src/jalview/gui/SequenceRenderer.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import jalview.datamodel.*;\r
   4 import jalview.schemes.*;\r
   5 import java.awt.*;\r
   6 import java.util.*;\r
   7 \r
   8 public class SequenceRenderer implements RendererI\r
   9 {\r
  10   AlignViewport av;\r
  11   FontMetrics fm;\r
  12   boolean renderGaps = true;\r
  13   SequenceGroup currentSequenceGroup = null;\r
  14   Color color;\r
  15 \r
  16   public SequenceRenderer(AlignViewport av)\r
  17   {\r
  18     this.av = av;\r
  19   }\r
  20 \r
  21 \r
  22   public void renderGaps(boolean b)\r
  23   {\r
  24     renderGaps = b;\r
  25   }\r
  26 \r
  27   public Color getResidueBoxColour(ColourSchemeI cs, SequenceI seq, int i)\r
  28   {\r
  29    Color c = Color.white;\r
  30 try{\r
  31      if (cs != null)\r
  32        c = cs.findColour(seq.getSequence(i, i + 1), i, av.getConsensus(false));\r
  33    }catch(Exception ex){}\r
  34 \r
  35     return c;\r
  36   }\r
  37 \r
  38   public void drawSequence(Graphics g,SequenceI seq,SequenceGroup sg, int start, int end, int x1, int y1, int width, int height, Vector pid, int seqnum)\r
  39   {\r
  40     currentSequenceGroup = sg;\r
  41 \r
  42     drawBoxes(g, seq, start, end, x1, y1, (int) width, height, pid);\r
  43 \r
  44     fm = g.getFontMetrics();\r
  45     drawText(g,seq,start,end,x1,y1,(int)width,height);\r
  46 \r
  47   }\r
  48 \r
  49   public void drawBoxes(Graphics g, SequenceI seq,int start, int end, int x1, int y1, int width, int height,Vector freq) {\r
  50     int i      = start;\r
  51     int length = seq.getLength();\r
  52 \r
  53     Color currentColor = Color.WHITE;\r
  54 \r
  55     int curStart = x1;\r
  56     int curWidth = width;\r
  57 \r
  58     while (i <= end && i < length)\r
  59     {\r
  60       color = color.white;\r
  61 \r
  62       if(inCurrentSequenceGroup(i))\r
  63       {\r
  64         if( currentSequenceGroup.getDisplayBoxes())\r
  65              color = getResidueBoxColour(currentSequenceGroup.cs, seq, i);\r
  66       }\r
  67       else if(av.getShowBoxes())\r
  68            color = getResidueBoxColour(av.getGlobalColourScheme(), seq, i);\r
  69 \r
  70 \r
  71       if (color != currentColor || color != null)\r
  72       {\r
  73         g.fillRect(x1+width*(curStart-start),y1,curWidth,height);\r
  74 \r
  75         currentColor = color;\r
  76         g.setColor(color);\r
  77 \r
  78         curStart = i;\r
  79         curWidth = width;\r
  80       }\r
  81       else\r
  82         curWidth += width;\r
  83 \r
  84       i++;\r
  85     }\r
  86     g.fillRect(x1+width*(curStart-start),y1,curWidth,height);\r
  87   }\r
  88 \r
  89   public void drawText(Graphics g, SequenceI seq,int start, int end, int x1, int y1, int width, int height)\r
  90   {\r
  91     int pady = height/5;\r
  92     int charOffset=0;\r
  93     g.setColor(Color.black);\r
  94 \r
  95     char s;\r
  96     // Need to find the sequence position here.\r
  97     for (int i = start; i <= end; i++)\r
  98     {\r
  99         if(i<seq.getLength())\r
 100           s = seq.getSequence().charAt(i);\r
 101         else\r
 102           s = ' ';\r
 103 \r
 104         if(!renderGaps && jalview.util.Comparison.isGap(s))\r
 105           continue;\r
 106 \r
 107         g.setColor(Color.black);\r
 108 \r
 109         if (inCurrentSequenceGroup(i))\r
 110         {\r
 111           if(!currentSequenceGroup.getDisplayText())\r
 112             continue;\r
 113 \r
 114           if(currentSequenceGroup.getColourText())\r
 115             g.setColor(getResidueBoxColour(currentSequenceGroup.cs, seq, i).darker());\r
 116         }\r
 117         else\r
 118         {\r
 119           if(!av.getShowText())\r
 120             continue;\r
 121 \r
 122           if(av.getColourText())\r
 123             g.setColor(getResidueBoxColour(av.getGlobalColourScheme(), seq, i).darker());\r
 124         }\r
 125 \r
 126       charOffset =  (width - fm.charWidth(s))/2;\r
 127       g.drawString(String.valueOf(s), charOffset + x1 + width * (i - start), y1 + height - pady);\r
 128     }\r
 129 \r
 130 \r
 131   }\r
 132 \r
 133   boolean inCurrentSequenceGroup(int res)\r
 134   {\r
 135     if(currentSequenceGroup==null)\r
 136       return false;\r
 137 \r
 138     return (currentSequenceGroup.getStartRes()<=res && currentSequenceGroup.getEndRes()>=res)?true:false;\r
 139   }\r
 140 \r
 141   public void drawHighlightedText(Graphics g, SequenceI seq,int start, int end, int x1, int y1, int width, int height)\r
 142   {\r
 143     int pady = height/5;\r
 144     int charOffset=0;\r
 145     g.setColor(Color.BLACK);\r
 146     g.fillRect(x1,y1,width*(end-start+1),height);\r
 147     g.setColor(Color.white);\r
 148 \r
 149     char s='~';\r
 150     // Need to find the sequence position here.\r
 151     for (int i = start; i <= end; i++)\r
 152     {\r
 153        if(i<seq.getLength())\r
 154           s = seq.getSequence().charAt(i);\r
 155 \r
 156       charOffset =  (width - fm.charWidth(s))/2;\r
 157       g.drawString(String.valueOf(s), charOffset + x1 + width * (i - start), y1 + height - pady);\r
 158     }\r
 159   }\r
 160 \r
 161 \r
 162 }\r