src/jalview/gui/SequenceRenderer.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import jalview.datamodel.*;\r
   4 import jalview.schemes.*;\r
   5 import java.awt.*;\r
   6 import java.util.*;\r
   7 \r
   8 public class SequenceRenderer implements RendererI\r
   9 {\r
  10   AlignViewport av;\r
  11   FontMetrics fm;\r
  12   boolean renderGaps = true;\r
  13   SequenceGroup currentSequenceGroup = null;\r
  14   SequenceGroup [] allGroups = null;\r
  15   Color resBoxColour;\r
  16   Graphics graphics;\r
  17 \r
  18   public SequenceRenderer(AlignViewport av)\r
  19   {\r
  20     this.av = av;\r
  21   }\r
  22 \r
  23 \r
  24   public void renderGaps(boolean b)\r
  25   {\r
  26     renderGaps = b;\r
  27   }\r
  28 \r
  29   public Color getResidueBoxColour(ColourSchemeI cs, SequenceI seq, int i)\r
  30   {\r
  31     getBoxColour(cs, seq, i);\r
  32     return resBoxColour;\r
  33   }\r
  34 \r
  35   void getBoxColour(ColourSchemeI cs, SequenceI seq, int i)\r
  36   {\r
  37    if (cs != null)\r
  38        resBoxColour = cs.findColour(seq.getSequence(i, i + 1), i, av.getConsensus(false));\r
  39    else\r
  40        resBoxColour = Color.white;\r
  41   }\r
  42 \r
  43   public void drawSequence(Graphics g,SequenceI seq,SequenceGroup [] sg, int start, int end, int x1, int y1, int width, int height, Vector pid, int seqnum)\r
  44   {\r
  45     allGroups = sg;\r
  46 \r
  47     graphics = g;\r
  48 \r
  49     drawBoxes(seq, start, end, x1, y1, (int) width, height, pid);\r
  50 \r
  51     fm = g.getFontMetrics();\r
  52     drawText(seq,start,end,x1,y1,(int)width,height);\r
  53 \r
  54   }\r
  55 \r
  56   public void drawBoxes(SequenceI seq,int start, int end, int x1, int y1, int width, int height,Vector freq) {\r
  57     int i      = start;\r
  58     int length = seq.getLength();\r
  59 \r
  60     int curStart = x1;\r
  61     int curWidth = width;\r
  62 \r
  63     Color tempColour = null;\r
  64     while (i <= end && i < length)\r
  65     {\r
  66       if(inCurrentSequenceGroup(i))\r
  67       {\r
  68         if( currentSequenceGroup.getDisplayBoxes())\r
  69              getBoxColour(currentSequenceGroup.cs, seq, i);\r
  70       }\r
  71       else if(av.getShowBoxes())\r
  72             getBoxColour(av.getGlobalColourScheme(), seq, i);\r
  73       else\r
  74         resBoxColour = Color.white;\r
  75 \r
  76 \r
  77       if (resBoxColour != tempColour)\r
  78       {\r
  79         graphics.fillRect(x1+width*(curStart-start),y1,curWidth,height);\r
  80         graphics.setColor(resBoxColour);\r
  81 \r
  82         curStart = i;\r
  83         curWidth = width;\r
  84         tempColour = resBoxColour;\r
  85 \r
  86       }\r
  87       else\r
  88         curWidth += width;\r
  89 \r
  90       i++;\r
  91     }\r
  92     graphics.fillRect(x1+width*(curStart-start),y1,curWidth,height);\r
  93   }\r
  94 \r
  95   public void drawText(SequenceI seq,int start, int end, int x1, int y1, int width, int height)\r
  96   {\r
  97     int pady = height/5;\r
  98     int charOffset=0;\r
  99     char s;\r
 100     // Need to find the sequence position here.\r
 101 \r
 102     graphics.setColor(Color.black);\r
 103     String sequence  = seq.getSequence();\r
 104     for (int i = start; i <= end; i++)\r
 105     {\r
 106         if(i<sequence.length())\r
 107           s = sequence.charAt(i);\r
 108         else\r
 109           s = ' ';\r
 110 \r
 111         if(!renderGaps && jalview.util.Comparison.isGap(s))\r
 112           continue;\r
 113 \r
 114 \r
 115         if (inCurrentSequenceGroup(i))\r
 116         {\r
 117           if(!currentSequenceGroup.getDisplayText())\r
 118             continue;\r
 119 \r
 120             if (currentSequenceGroup.getColourText())\r
 121             {\r
 122               getBoxColour(currentSequenceGroup.cs, seq, i);\r
 123               graphics.setColor(resBoxColour.darker());\r
 124             }\r
 125         }\r
 126         else\r
 127         {\r
 128           if(!av.getShowText())\r
 129             continue;\r
 130 \r
 131           if(av.getColourText())\r
 132            {\r
 133              getBoxColour(av.getGlobalColourScheme(), seq, i);\r
 134              graphics.setColor(resBoxColour.darker());\r
 135            }\r
 136         }\r
 137 \r
 138           charOffset =  (width - fm.charWidth(s))/2;\r
 139           graphics.drawString(String.valueOf(s),\r
 140                               charOffset + x1 + width * (i - start),\r
 141                               y1 + height - pady);\r
 142         }\r
 143 \r
 144 \r
 145   }\r
 146 \r
 147   boolean inCurrentSequenceGroup(int res)\r
 148   {\r
 149     if(allGroups ==null)\r
 150       return false;\r
 151 \r
 152     for(int i=0; i<allGroups.length; i++)\r
 153       if(allGroups[i].getStartRes()<=res && allGroups[i].getEndRes()>=res)\r
 154       {\r
 155          currentSequenceGroup = allGroups[i];\r
 156          return true;\r
 157       }\r
 158 \r
 159     return false;\r
 160   }\r
 161 \r
 162   public void drawHighlightedText(SequenceI seq,int start, int end, int x1, int y1, int width, int height)\r
 163   {\r
 164     int pady = height/5;\r
 165     int charOffset=0;\r
 166     graphics.setColor(Color.BLACK);\r
 167     graphics.fillRect(x1,y1,width*(end-start+1),height);\r
 168     graphics.setColor(Color.white);\r
 169 \r
 170     char s='~';\r
 171     // Need to find the sequence position here.\r
 172     for (int i = start; i <= end; i++)\r
 173     {\r
 174        if(i<seq.getLength())\r
 175           s = seq.getSequence().charAt(i);\r
 176 \r
 177      charOffset =  (width - fm.charWidth(s))/2;\r
 178       graphics.drawString(String.valueOf(s), charOffset + x1 + width * (i - start), y1 + height - pady);\r
 179     }\r
 180   }\r
 181 \r
 182 \r
 183 }\r