src/jalview/gui/SequenceRenderer.java

   1 package jalview.gui;\r
   2 \r
   3 import jalview.datamodel.*;\r
   4 import jalview.schemes.*;\r
   5 import java.awt.*;\r
   6 import java.util.*;\r
   7 \r
   8 public class SequenceRenderer\r
   9 {\r
  10   AlignViewport av;\r
  11   FontMetrics fm;\r
  12   boolean renderGaps = true;\r
  13   SequenceGroup currentSequenceGroup = null;\r
  14   SequenceGroup [] allGroups = null;\r
  15   Color resBoxColour;\r
  16   Graphics graphics;\r
  17 \r
  18   public SequenceRenderer(AlignViewport av)\r
  19   {\r
  20     this.av = av;\r
  21   }\r
  22 \r
  23 \r
  24   public void renderGaps(boolean b)\r
  25   {\r
  26     renderGaps = b;\r
  27   }\r
  28 \r
  29   public Color getResidueBoxColour(ColourSchemeI cs, SequenceI seq, int i)\r
  30   {\r
  31     getBoxColour(cs, seq, i);\r
  32     return resBoxColour;\r
  33   }\r
  34 \r
  35   void getBoxColour(ColourSchemeI cs, SequenceI seq, int i)\r
  36   {\r
  37    if (cs != null)\r
  38        resBoxColour = cs.findColour(seq.getSequence(i, i + 1), i);\r
  39    else\r
  40        resBoxColour = Color.white;\r
  41   }\r
  42 \r
  43   public void drawSequence(Graphics g,SequenceI seq,SequenceGroup [] sg, int start, int end, int x1, int y1, int width, int height)\r
  44   {\r
  45     allGroups = sg;\r
  46 \r
  47     graphics = g;\r
  48 \r
  49     drawBoxes(seq, start, end, x1, y1, (int) width, height);\r
  50 \r
  51     fm = g.getFontMetrics();\r
  52     drawText(seq,start,end,x1,y1,(int)width,height);\r
  53 \r
  54   }\r
  55 \r
  56   public void drawBoxes(SequenceI seq,int start, int end, int x1, int y1, int width, int height) {\r
  57     int i      = start;\r
  58     int length = seq.getLength();\r
  59 \r
  60     int curStart = -1;\r
  61     int curWidth = width;\r
  62 \r
  63     Color tempColour = null;\r
  64     while (i <= end && i < length)\r
  65     {\r
  66       if(inCurrentSequenceGroup(i))\r
  67       {\r
  68         if( currentSequenceGroup.getDisplayBoxes())\r
  69              getBoxColour(currentSequenceGroup.cs, seq, i);\r
  70       }\r
  71       else if(av.getShowBoxes())\r
  72             getBoxColour(av.getGlobalColourScheme(), seq, i);\r
  73       else\r
  74         resBoxColour = Color.white;\r
  75 \r
  76 \r
  77       if (resBoxColour != tempColour)\r
  78       {\r
  79         if(tempColour!=null)\r
  80           graphics.fillRect(x1+width*(curStart-start),y1,curWidth,height);\r
  81         graphics.setColor(resBoxColour);\r
  82 \r
  83         curStart = i;\r
  84         curWidth = width;\r
  85         tempColour = resBoxColour;\r
  86 \r
  87       }\r
  88       else\r
  89         curWidth += width;\r
  90 \r
  91       i++;\r
  92     }\r
  93 \r
  94 \r
  95      graphics.fillRect(x1+width*(curStart-start),y1,curWidth,height);\r
  96   }\r
  97 \r
  98   public void drawText(SequenceI seq,int start, int end, int x1, int y1, int width, int height)\r
  99   {\r
 100     int pady = height/5;\r
 101     int charOffset=0;\r
 102     char s;\r
 103     // Need to find the sequence position here.\r
 104 \r
 105     graphics.setColor(Color.black);\r
 106     String sequence  = seq.getSequence();\r
 107     for (int i = start; i <= end; i++)\r
 108     {\r
 109         if(i<sequence.length())\r
 110           s = sequence.charAt(i);\r
 111         else\r
 112           s = ' ';\r
 113 \r
 114         if(!renderGaps && jalview.util.Comparison.isGap(s))\r
 115           continue;\r
 116 \r
 117 \r
 118         if (inCurrentSequenceGroup(i))\r
 119         {\r
 120           if(!currentSequenceGroup.getDisplayText())\r
 121             continue;\r
 122 \r
 123             if (currentSequenceGroup.getColourText())\r
 124             {\r
 125               getBoxColour(currentSequenceGroup.cs, seq, i);\r
 126               graphics.setColor(resBoxColour.darker());\r
 127             }\r
 128         }\r
 129         else\r
 130         {\r
 131           if(!av.getShowText())\r
 132             continue;\r
 133 \r
 134           if(av.getColourText())\r
 135            {\r
 136              getBoxColour(av.getGlobalColourScheme(), seq, i);\r
 137              if(av.getShowBoxes())\r
 138               graphics.setColor(resBoxColour.darker());\r
 139             else\r
 140               graphics.setColor(resBoxColour);\r
 141            }\r
 142         }\r
 143 \r
 144           charOffset =  (width - fm.charWidth(s))/2;\r
 145           graphics.drawString(String.valueOf(s),\r
 146                               charOffset + x1 + width * (i - start),\r
 147                               y1 + height - pady);\r
 148         }\r
 149 \r
 150 \r
 151   }\r
 152 \r
 153   boolean inCurrentSequenceGroup(int res)\r
 154   {\r
 155     if(allGroups ==null)\r
 156       return false;\r
 157 \r
 158     for(int i=0; i<allGroups.length; i++)\r
 159       if(allGroups[i].getStartRes()<=res && allGroups[i].getEndRes()>=res)\r
 160       {\r
 161          currentSequenceGroup = allGroups[i];\r
 162          return true;\r
 163       }\r
 164 \r
 165     return false;\r
 166   }\r
 167 \r
 168   public void drawHighlightedText(SequenceI seq,int start, int end, int x1, int y1, int width, int height)\r
 169   {\r
 170     int pady = height/5;\r
 171     int charOffset=0;\r
 172     graphics.setColor(Color.BLACK);\r
 173     graphics.fillRect(x1,y1,width*(end-start+1),height);\r
 174     graphics.setColor(Color.white);\r
 175 \r
 176     char s='~';\r
 177     // Need to find the sequence position here.\r
 178     for (int i = start; i <= end; i++)\r
 179     {\r
 180        if(i<seq.getLength())\r
 181           s = seq.getSequence().charAt(i);\r
 182 \r
 183      charOffset =  (width - fm.charWidth(s))/2;\r
 184       graphics.drawString(String.valueOf(s), charOffset + x1 + width * (i - start), y1 + height - pady);\r
 185     }\r
 186   }\r
 187 \r
 188 \r
 189 }\r