src/jalview/gui/SequenceRenderer.java

   1 /*
   2  * Jalview - A Sequence Alignment Editor and Viewer ($$Version-Rel$$)
   3  * Copyright (C) $$Year-Rel$$ The Jalview Authors
   4  *
   5  * This file is part of Jalview.
   6  *
   7  * Jalview is free software: you can redistribute it and/or
   8  * modify it under the terms of the GNU General Public License
   9  * as published by the Free Software Foundation, either version 3
  10  * of the License, or (at your option) any later version.
  11  *
  12  * Jalview is distributed in the hope that it will be useful, but
  13  * WITHOUT ANY WARRANTY; without even the implied warranty
  14  * of MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR
  15  * PURPOSE.  See the GNU General Public License for more details.
  16  *
  17  * You should have received a copy of the GNU General Public License
  18  * along with Jalview.  If not, see <http://www.gnu.org/licenses/>.
  19  * The Jalview Authors are detailed in the 'AUTHORS' file.
  20  */
  21 package jalview.gui;
  22
  23 import jalview.datamodel.SequenceGroup;
  24 import jalview.datamodel.SequenceI;
  25 import jalview.renderer.ResidueShaderI;
  26 import jalview.renderer.seqfeatures.FeatureColourFinder;
  27 import jalview.util.Comparison;
  28
  29 import java.awt.Color;
  30 import java.awt.FontMetrics;
  31 import java.awt.Graphics;
  32
  33 public class SequenceRenderer implements jalview.api.SequenceRenderer
  34 {
  35   final static int CHAR_TO_UPPER = 'A' - 'a';
  36
  37   AlignViewport av;
  38
  39   FontMetrics fm;
  40
  41   boolean renderGaps = true;
  42
  43   SequenceGroup currentSequenceGroup = null;
  44
  45   SequenceGroup[] allGroups = null;
  46
  47   Color resBoxColour;
  48
  49   Graphics graphics;
  50
  51   boolean monospacedFont;
  52
  53   boolean forOverview = false;
  54
  55   /**
  56    * Creates a new SequenceRenderer object.
  57    *
  58    * @param av
  59    *          DOCUMENT ME!
  60    */
  61   public SequenceRenderer(AlignViewport av)
  62   {
  63     this.av = av;
  64   }
  65
  66   /**
  67    * DOCUMENT ME!
  68    *
  69    * @param b
  70    *          DOCUMENT ME!
  71    */
  72   public void prepare(Graphics g, boolean renderGaps)
  73   {
  74     graphics = g;
  75     fm = g.getFontMetrics();
  76
  77     // If EPS graphics, stringWidth will be a double, not an int
  78     double dwidth = fm.getStringBounds("M", g).getWidth();
  79
  80     monospacedFont = (dwidth == fm.getStringBounds("|", g).getWidth() && av
  81             .getCharWidth() == dwidth);
  82
  83     this.renderGaps = renderGaps;
  84   }
  85
  86   @Override
  87   public Color getResidueBoxColour(SequenceI seq, int i)
  88   {
  89     // rate limiting step when rendering overview for lots of groups
  90     allGroups = av.getAlignment().findAllGroups(seq);
  91
  92     if (inCurrentSequenceGroup(i))
  93     {
  94       if (currentSequenceGroup.getDisplayBoxes())
  95       {
  96         getBoxColour(currentSequenceGroup.getGroupColourScheme(), seq, i);
  97       }
  98     }
  99     else if (av.getShowBoxes())
 100     {
 101       getBoxColour(av.getResidueShading(), seq, i);
 102     }
 103
 104     return resBoxColour;
 105   }
 106
 107   /**
 108    * Get the residue colour at the given sequence position - as determined by
 109    * the sequence group colour (if any), else the colour scheme, possibly
 110    * overridden by a feature colour.
 111    *
 112    * @param seq
 113    * @param position
 114    * @param finder
 115    * @return
 116    */
 117   @Override
 118   public Color getResidueColour(final SequenceI seq, int position,
 119           FeatureColourFinder finder)
 120   {
 121     // TODO replace 8 or so code duplications with calls to this method
 122     // (refactored as needed)
 123     Color col = getResidueBoxColour(seq, position);
 124
 125     if (finder != null)
 126     {
 127       col = finder.findFeatureColour(col, seq, position);
 128     }
 129     return col;
 130   }
 131
 132   /**
 133    * DOCUMENT ME!
 134    *
 135    * @param shader
 136    *          DOCUMENT ME!
 137    * @param seq
 138    *          DOCUMENT ME!
 139    * @param i
 140    *          DOCUMENT ME!
 141    */
 142   void getBoxColour(ResidueShaderI shader, SequenceI seq, int i)
 143   {
 144     if (shader != null)
 145     {
 146       resBoxColour = shader.findColour(seq.getCharAt(i),
 147               i, seq);
 148     }
 149     else if (forOverview && !Comparison.isGap(seq.getCharAt(i)))
 150     {
 151       resBoxColour = Color.lightGray;
 152     }
 153     else
 154     {
 155       resBoxColour = Color.white;
 156     }
 157   }
 158
 159   /**
 160    * DOCUMENT ME!
 161    *
 162    * @param g
 163    *          DOCUMENT ME!
 164    * @param seq
 165    *          DOCUMENT ME!
 166    * @param sg
 167    *          DOCUMENT ME!
 168    * @param start
 169    *          DOCUMENT ME!
 170    * @param end
 171    *          DOCUMENT ME!
 172    * @param x1
 173    *          DOCUMENT ME!
 174    * @param y1
 175    *          DOCUMENT ME!
 176    * @param width
 177    *          DOCUMENT ME!
 178    * @param height
 179    *          DOCUMENT ME!
 180    */
 181   public void drawSequence(SequenceI seq, SequenceGroup[] sg, int start,
 182           int end, int y1)
 183   {
 184     allGroups = sg;
 185
 186     drawBoxes(seq, start, end, y1);
 187
 188     if (av.validCharWidth)
 189     {
 190       drawText(seq, start, end, y1);
 191     }
 192   }
 193
 194   /**
 195    * DOCUMENT ME!
 196    *
 197    * @param seq
 198    *          DOCUMENT ME!
 199    * @param start
 200    *          DOCUMENT ME!
 201    * @param end
 202    *          DOCUMENT ME!
 203    * @param x1
 204    *          DOCUMENT ME!
 205    * @param y1
 206    *          DOCUMENT ME!
 207    * @param width
 208    *          DOCUMENT ME!
 209    * @param height
 210    *          DOCUMENT ME!
 211    */
 212   public synchronized void drawBoxes(SequenceI seq, int start, int end,
 213           int y1)
 214   {
 215     if (seq == null)
 216     {
 217       return; // fix for racecondition
 218     }
 219     int i = start;
 220     int length = seq.getLength();
 221
 222     int curStart = -1;
 223     int curWidth = av.getCharWidth(), avWidth = av.getCharWidth(), avHeight = av
 224             .getCharHeight();
 225
 226     Color tempColour = null;
 227
 228     while (i <= end)
 229     {
 230       resBoxColour = Color.white;
 231
 232       if (i < length)
 233       {
 234         if (inCurrentSequenceGroup(i))
 235         {
 236           if (currentSequenceGroup.getDisplayBoxes())
 237           {
 238             getBoxColour(currentSequenceGroup.getGroupColourScheme(), seq,
 239                     i);
 240           }
 241         }
 242         else if (av.getShowBoxes())
 243         {
 244           getBoxColour(av.getResidueShading(), seq, i);
 245         }
 246       }
 247
 248       if (resBoxColour != tempColour)
 249       {
 250         if (tempColour != null)
 251         {
 252           graphics.fillRect(avWidth * (curStart - start), y1, curWidth,
 253                   avHeight);
 254         }
 255
 256         graphics.setColor(resBoxColour);
 257
 258         curStart = i;
 259         curWidth = avWidth;
 260         tempColour = resBoxColour;
 261       }
 262       else
 263       {
 264         curWidth += avWidth;
 265       }
 266
 267       i++;
 268     }
 269
 270     graphics.fillRect(avWidth * (curStart - start), y1, curWidth, avHeight);
 271
 272   }
 273
 274   /**
 275    * DOCUMENT ME!
 276    *
 277    * @param seq
 278    *          DOCUMENT ME!
 279    * @param start
 280    *          DOCUMENT ME!
 281    * @param end
 282    *          DOCUMENT ME!
 283    * @param x1
 284    *          DOCUMENT ME!
 285    * @param y1
 286    *          DOCUMENT ME!
 287    * @param width
 288    *          DOCUMENT ME!
 289    * @param height
 290    *          DOCUMENT ME!
 291    */
 292   public void drawText(SequenceI seq, int start, int end, int y1)
 293   {
 294     y1 += av.getCharHeight() - av.getCharHeight() / 5; // height/5 replaces pady
 295     int charOffset = 0;
 296     char s;
 297
 298     if (end + 1 >= seq.getLength())
 299     {
 300       end = seq.getLength() - 1;
 301     }
 302     graphics.setColor(av.getTextColour());
 303
 304     if (monospacedFont && av.getShowText() && allGroups.length == 0
 305             && !av.getColourText() && av.getThresholdTextColour() == 0)
 306     {
 307       if (av.isRenderGaps())
 308       {
 309         graphics.drawString(seq.getSequenceAsString(start, end + 1), 0, y1);
 310       }
 311       else
 312       {
 313         char gap = av.getGapCharacter();
 314         graphics.drawString(seq.getSequenceAsString(start, end + 1)
 315                 .replace(gap, ' '), 0, y1);
 316       }
 317     }
 318     else
 319     {
 320       boolean srep = av.isDisplayReferenceSeq();
 321       boolean getboxColour = false;
 322       boolean isarep = av.getAlignment().getSeqrep() == seq;
 323       boolean isgrep = currentSequenceGroup != null ? currentSequenceGroup
 324               .getSeqrep() == seq : false;
 325       char sr_c;
 326       for (int i = start; i <= end; i++)
 327       {
 328
 329         graphics.setColor(av.getTextColour());
 330         getboxColour = false;
 331         s = seq.getCharAt(i);
 332
 333         if (!renderGaps && jalview.util.Comparison.isGap(s))
 334         {
 335           continue;
 336         }
 337
 338         if (inCurrentSequenceGroup(i))
 339         {
 340           if (!currentSequenceGroup.getDisplayText())
 341           {
 342             continue;
 343           }
 344
 345           if (currentSequenceGroup.thresholdTextColour > 0
 346                   || currentSequenceGroup.getColourText())
 347           {
 348             getboxColour = true;
 349             getBoxColour(currentSequenceGroup.getGroupColourScheme(), seq,
 350                     i);
 351
 352             if (currentSequenceGroup.getColourText())
 353             {
 354               graphics.setColor(resBoxColour.darker());
 355             }
 356
 357             if (currentSequenceGroup.thresholdTextColour > 0)
 358             {
 359               if (resBoxColour.getRed() + resBoxColour.getBlue()
 360                       + resBoxColour.getGreen() < currentSequenceGroup.thresholdTextColour)
 361               {
 362                 graphics.setColor(currentSequenceGroup.textColour2);
 363               }
 364             }
 365           }
 366           else
 367           {
 368             graphics.setColor(currentSequenceGroup.textColour);
 369           }
 370           if (!isarep && !isgrep
 371                   && currentSequenceGroup.getShowNonconserved()) // todo
 372                                                                  // optimize
 373           {
 374             // todo - use sequence group consensus
 375             s = getDisplayChar(srep, i, s, '.', currentSequenceGroup);
 376
 377           }
 378
 379         }
 380         else
 381         {
 382           if (!av.getShowText())
 383           {
 384             continue;
 385           }
 386
 387           if (av.getColourText())
 388           {
 389             getboxColour = true;
 390             getBoxColour(av.getResidueShading(), seq, i);
 391
 392             if (av.getShowBoxes())
 393             {
 394               graphics.setColor(resBoxColour.darker());
 395             }
 396             else
 397             {
 398               graphics.setColor(resBoxColour);
 399             }
 400           }
 401
 402           if (av.getThresholdTextColour() > 0)
 403           {
 404             if (!getboxColour)
 405             {
 406               getBoxColour(av.getResidueShading(), seq, i);
 407             }
 408
 409             if (resBoxColour.getRed() + resBoxColour.getBlue()
 410                     + resBoxColour.getGreen() < av.getThresholdTextColour())
 411             {
 412               graphics.setColor(av.getTextColour2());
 413             }
 414           }
 415           if (!isarep && av.getShowUnconserved())
 416           {
 417             s = getDisplayChar(srep, i, s, '.', null);
 418
 419           }
 420
 421         }
 422
 423         charOffset = (av.getCharWidth() - fm.charWidth(s)) / 2;
 424         graphics.drawString(String.valueOf(s),
 425                 charOffset + av.getCharWidth() * (i - start), y1);
 426
 427       }
 428     }
 429   }
 430
 431   /**
 432    * Returns 'conservedChar' to represent the given position if the sequence
 433    * character at that position is equal to the consensus (ignoring case), else
 434    * returns the sequence character
 435    *
 436    * @param usesrep
 437    * @param position
 438    * @param sequenceChar
 439    * @param conservedChar
 440    * @return
 441    */
 442   private char getDisplayChar(final boolean usesrep, int position,
 443           char sequenceChar, char conservedChar, SequenceGroup currentGroup)
 444   {
 445     // TODO - use currentSequenceGroup rather than alignment
 446     // currentSequenceGroup.getConsensus()
 447     char conschar = (usesrep) ? (currentGroup == null
 448             || position < currentGroup.getStartRes()
 449             || position > currentGroup.getEndRes() ? av.getAlignment()
 450             .getSeqrep().getCharAt(position)
 451             : (currentGroup.getSeqrep() != null ? currentGroup.getSeqrep()
 452                     .getCharAt(position) : av.getAlignment().getSeqrep()
 453                     .getCharAt(position)))
 454             : (currentGroup != null && currentGroup.getConsensus() != null
 455                     && position >= currentGroup.getStartRes()
 456                     && position <= currentGroup.getEndRes() && currentGroup
 457                     .getConsensus().annotations.length > position) ? currentGroup
 458                     .getConsensus().annotations[position].displayCharacter
 459                     .charAt(0)
 460                     : av.getAlignmentConsensusAnnotation().annotations[position].displayCharacter
 461                             .charAt(0);
 462     if (!jalview.util.Comparison.isGap(conschar)
 463             && (sequenceChar == conschar || sequenceChar + CHAR_TO_UPPER == conschar))
 464     {
 465       sequenceChar = conservedChar;
 466     }
 467     return sequenceChar;
 468   }
 469
 470   /**
 471    * DOCUMENT ME!
 472    *
 473    * @param res
 474    *          DOCUMENT ME!
 475    *
 476    * @return DOCUMENT ME!
 477    */
 478   boolean inCurrentSequenceGroup(int res)
 479   {
 480     if (allGroups == null)
 481     {
 482       return false;
 483     }
 484
 485     for (int i = 0; i < allGroups.length; i++)
 486     {
 487       if ((allGroups[i].getStartRes() <= res)
 488               && (allGroups[i].getEndRes() >= res))
 489       {
 490         currentSequenceGroup = allGroups[i];
 491
 492         return true;
 493       }
 494     }
 495
 496     return false;
 497   }
 498
 499   /**
 500    * DOCUMENT ME!
 501    *
 502    * @param seq
 503    *          DOCUMENT ME!
 504    * @param start
 505    *          DOCUMENT ME!
 506    * @param end
 507    *          DOCUMENT ME!
 508    * @param x1
 509    *          DOCUMENT ME!
 510    * @param y1
 511    *          DOCUMENT ME!
 512    * @param width
 513    *          DOCUMENT ME!
 514    * @param height
 515    *          DOCUMENT ME!
 516    */
 517   public void drawHighlightedText(SequenceI seq, int start, int end,
 518           int x1, int y1)
 519   {
 520     int pady = av.getCharHeight() / 5;
 521     int charOffset = 0;
 522     graphics.setColor(Color.BLACK);
 523     graphics.fillRect(x1, y1, av.getCharWidth() * (end - start + 1),
 524             av.getCharHeight());
 525     graphics.setColor(Color.white);
 526
 527     char s = '~';
 528
 529     // Need to find the sequence position here.
 530     if (av.isValidCharWidth())
 531     {
 532       for (int i = start; i <= end; i++)
 533       {
 534         if (i < seq.getLength())
 535         {
 536           s = seq.getCharAt(i);
 537         }
 538
 539         charOffset = (av.getCharWidth() - fm.charWidth(s)) / 2;
 540         graphics.drawString(String.valueOf(s),
 541                 charOffset + x1 + (av.getCharWidth() * (i - start)),
 542                 (y1 + av.getCharHeight()) - pady);
 543       }
 544     }
 545   }
 546
 547   public void drawCursor(SequenceI seq, int res, int x1, int y1)
 548   {
 549     int pady = av.getCharHeight() / 5;
 550     int charOffset = 0;
 551     graphics.setColor(Color.black);
 552     graphics.fillRect(x1, y1, av.getCharWidth(), av.getCharHeight());
 553
 554     if (av.isValidCharWidth())
 555     {
 556       graphics.setColor(Color.white);
 557
 558       char s = seq.getCharAt(res);
 559
 560       charOffset = (av.getCharWidth() - fm.charWidth(s)) / 2;
 561       graphics.drawString(String.valueOf(s), charOffset + x1,
 562               (y1 + av.getCharHeight()) - pady);
 563     }
 564
 565   }
 566 }