src/jalview/gui/SequenceRenderer.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import jalview.datamodel.*;\r
   4 import jalview.schemes.*;\r
   5 \r
   6 import java.awt.*;\r
   7 import java.util.*;\r
   8 \r
   9 public class SequenceRenderer implements RendererI\r
  10 {\r
  11   FontMetrics fm;\r
  12 \r
  13   public Color getResidueBoxColour(ColourSchemeI cs, SequenceI seq, int i) {\r
  14 \r
  15     Color c  = cs.findColour(seq, seq.getSequence(i, i + 1), i, null);\r
  16     return c;\r
  17 \r
  18   }\r
  19 \r
  20 \r
  21   public void drawSequence(Graphics g,ColourSchemeI cs,SequenceI seq,int start, int end, int x1, int y1, double width, int height,boolean showScores, boolean displayBoxes, boolean displayText, boolean colourText,Vector freq, int seqnum) {\r
  22 \r
  23 \r
  24     if (displayBoxes)\r
  25         drawBoxes(g,cs,seq,start,end,x1,y1,(int)width, height,freq);\r
  26 \r
  27     if (displayText)\r
  28     {\r
  29         fm = g.getFontMetrics();\r
  30         drawText(g,cs,colourText,seq,start,end,x1,y1,(int)width,height);\r
  31     }\r
  32   }\r
  33 \r
  34   public void drawBoxes(Graphics g,ColourSchemeI cs, SequenceI seq,int start, int end, int x1, int y1, int width, int height,Vector freq) {\r
  35     int i      = start;\r
  36     int length = seq.getLength();\r
  37 \r
  38     Color currentColor = Color.WHITE;\r
  39 \r
  40     int curStart = x1;\r
  41     int curWidth = width;\r
  42 \r
  43   //  int threshold = 80;\r
  44 \r
  45     while (i <= end && i < length) {\r
  46       Color c = getResidueBoxColour(cs,seq,i);\r
  47 \r
  48     //  Hashtable hash  = (Hashtable)freq.elementAt(i-start);\r
  49     //  String    s     = (String)hash.get("maxResidue");\r
  50     //  int       count = ((Integer)hash.get("maxCount")).intValue();\r
  51   //    int       max   = ((Integer)hash.get("size")).intValue();\r
  52    //   int       nongap = ((Integer)hash.get("nongap")).intValue();\r
  53    //   float     frac  = (float)(count*1.0/(1.0*nongap));\r
  54 \r
  55       //System.out.println("Frac/count/nongap " + frac + " " + count + " " + nongap);\r
  56     /*  if (!seq.getSequence().substring(i,i+1).equals(s) ||\r
  57           s.equals("-") ||\r
  58           s.equals(".") ||\r
  59           s.equals(" "))\r
  60       {\r
  61         c = Color.white;\r
  62       } else {\r
  63         if (frac > 0.9) {\r
  64           c = Color.red;\r
  65         } else if (frac > 0.8) {\r
  66           c = Color.orange;\r
  67         } else if (frac > 0.7) {\r
  68           c = Color.pink;\r
  69         } else if (frac > 0.5) {\r
  70           c = Color.yellow;\r
  71         } else if (frac> 0.3) {\r
  72             c = Color.lightGray;\r
  73         }\r
  74       }*/\r
  75 \r
  76       if (c != currentColor || c != null)\r
  77       {\r
  78         g.fillRect(x1+width*(curStart-start),y1,curWidth,height);\r
  79 \r
  80         currentColor = c;\r
  81         g.setColor(c);\r
  82 \r
  83         curStart = i;\r
  84         curWidth = width;\r
  85       }\r
  86       else\r
  87         curWidth += width;\r
  88 \r
  89       i++;\r
  90     }\r
  91     g.fillRect(x1+width*(curStart-start),y1,curWidth,height);\r
  92   }\r
  93 \r
  94   public void drawText(Graphics g, ColourSchemeI cs, boolean colText, SequenceI seq,int start, int end, int x1, int y1, int width, int height)\r
  95   {\r
  96     int pady = height/5;\r
  97     int charOffset=0;\r
  98     g.setColor(Color.black);\r
  99 \r
 100     char s;\r
 101     // Need to find the sequence position here.\r
 102     for (int i = start; i <= end; i++)\r
 103     {\r
 104         if (i < end && i < seq.getLength())\r
 105           s = seq.getSequence().charAt(i);\r
 106         else if(i<seq.getLength())\r
 107           s = seq.getSequence().charAt(i);\r
 108         else\r
 109           s = ' ';\r
 110 \r
 111         if (colText)\r
 112         {\r
 113             Color c = getResidueBoxColour(cs, seq, i);\r
 114             g.setColor(c.darker());\r
 115         }\r
 116 \r
 117       charOffset =  (width - fm.charWidth(s))/2;\r
 118 \r
 119 \r
 120       g.drawString(String.valueOf(s), charOffset + x1 + width * (i - start), y1 + height - pady);\r
 121     }\r
 122   }\r
 123 \r
 124 }\r