicator = guiIndic;
 176     getSequenceFetcherSingleton();
 177     this.guiWindow = progressIndicator;
 178
 179     if (progressIndicator instanceof AlignFrame)
 180     {
 181       alignFrame = (AlignFrame) progressIndicator;
 182     }
 183
 184     jbInit(selectedDb);
 185     textArea.setText(queryString);
 186
 187     frame = new JInternalFrame();
 188     frame.setContentPane(this);
 189     Desktop.addInternalFrame(frame, getFrameTitle(), true, 400,
 190             Platform.isAMacAndNotJS() ? 240 : 180);
 191   }
 192
 193   private String getFrameTitle()
 194   {
 195     return ((alignFrame == null)
 196             ? MessageManager.getString("label.new_sequence_fetcher")
 197             : MessageManager
 198                     .getString("label.additional_sequence_fetcher"));
 199   }
 200
 201   private void jbInit(String selectedDb)
 202   {
 203     this.setLayout(new BorderLayout());
 204
 205     database = new JComboBox<>();
 206     database.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
 207     StringPair instructionItem = new StringPair(
 208             MessageManager.getString("action.select_ddbb"));
 209     database.setPrototypeDisplayValue(instructionItem);
 210     String[] sources = new jalview.ws.SequenceFetcher().getSupportedDb();
 211     Arrays.sort(sources, String.CASE_INSENSITIVE_ORDER);
 212     database.addItem(instructionItem);
 213     for (String source : sources)
 214     {
 215       List<DbSourceProxy> slist = sfetch.getSourceProxy(source);
 216       if (slist.size() == 1 && slist.get(0) != null)
 217       {
 218         database.addItem(new StringPair(source, slist.get(0).getDbName()));
 219       }
 220       else
 221       {
 222         database.addItem(new StringPair(source));
 223       }
 224     }
 225     setDatabaseSelectedItem(selectedDb);
 226     if (database.getSelectedIndex() == -1)
 227     {
 228       database.setSelectedIndex(0);
 229     }
 230     database.setMaximumRowCount(database.getItemCount());
 231     database.addActionListener(new ActionListener()
 232     {
 233       @Override
 234       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 235       {
 236         String currentSelection = ((StringPair) database.getSelectedItem())
 237                 .getKey();
 238         updateExampleQuery(currentSelection);
 239
 240         if ("pdb".equalsIgnoreCase(currentSelection))
 241         {
 242           frame.dispose();
 243           new PDBFTSPanel(SequenceFetcher.this);
 244         }
 245         else if ("uniprot".equalsIgnoreCase(currentSelection))
 246         {
 247           frame.dispose();
 248           new UniprotFTSPanel(SequenceFetcher.this);
 249         }
 250         else if ("3d-beacons".equalsIgnoreCase(currentSelection))
 251         {
 252           frame.dispose();
 253           new TDBeaconsFTSPanel(SequenceFetcher.this);
 254         }
 255         else
 256         {
 257           otherSourceAction();
 258         }
 259       }
 260     });
 261
 262     exampleAccession = new JLabel("");
 263     exampleAccession.setFont(new Font("Verdana", Font.BOLD, 11));
 264     JLabel jLabel1 = new JLabel(MessageManager
 265             .getString("label.separate_multiple_accession_ids"));
 266     jLabel1.setFont(new Font("Verdana", Font.ITALIC, 11));
 267     jLabel1.setHorizontalAlignment(SwingConstants.LEFT);
 268
 269     replacePunctuation = new JCheckBox(
 270             MessageManager.getString("label.replace_commas_semicolons"));
 271     replacePunctuation.setHorizontalAlignment(SwingConstants.LEFT);
 272     replacePunctuation.setFont(new Font("Verdana", Font.ITALIC, 11));
 273     okBtn = new JButton(MessageManager.getString("action.ok"));
 274     okBtn.addActionListener(new ActionListener()
 275     {
 276       @Override
 277       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 278       {
 279         ok_actionPerformed();
 280       }
 281     });
 282     JButton clear = new JButton(MessageManager.getString("action.clear"));
 283     clear.addActionListener(new ActionListener()
 284     {
 285       @Override
 286       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 287       {
 288         clear_actionPerformed();
 289       }
 290     });
 291
 292     exampleBtn = new JButton(MessageManager.getString("label.example"));
 293     exampleBtn.addActionListener(new ActionListener()
 294     {
 295       @Override
 296       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 297       {
 298         example_actionPerformed();
 299       }
 300     });
 301     closeBtn = new JButton(MessageManager.getString("action.cancel"));
 302     closeBtn.addActionListener(new ActionListener()
 303     {
 304       @Override
 305       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 306       {
 307         close_actionPerformed(e);
 308       }
 309     });
 310     backBtn = new JButton(MessageManager.getString("action.back"));
 311     backBtn.addActionListener(new ActionListener()
 312     {
 313       @Override
 314       public void actionPerformed(ActionEvent e)
 315       {
 316         parentSearchPanel.btn_back_ActionPerformed();
 317       }
 318     });
 319     // back not visible unless embedded
 320     backBtn.setVisible(false);
 321
 322     textArea = new JTextArea();
 323     textArea.setFont(JvSwingUtils.getLabelFont());
 324     textArea.setLineWrap(true);
 325     textArea.addKeyListener(new KeyAdapter()
 326     {
 327       @Override
 328       public void keyPressed(KeyEvent e)
 329       {
 330         if (e.getKeyCode() == KeyEvent.VK_ENTER)
 331         {
 332           ok_actionPerformed();
 333         }
 334       }
 335     });
 336
 337     JPanel actionPanel = new JPanel();
 338     actionPanel.add(backBtn);
 339     actionPanel.add(exampleBtn);
 340     actionPanel.add(clear);
 341     actionPanel.add(okBtn);
 342     actionPanel.add(closeBtn);
 343
 344     JPanel databasePanel = new JPanel();
 345     databasePanel.setLayout(new BorderLayout());
 346     databasePanel.add(database, BorderLayout.NORTH);
 347     databasePanel.add(exampleAccession, BorderLayout.CENTER);
 348     JPanel jPanel2a = new JPanel(new BorderLayout());
 349     jPanel2a.add(jLabel1, BorderLayout.NORTH);
 350     jPanel2a.add(replacePunctuation, BorderLayout.SOUTH);
 351     databasePanel.add(jPanel2a, BorderLayout.SOUTH);
 352
 353     JPanel idsPanel = new JPanel();
 354     idsPanel.setLayout(new BorderLayout(0, 5));
 355     JScrollPane jScrollPane1 = new JScrollPane();
 356     jScrollPane1.getViewport().add(textArea);
 357     idsPanel.add(jScrollPane1, BorderLayout.CENTER);
 358
 359     this.add(actionPanel, BorderLayout.SOUTH);
 360     this.add(idsPanel, BorderLayout.CENTER);
 361     this.add(databasePanel, BorderLayout.NORTH);
 362   }
 363
 364   private void setDatabaseSelectedItem(String db)
 365   {
 366     for (int i = 0; i < database.getItemCount(); i++)
 367     {
 368       StringPair sp = database.getItemAt(i);
 369       if (sp != null && db != null && db.equals(sp.getKey()))
 370       {
 371         database.setSelectedIndex(i);
 372         return;
 373       }
 374     }
 375   }
 376
 377   /**
 378    * Answers a semi-colon-delimited string with the example query or queries for
 379    * the selected database
 380    *
 381    * @param db
 382    * @return
 383    */
 384   protected String getExampleQueries(String db)
 385   {
 386     StringBuilder sb = new StringBuilder();
 387     HashSet<String> hs = new HashSet<>();
 388     for (DbSourceProxy dbs : sfetch.getSourceProxy(db))
 389     {
 390       String tq = dbs.getTestQuery();
 391       if (hs.add(tq)) // not a duplicate source
 392       {
 393         if (sb.length() > 0)
 394         {
 395           sb.append(";");
 396         }
 397         sb.append(tq);
 398       }
 399     }
 400     return sb.toString();
 401   }
 402
 403   /**
 404    * Action on selecting a database other than Uniprot or PDB is to enable or
 405    * disable 'Replace commas', and await input in the query field
 406    */
 407   protected void otherSourceAction()
 408   {
 409     try
 410     {
 411       String eq = exampleAccession.getText();
 412       // TODO this should be a property of the SequenceFetcher whether commas
 413       // are allowed in the IDs...
 414
 415       boolean enablePunct = !(eq != null && eq.indexOf(",") > -1);
 416       replacePunctuation.setEnabled(enablePunct);
 417
 418     } catch (Exception ex)
 419     {
 420       exampleAccession.setText("");
 421       replacePunctuation.setEnabled(true);
 422     }
 423     repaint();
 424   }
 425
 426   /**
 427    * Sets the text of the example query to incorporate the example accession
 428    * provided by the selected database source
 429    *
 430    * @param selectedDatabase
 431    * @return
 432    */
 433   protected String updateExampleQuery(String selectedDatabase)
 434   {
 435     String eq = getExampleQueries(selectedDatabase);
 436     exampleAccession.setText(MessageManager
 437             .formatMessage("label.example_query_param", new String[]
 438             { eq }));
 439     return eq;
 440   }
 441
 442   /**
 443    * Action on clicking the 'Example' button is to write the example accession
 444    * as the query text field value
 445    */
 446   protected void example_actionPerformed()
 447   {
 448     String eq = getExampleQueries(
 449             ((StringPair) database.getSelectedItem()).getKey());
 450     textArea.setText(eq);
 451     repaint();
 452   }
 453
 454   /**
 455    * Clears the query input field
 456    */
 457   protected void clear_actionPerformed()
 458   {
 459     textArea.setText("");
 460     repaint();
 461   }
 462
 463   /**
 464    * Action on Close button is to close this frame, and also (if it is embedded
 465    * in a search panel) to close the search panel
 466    *
 467    * @param e
 468    */
 469   protected void close_actionPerformed(ActionEvent e)
 470   {
 471     try
 472     {
 473       frame.setClosed(true);
 474       if (parentSearchPanel != null)
 475       {
 476         parentSearchPanel.btn_cancel_ActionPerformed();
 477       }
 478     } catch (Exception ex)
 479     {
 480     }
 481   }
 482
 483   /**
 484    * Action on OK is to start the fetch for entered accession(s)
 485    */
 486   public void ok_actionPerformed()
 487   {
 488     /*
 489      * tidy inputs and check there is something to search for
 490      */
 491     String t0 = textArea.getText();
 492     String text = t0.trim();
 493     if (replacePunctuation.isEnabled() && replacePunctuation.isSelected())
 494     {
 495       text = text.replace(",", ";");
 496     }
 497     text = text.replaceAll("(\\s|[; ])+", ";");
 498     if (!t0.equals(text))
 499     {
 500       textArea.setText(text);
 501     }
 502     if (text.isEmpty())
 503     {
 504       // todo i18n
 505       showErrorMessage(
 506               "Please enter a (semi-colon separated list of) database id(s)");
 507       resetDialog();
 508       return;
 509     }
 510     if (database.getSelectedIndex() == 0)
 511     {
 512       // todo i18n
 513       showErrorMessage("Please choose a database");
 514       resetDialog();
 515       return;
 516     }
 517
 518     exampleBtn.setEnabled(false);
 519     textArea.setEnabled(false);
 520     okBtn.setEnabled(false);
 521     closeBtn.setEnabled(false);
 522     backBtn.setEnabled(false);
 523
 524     Thread worker = new Thread(this);
 525     worker.start();
 526   }
 527
 528   private void resetDialog()
 529   {
 530     exampleBtn.setEnabled(true);
 531     textArea.setEnabled(true);
 532     okBtn.setEnabled(true);
 533     closeBtn.setEnabled(true);
 534     backBtn.setEnabled(parentSearchPanel != null);
 535   }
 536
 537   @Override
 538   public void run()
 539   {
 540     boolean addToLast = false;
 541     List<String> aresultq = new ArrayList<>();
 542     List<String> presultTitle = new ArrayList<>();
 543     List<AlignmentI> presult = new ArrayList<>();
 544     List<AlignmentI> aresult = new ArrayList<>();
 545     List<DbSourceProxy> sources = sfetch.getSourceProxy(
 546             ((StringPair) database.getSelectedItem()).getKey());
 547     Iterator<DbSourceProxy> proxies = sources.iterator();
 548     String[] qries = textArea.getText().trim().split(";");
 549     List<String> nextFetch = Arrays.asList(qries);
 550     Iterator<String> en = Arrays.asList(new String[0]).iterator();
 551     int nqueries = qries.length;
 552
 553     FeatureSettingsModelI preferredFeatureColours = null;
 554     while (proxies.hasNext() && (en.hasNext() || nextFetch.size() > 0))
 555     {
 556       if (!en.hasNext() && nextFetch.size() > 0)
 557       {
 558         en = nextFetch.iterator();
 559         nqueries = nextFetch.size();
 560         // save the remaining queries in the original array
 561         qries = nextFetch.toArray(new String[nqueries]);
 562         nextFetch = new ArrayList<>();
 563       }
 564
 565       DbSourceProxy proxy = proxies.next();
 566       try
 567       {
 568         // update status
 569         guiWindow.setProgressBar(MessageManager.formatMessage(
 570                 "status.fetching_sequence_queries_from", new String[]
 571                 { Integer.valueOf(nqueries).toString(),
 572                     proxy.getDbName() }),
 573                 Thread.currentThread().hashCode());
 574         if (proxy.getMaximumQueryCount() == 1)
 575         {
 576           /*
 577            * proxy only handles one accession id at a time
 578            */
 579           while (en.hasNext())
 580           {
 581             String acc = en.next();
 582             if (!fetchSingleAccession(proxy, acc, aresultq, aresult))
 583             {
 584               nextFetch.add(acc);
 585             }
 586           }
 587         }
 588         else
 589         {
 590           /*
 591            * proxy can fetch multiple accessions at one time
 592            */
 593           fetchMultipleAccessions(proxy, en, aresultq, aresult, nextFetch);
 594         }
 595       } catch (Exception e)
 596       {
 597         showErrorMessage("Error retrieving " + textArea.getText() + " from "
 598                 + ((StringPair) database.getSelectedItem()).getDisplay());
 599         // error
 600         // +="Couldn't retrieve sequences from "+database.getSelectedItem();
 601         System.err.println("Retrieval failed for source ='"
 602                 + ((StringPair) database.getSelectedItem()).getDisplay()
 603                 + "' and query\n'" + textArea.getText() + "'\n");
 604         e.printStackTrace();
 605       } catch (OutOfMemoryError e)
 606       {
 607         showErrorMessage("Out of Memory when retrieving "
 608                 + textArea.getText() + " from "
 609                 + ((StringPair) database.getSelectedItem()).getDisplay()
 610                 + "\nPlease see the Jalview FAQ for instructions for increasing the memory available to Jalview.\n");
 611         e.printStackTrace();
 612       } catch (Error e)
 613       {
 614         showErrorMessage("Serious Error retrieving " + textArea.getText()
 615                 + " from "
 616                 + ((StringPair) database.getSelectedItem()).getDisplay());
 617         e.printStackTrace();
 618       }
 619
 620       // Stack results ready for opening in alignment windows
 621       if (aresult != null && aresult.size() > 0)
 622       {
 623         FeatureSettingsModelI proxyColourScheme = proxy
 624                 .getFeatureColourScheme();
 625         if (proxyColourScheme != null)
 626         {
 627           preferredFeatureColours = proxyColourScheme;
 628         }
 629
 630         AlignmentI ar = null;
 631         if (proxy.isAlignmentSource())
 632         {
 633           addToLast = false;
 634           // new window for each result
 635           while (aresult.size() > 0)
 636           {
 637             presult.add(aresult.remove(0));
 638             presultTitle.add(
 639                     aresultq.remove(0) + " " + getDefaultRetrievalTitle());
 640           }
 641         }
 642         else
 643         {
 644           String titl = null;
 645           if (addToLast && presult.size() > 0)
 646           {
 647             ar = presult.remove(presult.size() - 1);
 648             titl = presultTitle.remove(presultTitle.size() - 1);
 649           }
 650           // concatenate all results in one window
 651           while (aresult.size() > 0)
 652           {
 653             if (ar == null)
 654             {
 655               ar = aresult.remove(0);
 656             }
 657             else
 658             {
 659               ar.append(aresult.remove(0));
 660             }
 661           }
 662           addToLast = true;
 663           presult.add(ar);
 664           presultTitle.add(titl);
 665         }
 666       }
 667       guiWindow.setProgressBar(
 668               MessageManager.getString("status.finshed_querying"),
 669               Thread.currentThread().hashCode());
 670     }
 671     guiWindow
 672             .setProgressBar(
 673                     (presult.size() > 0)
 674                             ? MessageManager
 675                                     .getString("status.parsing_results")
 676                             : MessageManager.getString("status.processing"),
 677                     Thread.currentThread().hashCode());
 678     // process results
 679     while (presult.size() > 0)
 680     {
 681       parseResult(presult.remove(0), presultTitle.remove(0), null,
 682               preferredFeatureColours);
 683     }
 684     // only remove visual delay after we finished parsing.
 685     guiWindow.setProgressBar(null, Thread.currentThread().hashCode());
 686     if (nextFetch.size() > 0)
 687     {
 688       StringBuffer sb = new StringBuffer();
 689       sb.append("Didn't retrieve the following "
 690               + (nextFetch.size() == 1 ? "query"
 691                       : nextFetch.size() + " queries")
 692               + ": \n");
 693       int l = sb.length(), lr = 0;
 694       for (String s : nextFetch)
 695       {
 696         if (l != sb.length())
 697         {
 698           sb.append("; ");
 699         }
 700         if (lr - sb.length() > 40)
 701         {
 702           sb.append("\n");
 703         }
 704         sb.append(s);
 705       }
 706       showErrorMessage(sb.toString());
 707     }
 708     resetDialog();
 709   }
 710
 711   /**
 712    * Tries to fetch one or more accession ids from the database proxy
 713    *
 714    * @param proxy
 715    * @param accessions
 716    *          the queries to fetch
 717    * @param aresultq
 718    *          a successful queries list to add to
 719    * @param aresult
 720    *          a list of retrieved alignments to add to
 721    * @param nextFetch
 722    *          failed queries are added to this list
 723    * @throws Exception
 724    */
 725   void fetchMultipleAccessions(DbSourceProxy proxy,
 726           Iterator<String> accessions, List<String> aresultq,
 727           List<AlignmentI> aresult, List<String> nextFetch) throws Exception
 728   {
 729     StringBuilder multiacc = new StringBuilder();
 730     List<String> tosend = new ArrayList<>();
 731     while (accessions.hasNext())
 732     {
 733       String nel = accessions.next();
 734       tosend.add(nel);
 735       multiacc.append(nel);
 736       if (accessions.hasNext())
 737       {
 738         multiacc.append(proxy.getAccessionSeparator());
 739       }
 740     }
 741
 742     try
 743     {
 744       String query = multiacc.toString();
 745       AlignmentI rslt = proxy.getSequenceRecords(query);
 746       if (rslt == null || rslt.getHeight() == 0)
 747       {
 748         // no results - pass on all queries to next source
 749         nextFetch.addAll(tosend);
 750       }
 751       else
 752       {
 753         aresultq.add(query);
 754         aresult.add(rslt);
 755         if (tosend.size() > 1)
 756         {
 757           checkResultForQueries(rslt, tosend, nextFetch, proxy);
 758         }
 759       }
 760     } catch (OutOfMemoryError oome)
 761     {
 762       new OOMWarning("fetching " + multiacc + " from "
 763               + ((StringPair) database.getSelectedItem()).getDisplay(),
 764               oome, this);
 765     }
 766   }
 767
 768   /**
 769    * Query for a single accession id via the database proxy
 770    *
 771    * @param proxy
 772    * @param accession
 773    * @param aresultq
 774    *          a list of successful queries to add to
 775    * @param aresult
 776    *          a list of retrieved alignments to add to
 777    * @return true if the fetch was successful, else false
 778    */
 779   boolean fetchSingleAccession(DbSourceProxy proxy, String accession,
 780           List<String> aresultq, List<AlignmentI> aresult)
 781   {
 782     boolean success = false;
 783     try
 784     {
 785       if (aresult != null)
 786       {
 787         try
 788         {
 789           // give the server a chance to breathe
 790           Thread.sleep(5);
 791         } catch (Exception e)
 792         {
 793           //
 794         }
 795       }
 796
 797       AlignmentI indres = null;
 798       try
 799       {
 800         indres = proxy.getSequenceRecords(accession);
 801       } catch (OutOfMemoryError oome)
 802       {
 803         new OOMWarning(
 804                 "fetching " + accession + " from " + proxy.getDbName(),
 805                 oome, this);
 806       }
 807       if (indres != null)
 808       {
 809         aresultq.add(accession);
 810         aresult.add(indres);
 811         success = true;
 812       }
 813     } catch (Exception e)
 814     {
 815       Console.info("Error retrieving " + accession + " from "
 816               + proxy.getDbName(), e);
 817     }
 818     return success;
 819   }
 820
 821   /**
 822    * Checks which of the queries were successfully retrieved by searching the
 823    * DBRefs of the retrieved sequences for a match. Any not found are added to
 824    * the 'nextFetch' list.
 825    *
 826    * @param rslt
 827    * @param queries
 828    * @param nextFetch
 829    * @param proxy
 830    */
 831   void checkResultForQueries(AlignmentI rslt, List<String> queries,
 832           List<String> nextFetch, DbSourceProxy proxy)
 833   {
 834     SequenceI[] rs = rslt.getSequencesArray();
 835
 836     for (String q : queries)
 837     {
 838       // BH 2019.01.25 dbr is never used.
 839       // DBRefEntry dbr = new DBRefEntry();
 840       // dbr.setSource(proxy.getDbSource());
 841       // dbr.setVersion(null);
 842       String accId = proxy.getAccessionIdFromQuery(q);
 843       // dbr.setAccessionId(accId);
 844       boolean rfound = false;
 845       for (int r = 0, nr = rs.length; r < nr; r++)
 846       {
 847         if (rs[r] != null)
 848         {
 849           List<DBRefEntry> found = DBRefUtils.searchRefs(rs[r].getDBRefs(),
 850                   accId);
 851           if (!found.isEmpty())
 852           {
 853             rfound = true;
 854             break;
 855           }
 856         }
 857       }
 858       if (!rfound)
 859       {
 860         nextFetch.add(q);
 861       }
 862     }
 863   }
 864
 865   /**
 866    *
 867    * @return a standard title for any results retrieved using the currently
 868    *         selected source and settings
 869    */
 870   public String getDefaultRetrievalTitle()
 871   {
 872     return "Retrieved from "
 873             + ((StringPair) database.getSelectedItem()).getDisplay();
 874   }
 875
 876   /**
 877    * constructs an alignment frame given the data and metadata
 878    *
 879    * @param al
 880    * @param title
 881    * @param currentFileFormat
 882    * @param preferredFeatureColours
 883    * @return the alignment
 884    */
 885   public AlignmentI parseResult(AlignmentI al, String title,
 886           FileFormatI currentFileFormat,
 887           FeatureSettingsModelI preferredFeatureColours)
 888   {
 889
 890     if (al != null && al.getHeight() > 0)
 891     {
 892       if (title == null)
 893       {
 894         title = getDefaultRetrievalTitle();
 895       }
 896       if (alignFrame == null)
 897       {
 898         AlignFrame af = new AlignFrame(al, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 899                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 900         if (currentFileFormat != null)
 901         {
 902           af.currentFileFormat = currentFileFormat;
 903         }
 904
 905         List<SequenceI> alsqs = al.getSequences();
 906         synchronized (alsqs)
 907         {
 908           for (SequenceI sq : alsqs)
 909           {
 910             if (sq.getFeatures().hasFeatures())
 911             {
 912               af.setShowSeqFeatures(true);
 913               break;
 914             }
 915           }
 916         }
 917
 918         af.getViewport().applyFeaturesStyle(preferredFeatureColours);
 919         if (Cache.getDefault("HIDE_INTRONS", true))
 920         {
 921           af.hideFeatureColumns(SequenceOntologyI.EXON, false);
 922         }
 923         Desktop.addInternalFrame(af, title, AlignFrame.DEFAULT_WIDTH,
 924                 AlignFrame.DEFAULT_HEIGHT);
 925
 926         af.setStatus(MessageManager
 927                 .getString("label.successfully_pasted_alignment_file"));
 928
 929         try
 930         {
 931           af.setMaximum(Cache.getDefault("SHOW_FULLSCREEN", false));
 932         } catch (Exception ex)
 933         {
 934         }
 935       }
 936       else
 937       {
 938         alignFrame.viewport.addAlignment(al, title);
 939       }
 940     }
 941     return al;
 942   }
 943
 944   void showErrorMessage(final String error)
 945   {
 946     resetDialog();
 947     javax.swing.SwingUtilities.invokeLater(new Runnable()
 948     {
 949       @Override
 950       public void run()
 951       {
 952         JvOptionPane.showInternalMessageDialog(Desktop.desktop, error,
 953                 MessageManager.getString("label.error_retrieving_data"),
 954                 JvOptionPane.WARNING_MESSAGE);
 955       }
 956     });
 957   }
 958
 959   public IProgressIndicator getProgressIndicator()
 960   {
 961     return progressIndicator;
 962   }
 963
 964   public void setProgressIndicator(IProgressIndicator progressIndicator)
 965   {
 966     this.progressIndicator = progressIndicator;
 967   }
 968
 969   /**
 970    * Hide this panel (on clicking the database button to open the database
 971    * chooser)
 972    */
 973   void hidePanel()
 974   {
 975     frame.setVisible(false);
 976   }
 977
 978   public void setQuery(String ids)
 979   {
 980     textArea.setText(ids);
 981   }
 982
 983   /**
 984    * Called to modify the search panel for embedding as an alternative tab of a
 985    * free text search panel. The database choice list is hidden (since the
 986    * choice has been made), and a Back button is made visible (which reopens the
 987    * Sequence Fetcher panel).
 988    *
 989    * @param parentPanel
 990    */
 991   public void embedIn(GFTSPanel parentPanel)
 992   {
 993     database.setVisible(false);
 994     backBtn.setVisible(true);
 995     parentSearchPanel = parentPanel;
 996   }
 997 }